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Amplification, Next-Generation-Sequenzierung und genomischer DNA Mapping von Retrovirale Integration Seiten

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•

09:31 min

•

March 22nd, 2016

DOI :

10.3791/53840-v

March 22nd, 2016

•

Erik Serrao¹, Peter Cherepanov², Alan N. Engelman¹

¹Department of Cancer Immunology and AIDS, Dana-Farber Cancer Institute, ²Chromatin Structure and Mobile DNA, The Francis Crick Institute

Zusammenfassung

We describe a protocol for amplifying retroviral integration sites from the genomic DNA of infected cells, sequencing the amplified virus-host junctions, and then mapping these sequences to a reference genome. We also describe techniques to quantify the distribution of integration sites relative to various genomic annotations using BEDTools.

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Sequenzierung der n chsten Generation

Kapitel in diesem Video

0:05

Title

0:39

Generation of Retroviral Stock

2:20

Viral Infection of HEK293T Cells

4:30

Genomic DNA Fragmentation

5:33

Ligation of Linker Oligonucleotide to Fragmented Genomic DNA

6:58

Amplification of Viral LTR-host Genomic DNA Junctions by Semi-nested PCR

8:02

Results: Sequence Logos Depicting HIV-1 Base Preferences from Representative Experiment Libraries

8:52

Conclusion

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