Расширенная экстракция низкомолекулярной ДНК из сточных вод для комплексной оценки устойчивости к противомикробным препаратам

Нас интересуют эволюция, передача и молекулярные механизмы, лежащие в основе устойчивости к антибиотикам. В частности, работа, которая легла в основу этой статьи, проистекает из нашего интереса к устойчивости к окружающей среде. В настоящее время мы пытаемся создать локальную базу данных для отслеживания пространственных временных изменений устойчивости к противомикробным препаратам, используя данные за один год.

Комбинация методов, основанных на культурах, и геномики используется для выявления и мониторинга устойчивости к противомикробным препаратам. ДНК из образцов подвергается ПЦР или секвенированию из дробовика для профилирования микробного разнообразия и выявления генов устойчивости. Кроме того, метабаркодирование и панели AMR на основе генов используются для расширенного обнаружения AMR.

Известно, что фрагментированная низкомолекулярная ДНК является резервуаром генов AMR, но мало внимания уделялось разработке методов, специфичных для высокопродуктивной экстракции линейной и низкомолекулярной ДНК. Наша работа направлена на устранение этого пробела. Наш протокол включает в себя простой этап предварительной обработки для обогащения доли низкомолекулярной ДНК, извлеченной из сточных вод.

В результате, это полностью захватывает УПП окружающей среды, не исключая свободные фракции ДНК. Этот протокол может быть преобразован в метод, не требующий набора, если приложит немного больше усилий. В свою очередь, это открывает путь к разработке экономически эффективных методов улавливания УПП в окружающей среде.

Мы хотим выйти за рамки мутационной резистентности и изучить вклад негенетических механизмов в устойчивость к антибиотикам. В частности, нас интересует сравнение относительного вклада горизонтального переноса генов и геномных мутаций в адаптацию к антибиотикам в различных условиях.