Bu eser desteklenmiştir tarafından bir APART Ödülü Avusturyalı Academy of Sciences (CTH), Çek Cumhuriyeti teknoloji ajansı Proje no. TA04010877 (CTH, VH ve JGS), ve Çek Bilim Vakfı (GACR) proje yok GA16-01246S (için JGS). Biz W. Tecumseh Fitch için takma diş sabitleştirici kremi kullanmak onun telkin ve ING teşekkür ederim. S. Liska eksize geyik larynges kazanmakta onun yardım için çek ordu orman hizmetinden.

Bu yazıda analiz hayvan numuneler Palacky Üniversitesi Olomouc, Çek Cumhuriyeti için standart etik gereksinimlerine uygun olarak tedavi edildi. Kızıl geyik çılgınca çek ordu Orman Hizmetleri tarafından normal Av sezonunda avlanan ormanlarda yaşayan kaynaklanıyor.
1. Hemi-gırtlak numune hazırlanması
Not: Tek düzgün hazırlanmış örnekler,4 ' te gösterildiği gibi kullanılmalıdır. Hızlı gırtlak buz gibi25 eksizyon ve depolama-80 ° C'de hemen sonra doku bozulması potansiyelini ve biyomekanik özellikleri İLETİMLERİNİZE en aza indirir ve deneyler uygun herhangi bir zamanda performans sağlar.
<ol><li>
Gırtlak defrost
	<ol>
<li>Donmuş larenks iki otoklav torbaları veya su geçirmez conta ile herhangi bir diğer plastik torbalar içine yerleştirin. Çantaları kapatın ve 30 ° C ile ısıtılan kadar gırtlak tamamen çözülmüş bir su banyosu koydu. Bir kaç saat gerekli süre aralığından gırtlak boyutuna ve donma sıcaklığı bağlı olarak fazla bir gün.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Gırtlak Temizleme
	<ol>
<li>Gırtlak çözüldü sonra çantasından çıkarın ve iyice tuzlu çözüm ile temizleyin (% 0.9 NaCl).</li>
		<li>Dikkatli bir şekilde uygulanabilir olarak gereksiz doku çıkarın (yani dış boyun kasları, kemiği vb) olmadan ana gırtlak yapıları zarar ve trakea gırtlak bir hava tedarik tüp üzerine montaj için yeterli bir uzunluğa kısaltmak (genellikle ca. 4-5 cm).</li>
		<li>Gırtlak doku yaralar, organik deformasyonlar veya potansiyel olarak gırtlak deney için uygun olmayan yapabilirdiniz dondurma işleminden meydana gelen çatlaklar gibi potansiyel doku anomaliler için kontrol edin.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Tiroid ve krikoid kıkırdak pozlama
	<ol>
<li>Böylece kıkırdak hemi-gırtlak oluşturma-sagittal kesimi için hazırlık açığa bir neşter kullanarak tiroid ve krikoid kıkırdak çevresinde dış gırtlak kas dokusu bölümlerini kaldırın. Bu Hazırlık aşaması şekil 1A ve 1Btasvir edilir.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Orta-sagittal tiroid kıkırdak ile kesmek
	<ol>
<li>Tiroid kıkırdak ön parçası ile bir ilk dikey kesme yapmak.</li>
		<li>Dikkatle kesme hakkında korunmuş kalmaya ihtiyacı vokal kat zarar vermemesi için sırayla kaldırılacak kenarı üzerine biraz daha fazla yer. Mümkünse, bir neşter kesme için kullanın. Kıkırdak kemikleşmiş, küçük bir testere kullanın.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Krikoid kıkırdak kesme
	<ol>
<li>Dikey kesme neden (kasılır) üzerinden arytenoid kıkırdak arasında ve sonra krikoid kıkırdak inferior tiroid çentik yaklaşık yatay bir düzeye aracılığıyla.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
L şeklinde bir kesik gırtlak içinde oluşturma bir vokal kat kaldırılması
	<ol>
<li>Daha önce yapılan dikey kesme krikoid kıkırdak alt ucundan başlayarak kesme ve inferior tiroid çentik doğru yeni kesme neden yatay olun. Anteriorly kaldırılacak gidiyor boğaz yandan katlanmış.</li>
		<li>Yumuşak doku ile tiroid kıkırdak iç tarafında cut - vokal kıvrımlar ön eki arasında kesme böylece vokal kat zarar kaçınarak tiroid kıkırdak önde gelen ederken dikkatli olun bir dikey oluşturmak.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Tiroid kıkırdak ile kesme arıtma
	<ol>
<li>Neşter, testere veya tiroid kıkırdak tam düz kesim uygulamak ve almak için bir dosyasına kapatın daha önce incelenen vokal kat ön kısmına olabildiğince kullanın.</li>
		<li>Ayrıca arka tiroid kıkırdak küçük bir bölümünü kaldırmak, arytenoid adducting için sivri uç eklemek için alan oluşturmak için (aşağıya bakınız) kıkırdak ve böylece vokal kat. Bu Hazırlık aşaması şekil 1 c ve 1 Dtasvir edilir. Not: araştırma soru bağlı olarak tüm vokal kat tam Fuar görünürlüğünü yukarıdan etkinleştirmek için gerekli olabilir. Böyle bir durumda, yapıları (gerçek) vokal kat (yani, ventrikül veya Vestibüler kat, uygulanabilir olduğunda verilen numune anatomisi) yukarıda kaldırılması gerekir. Vokal kıvrımlar yukarıda iç yumuşak gırtlak doku, tiroid kıkırdak ile bağlantısını kaybedebilir ve vokal kat ile titreşim sırasında engelleyen bazı örnekleri içinde potansiyel sahte (çoğunlukla düzensiz) salınım desenleri neden oluyor. Böyle bir durumda o doku dikkatli çıkarılması kaçınılmazdır.</li>
	</ol>
</li>
</ol><img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55303/55303fig1.jpg"> Resim 1 : Hemi-gırtlak hazırlık ve montaj. (A)ve (B) Cleaned gırtlak numune, sol vokal kat; kaldırılmasını önce medial ve arka görünüm (C) ve (D) hazırlanan hemi-gırtlak L şeklinde kesi (vokal kat kaldırıldı medial sol) ve arka görünümü ile. <a href="//cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/55303/55303fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>

2. Hemi-gırtlak deney
<ol><li>
Hemi-laryngeal Kur
	<ol>
<li>Larinks ısıtılmış ve oksijen hava sağlayan bir hava temini tüp kullanın.</li>
		<li>Yapı iki şeffaf levha kaldırılan gırtlak parçaları bir ikame olarak dik düzenlenmiştir.</li>
		<li>Kullanım dişleri gırtlak kararlılığını artırmak ve dikey cam levha için kalan vokal kat adducting tarafından uygun pre-phonatory gırtlak yapılandırma oluşturmak için 4 (bkz. şekil 2A). Not: Teorik olarak, vokal kıvrımlar da dikiş ve ağırlık bir kasnak-kolu sistemi 26 tarafından adducted. Ancak, böyle bir yaklaşım bu yazarlar en iyi bilgi için henüz bir hemilarynx hazırlık için çalışılmıştır.</li>
	</ol>
</li>
</ol><img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55303/55303fig2.jpg">
Resim 2 : Hemi-gırtlak Kur. (A)yapıları desteklemek: Hava tedarik tüp, L şeklindeki cam plaka düzenleme, dıştan dişleri. (B) monte hemi-gırtlak hazırlık dıştan dişleri ile. (C) ve (D) yakın çekimler hemi-gırtlak-hazırlık, yan ve üst, sırasıyla görüntülenebilir. <a href="//cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/55303/55303fig2large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<ol start="2"><li>
Hemi-gırtlak montaj
	<ol>
<li>Hava tedarik tüp takma diş sabitleştirici krem ile kapak ve larinks, Trakea kalan kısmını kullanarak bağlayabilirsiniz. Sabitleştirici krem bir yapıştırıcı çalışır ve potansiyel boşluklar, böylece bir hava geçirmez mühür oluşturma kapatır.</li>
		<li>Nefes borusu plastik kayış veya bir hortum kelepçesi sıkma bir bağla.</li>
		<li>Aynı zamanda, krema, sabitleştirici krem vokal kat veya iç yumuşak gırtlak dokulara Yayilim kaçınırken sabitleştirici ile tiroid kıkırdak ile kesme kenarlarını kapsar.</li>
		<li>Saydam tabakalar iliştirin.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Sabitleme tiroid kıkırdak, dıştan vokal kat kullanarak dişleri
	<ol>
<li>Dişleri plaka vokal katlı adduct ve tiroid kıkırdak stabilize etmek için kullanın.</li>
		<li>Sabitleştirici krem ayarladıktan sonra hava akımı için vokal kat salınım ve hemi-gırtlak ve cam plakanın arasında olası sızıntıları kontrol kurmak için geçerlidir.</li>
		<li>Sonunda meydana gelen boşlukları daha fazla sabitleştirici krem ekleyerek kapatın.</li>
	</ol>
</li>
</ol>

Yazarlar ifşa gerek yok.

"Geleneksel" (tam) eksize gırtlak Kur avantajları hemi-gırtlak hazırlık hisse: Bu tür deneysel bir yaklaşım, fiziksel ve fizyolojik sınır koşulları ve parametreleri (örneğin, subglottal basınç veya vokal kat uzama) olabilir oldukça iyi kontrol. Hemilarynx davranışını homolog için bu mükemmel bir ile tam bir gırtlak lateral simetri, istisna ile bu büyüklükleri bazı parametreleri (e.g., hava akış hızı, ses basıncı) yaklaşık % 50 oranında azaltılır, henüz hareketsiz içinde varlık gerçekçi aralıkları16. Tam eksize gırtlak yaklaşım, Yanibüyük bir dezavantajı., vokal kat yüzeyi boyunca çift-inferior (caudo-kafatası) boyut, görünürlük eksikliği titreşimli vokal yan görünümünü sağlayarak hemi-gırtlak kurulumunda aşmak pas geçiyor. Hemi-gırtlak kurulum böylece vokal kat hareket birden çok boyutlu olarak değerlendirilmesi insan ve insan dışı memeliler biyofiziksel ses üretimi yönteminde daha ince ayrıntılarını anlamak çalışırken çok önemli olduğunu hangi bırakmak.
Burada, hemi-gırtlak kurulumuna ilişkin birkaç örnek uygulamalar gösterilmiştir. Vokal kat titreşim iki kamera açıları gelen belgelere daha fazla nitel ve nicel veri analiz sağlar. Bu yazıda, yeni tanıtıldı dikey yönde kymographic glottal hareket analiz Seçili pozisyon antero-posterior (dorso-ventral) glottal ekseni boyunca glottis zamansal geometrik varyasyonları yeniden inşası sağlar. Bu analiz için birkaç puan equidistantly tekrar glottal ekseni boyunca aralıklı zaman tüm glottal hareket yeniden. Bu yaklaşım karşılaştırılabilir ama aynı sonuçları karşılaştırıldığında vokal kat hareket değerlendirilmesi için işaretleme ve vokal kat doku bireysel "fleshpoints" (glottis oluşturan değil aynı zamanda noktalarında), örneğin, sağlar unutmayın ile mikro-dikiş20 veya Silisyum Karbür parçacıkları5,40. Üç boyutlu zaman değişen glottal geometri hakkında kesin bilgi daha fazla glottal hava akımı ve titreşimli gırtlak doku ile etkileşimi ayrıntılarını araştırmak çok önemlidir. Örneğin, kendi kendini idame ettiren ses Hesaplamalı modellerin titreşim kat daha ampirik veri hava akımı jet ayrılık 41,42,43,44, amacı ile ilgili olarak gelişmiş olabilir 45,46,47,48 haline kullanılabilir.
Şekil 5' te gösterildiği gibi hemi-gırtlak hazırlık vokal kat temas bölgesinin (VFCA) değerlendirilmesi sırasında kendini sürekli vokal kat titreşim sağlar. Zaman değişen göreli büyüklüğü VFCA bilgisine electroglottographic ölçüm sonuçlarını doğrulamak yararlı biri için non-invaziv vokal değerlendirilmesi kat için titreşim içinde vivo27, yumurta bir yaygın olarak kullanılan yöntemdir. Ayrıca, tam VFCA geometri ve onun değişim zaman içinde daha iyi vokal kat kişi derinliği 49 ve hızı potansiyel ile ilişkisi olan sözde Mukozal dalga50 kavramını anlamak için çok önemli olarak kanıtlamak olabilir , 51 , 52 , 53., vokal kat doku yüzey kapak katman içinde bir hava akışı odaklı seyahat eden dalga oluşur. Bu dalga başlangıçta trans-glottal hava akımı ile birlikte inferior vokal çift kenar kat ve daha sonra bu yanal bir kez her salınım döngüsü54üst vokal kat yüzeyi boyunca yayar taşır.
Her şeye rağmen hemi-gırtlak yaklaşımı ampirik yöntemlerin temel ses bilim için şu anda mevcut cephanelik güçlü, ancak yaygın olarak kullanılan kurucu olduğunu. Burada, bir hemi-gırtlak hazırlık oluşturmak için bir öğretici sunulur ve olası bazı gelecekteki uygulamalar ele alınmıştır. Verilen yönergeleri karşıdan karşıya farklı labs, böylece sağlayan ses bilim adamları daha iyi ses üretim biyomekanik anlamak için potansiyeli ile deneyler tekrarlanabilirlik geliştirmek yardımcı olabilir.

Ses genellikle sabit bir hava akımı, hava akımı darbeler bir dizi akciğerler tarafından sağlanan dönüştürür gırtlak doku (vokal kıvrımlar esas olarak) titreşimli tarafından oluşturulur. Akustik basınç dalga formu (Yani, birincil ses) onları filtreler vokal yolu heyecanlandıran bu akışı bakliyat sırasından akustik olarak ortaya çıkan ve elde edilen ses ağzından ve (için belirli bir ölçüde) burun1 yayılan . Ses oluşturulan spektral bileşimi vokal kat titreşim, gırtlak biyomekanik ve trakeal hava akımı2ile etkileşimleri tabi kalitesini büyük ölçüde etkilenir. Bir klinik hem hem de bir araştırma bağlamında, dokümantasyon ve vokal kat titreşim değerlendirilmesi olduğunu böylece en önemli ilgi ses üretim okurken.
İnsanlarda, gırtlak doğrudan endoskopik incelenmesi sırasında ses üretim vivo içinde itiraz ediyor ve şu anki teknolojik araçlara sahip insan dışı memelilerde neredeyse mümkün değildir. Bu nedenle, dikkatli bir şekilde kontrol garanti fiziksel ve/veya fizyolojik deneysel sınır koşulları, çıkarılan larynges3,4 kullanımı amacıyla birçok durumda incelenmesi için yeterli bir ikame içinde vivo nedir ses üretim mekanizmaları.
Vokal kat titreşim karmaşık üç boyutlu fenomen5' tir. Gibi geleneksel araştırma yöntem gırtlak endoskopi (in vivo) veya eksize gırtlak hazırlıklar genellikle üstün görünümünü titreşimli vokal kıvrımlar6, bunlar tam üç boyutlu analiz için izin vermez sağlarken vokal kat hareket. Özellikle, üstün görünümünde vokal kıvrımlar daha düşük (Kaudal) kenar boşluklarını titreşimli döngüsü sırasında büyük bir kısmını görünmez olur. Bu üstün (kafatası) kenarına vokal kıvrımlar genellikle vokal kat salınım5sırasında görülen bir fenomen arasında Inferior (Kaudal) faz gecikme kaynaklanmaktadır. Bulgular kadar fiziksel ve matematiksel modeller yedeklemek için doğrudan ampirik kanıt kıt olduğu gibi bilgi geometri ve düşük ses hareket kat kenar7ve böylece subglottal kanal8,9 geometri , 10 daha iyi gırtlak hava akımı, vokal kat doku ve ortaya çıkan kuvvetleri ve baskıların11,12arasındaki etkileşimi anlamak için önemlidir. Başka bir geleneksel üstün görünümden gizli vokal kat titreşim iki vokal kıvrımlar arasında temas (caudo-kafatası) dikey derinliği yönüdür. Dikey iletişim derinlik vokal kıvrımlar şarkı ("falsetto" kayıt vs. "göğüs")13,14' te kullanılan ses kayıt, potansiyel bir göstergedir dikey kalınlığı ile ilgili.
Geleneksel (tam) eksize gırtlak hazırlıklar eksikliklerin üstesinden gelmek için bir sözde hemi-gırtlak Kur, yarısı nerede yararlı olabilir böylece kalan titreşimli özellikleri değerlendirilmesi kolaylaştırılması gırtlak kaldırılır üç boyutlu ses fold. Doğal olarak, bu kurulum 1960'larda15 giriş ve 199316kavramında ilk bir doğrulama beri bu umut verici deneysel17,18 ile deneyler pek laboratuvarları gerçekleştirdiniz ,19,20,21,22,23. Bunun için bir açıklama uygun hemi-gırtlak hazırlık oluşturma zorluklar içinde bulunabilir. Geleneksel eksize (tam) gırtlak hazırlık iyi belgelenmiş4olmakla birlikte, böyle bir ayrıntılı talimat henüz bir hemi-gırtlak yapısı oluşturmak için kullanılabilir. Bu nedenle Kızıl geyik numuneler deneysel sonuçlar tarafından desteklenen bir güvenilir bir şekilde tekrarlanabilir hemi-gırtlak Kur kurmak için bir eğitim sağlamak için bu kağıt amacı budur.
Ölçme donanımları, yüksek hızlı gibi bir "geleneksel" eksize gırtlak kurulumu veya yeterince gırtlak yapılarının titreşimleri ses oluşturma sırasında veya uygun belgelemek için diğer görüntüleme teknolojisi ile birçok özellik bir hemi-gırtlak Kur hisse ısıtmalı, oksijen hava temini. Bu genel kurulum konuları ayrıntılı bir kitap bölüm4 ve Ulusal Merkezi ses ve konuşma24teknik rapor olarak açıklanmıştır. Bu talimatları tekrarlama-cekti var olmak bu yazının kapsamı dışındadır. Burada, bir hemi-gırtlak yapısı oluşturmak için yalnızca özel yönergeler sunulmuştur.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr >
			<td >Surgical blades</td>
			<td >Surgeon</td>
			<td >Jai Surgical Ltd., New Delhi, India</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Saw</td>
			<td >Hand saw (Lux, 150 mm length)</td>
			<td >Lux, Wermelskirchen, Germany</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Thermometer</td>
			<td >Testo 922</td>
			<td >Testo Ltd., Hampshire, UK</td>
			<td >K-type Probe, Operating temperature -20 to +50 &#176;C</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Autoclave bags</td>
			<td >Autoclave bags</td>
			<td >vwr.com, VWR International s.r.o., Stribrna Skalice, Czech republic</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Conductive glass plates</td>
			<td >Custom made</td>
			<td >UPOL - Joint laboratory of Optics 
			Trida 17. listopadu 50A, 772 07 Olomouc, the Czech Rep.</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Fixative cream</td>
			<td >Denture fixative cream</td>
			<td >Blend-a-dent Natural</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Prongs and fastening system</td>
			<td >Customized Kanya Al eloxed profiles</td>
			<td >Distributor: VISIMPEX a.s.. Seifertova 33, 750 02 Prerov, the Czech Rep.;</td>
			<td >&#160;Combination of Kanya RVS and PVS fastening systems (http://www.kanya.cz/) + custom made prongs</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Mounting tube</td>
			<td >Custom made</td>
			<td >UPOL - Joint laboratory of Optics, 
			Trida 17. listopadu 50A, 772 07 Olomouc, the Czech Rep.</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >LED Light</td>
			<td >Verbatim 52204 LED Lamp</td>
			<td >Mitsubishi Chemical Holdings Corporation, Tokyo, Japan</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Camera</td>
			<td >Canon EOS1100D</td>
			<td >Canon Inc.</td>
			<td >18-55 mm lens</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Airpump</td>
			<td >Resun LP100</td>
			<td >Resun</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Strobe light</td>
			<td >ELMED Helio-Strob micro2</td>
			<td >ELMED Dr. Ing. Mense GmbH, Heiligenhaus, Germany</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Humidifier</td>
			<td >Custom made</td>
			<td >Voice Research Lab, Dept. Biophysics, Faculty of Sciences, Palacky University Olomouc, Czech republic</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Subglottic tract</td>
			<td >Custom made adjustable subglottic tract</td>
			<td >Voice Research Lab, Dept. Biophysics, Faculty of Sciences, Palacky University Olomouc, Czech republic</td>
			<td >Hampala, V., Svec, Jan, Schovanek, P., and Mandat, D. Uzitny vzor c. 25585: Model subglotickeho traktu. [Utility model no. 25585: Model of subglottal tract] (In Czech) Soukup, P. 2013-27834(CZ 25505 U1), 1-7. 24-6-2013. Praha, Urad prumysloveho vlastnictvi</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

hemi-laryngeal setup for studying vocal fold vibration in three dimensions

İnsan ve çoğu insan olmayan memeliler ses gırtlak vokal kıvrımlar, kendi kendini idame ettiren salınım aracılığıyla oluşturulur. Vokal kat titreşim doğrudan görsel belgeleri, özellikle insan olmayan memelilerde zor. Alternatif olarak, eksize gırtlak deneyler vokal kat titreşim kontrollü fizyolojik ve fiziksel koşullar altında araştırmak için fırsat sağlar. Ancak, tam bir gırtlak kullanımı sadece vokal kıvrımlar, gözlem aerodinamik kuvvetleri ile onların etkileşim sırasında salınan yapıları çok önemli bazı bölümleri hariç üst bir görünümünü sağlar. Bu sınırlama nerede yarım bir hemi-gırtlak Kur kullanarak üstesinden gelebilir sırasında kendini sürekli salınım bir çift ve kalan vokal kat yanal bir görünümünü sağlayan gırtlak orta-sagittally kaldırılır.
Burada, hemi-laryngeal yapıları ve onların montaj anatomik hazırlanması için adım adım kılavuz laboratuvar tezgah üzerinde verilir. Örnek fonasyon hemi-gırtlak hazırlık iki eşzamanlı kamera (üstün ve yanal kez), gösteren üç boyutlu ses kat hareket ve karşılık gelen zaman değişen temas bölgesinin tarafından yakalanan yüksek hızlı video verileri ile belgelenmiştir. Bu yayın hemi-gırtlak kurulumunda belgelenmesi uygulaması ve deneysel araştırmada, ses bilim adamları daha iyi ses üretim biyomekanik anlamak için potansiyeli ile sağlayan güvenilir tekrarlanabilirlik kolaylaştıracaktır.

İllüstrasyonlar hemi-gırtlak hazırlık ve onun montaj hava tedarik tüp olarak önceki bölümde başvurulan Resim 1 ve Şekil 2, sırasıyla sağlanır.
Vokal kat titreşim iki kamera açılardan belgelenmesi
Hava akımı kaynaklı kendi kendini idame ettiren salınım hemi-gırtlak vokal kat yukarıdan belgelenmiştir ve iki taraftan yüksek hızlı video (HSV) Kameralar: 6000 kare/s, akustik zaman zaman uyumlu kayıtları tarafından tamamlanmaktadır işletilen senkronize ve electroglottographic (aşağıya bakın) veri 44.1 kHz örnek. Kullanılan ekipman listesi dahil olmak üzere veri toplama kurulumu hakkında daha fazla bilgi yazarlar 27,28bu grup tarafından önceki yayınlarda bulunabilir. Bu HSV kayıtlarından görüntüleri video eşlik eden gösterilir. Fotoğraf Sıkıştırma silkicileri döngüsü içinde temsilcisi anlarda çıkarılan şekil 3' te gösterilmektedir. Üstten bakış (her panel üst yarısı) medio-lateral vokal kat hareketi gösterir, şekil 3A' açık bir glottis gösteren, şekil 3B-D iken glottal hava akımı sağlayan glottis kapalıdır (vokal kat ile tam temas halinde olduğunu Dikey cam levha), böylece tutuklama glottal hava akışı. 3B-D rakamlar içinde yan görünüm (her panel alt yarısında) vokal kat kişi cam levha, hem de değişen geometri ve dikey konumunu kişiyle karşı değişen derecesini göstermektedir.
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55303/55303fig3.jpg"> Şekil 3 : Hemi-gırtlak vokal kat titreşim. (A-D) Hareketsiz görüntüler (her panel üst yarısı) üst ve yan görünümü (alt yarısı her panel) fotoğraf makineleri, yüksek hızlı video görüntüleri üzerinden temsilcisi titreşimli döngüsü içinde puan elde. ' Nde (A) vokal kat kişi olmadığına dikkat edin ve (hem alan, şekli ve pozisyon) vokal değişen kişi katlayın (B-D). <a href="//cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/55303/55303fig3large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
Kymographic glottal hareket analizi
Nicel glottal hareket analiz şekil 4' te gösterilmiştir. Glottis açılış sırasında kendi kendini sürekli salınım onların deplasmanlar tarafından oluşturulan ve (titreşimli) vokal kıvrımlar29arasında'değişkendir. Üstten Görünüm HSV görüntüleri en modern analiz vokal kıvrımlar30,31yanal deplasmanlar izleme sağlar. Burada açıklanan hemi-gırtlak hazırlama tesisi de vokal kat titreşim dikey (caudo-kafatası) yönlerini değerlendirmek için ekler.
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55303/55303fig4.jpg"> Şekil 4 : Kymographic glottal hareket analizi. (A)ve (B) Video fotoğraf hemi-gırtlak, 6000 kare/s yüksek hızlı video (HSV) kayıtları alınan üst ve yan görünümlerini gösteren. Sarı dikey çizgiler üstten görünüm için panelleri C ve E ve D ve F panelleri yan görünüm için gösterilen kymograms kymographic tarama satır konumu belirtir. (C) ve (D) dijital kymograms üst ve yan görünüm, HSV görüntüleri sırasıyla ayıklanır. (E) zaman değişen yanal öteleme vokal kat kymogram çıkarılan ve bir çizgi (kısa çizgiler) ile takip. (F) zaman değişen deplasmanlar vokal kat, alt ve üst kenarından kymogram değerlendirilir ve bir kesik ve noktalı bir çizgi ile sırasıyla takip. (G) zaman değişen glottal yapıları Sinoptik tasviri: Lateral vokal kat saptırma ("top", soluk mor) ve dikey saptırma çıkarılan kenarları katlayın ("yan SUP", koyu kırmızı) superior ve inferior ("yan inf.", koyu yeşil) ses, E ve f panellerinde görüldüğü kymograms panel G. (Ben) gösterilen yer değiştirme veri glottal yapısı ve üstün deplasman verilerden elde edilen (J) Glottal hareket imar türetilmiş (H) hareket hızları ve Panel G. gösterilen aşağı vokal kat kenar boşlukları Oklar, rotasyonel hareket yönü gösterir. <a href="//cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/55303/55303fig4large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
İki dijital kymograms üst ve yan görünümden HSV veri (rakamlar 4 c ve 4 D) oluşturuldu. Bir dijital kymogram (DKG)32,33,34,35, (genellikle noktasında maksimum vokal kat titreşimli genlik), tek bir satırı piksel verilerini arka arkaya bir dizi yüksek hızda çekilmiş video kareleri, zamansal bir eksen üzerinde apsis oluşturmak için birleştirilmiş. Yapıların DKG tarama satırın kapsadığı zaman değişen deplasman koordine üzerinde görünür. Şekil 4 ciçinde - gösterilen örnekteF, DKG üst satırı pozisyonları inceden inceye gözden geçirmek ve yan görünüm yarı yolda Hampala ve arktarafından açıklanan yaklaşım kullanan vokal kat antero-posterior (ventro dorsal) boyuttaki seçildi., EQ 127.
Glottis yanal ve caudo kraniyal deplasmanlar inferior ve superior vokal kat kenarlarından belirlendi, DKG veri içinde (rakamlar 4E ve 4F) takip ve Metrik birimleri gömülü video kare hızı ve Kalibrasyon bilgilere dayanarak ifade Videolar (şekil 4 g ve H). İki boyutlu bir inşası (yatay ve dikey) glottal hareket (yani, en yüksek titreşimli genlik yerini) vokal kat ortasında üç tam glottal devir şekil 4E ve Fgösterilir. Glottal döngüsü çoğunluğu sırasında vokal kat (glottal kapatma temsil eden) cam levha ile temas halinde ama değişen kişi derinliği ile oldu. Açık aşamasında (i.e., vokal kat cam levha ile temas olduğunda), inferior ve üstün ses izlerini kenar sigorta kat ve diğer çalışmalar sonuçlarından ile kısmi sözleşmedeki karmaşık döngüsel hareket Desen Sergisi 5 , 20 , 36 , 37 (insanlarda hareket deseni burada araştırıldı Kızıl geyik numune daha eliptik olma eğilimindedir). İlginçtir, dikey Motor hacmi yaklaşık 10 mm, Yani, neredeyse bir büyüklük insanlarda bulundu daha büyük titreşimli genliği ulaştı.
Vokal kat değerlendirilmesi iletişim alanı
Electroglottography (yumurta)38 fonasyon sırasında göreli vokal kat temas bölgesinin (VFCA) değişiklikleri ölçmek için yaygın olarak kullanılan bir non-invaziv modudur. Düşük yoğunluklu gırtlak her tarafında vokal kat düzeyinde yerleştirilen iki elektrot arasında yüksek frekanslı akım geçer. Vokal kat (de) gırtlak ses üretimi sırasında iletişim kurmanızı kaynaklanan başvuruda varyasyonları büyük ölçüde orantılı zaman değişen göreceli vokal kat alanı39başvurun. YUMURTA sinyal temel frekans ve salınım rejimi (düzensiz veya periyodik, bifurcations de dahil olmak üzere) yansıtan vokal kat titreşim, güvenilir bir fizyolojik ilişkili olduğu varsayılır. Geniş uygulama rağmen VFCA ve yumurta dalga formu mümkün doğrudan ilişkisi yakın zamana kadar sadece bir tek çalışma17' de VFCA ve yumurta sinyal büyüklüğü arasında yaklaşık doğrusal bir ilişki düşündüren test edilmiştir. Ancak, vokal kat akış kaynaklı titreşim bu çalışmada araştırıldı değil. Bu nedenle, yumurta titiz bir ampirik değerlendirilmesi uygun fizyolojik koşullar altında göreli VFCA bir ölçüsü olarak bu nedenle hala ihtiyaç vardı.
Bu sorunu ele almak, bu grubun yazarlarının son zamanlarda üç Kızıl geyik larynges bir iletken cam tabak27kullanan bir eksize hemi-gırtlak hazırlık araştırmış. Vokal kat ve cam levha arasında değişen temas 6000 fps'de sagittal düzlemde yapılan yüksek hızlı video kayıtları tarafından izlenen zaman yumurta sinyal ile ± 0.167 Bayan bir doğruluk ile senkronize temsilcisi çalışma are göstermek içinde olduğunu kaynaklanır Şekil 5ortalama gösteren, yumurta sinyal ve VFCA – arasında iyi anlaşma için başvuru27 ayrıntılı bilgi için bkz:).
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55303/55303fig5.jpg"> Şekil 5 : Vokal kat temas bölgesinin (VFCA) ve electroglottographic (yumurta) dalga karşılaştırılması. (A-D) Yüksek hızlı video verileri bir Kızıl geyik hemi-gırtlak yan görünüm dört Instants glottal bir döngü içinde gösterilen video fotoğraf. El ile biçilen vokal kat temas bölgesinin (Yani, vokal kat dikey cam levha hemi-gırtlak yapısı ile temas halinde olduğu alan) camgöbeği içinde eklenmiş olan. Bir glottal döngü vokal kat kişi aşaması için normalleştirilmiş yumurta ve VFCA verileri (E) karşılaştırılması. Vokal değerlendirilmesi kaynaklandığını VFCA veri glottal döngüsü üzerinde temas bölgesinin (piksel olarak sayılır) katlayın. <a href="//cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/55303/55303fig5large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>

Watch this Scientific Journal Video about Hemi-laryngeal Setup for Studying Vocal Fold Vibration in Three Dimensions at JoVE.com

Hemi-laryngeal Setup for Studying Vocal Fold Vibration in Three Dimensions

Bu kağıt ses üretimde insan ve insan olmayan memeliler biyofiziksel çeşitli yönlerini incelemek için vokal kat titreşim, çok boyutlu bir görünümünü kolaylaştırmak hemi-gırtlak numunelerin hazırlanması için bir protokol tanıttı.

Üç boyutlu ses kat titreşim eğitim için Hemi-laryngeal Kur

The voice of humans and most non-human mammals is generated in the larynx through self-sustaining oscillation of the vocal folds. Direct visual ...

hemi-laryngeal-setup-for-studying-vocal-fold-vibration-three

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Biology

10.9K Görüntüleme.  Palacky University Olomouc. Bu kağıt ses üretimde insan ve insan olmayan memeliler biyofiziksel çeşitli yönlerini incelemek için vokal kat titreşim, çok boyutlu bir görünümünü kolaylaştırmak hemi-gırtlak numunelerin hazırlanması için bir protokol tanıttı.

Video: Hemi-laryngeal Setup for Studying Vocal Fold Vibration in Three Dimensions

Chip-based Three-dimensional Cell Culture in Perfused Micro-bioreactors

We have developed a chip-based cell culture system for the three-dimensional cultivation of cells. The chip is typically manufactured from non-biodegradable polymers, e.g., polycarbonate or polymethyl methacrylate by micro injection molding, micro hot embossing or micro thermoforming. But, it can also be manufactured from bio-degradable polymers. Its overall dimensions are 0.7 1 x 20 x 20 x 0.7 1 mm (h x w x l). The main features of the chips used are either a grid of up to 1156 cubic micro-containers (cf-chip) each the size of 120-300 x 300 x 300 &mu; (h x w x l) or round recesses with diameters of 300 &mu; and a depth of 300 &mu; (r-chip). The scaffold can house 10 Mio. cells in a three-dimensional configuration. For an optimal nutrient and gas supply, the chip is inserted in a bioreactor housing. The bioreactor is part of a closed steril circulation loop that, in the simplest configuration, is additionaly comprised of a roller pump and a medium reservoir with a gas supply. The bioreactor can be run in perfusion, superfusion, or even a mixed operation mode. We have successfully cultivated cell lines as well as primary cells over periods of several weeks. For rat primary liver cells we could show a preservation of organotypic functions for more than 2 weeks. For hepatocellular carcinoma cell lines we could show the induction of liver specific genes not or only slightly expressed in standard monolayer culture. The system might also be useful as a stem cell cultivation system since first differentiation experiments with stem cell lines were promising.

We describe a chip-based platform for the three-dimensional cultivation of cells in micro-bioreactors. One chip can house up to 10 Mio. cells that can be cultivated under precisely defined conditions with regard to fluid flow, oxygen tension etc. in a sterile, closed circulation loop.

Perfüze Mikro-biyoreaktörler Chip tabanlı üç boyutlu Hücre Kültürü

We have developed a chip-based cell culture system for the three-dimensional cultivation of cells. The chip is typically manufactured from ...

Biyoloji

Microinjection Techniques for Studying Mitosis in the Drosophila melanogaster Syncytial Embryo

This protocol describes the use of the Drosophila melanogaster syncytial embryo for studying mitosis1. Drosophila has useful genetics with a sequenced genome, and it can be easily maintained and manipulated. Many mitotic mutants exist, and transgenic flies expressing functional fluorescently (e.g. GFP) - tagged mitotic proteins have been and are being generated. Targeted gene expression is possible using the GAL4/UAS system2. 

The Drosophila early embryo carries out multiple mitoses very rapidly (cell cycle duration, &asymp;10 min). It is well suited for imaging mitosis, because during cycles 10-13, nuclei divide rapidly and synchronously without intervening cytokinesis at the surface of the embryo in a single monolayer just underneath the cortex. These rapidly dividing nuclei probably use the same mitotic machinery as other cells, but they are optimized for speed; the checkpoint is generally believed to not be stringent, allowing the study of mitotic proteins whose absence would cause cell cycle arrest in cells with a strong checkpoint. Embryos expressing GFP labeled proteins or microinjected with fluorescently labeled proteins can be easily imaged to follow live dynamics (Fig. 1). In addition, embryos can be microinjected with function-blocking antibodies or inhibitors of specific proteins to study the effect of the loss or perturbation of their function3. These reagents can diffuse throughout the embryo, reaching many spindles to produce a gradient of concentration of inhibitor, which in turn results in a gradient of defects comparable to an allelic series of mutants. Ideally, if the target protein is fluorescently labeled, the gradient of inhibition can be directly visualized4. It is assumed that the strongest phenotype is comparable to the null phenotype, although it is hard to formally exclude the possibility that the antibodies may have dominant effects in rare instances, so rigorous controls and cautious interpretation must be applied. Further away from the injection site, protein function is only partially lost allowing other functions of the target protein to become evident.

Microinjection Techniques for Studying Mitosis in the Drosophila melanogaster Syncytial Embryo

This protocol describes the use of microinjection and high resolution imaging in the Drosophila melanogaster syncytial embryo to study mitosis.

Mitoz incelenmesi için Mikroenjeksiyon Teknikleri Drosophila melanogaster Sinsityal Embriyo

This protocol describes the use of the Drosophila melanogaster syncytial embryo  for studying mitosis1.  Drosophila has useful genetics with a sequenced ...

Patch Clamp and Perfusion Techniques for Studying Ion Channels Expressed in Xenopus oocytes

The protocol presented here is designed to study the activation of the large conductance, voltage- and Ca2+-activated K+ (BK) channels. The protocol may also be used to study the structure-function relationship for other ion channels and neurotransmitter receptors1. BK channels are widely expressed in different tissues and have been implicated in many physiological functions, including regulation of smooth muscle contraction, frequency tuning of inner hair cells and regulation of neurotransmitter release2-6. BK channels are activated by membrane depolarization and by intracellular Ca2+ and Mg2+ 6-9. Therefore, the protocol is designed to control both the membrane voltage and the intracellular solution. In this protocol, messenger RNA of BK channels is injected into Xenopus laevis oocytes (stage V-VI) followed by 2-5 days of incubation at 18&deg;C10-13. Membrane patches that contain single or multiple BK channels are excised with the inside-out configuration using patch clamp techniques10-13. The intracellular side of the patch is perfused with desired solutions during recording so that the channel activation under different conditions can be examined. To summarize, the mRNA of BK channels is injected into Xenopus laevis oocytes to express channel proteins on the oocyte membrane; patch clamp techniques are used to record currents flowing through the channels under controlled voltage and intracellular solutions.

Patch Clamp and Perfusion Techniques for Studying Ion Channels Expressed in Xenopus oocytes

Ionic current of BK channels is recorded using patch clamp techniques. BK channels are expressed in Xenopus oocytes by injecting messenger RNA. The intracellular solution during patch clamp recordings is controlled by a perfusion system.

İyon Kanalları incelenmesi için yama Kelepçe ve Perfüzyon Teknikleri cinsinden ifade edilir Xenopus Oosit

The protocol presented here is designed to study the activation of the large conductance, voltage- and Ca2+-activated K+ (BK) channels. The protocol may ...

FRET Imaging in Three-dimensional Hydrogels

Imaging of F&#246;rster resonance energy transfer (FRET)&#160;is a powerful tool for examining cell biology in real-time. Studies utilizing FRET commonly employ two-dimensional (2D) culture, which does not mimic the three-dimensional (3D) cellular microenvironment. A method to perform quenched emission FRET imaging using conventional widefield epifluorescence microscopy of cells within a 3D hydrogel environment is presented. Here an analysis method for ratiometric FRET probes that yields linear ratios over the probe activation range is described. Measurement of intracellular cyclic adenosine monophosphate (cAMP) levels is demonstrated in chondrocytes under forskolin stimulation using a probe for EPAC1 activation (ICUE1) and the ability to detect differences in cAMP signaling dependent on hydrogel material type, herein a photocrosslinking hydrogel (PC-gel, polyethylene glycol dimethacrylate) and a thermoresponsive hydrogel (TR-gel). Compared with 2D FRET methods, this method requires little additional work. Laboratories already utilizing FRET imaging in 2D can easily adopt this method to perform cellular studies in a 3D microenvironment. It can further be applied to high throughput drug screening in engineered 3D microtissues. Additionally, it is compatible with other forms of FRET imaging, such as anisotropy measurement and fluorescence lifetime imaging (FLIM), and with advanced microscopy platforms using confocal, pulsed, or modulated illumination.

F&#246;rster resonance energy transfer (FRET) imaging is a powerful tool for real-time cell biology studies. Here a method for FRET imaging cells in physiologic three-dimensional (3D) hydrogel microenvironments using conventional epifluorescence microscopy is presented. An analysis for ratiometric FRET probes that yields linear ratios over the activation range is described.

Üç boyutlu Hidrojeller içinde Görüntüleme FRET

Imaging of F&#246;rster resonance energy transfer (FRET)&#160;is a powerful tool for examining cell biology in real-time. Studies utilizing FRET commonly ...

An In Vitro Model for Studying Cellular Transformation by Kaposi Sarcoma Herpesvirus

Kaposi sarcoma (KS) is an unusual tumor composed of proliferating spindle cells that is initiated by infection of endothelial cells (EC) with KSHV, and develops most often in the setting of immunosuppression. Despite decades of research, optimal treatment of KS remains poorly defined and clinical outcomes are especially unfavorable in resource-limited settings. KS lesions are driven by pathological angiogenesis, chronic inflammation, and oncogenesis, and various in vitro cell culture models have been developed to study these processes. KS arises from KSHV-infected cells of endothelial origin, so EC-lineage cells provide the most appropriate in vitro surrogates of the spindle cell precursor. However, because EC have a limited in vitro lifespan, and as the oncogenic mechanisms employed by KSHV are less efficient than those of other tumorigenic viruses, it has been difficult to assess the processes of transformation in primary or telomerase-immortalized EC. Therefore, a novel EC-based culture model was developed that readily supports transformation following infection with KSHV. Ectopic expression of the E6 and E7 genes of human papillomavirus type 16 allows for extended culture of age- and passage-matched mock- and KSHV-infected EC and supports the development of a truly transformed (i.e., tumorigenic) phenotype in infected cell cultures. This tractable and highly reproducible model of KS has facilitated the discovery of several essential signaling pathways with high potential for translation into clinical settings.

An In Vitro Model for Studying Cellular Transformation by Kaposi Sarcoma Herpesvirus

Kaposi sarcoma (KS) is a tumor induced by infection with the oncogenic virus human herpesvirus-8/KS herpesvirus (HHV-8/KSHV). The endothelial cell culture model described here is uniquely suited for studying the mechanisms by which KSHV transforms host cells.

Hücresel dönüştürme Kaposi sarkomu Herpesvirus tarafından eğitim için bir Vitro modeli

Kaposi sarcoma (KS) is an unusual tumor composed of proliferating spindle cells that is initiated by infection of endothelial cells (EC) with KSHV, and ...

Cultivation of Caenorhabditis elegans in Three Dimensions in the Laboratory

The use of genetic model organisms such as Caenorhabditis elegans has led to seminal discoveries in biology over the last five decades. Most of what we know about C. elegans is limited to laboratory cultivation of the nematodes that may not necessarily reflect the environments they normally inhabit in nature. Cultivation of C. elegans in a 3D habitat that is more similar to the 3D matrix that worms encounter in rotten fruits and vegetative compost in nature could reveal novel phenotypes and behaviors not observed in 2D. In addition, experiments in 3D can address how phenotypes we observe in 2D are relevant for the worm in nature. Here, a new method in which C. elegans grows and reproduces normally in three dimensions is presented. Cultivation of C. elegans in Nematode Growth Tube-3D (NGT-3D) can allow us to measure the reproductive fitness of C. elegans strains or different conditions in a 3D environment. We also present a novel method, termed Nematode Growth Bottle-3D (NGB-3D), to cultivate C. elegans in 3D for microscopic analysis. These methods allow scientists to study C. elegans biology in conditions that are more reflective of the environments they encounter in nature. These can help us to understand the overlying evolutionary relevance of the physiology and behavior of C. elegans we observe in the laboratory.

Cultivation of Caenorhabditis elegans in Three Dimensions in the Laboratory

We present a simple method to construct 3D nematode cultivation systems called NGT-3D and NGB-3D. These can be used to study nematode fitness and behaviors in habitats that are more similar to natural Caenorhabditis elegans habitats than the standard 2D laboratory C. elegans culture plates.

yetiştirme<em&gt; Caenorhabditis elegans</em&gt; Laboratuvarı Üç boyutlu

The use of genetic model organisms such as Caenorhabditis elegans has led to seminal discoveries in biology over the last five decades. Most of what we ...

Quantitative Approaches for Studying Cellular Structures and Organelle Morphology in Caenorhabditis elegans

Defining the cellular mechanisms underlying disease is essential for the development of novel therapeutics. A strategy frequently used to unravel these mechanisms is to introduce mutations in candidate genes and qualitatively describe changes in the morphology of tissues and cellular organelles. However, qualitative descriptions may not capture subtle phenotypic differences, might misrepresent phenotypic variations across individuals in a population, and are frequently assessed subjectively. Here, quantitative approaches are described to study the morphology of tissues and organelles in the nematode Caenorhabditis elegans using laser scanning confocal microscopy combined with commercially available bio-image processing software. A quantitative analysis of phenotypes affecting synapse integrity (size and integrated fluorescence levels), muscle development (muscle cell size and myosin filament length), and mitochondrial morphology (circularity and size) was performed to understand the effects of genetic mutations on these cellular structures. These quantitative approaches are not limited to the applications described here, as they could readily be used to quantitatively assess the morphology of other tissues and organelles in the nematode, as well as in other model organisms.

Quantitative Approaches for Studying Cellular Structures and Organelle Morphology in Caenorhabditis elegans

This study outlines quantitative measurements of synaptic size and localization, muscle morphology, and mitochondrial shape in C. elegans using freely available image processing tools. This approach allows future studies in&#160;C. elegans&#160;to quantitatively compare the extent of tissue and organelle structural changes as a result of genetic mutations.

Caenorhabditis elegans hücresel yapıları ve organelle morfoloji eğitim için nicel yaklaşımlar

Defining the cellular mechanisms underlying disease is essential for the development of novel therapeutics. A strategy frequently used to unravel these ...

Quadruple-Checkerboard: A Modification of the Three-Dimensional Checkerboard for Studying Drug Combinations

The concept of drug-combination therapy is becoming very important mainly with the drastic increase in resistance to drugs. The Quadruple&#160;checkerboard, also called the Q-checkerboard, aims at maximizing the number of possible combinations that can be obtained between four drugs in one experiment to minimize the time and work needed to accomplish the same results with other protocols. This protocol is based on the simple micro dilution technique where the drugs are diluted and combined together in several 96-well plates.
In the first set of 96-well plates, Muller-Hinton broth is added followed by the first required drug (e.g., Cefotaxime here) to serially dilute it. After the first step is done, another set of 96-well plates is used to dilute the second drug (e.g., Amikaci), which will be transferred by removing a specific volume of drug 2 and put in the corresponding wells in the first set of 96-well plates that contains drug one. The third step is done by adding the required concentrations of the third drug (e.g., Levofloxacin), to the appropriate plates in the initial set containing combination of drug 1 and 2. The fourth step is done by adding the required concentrations of the fourth drug (e.g., Trimethoprim-sulfamethoxazol) into the appropriate plates in the first set. Then, E. coli ESBL bacterial inoculum will be prepared and added.
This method is important to evaluate all the possible combinations and has a wider range of possibilities to be tested furthermore for in vivo testing. Despite being a tiring technique requiring a lot of focus, the results are remarkable and time saving where a lot of combinations can be tested in a single experiment.

This protocol describes how to study all possible combinations that can be obtained between four drugs in one single experiment. This method is based on the standard 96-well plate micro dilution assay and the calculation of fractional inhibitory concentrations (FICs) to evaluate the results.

Dörtlü Dama Tahtası: İlaç Kombinasyonlarını İncelemek için Üç Boyutlu Dama Tahtasının Modifikasyonu

The concept of drug-combination therapy is becoming very important mainly with the drastic increase in resistance to drugs. The ...

Direct Stochastic Optical Reconstruction Microscopy of Extracellular Vesicles in Three Dimensions

Extracellular vesicles (EVs) are released by all cell types and play an important role in cell signaling and homeostasis. The visualization of EVs often require indirect methods due to their small diameter (40-250 nm), which is beneath the diffraction limit of typical light microscopy. We have developed a super-resolution microscopy-based visualization of EVs to bypass the diffraction limit in both two and three dimensions. Using this approach, we can resolve the three-dimensional shape of EVs to within +/- 20 nm resolution on the XY-axis and +/- 50 nm resolution along the Z-axis. In conclusion, we propose that super-resolution microscopy be considered as a characterization method of EVs, including exosomes, as well as enveloped viruses.

Direct stochastic optical reconstruction microscopy (dSTORM) is used to bypass the typical diffraction limit of light microscopy and to view exosomes at the nanometer scale. It can be employed in both two and three dimensions to characterize exosomes.

Hücre Dışı Veziküllerin Üç Boyutlu Doğrudan Stokastik Optik Rekonstrüksiyon Mikroskopisi

Extracellular vesicles (EVs) are released by all cell types and play an important role in cell signaling and homeostasis. The visualization of EVs often ...

Studying Habituation in Stentor coeruleus

Learning is usually associated with a complex nervous system, but there is increasing evidence that life at all levels, down to single cells, can display intelligent behaviors. In both natural and artificial systems, learning is the adaptive updating of system parameters based on new information, and intelligence is a measure of the computational process that facilitates learning. Stentor coeruleus is a unicellular pond-dwelling organism that exhibits habituation, a form of learning in which a behavioral response decreases following a repeated stimulus. Stentor contracts in response to mechanical stimulation, which is an apparent escape response from aquatic predators. However, repeated low-force perturbations induce habituation, demonstrated by a progressive reduction in contraction probability. Here, we introduce a method for quantifying Stentor habituation using a microcontroller board-linked apparatus that can deliver mechanical pulses at a specified force and frequency, including methods for building the apparatus and setting up the experiment in a way that minimizes external perturbations. In contrast to the previously described approaches for mechanically stimulating Stentor, this device allows the force of stimulation to be varied under computer control during the course of a single experiment, thus greatly increasing the variety of input sequences that can be applied. Understanding habituation at the level of a single cell will help characterize learning paradigms that are independent of complex circuitry.

Studying Habituation in Stentor coeruleus

We introduce a method for quantifying Stentor habituation using a microcontroller board-linked apparatus that can deliver mechanical pulses at a specified force and frequency. We also include methods for assembling the apparatus and setting up the experiment in a way that minimizes external perturbations.

Stentor coeruleus'ta Alışkanlık Eğitimi

Learning is usually associated with a complex nervous system, but there is increasing evidence that life at all levels, down to single cells, can display ...