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Se proporciona un protocolo detallado para el uso de la tecnología CRISPR/Cas9 para lograr un knock-in dirigido altamente eficiente de grandes construcciones multicistrónicas en células T humanas primarias a través de la vía de reparación del ADN de unión de extremos mediada por homología (HMEJ). Las células T diseñadas con este protocolo adaptable a las buenas prácticas de fabricación actuales mantienen una excelente expansión celular, citotoxicidad y producción de citocinas.
Muchas terapias celulares adoptivas actuales se basan en vectores lentíferos o retrovirales para diseñar células T para la expresión de un receptor de antígeno quimérico (CAR) o un receptor de células T exógenas (TCR) para dirigirse a un antígeno específico asociado a un tumor. La dependencia de los vectores virales para la producción de células T terapéuticas aumenta significativamente el plazo, el costo y la complejidad de la fabricación, al tiempo que limita la traducción de nuevas terapias, particularmente en el entorno académico. Se presenta un proceso para la ingeniería no viral eficiente de células T utilizando CRISPR/Cas9 y unión de extremos mediada por homología para lograr la integración dirigida de una gran carga de ADN multicistrónica. Este enfoque ha logrado frecuencias de integración comparables a las de los vectores virales, al tiempo que ha producido células T altamente funcionales capaces de una potente eficacia antitumoral tanto in vitro como in vivo. En particular, este método se adapta rápidamente a las buenas prácticas de fabricación actuales (cGMP) y al escalado clínico, lo que proporciona una opción a corto plazo para la fabricación de células T terapéuticas para su uso en ensayos clínicos.
Las células T son un componente clave del sistema inmunitario adaptativo, ya que poseen capacidad citolítica directa, la capacidad de modular la respuesta inmunitaria mediante la producción de citocinas, la concesión de licencias de células B y células dendríticas, y el establecimientode la memoria inmunológica. Desempeñan un papel fundamental en el desarrollo inmunitario, la homeostasis y la vigilancia, la protección contra patógenos y la prevención y defensa contra el cáncer, así como en la alergia y la autoinmunidad. Las células T poseen una diversidad masiva de receptores de células T (TCR) que se generan a través de la recombinación de V(D)J, lo que permite a las células T reconocer una amplia gama de antígenos y montar respuestas inmunitarias efectivas contra varios patógenos 1,2. Las células T se pueden clasificar generalmente en dos categorías, las células T CD4, también conocidas como células T auxiliares, que ayudan principalmente a otras células inmunitarias, como las células B, a coordinar la respuesta inmunitaria, y las células T CD8, o células T citotóxicas, que matan directamente a las células infectadas o cancerosas mediante el reconocimiento de antígenos específicos presentados en sussuperficies.
El desarrollo de receptores de antígenos quiméricos (CAR) ha llevado a un aumento masivo en el interés en la ingeniería del genoma de las células T para inmunoterapias. Los CAR son proteínas diseñadas que fusionan los dominios de unión a antígenos derivados de anticuerpos con los dominios de señalización de las células T, lo que permite a las células T identificar y dirigirse a las células que expresan el epítopo específico reconocido por la porción de anticuerpos del CAR3. Estos receptores se han utilizado para una variedad de inmunoterapias, incluidas las enfermedades infecciosas y la autoinmunidad, pero la tecnología es más avanzada para las inmunoterapias contra el cáncer.
Las células CAR-T han sido extremadamente exitosas en el tratamiento de leucemias y linfomas, pero han mostrado una eficacia limitada para el tratamiento de tumores sólidos 4,5. Esto ha llevado a una ola de nuevos desarrollos que buscan mejorar la efectividad de las células CAR-T para las indicaciones de tumores sólidos. Se han desarrollado múltiples enfoques, incluyendo el blindaje de citocinas, la eliminación de genes de punto de control, receptores negativos dominantes, receptores de quimiocinas, la expresión de múltiples CAR en una célula, la modificación del CAR para mejorar la señalización intracelular y la integración en loci predeterminados, por ejemplo, el locus TRAC, para explotar los mecanismos reguladores del huésped para evitar el agotamiento 6,7,8. Muchos de estos enfoques requieren una carga genética más grande y/o una integración específica del sitio. Los enfoques alternativos también incluyen el uso de TCRs transgénicos para permitir que las células T se dirijan a los neoantígenos intracelulares 9,10. Sin embargo, esto tiene el inconveniente significativo de requerir que el TCR tenga especificidad tanto para el epítopo del neoantígeno como para la molécula HLA, lo que restringe el uso del producto terapéutico eventual a pacientes que expresan el HLA afín. Además, muchos tumores alteran o reducen la expresión de HLA en respuesta a la inmunoterapia, lo que reduce en gran medida la efectividad de las células T que expresan TCRs transgénicos11.
La mayoría de las terapias de células CAR-T o TCR-T en ensayos clínicos se fabrican utilizando vectores retrovirales, como lentivirus o gammaretrovirus, logrando una alta frecuencia de integración con carga de tamaño moderado. Sin embargo, los vectores virales sufren largos plazos de fabricación debido a los requisitos actuales de buenas prácticas de fabricación (cGMP) y a los perfiles de integración inespecíficos que crean un riesgo de mutagénesis insercional12,13. Además, puede ser difícil producir retrovirus transgénicos a títulos altos si la carga supera los 5 kb14. Otros vectores, como los derivados de virus adenoasociados recombinantes (rAAV), no se integran de forma natural, pero pueden transportar la plantilla del donante de ADN al núcleo y pueden utilizarse en combinación con CRISPR/Cas9 para facilitar la ingeniería genómica tradicional mediada por la recombinación dirigida por homología (HDR). Sin embargo, estos virus también tienen flujos de trabajo de producción largos y complicados y están limitados por el tamaño de la carga (<4,7 kb) y la necesidad de incluir brazos de homología largos (500-1000 pb)15,16,17,18.
Se ha descrito ingeniería genómica no viral utilizando transposones o una combinación de nucleasas dirigidas y una plantilla de donante de ADN en linfocitos humanos primarios 8,19,20. Sin embargo, estos enfoques están limitados por la respuesta tóxica a las moléculas de ADN desnudas en el citoplasma tras el reconocimiento por parte de los sensores de ADN citoplasmático expresados en los linfocitos21. Se han realizado intentos de utilizar inhibidores de moléculas pequeñas de estas vías de detección de ADN durante la transfección, pero la redundancia de estas vías puede complicar su uso en los protocolos cGMP22. En particular, los vectores de transposones, como la Bella Durmiente, PiggyBac y Tc Buster, permiten la integración de grandes cargas genéticas con altas eficiencias, pero tienen un perfil de integración inespecífico23,24. La integración de transgenes no virales dirigidos utilizando plantillas de ADN plásmido, lineal o monocatenario en combinación con una nucleasa dirigida para HDR es una alternativa atractiva, pero se ha visto limitada por la escasa eficiencia, especialmente con cargas genéticas cada vez más grandes, con menos del 10% de eficiencia reportada cuando se utiliza carga de más de 1,5 kb 8,19.
Aquí, presentamos el protocolo paso a paso para la inserción no viral de unión de extremos mediada por homología (HMEJ) de grandes cargas útiles de ADN en células T humanas primarias, como se describe en Webber, Johnson et al.25. HMEJ utiliza brazos de homología cortos de 48 pb flanqueados por sitios objetivo de ARNg Cas9 para permitir la integración dirigida de alta eficacia de grandes cargas de ADN en comparación con el HDR tradicional. Un método para reducir la citotoxicidad del ADN plasmídico en las células T primarias es emplear plásmidos con esqueletos minimizados, como minicírculos o nanoplásmidos25. Los minicírculos son vectores plásmidos miniaturizados producidos por escisión del origen de la replicación y el gen de resistencia a antibióticos mediante recombinación después de la amplificación del plásmido; se ha demostrado que mejoran la ingeniería no viral de las células T y reducen la toxicidad celular 23,24. Los nanoplásmidos también tienen un tamaño total reducido logrado mediante el uso de un origen mínimo de replicación y un marcador de selección no tradicional26. En nuestra experiencia, las plataformas vectoriales de minicírculos y nanoplásmidos ofrecen una mejora comparable en eficiencia y menor toxicidad en comparación con los plásmidos tradicionales25.
Aquí, presentamos un protocolo detallado que sinergiza la optimización temporal de la entrega de reactivos y la composición de reactivos, así como el uso de HMEJ y CRISPR/Cas9 para lograr una ingeniería genómica específica de sitio y alta eficacia de células T humanas primarias con plantillas de ADN multicistrónicas grandes (>6.3 kb) para su uso en inmunoterapias y una variedad de otras aplicaciones25. Logramos una mayor integración con los brazos de homología HMEJ y 48 pb que con los brazos de homología tradicionales utilizando brazos de homología de 1 kb, particularmente con cargas genéticas >1,5 kb25,27. Es importante destacar que las células T diseñadas a través de la reparación de HMEJ conservan una excelente expansión celular, citotoxicidad y producción de citocinas, al tiempo que conservan un fenotipo25 no agotado. Este protocolo es fácilmente adaptable a los estándares cGMP y es escalable a números celulares clínicamente relevantes, lo que permite una transición rápida para su uso futuro en una variedad de ensayos clínicos25.
Todos los experimentos se realizaron con precauciones universales para patógenos transmitidos por la sangre, con técnica estéril/aséptica, equipo de protección personal y equipo adecuado de bioseguridad de nivel 2 (BSL2). Todos los experimentos aquí descritos fueron aprobados por el Comité Institucional de Bioseguridad (IBC) de la Universidad de Minnesota. Los detalles de los reactivos y el equipo utilizado en este estudio se enumeran en la Tabla de Materiales.
1. Preparación de los medios
2. Selección de sitios y diseño de plantillas
3. Aislamiento y activación de células T
4. Ingeniería de células T
Aquí, una gran plantilla multicistrónica (>6,3 kb) llamada construcción "Minicírculo Gigante" se integró en el locus TRAC en células T humanas primarias utilizando edición CRISPR/Cas9; un ARNg específico de TRAC (TCTCAGCTGGTACACGGC), el UgRNA y el nanoplásmido HMEJ (Figura 2A) con una condición que carece de ARNg específico de TRAC, el ARNg universal y el ARNm Cas9 utilizado como control negativo. Las muestras que incluyen la construcción del minicírculo gigante, el ARNg específico de TRAC, el ARNg universal y el ARNm de Cas9 tuvieron una tasa de knock-in promedio del 23,35% al medir la expresión de GFP (23,5% ± 5,247), mientras que el control negativo no mostró expresión de GFP (Figura 2B). No hubo diferencias significativas en la expansión del pliegue (Figura 2C) y la viabilidad (Figura 2D) entre las condiciones experimentales. Estos resultados demuestran un knock-in de alta eficiencia de una plantilla muy grande, al tiempo que se mantiene una excelente viabilidad y expansión celular.
Figura 1: Representación esquemática del diseño de constructo HMEJ. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 2: Caracterización de linfocitos T electroporados con la construcción de minicírculo gigante. (A) Representación esquemática de la construcción del Minicírculo Gigante, una plantilla multicistrónica grande (>6,3 kb) que codifica un CAR anti-mesotelina y RQR8 bajo el promotor TRAC con un enlazador GSG, un CAR anti-CD19 y una muteína DHFR y eGFP bajo el promotor MND. (B) Porcentaje de expresión de RQR8, (C) expansión de pliegues y (D) viabilidad de las células T nueve días después de la electroporación con la construcción del Minicírculo Gigante y los reactivos CRISPR-Cas9, en comparación con un control negativo electroporado con el Minicírculo Gigante que carece de reactivos CRISPR-Cas9. (***p < 0,001). Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Tamaño de la placa | Volumen de la cubeta | Células/Pozo | Volumen de los medios de recuperación | Volumen de 1x TCM con NAC | Volumen final total |
Placa de 24 pocillos | 22/22 μL | 1-3 x 106 | 300 μL | 680 μL | 1 mL |
Placa de 6 pocillos | 100/110 μL | 4-20 x 106 | 1 mL | 2.9 mL | 4 mL |
Placa G-Rex de 24 pocillos | 20-110 μL | 1-20 x 106 | 400 μL | 5.6 mL | 6 mL |
Tabla 1: Concentraciones celulares para cubetas y placas de recuperación.
Tamaño de la cubeta | Plásmido de plantilla | ARNg del sitio diana | ARNg de linealización de plásmidos | ARNm de Cas9 |
20 μL | 1-2 μg (1 μg) | 1-3 μg (1 μg) | 1-3 μg (1 μg) | 1-3 μg (1,5 μg) |
100 μL | 5-10 μg (5 μg) | 5-15 μg (5 μg) | 5-15 μg (5 μg) | 5-15 μg (5 μg) |
Tabla 2: Cantidad de reactivos CRISPR/Cas9 y plantilla de ADN necesarios.
A medida que la terapia celular adoptiva (ACT) continúa evolucionando, existe una creciente demanda de métodos eficientes y no virales para diseñar células inmunitarias sin el alto costo y la complejidad asociados con los vectores basados en virus. Un objetivo clave en esta área es lograr la integración específica del sitio, lo que mejora la consistencia, la seguridad y la función de los productos celulares de ingeniería. Si bien estudios recientes han demostrado la integración no viral exitosa de pequeñas construcciones genéticas, como los genes reporteros y las secuencias CAR o TCR individuales29, existe la necesidad de extender estos métodos a casetes de expresión multigénica más grandes. Estos casetes más grandes son necesarios para mejorar la función de las células inmunitarias, como la adición de receptores de quimiocinas o el blindaje de citocinas, mejorar la especificidad (por ejemplo, sistemas de puerta lógica) o aumentar la seguridad con interruptores de apagado. Con este fin, buscamos desarrollar enfoques no virales capaces de integrar de manera eficiente y específica del sitio una carga genética más grande25.
Hay varios pasos críticos a lo largo del protocolo. Se requiere un nanoplásmido o minicírculo limpio y de alta calidad para minimizar la toxicidad. En este estudio, los plásmidos preparados comercialmente han tenido un mejor rendimiento. El período de 36 horas entre la activación de las células T y la electroporación también es crítico para obtener resultados ideales. También es importante minimizar la manipulación y manipulación de las células inmediatamente después de la electroporación mientras las células se recuperan. También es importante volver a agregar nuevas perlas de activación de células T al cultivo después de la electroporación para lograr la mejor frecuencia posible de integración de la carga y expansión de la celda.
El protocolo, tal como se describe aquí, utiliza un sistema de electroporación disponible comercialmente (ver Tabla de Materiales). Otros sistemas de electroporación también pueden ser adecuados, pero es probable que requieran la optimización de las condiciones de electroporación específicas del dispositivo y, posiblemente, el manejo de la celda posterior a la electroporación.
Existen varias limitaciones en la ingeniería mediada por HMEJ de células T humanas. El protocolo puede funcionar con plásmidos, pero los resultados óptimos requieren el uso de nanoplásmidos o minicírculos para la entrega de carga, que no son tan fáciles de fabricar como los plásmidos estándar. Además, aunque se ha demostrado la integración exitosa de un casete multicistrónico muy grande, es probable que haya un límite superior de carga en el que la frecuencia de integración de genes comience a disminuir.
Este estudio presenta HMEJ como un método de ingeniería genómica no viral potente y eficiente para la producción de células T modificadas, particularmente en el contexto de la inmunoterapia contra el cáncer. Al superar las limitaciones de los vectores virales tradicionales, este enfoque ofrece una alternativa rentable, escalable y más segura para generar células T modificadas genéticamente con una funcionalidad mejorada. La capacidad de integrar grandes casetes multigénicos con precisión abre nuevas posibilidades para la ingeniería de células inmunitarias para tratar una amplia gama de enfermedades, incluidos cánceres, enfermedades infecciosas y trastornos autoinmunes. Además, la compatibilidad del método HMEJ con los procesos de fabricación de grado clínico garantiza su aplicabilidad práctica en entornos terapéuticos del mundo real, allanando el camino para terapias basadas en células más accesibles y eficientes en un futuro próximo.
B.R.W. y B.S.M. son investigadores principales de Acuerdos de Investigación Patrocinados financiados por Intima Biosciences para apoyar el trabajo en este manuscrito. Se han presentado patentes que cubren los métodos y enfoques descritos en este manuscrito.
B.R.W. reconoce la financiación de la Oficina de Descubrimiento y Traducción, las subvenciones de los NIH R21CA237789, R21AI163731, P01CA254849, P50CA136393, U54CA268069, R01AI146009, las subvenciones del Departamento de Defensa HT9425-24-1-1005, HT9425-24-1-1002, HT9425-24-1-0231 y el Fondo de Investigación del Cáncer Infantil, el Fondo de Investigación de la Anemia de Fanconi y el Fondo Comunitario y de Cáncer Randy Shaver. B.S.M. agradece la financiación de la Oficina de Descubrimiento y Traducción, las subvenciones de los NIH R01AI146009, R01AI161017, P01CA254849, P50CA136393, U24OD026641, U54CA232561, P30CA077598, U54 CA268069, las subvenciones del Departamento de Defensa HT9425-24-1-1005, HT9425-24-1-1002, HT9425-24-1-0231 y el Fondo de Investigación del Cáncer Infantil, el Fondo de Investigación de la Anemia de Fanconi y el Fondo Comunitario y de Cáncer Randy Shaver.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Acetic Acid | Millipore Sigma | A6283 | |
1x DPBS, no calcium, no magnesium | Thermo Fisher Scientific | 14190144 | |
2.5% CTS Immune Cell Serum Replacement | Thermo Fisher Scientific | A2596101 | |
Amaxa P3 Primary Cell 4D-Nucleofactor X Kit L | Lonza | V4XP-3024 | |
Amaxa P3 Primary Cell 4D-Nucleofactor X Kit S | Lonza | V4XP-3032 | |
Bovine Serum Albumin | Thermo Fisher Scientific | 15561020 | |
Chemically Modified Guide RNAs | Integrated DNA Technologies | na | Custom design |
CleanCap Cas9 mRNA | Trilink | L-7206 | |
CTS OpTmizer T cell Expansion Media SFM +OpTmizer T cell Expansion Supplement | Thermo Fisher Scientific | A1048501 | |
DNase I | Stem Cell Technologies | 07900 | |
Dynabeads Human T-Activator CD3/CD28 | Thermo Fisher Scientific | 11141D | |
DynaMag-2 | Thermo Fisher Scientific | 12321D | |
Human IL15 | PeproTech | 200-15 | |
Human IL2 | PeproTech | 200-02 | |
Human IL7 | PeproTech | 200-07 | |
L-Glutamine | Thermo Scientific | 25030081 | |
Lonza 4D nucelofector Core | Lonza | AAF-1003B | |
Lonza 4D nucelofector X Unit | Lonza | AAF-1003X | |
Minicircle | System Biosciences | MN910A-1 | Custom design |
N-Acetyl-L-cysteine | MiliporeSigma | A9165 | |
Nanoplasmid | Aldevron | na | Custom design |
Penicillin/Streptomycin | Thermo Fisher Scientific | 15-140-122 |
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