Alinhamento de dados sincronizados de séries temporais usando o modelo de caracterização de perda de sincronia do ciclo celular para comparações entre experimentos

Um grande desafio de analisar experimentos de séries temporais é que eles frequentemente diferem no tempo de recuperação da sincronia e no período do ciclo celular. Assim, as medições de diferentes experimentos não podem ser facilmente comparadas ou analisadas em conjunto sem alinhamento. O alinhamento da linha de vida dos relógios é um método para comparações específicas de fase e biologicamente relevantes entre experimentos e para agregar experimentos de replicação múltipla, ambos os quais eram anteriormente difíceis ou impossíveis.

Comparações previamente específicas da fase e biologicamente relevantes foram feitas rastreando eventos de referência. No entanto, usando esses métodos ad hoc, diferenças sutis, mas importantes, permanecem não detectadas. A comparação entre experimentos de séries temporais é particularmente difícil entre experimentos com diferenças significativas no tempo, como em populações mutantes ou condições de crescimento que afetam o tempo de recuperação da sincronia ou o período do ciclo celular.

O alinhamento da linha de vida dos relógios permite a comparação específica da fase nesses casos. Utilizamos relógios para alinhar dados transcriptômicos e proteômicos de séries temporais, o que permitiu a comparação direta entre a dinâmica do RNAm e a proteína correspondente. Além disso, alinhamos experimentos de séries temporais em diferentes espécies, fornecendo insights críticos sobre as mudanças evolutivas do ciclo celular.