Method Article
تصف هذه الورقة بروتوكولا مفصلا لاستخدام مجسات التوتر القائمة على الحمض النووي لتصوير قوى المستقبلات التي تطبقها الخلايا المناعية. يمكن لهذا النهج تعيين قوى المستقبلات >4.7pN في الوقت الفعلي ويمكنه دمج القوى بمرور الوقت.
تعتبر القوى الميكانيكية التي تنتقل عند التقاطع بين خليتين متجاورتين وعند التقاطع بين الخلايا والمصفوفة خارج الخلية ضرورية لتنظيم العديد من العمليات التي تتراوح من التطور إلى علم المناعة. لذلك ، فإن تطوير الأدوات اللازمة لدراسة هذه القوى على المستوى الجزيئي أمر بالغ الأهمية. طورت مجموعتنا مجموعة من مستشعرات التوتر الجزيئي لتحديد وتصور القوى التي تولدها الخلايا وتنتقل إلى روابط محددة. تتكون الفئة الأكثر حساسية من مستشعرات التوتر الجزيئي من دبابيس شعر حلقة جذعية للحمض النووي. تستخدم هذه المستشعرات أزواج الفلوروفور والتبريد للإبلاغ عن الامتداد الميكانيكي وتكشف دبابيس شعر الحمض النووي تحت القوة. يتمثل أحد التحديات التي تواجه مستشعرات شد دبوس الشعر في الحمض النووي في أنها قابلة للانعكاس مع إعادة طي دبوس الشعر السريع عند انتهاء التوتر وبالتالي يصعب تسجيل القوى العابرة. في هذه المقالة ، نصف بروتوكولات إعداد مستشعرات شد الحمض النووي التي يمكن "قفلها" ومنعها من إعادة الطي لتمكين "تخزين" المعلومات الميكانيكية. وهذا يسمح بتسجيل قوى piconewton العابرة للغاية ، والتي يمكن "محوها" لاحقا عن طريق إضافة الأحماض النووية التكميلية التي تزيل القفل. تكشف هذه القدرة على التبديل بين رسم خرائط التوتر في الوقت الفعلي وتخزين المعلومات الميكانيكية عن قوى ضعيفة وقصيرة العمر وأقل وفرة ، والتي تستخدمها الخلايا التائية بشكل شائع كجزء من وظائفها المناعية.
تدافع الخلايا المناعية ضد مسببات الأمراض والخلايا السرطانية عن طريق الزحف المستمر ومسح أسطح الخلايا المستهدفة بحثا عن المستضدات ، وترصيع سطحها 1,2. يبدأ التعرف على المستضد عند الارتباط بين مستقبل الخلايا التائية (TCR) ومركب التوافق النسيجي الببتدي الرئيسي MHC (pMHC) المعبر عنه على سطح الخلايا المستهدفة. نظرا لأن التعرف على TCR-pMHC يحدث عند التقاطع بين خليتين متحركتين ، فقد اشتبه منذ فترة طويلة في أنه يعاني من قوى ميكانيكية. علاوة على ذلك ، أدى ذلك إلى نموذج المستشعر الميكانيكي لتنشيط TCR ، مما يشير إلى أن قوى TCR تساهم في وظيفتها 3,4. لفهم متى وأين وكيف تساهم القوى الميكانيكية في وظيفة الخلايا التائية ، من الضروري تطوير أدوات لتصور القوى الجزيئية التي تنتقل بواسطة الخلايا التائية. تقليديا ، يتم استخدام طرق مثل مجهر قوة الجر (TFM) ومصفوفات micropillar للتحقيق في القوى الخلوية 5,6. ومع ذلك ، فإن حساسية القوة لمصفوفات TFM و micropillar تكون على مقياس nanonewton (nN) ، وبالتالي فهي غالبا ما تكون غير كافية لدراسة قوى piconewton الجزيئية (pN) التي تنتقل بواسطة مستقبلات الخلايا7. لتحسين القوة والدقة المكانية للكشف ، كان مختبرنا رائدا في تطوير مجسات التوتر الجزيئي ، والتي تم تصنيعها في البداية باستخدام بوليمرات البولي إيثيلين جلايكول (PEG)7. تتكون مجسات التوتر الجزيئي من "زنبرك" جزيئي قابل للتمديد (PEG ، بروتين ، حمض نووي) محاط بفلوروفور ومروي ومثبت على سطح. تؤدي القوى المطبقة على نهاية المسبار إلى امتداده ، وفصل الفلوروفور والتبريد ، وبالتالي توليد إشارة مضان قوية (الشكل 1 أ)8،9،10.
على مدار العقد الماضي ، قمنا بتطوير مكتبة من فئات مختلفة من مجسات التوتر الجزيئي مع عناصر زنبركية مصنوعة من الأحماض النووية11 والبروتينات10 والبوليمرات8. من بين هذه ، توفر مجسات التوتر القائمة على الحمض النووي أعلى نسبة إشارة إلى الضوضاء وأكبر حساسية للقوة ، والتي يمكن ضبطها بسهولة من بضعة pN إلى ~ 20 pN11. لقد استخدمنا مجسات توتر الحمض النووي في الوقت الفعلي لدراسة القوى الجزيئية الناتجة عن العديد من أنواع الخلايا المتنوعة ، بما في ذلك الخلايا الليفية والخلايا السرطانية والصفائح الدموية والخلايا المناعية11،12،13. ستصف هذه المخطوطة بروتوكولات لتجميع وتجميع مجسات توتر الحمض النووي على سطح لرسم خريطة لقوى المستقبلات الجزيئية بدقة قوة pN باستخدام مجهر مضان تقليدي. في حين أن الإجراء الحالي يتضمن تعديلات كيميائية على الحمض النووي لإدخال مراسل الفلورسنت (الشكل 1 ب) ، من المهم ملاحظة أن العديد من خطوات التعديل والتنقية يمكن الاستعانة بمصادر خارجية لشركات تخليق الحمض النووي المخصصة. لذلك ، فإن تقنية مجسات توتر الحمض النووي سهلة ، ويمكن الوصول إليها من قبل مجتمعات بيولوجيا الخلية والبيولوجيا الميكانيكية الأوسع.
باختصار ، لتجميع مستشعرات توتر الحمض النووي ، يتم تهجين دبوس شعر الحمض النووي إلى حبلا يجند فلوري على ذراع واحدة وشريط مرساة مروي على الذراع الأخرى ثم يجمد على ركيزة زجاجية (الشكل 1 ج ، التوتر في الوقت الفعلي). في حالة عدم وجود قوة ميكانيكية ، يتم إغلاق دبوس الشعر ، وبالتالي يتم إخماد التألق. ومع ذلك ، عندما تكون القوة الميكانيكية المطبقة أكبر من F1/2 (القوة عند التوازن التي تؤدي إلى احتمال 50٪ للتكشف) ، يذوب دبوس الشعر ميكانيكيا ، ويتم إنشاء إشارة فلورسنت.
بناء على مستشعر توتر الحمض النووي في الوقت الفعلي، نصف أيضا بروتوكولات لرسم خريطة للقوى المتراكمة، وهو أمر مفيد بشكل خاص لدراسة التفاعلات بين المستقبلات على الخلايا المناعية ورباطها الطبيعي. وذلك لأن المستقبلات المناعية غالبا ما تعرض روابط قصيرة العمر 3,14. يتم تصوير القوى المتراكمة باستخدام حبلا "قفل" يرتبط بشكل تفضيلي بفتح دبابيس شعر الحمض النووي ويسمح بتخزين إشارات التألق المرتبطة بأحداث السحب الميكانيكية (الشكل 1C ، التوتر المقفل). تم تصميم حبلا القفل لربط موقع ربط خفي يتعرض عند ذوبان دبوس الشعر المستحث ميكانيكيا وقفل دبوس الشعر في الحالة المفتوحة عن طريق منع إعادة طي دبوس الشعر ، وبالتالي تخزين إشارة التوتر ، وتوليد خريطة توتر متراكمة. علاوة على ذلك ، تم تصميم حبلا القفل بإصبع قدم مكون من ثمانية نيوكليوتيدات ، مما يتيح تفاعل إزاحة حبلا بوساطة إصبع القدم مع مكمله الكامل ، حبلا "فتح". مع إضافة حبلا الفتح ، يتم تجريد حبلا القفل المربوط من بنية دبوس الشعر ، مما يؤدي إلى محو إشارة التوتر المخزنة وإعادة ضبط دبوس الشعر إلى حالة الوقت الفعلي.
الشكل 1: مخطط أحدث مجسات التوتر الجزيئي. (أ) التصميم العام لمسبار التوتر الجزيئي في الوقت الفعلي، (ب) خيوط بناء مسبار التوتر القائم على الحمض النووي، (ج) مجسات التوتر القائمة على الحمض النووي (DNA) وتبديلها بين الحالة في الوقت الفعلي والحالة المقفلة. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.
يتكون البروتوكول الرئيسي من أربعة أقسام رئيسية - إعداد قليل النوكليوتيد ، وإعداد السطح ، والتصوير ، وتحليل البيانات. تم إثبات هذا البروتوكول بنجاح من قبل مختبرنا وغيره في خلايا OT-1 CD8 + T الساذجة والمنشطة ، وخلايا OT-II CD4 + ، وكذلك الأورام الهجينة ، ويمكن تطبيقه لاستجواب مستقبلات الخلايا المناعية المختلفة بما في ذلك مستقبلات الخلايا التائية ، ومستقبلات موت الخلايا المبرمجة (PD1) ، وقوى المستضد 1 المرتبطة بوظيفة الخلايا الليمفاوية (LFA-1). تستخدم الخلايا التائية الساذجة OT-1 CD8 + كمثال على خط الخلية في هذه الورقة.
توجد الفئران المعدلة وراثيا OT-1 في قسم مرفق الموارد الحيوانية في جامعة إيموري. تمت الموافقة على جميع التجارب وتنفيذها بموجب بروتوكول اللجنة المؤسسية لرعاية واستخدام الحيوان (IACUC).
1. إعداد قليل النوكليوتيد
2. تحضير السطح
ملاحظة: يستغرق تحضير ركائز مسبار شد دبوس الشعر DNA يومين. سيتم تشغيل مسبار شد دبوس الشعر DNA على أغطية زجاجية.
3. تصوير قوى مستقبلات الخلايا
4. تحليل البيانات
ملاحظة: يتم إجراء تحليل الصور باستخدام برنامج فيجي ، ويتم إجراء التحليل الكمي باستخدام برنامج التحليل.
نعرض هنا صورا تمثيلية لمراقبة جودة السطح (الشكل 4). يجب أن يكون للسطح عالي الجودة خلفية نظيفة في قناة RICM (الشكل 4B) ، وشدة مضان موحدة في قناة Cy3B (الشكل 4C). مع نفس معدات التصوير وظروف اكتساب التصوير الفلوري المتطابقة ، يجب أن تكون شدة مضان الخلفية متسقة وقابلة للتكرار في كل مرة عند إجراء تجارب باستخدام مجسات الحمض النووي. نوصي باستخدامه كعلامة لمراقبة جودة السطح قبل كل مجموعة من التجارب الفردية.
في هذه الورقة ، نعرض بعض البيانات التمثيلية (الشكل 5) مع خلايا CD8 + الساذجة OT-1 كنوع خلية نموذجي ، والتي تتعرف على وجه التحديد على ألبومين الدجاج البيضاوي. يتم تضمين الجسم المضاد CD3ε كعنصر تحكم إيجابي للنظام ويتم استخدام المستضد المماثل pMHC N4 (SIINFEKL) كمثال. تم طلاء الخلايا على ركائز تم تشغيلها باستخدام مجسات دبوس شعر 4.7 pN DNA تقدم إما antiCD3ε أو pMHC N4. بعد 30 دقيقة ، تم التقاط انتشار الخلية في RICM والتوتر في الوقت الفعلي في قناة Cy3B ، وتم إدخال حبلا القفل بتركيز نهائي يبلغ 1 ميكرومتر. أظهر الفاصل الزمني لقفل التوتر أن إشارات التوتر TCR-antiCD3ε و TCR-pMHC قد تم تضخيمها بسبب قفل دبوس الشعر وتراكم الإشارات. علاوة على ذلك ، أظهر تفاعل TCR-pMHC N4 إشارة قوة ضعيفة في الوقت الفعلي (0 دقيقة) ، ويرجع ذلك على الأرجح إلى قصر عمر الرابطة. سجل حبلا القفل أحداث السحب الميكانيكية قصيرة العمر هذه ، مما يسهل التحليل الكمي. بالإضافة إلى ذلك ، كشف القفل عن نمط قوة TCR-pMHC أثناء تراكمها ، والتي كانت مختلفة تماما عن التحكم المضاد ل CD3ε وتشبه نمط "عين الثور" للمشابك المناعية. يتم وصف القياس الكمي للإشارة الفلورية في الخطوة 4.4. نستخدم عادة إشغال التوتر (الذي يعرف بأنه النسبة المئوية للمنطقة التي تحتوي على إشارة شد فوق منطقة التلامس) وشدة التألق المتكاملة لكل خلية كمقياس لتقييم التوتر المتراكم الذي > 4.7 نيوتن.
الشكل 2: أمثلة على تحضير قليل النوكليوتيدات. (أ) مخطط كروماتوجرام HPLC لتنقية حبلا الليجند Cy3B ؛ (ب) أطياف MALDI-TOF-MS للمنتج؛ (ج) جدول الكتلة المحسوبة ووجدت قمم m/z للمادة الأولية وقليل النيوكليوتيد الموسوم. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.
الشكل 3: تشغيل ركائز مسبار شد الحمض النووي وإجراءات التجربة. يتم وصف الخطوات في البروتوكول المقابل. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.
الشكل 4: مثال على سطح مسبار شد الحمض النووي بجودة جيدة. (أ) توصيف مجهر القوة الذرية (AFM) لسطح مسبار شد الحمض النووي ؛ والصور المجهرية الخام لسطح مسبار شد الحمض النووي في (B) RICM و (C) قناة Cy3B. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.
الشكل 5: مثال على الصور المجهرية الأولية لتجربة ناجحة. تظهر الصور خلايا CD8 + الساذجة OT-1 التي تنتج قوى TCR ضد (A) antiCD3ε و (B) pMHC N4. شريط المقياس = 5 ميكرومتر. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.
الشكل 6: أمثلة على معالجة البيانات والتحليل الكمي. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.
الشكل 7: أمثلة على الأسطح الناجحة وغير الناجحة وخرائط التوتر. أ: الخلايا التي لا تنتشر مقارنة بالخلايا التي تنتشر على أسطح pMHC N4 في RICM . (ب) خلية OT-1 التي انتشرت ولكنها لم تولد أي إشارة شد على سطح مضاد CD3ε بكثافة منخفضة لمسبار شد الحمض النووي. (ج) صورة توضح أن السطح الناجح وردي باهت، والسطح غير الناجح عديم اللون. (د) صورة في قناة Cy3B توضح مجاميع الفلورسنت من مخزون قديم من الحمض النووي. (ه) النمط في قناة RICM وقناة Cy3B الذي من المحتمل أن يكون بسبب الغسيل غير الكافي أو التجفيف العرضي للسطح بين الخطوات. (F) صور في قنوات RICM و Cy3B توضح تأثير استخدام Au NPs بأحجام مختلفة. (ز) صور RICM و Cy3B لخلايا OT-1 التي لم تمارس إشارات توتر ولكنها استنفدت الحمض النووي بدلا من ذلك. شريط المقياس = 5 ميكرومتر. لاحظ أن البيانات الأولية الموضحة هنا تم جمعها من قبل أعضاء مجموعة مختلفين بإعدادات مختلفة للحصول على الصور من 3 مجاهر ، وبالتالي لديهم مستويات خلفية مضان مختلفة. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.
من خلال الإجراءات التفصيلية المقدمة هنا ، يمكن للمرء إعداد ركائز مسبار شد دبوس الشعر للحمض النووي لرسم خريطة وقياس توتر المستقبلات التي تنتجها الخلايا المناعية. عندما يتم طلاء الخلايا على ركيزة مسبار شد دبوس الشعر DNA ، فإنها تهبط وتلتصق وتنتشر عندما تستشعر المستقبلات الروابط كيميائيا وميكانيكيا ، ويتم اكتشاف هذا الأخير بواسطة مجسباتنا. ومع ذلك ، في بعض الحالات قد تفشل الخلايا في الانتشار (الشكل 7 أ) أو تفشل في إنتاج إشارة شد. غالبا ما يكون هذا نتيجة لمشكلات كيمياء السطح ويتطلب استكشاف الأخطاء وإصلاحها (الجدول 1). تعد كثافة الرباط المنخفضة واحدة من أكثر المشكلات شيوعا التي تؤدي إلى فشل انتشار الخلايا. قد يكون هذا نتيجة لعوامل متعددة ، مثل الرباط المتحلل ، أو خيوط الحمض النووي المتدهورة ، أو الكواشف المتحللة مثل APTES و / أو LA-PEG-NHS ، أو جزيئات الذهب النانوية المجمعة ، أو عدم كفاية تنظيف الغطاء الزجاجي. من خلال مقارنة شدة مضان خلفية الركيزة على التجارب الناجحة والتجارب الفاشلة (الشكل 7 ب) ، يمكن للمرء تقييم مصدر المشكلة بسرعة. على سبيل المثال ، تشير الأسطح ذات الإشارة الفلورية القوية من قياسات الخلفية إلى أن تجميد مجسات الحمض النووي كان ناجحا. تشير كثافة الخلفية المنخفضة إلى وجود مشكلات في خطوات التحضير قبل إضافة الستربتافيدين والرباط البيوتينيل. إذا كانت المشكلة ناتجة عن الرباط ، فيمكن التحقق من جودته عن طريق طلائه على شريحة زجاجية أو آبار في صفيحة 96 بئرا عند 10 ميكروغرام / مل لاختبار التصاق الخلية. هذا اختبار وظيفي مفيد لنشاط الرباط لروابط pMHC والأجسام المضادة ل CD3. من خلال مراقبة تغير اللون (وردي باهت) لأغطية الأغطية الوظيفية بعد خطوة حضانة Au NP ، يمكن للمرء تقييم ما إذا كانت المشكلة ناتجة عن تدهور الحمض النووي أو الخطوات التي تسبق الحضانة بالحمض النووي (الشكل 7 ج). يمكن التحقق من جودة شريط الحمض النووي باستخدام HPLC و MALDI-TOF-MS ، حيث ستظهر عينة واحدة من الحمض النووي قمم متعددة إذا تدهورت. يمكن تأكيد جودة Au NPs من خلال مقارنة أطياف الأشعة المرئية وفوق البنفسجية وصور TEM مع التوصيف المقدم من قبل الشركة المصنعة. إذا تم التحقق من جودة الربيطة وخيوط الحمض النووي و Au NP ولم تتسبب هذه الكواشف في مشكلة السطح ، فإننا نوصي باستبدال الكواشف بما في ذلك APTES و LA-PEG-NHS وحمض الكبريتيك و H2O2 لإعداد السطح في المستقبل بدلا من قضاء الوقت لتحديد سبب مشكلة كيمياء السطح بدقة. باستثناء مشكلة الكثافة المنخفضة التي ستتسبب في فشل كبير في ركيزة مسبار الحمض النووي ، هناك بعض المشكلات البسيطة التي يمكن أن تؤثر على جودة البيانات. نظرا لأن تحضير السطح له خطوات حضانة متعددة ، يجب جعل المخازن المؤقتة المستخدمة أثناء تحضير السطح طازجة وتصفيتها وحفظها عند 4 درجات مئوية للتخزين لتجنب التلوث. إذا كان السطح ملوثا ، فسيكون مرئيا في قناة RICM وقد يؤدي إلى خلفية مضان غريبة. بخلاف التلوث ، يمكن أن تتشكل الركام في محلول مخزون الحمض النووي بمرور الوقت ، مما قد يؤدي إلى نقاط مضيئة في قناة Cy3B (الشكل 7 د). عادة ، لن تؤثر بعض المجاميع على جودة البيانات ؛ ومع ذلك ، إذا هبطت خلية على مناطق بها مثل هذه العيوب ، فإن تحليل البيانات يكون أقل موثوقية. في بعض الأحيان ، يمكن ملاحظة أنماط غير منتظمة تؤثر على رسم خرائط التوتر في كل من قنوات RICM و Cy3B ، والتي يمكن أن تأتي من الغسيل غير الكافي بعد خطوة APTES ، أو التجفيف العرضي للسطح أثناء الخطوات بعد تشغيل جزيئات الذهب على السطح (الشكل 7 هاء). قد تؤثر هذه الأنماط على رسم خرائط التوتر اعتمادا على مدى شدتها. لحفظ الكواشف الثمينة نسبيا مثل الأجسام المضادة أو pMHCs ، نوصي دائما بالتحقق من جودة السطح (انظر 2.2.1 و 3.3) قبل تشغيل مجسات توتر دبوس الشعر DNA باستخدام الجسم المضاد / اليجند. على الرغم من أن بروتوكول تحضير السطح هذا كان قويا وموثوقا به في أيدينا ، لاحظ أنه لا يتحمل دائما التعديلات في خطوات معينة جيدا. على سبيل المثال ، عند استخدام النقش الأساسي والبلازما بدلا من حفر سمكة البيرانا ، فمن المحتمل جدا أن تنخفض كثافة المسبار ، وتوجد المزيد من العيوب السطحية. من المحتمل أن تؤثر التعديلات في حجم Au NP وكواشف السد بشكل كبير على نتائج وظائف السطح (الشكل 7 واو). على سبيل المثال ، وجدنا أن 5 و 10 نانومتر Au NPs لا ترتبط بالأسطح المعدلة لحمض ليبويك بشكل جيد للغاية ، مما يؤدي إلى الحد الأدنى من الحمض النووي بعد تحضير السطح. ومع ذلك ، يمكن أن يرتبط 8.8 نانومتر و 13 نانومتر Au NPs بأسطح حمض ليبويك بكثافة عالية جدا ، والتي لوحظت في RICM (الخشونة) ، وقناة Cy3B (شدة التألق).
بمجرد إعداد أسطح مسبار شد دبوس الشعر للحمض النووي ذات النوعية الجيدة ، يمكن للمرء إجراء تجارب على الخلايا ذات الأهمية والحصول على البيانات باستخدام مجهر مضان. يمكن التقاط التوتر في الوقت الفعلي باستخدام مجهر مضان عادي مزود بهدف NA (فتحة رقمية) عالية و EMCCD. ومع ذلك ، لاحظ أننا لاحظنا أن الخلايا التائية الأولية تعرض أحيانا قطعا أثرية على أسطح مسبار شد الحمض النووي بسبب ظروف هذا الفأر بالذات. من الناحية القصصية ، من المرجح أن تحدث مثل هذه القطع الأثرية مع الفئران الأكبر سنا. على سبيل المثال ، لاحظنا استنفادا سلبيا للتألق بدلا من إشارات التألق التي يتم تشغيلها (الشكل 7G). في هذه الحالة ، قم بإنهاء التجربة وإعادتها بمجموعة جديدة من الخلايا. قبل استخدام حبلا قفل غير الفلورسنت للتحليل الكمي لقوى المستقبلات ، يجب تأكيد تخزين إشارة التوتر ومحوها باستخدام حبلا قفل الفلورسنت Atto647N. بعد القفل الأولي لمدة 10 دقائق ، يجب أن تكون إشارة Atto647N موضعية بقوة مع إشارة Cy3B ، لأنها تعكس تاريخ التوتر أثناء هذه الحضانة. نظرا لأن إشارة Cy3B لا تعكس فقط تاريخ التوتر ولكن أيضا قوى الوقت الفعلي بعد إزالة حبلا القفل ، فمن المحتمل ألا تكون مجموعة فرعية صغيرة من إشارة Cy3B مصحوبة بإشارة Atto647N (الشكل 3J). للحصول على تحليل كمي أكثر للتوتر ، نوصي باستخدام حبلا قفل غير فلوري من شأنه القضاء على نقل الطاقة المحتمل بين Cy3B و Atto647N ، بالإضافة إلى تجنب الغسلات الزائدة بين عمليات التقاط الصور. لاحظ أن إضافة حبلا القفل سيؤدي حتما إلى زيادة طفيفة في الخلفية الفلورية ، حيث ستؤدي الديناميكا الحرارية إلى بعض التهجين الطفيف بين دبوس الشعر وخصلة القفل ، والتي يمكن طرحها قبل القياس الكمي. يمكن للمرء تحديد الكثافة المتكاملة لكل خلية بعد إجراء القفل لدراسة القوة الناتجة عن مستقبل معين. بالإضافة إلى ذلك ، من المحتمل أن تعكس حركية القفل 2D k و k من مستقبل إلى ليجنده.
مشكلة | السبب المحتمل | حل |
الأسطح ليست وردية بعد حضانة AuNP | النقش غير الكافي | قم بتضمين خطوة حفر القاعدة بعد حفر سمكة البيرانا. أغطية حفر في 0.5 متر KOH في حمام جليدي لمدة 1 ساعة مع صوتنة. |
يتحلل APTES | استخدم APTES الجديدة | |
يتم تحلل الكواشف NHS | استخدم كواشف PEG-NHS الجديدة | |
يتم تحلل كواشف PEG-NHS قبل إضافتها إلى الأسطح | العمل بشكل أسرع | |
تم تجميع Au NP | استخدام جديد الاتحاد الافريقي NP | |
الماء المتبقي على أغطية الأغطية يخفف من Au NP | تأكد من عدم وجود / القليل من بقايا الماء قبل إضافة Au NP | |
الخلايا لا تنتشر على السطح | انخفاض كثافة مسبار الحمض النووي | إذا لم تكن الأسطح وردية اللون ، فقم باستكشاف الأخطاء وإصلاحها كما هو موضح أعلاه. إذا كانت وظيفة Au NP طبيعية ، فقم بتوليف واستخدام الحمض النووي الجديد |
انخفاض كثافة ليجند | استخدم كواشف الستربتافيدين والليجند الجديدة | |
لا تنتشر الخلايا على الرباط | تحقق من انتشار الخلية على سطح مغطى بالرباط ، إذا لم تنتشر الخلايا ، فقم بتضمين جزيئات ملتصقة كما هو موضح في المرجع 12. | |
تنتشر الخلايا بشكل جيد ولكن لا توجد إشارة توتر أو يتم ملاحظة إشارة توتر ضعيفة جدا فقط حتى مع التحكم في الأجسام المضادة | لا يحتوي تفاعل مستقبلات الرباط على انتقال القوة | غير متوفر |
القوة قصيرة الأجل أو إشارات القوة متناثرة | استخدم قفل قليل النوكليوتيد | |
السطح غير مخمل جيدا | زيادة مخروط خلات السلفو-NHS ، حتى 10 ملغ / مل | |
لم يلاحظ أي إشارة قفل في Atto647N | تحلل قليل النوكليوتيد | تحقق مع MALDI-TOF-MS |
إشارة القفل مضادة للموقع باستخدام مسبار في الوقت الفعلي | قوة المستقبل أعلى من نطاق عمل قفل النوكليوتيدات | استخدم مسبار دبوس الشعر في الوقت الفعلي 19 pN من المرجع 12 كما هو موضح. |
الجدول 1: استكشاف الأخطاء وإصلاحها باستخدام نظام مسبار التوتر القائم على الحمض النووي.
يعد تطبيق تخزين المعلومات الميكانيكية مفيدا بشكل خاص لرسم خرائط لقوى المستقبلات التي تولدها الخلايا المناعية ، والتي غالبا ما تكون عابرة وأقل وفرة. كما هو محدد بواسطة قياسات التحليل الطيفي أحادي الجزيء ، لوحظ عمر رابطة الذروة مع تطبيق ~ 10 pN من القوة مع عمر يتراوح من أقل من 100 مللي ثانية إلى عدة ثوان. يصعب التقاط مثل هذه الروابط قصيرة المدة باستخدام تصوير مسبار شد دبوس الشعر التقليديللحمض النووي 15. استخدام آخر لنظام التخزين الميكانيكي هذا هو عندما تكون كثافة المستقبل محل الاهتمام منخفضة نسبيا على سطح الخلية16 ، مما ينتج عنه إشارة متفرقة يصعب تمييزها غالبا عن الخلفية باستخدام مجسات توتر دبوس الشعر التقليدية للحمض النووي. يمكن الكشف عن قوى المستقبلات منخفضة الكثافة هذه من خلال رسم خرائط التوتر المتراكمة باستخدام هذه الاستراتيجية. لاحظ أننا نقصر تطبيق هذه الاستراتيجية على الخلايا المناعية على وجه التحديد ، حيث من المعروف أن القوى الموجودة في الخلايا المناعية موجودة في النظام السفلي (TCRs < 19 pN) مقارنة بالأنتغرينات في الخلايا الليفية أو الصفائح الدموية (حتى أو أكثر من 56 نيوتن)12،13،15. والسبب هو أن معدل التهجين الثابت khyb لا يضعف عندما يكون الحمل أقل من 20 pN وفقا لقياسات الملقط البصري ، والذي يقع في حدود 106 M-1 S-1. علاوة على ذلك ، من المتوقع أن يكون k hyb تحت القوى < 20 pN أعلى قليلا من khyb عند قوة صفرية ، حيث تساعد القوة الضعيفة في محاذاة الشريط حتى يهجن الشريط المكمل مع17. من ناحية أخرى ، من المتوقع أن تعيق القوى الأكبر التهجين ، حيث يزداد k ويخلق حاجزا لحدوثالتهجين 18. بالنسبة للقفل الذي يبلغ طوله 15-17 نيوكليوتيد ، نقدر أن قوة حوالي 27.8 إلى 30.8 pN ستعيق التهجين. بالنظر إلى هذه القيود ، نقترح تطبيق هذه الطريقة حصريا في التحقيقات في قوى مستقبلات الخلايا المناعية. بالإضافة إلى ذلك ، من المرجح أن يؤدي وجود حبلا القفل إلى إمالة مشهد الطاقة لتكشف دبوس الشعر ، مما قد يقلل قليلا من فعالية F1/2.
يعلن أصحاب البلاغ عدم وجود تضارب في المصالح.
تم دعم هذا العمل من قبل منح المعاهد الوطنية للصحة R01GM131099 و NIH R01GM124472 و NSF CAREER 1350829. نشكر مرفق المعاهد الوطنية للصحة Tetramer على روابط pMHC. تم دعم هذه الدراسة ، جزئيا ، من قبل Emory Comprehensive Glycomics Core.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
3-hydroxypicolinic acid (3-HPA) | Sigma | 56197 | maldi-TOF-MS matrix |
mPEG-SC | Biochempeg | MF001023-2K | surface prep |
(3-Aminopropyl)triethoxysilane | Acros | AC430941000 | surface prep |
10x Red blood cell lysis buffer | Biolegend | 00-4333-57 | buffer |
8.8 nm gold nanoparticles, tannic acid | Nanocomposix | customized order | surface prep |
Atto647N NHS ester | Sigma | 18373-1MG-F | fluorophore, oligo prep |
Attofluor Cell Chamber, for microscopy | Thermo Fisher Scientific | A7816 | imaging |
BD Syringes only with Luer-Lok | BD bioscience | 309657 | cells |
biotinylated anti-mouse CD3e | ebioscience | 13-0031-82 | antibody/ligand |
Biotinylated pMHC ovalbumin (SIINFEKL) | NIH Tetramer Core Facility at Emory University | NA | antibody/ligand |
bovine serum albumin | Sigma | 735078001 | block non-specific interactions |
Cell strainers | Biologix | 15-1100 | cells |
Coverslip Mini-Rack, teflon | Thermo Fisher Scientific | C14784 | surface prep |
Cy3B NHS ester | GE Healthcare | PA63101 | fluorophore, oligo prep |
Dulbecco's phosphate-buffered saline (DPBS) | Corning | 21-031-CM | buffer |
ethanol | Sigma | 459836 | surface prep |
Hank’s balanced salts (HBSS) | Sigma | H8264 | buffer |
hydrogen peroxide | Sigma | H1009 | surface prep |
LA-PEG-SC | Biochempeg | HE039023-3.4K | surface prep |
Midi MACS (LS) startup kit | Miltenyi Biotec | 130-042-301 | cells |
mouse CD8+ T cell isolation kit | Miltenyi Biotec | 130-104-075 | cells |
Nanosep MF centrifugal devices | Pall laboratory | ODM02C35 | oligo prep |
No. 2 round glass coverslips | VWR | 48382-085 | surface prep |
NTA-SAM | Dojindo Molecular Technologies | N475-10 | surface prep |
P2 gel | Bio-rad | 1504118 | oligo prep |
sufuric acid | EMD Millipore Corporation | SX1244-6 | surface prep |
Sulfo-NHS acetate | Thermo Fisher Scientific | 26777 | surface prep |
Equipment | |||
Agilent AdvanceBio Oligonucleotide C18 column, 4.6 x 150 mm, 2.7 μm | 653950-702 | oligonucleotide preparation | |
Barnstead Nanopure water purifying system | Thermo Fisher | water | |
CFI Apo 100× NA 1.49 objective | Nikon | Microscopy | |
Cy5 cube | CHROMA | Microscopy | |
evolve electron multiplying charge coupled device (EMCCD) | Photometrics | Microscopy | |
High-performance liquid chromatography | Agilent 1100 | oligonucleotide preparation | |
Intensilight epifluorescence source | Nikon | Microscopy | |
Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometer (MALDI-TOF-MS) | Voyager STR | oligonucleotide preparation | |
Nanodrop 2000 UV-Vis Spectrophotometer | Thermo Fisher | oligonucleotide preparation | |
Nikon Eclipse Ti inverted microscope | Nikon | Microscopy | |
Nikon Perfect Focus System | Nikon | Microscopy | |
NIS Elements software | Nikon | Microscopy | |
quad band TIRF 405/488/561/647 cube | CHROMA | Microscopy | |
RICM cube | CHROMA | Microscopy | |
TIRF launcher with 488 nm (50 mW), 561 nm (50 mW), and 640 nm | Coherent | Microscopy | |
TRITC cube | CHROMA | Microscopy | |
oligo name | 5' modification / 3' modification | sequence (5' to 3') | Use |
15mer amine locking strand | 5' modification: no modification 3' modification: /3AmMO/ | AAA AAA CAT TTA TAC CCT ACC TA | locking real-time tension signal |
15mer Atto647N locking strand | 5' modification: Atto647N 3' modification: /3AmMO/ | AAA AAA CAT TTA TAC CCT ACC TA | locking real-time tension signal |
15mer non-fluoresccent locking strand | 5' modification: no modification 3' modification: no modification | A AAA AAC ATT TAT AC | locking real-time tension signal for quantitative analysis |
4.7 pN hairpin strand | 5' modification: no modification 3' modification: no modification | GTGAAATACCGCACAGATGCGT TTGTATAAATGTTTTTTTCATTTAT ACTTTAAGAGCGCCACGTAGCC CAGC | hairpin probe |
amine ligand strand | 5' modification: /5AmMC6/ 3' modification: /3Bio/ | CGCATCTGTGCG GTA TTT CAC TTT | hairpin probe |
BHQ2 anchor strand | 5' modification: /5ThiolMC6-D/ 3' modification: /3BHQ_2/ | TTTGCTGGGCTACGTGGCGCTCTT | hairpin probe |
Cy3B ligand strand | 5' modification: Cy3B 3' modification: /3Bio/ | CGCATCTGTGCG GTA TTT CAC TTT | hairpin probe |
unlocking strand | 5' modification: no modification 3' modification: no modification | TAG GTA GGG TAT AAA TGT TTT TTT C | unlocking accumulated tension signal |
Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article
Request PermissionThis article has been published
Video Coming Soon
Copyright © 2025 MyJoVE Corporation. All rights reserved