Isolement de noyaux à partir de tissu adipeux intermusculaire humain et séquençage d’ARN à noyaux uniques en aval

Notre groupe de recherche tente de comprendre la composition cellulaire et les profils transcriptionnels spécifiques aux cellules du tissu adipeux intermusculaire ou IMAT chez l’homme. L’IMAT est en fait un dépôt adipeux ectopique résidant entre et autour des fibres musculaires. La tomodensitométrie et l’IRM ont permis de quantifier le volume de l’IMAT et ont récemment montré qu’il augmente avec l’âge et l’IMC, et qu’il est également associé à des maladies dégénératives musculaires.

Des études in vitro sur le sécrétome ont récemment montré que les protéines sécrétées par l’IMAT ont la capacité d’influencer la sensibilité à l’insuline, les profils inflammatoires et l’expression des protéines contractiles dans le muscle squelettique humain. La quantité limitée de tissu IMAT collectée lors des biopsies et la nature chargée de lipides des adipocytes rendent ce tissu incompatible avec la digestion tissulaire et le RNA-Seq sur cellule unique. Par conséquent, nous voulions développer un protocole qui effectuait l’isolement des noyaux sur de petites quantités de tissu qui pourraient ensuite être utilisées dans le RNA-Seq de noyaux uniques en aval.

Ce protocole permettra aux chercheurs de déterminer les altérations de la composition et de la transcription spécifique aux cellules qui se produisent dans l’IMAT dans différents états de maladie métabolique et en réponse à des interventions. Nous espérons que ces informations seront cruciales dans le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques pour aider à soulager les maladies métaboliques en ciblant directement l’IMAT ou ses facteurs sécrétés. Le domaine manque cruellement de données sur la biologie de l’IMAT, ses origines cellulaires et la communication avec d’autres cellules, résidant à la fois à l’intérieur et à l’extérieur de l’IMAT, ainsi que ses réponses moléculaires aux interventions sur le mode de vie, telles que l’alimentation et l’exercice ou la pharmacothérapie.

Toutes ces questions de recherche sont clés pour notre groupe.