Authors
Contact Us

Sign In

In This Article

  • Summary
  • Abstract
  • Introduction
  • Protocol
  • النتائج
  • Discussion
  • Disclosures
  • Acknowledgements
  • Materials
  • References
  • Reprints and Permissions

Summary

فلوري التهجين الموضع (FISH) في يسمح للكشف عن الأحماض النووية في بيئتها الأصلية داخل الخلايا. نحن هنا وصف بروتوكول لمجتمعة، كشف في وقت واحد من الحمض النووي الريبي والحمض النووي عن طريق FISH، والتي يمكن استخدامها لدراسة الكروموزوم (اكس) في تعطيل الماوس الخلايا الجذعية الجنينية.

Abstract

فلوري التهجين الموضع (FISH) في هي تقنية الجزيئية التي تمكن الكشف عن الأحماض النووية في خلايا. وكثيرا ما يستخدم الحمض النووي FISH في علم الوراثة الخلوية وتشخيص السرطان، ويمكن الكشف عن الانحرافات من الجينوم، والذي لديه كثير من الأحيان آثار طبية هامة. RNA FISH يمكن استخدامها للكشف عن جزيئات الحمض النووي الريبي في الخلايا، وقدمت معلومات هامة في تنظيم التعبير الجيني. الجمع بين DNA و RNA FISH ضمن نفس الخلية يمثل تحديا تقنيا، والظروف المناسبة لالحمض النووي FISH قد تكون قاسية جدا بالنسبة الهشة، واحد الذين تقطعت بهم السبل جزيئات الحمض النووي الريبي. ونحن هنا نقدم بروتوكول يسهل تطبيقها والتي تمكن المشترك، وكشف في وقت واحد من الحمض النووي الريبي والحمض النووي Xist المشفرة بواسطة X الكروموسومات. يمكن المرجح أن يتم تطبيق هذا الحمض النووي RNA-FISH البروتوكول جنبا إلى جنب مع الأنظمة الأخرى التي يحتاج فيها كل من الحمض النووي الريبي والحمض النووي ليتم الكشف.

Introduction

دراسة الخلايا والأنسجة عن طريق فلوري التهجين الموضع (FISH) في، منذ بدء العمل به في أواخر 1970s 1، سمح الباحثون لدراسة الجينات، وتنظيم الكروماتين والتعبير الجيني على مستوى التحت خلوية. وكثيرا ما يستخدم الحمض النووي FISH في علم الوراثة الخلوية، تنميط نووي 2، 3 تشخيص السرطان وما قبل الزرع الفحص الجيني 4، ولها دور مهم في مجال الأبحاث الجزيئية 5-6 لأنه يسمح للكشف عن الأحماض النووية في بيئتها الأصلية. واحد تحليل التعبير الخلية عن طريق الحمض النووي الريبي FISH يمكن الكشف عن النصوص الأولية المحلية والرنا غير المكودة يتم نسخها من الكروموسومات، ويوفر مزايا لغيرها من التقنيات التي تقيم التعبير الجيني على مستوى السكان، بما في ذلك على سبيل المثال الكمي RT-PCR، تحليل الجينوم واسعة التعبير أو النشاف الشمالية . من خلال وضع تصور النصوص الحمض النووي الريبي التي تنشأ مباشرة من مواقعها الأصلية، فقد كان على سبيل المثاللاحظت أن التعبير الجيني هو مؤشر ستوكاستيك 7، ويمكن أن يكون في بعض الأحيان محددة أليل 8. والتحسينات في تقنية حتى يسمح الكشف النوعي والكمي لجزيئات مرنا واحد داخل الخلايا 9-11.

المبدأ الأساسي للFISH يتكون من تهجين الأحماض النووية داخل الخلية إلى التحقيق الحمض النووي عن طريق محددة للغاية واتسون وكريك قاعدة الاقتران. التحقيق يمكن أن تكون إما مباشرة أو غير مباشرة الكشف، مما أدى إلى إشارة التي يمكن تصور مجهريا. وتألفت المحاولات الأولية لتحقيقات المسمى بالإشعاع، والتي كان من العيوب على أساس قضايا السلامة، والقرار المكانية محدودة والقدرة على الكشف عن هدف واحد فقط في كل مرة 12-14. التطور اللاحق للتسميات امشع، بما في ذلك fluorochromes، (Hapten) الناشب والإنزيمات، وسمح انتشار استخدام واسعة من الأسماك كأسلوب روتين البيولوجيا الجزيئية. يمكن إما التحقيق FISH يكون المسمى مباشرة مع fluorochرميس بواسطة الربط الكيميائي للجزيئات الحمض النووي الفلورسنت لتسلسل 15 والتكامل من النيوكليوتيدات fluorescently المسمى 16-19، أو التحقيق يمكن تصور بشكل غير مباشر بعد دمج (Hapten) الناشب (بما في ذلك البيوتين وdigoxigenin) وكشف المناعية (Hapten) الناشب عن طريق الأجسام المضادة المحددة ناشبة مترافق ل مراسل الفلورسنت جزيئات 20-21. النهج الأخير يسمح إشارة التضخيم باستخدام عدة طبقات من الأجسام المضادة fluorescently المسمى والتي تستخدم لتعزيز الإشارة الأصلية، وتمكن من الكشف عن الحمض النووي الريبي الأنواع التي يتم التعبير عنها في مستويات منخفضة. من خلال الجمع بين تقنيات وضع العلامات المباشرة وغير المباشرة ومختلف (Hapten) الناشب عدة أهداف يمكن تصور في وقت واحد داخل نفس الخلية.

واحدة من أهم الخطوات في بروتوكولات FISH هو التهجين من لجنة التحقيق إلى هدفه. على الرغم من الناحية النظرية، فإن التحقيق على وجه التحديد ربط فقط إلى هدفه، في الممارسة العملية، وهذا التحديدهو لم يتحقق دائما، كما تحقيقات قد ربط مناطق متماثلة، وسوف الظروف التهجين لا يكون دائما مثاليا لبعض الأنواع المنطقة DNA أو الحمض النووي الريبي. ولأهمية خاصة يغسل بعد التهجين هي، لأنها يمكن أن تزيد من صرامة الإجراءات FISH، ويمكن أن تمنع ملزم غير محدد من تحقيقات FISH، الذي من شأنه أن يؤدي إلى ارتفاع مستوى الضوضاء في الخلفية. كما تقطعت بهم السبل جزيئات الحمض النووي الريبي واحد يمكن بسهولة أن تكون المهجنة إلى التحقيق FISH. في المقابل، فإن جزيء الحمض النووي المزدوج تقطعت بهم السبل يحتاج أولا خطوة تمسخ، وبعد ذلك يمكن اجراء تحقيق هجن. وعادة ما يتحقق هذا عن طريق تسخين العينة، والذي ينتج في تمسخ من الحمض النووي. ومع ذلك، في ظل هذه الظروف القاسية، قد يتم فقدان الهشة، واحد الذين تقطعت بهم السبل جزيئات الحمض النووي الريبي. لذلك، يتطلب الحمض النووي RNA-مجتمعة FISH الأمثل كبيرة من الظروف، وأكثر تحديا تقنيا مقارنة الكشف منفصلة من الحمض النووي الريبي فقط أو الحمض النووي.

نحن هنا حاضراتا بروتوكول مفصلة من جنبا إلى جنب، في وقت واحد FISH الحمض النووي RNA-الذي سمح لنا لدراسة الكروموزوم (اكس) تعطيل (XCI) في التفريق فئران الخلايا الجذعية الجنينية 22-24. XCI هو آلية جينية حاسمة للتنمية الجنينية الإناث 25، والنتائج في الكروماتين المغاير، وبالتالي إسكات واحد من اثنين من الكروموزومات X في الأفراد الإناث 26-27. الأساسية لهذه العملية هو الحمض النووي الريبي Xist غير المكودة 28-30، والتي يتم تنظيمها من قبل RNF12 22-23 وREX1 24 البروتينات. التعبير Xist يصبح غير نشط upregulated على الكروموزوم (اكس) في المستقبل (شي) أثناء التطور الجنيني أو على تمايز الخلايا ES في المختبر ، ويمكن أن ينتشر على طول الكروموسوم X، وبالتالي جذب لونين إعادة عرض الانزيمات التي تؤدي إلى إيقاف النسخي من الكروموزوم (اكس) 31. نشر هذا Xist RNA يمكن تصور بواسطة الحمض النووي الريبي FISH بوصفها طلاء من الصبغي Xبعض، والذي يشار إليه أيضا باسم سحابة Xist. منذ خلايا ES الإناث يمكن أن تفقد واحدا من الكروموسومات X، نظرا لعدم الاستقرار الجيني، ونحن وآخرون يعملون مجتمعة الحمض النووي RNA-FISH لدراسة XCI، للتأكد من أن يتم تقييم الخلايا فقط karyotypically مستقرة في تحليل هذه العملية الهامة 22،32 -34. كما هو الحال مع كل تقنية البيولوجيا الجزيئية، وقد نشرت عدة بروتوكولات مختلفة ممتازة 35-38. هنا نقدم أسلوبنا، بدءا من تحريض التمايز في الخلايا ES الماوس، تثبيت الخلايا، ووضع العلامات تحقيقات FISH نيك الترجمة، قبل المعاملة من خلايا ثابتة للسماح permeabilization واللاحقة امتصاص التحقيق، التهجين من لجنة التحقيق إلى الهدف، وأخيرا كشف التحقيق عن طريق الأجسام المضادة fluorescently المسمى. بروتوكول هنا قدمت يسمح للكشف المؤمنين من Xist الحمض النووي الريبي والكروموزوم (اكس) في غضون يومين، وأساسيات هذه التقنية يمكن المرجح أن تتكيف مع التمديدنظم لها ومجالات البحث.

Protocol

1. تحريض التمايز في الخلايا الجذعية الجنينية أنثى للحث على كروموسوم X التعطيل

ملاحظة: تزرع الخلايا الجذعية الجنينية أنثى (متوفر عند الطلب) في ظل الظروف خلية ES القياسية على أطباق الثقافة مهيلم المغلفة مع الخلايا الليفية الماوس الجنينية (MEFs). نحن هنا نفترض أن القارئ على دراية تقنيات زراعة الخلايا القياسية 39-41. للحث على التمايز، وسيتم فصل خلايا ES تزرع في أطباق T25 من MEFs، وسيتم مطلي التمايز في المتوسط.

  1. إزالة ES المتوسطة من زراعة الخلايا ES، ويغسل مرتين مع PBS ثقافة الخلية.
  2. إضافة 1.5 مل التربسين EDTA-(استعد مسبقا إلى 37 درجة مئوية)، واحتضان الخلايا عند 37 درجة مئوية لمدة 7 دقائق. بعد 3.5 دقيقة، ويهز الطبق برفق لتفريق المستعمرات.
  3. إبطال نشاط التربسين EDTA-بإضافة 3.5 مل من المتوسط ​​إلى تمايز الخلايا. خلايا ماصة صعودا وهبوطا للحصول على حل وحيد الخلية، وجمعفي أنبوب 15 مل. تدور لمدة 5 دقائق في 200 x ج، وجمع الخلايا في 10 مل من التمايز المتوسطة.
  4. إضافة تعليق الخلية إلى طبق ثقافة غير مهيلم، واحتضان لمدة 1 ساعة في حاضنة الثقافة الخلية. ملاحظة: سوف MEFs تكون قادرة على الانضمام إلى صحن الثقافة غير مهيلم، في حين أن خلايا ES ستبقى في التعليق.
  5. في غضون ذلك، إضافة coverslips الزجاج معقمة (24 × 24 مم) إلى 6 لوحات جيدا، إضافة 0.2٪ الجيلاتين، واحتضان لمدة 5 دقائق في الحد الأدنى من درجة حرارة الغرفة.
  6. بعد 1 ساعة، وجمع طاف ثقافة الخلية ES قبل مطلي، والتي سوف تتكون أساسا من عدم الالتزام خلايا ES. لوحة خلايا ES إلى 6 لوحات جيدة تحتوي على coverslips. ملاحظة: استخدام ⅙ عشر من صحن متكدسة T25 لمدة 6 آبار لوحة 6 جيدا. وهذا سوف يسمح تمايز متموجة جيدا بعد 3 أيام من التمايز. تغيير المتوسطة على أساس يومي. للدورات وقتا أطول التمايز، لوحة ما قبل مطلي خلايا ES في التمايز المتوسطة في الأطباق البكتيرية، وincubيأكلون على شاكر الخلية دمجها في حاضنة الثقافة الخلية. وسوف تسمح هذه الخلايا لتشكيل هيئات مضغي الشكل، والتي يمكن مطلي إلى coverslips 1-2 أيام قبل التثبيت.

2. تثبيت خلايا ES المتباينة لاحقة تحليل الحمض النووي الريبي DNA-FISH

  1. إزالة التمايز المتوسطة من ثقافات التمايز، ويغسل مرتين مع PBS ثقافة الخلية. ملاحظة: إضافة PBS بعناية لمنع الخلايا جرفت.
  2. إزالة خلية ثقافة برنامج تلفزيوني وإصلاح الخلايا بإضافة بارافورمالدهيد 4٪ (PFA) / برنامج تلفزيوني، واحتضان لمدة 10 دقيقة في درجة حرارة الغرفة. تنبيه: PFA هي سامة ويمكن أن تسبب مخاطر صحية كبيرة عندما يتم استنشاقه أو عندما تكون في اتصال على الجلد أو العينين. علاوة على ذلك، PFA هو مسرطنة.
  3. إزالة 4٪ PFA / برنامج تلفزيوني، وغسل coverslips 3X مع الايثانول 70٪. ملاحظة: غسل الصحيح هو المهم، لأن أي أثر لمنهاج العمل سوف تتداخل مع الخطوات اللاحقة FISH. ويمكن تخزين Coverslips في الايثانول 70٪ في -20 درجة مئوية لعدة أشهر قبل Fتحليل ISH.

3. صفها من تحقيقات الحمض النووي للتجارب FISH

ملاحظة: الحصول على جزء من الحمض النووي والجينات في المصالح (الحد الأدنى من طول> 2 كيلو بايت لRNA FISH، أو> 20 كيلو بايت لFISH DNA)، أو BAC تغطي الجين من الفائدة. للكشف عن الحمض النووي الريبي، يمكن للمسبار أصغر تكون كافية بالمقارنة مع اكتشاف الحمض النووي، لأن معظم النسخ من المرجح أن يؤدي في محاضر متعددة، والتي يمكن أن يتم الكشف عن في وقت واحد. للإشارة قوية على واحدة حبلا الحمض النووي نسخة، لا بد من التحقيق لفترة أطول، لتكون قادرة على الكشف عن وجود عدد كاف من (Hapten) الناشب يدمج. ويفضل أن يتم اختيار منطقة الجيني غير كتب لتصميم مسبار الحمض النووي. بالإضافة إلى ذلك، عند استخدام مسبار أصغر للكشف عن الحمض النووي الريبي، سيتم منع أن مواضع الجيني الذي يتم نسخها الحمض النووي الريبي ويجري الكشف في نهج FISH الحمض النووي RNA-مجتمعة، رغم أن هذا لا يمكن استبعاد تماما. للكشف عن الماوس Xist، تم استخدام [كدنا] المسبار 5.5 كيلو بايت. لديتection من الكروموزوم (اكس)، ويمكن استخدام عدة تحقيقات BAC. وقد تم الحصول على نتائج جيدة مع خليط من BAC RP23-100E1 وBAC-CT7 474E4، والتي تقع على مقربة من موضع Xist. اعتمادا على الجينات أو الكروموسومات من الفائدة، قد يكون مطلوبا عدة تحقيقات مختلفة للحصول على أفضل النتائج. كلما العمل مع المواد التي سيتم استخدامها لRNA-FISH، استخدم نصائح عقيمة التصفية، ريبونوكلياز H 2 O الحرة، والعمل في بيئة نظيفة.

  1. تأخذ 1 ميكروغرام من الحمض النووي وتمييع في H 2 O في حجم ما مجموعه 16 ميكرولتر. إضافة 4 ميكرولتر من digoxigenin أو حل وضع العلامات البيوتين (انظر الكواشف)، ومزيج من قبل vortexing واحتضان عند 16 درجة مئوية لمدة 90 دقيقة. ملاحظة: سيتم الآن إدراج البيوتين أو النيوكليوتيدات المسمى digoxigenin التي كتبها نيك الترجمة.
  2. في هذه الأثناء، وإعداد أعمدة G50 لإزالة النيوكليوتيدات غير متكاملة. أخذ حقنة 2 مل، وإزالة الختام، وإضافة القطن المعقمة في حقنة. إضافة كرات G50 في حل رس ملء حقنة، ضع الحقنة في أنبوب 15 مل وأجهزة الطرد المركزي في 642 x ج لمدة 1 دقيقة. ملاحظة: يجب الآن شغل حوالي 80٪ من المحاقن مع G50. أكرر عند أقل G50 موجودا.
  3. بعد 90 دقيقة، وإضافة 40 ميكرولتر من H 2 O إلى نيك الترجمة خليط التفاعل، وإضافة رد الفعل إلى العمود G50. إضافة أنبوب فارغ تحت العمود، وأجهزة الطرد المركزي في 642 x ج لمدة 2 دقيقة. جمع تدفق من خلال أنبوب في رد الفعل.
  4. قياس حجم تدفق من خلال مع ماصة، وإضافة H 2 O للتوصل إلى حجم مجموعه 200 ميكرولتر. يعجل تدفق من خلال من خلال إضافة 13.3 ميكرولتر الحمض النووي الحيوانات المنوية السلمون (10 ملغ / مل)، 13.3 ميكرولتر الحمض الريبي النووي النقال الخميرة (10 ملغ / مل)، 26.7 ميكرولتر الماوس المهد-1 الحمض النووي (1 ملغ / مل) و 28 ميكرولتر 2 M NAAC، ودرجة الحموضة 5.6. مزيج من قبل vortexing، وإضافة 533 ميكرولتر الجليد الباردة الإيثانول بنسبة 100٪. يهز الأنبوب، وأجهزة الطرد المركزي في 16،200 x ج لمدة 30 دقيقة في 4 درجات مئوية.
  5. إزالة طاف، ويغسل بيليه مرتين مع الايثانول 70٪. أجهزة الطرد المركزي في 16،200 x ج لمدة 5 دقائق في4 درجات مئوية، والهواء الجاف بيليه. إضافة 50 ميكرولتر من حل 50 + التهجين، واحتضان عند 37 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة لتسهيل تذويب. ويمكن تخزين وصفت التحقيق لعدة سنوات في -20 درجة مئوية. ملاحظة: تحذير: 50 + حل التهجين يحتوي الفورماميد، التي هي سامة، يمكن أن تهيج الجلد والعينين والجهاز التنفسي، وأيضا مشوه.

4. Permeabilization، ما قبل المعالجة والتهجين من خلايا ثابتة لمتحدة الحمض النووي RNA-FISH

  1. ترطيب خلايا ثابتة coverslips على، عن طريق إزالة 70٪ من الإيثانول وإضافة خلية ثقافة PBS إلى 6 لوحات جيدة. احتضان لمدة 5 دقائق. تكرار في مجموع ثلاث مرات.
  2. إزالة خلية ثقافة برنامج تلفزيوني، وإضافة 0.2٪ البيبسين إلى 6 لوحات جيدة، لpermeabilize الخلايا. احتضان 6 لوحات جيدا في حمام مائي عند 37 درجة مئوية لمدة 4 دقائق. إزالة البيبسين، وتعطيل مع ريبونوكلياز H 2 O. مجانا
  3. الخلايا في مرحلة ما بعد الإصلاح التي يحتضنها مع PFA 4٪ / برنامج تلفزيوني لمدة 5 دقائق في درجة حرارة الغرفة. بعد fixatiعلى، ويغسل مرتين مع خلية ثقافة برنامج تلفزيوني لمدة 5 دقائق.
  4. يذوى الخلايا التي يحتضنها مع الايثانول 70٪ لمدة 3 دقائق، والإيثانول 90٪ لمدة 3 دقائق والإيثانول بنسبة 100٪ لمدة 3 دقائق. نقل coverslips من 6 لوحات جيدة، وcoverslips الهواء الجاف لعدة دقائق.
  5. الخلايا التي يحتضنها سن coverslips عند 65 درجة مئوية لمدة 1 ساعة على طبق من الحرارة.
  6. قبل هجن FISH التحقيق مع الماوس المهد-1 الحمض النووي عن طريق جمع كل ساترة ليتم تحليلها، 25 ميكرولتر من حل 50 + التهجين، 0.5 ميكرولتر الماوس المهد-1 الحمض النووي، 1 ميكرولتر من البيوتين المسمى Xist التحقيق و1 ميكرولتر من digoxigenin وصفت التحقيق BAC كشف الكروموزوم (اكس). مزيج من قبل vortexing، وتفسد على 99 درجة مئوية لمدة 5 دقائق. احتضان فورا عند 37 درجة مئوية لمدة 45 دقيقة، للسماح المهد-1 الحمض النووي لهجن لتكرار متواليات موجودة في التحقيقات.
  7. بعد الشيخوخة، بقعة 50 ميكرولتر من العازلة تمسخ (تتألف من 70٪ formamide/2x العازلة الفوسفات SSC/10 ملم) على شريحة زجاجية، ووضع على رأس coverslips مع الخلايا التي تواجه طوارس المخزن المؤقت تمسخ. احتضان عند 65 درجة مئوية لمدة 2 دقيقة.
  8. إضافة coverslips إلى 6 لوحات جيدة، والخلايا آخر الإصلاح، التي يحتضنها في الجليد الباردة الايثانول 70٪ لمدة 5 دقائق.
  9. يذوى الخلايا عن طريق الحضانة لاحقة في الايثانول 70٪ لمدة 3 دقائق، والإيثانول 90٪ لمدة 3 دقائق والإيثانول بنسبة 100٪ لمدة 3 دقائق. إزالة coverslips من 6 لوحات جيدة، والسماح الهواء الجاف لعدة دقائق.
  10. بقعة التحقيق المهجنة مسبقا على شريحة زجاجية، واحتضان ساترة على القمة. مكان الشرائح في غرفة ترطيب مليئة 50 مل 50٪ formamide/2x SSC، واحتضان بين عشية وضحاها في 37 درجة مئوية.

5. يغسل بعد التهجين والكشف عن الأجسام المضادة وساطة من مسبار

  1. ملء 6 لوحات جيدا مع 2X SSC، وقبل دافئ حتى 42 درجة مئوية. إضافة coverslips بعد الحضانة بين عشية وضحاها، واحتضان عند 42 درجة مئوية لمدة 5 دقائق.
  2. إزالة 2X SSC، واحتضان coverslips مع 50٪ SSC formamide/2x لمدة 10 دقيقة في 42 درجة مئوية. تكرار في مجموع 3 مرات (30 دقيقة من الغسيل تماما).
  3. إزالة 50٪ formamide/2x SSC، وتغسل الشرائح مع تريس المالحة توين (تجارة الرقيق عبر الأطلسي) ل2 × 5 دقائق في درجة حرارة الغرفة.
  4. بقعة 50 ميكرولتر تريس المالحة BSA (TSBSA) في ساترة على الشرائح الزجاجية الجديدة، واحتضان coverslips رأسا على عقب لعرقلة خلال 30 دقيقة في درجة حرارة الغرفة في غرفة مظلمة TST-مرطب.
  5. نقل coverslips إلى 6 لوحات جيدا، وغسل 2 × 5 دقائق مع تجارة الرقيق عبر الأطلسي.
  6. بقعة 50 ميكرولتر من الأجسام المضادة الأغنام المضادة للحفر (1:500 في TSBSA) في ساترة على الشرائح الزجاجية الجديدة، واحتضان coverslips رأسا على عقب للخطوة الحضانة لأول مرة خلال 30 دقيقة في درجة حرارة الغرفة في غرفة مظلمة TST-مرطب.
  7. نقل coverslips إلى 6 لوحات جيدا، وغسل 2 × 5 دقائق مع تجارة الرقيق عبر الأطلسي.
  8. بقعة 50 ميكرولتر من أرنب المضادة للالأغنام الضد مترافق مع FITC (1:250 في TSBSA) في ساترة على الشرائح الزجاجية الجديدة، واحتضان coverslips رأسا على عقب للخطوة الثانية الحضانة خلال 30 دقيقة في درجة حرارة الغرفة في غرفة مظلمة TST-مرطب .
  9. عبرفر coverslips إلى 6 لوحات جيدا، وغسل 2 × 5 دقائق مع تجارة الرقيق عبر الأطلسي.
  10. بقعة 50 ميكرولتر من الأجسام المضادة الماعز المضادة للأرنب مترافق مع FITC (1:250 في TSBSA) في ساترة على الشرائح الزجاجية الجديدة، واحتضان coverslips رأسا على عقب للخطوة الثالثة الحضانة خلال 30 دقيقة في درجة حرارة الغرفة في غرفة مظلمة TST-مرطب .
  11. نقل coverslips إلى 6 لوحات جيدا، وغسل 2 × 5 دقائق مع تجارة الرقيق عبر الأطلسي.
  12. بقعة 50 ميكرولتر من الماوس المضادة للأجسام المضادة البيوتين (1:200 في TSBSA) في ساترة على الشرائح الزجاجية الجديدة، واحتضان coverslips رأسا على عقب للخطوة الحضانة الرابعة خلال 30 دقيقة في درجة حرارة الغرفة في غرفة مظلمة TST-مرطب.
  13. نقل coverslips إلى 6 لوحات جيدا، وغسل 2 × 5 دقائق مع تجارة الرقيق عبر الأطلسي.
  14. بقعة 50 ميكرولتر من حمار مكافحة فأر الضد مترافق مع رودامين (1:250 في TSBSA) في ساترة على الشرائح الزجاجية الجديدة، واحتضان coverslips رأسا على عقب للخطوة الخامسة الحضانة خلال 30 دقيقة في درجة حرارة الغرفة في الظلام chamb TST-مرطبإيه.
  15. نقل coverslips إلى 6 لوحات جيدا، وغسل 2 × 5 دقائق مع تجارة الرقيق عبر الأطلسي.
  16. بقعة 50 ميكرولتر من الماعز المضادة للالحصان الضد مترافق مع رودامين (1:250 في TSBSA) في ساترة على الشرائح الزجاجية الجديدة، واحتضان coverslips رأسا على عقب للخطوة السادسة الحضانة خلال 30 دقيقة في درجة حرارة الغرفة في غرفة مظلمة TST-مرطب . ملاحظة: سوف الضد الماعز المضادة للالحصان التعرف على الأجسام المضادة حمار مكافحة فأر؛ عندما تكون متاحة للباحث، فإن الأجسام المضادة الماعز المضادة للحمار العمل كذلك.
  17. نقل coverslips إلى 6 لوحات جيدا، وغسل 2 × 5 دقائق مع تجارة الرقيق عبر الأطلسي. يغسل 5 دقائق إضافية مع تريس المالحة (TS).
  18. يذوى الخلايا عن طريق الحضانة لاحقة في الايثانول 70٪ لمدة 3 دقائق، والإيثانول 90٪ لمدة 3 دقائق والإيثانول بنسبة 100٪ لمدة 3 دقائق. إزالة coverslips من 6 لوحات جيدة، والسماح الهواء الجاف لعدة دقائق.
  19. بقعة قطرة من تصاعد المتوسطة مع دابي (انظر الكواشف) على شريحة زجاجية، وإضافة ساترة رأسا على عقب على رأس. ختم الشرائح مع طلاء الأظافر وتقييم نتائج FISH بواسطة المجهر الفلورسنت (الشكل 1).

النتائج

باستخدام بروتوكول المذكورة أعلاه مجتمعة لDNA-RNA FISH، وكنا قادرين على تصور الكروموزوم (اكس) في التفريق تعطيل الخلايا الجذعية الجنينية الإناث. الشكل يبين مثال 1 ممثل لFISH التجربة الحمض النووي RNA-، حيث اكتشفنا كلا Xist (والذي هو بوصفها رؤية ما يسمى Xist RNA سحابة على الكروموزوم (اكس) غير نشط ومتناهية النسخ القاعدية على الكروموزوم (اكس) النشط)، ومنطقة من الكروموزوم (اكس)، الذي يكون مرئيا كإشارة بالغة. لاحظ أن واحدا من إشارات بالغة يقع ضمن Xist السحابية، مما يدل على أن Xist سحابة توطين الواقع على طول، وتلبيس على الكروموزوم (اكس). في أكثر من 99٪ من الخلايا، اكتشفنا باستخدام لدينا بروتوكول إشارة DNA الصحيح (لا تظهر البيانات). مقارنة الحمض النووي الريبي-FISH، تصور Xist السحب باستخدام الحمض النووي RNA-الداخلي FISH مجتمعة تبدو أكبر في بعض الأحيان، ويبدو أن الحمض النووي التشويه والتحريف لاحتلال مساحة أكبر. لقد أوبتترتب عليه نتائج مماثلة باستخدام خلايا ES الإنسان، الخلايا الليمفاوية البشرية ومختلف خطوط الخلايا الليفية من مختلف الأنواع، وأنها طبقت نفس البروتوكول لدراسة التعبير الجيني لمختلف العاشر مرتبطة مواضع، بما في ذلك Rnf12. بالإضافة إلى ذلك، عندما تم تطبيق هذا البروتوكول لغير متمايزة خلايا ES الإناث، يمكن أن يتم الكشف عن التعبير القاعدية Xist من كل من الكروموسومات X، مما يدل على أن استخدام هذا البروتوكول أيضا الجينات التي أعرب عنها في مستويات منخفضة يمكن تصور (لا تظهر البيانات).

figure-results-1565
الرقم 1. الحمض النووي RNA المشترك FISH في خلايا ES الإناث المتفاوتة. ممثل النتائج التي تم الحصول عليها بعد بروتوكول الموصوفة هنا لمجتمعة الحمض النووي RNA-FISH. يتم الكشف عن كروموسوم X (X مركز حقوق الانسان.) باستخدام BAC التحقيق المسمى digoxigenin التي تصور باستخدام الأجسام المضادة مترافق إلى FITC (علامة خضراءآل). في الخلية كل تقريبا، تم الكشف عن اثنين من الكروموزومات العاشر. يتم الكشف عن الحمض النووي الريبي باستخدام Xist البيوتين المسمى التحقيق [كدنا]، والتي تصور باستخدام الأجسام المضادة مترافق لرودامين (إشارة حمراء). تم الكشف عن كل من تراكمات Xist كبير على الكروموزوم (اكس) غير نشط (Xist السحب) والقاعدية التعبير Xist من الكروموزوم (اكس) النشط (يبرز Xist) (ملاحظة: على التمايز وتوقف هذا التعبير Xist القاعدية على مستقبل نشطة الكروموزوم (اكس)، وبالتالي لم يتم الكشف عن في كل نواة). وcounterstained نوى مع دابي (الأزرق). يمثل شريط النطاق 10 ميكرومتر. اضغط هنا لمشاهدة صورة أكبر.

Discussion

الجمع بين الحمض النووي RNA-FISH يمكن أن يكون تحديا من الناحية التقنية، والظروف المناسبة لالحمض النووي FISH يمكن أن تكون قاسية جدا لجزيئات الحمض النووي الريبي أقل استقرارا. وقد تم تطبيق عدة نهج لدراسة كل من الحمض النووي والجيش الملكي النيبالي في نفس الخلية، التحايل على الحاجة إلى الحضانة في وقت واحد مع تحقيقات الكشف عن كل من الحمض النووي والحمض النووي الريبي. على سبيل المثال، في نهج استعلاء، يتم تنفيذ أول FISH الحمض النووي الريبي، ويتم تصوير الخلايا، ويتم أخذ الإحداثيات. بعد ذلك، يتم استخدام نفس الشرائح لFISH الحمض النووي، وخلالها يتم فقدان إشارة من الحمض النووي الريبي FISH. بعد FISH الحمض النووي، ويتم تصوير الخلايا مرة أخرى، ويتم فرضه على الصور التي تم الحصول عليها من كل من الحمض النووي الريبي والحمض النووي FISH. على الرغم من أن هذا النهج سوف تعمل في جميع الحالات تقريبا، حيث أن الحمض النووي للخلايا ثابتة مستقرة، ولا يتأثر بالعلاج اللازم لFISH RNA الأولي، وهذا هو نهج شاقة للغاية والتي سوف تكلف أربعة أيام على الأقل. في نهج آخر، أولا يتم تنفيذ FISH RNA، يتم إصلاح الحمض النووي الريبي إشارة FISH بإضافة سمثبتات و، وبعد ذلك يتم تطبيق FISH الحمض النووي. على الرغم من أن هذا النهج أيضا يمكن أن تعمل، وبعض من إشارة الفلورسنت المستمدة من الحمض النووي الريبي FISH يمكن أن تضيع على التثبيت. هذا قد لا سيما تعيق الكشف عن النصوص التي يتم التعبير عنها فقط عند مستوى منخفض. هو الأمثل النهج الواردة في هذه الوثيقة للكشف في وقت واحد من كل من الحمض النووي الريبي الهدف واحد وهدف واحد في الحمض النووي FISH تجربة واحدة، ولها ميزة أن كلا من النتائج التي يمكن الحصول عليها في تجربة واحدة في غضون يومين، مع نتائج موثوقة.

عدة خطوات في البروتوكول FISH حاسمة للحصول على أفضل النتائج. أولا، كلما التعامل مع جزيئات الحمض النووي الريبي، ينبغي للمرء أن يكون حريصا على عدم إدخال ريبونوكلياز عازلة أو في أي حل المستخدمة. وبالتالي، ينبغي إنشاء بيئة عمل نظيفة، وينبغي أن تستخدم مرشح نصائح عند الكواشف pipetting لتستخدم لFISH. وينبغي الحرص على استخدام مركبات ريبونوكلياز الحرة (على سبيل المثال ريبونوكلياز المياه مجانا، خلية ثقافة الصف PBS، مطلقةالإيثانول النقي لاي الخ). عندما يتم اتباع هذه القواعد البسيطة، فهو عموما ليس من الضروري استخدام مثبطات ريبونوكلياز إضافية تستكمل إلى الكواشف المستخدمة. الثاني، إجراء permeabilization باستخدام البيبسين هو توازن لطيف بين القليل جدا، أو كثيرا permeabilization. تبعا لنوع خلية معينة تستخدم، قد تكون هناك حاجة إلى تحسين الوقت المسموح به لpermeabilization، أو تركيزات البيبسين. يعتمد هذا الأخير أيضا على دفعة معينة من البيبسين، والنشاط قد تختلف. كبديل، permeabilization باستخدام 0.1٪ Triton-X100/PBS لمدة 5 دقائق في نتائج نتائج جيدة في ظل ظروف معينة، ولها ميزة أن FISH باستخدام هذا الأسلوب من permeabilization يمكن دمجها مع المناعية للكشف عن البروتينات النووية أو حشوية. باعتبارها الجانب الثالث المهم من الأسماك، يجب أن تبقى في الشيخوخة، وتمسخ، التهجين والغسيل بدرجات حرارة ثابتة. حتى الانحرافات صغيرة من درجة الحرارة المستهدفة يمكن أن يؤدي في أقل ممثل المؤسسةتمسخ icient ممثل، التهجين، أو يغسل أقل صرامة، والتي سوف يؤدي إلى مزيد من تلوين الخلفية. كبديل للشيخوخة الخطوة 1 ساعة عند 65 درجة مئوية تليها تمسخ عند 65 درجة مئوية لمدة 2 دقيقة، وأيضا تمسخ الأولي في 80 درجة مئوية لمدة 5 دقائق، من دون الشيخوخة، يمكن أن تعطي نتائج جيدة. نحن نفضل إجراء الشيخوخة، كما هو الحال في العام هذا الإجراء يعطي إشارات FISH الحمض النووي أكثر موثوقية. أخيرا، سوف معينة تحقيقات الحمض النووي تكون محددة جدا، بحيث لن تحتاج إلى ثلاث طبقات من الأجسام المضادة للكشف كافية. هذا وينبغي اختبار تجريبيا لكل التحقيق إنشاؤها حديثا.

على الرغم من أن البروتوكول الحالي يعمل بقوة في دراسة تعطيل الكروموزوم (اكس) والكشف عن Xist، وكشف مجتمعة من الحمض النووي الريبي والحمض النووي قد يكون أكثر تعقيدا في أماكن أخرى. هذا قد يكون الحال عندما يتم التعبير عن الأنواع RNA الذي يهدف ليتم الكشف فقط عند مستويات منخفضة جدا وخصوصا، هو الكامل من تكرار متواليات أو هي قصيرة نسبيانص. في هذه الحالات، قد يكون من الصعب الى حد ما تصميم التحقيق الأمثل، والتي سوف تسمح للتهجين فعالة لمحدودة، وكمية لا تتوفر الأمثل من الهدف. في مثل هذه الحالات، قد يكون من المفيد تحسين الظروف الأولى لRNA FISH. يمكن حاولت عدة تحقيقات البديلة، ويمكن معاير مدة وضع العلامات التحقيق نيك الترجمة، لتحسين كمية (Hapten) الناشب يدمج. الأهم من ذلك، يجب التحقق من أن يتم التعبير عن الحمض النووي الريبي في الخلايا التي تهدف إلى التحقيق، وذلك على سبيل المثال التحقق من التعبير بواسطة RT-PCR. أيضا عند تحليل نوع مختلف من الخلايا، فمن الضروري أن تشمل الخلايا التي التعبير قد سبق الكشف عن الضوابط الإيجابية، لأن ذلك قد يسمح للتمييز بين ذلك، FISH المتعلقة مشكلة فنية، أو غياب بسيطة التعبير في نوع جديد الخلايا تحليلها. عندما، على الرغم من التعبير التحقق، واستخدام مختلف تحقيقات وتعظيم الاستفادة من الظروف وضع العلامات، والحمض النووي الريبي FISH لا ننتيجة بعد التمديد في إشارة واضحة، قد يكون من المفيد تغيير الأوضاع التهجين، من خلال تغيير كمية الفورماميد المستخدمة، أو مدة ودرجة حرارة التحقيق التهجين. بدلا من ذلك، تحقيقات نيوكليوتيدات دقيقة وصفت مباشرة يمكن استخدامها 9-10. في وقت لاحق يمكن أن تطبق نفس الخطوات الأمثل لتحسين FISH DNA، وكشف في وقت واحد من الحمض النووي والجيش الملكي النيبالي.

باستخدام الحمض النووي RNA-FISH البروتوكول جنبا إلى جنب، وكنا قادرين على دراسة الكروموزوم (اكس) تعطيل في التفريق خلايا ES الإناث. وقد تم الحصول على نتائج مشابهة في دراساتنا باستخدام أنواع مختلفة من الخلايا والأجنة، ونحن حاليا مزيد من تحسين الظروف لتطبيق الجمع بين الحمض النووي RNA FISH على أقسام الأنسجة. كما على أهمية دور الرنا غير الترميز في كثير من العمليات البيولوجية يصبح أكثر وأكثر تقدير، ونحن نتوقع أن نفس البروتوكول يمكن المحتمل أن تستخدم لدراسة أخرى الرناوات غير الترميز في سياق لونين الخاصة.

Disclosures

والكتاب ليس لديهم ما يكشف.

Acknowledgements

The authors thank all previous and present members of the department of Reproduction and Development of the Erasmus MC for helpful and stimulating discussions during the past years. We also want to thank the three anonymous reviewers for providing helpful feedback. Work in the Gribnau lab is supported by funding from the Dutch research council (NWO-VICI) and an ERC starting grant.

Materials

NameCompanyCatalog NumberComments
female mouse embryonic stem cellswill be made available upon request
mouse embryonic fibroblastscan be derived from E13.5 embryos, or via commercial sources e.g Millipore
ES cell culture mediumDMEM, 15% foetal calf serum, 100 U ml-1 penicillin, 100 mg ml-1 streptomycin, non-essential amino acids, 0.1 mM ß-mercaptoethanol, and 1000 U ml-1 LIF. Filter sterilize and store at 4ºC for maximal 2 weeks. 
LIFChemiconESG1107
DMEMInvitrogen11960085
Fetal Calf Serum Invitrogen10099141
Penicillin–streptomycin (100×)Invitrogen15140-122
Non-essential aminoacids Invitrogen11140-050
ß-mercaptoethanol Sigma-AldrichM7522
ES cell differentiation mediumIMDM-Glutamax, 15% heat inactivated foetal calf serum, 100 U ml-1 penicillin, 100 mg ml-1 streptomycin, non-essential amino acids, 37.8 μl/l monothioglycerol and 50 μg/ml ascorbic acid
IMDM-GlutamaxInvitrogen31980-030
Ascorbic acid (50 mg/ml)Sigma-AldrichA4403
monothioglycerolSigma-AldrichM6145
T25 cell culture dishesGreiner Bio-one690160
6-well cell culture dishesGreiner Bio-one662160
cell culture grade PBSSigma-AldrichD8537
Trypsin-EDTA 0.25% (v/v) trypsin/0.2% (w/v) EDTA in PBS Gibco25200-056
falcon tubesFalcon352196
24x24 mm coverslipsMenzle780882
gelatinSigma-AldrichG1890-100Gprepare a 0.2% gelatin/cell culture PBS solution, and autoclave
paraformaldehydeSigma-AldrichP6148prepare 4% PFA/PBS solutions, by dissolving PFA in PBS. Stir at 70 ᴼC until completely dissolved and cool down to room temperature. Aliquots can be stored at -20ᴼC
absolute 100%  ethanolSigma-Aldrich32221-2.5Luse absolute 100% ethanol and RNAse free water to make 70% and 90% ethanol solutions
RNAse free waterBaxterTKF7114
sterile filter tipsRainin Bio CleanGP-L10F, GP-L200F, RT-1000F
digoxigenin-labeling kit (DIG-Nick translation)Roche11745816910
biotin-labeling kit (Biotin Nick translation)Roche11745824910
Sephadex G50Sigma-AldrichG5080
2 ml syringeBD Plastipak300013
sterilized cotton
eppendorf tubesEppendorf30120086
yeast tRNA 10 mg/mlInvitrogen15401-029
Salmon Sperm DNA 10 mg/mlInvitrogen15632-011
mouse cot-1 DNA  1 mg/mlInvitrogen18440-016
eppendorf bench top microcentrifugeEppendorfModel 5417R 
Eppendorf Refrigerated CentrifugeEppendorfModel 5810R 
2M NaAc, pH 5.6Sigma-AldrichS7670
50+ hybridization solution50% formamide, 2x SSC, 50 mM phosphate buffer pH 7, 10% dextran sulfate pH 7
formamideAcros organics3272350000
dextran sulfateFluka31403
pepsinSigma-AldrichP6887prepare a 0.2% solution in RNAse free water, and add 84 µl 37% HCL per 100 ml
HCL, 37% solution Fluka84422
object glassesStarfrost8037/1
20x SSCInvitrogenAM9763dilute to 2x SSC in RNAse free water
10 mM Phosphate buffer, pH 7add 57.7 ml of 1M Na2HPO4 and 42.3 ml 1M NaH2PO4; use DEPC treated water and autoclave
denaturation buffer70% Formamide/2xSSC/10mM phosphate buffer pH 7
Tween-20Sigma-AldrichP2287
2M Tris pH 7.5 solution
Tris-Saline-Tween washing solution (TST)100 ml 10x Saline, 50 ml 2M Tris, 500 µl Tween-20, add RNAse free water till 1 liter 
10x Saline solutiondissolve 85 g NaCl in 1 liter RNAse free H2O, and autoclave
Tris-Saline-BSA (TSBSA)500 μl 10x Saline, 250 μl 2 M Tris, 1 ml 100x BSA, 3,25 ml RNAse free H2O
BSA, purified, 100x New England BiolabsB9001S
sheep-anti-dig antibodyRoche diagnosticsuse 1:500 diluted in TSBSA
rabbit-anti-sheep antibody conjugated with FITCJackson labsuse 1:250 diluted in TSBSA
goat-anti-rabbit antibody conjugated with FITCJackson labsuse 1:250 diluted in TSBSA
mouse-anti-biotin antibodyRoche diagnosticsuse 1:200 diluted in TSBSA
donkey-anti-mouse antibody conjugated with RhodamineJackson labsuse 1:250 diluted in TSBSA
goat-anti-horse antibody conjugated with RhodamineJackson labsuse 1:250 diluted in TSBSA
Tris-Saline washing solution (TS)10 ml 10x Saline, 5 ml 2 M Tris, 85 ml RNAse free H2O
Vectashield mounting medium with DAPIVectorlabsH-1200
nail-varnish
fluorescent miscroscope

References

  1. Rudkin, G. T., Stollar, B. D. High resolution detection of DNA-RNA hybrids in situ by indirect immunofluorescence. Nature. 265, 472-473 (1977).
  2. Imataka, G., Arisaka, O. Chromosome analysis using spectral karyotyping (SKY). Cell Biochem Biophys. 62, 13-17 (2012).
  3. Ross, F. M., et al. Report from the European Myeloma Network on interphase FISH in multiple myeloma and related disorders. Haematologica. 97, 1272-1277 (2012).
  4. Mastenbroek, S., et al. Preimplantation genetic screening: a systematic review and meta-analysis of RCTs. Hum Reprod Update. 17, 454-466 (2011).
  5. Martins-Taylor, K., Xu, R. H. Concise review: Genomic stability of human induced pluripotent stem cells. Stem Cells. 30, 22-27 (2012).
  6. Rens, W., et al. Resolution and evolution of the duck-billed platypus karyotype with an X1Y1X2Y2X3Y3X4Y4X5Y5 male sex chromosome constitution. Proc Natl Acad Sci U S A. 101, 16257-16261 (2004).
  7. Munsky, B., et al. Using gene expression noise to understand gene regulation. Science. 336, 183-187 (2012).
  8. Miyanari, Y., Torres-Padilla, M. E. Control of ground-state pluripotency by allelic regulation of Nanog. Nature. 483, 470-473 (2012).
  9. Kwon, S. Single-molecule fluorescence in situ hybridization: quantitative imaging of single RNA molecules. BMB Rep. 46, 65-72 (2013).
  10. Ji, N., van Oudenaarden, A. Single molecule fluorescent in situ hybridization (smFISH) of C. elegans worms and embryos. WormBook. , 1-16 (2012).
  11. Femino, A. M., et al. Visualization of single RNA transcripts in situ. Science. 280, 585-590 (1998).
  12. Buongiorno-Nardelli, M., Amaldi, F. Autoradiographic detection of molecular hybrids between RNA and DNA in tissue sections. Nature. 225, 946-948 (1970).
  13. Gall, J. G., Pardue, M. L. Formation and detection of RNA-DNA hybrid molecules in cytological preparations. Proc Natl Acad Sci U S A. 63, 378-383 (1969).
  14. John, H. A., et al. RNA-DNA hybrids at the cytological level. Nature. 223, 582-587 (1969).
  15. Bauman, J. G., et al. A new method for fluorescence microscopical localization of specific DNA sequences by in situ hybridization of fluorochromelabelled RNA. Exp Cell Res. 128, 485-490 (1980).
  16. Wiegant, J., et al. In situ hybridization with fluoresceinated DNA. Nucleic Acids Res. 19, 3237-3241 (1991).
  17. Langer, P. R., et al. Enzymatic synthesis of biotin-labeled polynucleotides: novel nucleic acid affinity probes. Proc Natl Acad Sci U S A. 78, 6633-6637 (1981).
  18. Manuelidis, L., et al. High-resolution mapping of satellite DNA using biotin-labeled DNA probes. J Cell Biol. 95, 619-625 (1982).
  19. Kislauskis, E. H., et al. Isoform-specific 3'-untranslated sequences sort alpha-cardiac and beta-cytoplasmic actin messenger RNAs to different cytoplasmic compartments. J Cell Biol. 123, 165-172 (1993).
  20. Singer, R. H., Ward, D. C. Actin gene expression visualized in chicken muscle tissue culture by using in situ hybridization with a biotinated nucleotide analog. Proc Natl Acad Sci U S A. 79, 7331-7335 (1982).
  21. Corput, M. P., et al. Fluorescence in situ hybridization using horseradish peroxidase-labeled oligodeoxynucleotides and tyramide signal amplification for sensitive DNA and mRNA detection. Histochem Cell Biol. 110, 431-437 (1998).
  22. Jonkers, I., et al. RNF12 is an X-Encoded dose-dependent activator of X chromosome inactivation. Cell. 139, 999-101 (2009).
  23. Barakat, T. S., et al. RNF12 activates Xist and is essential for X chromosome inactivation. PLoS Genet. 7, (2011).
  24. Gontan, C., et al. RNF12 initiates X-chromosome inactivation by targeting REX1 for degradation. Nature. 485, 386-390 (2012).
  25. Lyon, M. F. Gene action in the X-chromosome of the mouse (Mus musculus L). Nature. 190, 372-373 (1961).
  26. Barakat, T. S., Gribnau, J. X. chromosome inactivation in the cycle of life. Development. 139, 2085-2089 (2012).
  27. Augui, S., et al. Regulation of X-chromosome inactivation by the X-inactivation centre. Nat Rev Genet. 12, 429-442 (2011).
  28. Brown, C. J., et al. A gene from the region of the human X inactivation centre is expressed exclusively from the inactive X chromosome. Nature. 349, 38-44 (1991).
  29. Brockdorff, N., et al. Conservation of position and exclusive expression of mouse Xist from the inactive X chromosome. Nature. 351, 329-331 (1991).
  30. Borsani, G., et al. Characterization of a murine gene expressed from the inactive X chromosome. Nature. 351, 325-329 (1991).
  31. Barakat, T. S., Gribnau, J. X chromosome inactivation and embryonic stem cells. Adv Exp Med Biol. 695, 132-154 (2010).
  32. Chaumeil, J., et al. A novel role for Xist RNA in the formation of a repressive nuclear compartment into which genes are recruited when silenced. Genes Dev. 20, 2223-2237 (2006).
  33. Okamoto, I., et al. Eutherian mammals use diverse strategies to initiate X-chromosome inactivation during development. Nature. 472, 370-374 (2011).
  34. Gribnau, J., et al. X chromosome choice occurs independently of asynchronous replication timing. J Cell Biol. 168, 365-373 (2005).
  35. Namekawa, S. H., Lee, J. T. Detection of nascent RNA, single-copy DNA and protein localization by immunoFISH in mouse germ cells and preimplantation embryos. Nat Protoc. 6, 270-284 (2011).
  36. Van Tine, B. A., et al. Simultaneous in situ detection of RNA, DNA, and protein using tyramide-coupled immunofluorescence. Methods Mol Biol. 292, 215-230 (2005).
  37. Pollex, T., et al. Live-Cell Imaging Combined with Immunofluorescence, RNA, or DNA FISH to Study the Nuclear Dynamics and Expression of the X-Inactivation Center. Methods Mol Biol. 1042, 13-31 (2013).
  38. Chaumeil, J., et al. Combined immunofluorescence, RNA fluorescent in situ hybridization, and DNA fluorescent in situ hybridization to study chromatin changes, transcriptional activity, nuclear organization, and X-chromosome inactivation. Methods Mol Biol. 463, 297-308 (2008).
  39. Lin, S., Talbot, P. Methods for culturing mouse and human embryonic stem cells. Methods Mol Biol. 690, 31-56 (2011).
  40. Meissner, A., et al. Derivation and manipulation of murine embryonic stem cells. Methods Mol Biol. 482, 3-19 (2009).
  41. Nichols, J., Ying, Q. L. Derivation and propagation of embryonic stem cells in serum- and feeder-free culture. Methods Mol Biol. 329, 91-98 (2006).

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Explore More Articles

88 FISH RNA FISH ES XCI Xist BAC Rnf12

This article has been published

Video Coming Soon

JoVE Logo

Privacy

Terms of Use

Policies

Contact Us

Recommend to library

JoVE NEWSLETTERS

Research

Education

Authors

Librarians

ABOUT JoVE

Copyright © 2025 MyJoVE Corporation. All rights reserved