1. זיהום של המקרופאגים עם ח&#39; capsulatum, ג אלביקנס <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 16 שעות לפני ההדבקה, מקרופאגים זרעים בצפיפות רצויה ב24 גם צלחות. בפרוטוקול זה, צפיפות של 3.0 x 10 5 תאים / גם הייתה בשימוש. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף תאים פטרייתיים בצמיחת יומן שלב בריבוי רצוי של זיהום (משרד הפנים). פרוטוקול זה יכול להכיל מגוון של משרד הפנים (0.2-5.0). להדבקת RAW264.7 מקרופאגים עם ח&#39; capsulatum, השתמשנו במשרד פנים של 0.2. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בעקבות 1.5 שעות כדי לאפשר לphagocytosis, לשטוף מקרופאגים שלוש פעמים עם PBS להסיר פטריות תאית. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> דגירה של מספר רצוי של שעות לפני ניתוח מדגם. במשרד פנים נמוך (0.2 בניסוי שלנו), תאי macrophage נגועים להישאר קיימא במשך כמה ימים, וניתן לנתח דגימות בערך כל 12-24 שעות. </li></ol> 2. תמוגה מקרופאג <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לשחרר את פטריות מתאי macrophage, להסיר תקשורת, לשטוף 3 פעמים עם PBS, ולהוסיף 0.5 מיליליטר מים סטריליים. בתנאים אלה, יהיו lyse מקרופאגים ותאי פטריות יישארו ללא שינוי. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> דגירה במשך 5 דקות בטמפרטורת חדר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> העבר lysate לצינור סטרילי, לשמור על קרח. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> העבר את 20 lysate μl לצינור נפרד, ולאחר מכן להוסיף פתרון PI 20 AO / μl. להמשיך ישירות לשלב 5: &quot;לדוגמא הכנה לניתוח cytometric תמונה&quot; </li></ol> 3. ציפוי CFU <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לבצע דילול של פי עשרה מlysates (משלב 2.3) בתקשורת. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> צלחת μl 100 של דילול כל, בשני עותקים, על צלחות HMM-agarose. דגירה צלחות בתא humidified על 37 מעלות צלזיוס עם 5% CO 2 למשך 7-8 ימים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לספור ידני מושבות על צלחות מוצגות מינימום של 100 ועד למקסימום של 1,000 מושבות נפרדות. </li></ol> 4. ויזואליזציה של פטריות בתוך המקרופאגים חיים <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לאסוף מקרופאגים חיים, לשטוף תאים 3 פעמים עם PBS. הוסף 0.5 מ&quot;ל PBS ו דגירה במשך 30 דקות ב 4 ° C.</li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי להסיר מקרופאגים מבארות תרבית רקמה, בעדינות פיפטה מעלה ומטה מספר פעמים. העבר את הנוזל לצינור סטרילי, לשמור על קרח. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> העבר את 20 מדגם μl לצינור נפרד, ולאחר מכן להוסיף פתרון PI 20 AO / μl. להמשיך ישירות לשלב 5: &quot;לדוגמא הכנה לניתוח cytometric תמונה&quot;. </li></ol> 5. לדוגמא הכנה לניתוח cytometric תמונה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פיפטה מדגם היעד ביסודיות ולאחר מכן להעביר 20 μl של דגימה לתוך תא ספירת תאים חד פעמי. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אפשר התאים להתיישב בחדר למשך 30 שניות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכנס לספור קאמרית לcytometer התמונה. </li></ol> 6. התקנת מכשיר Cellometer <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכנס את מודולים אופטיים הקרינה: VB-535-402 ו-VB-660-502 למערכת ולוודא שהם נעולים במקום. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> VB-535-402 (עירור ב 475 ננומטר, פליטה ב 535 ננומטר) משמש לacridine כתום וגילוי ה-GFP. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> VB-660-502 (excitatiב540 ננומטר, פליטה ב 660 ננומטר) משמשת לזיהוי יודיד propidium. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הפעל cytometer התמונה ולפתוח את התוכנה הנלווית. </li></ol> 7. התקנת תוכנת Cellometer <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בחר את &quot;סוג assay&quot; הקבוע מראש ו&quot; סוג סלולרי &quot;בתפריט הנפתח Assay. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לכדאיות, assay הוא מותאם לacridine כתום וזיהוי יודיד propidium. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לצורך זיהוי של זיהום קנדידה אלביקנס, assay מתוכנן לגילוי ה-GFP. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בחר &quot;אפשרויות&quot; בחלק העליון ולחץ על &quot;תמונת רקע לקחת&quot;, ולאפשר את הפעולה כדי להשלים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על &quot;תמונה בהירה שדה תצוגה מקדימה&quot;. </li></ol> 8. הליך רכישת תמונה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכנס את המדגם קאמרי המוכן לcytometer התמונה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> השתמש בכפתור הפוקוס ולהתאים את הפוקוס. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פעם אחת בפוקוס, לחץ על &quot;רוזן&quot;, ולאפשר את פעולת רכישת התמונה כדי להשלים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> רמוve חדר ספירה חד פעמי ולהשליך כראוי. </li></ol> 9. ניתוח נתוני תמונה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ריכוז ומדידת כדאיות <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ברגע שהספירה הושלמה, הריכוז ויכולת הקיום של תאי המטרה מוצגים בדף התוצאות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על &quot;יצוא&quot; כדי לייצא את הנתונים לFCS Express 4 לניתוח אוכלוסיית תאי ה-GFP בניסוי זיהום קנדידה אלביקנס. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ניתוח FCS אקספרס של תאים נגועים בקנדידה אלביקנס <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לייבא את קובץ &quot;. NXDAT&quot; לFCS Express 4 ועלילה את התוצאות ביסטוגרמה פלואורסצנטי. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> החל שער אוכלוסיית תא ליסטוגרמה כדי לקבוע את אחוזי האוכלוסייה של תאים נגועים בקנדידה אלביקנס. </li></ol></li></ol>

<ol>
	<li>Worsham, P. L., Goldman, W. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+plating+of+Histoplasma+capsulatum+without+addition+of+conditioned+medium+or+siderophores.">Quantitative plating of Histoplasma capsulatum without addition of conditioned medium or siderophores.</a> J. Med. Vet. Mycol. 26, 137-143 (1988).</li><li>Goihman-Yahr, M., Pine, L., Albornoz, M. C., Yarzabal, L., de Gomez, M. H., San Martin, B., Ocanto, A., Molina, T., Convit, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Studies+on+plating+efficiency+and+estimation+of+viability+of+suspensions+of+Paracoccidioides+brasiliensis+yeast+cells.">Studies on plating efficiency and estimation of viability of suspensions of Paracoccidioides brasiliensis yeast cells.</a> Mycopathologia. 71, 73-83 (1980).</li><li>Bhatti, M. A., Hjertstedt, J., Hahn, B. L., Sohnle, P. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inefficient+delivery+of+yeast+cells+as+an+explanation+for+reduced+plating+efficiency+of+Candida+albicans.">Inefficient delivery of yeast cells as an explanation for reduced plating efficiency of Candida albicans.</a> Med. Mycol. 40, 465-469 (2002).</li><li>Chang, W. L., vander Heyde, H. C., Klein, B. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Flow+cytometric+quantitation+of+yeast:+a+novel+technique+for+use+in+animal+model+work+and+in+vitro+immunologic+assays.">Flow cytometric quantitation of yeast: a novel technique for use in animal model work and in vitro immunologic assays.</a> Journal of Immunological Methods. 211, 51-63 (1998).</li><li>Green, L., Petersen, B., Steimel, L., Haeber, P., Current, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+determination+of+antifungal+activity+by+flow+cytometry.">Rapid determination of antifungal activity by flow cytometry.</a> Journal of Clinical Microbiology. 32, 1088-1091 (1994).</li><li>Kirk, S. M., Callister, S. M., Lim, L. C., Schell, R. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+susceptibility+testing+of+Candida+albicans+by+flow+cytometry.">Rapid susceptibility testing of Candida albicans by flow cytometry.</a> Journal of Clinical Microbiology. 35, 358-363 (1997).</li><li>Chan, L. L. -. Y., Lai, N., Wang, E., Smith, T., Yang, X., Lin, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+rapid+detection+method+for+apoptosis+and+necrosis+measurement+using+the+Cellometer+imaging+cytometry.">A rapid detection method for apoptosis and necrosis measurement using the Cellometer imaging cytometry.</a> Apoptosis. 16, 1295-1303 (2011).</li><li>Chan, L. L. -. Y., Shen, D., Wilkinson, A. R., Patton, W., Lai, N., Chan, E., Kuksin, D., Lin, B., Qiu, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+image-based+cytometry+method+for+autophagy+detection+in+living+cells.">A novel image-based cytometry method for autophagy detection in living cells.</a> Autophagy. 8, 1371-1382 (2012).</li><li>Chan, L. L., Wilkinson, A. R., Paradis, B. D., Lai, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+Image-based+Cytometry+for+Comparison+of+Fluorescent+Viability+Staining+Methods.">Rapid Image-based Cytometry for Comparison of Fluorescent Viability Staining Methods.</a> Journal of Fluorescence. 22, 1301-1311 (2012).</li><li>Chan, L. L., Zhong, X., Pirani, A., Lin, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+method+for+kinetic+measurements+of+rare+cell+proliferation+using+Cellometer+image-based+cytometry.">A novel method for kinetic measurements of rare cell proliferation using Cellometer image-based cytometry.</a> J. Immunol. Methods. 377, 8-14 (2012).</li><li>Chan, L. L., Zhong, X., Qiu, J., Li, P. Y., Lin, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cellometer+Vision+as+an+alternative+to+flow+cytometry+for+cell+cycle+analysis,+mitochondrial+potential,+and+immunophenotyping.">Cellometer Vision as an alternative to flow cytometry for cell cycle analysis, mitochondrial potential, and immunophenotyping.</a> Cytom. Part A. 79, 507-517 (2011).</li><li>Hull, C. M., Johnson, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+a+mating+type-like+locus+in+the+asexual+pathogenic+yeast+Candida+albicans.">Identification of a mating type-like locus in the asexual pathogenic yeast Candida albicans.</a> Science. 285, 1271-1275 (1999).</li><li>Berkes, C. A., Chan, L. L., Wilkinson, A., Paradis, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+Quantification+of+Pathogenic+Fungi+by+Cellometer+Image-Based+Cytometry.">Rapid Quantification of Pathogenic Fungi by Cellometer Image-Based Cytometry.</a> J. Micro. Meth. 91, 468-476 (2012).</li><li>Nguyen, V. Q., Sil, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Temperature-induced+switch+to+the+pathogenic+yeast+form+of+Histoplasma+capsulatum+requires+Ryp1,+a+conserved+transcriptional+regulator.">Temperature-induced switch to the pathogenic yeast form of Histoplasma capsulatum requires Ryp1, a conserved transcriptional regulator.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105 (12), 4880-4885 (2008).</li><li>Wenisch, C., Linnau, K. F., Parschalk, B., Zedtwitz-Liebenstein, K., Georgopoulos, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+susceptibility+testing+of+fungi+by+flow+cytometry+using+vital+staining.">Rapid susceptibility testing of fungi by flow cytometry using vital staining.</a> Journal of Clinical Microbiology. 35, 5-10 (1997).</li></ol>

את ליאו Li-יינג צ&#39;אן וParadis בנימין הכותבים הם עובדי Nexcelom Bioscience LLC.

cytometry התמונה מאפשרת למשתמש ללכוד תמונות באיכות גבוהות, ובאמצעות תוכנה מיוחדת, לבצע כימות מהירה של תאים. אתגר אחד פוטנציאל לאימוץ cytometry תמונה בתחום פתוגנזה של חיידקים הוא שהחיידקים שנספרו נמצאים באוכלוסייה מעורבת של תאים, כולל תאי מארח יונקים. כאן, אנו מראים כי cytometry תמונה יכולה לשמש לכימות של שמרים פתוגניים קיימא במהלך הזיהום במקרופאג מבחנה. אמונה את מגמות המתודולוגיה שלנו לא רק משחזרת בצמיחת פטרייתי ואת כדאיות שבנצפתה במהלך מבחני זיהום מקרופאג חוץ גופית, אלא גם מציג את הרגישות משופרת בהשוואה לassay CFU 13 המסורתי. cytometry התמונה מציעה מספר יתרונות מעשיים בהשוואה לספירה או CFU או cytometry זרימה לכימות של תאי שמרים. כאשר ציפוי CFUs, עובדי מעבדה חייבת צלחת כמה dilutיונים על מנת להבטיח מספר מנייה של תאים על כל צלחת, אשר יכול להיות עבודה אינטנסיבית מאוד. cytometry התמונה מבטלת את הצורך בדילולים מרובים. בעבר, הראו כי הקמת מושבה על תקשורת מוצקה היא לעתים קרובות משתנה, ופטריות בריכוזים נמוכות מאוד עלול להיכשל כדי ליצור מושבות בכלל, ואילו cytometry התמונה מאפשרת ספירה של תאים ללא קשר לריכוז 13. היכולת לזהות ולספור פטריות בריכוזים נמוכים מאוד יכולה להיות מאוד שימושית בשלבים המוקדמים של זיהום במינון נמוך, או באישור, כאשר מספרים וכדאיות יכולים להיות בשוליים של זיהוי. בנוסף, הנתונים שנוצרו על ידי cytometry תמונה זמינים באופן מיידי, ואילו מושבות עשויות להימשך מספר ימים כדי להיות גלוי. אמנם ניתן לאתר הרבה מיני פטריות על ידי cytometry הזרימה, האפשרות של זיהום צולב היא דאגה במתקנים משותפים. חדר הספירה השתמש במחקר זה מציע יתרון משמעותי במונחים של בטיחות ביולוגית, כפי שהוא disposabLe ועצמאי. יתר על כן, תמונת cytometry מציעה את היתרונות המעשיים של מחיר נמוך יותר, וטביעת רגל קטנה יותר בהשוואה לזרימת cytometry הקונבנציונלי, אשר יכולה להיות חשוב למחקר קטן 11 מעבדות. בנוסף ליתרונות המעשיים שלה, cytometry התמונה של תאי שמרים מספק מידע שספירת CFU לא יכולה. ראשית, ספירת CFU היא רק מסוגלת לזהות פטריות כי הם מסוגלים להקים מושבה על צמיחת המדיום הנבחר, אשר עשוי שלא לייצג במדויק את מספר פטריות קיימא הנמצאים בניסוי זיהום בזמן אמת. כמו כן, היכולת להקים צמיחת מושבה על תקשורת מוצקה יכולה להשתנות כאשר משווים זני הבר מסוג והמוטציה של פטריות, שיכול להיות מקור להטיית ניסיונית 14, והטיות נסתרות אלה עשויים להתגלות על ידי השוואה של cytometry תמונה וכימות של CFU זני הבר מסוג ומוטציה. ברגע שהתנהגותו של זן מסוים מתאפיינת בוספירת ה CFU וcytometry תמונה, אנו מאמינים cytometry התמונה שיכולה לשמש כאמצעי חלופי לכימות פטרייתי. מגבלה אחת של cytometry בתמונה כללית היא שזה לא מאפשר איסוף של נקודות נתונים רבות כמו cytometry הזרימה. מאז cytometer התמונה נובע מנתונים כמותיים במספר מצומצם של תמונות שנתפסו, קשה למערכת כדי לאסוף נתונים על מאות אלפי למיליוני תאים לכל מדגם. עם זאת, מגבלה זו עשויה להיות לעקיפה על ידי קיבוץ דגימות מרובות לתוך קבוצה אחת של נתונים לניתוח על מנת להגיע לנקודתי נתונים דומות כמו cytometer זרימה. כמו כן, אנו רוצים להדגיש כי שיטת צביעת AO / PI משמשת כאן מייצגת דרך אחת למדידת כדאיות סלולרית, ואינו מצביעה בהכרח על חיוניות ו / או היכולת להקים צמיחה על מצע מוצק בכל מדגם נתון סלולריות. לכן, בעוד שהשיטה שלנו מספקת שיטה קלילה של כימות חי / המת של שמרים, זהגם יהיה מעניין לבדוק את השימוש בcytometry תמונה בשילוב עם אינדיקטורים חילוף חומרים תאיים כגון כיף-1 15. תוכנת cytometry תמונה מזהה וסופרת תאים של עניין המבוסס על גודל וצורה, ולכן, זה קריטי, כי פרמטרים אלה נקבעים בזהירות בכל ניסוי. בעת ביצוע cytometry תמונה עם זן שמרים חדש, אנו מציעים שאחד ראשון להשוות נתונים שנוצרו מתרבית שמרים טהורה לנתונים שנוצרו מתערובת של ספירת שמרים בתוספת תאי פונדקאים כדי להבטיח כי הפרמטרים מוגדרים כך שהתוכנה יכולה להבחין בין שני סוגי תאים. בעתיד, עבודה זו תהיה הבסיס להמשך פיתוח של שיטות כדי לזהות ולכמת את חיידקים באמצעות cytometry תמונה. לדוגמה, פיתוח של שיטות cytometric תמונה כדי לזהות פטריות בתוך homogenates האיברים יהיה שימוש רב בתחום. אתגר נוסף בעתיד יהיה לדevelop ולחדד את שיטות cytometric תמונה ותוכנה כך שהוא יכול לשמש לכימות של תאים חיידקיים. עם ההתקדמות במערכות אופטיות, מצלמות דיגיטליות, ומגוון רחב של כתמי ניאון בתחום, יכולת התמונה ולנתח את אוכלוסיית חיידקים יכול להיות מיושמת בcytometers תמונה, אשר יכול לספק שיטה מהירה יותר לריכוז ויכולת קיום או חיוניות מדידה בהשוואה לשיטות CFU או צפיפות אופטית. לסיכום, העבודה שהוצגה כאן היא הוכחה של קונספט מראה כי cytometry התמונה היא שיטה רגישה לכימות של שמרים פתוגניים. התחכום של תוכנת ניתוח cytometric מבוססת תמונה מציע את ההזדמנות כדי לנתח אינטראקציות בין תאי מארח ופטריות מחוללי מחלות באופן כמותי מאוד. טכנולוגיה זו עשויה להיות מותאמת כדי לטפל במגוון רחב של שאלות מחקר בתחום הפתוגנזה פטרייתי.

מחקרים של פטריות פתוגניים בשיתוף עם המארחים ו / או תאי מארח שלהם לעתים קרובות דורשים כימות של תאים פטרייתיים קיימא לאורך זמן או כמובן בתנאי זיהום שונים. ספירה של יחידות מושבה להרכיב (CFU) היא השיטה הסטנדרטית שבו מספר התאים פטרייתיים קיימא כבר נמדד, לעומת זאת, טכניקה זו יש כמה חסרונות ומגבלות. ראשית, הרבה מיני פטריות הם בצמיחה איטית. צמיחה של מושבות גלויות על תקשורת מוצקה יכולה לקחת 1-2 שבועות, להאט את קצב המחקר באופן משמעותי. שנית, מניפולציה של דגימות במהלך ציפוי CFU היא תהליך מייגע, שכן כמה דילולים חייבים להיות מצופה על מנת להבטיח מספר מנייה של מושבות. שלישית, מספר CFU הוא בדרך כלל נמוך יותר ממספר אורגניזמים קיימא מצופים בגלל יעילות הציפוי היא גם מתחת ל -100%. לדוגמה, ביעילות ציפוי לcapsulatum Histoplasma הפתוגן פטרייתי דימורפית יכולה להיות גבוהה ככל 90%, אך באופן שגרתי הן נמוכות כמו30% והם נמוכים אף יותר (10%) לdimorph brasiliensis הקשור פטרייתי Paracoccidioides 1, 2. ציפוי יעיל לקנדידה אלביקנס כפוף גם לשונות 3. לבסוף, ניתוח CFU מהווה רק תאי חיים ופעילים המסוגלים חלוקת ביסוס צמיחה על תקשורת מוצקה, ואילו במצבים רבים, זה יהיה שימושי כדי לקבוע את הנוכחות והריכוז של תאים מתים שאינם פעילים ו / או חילוף חומרים. בעבר, שיטות תזרים cytometric לכימות של כמה מיני פטריות פתוגניים תוארה 4-6. עם זאת, בשל בעיות בלימת biosafety מעורבות עם השימוש בפתוגנים BSL3 ברמת בטיחות ביולוגית ברמה 2 (BSL2) או על cytometers זרימה משותף, האימוץ של טכניקה זו היה מוגבל. כמו cytometry הזרימה, cytometry התמונה הוא שיטה רגישה ומהירה של תא כימות. עם זאת, ניתן לבצע cytometry תמונה בכל חלק של העלות עם תוצאות דומות 7 -11. כאן, אנו מתארים שיטות לביצוע cytometry תמונה של פטריות פתוגניים בשיתוף עם תאי מארח. אנו מדגימים את השיטות שלנו באמצעות שני פתוגנים פטרייתי אדם: capsulatum Histoplasma וקנדידה אלביקנס ח&#39;. capsulatum הוא פתוגן פטרייתי דימורפית שגורם למחלות בדרכי הנשימה, בבני אדם, שהוא גדל שמרי ניצנים וכמשכפל בתוך מקרופאגים מכתשיים קנדידה אלביקנס הוא מין commensal אדם שלעתים גורם לקנדידה.. אנו מראים כי cytometry התמונה מאפשרת כימות מהירה של שמרים אלה, יחד עם יכולת הדמיה.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="always">
		<tbody>
		 <tr>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>REAGENTS</td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>DMEM</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>11965-084</td>
			<td></td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Fetal Bovine Serum</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>16000044</td>
			<td></td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>AO/PI Solution</td>
			<td>Nexcelom Bioscience</td>
			<td>CSK-0102</td>
			<td></td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Disposable Counting Chamber</td>
			<td>Nexcelom Bioscience</td>
			<td>CHT4-SD100 </td>
			<td></td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>EQUIPMENT</td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Cellometer Vision</td>
			<td>Nexcelom Bioscience</td>
			<td></td>
			<td></td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Cellometer Vision Software</td>
			<td>Nexcelom Bioscience</td>
			<td></td>
			<td></td>
		 </tr>
		</tbody>
 </table>

use of image cytometry for quantification of pathogenic fungi in association with host cells

מחקרים של מנגנוני פתוגנזה הסלולר של שמרים פתוגניים כגון קנדידה אלביקנס, capsulatum Histoplasma, וneoformans Cryptococcus להעסיק זיהום של מארחים יונקים או תאים מארחים (כלומר מקרופאגים) ואחריו כימות שמרים באמצעות מושבה להרכיב יחידת ניתוח או cytometry זרימה בדרך כלל. בעוד ספירת יחידת המושבה להרכיב כבר את השיטה הנפוצה ביותר בתחום, יש לו טכניקה זו חסרונות ומגבלות, כולל צמיחה איטית של כמה מיני פטריות על תקשורת מוצקה ויעילות ציפוי נמוכה ו / או משתנה, וזה מדאיג במיוחד כאשר משווה צמיחה של זני הבר מסוג והמוטציה. cytometry הזרימה יכול לספק מידע כמותי לגבי כדאיות שמרים מהיר, לעומת זאת, האימוץ של גילוי תזרים cytometric לשמרים פתוגניים היה מוגבל למספר סיבות מעשיות הכולל עלות הגבוהה שלה ושיקולי biosafety. הנה, אנחנו מדגימים מבוססי תמונההמתודולוגיה cytometric באמצעות חזון Cellometer (Nexcelom Bioscience, LLC) לכימות של שמרים פתוגניים קיימא בשיתוף התרבות עם מקרופאגים. המחקרים שלנו להתמקד בזיהוי של שני פתוגנים פטרייתי אדם: capsulatum Histoplasma וקנדידה אלביקנס ח&#39;. capsulatum colonizes מקרופאגים מכתשיים ידי שכפול בתוך phagosome מקרופאג, והנה, אנו כמותית להעריך את הצמיחה של ה שמרי capsulatum ב264.7 מקרופאגים RAW באמצעות acridine כתום / מכתים יודיד propidium בשילוב עם cytometry תמונה. השיטה שלנו בנאמנות מגמות צמיחה כפי שהיא נמדדת על ידי משחזרת מושבה מסורתית ויצרה ספירת יחידה, אבל עם רגישות מוגברת באופן משמעותי. בנוסף, אנו ישירות להעריך זיהום של מקרופאגים לחיות עם זן ה-GFP-לבטא של ג אלביקנס. המתודולוגיה שלנו מציעה אמצעי מהיר, מדויק וחסכוני לאיתור וכימות של פתוגנים פטרייתי אדם חשובים בשנינות העמותהתאי מארח h.

אנחנו השתמשנו cytometer תמונת חזון Cellometer לפקח צמיחה של ה capsulatum בתאי macrophage. 264.7 תאי RAW היו נגועים בח&#39; תאי שמרי capsulatum ובנקודות זמן שונים, דגימות היו נתונים לצביעת AO / PI ואחרי ניתוח cytometric מבוסס תמונה. במקביל, דגימות נותחו על ידי ספירת CFU מסורתית. בכל נקודת זמן, דגימות הודגרו במים לlyse מקרופאגים, ותאי השמרים המשוחררים זוהו על ידי תוכנת חזון Cellometer (1A ו-1B דמויות). אנו רואים מגמות דומות מאוד בריכוז של שמרי קיימא זוהה על ידי ניתוח cytometric מבוסס תמונה ופקידת CFU בכל נקודת זמן (איור 1 ג&#39;). כצפוי, המספר המוחלט של שמרי חיים שזוהו על ידי צביעת AO / הצרכן היה גבוה יותר באופן עקבי ממספר השמרים המסוגלים הקמת מושבה על מצע מוצק כפי שהוערך ע&quot;י ניתוח CFU, הדגשת סימןמספרי ificant של תאי קיימא אך אינן מעובדת. ויזואליזציה של תאים פטרייתי בתוך מקרופאגים חיים יכולה להיות מושלמת בעזרת ה-GFP-לבטא זני שמרים. מקרופאגים מח העצם (שמקורם BMDM) היו נגועים בג תאי שמרי אלביקנס לבטא חלבון פלואורסצנטי ירוק (GFP) תחת שליטה של אמרגן ADH1 12 (איור 2 א). זיהום של BMDM עם GFP-ג שמרי אלביקנס בmultiplicities של זיהום (משרד הפנים) הנע 0.1-10 תואם את העלייה הדרגתית בעוצמת GFP בתוך מקרופאגים נגועים (איור 2 א), כמו גם אחוז הכולל של מקרופאגים נגועים (איור 2b). <img alt="איור 1" fo:content-width="3.5in" fo:src="/files/ftp_upload/50599/50599fig1highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50599/50599fig1.jpg" /> איור 1. השוואה בין ניתוח cytometric מבוסס תמונה לCFU<html> ספירה של ה &#39; capsulatum במהלך זיהום במבחנה של 264.7 מקרופאגים RAW. () 264.7 מקרופאגים RAW היו נגועים בח שמרי capsulatum במשרד פנים של 0.2. ב 24 מרווחי הפועל בעקבות זיהום, מקרופאגים היו lysed ושמרי קיימא הוערכו על ידי צביעת AO / PI במקביל לספירת CFU. (ב) נציג brightfield (BR) וFL1/FL2 (ירוק / אדום) תמונות משולבות של AO / PI הצבעוני H . capsulatum שוחרר מ264.7 מקרופאגים RAW lysed. אלגוריתם פילוח נספר רק שמרים חיוביים AO וPI בתמונות הניאון בעוד 264.7 מקרופאגים RAW PI המוכתמים הגדולים (אדום) אינם נכללים. תמונות שנתפסו בהגדלת 10x. (ג) השוואה ישירה של תפוצת שמרים כפי שהוערכה על ידי צביעת AO / PI וספירת CFU. ניתוח רגרסיה ליניארית של מגמות הצמיחה כפי שהיא נמדדת על ידי CFU ותשואת ניתוח Cellometer R 2 = 0.9927./ Files/ftp_upload/50599/50599fig1large.jpg &quot;target =&quot; _blank &quot;&gt; לחץ כאן לצפייה בדמות גדולה. <img alt="איור 2" fo:content-width="5.5in" fo:src="/files/ftp_upload/50599/50599fig2highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50599/50599fig2.jpg" /> איור 2. כימות זיהום BMDM עם זן ה-GFP-לבטא של ג אלביקנס. () כבש brightfield (BR) (למעלה) וניאון (באמצע) תמונות של ה-GFP-ג אלביקנס נגוע BMDMs בהגדלת משרד הפנים. Histograms של עוצמות הקרינה מצביע על עלייה בעוצמת הקרינה ה-GFP כמשרד פן עליות, המייצגת את גידול במספר ג אלביקנס קשור עם תאי BMDM (תחתון). התוכנה זיהתה BMDMs נגוע המבוסס על יישום של סמן ליניארי בבסיס עוצמת הקרינה המוצגת על ידי אוכלוסיית השליטה נגוע (משרד הפנים = 0). (ב) באחוזים infection כפונקציה של משרד הפנים, אשר מראה עלייה בBMDMs נגועות כמו משרד הפנים עליות. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/50599/50599fig2large.jpg" target="_blank">לחץ כאן לצפייה בדמות גדולה.</a>

Watch this Scientific Journal Video about Use of Image Cytometry for Quantification of Pathogenic Fungi in Association with Host Cells at JoVE.com

Use of Image Cytometry for Quantification of Pathogenic Fungi in Association with Host Cells

הנה, אנחנו מדגימים כיצד ניתן להשתמש בcytometry תמונה לכימות של פטריות פתוגניים בשיתוף עם תאי מארח בתרבות. טכניקה זו יכולה לשמש כאלטרנטיבה לספירת CFU.

שימוש cytometry תמונה לכימות של פטריות פתוגניים בשיתוף עם תאי מארח

Studies of the cellular pathogenesis mechanisms of pathogenic yeasts such as Candida albicans, Histoplasma capsulatum, and Cryptococcus neoformans ...

use-image-cytometry-for-quantification-pathogenic-fungi-association

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

12.9K Views.  Merrimack College. הנה, אנחנו מדגימים כיצד ניתן להשתמש בcytometry תמונה לכימות של פטריות פתוגניים בשיתוף עם תאי מארח בתרבות. טכניקה זו יכולה לשמש כאלטרנטיבה לספירת CFU.

Video: Use of Image Cytometry for Quantification of Pathogenic Fungi in Association with Host Cells

Use of an Optical Trap for Study of Host-Pathogen Interactions for Dynamic Live Cell Imaging

Dynamic live cell imaging allows direct visualization of real-time interactions between cells of the immune system1, 2; however, the lack of spatial and temporal control between the phagocytic cell and microbe has rendered focused observations into the initial interactions of host response to pathogens difficult. Historically, intercellular contact events such as phagocytosis3 have been imaged by mixing two cell types, and then continuously scanning the field-of-view to find serendipitous intercellular contacts at the appropriate stage of interaction. The stochastic nature of these events renders this process tedious, and it is difficult to observe early or fleeting events in cell-cell contact by this approach. This method requires finding cell pairs that are on the verge of contact, and observing them until they consummate their contact, or do not. To address these limitations, we use optical trapping as a non-invasive, non-destructive, but fast and effective method to position cells in culture.
Optical traps, or optical tweezers, are increasingly utilized in biological research to capture and physically manipulate cells and other micron-sized particles in three dimensions4. Radiation pressure was first observed and applied to optical tweezer systems in 19705, 6, and was first used to control biological specimens in 19877. Since then, optical tweezers have matured into a technology to probe a variety of biological phenomena8-13.
We describe a method14 that advances live cell imaging by integrating an optical trap with spinning disk confocal microscopy with temperature and humidity control to provide exquisite spatial and temporal control of pathogenic organisms in a physiological environment to facilitate interactions with host cells, as determined by the operator. Live, pathogenic organisms like Candida albicans and Aspergillus fumigatus, which can cause potentially lethal, invasive infections in immunocompromised individuals15, 16 (e.g. AIDS, chemotherapy, and organ transplantation patients), were optically trapped using non-destructive laser intensities and moved adjacent to macrophages, which can phagocytose the pathogen. High resolution, transmitted light and fluorescence-based movies established the ability to observe early events of phagocytosis in living cells. To demonstrate the broad applicability in immunology, primary T-cells were also trapped and manipulated to form synapses with anti-CD3 coated microspheres in vivo, and time-lapse imaging of synapse formation was also obtained. By providing a method to exert fine spatial control of live pathogens with respect to immune cells, cellular interactions can be captured by fluorescence microscopy with minimal perturbation to cells and can yield powerful insight into early responses of innate and adaptive immunity.

A method is described to individually select, manipulate, and image live pathogens using an optical trap coupled to a spinning disk microscope. The optical trap provides spatial and temporal control of organisms and places them adjacent to host cells. Fluorescence microscopy captures dynamic intercellular interactions with minimal perturbation to cells.

השימוש מלכודת אופטית לחקר מארח הפתוגן אינטראקציות עבור הדמיה דינמי תא חי

Dynamic live cell imaging allows direct visualization of real-time interactions between cells of the immune system1, 2; however, the lack of spatial and ...

Use of the EpiAirway Model for Characterizing Long-term Host-pathogen Interactions

Nontypeable Haemophilus influenzae (NTHi) are human-adapted Gram-negative bacteria that can cause recurrent and chronic infections of the respiratory mucosa 1; 2. To study the mechanisms by which these organisms survive on and inside respiratory tissues, a model in which successful long-term co-culture of bacteria and human cells can be performed is required. We use primary human respiratory epithelial tissues raised to the air-liquid interface, the EpiAirway model (MatTek, Ashland, MA). These are non-immortalized, well-differentiated, 3-dimensional tissues that contain tight junctions, ciliated and nonciliated cells, goblet cells that produce mucin, and retain the ability to produce cytokines in response to infection. 
This biologically relevant in vitro model of the human upper airway can be used in a number of ways; the overall goal of this method is to perform long-term co-culture of EpiAirway tissues with NTHi and quantitate cell-associated and internalized bacteria over time. As well, mucin production and the cytokine profile of the infected co-cultures can be determined. This approach improves upon existing methods in that many current protocols use submerged monolayer or Transwell cultures of human cells, which are not capable of supporting bacterial infections over extended periods3. For example, if an organism can replicate in the overlying media, this can result in unacceptable levels of cytotoxicity and loss of host cells, arresting the experiment. The EpiAirway model allows characterization of long-term host-pathogen interactions. Further, since the source for the EpiAirway is normal human tracheo-bronchial cells rather than an immortalized line, each is an excellent representation of actual human upper respiratory tract tissue, both in structure and in function4.
For this method, the EpiAirway tissues are weaned off of anti-microbial and anti-fungal compounds for 2 days prior to delivery, and all procedures are performed under antibiotic-free conditions. This necessitates special considerations, since both bacteria and primary human tissues are used in the same biosafety cabinet, and are co-cultured for extended periods.

This method allows characterization of extended bacterial co-culture with EpiAirways, primary human respiratory epithelial tissue grown at the air-liquid interface, a biologically relevant in vitro model. The approach can be used with any microbe that is amenable to long-term co-culture.

שימוש במודל EpiAirway לאפיון לטווח ארוך מארח הפתוגן אינטראקציות

Nontypeable Haemophilus influenzae  (NTHi) are human-adapted Gram-negative bacteria that can cause recurrent and chronic infections of the respiratory ...

Fluorescence Microscopy Methods for Determining the Viability of Bacteria in Association with Mammalian Cells

Central to the field of bacterial pathogenesis is the ability to define if and how microbes survive after exposure to eukaryotic cells. Current protocols to address these questions include colony count assays, gentamicin protection assays, and electron microscopy. Colony count and gentamicin protection assays only assess the viability of the entire bacterial population and are unable to determine individual bacterial viability. Electron microscopy can be used to determine the viability of individual bacteria and provide information regarding their localization in host cells. However, bacteria often display a range of electron densities, making assessment of viability difficult. This article outlines protocols for the use of fluorescent dyes that reveal the viability of individual bacteria inside and associated with host cells. These assays were developed originally to assess survival of Neisseria gonorrhoeae in primary human neutrophils, but should be applicable to any bacterium-host cell interaction. These protocols combine membrane-permeable fluorescent dyes (SYTO9 and 4&#39;,6-diamidino-2-phenylindole [DAPI]), which stain all bacteria, with membrane-impermeable fluorescent dyes (propidium iodide and SYTOX Green), which are only accessible to nonviable bacteria. Prior to eukaryotic cell permeabilization, an antibody or fluorescent reagent is added to identify extracellular bacteria. Thus these assays discriminate the viability of bacteria adherent to and inside eukaryotic cells. A protocol is also provided for using the viability dyes in combination with fluorescent antibodies to eukaryotic cell markers, in order to determine the subcellular localization of individual bacteria. The bacterial viability dyes discussed in this article are a sensitive complement and/or alternative to traditional microbiology techniques to evaluate the viability of individual bacteria and provide information regarding where bacteria survive in host cells.

Central to the field of bacterial pathogenesis is the ability to define if and how microbes survive after exposure to eukaryotic cells. This article outlines protocols for the use of fluorescent dyes that reveal the viability of individual bacteria inside and associated with host cells.

שיטות מיקרוסקופית הקרינה לקביעת הכדאיות של חיידקים באיגוד עם תאי יונקים

Central to the field of bacterial pathogenesis is the ability to define if and how microbes survive after exposure to eukaryotic cells. Current protocols ...

Porphyromonas gingivalis as a Model Organism for Assessing Interaction of Anaerobic Bacteria with Host Cells

Anaerobic bacteria far outnumber aerobes in many human niches such as the gut, mouth, and vagina. Furthermore, anaerobic infections are common and frequently of indigenous origin. The ability of some anaerobic pathogens to invade human cells gives them adaptive measures to escape innate immunity as well as to modulate host cell behavior. However, ensuring that the anaerobic bacteria are live during experimental investigation of the events may pose challenges. Porphyromonas gingivalis, a Gram-negative anaerobe, is capable of invading a variety of eukaryotic non-phagocytic cells. This article outlines how to successfully culture and assess the ability of P. gingivalis to invade human umbilical vein endothelial cells (HUVECs). Two protocols were developed: one to measure bacteria that can successfully invade and survive within the host, and the other to visualize bacteria interacting with host cells. These techniques necessitate the use of an anaerobic chamber to supply P. gingivalis with an anaerobic environment for optimal growth.
The first protocol is based on the antibiotic protection assay, which is largely used to study the invasion of host cells by bacteria. However, the antibiotic protection assay is limited; only intracellular bacteria that are culturable following antibiotic treatment and host cell lysis are measured. To assess all bacteria interacting with host cells, both live and dead, we developed a protocol that uses fluorescent microscopy to examine host-pathogen interaction. Bacteria are fluorescently labeled with 2&#39;,7&#39;-Bis-(2-carboxyethyl)-5-(and-6)-carboxyfluorescein acetoxymethyl ester (BCECF-AM) and used to infect eukaryotic cells under anaerobic conditions. Following fixing with paraformaldehyde and permeabilization with 0.2% Triton X-100, host cells are labeled with TRITC phalloidin and DAPI to label the cell cytoskeleton and nucleus, respectively. Multiple images taken at different focal points (Z-stack) are obtained for temporal-spatial visualization of bacteria. Methods used in this study can be applied to any cultivable anaerobe and any eukaryotic cell type.

Porphyromonas gingivalis as a Model Organism for Assessing Interaction of Anaerobic Bacteria with Host Cells

This article presents two protocols: one to measure anaerobic bacteria that can successfully invade and survive within the host, and the other to visualize anaerobic bacteria interacting with host cells. This study can be applied to any cultivable anaerobe and any eukaryotic cell type.

gingivalis Porphyromonas כאורגניזם מודל להערכת אינטראקציה של חיידקים אנאירוביים עם תאי מארח

Anaerobic bacteria far outnumber aerobes in many human niches such as the gut, mouth, and vagina. Furthermore, anaerobic infections are common and ...

The Use of Flow Cytometry to Assess the State of Chromatin in T Cells

During a proper immune response, quiescent T cells become activated upon antigen presentation to their antigen-specific T cell receptor. This leads to clonal proliferation of only those T cells that bear a receptor that recognizes the antigen. Chromatin decondensation is a hallmark of T cell activation and is required for T cells to acquire the ability to proliferate after antigen engagement. This change in chromatin condensation can be detected using antibodies raised against histone proteins. These antibodies cannot bind to their epitopes in na&#239;ve T cells as well as they can in activated T cells. We describe how to simultaneously stain T cell-specific surface markers, track viability with a fixable dead cell stain, and measure chromatin status via intracellular staining of Histone H3 proteins. Stained cells are analyzed by flow cytometry and chromatin condensation status is measured as the mean fluorescence intensity (MFI) of the Histone H3 stain. Chromatin decondensation during T cell activation is demonstrated as an increase in the MFI

Flow cytometry can be utilized to assess the state of chromatin within T cells. This protocol allows scientists to interpret evidence of chromatin decondensation during T cell activation demonstrated by an increase in the mean florescence intensity (MFI) of fluorescent Histone H3 antibodies

השימוש בcytometry הזרימה מנת להעריך את המצב של הכרומטין בתאי T

During a proper immune response, quiescent T cells become activated upon antigen presentation to their antigen-specific T cell receptor. This leads to ...

Multicolor Flow Cytometry-based Quantification of Mitochondria and Lysosomes in T Cells

T cells utilize different metabolic programs to match their functional needs during differentiation and proliferation. Mitochondria are crucial cellular components responsible for supplying cell energy; however, excess mitochondria also produce reactive oxygen species (ROS) that could cause cell death. Therefore, the number of mitochondria must constantly be adjusted to fit the needs of the cells. This dynamic regulation is achieved in part through the function of lysosomes that remove surplus/damaged organelles and macromolecules. Hence, cellular mitochondrial and lysosomal contents are key indicators to evaluate the metabolic adjustment of cells. With the development of probes for organelles, well-characterized lysosome or mitochondria-specific dyes have become available in various formats to label cellular lysosomes and mitochondria. Multicolor flow cytometry is a common tool to profile cell phenotypes, and has the capability to be integrated with other assays. Here, we present a detailed protocol of how to combine organelle-specific dyes with surface markers staining to measure the amount of lysosomes and mitochondria in different T cell populations on a flow cytometer.

This article illustrates a powerful method to quantify mitochondria or lysosomes in living cells. The combination of lysosome- or mitochondria-specific dyes with fluorescently conjugated antibodies against surface markers allows the quantification of these organelles in mixed cell populations, like primary cells harvested from tissue samples, by using multicolor flow cytometry.

כימות מבוססי Cytometry זרימה ססגוניות של המיטוכונדריה, Lysosomes בתאי T

T cells utilize different metabolic programs to match their functional needs during differentiation and proliferation. Mitochondria are crucial cellular ...

An Advanced Murine Model for Nonalcoholic Steatohepatitis in Association with Type 2 Diabetes

Obesity is associated with chronic low-grade inflammation and insulin resistance, contributing to an increasing prevalence of chronic metabolic diseases, such as type 2 diabetes and nonalcoholic steatohepatitis (NASH). Recent research has established that pro-inflammatory immune cells infiltrate obese hypertrophic adipose tissue and liver. Given the emerging importance of immune cells in the context of metabolic homeostasis, there is a critical need to quantify and characterize their modification during the development of type 2 diabetes and NASH. However, animal models that induce pathophysiological features typical of human NASH are sparse.
In this article, we provide a detailed protocol to identify immune cell subsets isolated from liver and adipose tissue in a reliable mouse model of NASH, established by housing high-fat diet (HFD) mice under non-specific pathogen-free (SPF) conditions without a barrier for at least seven weeks. We demonstrate the handling of mice in non-SPF conditions, digestion of the tissues and identification of macrophages, natural killer (NK) cells, dendritic cells, B and T cell subsets by flow cytometry. Representative flow cytometry plots from SPF HFD mice and non-SPF mice are provided. To obtain reliable and interpretable data, the use of antibodies, accurate and precise methods for tissue digestion and proper gating in flow cytometry experiments are critical elements.
The intervention to restore physiological antigen exposure in mice by housing them in non-SPF conditions and unspecific exposure to microbial antigens could provide a relevant tool for investigating the link between immunological alterations, diet-induced obesity and related long term complications.

A simple and reliable diet-induced rodent animal model for nonalcoholic steatohepatitis (NASH) is described, achieved through non-SPF housing of the animals and administration of a specific high-fat diet. We describe identification of hepatic and adipose immune cell subsets to recapitulate human immunological conditions by exposing mice to environmental germs.

מודל Murine מתקדם לאגודה לדלקת כבד Nonatoin עם סוכרת מסוג 2

Obesity is associated with chronic low-grade inflammation and insulin resistance, contributing to an increasing prevalence of chronic metabolic diseases, ...

Preparation of Whole Bone Marrow for Mass Cytometry Analysis of Neutrophil-lineage Cells

In this article, we present a protocol that is optimized to preserve neutrophil-lineage cells in fresh BM for whole BM CyTOF analysis. We utilized a myeloid-biased 39-antibody CyTOF panel to evaluate the hematopoietic system with a focus on the neutrophil-lineage cells by using this protocol. The CyTOF result was analyzed with an open-resource dimensional reduction algorithm, viSNE, and the data was presented to demonstrate the outcome of this protocol. We have discovered new neutrophil-lineage cell populations based on this protocol. This protocol of fresh whole BM preparation may be used for 1), CyTOF analysis to discover unidentified cell populations from whole BM, 2), investigating whole BM defects for patients with blood disorders such as leukemia, 3), assisting optimization of fluorescence-activated flow cytometry protocols that utilize fresh whole BM.

Here, we present a protocol to process fresh bone marrow (BM) isolated from mouse or human for high-dimensional mass cytometry (Cytometry by Time-Of-Flight, CyTOF) analysis of neutrophil-lineage cells.

הכנת מח עצם שלם לניתוח המוני Cy, לטיפול בניופיל-תאי השושלת

In this article, we present a protocol that is optimized to preserve neutrophil-lineage cells in fresh BM for whole BM CyTOF analysis. We utilized a ...

Double Labeling Immunofluorescence using Antibodies from the Same Species to Study Host-Pathogen Interactions

Nowadays, it is possible to find a wide range of molecular tools available to study parasite-host cell interactions. However, some limitations exist to obtain commercial monoclonal or polyclonal antibodies that recognize specific cell structures and proteins in parasites. Besides, there are few commercial antibodies available to label trypanosomatids. Usually, polyclonal antibodies against parasites are prepared in-house and could be more challenging to use in combination with other antibodies produced in the same species. Here, the protocol demonstrates how to use polyclonal and monoclonal antibodies raised in the same species to perform double labeling immunofluorescence to study host cell and pathogen interactions. To achieve the double labeling immunofluorescence, it is crucial to incubate first the mouse polyclonal antibody and then follow the incubation with the secondary mouse IgG antibody conjugated to any fluorochrome. After that, an additional blocking step is necessary to prevent any trace of the primary antibody from being recognized by the next secondary antibody. Then, a mouse monoclonal antibody and its specific IgG subclass secondary antibody conjugated to a different fluorochrome are added to the sample at the appropriate times. Additionally, it is possible to perform triple labeling immunofluorescence using a third antibody raised in a different species. Also, structures such as nuclei and actin can be stained subsequently with their specific compounds or labels. Thus, these approaches presented here can be adjusted for any cell whose sources of primary antibodies are limited.

Here, the protocol describes how to perform double labeling immunofluorescence using primary antibodies raised in the same species to study host-pathogen interactions. Also, it can include the third antibody from a different host in this protocol. This approach can be made in any cell type and pathogens.

תיוג כפול immunofluorescence באמצעות נוגדנים מאותו המין כדי לחקור אינטראקציות מארח-פתוגן

Nowadays, it is possible to find a wide range of molecular tools available to study parasite-host cell interactions. However, some limitations exist to ...

Analysis of SAMHD1 Restriction by Flow Cytometry in Human Myeloid U937 Cells

Sterile &#945;-motif/histidine-aspartate domain-containing protein 1 (SAMHD1) inhibits replication of HIV-1 in quiescent myeloid cells. U937 cells are widely used as a convenient cell system for analyzing SAMHD1 activity due to a low level of SAMHD1 RNA expression, leading to undetectable endogenous protein expression. Based on similar assays developed in the Stoye laboratory to characterize other retroviral restriction factors, the Bishop lab developed a two-color restriction assay to analyze SAMHD1 in U937 cells. Murine Leukaemia Virus-like particles expressing SAMHD1, alongside YFP expressed from an IRES, are used to transduce U937 cells. Cells are then treated with phorbol myristate acetate to induce differentiation to a quiescent phenotype. Following differentiation, cells are infected with HIV-1 virus-like particles expressing a fluorescent reporter. After 48 h, cells are harvested and analyzed by flow cytometry. The proportion of HIV-infected cells in the SAMHD1-expressing population is compared to that in internal control cells lacking SAMHD1. This comparison reveals a restriction ratio. SAMHD1 expression leads to a five-fold reduction in HIV infection, corresponding to a restriction ratio of 0.2. Our recent substitution of RFP for the original GFP as the reporter gene for HIV infection has facilitated flow cytometry analysis.
This assay has been successfully used to characterize the effect of amino acid substitutions on SAMHD1 restriction by transducing with viruses encoding altered SAMHD1 proteins, derived from site-directed mutagenesis of the expression vector. For example, the catalytic site substitutions HD206-7AA show a restriction phenotype of 1, indicating a loss of restriction activity. Equally, the susceptibility of different tester viruses can be determined. The assay can be further adapted to incorporate the effect of differentiation status, metabolic status, and SAMHD1 modifiers to better understand the relationship between SAMHD1, cell metabolic state, and viral restriction.

Described here is an established method to determine the extent of HIV-1 restriction by the cellular inhibitory protein SAMHD1. Human myeloid lineage U937 cells are transduced with a SAMHD1 expression vector co-expressing YFP, differentiated and then challenged with HIV-RFP. The level of restriction is determined by flow cytometry analysis.

ניתוח של הגבלת SAMHD1 על ידי ציטומטריה של זרימה בתאי מיאלואיד U937 אנושיים

Sterile &#945;-motif/histidine-aspartate domain-containing protein 1 (SAMHD1) inhibits replication of HIV-1 in quiescent myeloid cells. U937 cells are ...