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Genetics

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Nanyang Technological University

Site d'intégration bidirectionnel Retroviral Méthodologie PCR et analyse de données quantitatives Workflow

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10.7K Views

•

12:53 min

•

June 14th, 2017

DOI :

10.3791/55812-v

June 14th, 2017

•

Gajendra W. Suryawanshi*¹^,², Song Xu*³, Yiming Xie¹, Tom Chou³, Namshin Kim⁴, Irvin S. Y. Chen¹^,⁵, Sanggu Kim⁶

¹UCLA AIDS Institute, University of California at Los Angeles (UCLA), ²Department of Microbiology, Immunology, & Molecular Genetics, University of California at Los Angeles (UCLA), ³Departments of Biomathematics and Mathematics, University of California at Los Angeles (UCLA), ⁴Personalized Genomic Medicine Research Center, Division of Strategic Research Groups, Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology, ⁵Department of Medicine, University of California at Los Angeles (UCLA), ⁶Department of Veterinary Biosciences, College of Veterinary Medicine, The Ohio State University (OSU)

Résumé

Ce manuscrit décrit la procédure expérimentale et l'analyse de logiciel pour un test de site d'intégration bidirectionnelle qui peut analyser simultanément l'ADN de jonction vecteur-hôte en amont et en aval. Les produits de PCR bidirectionnels peuvent être utilisés pour toute plate-forme de séquençage en aval. Les données résultantes sont utiles pour une comparaison quantitative à haut débit des cibles intégrées d'ADN.

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Chapitres dans cette vidéo

0:05

Title

12:09

Conclusion

10:23

Results: The IS Bidirectional Assay Improves Detection Rates and Sequence Quantification Accuracy

1:11

LTR-specific Biotin-primer Extension

2:53

Rsal and CviQI Digestion and Blunt-ending

4:12

Straptavidin Bead Binding

5:31

Linker Ligation

6:39

Pre-amplification of Both Left and Right Junction DNA

8:15

Left- and Right-junction-specific Amplifications

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