JoVE Journal

Genetics

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Nanyang Technological University

Exploring the Root Microbiome: Extracting Bacterial Community Data from the Soil, Rhizosphere, and Root Endosphere

Here, we describe a protocol to obtain amplicon sequence data of soil, rhizosphere, and root endosphere microbiomes. This information can be used to investigate the composition and diversity of plant-associated microbial communities, and is suitable for the use with a wide range of plant species.

Chapitres dans cette vidéo

0:05

Title

0:46

Collection and Separation of Root Endosphere, Rhizosphere, and Soil Samples

2:47

DNA Extraction

4:11

Amplicon Library Preparation and Submission

8:21

Results: Effective DNA Amplification

9:10

Conclusion

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