Vanessa Garcia is funded by a Queen Elizabeth II Ontario Graduate Scholarship in Science and Technology and Cory Batenchuk by a Natural Sciences and Engineering Research Council fellowship.

إعداد 1. عينة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الحصول على عينات تحتوي على فيروس، معربا عن وسيفيراز (هنا VSVΔ51-Fluc كمثال) لالمعايرة ونقل 96 في لوحات جيدا. بالتناوب، نفذ التهابات في 96 جيدا لوحات زراعة الأنسجة وsupernatants استخدام مباشرة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ترك عمودين غير المعالجة لإدراج المنحنيات القياسية. للتجارب القيام به مباشرة في لوحات 96 جيدا، عيار في نهاية التجربة (40 ساعة بعد العدوى) أو تخزينها في -80 درجة مئوية، وعيار في وقت لاحق. </li></ol> 2. إعداد الخلايا لفيروس متساهل المعايرة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 24 ساعة قبل titering، وإعداد تعليق خلايا فيرو بتركيز 2.5 × 10 5 خلية / مل في Dulbecco لتعديل المتوسطة النسر (DMEM) تحتوي على 10٪ مصل بقري جنيني (FBS)، 30 ملي HEPES، و 1٪ البنسلين / الستربتومايسين. ملاحظة: على الرغم من أن هذا البروتوكول يستخدم خلايا فيرو، أي خط خلية متساهل مناسب للعدوى VSV يمكن بالبريد استخدامها. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> البذور 2.5 × 10 4 الخلايا (100 ميكرولتر) في لوحات مسطحة القاع الصلبة البيضاء 96 جيدا باستخدام موزع صفيحة ميكروسكوبية. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحضير 12 مل من تعليق خلية في لوحة بالإضافة إلى 5 مل لفتيلة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نظيف صفيحة ميكروسكوبية موزع الكاسيت التي كتبها بيغ الأنابيب مع 50 مل من الماء المعقم. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ملء خطوط صفيحة ميكروسكوبية موزع مع تعليق خلية وترك 5 مل من تعليق خلية تتدفق من خلال. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحديد البرنامج الذي سوف تستغني 100 ميكرولتر في كل بئر من 96 لوحة جيدا الجدران البيضاء. الاستغناء، وكرر حسب الضرورة لوحات إضافية. أيضا البذور بضع آبار في 96 لوحة جيدا واضحة مسطحة القاع إذا تم استخدام ألواح الجدران البيضاء غير الشفافة من الأسفل للتحقق من صحة الخلية وكثافة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> عند الانتهاء، وخلايا دافق مرة أخرى إلى الحاوية الأصلية. تنظيف الكاسيت عن طريق تشغيل 50 مل من الايثانول 70٪ تليها 50 مل من الماء المعقم الدافئ من خلال الأنبوب. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> التأكد من الكاسيت وأنابيب هم ا ف بتنظيف propriately بين الاستخدامات. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> احتضان الخلايا لمدة 24 ساعة عند 37 درجة مئوية في ترطيب 5٪ CO 2 الحاضنة. </li></ol> 3. إعداد منحنى قياسي الفيروسي <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد منحنى مستوى VSVΔ51-Fluc في المصل خالية DMEM مثل أن تركيز النهائي من وحدات اللوحة تشكيل (PFU) لكل مل بعد نقل على خلايا فيرو على النحو التالي: 10 8 PFU / مل، 10 7 PFU / مل، 10 6 PFU / مل، 10 5 PFU / مل، 10 4 PFU / مل، 10 3 PFU / مل، 10 2 PFU / مل، و 10 1 PFU / مل. إعداد 50 ميكرولتر من كل تركيز في لوحة خلايا فيرو بالإضافة إلى 10٪ إضافية. ملاحظة: سوف العيار الحجمي للسهم فيروس وسيفيراز تحتاج إلى تقييم بطريقة كلاسيكية 10 من أجل توليد منحنى القياسية التي تسمح للالكمي المطلق. خلاف ذلك الكمي النسبي لا يمكن أن يتحقق دون معلومات دقيقة عن طريق تحديد عيار تعسفا عيار الفيروسية مقرهاعلى الخطوات التخفيف. على سبيل المثال قد يتم تعيين التخفيف الأول من المنحنى القياسي إلى 10 8 وحدات الفيروسية و1/10 تخفيف التالي إلى 10 7 وهلم جرا. في هذا السياق، ينبغي للمرء التعبير عن القيم باعتبارها التغيير أضعاف مقارنة على عينة محددة مسبقا كما الكمي المطلق لن تكون دقيقة. </li></ol> 4. نقل عينة Supernatants على خلايا متساهل <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحقق خلايا فيرو مطلي في واضحة القاع 96 لوحة جيدا تحت المجهر الخفيفة للتأكد من أن الطبقات الوحيدة هي لا يقل عن 95٪ متموجة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نقل 25 ميكرولتر من العينة طاف على خلايا فيرو المصنفة في لوحات بيضاء الجدران. لا نقل supernatants في الأعمدة 2 المخصصة لمنحنيات القياسية. ملاحظة: يمكن أن يتم ذلك في وقت واحد لجميع الآبار على لوحة واحدة باستخدام معالج السائل 96 قناة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام متعدد القنوات 8- أو 12 قناة pipettor، إضافة 25 ميكرولتر من كل تخفيف من منحنى القياسية أعد الخطوة 3 لخلايا فيرو فيالأعمدة المخصصة 2. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لوحات أجهزة الطرد المركزي لمدة 5 دقائق في 430 XG في RT. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> احتضان لمدة 5 ساعة عند 37 درجة مئوية في ترطيب 5٪ CO 2 الحاضنة. </li></ol> تقييم 5. من بقاء الخلية <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ملاحظة: عند بدءا من supernatants تم الحصول عليها من التجارب العدوى به في واضحة لوحات 96 بشكل جيد، والنمو عينة يمكن تقييم مسبق لالكمي مع مؤشر صبغ بقاء الخلية مثل ريسازورين. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة ريسازورين في مبلغ يساوي 10٪ من حجم في كل بئر من 96 لوحة جيدا من العينات التي تحتوي على الفيروسات والخلايا. تشمل خلية فقط يتحكم وكذلك مراقبة وسائل الإعلام الوحيد لتحديد القيمة ل 100٪ و 0٪ على التوالي جدوى. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بعد 2-4 ساعة (فترة حضانة سوف تختلف اعتمادا على نوع من الخلايا وعلى تركيز مسحوق المتاحة تجاريا أو يعاد للصباغة)، وقراءة وتسجيل الإشارات باستخدام قارئ لوحة مضان (530-560 الإثارة، 590 الانبعاث). تقرير خلية viabiliتي واي لعينة وفقا للصيغة النسبية الأيض النشاط = ((اختبار عينة إشارة - السلبية إشارة التحكم) / (خلية السيطرة إلا إشارة - إشارة سلبية السيطرة)) × 100٪ </li></ol> 6. إعداد الركيزة luciferin <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 30 دقيقة قبل نهاية الحضانة 5 ساعة، وإعداد وسيفيرين للحصول على حل / مل 2 ملغ في الفوسفات العقيمة مخزنة المالحة (PBS). إعداد 2.5 مل لكل لوحة زائد اضافي 2 مل. حماية الحل بعيدا عن الضوء. ملاحظة: يمكن أيضا أن تكون مستعدة لوسيفيرين في وقت سابق من اليوم وتخزينها في 4 درجات مئوية حتى الاستخدام. </li></ol> 7. القراءة ضوء بارد <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بعد فترة الحضانة 5 ساعة، إضافة 25 ميكرولتر من وسيفيرين إلى كل بئر من خلايا فيرو في لوحات الصلبة البيضاء. إضافة وسيفيرين يدويا أو مع موزع آلي متكامل في luminometer. ملاحظة: استخدام أداة برصيد نقطة واحدة ونهاية الوحيدة يقرأ قد يتطلب إضافة وسيفيراز تحلل BUF متوافقفر قبل إضافة الركيزة وسيفيرين لتحسين الاتساق. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> قراءة لوحات مع المعلمات التالية: <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يهز لمدة 5 ثانية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الانتظار 30 ثانية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> قراءة التلألؤ في قيمة ثابتة المناسبة حساسية / التعرض. إذا كان الخيار متاح في الصك، واستخدام متعدد نقطة يقرأ (على سبيل المثال، 3 × 3 مصفوفة) لتحسين دقة. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> سجل وحفظ شدة إضاءة الحيوية كميا. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إذا تم استخدام موزع الآلي لإضافة وسيفيرين تطهير وسيفيرين ورئيس الخطوط مع الماء المعقم الدافئ. </li></ol> تحليل البيانات 8. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> للحصول على نتائج دقيقة، حل الانحدار غير الخطية لتوليد معادلة هيل من المنحنيات القياسية. تطبيق هذه المعادلة على عينات titered لحساب الوحدات التعبير الفيروسية. بعض الفيروسات أو حالات قد ينتج منحنى القياسية مع وجود علاقة خطية. في هذه الحالة حل للمعادلة خطية. </li></ol>

<ol>
	<li>Grigorov, B., Rabilloud, J., Lawrence, P., Gerlier, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+titration+of+measles+and+other+viruses:+optimization+with+determination+of+replication+cycle+length.">Rapid titration of measles and other viruses: optimization with determination of replication cycle length.</a> PLoS One. 6 (e24135), (2011).</li><li>Lizee, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+quantitative+reverse+transcriptase-polymerase+chain+reaction+as+a+method+for+determining+lentiviral+vector+titers+and+measuring+transgene+expression.">Real-time quantitative reverse transcriptase-polymerase chain reaction as a method for determining lentiviral vector titers and measuring transgene expression.</a> Hum Gene Ther. 14, 497-507 (2003).</li><li>McSharry, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Uses+of+flow+cytometry+in+virology.">Uses of flow cytometry in virology.</a> Clin Microbiol Rev. 7, 576-604 (1994).</li><li>Watcharatanyatip, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multispecies+detection+of+antibodies+to+influenza+A+viruses+by+a+double-antigen+sandwich+ELISA.">Multispecies detection of antibodies to influenza A viruses by a double-antigen sandwich ELISA.</a> J Virol Methods. 163, 238-243 (2010).</li><li>Dawson, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid,+Direct+Quantification+of+Viruses+in+Solution+Using+the+ViroCyt+Virus+Counter.">Rapid, Direct Quantification of Viruses in Solution Using the ViroCyt Virus Counter.</a> Journal of Biomolecular Techniques. 23 (S10), (2012).</li><li>Snyder, R. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=AAV+and+RT-PCR:+true+or+false.">AAV and RT-PCR: true or false.</a> Mol Ther. 1, 389-390 (2000).</li><li>Diallo, J. S., Roy, D., Abdelbary, H., De Silva, N., Bell, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ex+vivo+infection+of+live+tissue+with+oncolytic+viruses.">Ex vivo infection of live tissue with oncolytic viruses.</a> J Vis Exp. 52, (2011).</li><li>Gaush, C. R., Smith, T. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Replication+and+plaque+assay+of+influenza+virus+in+an+established+line+of+canine+kidney+cells.">Replication and plaque assay of influenza virus in an established line of canine kidney cells.</a> Appl Microbiol. 16, 588-594 (1968).</li><li>Green, M., Loewenstein, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+adenoviruses:+propagation,+purification,+quantification,+and+storage.">Human adenoviruses: propagation, purification, quantification, and storage.</a> Curr Protoc Microbiol. 14 (14C 11), (2006).</li><li>Diallo, J. S., Vaha-Koskela, M., Le Boeuf, F., Bell, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Propagation,+purification,+and+in+vivo+testing+of+oncolytic+vesicular+stomatitis+virus+strains.">Propagation, purification, and in vivo testing of oncolytic vesicular stomatitis virus strains.</a> Methods Mol Biol. 797, 127-140 (2012).</li><li>Hoenen, T., Groseth, A., Callison, J., Takada, A., Feldmann, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+Ebola+virus+expressing+luciferase+allows+for+rapid+and+quantitative+testing+of+antivirals.">A novel Ebola virus expressing luciferase allows for rapid and quantitative testing of antivirals.</a> Antiviral Res. 99, 207-213 (2013).</li><li>Diallo, J. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+high-throughput+pharmacoviral+approach+identifies+novel+oncolytic+virus+sensitizers.">A high-throughput pharmacoviral approach identifies novel oncolytic virus sensitizers.</a> Mol Ther. 18, 1123-1129 (2010).</li></ol>

The authors have nothing to disclose.

النهج القائم على وسيفيراز الموصوفة هنا يوفر عددا من المزايا أكثر من غيرها من الطرق القائمة بما في ذلك سهولة والسرعة، ومعدات الحد الأدنى من الحاجة، وبتكلفة منخفضة نسبيا. والمساهم الرئيسي في ذلك هو تجنب خطوة التخفيف التسلسلية. ومع ذلك، مسلسل المشتقات القائم على التخفيف من هذا البروتوكول هي بالتأكيد مجدية واستخدمت مؤخرا لتقييم، معربا عن وسيفيراز التتر إيبولا في الشاشة المضادة للفيروسات الإنتاجية العالية 11. في حين أن أكثر بطبيعتها تستغرق وقتا طويلا وأكثر تكلفة، ويمكن أن توفر هذه التعديلات أكبر النطاق الديناميكي لالكمي الفيروسي عند الضرورة. بالإضافة إلى كونها خاصة مناسبة تماما لتقييم التتر الفيروسية في سياق شاشات عالية الإنتاجية، طريقة القياس الكمي الفيروسي خطوة واحدة وسيفيراز استنادا يولد لدينا تقديرات دقيقة لvirions المعدية في حالة تكرار الفيروسات. وعلاوة على ذلك، قراءات من التألق مع بيانات السمية الخلوية من نفس التجربة تعطي أكثرصورة كاملة عن تأثير الظروف التجريبية على الخلايا المستهدفة، وهي مفيدة بشكل خاص في سياق الفيروسات حال الورم وشاشات المخدرات. على سبيل المثال يتضح هنا يستخدم السلبي ضفيرة واحدة فيروس RNA تكرار. ومع ذلك، يمكن تكييف هذا البروتوكول إلى عدد من تكرار وتكرار غير-الفيروسات مع بعض التعديلات الطفيفة البروتوكول. وهذا يشمل فيروسات الحمض النووي مثل الوقس، HSV، وAAV (انظر الشكل 5). عينات الخلايا المصابة بفيروسات مثل فيروس الوقس على سبيل المثال، تتطلب خطوة فيروس الإفراج قبل الكمي (مثل دورة تجميد ذوبان الجليد واحد على الأقل). عند تطبيق هذه التقنية لفيروسات أخرى، فمن الضروري لتحسين فترة حضانة من نقل طاف الفيروسية أو المحللة لقراءة لوحات من قبل luminometer. وسوف تعتمد هذه المعلمة بشكل رئيسي على دورة النسخ المتماثل للفيروس في خط خلية متساهل وقوة عromoter القيادة التعبير وسيفيراز. من الأفضل القيام بذلك عن طريق استخدام منحنى القياسية الكامل في الخطوة الأمثل. للقيام بذلك، يجب على المرء أن تصيب خط الخلية متساهل المناسب مع مكررات مختلفة من منحنى القياسية وأعدت قراءة كل تكرار في وقت مختلف نقاط بعد نقل. من الناحية المثالية، يتم اختيار نقطة وفترة حضانة الذي يؤدي إلى وجود علاقة خطية بين سجل (RLU) وسجل (عيار) التي تغطي مجموعة وعينة عيار المتوقع. لVSVΔ51-Fluc، وهذا هو عادة من 10 4 PFU / مل -10 7 PFU / مل لفترة حضانة 5 ساعة. إذا كان من المتوقع من عينات التتر أقل أو أعلى، يمكن للمرء ببساطة زيادة أو تقليل فترة حضانة التوالي. بالتناوب، يمكن تخفيفه عينات لتقع ضمن نطاق الكثير كما هو الحال عادة لELISA. كما ذكر أعلاه، هي مناسبة هذه الطريقة بشكل جيد لأداء شاشات المخدرات الإنتاجية العالية باستخدام مكتبات المخدرات لأن معظم الخطوات التي يمكن الآلي. خلايا يمكن مطلي الإلكترونيةfficiently باستخدام موزع صفيحة ميكروسكوبية الآلي، يمكن إضافة مكتبة المخدرات باستخدام معالج السائل 96 قناة، ويمكن أن يضاف فيروس باستخدام موزع صفيحة ميكروسكوبية وقراءة لوحات باستخدام luminometer الآلي. من الناحية النظرية، وهذا يمكن أيضا أن تتكيف مع 384 بئر أو صيغ أصغر؛ ومع ذلك، فإن القيد لتحقيق هذه الغاية هو عدد الخلايا التي يمكن مطلي، نظرا عدد أقل من خلايا يؤدي إلى مجموعة وأضيق في الخطي من سجل (RLU) لتسجيل الدخول (عيار) العلاقة. أخيرا، وتقييم بقاء الخلية باستخدام ريسازورين أو الأصباغ الأيضية الأخرى يمكن أن تدمج بسهولة في سير العمل، مما يسمح للتمييز من المركبات السامة للخلايا في شاشات المضادة للفيروسات أو تحديد المركبات التي تؤدي إلى قتل التآزر في تركيبة مع الفيروسات 12. ومع ذلك، فإن القيود المفروضة على هذه الطريقة فإن شرط وسيفيراز فيروس التحوير التعبير، وهي ليست دائما ممكنة، وتوافر خط خلية متساهل بما فيه الكفاية. ومع ذلك، فمن المرجح ممكن للتكيفطريقة للاستخدام مع مراسل الجينات الأخرى (مثل GFP) توفير طريقة مراسل الكمي لديه الخطي مناسبة وإشارة إلى نسبة الضوضاء. وعموما، فإن طريقة الإنتاجية العالية وصفها يمكن تعديلها لتناسب العديد من الفيروسات المختلفة ومصممة لتطبيقات متنوعة.

Classical viral plaque assays continue to be a mainstay in virus research even though they can be notoriously time-consuming and constitute a significant bottleneck to obtaining results from experiments. More rapid indirect virus quantification methods have emerged including quantitative polymerase chain reaction (qPCR), ELISA, and flow cytometry1-4. Recent innovations such as the Virocyt virus counter can directly count viruses using advanced flow sorting technology and through a combination of protein and DNA/RNA dyes5. While all of these methods have undoubtedly quickened the pace of virus research, each method has its advantages and drawbacks. For example, qPCR can allow for quantification of specific viral genome sequence but cannot effectively discriminate infectious from defective virions6. ELISAs can be very specific however require a suitable antibody against the desired target viral protein and can be very expensive. While flow cytometry technology offers many advantages and has improved significantly, throughput and accessibility to highly specialized equipment nonetheless remains a hurdle. Importantly, all of these techniques are not ideally suited for high-throughput screening, for which the ease and time requirement of the virus quantification step is of critical importance.
Here we describe a high-throughput and easily automatable technique to titer viruses that express a Firefly luciferase (Fluc) transgene. This method generates approximate viral titers in a test sample based on luminescence signal reads through the parallel use of a standard curve of known amounts of virus. Samples containing unknown quantities of luciferase-expressing virus are transferred on to a permissive &#8220;plaquing&#8221; cell line in parallel with the standard virus dilution curve and virus-associated luminescence is read after a few hours incubation time. This allows for rapid, quantitative, often same-day generation of results, unlike classic plaque assay protocols which typically require several days of incubation in order to manually count visible plaques7-9. 
The protocol outlines the steps of our titration method using oncolytic Vesicular Stomatitis Virus encoding a Fluc transgene (VSV&#8710;51-Fluc) as an example and provides an overview of 1. Sample preparation 2. The plating of a permissive cell line for virus titration using an automated dispenser 3. The preparation of the viral standard curve 4. The transfer of the sample supernatants onto the permissive cell line using a 96-well manual pipettor 5. The assessment of sample cytotoxicity using a cell viability reagent 6. The preparation of the luciferin substrate 7. Reading of bioluminescence and 8. Data analysis.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="808">
	<tbody>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:307px;">Name of Material/ Equipment</td>
			<td style="width:115px;">Company</td>
			<td style="width:136px;">Catalog Number</td>
			<td style="width:251px;">Comments/Description</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Dulbeccos&#39; Modified Eagle&#39;s Medium (DMEM)</td>
			<td>Corning</td>
			<td>SH30243.01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Fetal Bovine Serum</td>
			<td>NorthBio Inc.</td>
			<td>NBSF-701</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:307px;">Phosphate buffered saline</td>
			<td>Corning</td>
			<td style="width:136px;">21-040-CV</td>
			<td style="width:251px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:307px;">HEPES</td>
			<td style="width:115px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:136px;">BP310-1</td>
			<td style="width:251px;">Prepare a&#160; 1mM solution, pH 7.3</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">alamarBlue&#160;</td>
			<td>AbD Serotec</td>
			<td>BUF012B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">D-Luciferin potassium salt</td>
			<td>Biotium</td>
			<td>10101-2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:307px;">96-well solid white flat bottom polystyrene TC-treated microplates</td>
			<td>Corning</td>
			<td align="right" style="width:136px;">3917</td>
			<td style="width:251px;">384-well plates can also be used for higher throughput</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Synergy Mx</td>
			<td>BioTek</td>
			<td>SMTBL</td>
			<td>Monochromator microplate reader</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Liquidator96</td>
			<td>Mettler Toledo</td>
			<td>LIQ-96-200</td>
			<td>96 tip manual pipetting system</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:307px;">Liquidator96 LTS Tips sterilized with filters</td>
			<td>Mettler Toledo</td>
			<td style="width:136px;">LQR-200F</td>
			<td style="width:251px;">Any sterile filtered tips compatible with pipettors of choice are appropriate</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Microflo</td>
			<td>BioTek</td>
			<td>111-206-21</td>
			<td>Used to plate cells in a 96 well plate</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Fluoroskan Ascent FL</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>5210450</td>
			<td>Microplate fluorometer</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high-throughput titration of luciferase-expressing recombinant viruses

Standard plaque assays to determine infectious viral titers can be time consuming, are not amenable to a high volume of samples, and cannot be done with viruses that do not form plaques. As an alternative to plaque assays, we have developed a high-throughput titration method that allows for the simultaneous titration of a high volume of samples in a single day. This approach involves infection of the samples with a Firefly luciferase tagged virus, transfer of the infected samples onto an appropriate permissive cell line, subsequent addition of luciferin, reading of plates in order to obtain luminescence readings, and finally the conversion from luminescence to viral titers. The assessment of cytotoxicity using a metabolic viability dye can be easily incorporated in the workflow in parallel and provide valuable information in the context of a drug screen. This technique provides a reliable, high-throughput method to determine viral titers as an alternative to a standard plaque assay.

ويوضح ملخص سير العمل واصفا طريقة الإنتاجية العالية في الشكل 1 الشكل 2 يوضح نتائج منحنى معيار نموذجي ofVSVΔ51-Fluc. أربعة المعلمة تحليل الانحدار غير الخطية ولدت مؤامرة هيل الذي غير معروف المدخلات PFU (تقدير عيار الفيروسية) يمكن محرف. وتسمى هذه الوحدات يقدر التتر التعبير الفيروسية (VEU). يبين الشكل 3A VEUs والتتر التي تم الحصول عليها عن طريق إجراء فحص اللوحة القياسية مع نفس العينات 10. عينات نشأت من تجربة حيث تم استخدام المواد الكيميائية المختلفة لتعزيز تكرار وانتشار VSVΔ51-Fluc في 786-0 الخلايا. VEUs محرف من منحنى القياسية يجب مضروبا في عامل الذي يقوم على التخفيف من supernatants عينة نقله إلى خلايا فيرو (في هذه الحالة، هو عامل التخفيف 5). يظهر علاقة خطية بين التتر وVEU في الشكل 3B </strong&gt; مع R 2 من 0.8083 وبيرسون النتيجة ص من 0.899 (P &lt;0.0001). في الشكل 4، يظهر بيانات السمية لخلايا نموذجية تم الحصول عليها من فحص التمثيل الغذائي للخلايا 786-0 تعامل مع المواد الكيميائية قبل الإصابة VSVΔ51-Fluc. أخيرا، ويبين الشكل 5 منحنيات نموذجية معيار تم الحصول عليها مع مختلف الفيروسات (فيروس الهربس البسيط (HSV)، فيروس اللقاحية والغدة اسوشيتد الفيروسات (AAV)، وكلها تعبر عن اليراع وسيفيراز) ويصف مرات حضانة ودورات تجميد ذوبان الجليد، على النحو المطلوب. <img alt="الشكل 1" fo:content-width="5in" src="/files/ftp_upload/51890/51890fig1highres.jpg" width="500" /> الرقم 1. سير العمل من الإنتاجية العالية titering الفيروسات وفحص السمية الخلوية باستخدام VSV Δ 51 Fluc. (A) البذور 2.5 × 10 4 خلايا فيرو لكل بئر (100 ميكرولتر) واحتضان عند 37 درجة مئوية. (B) 24ساعة في وقت لاحق نقل 25 ميكرولتر من منحنى القياسية إلى خلايا فيرو (2 الأعمدة لكل لوحة) (C) نقل 25 ميكرولتر من العينات المراد titered إلى خلايا فيرو المتبقية. لوحات أجهزة الطرد المركزي واحتضان عند 37 درجة مئوية. (D) في مبلغ يساوي 10٪ من حجم في البئر، إضافة ريسازورين كاشف لوحة تحتوي على عينات الأصلي. احتضان لوحات عند 37 درجة مئوية. (E) بعد 3 دقائق، وقراءة وتسجيل مضان وتقييم السمية الخلوية. (F) بعد 5 ساعة، إضافة 25 ميكرولتر من محلول 2 ملغ / مل من وسيفيرين إلى كل بئر من خلايا فيرو. قراءة التلألؤ وحساب وحدات التعبير الفيروسية. <img alt="الشكل 2" fo:content-width="5in" src="/files/ftp_upload/51890/51890fig2highres.jpg" width="500" /> الشكل 2. المتوقعة منحنى مستوى VSV Δ 51 Fluc. كان لي التعبير وسيفيرازasured 5 ساعة نقل آخر طاف في خمس نقاط مختلفة داخل بئر باستخدام luminometer وأعرب عن تلألؤ بيولوجي في متوسط ​​الوحدات الخفيفة النسبية (RLU). يعني RLU وقد تآمر ضد المدخلات معروف PFU / مل لحل الانحدار غير الخطية وتوليد معادلة هيل. ويبين متوسط ​​اثنين من منحنيات تكرار وأشرطة الخطأ القياسية (ص 2 = 0.9993). <img alt="الرقم 3" fo:content-width="5in" src="/files/ftp_upload/51890/51890fig3highres.jpg" width="500" /> الرقم 3. مقارنة القياسية التتر فحص اللوحة مع تلك التي تم الحصول عليها عن طريق أسلوب الإنتاجية العالية. (A) التتر الفيروسية في PFU / مل حصلت عليها فحص اللوحة القياسية على خلايا فيرو قورنت مع التتر الفيروسية حساب (VEU / مل) من نفس عينات titered باستخدام مقايسة الإنتاجية العالية وسيفيراز. (B) الخطي العلاقة بين VEU / مل وعيار الحصول عبر معيار صفحص LAQUE. وتظهر منحنى الانحدار الخطي ومعامل التحديد (R 2). <img alt="الرقم 4" fo:content-width="5in" src="/files/ftp_upload/51890/51890fig4highres.jpg" width="500" /> الرقم 4. عينة جدوى. جدوى عينة قبل تقرر نقل طاف على خلايا فيرو من خلال تقييم النشاط الأيضي الخلوي باستخدام محلول ريسازورين متاحة تجاريا. كانت القيم مضان الخام تطبيع إلى أن من غير المعالجة والآبار غير المصابة. <img alt="الرقم 5" fo:content-width="5in" src="/files/ftp_upload/51890/51890fig5highres.jpg" width="500" /> الشكل 5. المتوقعة المنحنيات القياسية مع HSV اللقاحية والفيروسات AAV. تم قياس التعبير وسيفيراز في خمس نقاط مختلفة داخل بئر باستخدام luminometer وأعرب عن تلألؤ بيولوجي في RELA متوسطالوحدات الخفيفة TIVE (RLU). (A) تم إضافة منحنى القياسية HSV على خلايا فيرو مطلي 24 ساعة في وقت سابق في مناطق ذات كثافة من 2.5 × 10 4 خلايا لكل بئر (100 ميكرولتر) وقياس وسيفيراز جاء 17 ساعة نقل آخر supernantant (R 2 = 0.9489، ن = 1). تكونت معادلة هيل من خلال حل الانحدار غير الخطية. تمت إضافة منحنى (B) الوقس القياسية على خلايا فيرو مطلي 24 ساعة في وقت سابق من كثافة 2.5 × 10 4 خلايا لكل بئر (100 ميكرولتر) وحضنت لمدة 2.5 ساعة عند 37 درجة C، وبعد ذلك تم أخذ قياسات وسيفيراز (R 2 = 0.9892). فقد تولدت معادلة خطية من خلال حل للالانحدار الخطي. تم إضافة (C) AAV منحنى القياسية على خلايا سرطان الرئة الإنسان (A549) مطلي 24 ساعة في وقت سابق في مناطق ذات كثافة من 2.5 × 10 4 خلايا لكل بئر (100 ميكرولتر) وقياس وسيفيراز وقدم 24 إصابة آخر ساعة. تكونت معادلة هيل من خلال حل الانحدار غير الخطية. المتوسطمن ترد خمسة منحنيات تكرار وأشرطة الخطأ القياسية (R 2 = 0.9926).

Watch this Scientific Journal Video about High-throughput Titration of Luciferase-expressing Recombinant Viruses at JoVE.com

High-throughput Titration of Luciferase-expressing Recombinant Viruses

This article presents a high-throughput luciferase expression-based method of titrating various RNA and DNA viruses using automated and manual liquid handlers.

عالية الإنتاجية المعايرة من luciferase المراسل، معربا عن الفيروسات المؤتلف

Standard plaque assays to determine infectious viral titers can be time consuming, are not amenable to a high volume of samples, and cannot be done with ...

high-throughput-titration-of-luciferase-expressing-recombinant-viruses

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Biology

12.8K Views.  Ottawa Hospital Research Institute. This article presents a high-throughput luciferase expression-based method of titrating various RNA and DNA viruses using automated and manual liquid handlers.

Video: High-throughput Titration of Luciferase-expressing Recombinant Viruses

High-throughput Yeast Plasmid Overexpression Screen

The budding yeast, Saccharomyces cerevisiae, is a powerful model system for defining fundamental mechanisms of many important cellular processes, including those with direct relevance to human disease. Because of its short generation time and well-characterized genome, a major experimental advantage of the yeast model system is the ability to perform genetic screens to identify genes and pathways that are involved in a given process. Over the last thirty years such genetic screens have been used to elucidate the cell cycle, secretory pathway, and many more highly conserved aspects of eukaryotic cell biology 1-5. In the last few years, several genomewide libraries of yeast strains and plasmids have been generated 6-10. These collections now allow for the systematic interrogation of gene function using gain- and loss-of-function approaches 11-16. Here we provide a detailed protocol for the use of a high-throughput yeast transformation protocol with a liquid handling robot to perform a plasmid overexpression screen, using an arrayed library of 5,500 yeast plasmids. We have been using these screens to identify genetic modifiers of toxicity associated with the accumulation of aggregation-prone human neurodegenerative disease proteins. The methods presented here are readily adaptable to the study of other cellular phenotypes of interest.

Here we describe a plasmid overexpression screen in Saccharomyces cerevisiae, using an arrayed plasmid library and a high-throughput yeast transformation protocol with a liquid handling robot.

شاشة عالية الإنتاجية الخميرة Overexpression البلازميد

The budding yeast, Saccharomyces cerevisiae, is a powerful model system for defining fundamental mechanisms of many important cellular processes, ...

High-throughput Saccharification Assay for Lignocellulosic Materials

Polysaccharides that make up plant lignocellulosic biomass can be broken down to produce a range of sugars that subsequently can be 
used in establishing a biorefinery. These raw materials would constitute a new industrial platform, which is both sustainable and carbon neutral, to replace 
the current dependency on fossil fuel. The recalcitrance to deconstruction observed in lignocellulosic materials is produced by several intrinsic properties 
of plant cell walls. Crystalline cellulose is embedded in matrix polysaccharides such as xylans and arabinoxylans, and the whole structure is encased by the 
phenolic polymer lignin, that is also difficult to digest 1. In order to improve the digestibility of plant materials we need to discover the main bottlenecks 
for the saccharification of cell walls and also screen mutant and breeding populations to evaluate the variability in saccharification 2. These tasks require 
a high throughput approach and here we present an analytical platform that can perform saccharification analysis in a 96-well plate format. This platform has 
been developed to allow the screening of lignocellulose digestibility of large populations from varied plant species. We have scaled down the reaction volumes 
for gentle pretreatment, partial enzymatic hydrolysis and sugar determination, to allow large numbers to be assessed rapidly in an automated system.
This automated platform works with milligram amounts of biomass, performing ball milling under controlled conditions to reduce the plant 
materials to a standardised particle size in a reproducible manner. Once the samples are ground, the automated formatting robot dispenses specified and recorded 
amounts of material into the corresponding wells of 96 deep well plate (Figure 1). Normally, we dispense the same material into 4 wells to have 4 replicates for 
analysis. Once the plates are filled with the plant material in the desired layout, they are manually moved to a liquid handling station (Figure 2). In this 
station the samples are subjected to a mild pretreatment with either dilute acid or alkaline and incubated at temperatures of up to 90&deg;C. The pretreatment solution 
is subsequently removed and the samples are rinsed with buffer to return them to a suitable pH for hydrolysis. The samples are then incubated with an enzyme
mixture for a variable length of time at 50&deg;C. An aliquot is taken from the hydrolyzate and the reducing sugars are automatically determined by the MBTH 
colorimetric method.

A simple, rapid method for determining the saccharification potential of large numbers of plant biomass samples is described. The automated platform for this analysis involves the preparation of the plant biomass for analysis in 96 well plates and the subsequent performance of pretreatment, hydrolysis and quantification of the sugars released.

الإنتاجية العالية للمواد الفحص تسكر Lignocellulosic

Polysaccharides that make up plant lignocellulosic biomass can be broken down to produce a range of sugars that subsequently can be 
used in establishing ...

High-throughput Purification of Affinity-tagged Recombinant Proteins

X-ray crystallography is the method of choice for obtaining a detailed view of the structure of proteins. Such studies need to be complemented by further biochemical analyses to obtain detailed insights into structure/function relationships. Advances in oligonucleotide- and gene synthesis technology make large-scale mutagenesis strategies increasingly feasible, including the substitution of target residues by all 19 other amino acids. Gain- or loss-of-function phenotypes then allow systematic conclusions to be drawn, such as the contribution of particular residues to catalytic activity, protein stability and/or protein-protein interaction specificity.
In order to attribute the different phenotypes to the nature of the mutation - rather than to fluctuating experimental conditions - it is vital to purify and analyse the proteins in a controlled and reproducible manner. High-throughput strategies and the automation of manual protocols on robotic liquid-handling platforms have created opportunities to perform such complex molecular biological procedures with little human intervention and minimal error rates1-5.
Here, we present a general method for the purification of His-tagged recombinant proteins in a high-throughput manner. In a recent study, we applied this method to a detailed structure-function investigation of TFIIB, a component of the basal transcription machinery. TFIIB is indispensable for promoter-directed transcription in vitro and is essential for the recruitment of RNA polymerase into a preinitiation complex6-8. TFIIB contains a flexible linker domain that penetrates the active site cleft of RNA polymerase9-11. This linker domain confers two biochemically quantifiable activities on TFIIB, namely (i) the stimulation of the catalytic activity during the 'abortive' stage of transcript initiation, and (ii) an additional contribution to the specific recruitment of RNA polymerase into the preinitiation complex4,5,12 . We exploited the high-throughput purification method to generate single, double and triple substitution and deletions mutations within the TFIIB linker and to subsequently analyse them in functional assays for their stimulation effect on the catalytic activity of RNA polymerase4. Altogether, we generated, purified and analysed 381 mutants - a task which would have been time-consuming and laborious to perform manually. We produced and assayed the proteins in multiplicates which allowed us to appreciate any experimental variations and gave us a clear idea of the reproducibility of our results.
This method serves as a generic protocol for the purification of His-tagged proteins and has been successfully used to purify other recombinant proteins. It is currently optimised for the purification of 24 proteins but can be adapted to purify up to 96 proteins.

We describe a method for the affinity-tagged purification of recombinant proteins using liquid-handling robotics. This method is generally applicable to the small-scale purification of soluble His-tagged proteins in a high-throughput format.

عالية الإنتاجية تنقية تقارب الموسومة البروتينات المؤتلف

X-ray crystallography is the method of choice for obtaining a detailed view of the structure of proteins. Such studies need to be complemented by further ...

High Throughput Microinjections of Sea Urchin Zygotes

Microinjection into cells and embryos is a common technique that is used to study a wide range of biological processes. In this method a small amount of treatment solution is loaded into a microinjection needle that is used to physically inject individual immobilized cells or embryos. Despite the need for initial training to perform this procedure for high-throughput delivery, microinjection offers maximum efficiency and reproducible delivery of a wide variety of treatment solutions (including complex mixtures of samples) into cells, eggs or embryos. Applications to microinjections include delivery of DNA constructs, mRNAs, recombinant proteins, gain of function, and loss of function reagents. Fluorescent or colorimetric dye is added to the injected solution to enable instant visualization of efficient delivery as well as a tool for reliable normalization of the amount of the delivered solution. The described method enables microinjection of 100-400 sea urchin zygotes within 10-15 min.

Microinjection is a common technique used to deliver DNA constructs, mRNAs, morpholino antisense oligonucleotides or other treatments into eggs, embryos, and cells of various species.

عالية الإنتاجية إبر دقيقة جدا لقنفذ البحر بيضات ملقحة

Microinjection into cells and embryos is a common technique that is used to study a wide range of biological processes. In this method a small amount of ...

High Throughput Quantitative Expression Screening and Purification Applied to Recombinant Disulfide-rich Venom Proteins Produced in E. coli

Escherichia coli (E. coli) is the most widely used expression system for the production of recombinant proteins for structural and functional studies. However, purifying proteins is sometimes challenging since many proteins are expressed in an insoluble form. When working with difficult or multiple targets it is therefore recommended to use high throughput (HTP) protein expression screening on a small scale (1-4&#160;ml cultures) to quickly identify conditions for soluble expression. To cope with the various structural genomics programs of the lab, a quantitative (within a range of 0.1-100 mg/L culture of recombinant protein) and HTP protein expression screening protocol was implemented and validated on thousands of proteins. The protocols were automated with the use of a liquid handling robot but can also be performed manually without specialized equipment.
Disulfide-rich venom proteins are gaining increasing recognition for their potential as therapeutic drug leads. They can be highly potent and selective, but their complex disulfide bond networks make them challenging to produce. As a member of the FP7 European Venomics project (<a href="http://www.venomics.eu">www.venomics.eu</a>), our challenge is to develop successful production strategies with the aim of producing thousands of novel venom proteins for functional characterization. Aided by the redox properties of disulfide bond isomerase DsbC, we adapted our HTP production pipeline for the expression of oxidized, functional venom peptides in the E. coli cytoplasm. The protocols are also applicable to the production of diverse disulfide-rich proteins. Here we demonstrate our pipeline applied to the production of animal venom proteins. With the protocols described herein it is likely that soluble disulfide-rich proteins will be obtained in as little as a week. Even from a small scale, there is the potential to use the purified proteins for validating the oxidation state by mass spectrometry, for characterization in pilot studies, or for sensitive micro-assays.

High Throughput Quantitative Expression Screening and Purification Applied to Recombinant Disulfide-rich Venom Proteins Produced in E. coli

A protocol for the quantitative, high throughput expression screening and analytical purification of fusion proteins from small-scale Escherichia coli cultures is described and applied to the expression of disulfide-rich animal venom protein targets.

عالية الإنتاجية التعبير الكمي فحص وتنقية تطبق على المؤتلف ثاني كبريتيد الغنية البروتينات السم المنتجة في<em&gt; E. القولونية</em

Escherichia coli (E. coli) is the most widely used expression system for the production of recombinant proteins for structural and functional studies. ...

Recovery of Adult Zebrafish Hearts for High-throughput Applications

Use of the zebrafish model system for studying development, regeneration, and disease is expanding toward use of adult hearts for cell dissociation and purification of RNA, DNA, and proteins. All of these applications demand the rapid recovery of significant numbers of zebrafish hearts to avoid gene regulatory, metabolic, and other changes that begin after death. Adult zebrafish hearts are also required for studying heart structure for a variety of mutants and for studying heart regeneration. However, the traditional zebrafish heart dissection is slow and difficult and requires specialized tools, making large-scale dissection of adult zebrafish hearts tedious. Traditional methods also harbor the risk of damaging the heart during the dissection. Here, we describe a method for dissection of adult zebrafish hearts that is fast, reproducible, and preserves heart architecture. Furthermore, this method does not require specialized tools, is painless for the zebrafish, can be performed on fresh or fixed specimens, and can be performed on zebrafish as young as one month old. The approach described expands the use of adult zebrafish for cardiovascular research.

Use of zebrafish for cardiovascular research is expanding towards research on adult hearts. For these applications, quick and simple isolation of cardiac tissues is key to avoid post-mortem changes and to obtain an adequate number of samples. Here, we describe a fast and reproducible method for dissecting adult zebrafish hearts.

التعافي من اسماك الزرد الكبار قلوب للتطبيقات عالية الإنتاجية

Use of the zebrafish model system for studying development, regeneration, and disease is expanding toward use of adult hearts for cell dissociation and ...

High-throughput Screening for Chemical Modulators of Post-transcriptionally Regulated Genes

Both transcriptional and post-transcriptional regulation have a profound impact on genes expression. However, commonly adopted cell-based screening assays focus on transcriptional regulation, being essentially aimed at the identification of promoter-targeting molecules. As a result, post-transcriptional mechanisms are largely uncovered by gene expression targeted drug development. Here we describe a cell-based assay aimed at investigating the role of the 3&#39; untranslated region (3&#8217; UTR) in the modulation of the fate of its mRNA, and at identifying compounds able to modify it. The assay is based on the use of a luciferase reporter construct containing the 3&#8217; UTR of a gene of interest stably integrated into a disease-relevant cell line. The protocol is divided into two parts, with the initial focus on the primary screening aimed at the identification of molecules affecting luciferase activity after 24 hr of treatment. The second part of the protocol describes the counter-screening necessary to discriminate compounds modulating luciferase activity specifically through the 3&#8217; UTR. In addition to the detailed protocol and representative results, we provide important considerations about the assay development and the validation of the hit(s) on the endogenous target. The described cell-based reporter gene assay will allow scientists to identify molecules modulating protein levels via post-transcriptional mechanisms dependent on a 3&#8217; UTR.

Here we describe a cell-based reporter gene assay as a valuable tool to screen chemical libraries for compounds modulating post-transcriptional control mechanisms exerted through 3&#8217; UTR.

الإنتاجية العالية للكشف عن المغيرون الكيميائية من الجينات المشاركة ما بعد transcriptionally الخاضعة للرقابة

Both transcriptional and post-transcriptional regulation have a profound impact on genes expression. However, commonly adopted cell-based screening assays ...

Identification of Kinase-substrate Pairs Using High Throughput Screening

We have developed a screening platform to identify dedicated human protein kinases for phosphorylated substrates which can be used to elucidate novel signal transduction pathways. Our approach features the use of a library of purified GST-tagged human protein kinases and a recombinant protein substrate of interest. We have used this technology to identify MAP/microtubule affinity-regulating kinase 2 (MARK2) as the kinase for a glucose-regulated site on CREB-Regulated Transcriptional Coactivator 2 (CRTC2), a protein required for beta cell proliferation, as well as the Axl family of tyrosine kinases as regulators of cell metastasis by phosphorylation of the adaptor protein ELMO. We describe this technology and discuss how it can help to establish a comprehensive map of how cells respond to environmental stimuli.

Protein phosphorylation is a central feature of how cells interpret and respond to information in their extracellular milieu. Here, we present a high throughput screening protocol using kinases purified from mammalian cells to rapidly identify kinases that phosphorylate a substrate(s) of interest.

تحديد أزواج كيناز الركيزة عن طريق فحص إنتاجية عالية


We have developed a screening platform to identify dedicated human protein kinases for phosphorylated substrates which can be used to elucidate novel ...

High Throughput Danio Rerio Energy Expenditure Assay

Zebrafish are an important model organism with inherent advantages that have the potential to make zebrafish a widely applied model for the study of energy homeostasis and obesity. The small size of zebrafish allows for assays on embryos to be conducted in a 96- or 384-well plate format, Morpholino and CRISPR based technologies promote ease of genetic manipulation, and drug treatment by bath application is viable. Moreover, zebrafish are ideal for forward genetic screens allowing for novel gene discovery. Given the relative novelty of zebrafish as a model for obesity, it is necessary to develop tools that fully exploit these benefits. Herein, we describe a method to measure energy expenditure in thousands of embryonic zebrafish simultaneously. We have developed a whole animal microplate platform in which we use 96-well plates to isolate individual fish and we assess cumulative NADH2 production using the commercially available cell culture viability reagent alamarBlue. In poikilotherms the relationship between NADH2 production and energy expenditure is tightly linked. This energy expenditure assay creates the potential to rapidly screen pharmacological or genetic manipulations that directly alter energy expenditure or alter the response to an applied drug (e.g. insulin sensitizers).

High Throughput Danio Rerio Energy Expenditure Assay

Zebrafish are an important model organism for the study of energy homeostasis. By utilizing a NADH2 sensitive redox indicator, alamar Blue, we have developed an assay that measures the metabolic rate of zebrafish larvae in a 96 well plate format and can be applied to drug or gene discovery.

عالية الإنتاجية<em&gt; دانيو Rerio</em&gt; طاقة الإنفاق الفحص

Zebrafish are an important model organism with inherent advantages that have the potential to make zebrafish a widely applied model for the study of ...

High-Throughput, Multi-Image Cryohistology of Mineralized Tissues

There is an increasing need for efficient phenotyping and histopathology of a variety of tissues. This phenotyping need is evident with the ambitious projects to disrupt every gene in the mouse genome. The research community needs rapid and inexpensive means to phenotype tissues via histology. Histological analyses of skeletal tissues are often time consuming and semi-quantitative at best, regularly requiring subjective interpretation of slides from trained individuals. Here, we present a cryohistological paradigm for efficient and inexpensive phenotyping of mineralized tissues. First, we present a novel method of tape-stabilized cryosectioning that preserves the morphology of mineralized tissues. These sections are then adhered rigidly to glass slides and imaged repeatedly over several rounds of staining. The resultant images are then aligned either manually or via computer software to yield composite stacks of several layered images. The protocol allows for co-localization of numerous molecular signals to specific cells within a given section. In addition, these fluorescent signals can be quantified objectively via computer software. This protocol overcomes many of the shortcomings associated with histology of mineralized tissues and can serve as a platform for high-throughput, high-content phenotyping of musculoskeletal tissues moving forward.

In this manuscript, we present a high-throughput, semi-automated cryohistology platform to produce aligned composite images of multiple response measures from several rounds of fluorescent imaging on frozen sections of mineralized tissues.

عالية الإنتاجية، متعدد صورة Cryohistology من تمعدن الأنسجة

There is an increasing need for efficient phenotyping and histopathology of a variety of tissues. This phenotyping need is evident with the ambitious ...