著者は、彼らのサポートのためにエリソン医療財団に感謝します。私たちは、wormsorterを使用しての支援のためのアビーデルンブルク研究室のメンバーに感謝したいとも。

1。ヤングアダルト動物の同期化された文化の取得<ol><li> OP50-1 E.を接種し、いくつかのNGMプレート上でワームを育てる大腸菌の細菌（10×飽和文化からの濃縮）、多くのワームは、妊娠の段階に達するまで。 </li><li>同期された培養物（卵）を得るために卵プレップ液で妊娠動物を扱う。 </li><li>いくつかの60 mmのNGMプレート上のプレートの卵は、およそ150〜200の卵/プレートの密度で10倍に濃縮OP50-1を播種。 </li><li> （ - ヤングアダルト段階ワームは、L4に達するまで）2日間、25℃で培養する。 </li></ol> 2。 緑膿菌版の作製やワームに感染<ol><li>卵プレップ（ステップ1.1）の日に100μg/ mlの最終濃度王のB型メディアを含むリファンピシンの2ミリリットルにPA14 :: GFPの培養物に接種。攪拌O / Nで37℃で培養液を、 </li><li> PA14 :: GFP CULプレートアッセイに必要な数のスローキリングプレート（SKP）にTURE。各150ミリメートルSKPペトリ皿ピペットに75〜100飽和文化μlの滅菌ガラススプレッダーを使用して均一に広げる。 20〜24時間、37℃で培養する。 </li><li>インキュベーターからプレートを取り外し、それらを室温（〜20分）に冷却する。 M9緩衝液を使用して、PA14にステップ1.4からワームを洗っ:: GFPプレートを液体の最小容量の。 150mmプレートを使用する場合は、数百のワームは、単一のプレート上に配置することができる。 </li><li> 18〜21時間、25℃で培養する。 Pの緑膿菌に露出し、若い成虫は、これはnoncolonized動物VSコロニー形成の最適な分布を表示時間ウィンドウです。 </li></ol> 3。 Wormsorterの設定 サンプルの並べ替えを実行する前に、マシンが正常に機能していることを確認してください。詳細はhttp://www.unionbio.com/support/documents.aspx?id=43で得られた、と目することができますE基本的な手順は以下のとおりです。 <ol><li>約5 PSI（4.5〜5.5の範囲）にシースバルブの圧力設定を行ってください。 </li><li>そのシース流体流量が適切であることを確認ディスペンサーの下に15ミリリットルコニカルチューブを配置し、シースバルブをオンにし、ソーターバルブをオフにします。 60秒間、ディスペンサーの下にチューブを保持します。チューブ内のボリューム9-10 mlでなければならない。この範囲外である場合、それに応じてシース弁圧を調節する。 </li><li> （ステップ3.2と同様に設定）がシース液流量が正確な選別を可能にする確実40μmで調整粒子を使用してソート速度をテストする</li><li>シースバルブをオフにします。貯水池への制御粒子溶液約25ミリリットルを追加します。 </li><li>シースバルブ、サンプルバルブをオンにします。 </li><li>コンピュータソフトウェア上で、「制御粒子モード」に移動して取得]をクリックします。 </li><li>幅を近似するTOF（飛行時間）で、粒子流量は〜5-8粒子/秒であることを確認してください粒子の、40ミクロ​​ン。このようなTOFは、単一の40ミクロ​​ンのオブジェクトを一度に通過していることを示しています。値がこの範囲外である場合は、それに応じて（上記の指示に従う）設定を調整します。 </li></ol> 4。 Noncolonizedワーム対植民仕分け<ol><li> M9を使用して、15 mlのコニカルチューブにワームを洗う。成虫は、重力によって、チューブの底に沈む、上清を除去することができます。新鮮なM9でチューブを埋める。このプロセスを3〜4倍を繰り返します。これは幼虫の大部分だけでなく、余分な細菌を除去し、約10分かかります。 </li><li>優しく混合小さな攪拌棒付きwormsorterリザーバーにワームを追加します。 </li><li> 200に600にグリーンPMTを設定し、赤と黄色の光電子増倍管によって初期信号ゲインを調整します。 </li><li>設定を調整するためのデータの収集を開始。 </li><li>毎秒25〜30イベント（ワーム）のソート率を目指す。数字率が高すぎる場合、それに応じてM9と、リザーバ内のワームを希釈する。レートがある場合x低、M9の小さな体積でより多くのワームを追加します。 </li><li>実験はnoncolonizedワームVSコロニー形成の非常に厳しい分離を必要とする場合は、「純粋な」から「一致確認」に設定します。これは、イベント内の2つのオブジェクトが互いに接近しすぎ発生した場合、または同じドロップで、機械ではなく、それを集めるよりも、ドロップを拒否していることを保証します。 </li><li>関心の人口をソートするには、サイズ（成虫を得るために）と蛍光強度（noncolonizedのための低、コロニー形成のためのすなわち高い）を示す軸周りのゲートを描きます。蛍光ゲーの値は経験的に決定されなければならない。 </li><li>ワームの並べ替えを開始するためにソート弁を開放してワームを収集するために、マルチウェルプレートまたはディスペンサーの下にペトリ皿を置きます。 </li><li>ソートされた集団は、関心の集団であることを顕微​​鏡下で確認するために、動物の小集団を収集します。いない場合は、それに応じてゲーティングパラメータを調整し、サンプル収集を続行します。 </li></ol>

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	<li>Pulak, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Techniques+for+analysis,+sorting,+and+dispensing+of+C.+elegans+on+the+COPAS+flow-sorting+system.">Techniques for analysis, sorting, and dispensing of C. elegans on the COPAS flow-sorting system.</a> Methods Mol. Biol. , 275-286 (2006).</li><li>Dupuy, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-scale+analysis+of+in+vivo+spatiotemporal+promoteractivity+in+Caenorhabditis+elegans.">Genome-scale analysis of in vivo spatiotemporal promoteractivity in Caenorhabditis elegans.</a> Nat. Biotechnol. 25, 663-668 (2007).</li><li>Squiban, B., Belougne, J., Ewbank, J., Zugasti, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+and+Automated+High-throughput+Genome-wide+RNAi+Screens+in+elegans.">Quantitative and Automated High-throughput Genome-wide RNAi Screens in elegans.</a> J. Vis. Exp. (60), (2012).</li><li>Doitsidou, M., Flames, N., Lee, A. C., Boyanov, A., Hobert, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+screening+for+mutants+affecting+dopaminergic-neuron+specification+in+C.+elegans.">Automated screening for mutants affecting dopaminergic-neuron specification in C. elegans.</a> Nat. Methods. 5, 869-872 (2008).</li><li>Pujol, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinct+innate+immune+responses+to+infection+and+wounding+in+the+C.+elegans+epidermis.">Distinct innate immune responses to infection and wounding in the C. elegans epidermis.</a> Curr. Biol. 18, 481-489 (2008).</li><li>Medzhitov, R., Janeway, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Innate+immune+recognition:+mechanisms+and+pathways.">Innate immune recognition: mechanisms and pathways.</a> Immunol. Rev. 173, 89-97 (2000).</li><li>Matzinger, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tolerance,+danger,+and+the+extended+family.">Tolerance, danger, and the extended family.</a> Annu. Rev. Immunol. 12, 991-1045 (1994).</li><li>Mariathasan, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cryopyrin+activates+the+inflammasome+in+response+to+toxins+and+ATP.">Cryopyrin activates the inflammasome in response to toxins and ATP.</a> Nature. 440, 228-232 (2006).</li><li>Melo, J. A., Ruvkun, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inactivation+of+conserved+C.+elegans+genes+engages+pathogen-+and+xenobiotic-associated+defenses.">Inactivation of conserved C. elegans genes engages pathogen- and xenobiotic-associated defenses.</a> Cell. 149, 452-466 (2012).</li><li>Chen, G. Y., Nunez, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sterile+inflammation:+sensing+and+reacting+to+damage.">Sterile inflammation: sensing and reacting to damage.</a> Nat. Rev. Immunol. 10, 826-837 (2010).</li><li>Tenor, J. L., Aballay, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+conserved+Toll-like+receptor+is+required+for+Caenorhabditis+elegans+innate+immunity.">A conserved Toll-like receptor is required for Caenorhabditis elegans innate immunity.</a> EMBO Rep. 9, 103-109 (2008).</li><li>Pujol, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+reverse+genetic+analysis+of+components+of+the+Toll+signaling+pathway+in+Caenorhabditis+elegans.">A reverse genetic analysis of components of the Toll signaling pathway in Caenorhabditis elegans.</a> Curr. Biol. 11, 809-821 (2001).</li><li>McEwan, D. L., Kirienko, N. V., Ausubel, F. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Host+translational+inhibition+by+Pseudomonas+aeruginosa+Exotoxin+A+Triggers+an+immune+response+in+Caenorhabditis+elegans.">Host translational inhibition by Pseudomonas aeruginosa Exotoxin A Triggers an immune response in Caenorhabditis elegans.</a> Cell Host Microbe. 11, 364-374 (2012).</li><li>Dunbar, T. L., Yan, Z., Balla, K. M., Smelkinson, M. G., Troemel, E. R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=C.+elegans+detects+pathogen-induced+translational+inhibition+to+activate+immune+signaling.">C. elegans detects pathogen-induced translational inhibition to activate immune signaling.</a> Cell Host Microbe. 11, 375-386 (2012).</li><li>Irazoqui, J. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinct+pathogenesis+and+host+responses+during+infection+of+C.+elegans+by+P.+aeruginosa+and+S.+aureus.">Distinct pathogenesis and host responses during infection of C. elegans by P. aeruginosa and S. aureus.</a> PLoS Pathog. 6, (2010).</li><li>Pukkila-Worley, R., Ausubel, F. M., Mylonakis, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Candida+albicans+infection+of+Caenorhabditis+elegans+induces+antifungal+immune+defenses.">Candida albicans infection of Caenorhabditis elegans induces antifungal immune defenses.</a> PLoS Pathog. , (2011).</li><li>Shapira, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+conserved+role+for+a+GATA+transcription+factor+in+regulating+epithelial+innate+immune+responses.">A conserved role for a GATA transcription factor in regulating epithelial innate immune responses.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 103, 14086-14091 (2006).</li><li>Troemel, E. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=p38+MAPK+regulates+expression+of+immune+response+genes+and+contributes+to+longevity+in+C.+elegans.">p38 MAPK regulates expression of immune response genes and contributes to longevity in C. elegans.</a> PLoS Genet. , 183 (2006).</li><li>Twumasi-Boateng, K., Shapira, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dissociation+of+immune+responses+from+pathogen+colonization+supports+pattern+recognition+in+C.+elegans.">Dissociation of immune responses from pathogen colonization supports pattern recognition in C. elegans.</a> PLoS One. , 7 (2012).</li><li>Jakobsen, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+alkaloid+compound+harmane+increases+the+lifespan+of+Caenorhabditis+elegans+during+bacterial+infection,+by+modulating+the+nematode's+innate+immune+response.">The alkaloid compound harmane increases the lifespan of Caenorhabditis elegans during bacterial infection, by modulating the nematode's innate immune response.</a> PLoS One. 8, (2013).</li><li>Portal-Celhay, C., Bradley, E. R., Blaser, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+intestinal+bacterial+proliferation+in+regulation+of+lifespan+in+Caenorhabditis+elegans.">Control of intestinal bacterial proliferation in regulation of lifespan in Caenorhabditis elegans.</a> BMC Microbiol. 12, 49 (2012).</li><li>Troemel, E. R., Felix, M. A., Whiteman, N. K., Barriere, A., Ausubel, F. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microsporidia+are+natural+intracellular+parasites+of+the+nematode+Caenorhabditis+elegans.">Microsporidia are natural intracellular parasites of the nematode Caenorhabditis elegans.</a> PLoS Biol. 6, 2736-2752 (2008).</li><li>Montalvo-Katz, S., Huang, H., Appel, M. D., Berg, M., Shapira, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Association+with+soil+bacteria+enhances+p38-dependent+infection+resistance+in+Caenorhabditis+elegans.">Association with soil bacteria enhances p38-dependent infection resistance in Caenorhabditis elegans.</a> Infect. Immun. 18, 514-520 (2013).</li></ol>

著者らは、開示することは何もありません。

我々が説明する方法は、ワームとその環境の間の相互作用に従うこと、ワームの外実体の蛍光標識を利用しています。我々はこの場合、分離は、病原体のラベリングに基づいていたなし（または光）負荷のものとは重い病原体負荷でワームを分離するために用いられた。その後の遺伝子発現分析は、それらが病原体負荷とは無関係であったことを示唆している二つのグループの間の免疫応答において差は認められなかった。応答を開始する信号は、物理的に、この信号は、PAMPであり得ることを示唆し、むしろ分泌されるのではなく、細菌と関連していることが他の場所で示された。まとめると、これらの結果は、PAMP認識がC.免疫応答を開始する役割を果たしているという仮説を支持虫 19。 上述の選別プロトコルの一つの利点は、両方のコロニー形成及びnoncolonizedワームは、単一集団から単離されることである。目あるnoncolonized対植民地化された動物の最適配分と人口を持つに依存します。発明者らは、Pでヤングアダルト、野生型ワームに感染するとき緑膿菌は、これは、ほぼ18時間の曝露時間に相当する。この露光時間は、動物の大部分は「中間」程度に定着したが、数百のワームが完全な植民地化を示し、類似の数はnoncolonizedあった人口を生産した。これが我々の目的に最適な分布を表しているが、他の人は自分の最適配分を定義することもできます。 ソート中には、それぞれの実験に組み込まれた「品質管理」を持つことをお勧めします。我々は2つ​​の方法でそれをした。一つは、遺伝子発現研究のために、我々は、遺伝子の限られたセットに定量RT-PCRのために使用され得る蛍光解剖顕微鏡下（コロニー形成及びnoncolonized）ワーム少数の手摘み。これらは、どのような遺伝子expressiための「ゴールドスタンダード」として機能本当に純粋な集団の上のようになります。第二に、期待通りに、機器が実行している蛍光顕微鏡下で確認するために、各自動的にソート集団プレートに20個以上のワームを並べ替えることをお勧めします。下流側のアプリケーションに応じて、選別プロトコルの「忠実度」の程度が異なるが必要とされ得る。並べ替えワームは植民地化の所望の程度に適合していない場合には、ゲーティングパラメータは（ステップ4.7）に調整する必要があります。これは、ゲートより厳しい必要ワーム、および実験のより高い初期数はそれに応じてスケールアップする必要があることに留意すべきである。 ここで説明する実験は、（それが蛍光タグ付けされている限り）関心のある任意の病原体に行うことができた。ソートに続いて、その後の分析は、遺伝子発現解析を遵守する必要はなく、生存あるいは行動分析に焦点を当てることができます。さらに、同様のプロトコルを、分析の目的に使用することができる、代謝物の吸収に従うには、または病原体の負荷を定量化するために、後者は20,21非常に多様でCFU計数に簡単な代替手段を提供する。数のと速度の増加は、遺伝ホストの中断または病原体、および異なる環境条件を含む様々な条件下での病原体の負荷を定量化する容易にすることができる。 wormsorterはコロニー形成を追跡し、複数の蛍光分子を検出するように装備することができるので、細菌の1種類に限定される必要はない。この機能により、さまざまな微生物が植民地化のために競争することができ、生態研究のために有用であろう。病因、Cの実験室での研究では虫は一般的に細菌の単一栽培を成長させる。しかし、病原体が免疫力に影響を与える可能性がある他の微生物の数百人の中に存在する野生の、中の自然免疫のメカニズムの研究が注目22,23を集めるために始めている。 要約すると、資料を使gで幅広い用途にwormsorter実験が短時間で、及び/又は大規模に行うことができる。このようなアプリケーションのレパートリーを拡大することでの我々の理解を進めることができ生理学エレガンス 。特に、Cの分野で虫自然免疫、生存率は種々の遺伝子の貢献をテストするための頻繁に使用されるメトリックです。しかし、植民地は、依然として機能的出力を提供しながら、免疫を開始するイベントに、より近接している。ここで説明するように関心のある集団を単離および/または分析するためのプロトコルを使用すると、ワームの免疫応答の初期事象のさまざまな側面を研究するための貴重なツールです。

自動ワームのソートは、それがチューブ内に真っ直ぐに通過すると（通常はレポータータンパク質のトランスジェニック発現によって提供される）ワームに蛍光シグナルを測定することにより、オペレーティング·リダイレクション、コレクションチューブに/ウェルまたは廃棄物容器に応じてできるように、多くのFACSのようなものです研究者1が設定したパラメータをゲーティングする。 wormsorterは、多くの方法で研究を容易にすることができる。分析ツールとして、それを採用した例はほとんど千の遺伝子2プロモーター活性の時空間パターンを踏襲研究である。 しかしながら、wormsorterの主な用途は、標的遺伝子発現レベル又はウォーム3-5の軸に沿った蛍光タンパク質の局在化に続いて、遺伝子スクリーニングである。 ここでは、蛍光タグ付けされた病原体によるワームの定着を、以下に、wormsorterための新しいアプリケーションを記述します。これによりツールとして、我々はpathogとの関係に焦点を当てた植民地化/負荷と免疫応答備わり、ワームでの免疫応答の開始に責任のメカニズムに新たな洞察を得るために。 これまでに研究され、事実上すべての生物では、微生物病原体に対する自然免疫応答の開始は、病原体関連分子パターン（PAMP）の認識に依存し、かつ/または危険/損傷関連分子パターン（減衰させる）6,7。微生物の細胞壁の構成成分、その鞭毛、またはその脂質二重層6、最初に保存されている微生物の構造は、第二には、両方の放出された分子（ 例えば 、ATP 8）、改変されたタンパク質または改変された細胞プロセス9,10の他のマーカーが含まれています。両方のタイプの信号は、パターン分子の特異的結合の際に防御応答を導く一連の事象を活性化するパターン認識受容体（PRR）として指定されたタンパク質によって認識される。C.虫は tractaとして非常に有用であったBLEモデルは、宿主 - 病原体相互作用のさまざまな側面を分析するが、十分に理解されていない一つのことは、ワームに開始されるか免疫応答である。他の生物におけるパターン認識受容体（PRR）にオーソロガスである推定される受容体のどれものPAMPに結合することが示されておらず、他の生物における免疫応答のために極めて重要であるのPRRのオルソログの多くは、ワームの病原体応答に驚くほど限られた貢献度を示していると抵抗。例えば、グラム陽性病原体に抵抗するために不可欠であるショウジョウバエのToll受容体は、C言語で表現されているグラム陰性病原体ネズミチフス菌11からではなく、他のテストのグラム陰性からの保護に貢献する唯一のホモログ、TOL-1による線虫 、または陽性病原体11,12。これらの観察は、その免疫応答を示すデータと組み合わせる細胞のタンパク質翻訳hを破壊することによって誘導することができLEDなどのいくつかが提案することで虫は、主に減衰9,13,14を検出します。それにもかかわらず、免疫応答を誘導するために死んだ病原体の能力を記述するレポートは、PAMPの結合は、C.における病原体認識に重要な役割を有し得ることを示唆する虫 15,16。年齢に同期化された遺伝的に同一のCの免疫応答に焦点を当てたこれまでの研究虫集団は、細菌のグラム陰性病原体緑膿菌による腸のコロニー形成に大きな個体差を示した。 しかし、転写プロファイリング研究は、1事業体17,18として、これらの可変保菌集団を処理した。この変動を利用して、我々は、GFPを発現するPにさらさ線虫（Caenorhabditis elegans）の差別的植民集団を分離するための自動化されたwormsorterを中心にプロトコルを開発緑膿菌 。異なっ - 植民集団における遺伝子発現をFACI調べる病原体の負荷（および関連する損傷）との関係の評価と免疫応答をlitated とCに病原体認識についての新たな洞察を提供虫 19。下に我々はすべての蛍光標識された病原体に感染したワームのソートに適用することができるプロトコルを記述します。 潜在的なユーザーには、選別されることが必要虫数は、使用中のその後の分析およびプロトコルの性質に依存することに留意すべきである。例えば、マイクロアレイ遺伝子発現解析の場合には、&gt;千のワームは、標準的なプロトコルが使用される場合、十分なRNAを得るために必要とするが、増幅が用いられる場合約100ワームが十分である、材料の迅速な収集を可能にし、従って、ストレスを最小限にするワーム。

<table><tbody><tr><td>M9 Buffer</td><td>prepared in house</td><td></td><td>Recipe at wormbook.org</td></tr><tr><td>Rifampicin</td><td>Sigma</td><td>R3501</td><td></td></tr><tr><td>Egg prep solution</td><td>prepared in house</td><td></td><td>50 ml water; 40 ml bleach; 10 ml of 10 N sodium hydroxide</td></tr><tr><td>NGM plates</td><td>prepared in house</td><td></td><td>Recipe at wormbook.org</td></tr><tr><td>SKP plates</td><td>prepared in house</td><td></td><td>Recipe same as NGM only 0.35% peptone instead of 0.25%</td></tr><tr><td>Control test particles</td><td>Union Biometrica</td><td>310-5071-001</td><td></td></tr></tbody></table>

automated separation of c. elegans variably colonized by a bacterial pathogen

wormsorterは蛍光レポーターの発現に基づいてワームを並べ替えることが一般的には、 線虫（Caenorhabditis elegans）の研究で使用されているFACS装置に類似した楽器です。ここでは、GFPを発現病原体によるコロニー形成の程度に応じてワームをソートするために、本器の代替使用状況を強調表示します。この新しい使用は、私たちは、ワームの腸や免疫応答の誘導の植民地との関係に対処することができました。一方、C.異なる病原体への虫の免疫応答は、それらを開始し何まだ不明ですが、文書化されている。 （相互に排他的ではない）2主な可能性が病原体関連分子パターンの認識、感染によって引き起こされた損傷の検出である。 2つの可能性を区別するために、病原体への暴露は、それが引き起こす損傷から解離されなければならない。グラムNによって広く保菌されたワームのwormsorter有効に分離植民同様に暴露されたワームの可能性が高い病原体の負荷による損傷はなく、またはわずかに、とegative病原緑膿菌 、。これらの異なる集団は、病原体負荷および転写免疫応答の誘導との間の関係を評価した。結果は、2つの病原体認識の可能性を支持し、解離していることを示唆している。

年齢をマッチさせた場合には、遺伝的に同一で虫はPにさらされている緑膿菌は 、広い分布がコロニー形成（ 図1A）のレベルで観察される。植民ワームからnoncolonizedの効率的な分離が（ 図1B）を達成することができ、ここで説明されたプロトコルの助けを借りて。 noncolonizedワームとは異なり、植民ワームは、低迷して減少し、排便19などの損傷の兆候を示している。後者は、ワームがPによって植民地化した理由かもしれ緑膿菌は困難、感染をクリアしています。これはnoncolonizedとしてソートワームが以前に定着していなかったことを示唆して記述されたプロトコルのための直接的な意味を持っています。直接この主張が正しいかどうかをテストするには、厳選された植民地化のワームは、仕分けの実験におけるものと同様の洗浄工程にかけ、その後、蛍光顕微鏡下で調べた。唯一の56分の4は、病原体をクリアしました。そのため、おそらく目ですnoncolonizedとしてソートものの中、以前に植民ワームの割合で無視できる。しかしながら、P.以外の病原体のための問題のよりていてもよく、分析上の誤ったソートの影響を防止するために、洗浄工程中のコロニー形成の変化を監視することが推奨される緑膿菌 。 マイクロアレイ遺伝子発現分析のために並べ替えられワームを使用し、P.と本質的に同一の応答を観察ここに記載のプロトコルを用いた以前の研究19時間同じ量の病原体にさらされていた保菌およびnoncolonizedウォーム集団における緑膿菌 図2 Cの一部であることが知られている、4つの遺伝子の発現を測定するために定量的（q）のRT-PCRを用いて、同様の傾向を示してい。虫免疫応答： のLys-2はリゾチーム、F08G5.6とF55G11.2感染に特異的に反応する2未同定の遺伝子であり、符号化し、最初にも感染に寄与するののTiON抵抗、およびPGP-5、感染だけでなく、重金属ストレスに応答します。すべての4つの遺伝子はPで、同様に誘導された関係なく、ワームの植民地状態の緑膿菌の曝露、。これは、代わりに信号としての病原体関連分子パターンを指し、コロニー形成およびそれに関連する損傷は、免疫応答に必要とされないことを示す以前に公表された結果を裏付ける。そのPGP-5は、Cの免疫応答と一般ストレス応答を制御する調節プログラムで重複を示唆している、大規模な被害を経験されることが期待されていないnoncolonized動物において誘導される虫 。 <img alt="図1" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51090/51090fig1highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51090/51090fig1.jpg" /> 図1。植民地化とCを noncolonized 虫は wormsorteを使用して分離R（A）は、野生型の成人での代表的な画像GFPを発現するP.に露出エレガンス 18時間緑膿菌 。 noncolonizedと植民ワームの（B）の代表的な画像をwormsorterを使用して分離した。 <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/51090/51090fig1highres.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、こちらをクリックしてください。</a> <img alt="図2" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51090/51090fig2highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51090/51090fig2.jpg" /> 図2。植民地化は、Pに転写応答は必要ありません。 緑膿菌。E.に露出野生型動物において定量RT-PCRにより測定されたRNA のlys-2（A）のレベル、F08G5.6（B）、F55G11.2（C）、およびPGP-5（D）大腸菌またはP緑膿菌&lt;〜18時間/ EM&gt;。示す手段及び3を代表する一つの実験から、重複した測定値のSDである。 <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/51090/51090fig2highres.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、こちらをクリックしてください。</a> <img alt="表1" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51090/51090table1.jpg" src="/files/ftp_upload/51090/51090table1.jpg" /> 表1。材料とwormsorter実験に必要な試薬。

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Automated Separation of C. elegans Variably Colonized by a Bacterial Pathogen

wormsorterは蛍光レポーターの発現に応じてワームをソートすることによって線虫（Caenorhabditis elegans）における遺伝子スクリーニングを容易にします。 GFPを発現病原体によるコロニー形成に応じて仕分けし、我々は、免疫応答を開始における病原体認識のよくわかっていない役割を調べるためにそれを利用する：ここでは、新たな使用方法を説明します。

の自動分離<em&gt; C.虫</em&gt;可変細菌性病原体の植民地

The wormsorter is an instrument analogous to a FACS machine that is used in studies of Caenorhabditis elegans, typically to sort worms based on expression ...

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Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Automated Separation of C. elegans Variably Colonized by a Bacterial Pathogen

8.3K ビュー.  University of California, Berkeley.  wormsorterは蛍光レポーターの発現に応じてワームをソートすることによって線虫（Caenorhabditis elegans）における遺伝子スクリーニングを容易にします。 GFPを発現病原体によるコロニー形成に応じて仕分けし、我々は、免疫応答を開始における病原体認識のよくわかっていない役割を調べるためにそれを利用する：ここでは、新たな使用方法を説明し?...

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The Nematode Caenorhabditis Elegans - A Versatile In Vivo Model to Study Host-microbe Interactions

We demonstrate a method using Caenorhabditis elegans as a model host to study microbial interaction. Microbes are introduced via the diet making the intestine the primary location for disease. The nematode intestine structurally and functionally mimics mammalian intestines and is transparent making it amenable to microscopic study of colonization. Here we show that pathogens can cause disease and death. We are able to identify microbial mutants that show altered virulence. Its conserved innate response to biotic stresses makes C. elegans an excellent system to probe facets of host innate immune interactions. We show that hosts with mutations in the dual oxidase gene cannot produce reactive oxygen species and are unable to resist microbial insult. We further demonstrate the versatility of the presented survival assay by showing that it can be used to study the effects of inhibitors of microbial growth. This assay may also be used to discover fungal virulence factors as targets for the development of novel antifungal agents, as well as provide an opportunity to further uncover host-microbe interactions. The design of this assay lends itself well to high throughput whole-genome screens, while the ability to cryo-preserve worms for future use makes it a cost-effective and attractive whole animal model to study.

The Nematode Caenorhabditis Elegans - A Versatile In Vivo Model to Study Host-microbe Interactions

Here, we present the nematode Caenorhabditis elegans as a versatile host model to study microbial interaction.

線虫の宿主微生物間相互作用を研究する多彩なIn Vivoモデル

We demonstrate a method using Caenorhabditis elegans as a model host to study microbial interaction. Microbes are introduced via the diet making the ...

遺伝学

Two Infection Assays to Study Non-Lethal Virulence Phenotypes in C. Albicans using C. Elegans

While pathogens can be deadly to humans, many of them cause a range of infection types with non-lethal phenotypes. Candida albicans, an opportunistic fungal pathogen of humans, is the fourth most common cause of nosocomial infections which results in ~40% mortality. However, other C. albicans infections are less severe and rarely lethal and include vulvovaginal candidiasis, impacting ~75% of women, as well as oropharyngeal candidiasis, predominantly impacting infants, AIDS patients and cancer patients. While murine models are most frequently used to study C. albicans pathogenesis, these models predominantly assess host survival and are costly, time consuming, and limited in replication. Therefore, several mini-model systems, including Drosophila melanogaster, Danio rerio, Galleria mellonella, and Caenorhabditis elegans, have been developed to study C. albicans. These mini-models are well-suited for screening mutant libraries or diverse genetic backgrounds of C. albicans. Here we describe two approaches to study C. albicans infection using C. elegans. The first is a fecundity assay which measures host reproduction and monitors survival of individual hosts. The second is a lineage expansion assay which measures how C. albicans infection affects host population growth over multiple generations. Together, these assays provide a simple, cost-effective way to quickly assess C. albicans virulence.

Two Infection Assays to Study Non-Lethal Virulence Phenotypes in C. Albicans using C. Elegans

Fungal opportunist pathogens can cause life-threatening as well as minor infections, but non-lethal phenotypes are frequently ignored when studying virulence. Therefore, we developed a nematode model that monitors both the survival and reproduction aspects of host to investigate fungal virulence.

While pathogens can be deadly to humans, many of them cause a range of infection types with non-lethal phenotypes. Candida albicans, an opportunistic ...

A Protocol to Infect Caenorhabditis elegans with Salmonella typhimurium

In the last decade, C. elegans has emerged as an invertebrate organism to study interactions between hosts and pathogens, including the host defense against gram-negative bacterium Salmonella typhimurium. Salmonella establishes persistent infection in the intestine of C. elegans and results in early death of infected animals. A number of immunity mechanisms have been identified in C. elegans to defend against Salmonella infections. Autophagy, an evolutionarily conserved lysosomal degradation pathway, has been shown to limit the Salmonella replication in C. elegans and in mammals. Here, a protocol is described to infect C. elegans with Salmonella typhimurium, in which the worms are exposed to Salmonella for a limited time, similar to Salmonella infection in humans. Salmonella infection significantly shortens the lifespan of C. elegans. Using the essential autophagy gene bec-1 as an example, we combined this infection method with C. elegans RNAi feeding approach and showed this protocol can be used to examine the function of C. elegans host genes in defense against Salmonella infection. Since C. elegans whole genome RNAi libraries are available, this protocol makes it possible to comprehensively screen for C. elegans genes that protect against Salmonella and other intestinal pathogens using genome-wide RNAi libraries.

A Protocol to Infect Caenorhabditis elegans with Salmonella typhimurium

C. elegans has emerged as a new genetic model to study host-pathogen interactions. Here we describe a protocol to infect C. elegans with Salmonella typhimurium coupled with the double-strand RNAi interference technique to examine the role of host genes in defense against Salmonella infection.

感染するためのプロトコル<em&gt;線虫（Caenorhabditis elegans）</em&gt;と<em&gt;ネズミチフス菌</em

In the last decade, C. elegans has emerged as an invertebrate organism to study interactions between hosts and pathogens, including the host defense ...

免疫・感染学

A High-throughput, High-content, Liquid-based C. elegans Pathosystem

The number of new drugs identified by traditional, in vitro screens has waned, reducing the success of this approach in the search for new weapons to combat multiple drug resistance. This has led to the conclusion that researchers do not only need to find new drugs, but also need to develop new ways of finding them. Amongst the most promising candidate methods are whole-organism, in vivo assays that use high-throughput, phenotypic readouts and hosts that range from Caenorhabditis elegans to Danio rerio. These hosts have several powerful advantages, including dramatic reductions in false positive hits, as compounds that are toxic to the host and/or biounavailable are typically dropped in the initial screen, prior to costly follow up.
Here we show how our assay has been used to interrogate host variation in the well-documented C. elegans&#8212;Pseudomonas aeruginosa liquid killing pathosystem. We also demonstrate several extensions of this well-worked out technique. For example, we are able to carry out high-throughput genetic screens using RNAi in 24- or 96-well plate formats to query host factors in this host-pathogen interaction. Using this assay, whole genome screens can be completed in only a few months, which can dramatically simplify the task of identifying drug targets, potentially without the need for laborious biochemical purification approaches.
We also report here a variation of our method that substitutes the gram-positive bacterium Enterococcus faecalis for the gram-negative pathogen P. aeruginosa. Much as is the case for P. aeruginosa, killing by E. faecalis is time-dependent. Unlike previous C. elegans&#8212;E. faecalis assays, our assay for E. faecalis does not require preinfection, improving its safety profile and reducing the chances of contaminating liquid-handling equipment. The assay is highly robust, showing ~95% death rates 96 h post infection.

A High-throughput, High-content, Liquid-based C. elegans Pathosystem

Here we describe a protocol that is an adaptable, whole host, high-content screening tool that can be utilized to study host-pathogen interactions and be used for drug discovery.

高スループット、高コンテンツ、液体ベースのc. の elegans病態システム

The number of new drugs identified by traditional, in vitro screens has waned, reducing the success of this approach in the search for new weapons to ...

Selective Cleaning of Wild Caenorhabditis Nematodes to Enrich for Intestinal Microbiome Bacteria

Caenorhabditis elegans (C. elegans)&#160;has proven to be an excellent model for studying host-microbe interactions and the microbiome, especially in the context of the intestines. Recently, ecological sampling of wild Caenorhabditis nematodes has discovered a diverse array of associated microbes, including bacteria, viruses, fungi, and microsporidia. Many of these microbes have interesting colonization or infection phenotypes that warrant further study, but they are often unculturable. This protocol presents a method to enrich the desired intestinal microbes in C. elegans and related nematodes and reduce the presence of the many contaminating microbes adhering to the cuticle. This protocol involves forcing animals into the dauer stage of development and using a series of antibiotic and detergent washes to remove external contamination. As dauer animals have physiological changes that protect nematodes from harsh environmental conditions, any intestinal microbes will be protected from these conditions. But, for enrichment to work, the microbe of interest must be maintained when animals develop into dauers. When the animals leave the dauer stage, they are singly propagated into individual lines. F1 populations are then selected for desired microbes or infection phenotypes and against visible contamination. These methods will allow researchers to enrich unculturable microbes in the intestinal lumen, which make up part of the natural microbiome of C. elegans and intracellular intestinal pathogens. These microbes can then be studied for colonization or infection phenotypes and their effects on the host fitness.

Selective Cleaning of Wild Caenorhabditis Nematodes to Enrich for Intestinal Microbiome Bacteria

Wild Caenorhabditis nematodes are associated with many microbes, often in the gut lumen or infecting the intestine. This protocol details a method to enrich unculturable microbes colonizing the intestine, taking advantage of the resistance of the dauer cuticle.

腸内微生物叢細菌を濃縮する野生の カエノアハブディティス 線虫の選択的洗浄

Caenorhabditis elegans (C. elegans)&#160;has proven to be an excellent model for studying host-microbe interactions and the microbiome, especially in the ...

Studying Inherited Immunity in a Caenorhabditis elegans Model of Microsporidia Infection

Inherited immunity describes how some animals can pass on the "memory" of a previous infection to their offspring. This can boost pathogen resistance in their progeny and promote survival. While inherited immunity has been reported in many invertebrates, the mechanisms underlying this epigenetic phenomenon are largely unknown. The infection of Caenorhabditis elegans by the natural microsporidian pathogen Nematocida parisii results in the worms producing offspring that are robustly resistant to microsporidia. The present protocol describes the study of intergenerational immunity in the simple and genetically tractable N. parisii -C. elegans infection model. The current article describes methods for infecting C. elegans and generating immune-primed offspring. Methods are also given for assaying resistance to microsporidia infection by staining for microsporidia and visualizing infection by microscopy. In particular, inherited immunity prevents host cell invasion by microsporidia, and fluorescence in situ hybridization (FISH) can be used to quantify invasion events. The relative amount of microsporidia spores produced in the immune-primed offspring can be quantified by staining the spores with a chitin-binding dye. To date, these methods have shed light on the kinetics and pathogen specificity of inherited immunity, as well as the molecular mechanisms underlying it. These techniques, alongside the extensive tools available for C. elegans research, will enable important discoveries in the field of inherited immunity.

Studying Inherited Immunity in a Caenorhabditis elegans Model of Microsporidia Infection

The infection of Caenorhabditis elegans by the microsporidian parasite Nematocida parisii enables the worms to produce offspring that are highly resistant to the same pathogen. This is an example of inherited immunity, a poorly understood epigenetic phenomenon. The present protocol describes the study of inherited immunity in a genetically tractable worm&#160;model.

微胞子虫感染症の カエノラブディティス・エレガンス モデルにおける遺伝性免疫の研究

Inherited immunity describes how some animals can pass on the "memory" of a previous infection to their offspring. This can boost pathogen resistance in ...

RNA Fluorescence in situ Hybridization (FISH) to Visualize Microbial Colonization and Infection in Caenorhabditis elegans Intestines

The intestines of wild Caenorhabditis nematodes are inhabited by a variety of microorganisms, including gut microbiome bacteria and pathogens, such as microsporidia and viruses. Because of the similarities between Caenorhabditis elegans and mammalian intestinal cells, as well as the power of the C. elegans system, this host has emerged as a model system to study host intestine-microbe interactions in vivo. While it is possible to observe some aspects of these interactions with bright-field microscopy, it is difficult to accurately classify microbes and characterize the extent of colonization or infection without more precise tools. RNA fluorescence in situ hybridization (FISH) can be used as a tool to identify and visualize microbes in nematodes from the wild or to experimentally characterize and quantify infection in nematodes infected with microbes in the lab. FISH probes, labeling the highly abundant small subunit ribosomal RNA, produce a bright signal for bacteria and microsporidian cells. Probes designed to target conserved regions of ribosomal RNA common to many species can detect a broad range of microbes, whereas targeting divergent regions of the ribosomal RNA is useful for narrower detection. Similarly, probes can be designed to label viral RNA. A protocol for RNA FISH staining with either paraformaldehyde (PFA) or acetone fixation is presented. PFA fixation is ideal for nematodes associated with bacteria, microsporidia, and viruses, whereas acetone fixation is necessary for the visualization of microsporida spores. Animals were first washed and fixed in paraformaldehyde or acetone. After fixation, FISH probes were incubated with samples to allow for the hybridization of probes to the desired target. The animals were again washed and then examined on microscope slides or using automated approaches. Overall, this FISH protocol enables detection, identification, and quantification of the microbes that inhabit the C. elegans intestine, including microbes for which there are no genetic tools available.

RNA Fluorescence in situ Hybridization FISH to Visualize Microbial Colonization and Infection in Caenorhabditis elegans Intestines

Intestinal microbes, including extracellular bacteria and intracellular pathogens like the Orsay virus and microsporidia (fungi), are often associated with wild Caenorhabditis nematodes. This article presents a protocol for detecting and quantifying microbes that colonize and/or infect C. elegans nematodes, and for measuring pathogen load after controlled infections in the lab.

RNA蛍光 in situ ハイブリダイゼーション(FISH)による カエノラブディティスエレガンス 腸における微生物のコロニー形成と感染を可視化

The intestines of wild Caenorhabditis nematodes are inhabited by a variety of microorganisms, including gut microbiome bacteria and pathogens, such as ...

Automating Aggregate Quantification in Caenorhabditis elegans

A rise in the prevalence of neurodegenerative protein conformational diseases (PCDs) has fostered a great interest in this subject over the years. This increased attention has called for the diversification and improvement of animal models capable of reproducing disease phenotypes observed in humans with PCDs. Though murine models have proven invaluable, they are expensive and are associated with laborious, low-throughput methods. Use of the Caenorhabditis elegans nematode model to study PCDs has been justified by its relative ease of maintenance, low cost, and rapid generation time, which allow for high-throughput applications. Additionally, high conservation between the C. elegans and human genomes makes this model an invaluable discovery tool. Nematodes that express fluorescently tagged tissue-specific polyglutamine (polyQ) tracts exhibit age- and polyQ length-dependent aggregation characterized by fluorescent foci. Such reporters are often employed as proxies to monitor changes in proteostasis across tissues. Manual aggregate quantification is time-consuming, limiting experimental throughput. Furthermore, manual foci quantification can introduce bias, as aggregate identification can be highly subjective. Herein, a protocol consisting of worm culturing, image acquisition, and data processing was standardized to support high-throughput aggregate quantification using C. elegans that express intestine-specific polyQ. By implementing a C. elegans-based image processing pipeline using CellProfiler, an image analysis software, this method has been optimized to separate and identify individual worms and enumerate their respective aggregates. Though the concept of automation is not entirely unique, the need to standardize such procedures for reproducibility, elimination of bias from manual counting, and increase throughput is high. It is anticipated that these methods can drastically simplify the screening process of large bacterial, genomic, or drug libraries using the C. elegans model.

Automating Aggregate Quantification in Caenorhabditis elegans

The following protocol describes the development and optimization of a high-throughput workflow for worm culturing, fluorescence imaging, and automated image processing to quantify polyglutamine aggregates as an assessment of changes in proteostasis.

Caenorhabditis elegansにおける凝集定量の自動化

A rise in the prevalence of neurodegenerative protein conformational diseases (PCDs) has fostered a great interest in this subject over the years. This ...

生物学

High-Throughput Screening of Microbial Isolates with Impact on Caenorhabditis elegans Health

With its small size, short lifespan, and easy genetics, Caenorhabditis elegans offers a convenient platform to study the impact of microbial isolates on host physiology. It also fluoresces in blue when dying, providing a convenient means of pinpointing death. This property has been exploited to develop high-throughput label-free C. elegans survival assays (LFASS). These involve time-lapse fluorescence recording of worm populations set in multiwell plates, from which population median time of death can be derived. The present study adopts the LFASS approach to screen multiple microbial isolates at once for the effects on C. elegans susceptibility to severe heat and oxidative stresses. Such microbial screening pipeline, which can notably be used to prescreen probiotics, using severe stress resistance as a proxy for host health is reported here. The protocol describes how to grow both C. elegans gut microbiota isolate collections and synchronous worm populations in multiwell arrays before combining them for the assays. The example provided covers the testing of 47 bacterial isolates and one control strain on two worm strains, in two stress assays in parallel. However, the approach pipeline is readily scalable and applicable to the screening of many other modalities. Thus, it provides a versatile setup to rapidly survey a multiparametric landscape of biological and biochemical conditions that impact C. elegans health.

High-Throughput Screening of Microbial Isolates with Impact on Caenorhabditis elegans Health

Gut microbes may positively or negatively impact the health of their host via specific or conserved mechanisms. Caenorhabditis elegans is a convenient platform to screen for such microbes. The present protocol describes high-throughput screening of 48 bacterial isolates for impact on nematode stress resistance, used as a proxy for worm health.

カエノラブディティス・エレガンスの健康に影響を与える微生物分離物のハイスループットスクリーニング

With its small size, short lifespan, and easy genetics, Caenorhabditis elegans offers a convenient platform to study the impact of microbial isolates on ...

Using Single-Worm Data to Quantify Heterogeneity in Caenorhabditis elegans-Bacterial Interactions

The nematode Caenorhabditis elegans is a model system for host-microbe and host-microbiome interactions. Many studies to date use batch digests rather than individual worm samples to quantify bacterial load in this organism. Here it is argued that the large inter-individual variability seen in bacterial colonization of the C. elegans intestine is informative, and that batch digest methods discard information that is important for accurate comparison across conditions. As describing the variation inherent to these samples requires large numbers of individuals, a convenient 96-well plate protocol for disruption and colony plating of individual worms is established.

Using Single-Worm Data to Quantify Heterogeneity in Caenorhabditis elegans-Bacterial Interactions

This protocol describes a 96-well disruption of individual bacterially colonized Caenorhabditis elegans following cold paralysis and surface bleaching&#160;to remove external bacteria. The resulting suspension is plated on agar plates to allow accurate, medium-throughput quantification of bacterial load in large numbers of individual worms.

単一ワームデータを使用して 、Caenorhabditisエレガンス-細菌相互作用における不均一性を定量化

The nematode Caenorhabditis elegans is a model system for host-microbe and host-microbiome interactions. Many studies to date use batch digests rather ...

の自動分離

要約

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線虫の宿主微生物間相互作用を研究する多彩なIn Vivoモデル

Two Infection Assays to Study Non-Lethal Virulence Phenotypes in C. Albicans using C. Elegans

感染するためのプロトコル

高スループット、高コンテンツ、液体ベースのc. の elegans病態システム

腸内微生物叢細菌を濃縮する野生のカエノアハブディティス線虫の選択的洗浄

微胞子虫感染症のカエノラブディティス・エレガンスモデルにおける遺伝性免疫の研究

RNA蛍光 in situ ハイブリダイゼーション(FISH)によるカエノラブディティスエレガンス腸における微生物のコロニー形成と感染を可視化

Caenorhabditis elegansにおける凝集定量の自動化

カエノラブディティス・エレガンスの健康に影響を与える微生物分離物のハイスループットスクリーニング

単一ワームデータを使用して、Caenorhabditisエレガンス-細菌相互作用における不均一性を定量化

の自動分離

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線虫の宿主微生物間相互作用を研究する多彩なIn Vivoモデル

Two Infection Assays to Study Non-Lethal Virulence Phenotypes in C. Albicans using C. Elegans

感染するためのプロトコル

高スループット、高コンテンツ、液体ベースのc. の elegans病態システム

腸内微生物叢細菌を濃縮する野生の カエノアハブディティス 線虫の選択的洗浄

微胞子虫感染症の カエノラブディティス・エレガンス モデルにおける遺伝性免疫の研究

RNA蛍光 in situ ハイブリダイゼーション(FISH)による カエノラブディティスエレガンス 腸における微生物のコロニー形成と感染を可視化

Caenorhabditis elegansにおける凝集定量の自動化

カエノラブディティス・エレガンスの健康に影響を与える微生物分離物のハイスループットスクリーニング

単一ワームデータを使用して 、Caenorhabditisエレガンス-細菌相互作用における不均一性を定量化

腸内微生物叢細菌を濃縮する野生のカエノアハブディティス線虫の選択的洗浄

微胞子虫感染症のカエノラブディティス・エレガンスモデルにおける遺伝性免疫の研究

RNA蛍光 in situ ハイブリダイゼーション(FISH)によるカエノラブディティスエレガンス腸における微生物のコロニー形成と感染を可視化

単一ワームデータを使用して、Caenorhabditisエレガンス-細菌相互作用における不均一性を定量化