Bu eser G.H. ve J.H. eğitim grant bursu üzerinden Ulusal Kanser Enstitüsü (NIH) (CA009110) ve NIGMS (R01GM11755) P.W.J için tarafından desteklenmiştir

Tüm yöntem tanımlamak burada kurumsal hayvan bakım ve kullanım Komitesi (IACUC) Johns Hopkins Üniversitesi tarafından onaylanmıştır. Vahşi tipli C57BL/6J fareler üzerinde deneyler yapıldı.
1. hasat Fetal veya Neonatal yumurtalık ve profaz Kromatin hazırlanması yayılır
<ol><li>Post-coitum (dpc) embriyo 14,5-19,5 gün ayıklamak için servikal yerinden çıkması veya CO2 boğulma IACUC esaslarına göre hamile kadın kurban. Not: Doğum sonrası gün 1 – 5 yumurtalık için 1.3 adıma atlayın. Şekil 1 farklı embriyonik ve doğum sonrası yaş zenginleştirilmiş segregasyonun profaz aşamalar özetler.</li>
	<li>V şeklinde bir açılış yapmak steril makas kullanarak abdominopelvic boşluğu açın. Anne rahim boynuz incelemek, embriyo Plasenta ayrı ve içine 35 mm petri yemekler Önceden ısıtılmış 1 fosfat tampon serum (PBS) 37 ° C'de x 3 mL içeren embriyo transferi Not: 37 ° C'de ayarla FLIPTOP İnkübatör ısısını korumak için kullanılabilir. Buna ek olarak, bir sıcaklık düzenlenmiş cam sahne ısısını yumurtalık düzenleme sırasında korumak için de kullanılabilir.</li>
	<li>3,5 inç Cerrahi makas ile embriyo ya da yavru IACUC esaslarına göre işten çıkarma yoluyla kurban. Üç embriyo veya yavru daha fazla diseksiyon önce Önceden ısıtılmış PBS yerleştirin.</li>
	<li>Önceden ısıtılmış PBS 37 ° C'de 3 mL içeren ayrı 35 mm petri kabına döneminde bir embriyo veya yavru incelemek Embriyo, ön ayakları altında ve hind-bacaklarda ve şekil 2A-Bbelirtildiği gibi kuyruk üstünde doğrudan ön yarısı boyunca arka yarısının ventral orta çizgi boyunca keserek devam edin.</li>
	<li>3,5 inç Cerrahi makas kullanarak karın açın. İnce uçlu forseps kullanarak yerinden ya da çıkarmak belgili tanımlık karaciğer ve barsak, Önceden ısıtılmış PBS 37 ° C'de 3 mL içeren yeni 35 mm petri kabına yumurtalıklarda açığa döngüler ( şekil2B kılavuzuna bakın). Yumurtalık hemen altında ve böbrek Periton boşluğu (şekil 2B-C) arka duvarına doğru arkasında yer almaktadır. Erkek ve dişi gonads arasında differentiating için bir rehber şekil 2Bolarak sağlanır. Not: optimal koşullar için hamile kadın kurban sonra hızla yumurtalık incelemek.</li>
	<li>Her iki yumurtalık ince uçlu forseps bir diseksiyon kapsam ve seyretmek bardaklarda yer altında bir çift kullanarak her kadın fetus üzerinden kaldır yoksa ayrı Kuyu yapımı çok iyi Önceden ısıtılmış PBS içeren 0.5-1.0 mL plaka ve 37 ° C'de</li>
	<li>0.5 mL hipo-ekstraksiyon arabellek (17 mM TRISODYUM sitrat dihydrate, 50 mM Sükroz, 5 mM EDTA, 0,5 mM DTT, 30 mM Tris-HCl, proteaz inhibitörü, pH 8.2) bir temiz izle cam veya yumurtalıkların comp sokmak emin bir 9-şey plaka küçük bir kuyu yumurtalıklar her çifti yer letely. En az 15 dakika ama en fazla 30 dk kuluçkaya. Not: hipo-ekstraksiyon arabellek taze olun ve DTT ek içinde 2 h kullanın.</li>
	<li>Bir hidrofobik bariyer PAP kalemi kuluçka sırasında iki 22 x 22 mm2 kare şekil 3Aiçinde gösterildiği gibi bir temiz cam 25 x 75 mm2, 1 mm kalınlığında mikroskop slayt çizin. Not: Slaytlar vaktinden önce hazır olun.</li>
	<li>100 mM Sükroz temiz bir slayt üzerine 45 – 50 µL pipette ve yumurtalık bir çift için açılan aktarın.</li>
	<li>İki 27 G iğneler keskin uçlarını kullanarak, yumurtalık ayrı hücreleri Sükroz çözüm içine serbest bırakmak için alay. Forseps ile büyük yumurtalık parçaları kaldırın ve dikkatli bir şekilde hücreleri dağıtmak için Sükroz çözüm pipet.</li>
	<li>Yer 40 µL sabitleştirici çözüm (%1 paraformaldehyde (PFA), % 0,2 deterjan (bakınız Tablo malzemeler), pH 9.2) her kareye bir hazırlanmış slayt içine. Bir 200 µl pipet ucuyla sabitleştirici çözüm eşit slayt yüzeye yayılmış.</li>
	<li>Her kareye bir sabitleştirici içeren slayt üzerine Sükroz karışımı 20 µL pipet. Not: Bu yumurtalık slayt başına bir çift kullanarak için eşittir.</li>
	<li>Gecede, oda sıcaklığında kapalı bir nemli odasında slaytlar kuluçkaya. Not: Gece kuluçka çevresinde değişebilir (12-15 saat) oda sıcaklığında.</li>
	<li>Odası kapağını açın ve slaytlar tamamen kurumasını bekleyin.</li>
	<li>50 mL % 0,4 ıslatma ajanı PBS çözeltisi içeren bir Coplin kavanoz içindeki slaytları yıkayın ( Tablo malzemelerigörmek) 2 min için kurutma ve immunolabelling Protokolü (adım 6) devam edin. Not: Slaytlar-80 ° c daha sonra kullanmak üzere saklamak mümkün olabilir, ancak bu faiz protein bağlı olarak değişir. En iyi sonuçlar için derhal immunolabelling Protokolü (adım 6) gidin.</li>
</ol>2. metafaz Ben yumurta toplama
<ol><li>Her fare izole antral folikül sayısını en üst düzeye çıkarmak için intraperitoneally cinsel olgun bakire kadın fareler hamile kısrak serum gonadotropin (PMSG, olarak da bilinen at koryonik gonadotropin (EKG)) ile 5 IU enjekte et. Not: hasat yumurta sayısı zamanla azalacak gibi için en uygun yumurta verimi, fareler 1-3 ay-in yaş, olmalıdır. PMSG hazırlamak için 5000 IU şişe 100 ml tek kullanımlık aliquots 600 µL-20 ° C'de, steril PBS (5 U/0.1 mL) deposunun dağıtılması</li>
	<li>44-48 h sonra koleksiyon orta, % 5 fetal sığır serum (FBS) ve 3 mg/mL sığır serum albumin (BSA; ile takıma en az gerekli orta alfa (MEMα) orta hazırlamak MEMα/BSA/FBS). Medya 0.2 µm gözenek filtre sterilize. MEMα/BSA/FBS orta fare başına bir cam çanak içine ve 37 ° c % 5 CO2 kuluçka sıcak 2.5 mL dikkatle boşaltmak. Not: Diğer topluluk ve ticari olarak kullanılabilir (M2 ve M16) kültür ortam da yaygın olarak kullanılır. Dikkat: İşleme adımları sırasında ortam havası pozlandırmayı en aza indirmek sınırlı bir süre için bir defada %5 CO2 kuluçka makinesi bir kültür yemekleri kaldırma öneririz.</li>
	<li>Servikal yerinden çıkması veya CO2 boğulma IACUC esaslarına göre fareler kurban.</li>
	<li>Büyük bir V-şekilli açılış yapma steril makas kullanarak abdominopelvic boşluğu açın. Forseps kullanarak, bağırsak fare başkanı doğru yerinden. Rahim her boynuzun bulun; Yumurtalık proksimal göğüs kafesi için mevcut vardır. Ovidukt iyi Forseps ile tutun ve şişko çift diseksiyon makası (şekil 4) kullanarak yumurtalık kesti. Devam ovidukt tutun ve iyi forseps başka bir set ile bursa ve yer yumurtalıktan MEMα/BSA/FBS orta içeren koleksiyon çanak içine yayın. Not: adım 1 olduğu gibi bu yumurtalık 37 ° C'de tutmak ve % 5 CO2' de sürdürmek için zorunludur. %5 CO2 karıştırmak için bağladım FLIPTOP İnkübatör sıcaklık ve CO2 düzeyleri en iyi bakım için izin vermek için kullanılabilir. Buna ek olarak, bir sıcaklık düzenlenmiş cam sahne ısısını oosit düzenleme sırasında korumak için de kullanılmalıdır.</li>
	<li>1 mL şırınga ile bir 27'lik iğne (ya da benzer boyutta), kullanarak el ile büyük antral folikül delinme tarafından kümülüs oosit kompleksleri yayın.</li>
	<li>Diseksiyon mikroskop kesilmediğini gözleyerek, ağız ile çalışan cam pipet veya kılcal veya elle işletilen mikrometre-enjektör (şekil 5) kullanarak GV sahnelenen yumurta toplamak. Yalnızca yayımlanan yumurta antral folikül toplamak. GV yumurta var bir çapı yaklaşık 90 µm. GV yumurta 2-3 kat granulosa hücreleri tarafından çevrili olması ve yaklaşık 200 µm toplam bir çapa sahip.</li>
	<li>Kültür yumurtalar temiz izle cam veya MEMα/BSA/FBS orta metafaz ulaşmak 6 h için içeren bir 9-şey plaka ben % 5 CO2 kuluçka 37 ° C'de.</li>
	<li>Adım 4'e geçin.</li>
</ol>3. metafaz II (MII) yumurta toplama
<ol><li>Her fare izole yumurtalar en üst düzeye çıkarmak için intraperitoneally cinsel olgun bakire kadın fareler PMSG ile 5 IU enjekte et. 44-48 h sonra intraperitoneally insan Korionik gonadotropin (hCG) ile 5 IU enjekte et. Not: hasat yumurta sayısı zamanla azalacak gibi için en uygun yumurta verimi, fareler 1-3 ay-in yaş, olmalıdır. HCG hazırlamak için bir şişe 10.000 U 200 ml PBS çözülür (5 U/0.1 mL). -20 ° C'de 600 µL tek kullanımlık aliquots saklayın</li>
	<li>12-14 saat'dan sonra MEMα/BSA/FBS koleksiyon orta, adım 2.2, yukarıda açıklandığı gibi hazırlayın.</li>
	<li>Servikal yerinden çıkması veya CO2 boğulma IACUC esaslarına göre fareler kurban.</li>
	<li>Büyük bir V-şekilli açılış yapma steril makas kullanarak abdominopelvic boşluğu açın. Forseps kullanarak, bağırsak fare başkanı doğru yerinden. Rahim her boynuzun bulun, yumurtalık proksimal göğüs kafesi için mevcut. Ovidukt iyi Forseps ile tutun ve şişko çift diseksiyon makası (şekil 4) kullanarak yumurtalık kesti. Sonra yumurtalık ve ovidukt çıkarın ve MEMα/BSA/FBS orta içeren koleksiyon çanak içine yerleştirin. Not: olduğu gibi 1 ve 2 numaralı adımları, bu yumurtalık 37 ° C'de tutmak ve % 5 CO2' de sürdürmek için zorunludur. %5 CO2 karıştırmak için bağladım FLIPTOP İnkübatör sıcaklık ve CO2 düzeyleri en iyi bakım için izin vermek için kullanılabilir. Buna ek olarak, bir sıcaklık düzenlenmiş cam sahne ısısını oosit düzenleme sırasında korumak için de kullanılmalıdır.</li>
	<li>1 mL şırınga ile bir 27 G (veya benzer boyutu) kullanarak veya keskin forseps, MII yumurta serbest bırakmak için ovidukt ampulla bir delik gözyaşı. Not: ampulla yumurta zarar vermemeye dikkat et. Yumurta görülebilir (şekil 4) vardır öyle ki ampulla şişmiş ve yarı saydam görünür.</li>
	<li>Hasat MII yumurtalar bir ağız ile çalışan cam pipet veya kılcal veya elle işletilen mikrometre-enjektör (şekil 5) kullanarak toplama orta ile yeni bir çanak içine ovidukt ampulla üzerinden.</li>
	<li>Adım 4'e geçin.</li>
</ol>4. yumurta Denuding ve Zona pelusida kaldırma
<ol><li>300 IU/mL, 3 mg/kümülüs hücreleri (2.5 mL/fare) izle cam ve 37 ° c, % 5 CO2tutun çevreleyen yumurta denude için mL BSA ile takıma MEMα orta hyaluronidase hazırlayın. Not: Hyaluronidase etkinliği keskin hazırlık 1 h sonra azalır. MII yumurtalar için hyaluronidase tedavi gerekli değildir.</li>
	<li>Oosit-kümülüs hücre kompleksleri 300 IU/mL, MEMα/BSA 3 dk yumurta kümülüs hücreleri çevreleyen denude için hyaluronidase için maruz. Dikkat: yumurta zarar verir gibi hyaluronidase, maruz 3 dk fazla olamaz.</li>
	<li>Yumurta yıkama, yumurtalar için yeni bir transfer için MEMα/BSA orta çanağı ısıttı. Küçük ağız ile çalışan cam pipet veya kılcal (biraz daha büyük yaklaşık 90 µm olan yumurta, çapı daha) kullanarak, yukarı kompleksleri pipette ve tamamen kümülüs hücreleri ayırmak için aşağı. Yumurtalar için bir sonraki adım hazırlarken da kuluçka makinesine kurtarmak izin verir.</li>
	<li>Sıcak asit Tyrode'nın çözüm, MEMα/BSA ve Waymouth'ın medya 37 ° c (500 µL/fare). Yer 300 µL küçük 9-şey cam plakanın her şey içinde.</li>
	<li>Zona pelusida (ZP) kaldırmak için 5-10 yumurta Tyrode'nın çözüm aktarın. Yumurtalar için sadece 30-45 s çözüm için ortaya çıkarmak. Not: Çözüm için çok az pozlama ZP tamamen, hangi-ecek önlemek yumurta patlama ve yayılmasını kromozomlar kaldırmaz. Çok fazla maruz zarar ve oosit öldürmek. ZP erime diseksiyon mikroskop altında izlerken çekim hızı optimize yardımcı olabilir. Dikkat: işlevini yaşla azalır taze Tyrode'nın çözümünü kullanarak, önemlidir. Tyrode'nın çözüm taze bir kuyu ZP Tekdüzen sindirim sağlamak için tedavi yumurta her grup için kullanın.</li>
	<li>Hemen ZP kaldırıldıktan sonra yumurta ısıtılmış MEMα/BSA/FBS orta transfer ederek yıkayın. Bu yıkama işlemi tekrarlayın. Not: aktarırken, yumurta kolayca birlikte sopa olacak gibi ve cam pipet veya ZP kapiller aşağıdaki kaldırılması için dikkatli olun. Cam pipet veya kılcal Waymouth'ın orta ön ıslatma birbirine yapışmasını yumurtalar en aza indirmek olacaktır.</li>
	<li>Aktarım ve yumurta Waymouth'ın orta % 5 CO2 kuluçka 37 ° C'de 30 dakika kurtarmak izin verir.</li>
	<li>Adım 5'e geçin.</li>
</ol>5. MI ve MII oosit Kromatin formaları
<ol><li>PAP kalem kullanma, şekil 6Aiçinde gösterildiği gibi cam slayt üzerinde 11 x 44 mm2 dikdörtgen çizin.</li>
	<li>Slayt sabitleştirici ince bir tabaka ile kat (% 1'paraformaldehyde, % 0,2 Triton-X 100 H2O, pH 9.2) 100 µL sabitleştirici bir slayda, pipetting ve slayt ileri geri sallanan tarafından. Slayt aşırı sabitleştirici kurtulmak için dokunun.</li>
	<li>5-10 yumurta iğneyle küçük ağzını pipet ile mümkün olduğunca küçük medya olarak arasında al ve iğne bir çizgide sabitleştirici kaplı slayt sabitleştirici çözüm içine slayt üzerinde 1 cm yumurta bozdurulması sürüklemek. Yumurtalar yatırılır ve patlama emin olmak için bir diseksiyon mikroskop kullanarak bu adımı gerçekleştirin. Not: Yumurtalar hemen slaytta patlaması. Yumurta olan yükseklik etkisi yayılan Kromatin derecesini yatırılır. Şekil 6 temsilcisi sonuçlarında daha ayrıntılı bilgi için bkz.</li>
	<li>Slaytlar Kromatin bağlı kalmak izin vermek için bir kapalı oksijen odasına gecede oda sıcaklığında kuluçkaya.</li>
	<li>Tamamen kurumasına ve slaytlar % 0,4 ıslatma ajanı-H2O, pH 8.0 50 mL içeren bir Coplin kavanoza durulama slayt izin.</li>
	<li>Adım 6'ye gidin.</li>
</ol>6. Immunolabelling
<ol><li>Tablo 1' de açıklanan antikor seyreltme arabellek (ADB) hazırlayın.</li>
	<li>50 mL yıkama arabellek (WB) çözeltisi (ADB seyreltilmiş PBS içinde % 10) içeren iki Coplin kavanoz ve 50 mL WB ve % 0.05 deterjan solüsyonu içeren bir Coplin kavanoz hazırlamak (örneğin, 50 mL WB 250 µL % 10 deterjan ekleyin).</li>
	<li>WB 50 mL içeren bir Coplin kavanoza 1 ve 5 10 dk için bu protokol bölümünde hazırlanmıştır slaytları yıkayın. Dikkat: immunolabelling sırasında herhangi bir noktada kuru slayt izin vermeyin.</li>
	<li>10 dk Coplin kavanoz içeren 50 mL WB ve % 0.05 deterjan solüsyonu slaytlarını yıkayın. Sonra kalan Coplin kavanoza WB çözüm için 10 dk 50 mL içeren slaytlar yıkayın.</li>
	<li>Seçili birincil antikorların ADB içinde seyreltilmiş 100 µL ile aşırı sıvı ve kapak slaydın dışına dokunun. Gecede odasında bir kapalı nemli 4 ° C'de kuluçkaya. Not: Kuluçka 2 3 kısaltılmış gönderilen 37 ° C'de Antikor (örneğin, 50 µL) daha küçük hacimli bir coverslip veya parafilm içeren slaydı kapsayan tarafından kullanın.</li>
	<li>Slaytlar 50 mL % 0,2 ıslatma ajanı PBS çözeltisi, pH 8.0 içeren bir Coplin kavanoza durulayın.</li>
	<li>6.2-6,5 olan adımları yineleyin.</li>
	<li>Seçilen ikincil antikorların ADB içinde seyreltilmiş 100 µL ile aşırı sıvı ve kapak slaydın dışına dokunun. Slayt 1'e 2 kuluçkaya gönderilen bir kapalı nemli odasında 37 ° C'de.</li>
	<li>Slaytları 10 dk 50 mL % 0,2 ıslatma ajanı PBS çözeltisi, pH 8.0 içeren Coplin kavanoz için 2 kez yıkayın.</li>
	<li>Slaytları 2 kez 5 dakika % 0,2 ıslatma ajanı-H2O çözeltinin pH 8.0 50 mL içeren Coplin kavanoz içinde yıkayın.</li>
</ol>7. montaj slaytlar
<ol><li>2. adımda hazırlanan profaz Kromatin yayılır için montaj orta 4', 6-diamidino-2-phenylindole içeren 100 µL ekleyin (DAPI, 1.5µg / mL). İçin hazırlanan adım 5 MI ve MII Kromatin yayılır, DAPI içeren montaj orta 50 µL Ekle (1.5µg / mL). Yavaşça uzak aşırı sıvı leke.</li>
	<li>22 mm x 60 mm coverslip üstüne koyun ve açık oje ile mühür. 4 ° C veya -20 ° C de bir slayt kutu değerlendirme Floresans mikroskobu ile kadar saklayın. Not: aşırı montaj orta oje ile sızdırmazlık önce kurtulmak dokunun hafifçe kapak notu.</li>
</ol>

<ol>
	<li>Morelli, M. A., Cohen, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Not+all+germ+cells+are+created+equal:+aspects+of+sexual+dimorphism+in+mammalian+meiosis.">Not all germ cells are created equal: aspects of sexual dimorphism in mammalian meiosis.</a> Reproduction. 130 (6), 761-781 (2005).</li><li>Keeney, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spo11+and+the+Formation+of+DNA+Double-Strand+Breaks+in+Meiosis.">Spo11 and the Formation of DNA Double-Strand Breaks in Meiosis.</a> Genome Dyn Stab. 2, 81-123 (2008).</li><li>Zickler, D., Kleckner, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recombination,+Pairing,+and+Synapsis+of+Homologs+during+Meiosis.">Recombination, Pairing, and Synapsis of Homologs during Meiosis.</a> Cold Spring Harb Perspect Biol. 7 (6), (2015).</li><li>Vries, F. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mouse+Sycp1+functions+in+synaptonemal+complex+assembly,+meiotic+recombination,+and+XY+body+formation.">Mouse Sycp1 functions in synaptonemal complex assembly, meiotic recombination, and XY body formation.</a> Genes Dev. 19 (11), 1376-1389 (2005).</li><li>Baker, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Involvement+of+mouse+Mlh1+in+DNA+mismatch+repair+and+meiotic+crossing+over.">Involvement of mouse Mlh1 in DNA mismatch repair and meiotic crossing over.</a> Nat Genet. 13 (3), 336-342 (1996).</li><li>Lipkin, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Meiotic+arrest+and+aneuploidy+in+MLH3-deficient+mice.">Meiotic arrest and aneuploidy in MLH3-deficient mice.</a> Nat Genet. 31 (4), 385-390 (2002).</li><li>Kolas, N. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Localization+of+MMR+proteins+on+meiotic+chromosomes+in+mice+indicates+distinct+functions+during+prophase+I.">Localization of MMR proteins on meiotic chromosomes in mice indicates distinct functions during prophase I.</a> J Cell Biol. 171 (3), 447-458 (2005).</li><li>Rankin, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Complex+elaboration:+making+sense+of+meiotic+cohesin+dynamics.">Complex elaboration: making sense of meiotic cohesin dynamics.</a> FEBS Journal. 282 (13), 2426-2443 (2015).</li><li>Lee, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Roles+of+Cohesin+and+Condensin+in+Chromosome+Dynamics+During+Mammalian+Meiosis.">Roles of Cohesin and Condensin in Chromosome Dynamics During Mammalian Meiosis.</a> J. Reprod Dev. 59 (5), 431-436 (2013).</li><li>Verver, D. E., Hwang, G. H., Jordan, P. W., Hamer, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Resolving+complex+chromosome+structures+during+meiosis:+versatile+deployment+of+Smc5/6.">Resolving complex chromosome structures during meiosis: versatile deployment of Smc5/6.</a> Chromosoma. 125 (1), 15-27 (2016).</li><li>Hopkins, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Meiosis-specific+cohesin+component,+Stag3+is+essential+for+maintaining+centromere+chromatid+cohesion,+and+required+for+DNA+repair+and+synapsis+between+homologous+chromosomes.">Meiosis-specific cohesin component, Stag3 is essential for maintaining centromere chromatid cohesion, and required for DNA repair and synapsis between homologous chromosomes.</a> PLoS Genet. 10 (7), e1004413 (2014).</li><li>Hwang, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SMC5/6+is+required+for+the+formation+of+segregation-competent+bivalent+chromosomes+during+meiosis+I+in+mouse+oocytes.">SMC5/6 is required for the formation of segregation-competent bivalent chromosomes during meiosis I in mouse oocytes.</a> Development. 144 (9), 1648-1660 (2017).</li><li>Kota, S. K., Feil, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epigenetic+transitions+in+germ+cell+development+and+meiosis.">Epigenetic transitions in germ cell development and meiosis.</a> Dev Cell. 19 (5), 675-686 (2010).</li><li>Taketo, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microspread+ovarian+cell+preparations+for+the+analysis+of+meiotic+prophase+progression+in+oocytes+with+improved+recovery+by+cytospin+centrifugation.">Microspread ovarian cell preparations for the analysis of meiotic prophase progression in oocytes with improved recovery by cytospin centrifugation.</a> Methods Mol Biol. 825 (1), 173-181 (2012).</li><li>Sun, X., Cohen, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Studying+recombination+in+mouse+oocytes.">Studying recombination in mouse oocytes.</a> Methods Mol Biol. 957 (1), 1-18 (2013).</li><li>Kim, J. H., Ishiguro, K., Kudo, N., Watanabe, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Studying+meiosis-specific+cohesins+in+mouse+embryonic+oocytes.">Studying meiosis-specific cohesins in mouse embryonic oocytes.</a> Methods Mol Biol. 957 (1), 47-57 (2013).</li><li>Susiarjo, M., Rubio, C., Hunt, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analyzing+mammalian+female+meiosis.">Analyzing mammalian female meiosis.</a> Methods Mol Biol. 558, 339-354 (2009).</li><li>Hassold, T., Hunt, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=To+err+(meiotically)+is+human:+the+genesis+of+human+aneuploidy.">To err (meiotically) is human: the genesis of human aneuploidy.</a> Nat Rev Genet. 2 (4), 280-291 (2001).</li><li>Hassold, T., Hall, H., Hunt, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+origin+of+human+aneuploidy:+where+we+have+been,+where+we+are+going.">The origin of human aneuploidy: where we have been, where we are going.</a> Hum Mol Genet. 16, R203-R208 (2007).</li><li>Pincus, G., Enzmann, E. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Comparative+Behavior+of+Mammalian+Eggs+In+vivo+and+In+vitro:+I.+The+Activation+of+Ovarian+Eggs.">The Comparative Behavior of Mammalian Eggs In vivo and In vitro: I. The Activation of Ovarian Eggs.</a> J Exp Med. 62 (5), 665-675 (1935).</li><li>Chambon, J. P., Hached, K., Wassmann, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromosome+spreads+with+centromere+staining+in+mouse+oocytes.">Chromosome spreads with centromere staining in mouse oocytes.</a> Methods Mol Biol. 957 (1), 203-212 (2013).</li><li>Stein, P., Schindler, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mouse+oocyte+microinjection,+maturation+and+ploidy+assessment.">Mouse oocyte microinjection, maturation and ploidy assessment.</a> J Vis Exp. (53), (2011).</li></ol>

Yazarlar ifşa gerek yok.

Kromatin yayılmış hazırlıklar araştırmacılar dişi memeli mayoz ve proteinlerin dahil dinamik yerelleştirme kronolojik olarak çalışmaya izin verir. Embriyonik ve neonatal Kromatin yayılır segregasyonun profaz boyunca olayların yakın analiz için izin verir. Metafaz ben ve metafaz II Kromatin yayılır tek kız kardeşi fark için kullanılan chromatids gelen kız ve eşlenmiş homolog kromozomlar, Ploitlik değerlendirmek yanı sıra eşleştirilmiş. Buna karşılık, burada açıklanan Protokolü sık sık yüksek düzeyde Kromatin bağlı proteinlerin çözünürlük azalır arka plan sinyal üreten bütün yumurta immunolabelling için göre avantajlı olabilir. Ayrıca, Kromatin yayılmış teknikleri zaman ve özel ekipman büyük bir yatırım gerektirir canlı hücre görüntüleme için cazip bir alternatif temsil eder.
Embriyonik ve neonatal yumurtalık bulup çıkarmak zor olabilir. Biz dikkatle tüm diğer organ ve böbrekler yumurtalık için arama ve PBS taze bir fincan her embriyo/yavru (şekil 2B) kullanarak önce PBS içeren ayrı bir tabak içinde yanında materyaller ayıklama öneririz. Embriyo/yavru erkek ise, testis tübül formasyonu yanı sıra gonads (şekil 2B) konumunu ayırt olacaktır. Erkek embriyo geliştirdikçe, testislerde tanısal yaklaşım daha büyük ve oval şekilli olma penis doğru inecektir.
Oosit yaymak Kromatin tekniği oosit toplanması ve yönlendirilmesi ağız ile çalışan cam pipet veya kılcal kullanarak inşaat ustalık gerektirir. Bu iletişim kuralı gerçekleştirmeden önce ağzını pipet kontrol pratik tavsiye ediyoruz. Uygun büyüklük cam pipet/kılcal koleksiyonu için çekerek ve yumurta denuding yumurta kuluçka makinesi de olduğu gibi Tyrode'nın çözüm dışında olduğu zamanı en aza indirerek etkinlik ve başarı şansını artıracaktır. Doğru zamanlama ZP kaldırma için bu yöntemin başarısı için son derece önemlidir. Eğer yumurta Tyrode'nın çözümünde yetersiz bir süre inkübe, ZP tamamen kaldırılmayacak. Bu yumurta şekil 6Eiçinde görülen slayt üzerinde verimli bir şekilde patlama engeller. Yumurtalar Tyrode'nın çözüm uzun süre içinde inkübe Eğer, ancak, yumurta kalitesi ve aşağı akım ayirt boyama ciddi tehlikeye girer. ZP Tyrode'nın çözüm içinde çözülür tam olarak ne zaman belirlemek için mikroskop altında yumurta izlerken öneririz. Sadece 5-10 yumurtalar teker teker Tyrode'nın çözüme eklemek aşırı maruz kalma en aza indirmek olacaktır. Yumurtalar çok yüksek PFA kaplı slayt üzerinde salınır, kromozomlar çok boşluk (şekil 6F) yayılabilir. Yumurtalar slayt üzerinde 1 cm çıktığında en iyi sonuçlar bulunur. Sonuçları engel olabilir diğer etkenler güneşe maruz azalmış CO2 düzeyleri oosit işleme adımları sırasında ortam havası içinde içerir. Bu yumurta kalitesi için zararlıdır ortam pH dalgalanmalar nedenleri ve turuncu-kırmızı aşamalı renk değişikliği medya tarafından açıkça görülür pembe. Medya tamponlama kapasitesi de zaman içinde azalır; Bu nedenle, biz oldu medya kullanarak (4 ° C'de) 1 hafta daha uzun süre depolanan tavsiye etmiyoruz. Zorlamak CO2 gerektirmez, M2 orta genellikle alternatif olarak kullanılır.
Hücrenin yerel bir bağlamda Kromatin görselleştirme eksikliği yaymak Kromatin hazırlıkları için bir kısıtlamadır. Hücresel malzeme çekirdeği dışında görüntülenir ve Milli oluşumu değerlendirildi. Bu nedenle, diğer yöntemleri oogenesis Kromatin yayılır, çift kişilikli iğ mono-polar iğ22çöker monastrol tedaviden sonra bütün yumurta immunolabelling gibi ek olarak değerlendirmek için kullanılabilir. Bu kız kardeşi sağlar chromatids hücre bağlamı içinde değerlendirilmelidir. Topluca, Kromatin yayılmış yöntem tanımlamak burada Kromatin morfoloji ve kromozom Ploitlik boyunca oogenesis roman transgenik ve mutant fare modelleri değerlendirmek için kolayca uygulanabilir.

Sperma sırasında büyük yarı zaman uyumlu dalgalar segregasyonun germ hücrelerinin hızla ve sürekli olarak ergenlik ve yetişkinlik1boyunca başlangıçlı, testis içinde doldurulan vardır. Erkeklerin aksine, mayoz dişilerde fetal gelişim sırasında yalnızca başlatılır. Doğum yumurtalar profaz uzun süreli dictyate aşamasında tutuklanan kalır ben bir bozulmamış germinal vezikül (GV; nükleer zarf) ergenlik kadar ile. Ergenlik başlangıcında, yumurta kümesini cyclically seçilir büyüme ve olgunlaşma, segregasyonun yeniden başlamasını inisiyasyon işaretleme geçmesi. Köklerin yumurta içinde segregasyonun yeniden başlamasını GV germinal vezikül arıza (GVBD) bilinen bir işlemle ortadan kalkması ile kendini gösteriyor. Yumurta sonra kromozom yoğunlaşma ve segregasyon, kutup vücut ekstrüzyon tarafından takip uğrar. Yumurtalar MII ilerleme üzerine tutuklandı olmak ve döllenme sonra ikinci ve son segregasyonun bölümü tamamlamak için uyarılmış.
Kadın doğurganlık segregasyonun profaz başarısı üzerine son derece bağımlı ben ilerleme. Bu indüklenen DNA Çift Kişilik kırılmalara (DSBs) crossover rekombinasyon2bağlantısı tamiri tarafından aracılık ettiği chiasmata olarak bilinen homolog kromozomlar arasında fiziksel bir bağlantı oluşumunu anahtarıdır. Homolog kromozomlar arasında onların synapsis3kolaylaştırmak için formlar synaptonemal kompleksi (SC) olarak bilinen dinamik bir protein açısından zengin iskele bağlamında bu işlem gerçekleşir. SC homologs birlikte boyunca devam eden DNA tamiri tutan Merkez Bölge proteinler tarafından bağlı iki paralel yanal öğelerden oluşur bir fermuar gibi üçlü yapısıdır. Synapsis önce Aksiyel öğeler, adı yanal elemanlarının öncüleri arasında kardeş chromatids oluştururlar. Synaptonemal kompleks proteinlerin SYCP2 ve SYCP3 gibi kardeş Kromatit uyum eksenleri sırasında erken profaz colocalize eksenel öğeleri oluşturur. Daha sonra siteleri enine filaman protein, Merkezi öğesi derleme ve synapsis hizalanmış homologs4arasında kolaylaştırır SYCP1 için bağlayıcı olarak hizmet vermektedir. Fare yumurtalar tam synapsis 20 varlığı ile tamamen SYCP3 ve SYCP1 uzanıyor, Kromatin kullanarak görüntülenir üst üste hazırlıklar yaymak belirtilir. Synapsis sayede formu chiasmata homologs arasında mukadder olan olgun kesişim onların doğru işleme5,6 tanıtmak için mutL homolog (MLH1/3) dimer ile dekore edilmiş olup pachytene substage girdiği üzerine tamamlandı , 7. kromozom (SMC) kompleksleri, cohesin, condensin ve SMC5/6 karmaşık, dahil olmak üzere yapısal bakımından önemli kromozom dinamikleri ve yapısı mayoz8,9, boyunca düzenlenmesi için 10,11,12. Toplu olarak, bu olaylar uygun BI-yönünü homolog kromozomlar iğ Polonyalılar SC sökme takip karşıt sağlamak
Segregasyonun hücre döngüsü genom bakım programlanmış indüksiyon ve DNA DSBs sonraki onarım nedeniyle çeşitli proteinlerin rolleri incelemek için güçlü bir modeldir. Ayrıca, memeli mayoz Ayrıca, epigenetik değişiklikler ve basma13ilgili bir modelidir. Ancak, memeliler (şekil 1) fetal ve neonatal yumurtalıklarda yer alan kadın mayoz sırasında bu olayları değerlendirmek teknik olarak zordur. 5 substages ayrılabilir profaz: leptonema, zygonema, pachynema, diplonema ve dictyate. Burada, biz ayırmak ve fetal ve neonatal yumurtalıklar ve testis (Şekil 2) arasındaki farkı anlatan. Önceden açıklanan yöntemleri uyarlanmış, bu el yazması da bir iletişim kuralı (Adım 1) kadın segregasyonun profaz hazırlanması için video gösterisi ile özetliyor ben Kromatin yayılır14,15,16,17 . 6-7, adımlarda açıklandığı gibi immunolabelling ile birleştiğinde bu protokolü profaz detaylı mikroskopik analiz sağlar ben yumurta olaylarda.
Oogenesis hata eğilimli olduğunu ve kromozom missegregation olaylar ilk segregasyonun bölünme sırasında döl18,19genetik hastalığın en yaygın kaynağı temsil eder. Bu makale (iletişim kuralı adım 2), biz olgun yumurta GV sahnelenen yetişkin dişi fareler astarlanmalıdır yumurtalıklar ayıkladığınız bir protokol tanımlamak. Destekleyici koşullar altında köklerin yumurta yalıtım ve kültür20takip mayoz Lüteinizan bağımsız yeniden başlamasını tabi. Segregasyonun yeniden başlamasını takiben yumurta mayoz ilerleme sonra metafaz II tutuklayın. Yumurta döllenmiş sürece. metafaz II, tutuklandı kalır Adımları 2-5, biz daha önce raporlanmış iletişim kuralları toplamak, kültür ve yaymak Kromatin hazırlıklar21için MI ve MII yumurta hazırlamak nasıl açıklamak için video gösterisi ile uyum. Teknik yayılan bu Kromatin kromozom ile ilişkili proteinlerin açık immunolabelling sağlar. Ayrıca, bu iletişim kuralını bivalent ve univalent kromozomlar arasında ayırt etmek için de kullanılabilir ve daha fazla tek kız kardeşi çözümlemek için yumurta Ploitlik değerlendirilmesi kolaylaştırmak için chromatids. Bu nedenle, yerelleştirme desenleri segregasyonun proteinlerin açığa yanı sıra, bu iletişim kuralını da kromozom missegregation MI ve MII sırasında olası nedenleri elucidating paha biçilmez bir araç olarak hizmet edebilir.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>10X Phosphate buffered saline (PBS) pH 7.4</td>
			<td>Quality Biological</td>
			<td>119-069-161</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>60 mm x 15 mm petri dishes</td>
			<td>Denville</td>
			<td>T1106</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>35mm x 12mm petri dishes</td>
			<td>Denville</td>
			<td>T1103</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fine forceps</td>
			<td>VWR</td>
			<td>300-050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micro dissection scissors</td>
			<td>Ted Pella</td>
			<td>1340</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dissecting&#160;scissors, sharp tip, 41/2&#34;</td>
			<td>VWR</td>
			<td>82027-578</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Watch glass square 1 5/8</td>
			<td>Carolina Biological Supply Company</td>
			<td>742300</td>
			<td>Autoclave before each use</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sucrose</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>S8501</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trisodium Citrate Dihydrate</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>S1804</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>E6758</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trizma Base</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>T1503</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1,4-Dithiothreitol (DTT)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>646563</td>
			<td>Add to hypotonic buffer immediately before use</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50x Protease Inhibitor</td>
			<td>Roche</td>
			<td>11873580001</td>
			<td>Add to hypotonic buffer immediately before use</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Turberculin syringe with needle (1cc, 27 G x 1/2 in)</td>
			<td>Becton, Dickinson (BD)</td>
			<td>309623</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gold seal ultra frost glass slides (25X75mm, 1mm thick)</td>
			<td>Thermo</td>
			<td>3063-002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Super PAP pen, large (liquid blocker)</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences (EMS)</td>
			<td>71310</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>16% Paraformaldehyde aqueous</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences (EMS)</td>
			<td>15710</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triton X-100</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>T8787</td>
			<td>Detergent in manuscript</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Immuno stain moisture chamber</td>
			<td>Evergreen</td>
			<td>240-9020-Z10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Coplin jars</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>08-815</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Photo-flo 200</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences (EMS)</td>
			<td>74257</td>
			<td>Wetting agent in manuscript</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pregnant mare serum gonadotropin (PMSG)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>G4877</td>
			<td>Store aliquots at -20C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Human chorionic gonadotropin (HCG)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>C0434</td>
			<td>Store aliquots at -20C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PYREX Spot Plates with nine concave cavities</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>13-748B</td>
			<td>Autoclave before each use</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass capillary</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>22260943</td>
			<td>For making oocyte collection needles</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Brand Parafilm M</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>BR701501</td>
			<td>For making oocyte collection needles</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Latex rubber tubing (3.2 mm inner diameter x 6.4 mm outer diameter)</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>14-178-5B</td>
			<td>For making oocyte collection needles</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Latex rubber tubing (6.4 mm inner diameter x 11.1 mm outer diameter)</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>14-178-5D</td>
			<td>For making oocyte collection needles</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Flexible silicone rubber nosepiece, hard plastic mouthpiece and 15 inches of latex tubing</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>A5177-5EA</td>
			<td>For making oocyte collection needles</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mitutoyo micrometer head</td>
			<td>Mituoyo</td>
			<td>150-208</td>
			<td>For making oocyte collection needles</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Syringe 5 mL</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td>309646</td>
			<td>For making oocyte collection needles</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Syringe filter 0.45 &#956;m filter</td>
			<td>Corning</td>
			<td>431220</td>
			<td>For making oocyte collection needles</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass Pasteur Pipette 5 3/4&#34;</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>13-678-6A</td>
			<td>For making oocyte collection needles</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>83 x 0.5 mm pipette tip</td>
			<td>Denville</td>
			<td>P3080</td>
			<td>For making oocyte collection needles</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&#945;-MEM</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>11415049</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Waymouth&#39;s media</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>11220035</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fetal bovine serum</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>A3160602</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bovine serum albumin (BSA)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>A3311</td>
			<td>For oocyte culture media</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>500ml filter units 0.22um</td>
			<td>Denville</td>
			<td>F5227</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hyaluronidase</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>H3506</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tyrode&#8217;s solution</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>T1788</td>
			<td>Store aliquots at -20C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Horse serum</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>H-1270</td>
			<td>For ADB/wash buffer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bovine serum albumin (BSA)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>A1470</td>
			<td>For ADB/wash buffer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>VECTASHIELD antifade mounting medium with DAPI</td>
			<td>Vector Labs</td>
			<td>H-1200</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microscope cover slides (22mmx60mm)</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>12-544-G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Clear nail polish</td>
			<td>Amazon</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Name</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microscopes</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SteREO Discovery.V8</td>
			<td>Zeiss</td>
			<td>495015-0001-000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Observer Z1</td>
			<td>Zeiss</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Name</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Primary Antibodies</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mouse anti-MLH1</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>MA5-15431</td>
			<td>Dilution factor- 1:100</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rabbit anti-SYCP1</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>PA1-16763</td>
			<td>Dilution factor- 1:1000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Goat anti-SCP3</td>
			<td>Santa Cruz</td>
			<td>sc-20845</td>
			<td>Dilution factor- 1:50</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Human anti-centromere protein</td>
			<td>Antibodies Incorporated</td>
			<td>15-235</td>
			<td>Dilution factor- 1:100</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rabbit anti- TOPOII</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab109524</td>
			<td>Dilution factor- 1:100</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mouse anti-Histone H4 (di methyl K20, tri methyl K20)</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab78517</td>
			<td>Dilution factor- 1:500</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rabbit anti-Rec8</td>
			<td>Courtesy of Dr. Karen Schindler</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Dilution factor- 1:10,000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Name</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Secondary Antibodies</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Donkey anti-goat IgG (H+L) Alexa Fluor 568 conjugate</td>
			<td>Thermo-Fisher Scientific</td>
			<td>A-11057</td>
			<td>Dilution factor- 1:500</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Donkey anti-mouse IgG (H+L) Alexa Fluor 488 conjugate</td>
			<td>Thermo-Fisher Scientific</td>
			<td>A-21202</td>
			<td>Dilution factor- 1:500</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Donkey anti-rabbit IgG (H+L) Alexa Fluor 647 conjugate</td>
			<td>Thermo-Fisher Scientific</td>
			<td>A-31573</td>
			<td>Dilution factor- 1:500</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Goat anti-mouse IgG (H+L) Alexa Fluor 568 conjugate</td>
			<td>Thermo-Fisher Scientific</td>
			<td>A-11004</td>
			<td>Dilution factor- 1:500</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Goat anti-Human IgG (H+L) Cross-Adsorbed Secondary Antibody, Alexa Fluor 488</td>
			<td>Thermo-Fisher Scientific</td>
			<td>A-11013</td>
			<td>Dilution factor- 1:500</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Goat anti-rabbit IgG (H+L) Alexa Fluor 568 conjugate</td>
			<td>Thermo-Fisher Scientific</td>
			<td>A-11011</td>
			<td>Dilution factor- 1:500</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

chromatin spread preparations for the analysis of mouse oocyte progression from prophase to metaphase ii

Kromatin yayılmış teknikleri yaygın olarak gametogenesis, sperma için özellikle sırasında çeşitli proteinlerin yerelleştirme dinamik değerlendirmek için kullanılmaktadır. Bu teknikler izin homolog kromozom çifti, gibi segregasyonun olaylar sırasında protein ve DNA yerelleştirme desen canlandırma için synapsis ve DNA tamir. Birkaç protokolleri literatürde tarif var, genel Kromatin yayılmış teknikleri memeli profaz yumurta kullanarak sınırlı ve fetal yumurtalık mayoz inisiyasyon zamanlama nedeniyle zor vardır. Buna karşılık, profaz spermatocytes mikrodiseksiyon gerek kalmadan daha yüksek verimleri ile genç erkek fareler gelen toplanabilir. Ancak, hücre saf bir eşitlenmiş nüfusu nedeniyle çocuk ve yetişkin testis segregasyonun ve sonrası segregasyonun germ hücre popülasyonlarının heterojen belirli aşamalarında elde etmek zordur. Mayoz sonraki aşamalarını için yumurta geçiren mayoz ben (MI) veya mayoz II (MII), çünkü yetişkin dişi fareler toplanan ve mayoz kültür devam etmek için teşvik olgun yumurta grupları değerlendirmek için avantajlıdır. Burada, yumurta kullanarak segregasyonun Kromatin yaymak hazırlıkları için yöntemler üzerinden fetal, Yenidoğan disseke ve yetişkin yumurtalık video gösteriler eşlik ile açıklanmıştır. Kromozom missegregation memeli yumurta olaylarda özellikle MI sırasında sıktır. Bu teknikler değerlendirmek ve etkileri farklı mutasyon veya çevre Etkilenmeler oogenesis çeşitli aşamalarında tanımlamak için kullanılabilir. Oogenesis ve sperma arasında belirgin farklılıklar olduğundan, içinde açıklanan teknikleri memeli oogenesis anlayışımızı ve kromozom ve protein dinamiği cinsel dimorfik özellikleri mayoz sırasında artırmak için çok değerli .

Görselleştirme ve yumurta segregasyonun kromozomlar değerlendirilmesi için iki teknik anlatmıştık. İlk teknik profaz ilerlemesinde embriyonik ve neonatal yumurtalıkların değerlendirilmesi doğru yiyecek ve içecek. Profaz Kromatin yayılmış ürünleri çok sayıda dinamik süreçler kromozom çifti, synapsis dahil olmak üzere, mayoz sırasında görüntülenmesi için son derece değerli ve desynapsis, homolog rekombinasyon ve epigenetik kromozom remodeling. Burada, bu yöntemin güçlü görselleştirme için belgili tanımlık yarar ve kantitatif analiz C57BL/6J embriyo hasat yumurta crossover oluşumu göstermiştir (şekil 3B ve 3 C). Pachytene substage hücrelerde için zenginleştirmek için fare embriyo 18,5 dpc (şekil 1) alınan. İki büyük işaretlerinden profaz pachytene substage homologs ve en az bir MLH1/3-pozitif crossover her homolog çifti oluşumu arasında synapsis tamamlanması vardır. Homologs arasında tam synapsis SYCP3 üst üste 20 varlığı ile kendini gösteriyor ve SYCP1 uzanıyor. Vahşi-türü yumurta oluşumunda crossover karakterize etmek için biz immunolabeled profaz Kromatin hazırlıklar SYCP3, SYCP1 ve MLH1 tespit antikorları kullanarak yaymak ve DNA DAPI kullanarak lekeli. Şekil 3B 20 tam olarak birleştirilmiş SC yapıları dağıtılan 27 MLH1 foci varlığını kanıtladığı bir pachytene sahne oosit temsilcisi bir görüntüsünü gösterir. Vahşi-türü yumurta içinde tespit MLH1 pozitif kesişim ortalama sayısı 24 ±3 yapıldı (3 C rakam, N = 15 yumurta). Şekil 3D SMC6 pericentromeric heterochromatin (PCH) bölgesi ve kromozom silah boyunca zenginleştirilmiş ve SC pachytene aşamada dağıtılmış MLH1 foci gösterir. Şekil 3E nerede kromozom yayılmış hazırlık alt-optimal ve bireysel kromozomlar edilemeyen bir sahnelenen pachytene yumurta SYCP3, SMC6 ve MLH1 doğru değerlendirme önlenmesi gösterilmektedir. Alt-optimal kromozom yayılır hipo-ekstraksiyon arabelleği yumurtalık kuluçka uzun süre veya uzun sürmez yeterli olduğunda görülebilmektedir.
Açıklanan ikinci teknik Kromatin Morfoloji segregasyonun sürdürme (şekil 6B-D) takip yumurta içinde değerlendirmek için kullanılabilir. Protein yerelleştirme yanı sıra Ploitlik, kolayca, kromozom segregasyon hataları olası nedenleri açığa tespit edilebilir. Şekil 6B 20 kromozomlar gösterilen bir MI oosit gösteriyor ve şeması ve pericentromeric heterochromatin boyama temizleyin. Şekil 6C nerede topoizomeraz IIα (TOPOII) kromozom silah ve PCH görülebilir Yakınlaştırılmış bir görüntüdür. Şekil 6D MII oosit gösteriyor nerede eşleştirilmiş kardeş chromatids kromozom ve şeması Morfoloji tarafından seçkin. Sık karşılaşılan hatalar bu tekniği çalışırken gördün ne zaman İngiltere'de yılın kaplı slayt serbest bırakmak yanı sıra çok boşluk (şekil 6E–F) yayılan kromozomlar patlama değil yumurta içerir. ZP tamamen kaldırılmazsa, kromozomlar şekil 6Eiçinde gösterildiği gibi iğ için ilişkili kalır. Yumurtalar çok yüksek PFA kaplı slayttan bırakılır, kromozomlar şekil 6Fiçinde tasvir çok ayrı da yayılabilir.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56736/56736fig1.jpg"> Şekil 1: kadın ve neonatal embriyonik gelişim sırasında segregasyonun profaz timeline. Mavi kontür belirli profaz alt sahne germ embriyonik ve neonatal geliştirme sırasında gözlenen hücreleri (leptotene, zygotene, pachytene ve diplotene/dictyate aşamaları) olasılığını gösterir. Koyu mavi renk artan hangi belirli profaz alt sahne daha bol olur zamanlama gösterir. Bu rakam başvuru2den uyarlanmıştır. <a href="//cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/56736/56736fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56736/56736fig2.jpg"> Şekil 2: yumurtalık çekme--dan embriyo ve neonatal kadın pups. (a, B) İlk kesme (1) ön ayakları üzerinde embriyo anne rahim boynuz tarafından ulaşım hemen sonra kafa/boyun kavşağında başını kesmek için yapılır. İkinci kesim (2) insizyon (3) ön ayakları altında ön yarısı boyunca takip embriyo, posterior yarısının ventral orta çizgi boyunca yapılır. Son halini kaldırılması için arka bacaklarda ve kuyruk (4) yapılır. (A) ön görünüm şematik diseksiyon kesim yumurtalık kadın pups üzerinden yalıtım için. (B) yan görünümü şematik diseksiyon kesim yumurtalık yalıtım iç organlar göreli konumlar ile için. Kırmızı ışıkta gösterilen bölgeleri diseksiyon sırasında kaldırılır bağırsak ve karaciğer içerir. Dorsal duvar ve ilişkili organ ışık mavi görünür. Bu bölge böbrekler rahim boynuz üstündeki alt kutup bağlı yumurtalıkların içerir. (C) ön kaldırma karaciğer ve bağırsak takip embriyo dorsal duvar şematik görünümü. (D) yaklaşık 15 – 18 dpc, erkek ve dişi gonads morfolojik farklılıkları şematik gösterimi. <a href="//cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/56736/56736fig2large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56736/56736fig3.jpg"> Şekil 3: temsilcisi profaz Kromatin hazırlıklar yayıldı. (A)cam slayt şematik profaz Kromatin hazırlıklar yaymak için. Siyah kare özetliyor sıvı engelleyici kalem anahat temsil eder. (B, C) Temsili resim ve miktar vahşi tipli pachytene sahne yumurta profaz Kromatin kullanarak crossover oluşumu hazırlama yöntemleri 1. adımda açıklanan yaymak. (B) Kromatin yayılır gerçekleştirilen fromC57BL/6J fare embriyolar izole yumurtalıklar 18,5 dpc kullanarak. Kromatin yayılır immunolabeled SC yanal öğe protein SYCP3 (kırmızı) ve SC Merkezi öğesi protein SYCP1 (macenta), MLH1 karşı antikor ile (yeşil, crossover olay işareti) ve DAPI (mavi, DNA) idi. Ölçek çubuğu 10 µm. (C) nokta arsa = MLH1 foci sayıları 15 pachytene sahne Kromatin elde edilen ürünleri yaymak. Hata çubukları standart sapmayı temsil eder. (D, E) karşılaştırma en uygun (D) ve alt-optimal (E) profaz yaymak hazırlıklar, anılan sıraya göre. Kromatin yayılır (yeşil), SMC6 (kırmızı), MLH1 karşı antikor ile immunolabeled vardı ve SYCP3 (mavi). Ölçek çubuğu 10 µm. = <a href="//cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/56736/56736fig3large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56736/56736fig4.jpg"> Şekil 4: Yetişkin yumurtalık şematik diyagramı. Bu diyagram yetişkin mouse ovarium, ovidukt, ampulla ve uterus anatomisi gösterir. Fare yumurtalık böbrekler aşağı Polonyalılar ve karın arka duvarına yumurtalık bağlanma ligament dikkatli kesi tarafından kaldırılması gerekir. <a href="//cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/56736/56736fig4large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56736/56736fig5.jpg"> Şekil 5: ağız ile çalışan cam pipet, cam kılcal ve elle işletilen mikrometre-oosit manipülasyon için kullanılan şırınga görüntüleri. (A) cam pipet oosit manipülatör sırayla aşağıdaki bileşenlerden oluşur: ağız parçası, lateks boru (3.2 mm iç çap (ID) x 6.4 mm dış çapı (OD)), 1 mL pipet ucu, lateks boru (11.1 mm OD x 6.4 mm ID) ve cam Pasteur pipet. Pasteur pipet bir alev üzerinde ısıtmalı cam sonu ve sonunda bir ince uçlu ucu (şekil 5A1) oluşturmak için çekti. (B) cam kapiller oosit manipülatör sırayla aşağıdaki bileşenlerden oluşmaktadır: ağız parçası, 0,45 µm filtresi (isteğe bağlı), lateks boru (3.2 mm ID x 6.4 mm OD), 1 mL pipet ucu, lateks boru (11.1 mm OD x 6.4 mm ID) ve 70 µl cam kılcal. Cam kılcal tüpler üzerinde bir alev Merkezi ısıtmalı ve iki kılcal damarlar ile ince uçlu biter (şekil 5B1) oluşturmak için ters yöne çekti. (C) elle işletilen mikrometre-şırınga sırayla aşağıdaki bileşenlerden oluşmaktadır: MITUTOYO 150-208 mikrometre kafa (orta boy, 0-1 "Aralık, 0,001" mezuniyet), 5 mL şırınga, lateks boru (3.2 mm ID x 6.4 mm OD), 1 mL pipet ucu, lateks boru (11.1 mm OD x 6.4 mm ID), 1 mL pipet ucu ve 83 x 0.5 mm2 jel yükleme bahşiş. MITUTOYO 150-208 mikrometre başından sıkıca 5 mL şırınga (şekil 5C1) eklenir. Jel yükleme ipucu güvenli bir şekilde, bağlantı 1 mL pipet sabitlenmiştir emin olmak için ucu (şekil 5C2) kesilir. <a href="//cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/56736/56736fig5large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56736/56736fig6.jpg"> Şekil 6: temsilcisi metafaz ı ve II oosit Kromatin yaymak hazırlıklar. (A) ı ve II oosit Kromatin yayılmış hazırlıklar şematik metafaz için slayt. Yumurta (daireler) ağız ile çalışan cam pipet veya kılcal (oku takip) düz bir çizgi üzerinden yayımladı. Siyah dikdörtgen anahat sıvı engelleyici kalem anahat temsil eder. (B, C) En iyi metafaz ben yaymak Kromatin hazırlık. Metafaz ben kromozomlar lekeli DAPI (mavi, DNA'sı) ve immunolabeled CEN için (yeşil, kinetochore/şeması işareti). Ölçek çubukları 10 µm. (B) = Histon H4 karşı antikor (di metil K20, tri metil K20) pericentromeric heterochromatin (PCH) etiketlemek için kullanıldı. (C) antikorları topoizomeraz IIα (TOPOII) karşı PCH ve kromozom eksenleri etiketlemek için kullanılmıştır. (D) en iyi metafaz II Kromatin hazırlık yayıldı. Metafaz II kromozomlar lekeli DAPI (mavi, DNA'sı) ve immunolabeled CEN (yeşil) ve Histon H4 (di-metil K20, tri-metil K20) PCH etiketlemek için. Ölçek çubuğu: 10µm. (E, F) zavallı metafaz ben Kromatin hazırlıklar yayıldı. Kromozomlar DAPI (mavi, DNA) ve immunolabeled için CEN (yeşil) ve segregasyonun cohesin bileşeni, REC8 ile lekeli. Ölçek çubukları 10 µm (E) yayın PFA kaplı bir slayda üzerine patlama değil bir yumurta =. (F) kromozomlar birbirinden çok uzak yayıldı. <a href="//cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/56736/56736fig6large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>Madde</td>
			<td>Tutar</td>
			<td>Son konsantrasyonu</td>
		</tr>
<tr>
<td>1 x PBS</td>
			<td>50 mL</td>
			<td>1 x</td>
		</tr>
<tr>
<td>BSA</td>
			<td>1.5g</td>
			<td>%3 (w/v)</td>
		</tr>
<tr>
<td>At Serum</td>
			<td>5 mL</td>
			<td>% 10 (v/v)</td>
		</tr>
<tr>
<td>% 10 deterjan (bkz. 
			 Tablo malzeme) PBS içinde</td>
			<td>250 μL</td>
			<td>%0,05 (v/v)</td>
		</tr>
</tbody></table>Tablo 1: Antikor seyreltme arabellek (ADB) tarifi. Eğer büyük miktarlarda yaratan stokları-20 ° C'de dondurmak veya ADB 4 ° C'de saklayın. ADB kontamine olabilirler, çok iyi aseptik teknikler kullanılır ve kirlenme her kullanımdan önce için çözüm değerlendirmek emin olun. ADB, daha küçük aliquots da bulaşma en aza indirmek için hazır olun.

Watch this Scientific Journal Video about Chromatin Spread Preparations for the Analysis of Mouse Oocyte Progression from Prophase to Metaphase II at JoVE.com

Fare Oositinin Profazdan Metafaz II'ye İlerlemesinin Analizi için Kromatin Yayılımı Hazırlıkları | Genetik | Video

Chromatin Spread Preparations for the Analysis of Mouse Oocyte Progression from Prophase to Metaphase II

Kromatin fare oosit ilerleme profaz metafaz II analizi için hazırlıklar yaymak

Oogenesis memelilerde özellikle kromozom missegregation nedeniyle hataya, olduğu bilinmektedir. Bu el yazması için fare profaz, yaymak Kromatin hazırlama yöntemleri açıklar metafaz ı ve II sahnelenen yumurtalar. Bu temel teknikler Kromatin bağlı proteinler ve kromozom morfolojisi memeli oogenesis boyunca çalışma sağlar.

Chromatin spread techniques have been widely used to assess the dynamic localization of various proteins during gametogenesis, particularly for ...

chromatin-spread-preparations-for-analysis-mouse-oocyte-progression

Nanyang Technological University

Research

Education

JoVE Journal

JoVE Core

Genetics

Molecular Biology

Biology

Unit 2

Meiosis

SCIENTISTS IN ACTION

15.2K Görüntüleme.  Johns Hopkins University Bloomberg School of Public Health. Oogenesis memelilerde özellikle kromozom missegregation nedeniyle hataya, olduğu bilinmektedir. Bu el yazması için fare profaz, yaymak Kromatin hazırlama yöntemleri açıklar metafaz ı ve II sahnelenen yumurtalar. Bu temel teknikler Kromatin bağlı proteinler ve kromozom morfolojisi memeli oogenesis boyunca çalışma sağlar.

Video: Chromatin Spread Preparations for the Analysis of Mouse Oocyte Progression from Prophase to Metaphase II

Sequential Salt Extractions for the Analysis of Bulk Chromatin Binding Properties of Chromatin Modifying Complexes

Elucidation of the binding properties of chromatin-targeting proteins can be very challenging due to the complex nature of chromatin and the heterogeneous nature of most mammalian chromatin-modifying complexes. In order to overcome these hurdles, we have adapted a sequential salt extraction (SSE) assay for evaluating the relative binding affinities of chromatin-bound complexes. This easy and straightforward assay can be used by non-experts to evaluate the relative difference in binding affinity of two related complexes, the changes in affinity of a complex when a subunit is lost or an individual domain is inactivated, and the change in binding affinity after alterations to the chromatin landscape. By sequentially re-suspending bulk chromatin in increasing amounts of salt, we are able to profile the elution of a particular protein from chromatin. Using these profiles, we are able to determine how alterations in a chromatin-modifying complex or alterations to the chromatin environment affect binding interactions. Coupling SSE with other in vitro and in vivo assays, we can determine the roles of individual domains and proteins on the functionality of a complex in a variety of chromatin environments.

Sequential salt extraction of chromatin bound proteins is a useful tool for determining the binding properties of large protein complexes. This method can be employed to evaluate the role of individual subunits or domains in the overall affinity of a protein complex to bulk chromatin.

Kromatin kompleksleri değiştirme özelliklerini bağlama toplu Kromatin analizi için sıralı tuz çekimi

Elucidation of the binding properties of chromatin-targeting proteins can be very challenging due to the complex nature of chromatin and the heterogeneous ...

Genetik

Analysis of the c-KIT Ligand Promoter Using Chromatin Immunoprecipitation

Multiple cellular processes, including DNA replication and repair, DNA recombination, and gene expression, require interactions between proteins and DNA. Therefore, DNA-protein interactions regulate multiple physiological, pathophysiological, and biological functions, such as cell differentiation, cell proliferation, cell cycle control, chromosome stability, epigenetic gene regulation, and cell transformation. In eukaryotic cells, the DNA interacts with histone and nonhistone proteins and is condensed into chromatin. Several technical tools can be used to analyze DNA-protein interactions, such as the Electrophoresis (gel) Mobility Shift Assay (EMSA) and DNase I footprinting. However, these techniques analyze the protein-DNA interaction in vitro, not within the cellular context. Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a technique that captures proteins at their specific DNA binding sites, thereby allowing for the identification of DNA-protein interactions within their chromatin context. It is done by fixation&#160;of the DNA-protein interaction, followed by&#160;immunoprecipitation of the protein of interest. Subsequently, the genomic site that the protein was bound to is characterized. Here, we describe and discuss ChIP and demonstrate its analytical value for the identification of the Transforming Growth Factor-&#946; (TGF-&#946;)-induced binding of the transcription factor SMAD2 to SMAD Binding Elements (SBE) within the promoter region of the tyrosine-protein kinase Kit (c-KIT) receptor ligand Stem Cell Factor (SCF).

DNA-protein interactions are essential for multiple biological processes. During the evaluation of cellular functions, the analysis of DNA-protein interactions is indispensable for understanding gene regulation. Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a powerful tool to analyze such interactions in vivo.

Kromatin İmmunopresipitasyon Yöntemi Kullanılarak c-KIT Ligand Promotör Analizi

Multiple cellular processes, including DNA replication and repair, DNA recombination, and gene expression, require interactions between proteins and DNA. ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) in Mouse T-cell Lines

Signaling pathways regulate gene expression programs via the modulation of the chromatin structure at different levels, such as by post-translational modifications (PTMs) of histone tails, the exchange of canonical histones with histone variants, and nucleosome eviction. Such regulation requires the binding of signal-sensitive transcription factors (TFs) that recruit chromatin-modifying enzymes at regulatory elements defined as enhancers. Understanding how signaling cascades regulate enhancer activity requires a comprehensive analysis of the binding of TFs, chromatin modifying enzymes, and the occupancy of specific histone marks and histone variants. Chromatin immunoprecipitation (ChIP) assays utilize highly specific antibodies to immunoprecipitate specific protein/DNA complexes. The subsequent analysis of the purified DNA allows for the identification the region occupied by the protein recognized by the antibody. This work describes a protocol to efficiently perform ChIP of histone proteins in a mature mouse T-cell line. The presented protocol allows for the performance of ChIP assays in a reasonable timeframe and with high reproducibility.

Chromatin Immunoprecipitation ChIP in Mouse T-cell Lines

This work describes a protocol for chromatin immunoprecipitation (ChIP) using a mature mouse T-cell line. This protocol is suitable to investigate the distribution of specific histone marks at specific promoter sites or genome-wide.

Fare T-hücresi Hatlarında Kromatin İmmünopresipitasyonu (ChIP)

Signaling pathways regulate gene expression programs via the modulation of the chromatin structure at different levels, such as by post-translational ...

Retroviral Scanning: Mapping MLV Integration Sites to Define Cell-specific Regulatory Regions

Moloney murine leukemia (MLV) virus-based retroviral vectors integrate predominantly in acetylated enhancers and promoters. For this reason, mLV integration sites can be used as functional markers of active regulatory elements. Here, we present a retroviral scanning tool, which allows the genome-wide identification of cell-specific enhancers and promoters. Briefly, the target cell population is transduced with an mLV-derived vector and genomic DNA is digested with a frequently cutting restriction enzyme. After ligation of genomic fragments with a compatible DNA linker, linker-mediated polymerase chain reaction (LM-PCR) allows the amplification of the virus-host genome junctions. Massive sequencing of the amplicons is used to define the mLV integration profile genome-wide. Finally, clusters of recurrent integrations are defined to identify cell-specific regulatory regions, responsible for the activation of cell-type specific transcriptional programs.
The retroviral scanning tool allows the genome-wide identification of cell-specific promoters and enhancers in prospectively isolated target cell populations. Notably, retroviral scanning represents an instrumental technique for the retrospective identification of rare populations (e.g. somatic stem cells) that lack robust markers for prospective isolation.

Here, we describe a protocol for genome-wide mapping of the integration sites of Moloney murine leukemia virus-based retroviral vectors in human cells.

Retroviral Tarama: Hücreye Özel Düzenleyici Bölgeleri Tanımlamak İçin MLV Entegrasyon Konumlarının Haritalandırılması

Moloney murine leukemia (MLV) virus-based retroviral vectors integrate predominantly in acetylated enhancers and promoters. For this reason, mLV ...

Generation of Native Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Libraries for Nucleosome Density Analysis

We present a modified native chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) experimental protocol compatible with a Gaussian mixture distribution based analysis methodology (nucleosome density ChIP-seq; ndChIP-seq) that enables the generation of combined measurements of micrococcal nuclease (MNase) accessibility with histone modification genome-wide. Nucleosome position and local density, and the posttranslational modification of their histone subunits, act in concert to regulate local transcription states. Combinatorial measurements of nucleosome accessibility with histone modification generated by ndChIP-seq allows for the simultaneous interrogation of these features. The ndChIP-seq methodology is applicable to small numbers of primary cells inaccessible to cross-linking based ChIP-seq protocols. Taken together, ndChIP-seq enables the measurement of histone modification in combination with local nucleosome density to obtain new insights into shared mechanisms that regulate RNA transcription within rare primary cell populations.

We present a modified native chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) methodology for the generation of sequence datasets suitable for a nucleosome density ChIP-seq analytical framework integrating micrococcal nuclease (MNase) accessibility with histone modification measurements.

Nucleosome yoğunluk analiz için kitaplıklarına sıralama yerli Kromatin Immunoprecipitation nesil

We present a modified native chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) experimental protocol compatible with a Gaussian mixture distribution ...

Constitutive and Inducible Systems for Genetic In Vivo Modification of Mouse Hepatocytes Using Hydrodynamic Tail Vein Injection

In research models of liver cancer, regeneration, inflammation, and fibrosis, flexible systems for in vivo gene expression and silencing are highly useful. Hydrodynamic tail vein injection of transposon-based constructs is an efficient method for genetic manipulation of hepatocytes in adult mice. In addition to constitutive transgene expression, this system can be used for more advanced applications, such as shRNA-mediated gene knock-down, implication of the CRISPR/Cas9 system to induce gene mutations, or inducible systems. Here, the combination of constitutive CreER expression together with inducible expression of a transgene or miR-shRNA of choice is presented as an example of this technique. We cover the multi-step procedure starting from the preparation of sleeping beauty-transposon constructs, to the injection and treatment of mice, and the preparation of liver tissue for analysis by immunostaining. The system presented is a reliable and efficient approach to achieve complex genetic manipulations in hepatocytes. It is specifically useful in combination with Cre/loxP-based mouse strains and can be applied to a variety of models in the research of liver disease.

Constitutive and Inducible Systems for Genetic In Vivo Modification of Mouse Hepatocytes Using Hydrodynamic Tail Vein Injection

Hydrodynamic tail vein injection of transposon-based integration vectors enables stable transfection of murine hepatocytes in vivo. Here, we present a practical protocol for transfection systems that enables the long-term constitutive expression of a single transgene or combined constitutive and doxycycline-inducible expression of a transgene or miR-shRNA in the liver.

Hidrodinamik kuyruk ven enjeksiyon kullanarak fare tetkikine genetik Vivo içinde değişiklik kurucu ve indüklenebilir sistemleri

In research models of liver cancer, regeneration, inflammation, and fibrosis, flexible systems for in vivo gene expression and silencing are highly ...

Generation of Genome-wide Chromatin Conformation Capture Libraries from Tightly Staged Early Drosophila Embryos

Investigating the three-dimensional architecture of chromatin offers invaluable insight into the mechanisms of gene regulation. Here, we describe a protocol for performing the chromatin conformation capture technique in situ Hi-C on staged Drosophila melanogaster embryo populations. The result is a sequencing library that allows the mapping of all chromatin interactions that occur in the nucleus in a single experiment. Embryo sorting is done manually using a fluorescent stereo microscope and a transgenic fly line containing a nuclear marker. Using this technique, embryo populations from each nuclear division cycle, and with defined cell cycle status, can be obtained with very high purity. The protocol may also be adapted to sort older embryos beyond gastrulation. Sorted embryos are used as inputs for in situ Hi-C. All experiments, including sequencing library preparation, can be completed in five days. The protocol has low input requirements and works reliably using 20 blastoderm stage embryos as input material. The end result is a sequencing library for next generation sequencing. After sequencing, the data can be processed into genome-wide chromatin interaction maps that can be analyzed using a wide range of available tools to gain information about topologically associating domain (TAD) structure, chromatin loops, and chromatin compartments during Drosophila development.

Generation of Genome-wide Chromatin Conformation Capture Libraries from Tightly Staged Early Drosophila Embryos

This work describes a protocol for the generation of high resolution in situ Hi-C libraries from tightly staged pre-gastrulation Drosophila melanogaster embryos.

Genom çapında kromatin Conformation yakalama kitaplıklardan sıkıca aşamalı erken Drosophila embriyo nesil

Investigating the three-dimensional architecture of chromatin offers invaluable insight into the mechanisms of gene regulation. Here, we describe a ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) of Histone Modifications from Saccharomyces cerevisiae

Histone post-translational modifications (PTMs), such as acetylation, methylation and phosphorylation, are dynamically regulated by a series of enzymes that add or remove these marks in response to signals received by the cell. These PTMS are key contributors to the regulation of processes such as gene expression control and DNA repair. Chromatin immunoprecipitation (chIP) has been an instrumental approach for dissecting the abundance and localization of many histone PTMs throughout the genome in response to diverse perturbations to the cell. Here, a versatile method for performing chIP of post-translationally modified histones from the budding yeast Saccharomyces cerevisiae (S. cerevisiae) is described. This method relies on crosslinking of proteins and DNA using formaldehyde treatment of yeast cultures, generation of yeast lysates by bead beating, solubilization of chromatin fragments by micrococcal nuclease, and immunoprecipitation of histone-DNA complexes. DNA associated with the histone mark of interest is purified and subjected to quantitative PCR analysis to evaluate its enrichment at multiple loci throughout the genome. Representative experiments probing the localization of the histone marks H3K4me2 and H4K16ac in wildtype and mutant yeast are discussed to demonstrate data analysis and interpretation. This method is suitable for a variety of histone PTMs and can be performed with different mutant strains or in the presence of diverse environmental stresses, making it an excellent tool for investigating changes in chromatin dynamics under different conditions.

Chromatin Immunoprecipitation ChIP of Histone Modifications from Saccharomyces cerevisiae

Here, we describe a protocol for chromatin immunoprecipitation of modified histones from the budding yeast Saccharomyces cerevisiae. Immunoprecipitated DNA is subsequently used for quantitative PCR to interrogate the abundance and localization of histone post-translational modifications throughout the genome.

Histon değişiklikler Saccharomyces cerevisiae üzerinden Kromatin Immunoprecipitation (ChIP)

Histone post-translational modifications (PTMs), such as acetylation, methylation and phosphorylation, are dynamically regulated by a series of enzymes ...

Adaptation of Hybridization Capture of Chromatin-associated Proteins for Proteomics to Mammalian Cells

The hybridization capture of chromatin-associated proteins for proteomics (HyCCAPP) technology was initially developed to uncover novel DNA-protein interactions in yeast. It allows analysis of a target region of interest without the need for prior knowledge about likely proteins bound to the target region. This, in theory, allows HyCCAPP to be used to analyze any genomic region of interest, and it provides sufficient flexibility to work in different cell systems. This method is not meant to study binding sites of known transcription factors, a task better suited for Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) and ChIP-like methods. The strength of HyCCAPP lies in its ability to explore DNA regions for which there is limited or no knowledge about the proteins bound to it. It can also be a convenient method to avoid biases (present in ChIP-like methods) introduced by protein-based chromatin enrichment using antibodies. Potentially, HyCCAPP can be a powerful tool to uncover truly novel DNA-protein interactions. To date, the technology has been predominantly applied to yeast cells or to high copy repeat sequences in mammalian cells. In order to become the powerful tool we envision, HyCCAPP approaches need to be optimized to efficiently capture single-copy loci in mammalian cells. Here, we present our adaptation of the initial yeast HyCCAPP capture protocol to human cell lines, and show that single-copy chromatin regions can be efficiently isolated with this modified protocol.

This is a method to identify novel DNA-interacting proteins at specific target loci, relying on sequence-specific capture of crosslinked chromatin for subsequent proteomic analyses. No prior knowledge about potential binding proteins, nor cell modifications are required. Initially developed for yeast, the technology has now been adapted for mammalian cells.

Hibridizasyon uyarlaması yakalama kromatin ilişkili proteinlerin proteomik memeli hücreleri için

The hybridization capture of chromatin-associated proteins for proteomics (HyCCAPP) technology was initially developed to uncover novel DNA-protein ...

Formaldehyde-assisted Isolation of Regulatory Elements to Measure Chromatin Accessibility in Mammalian Cells

Appropriate gene expression in response to extracellular cues, that is, tissue- and lineage-specific gene transcription, critically depends on highly defined states of chromatin organization. The dynamic architecture of the nucleus is controlled by multiple mechanisms and shapes the transcriptional output programs. It is, therefore, important to determine locus-specific chromatin accessibility in a reliable fashion that is preferably independent from antibodies, which can be a potentially confounding source of experimental variability. Chromatin accessibility can be measured by various methods, including the Formaldehyde-Assisted Isolation of Regulatory Elements (FAIRE) assay, that allow the determination of general chromatin accessibility in a relatively low number of cells. Here we describe a FAIRE protocol that allows simple, reliable, and fast identification of genomic regions with a low protein occupancy. In this method, the DNA is covalently bound to the chromatin proteins using formaldehyde as a crosslinking agent and sheared to small pieces. The free DNA is afterwards enriched using phenol:chloroform extraction. The ratio of free DNA is determined by quantitative polymerase chain reaction (qPCR) or DNA sequencing (DNA-seq) compared to a control sample representing total DNA. The regions with a looser chromatin structure are enriched in the free DNA sample, thus allowing the identification of genomic regions with lower chromatin compaction.

The plasticity of nuclear architecture is controlled by dynamic epigenetic mechanisms including non-coding RNAs, DNA methylation, nucleosome repositioning as well as histone composition and modification. Here we describe a Formaldehyde-Assisted Isolation of Regulatory Elements (FAIRE) protocol which allows the determination of chromatin accessibility in a reproducible, inexpensive, and straightforward manner.

Düzenleyici elemanlarının ölçü Kromatin erişilebilirlik memeli hücrelerinde formaldehit destekli izolasyon

Appropriate gene expression in response to extracellular cues, that is, tissue- and lineage-specific gene transcription, critically depends on highly ...