W spektroskopii emisyjnej atomów (AES) atomizery wysokotemperaturowe pobudzają szeroki zakres pierwiastków i cząsteczek, które generują złożone emisje ze źródeł, takich jak tlenki, wodorotlenki i produkty spalania płomienia w płomieniu lub plazmie. Można zastosować kilka strategii, aby zminimalizować zakłócenia widmowe spowodowane nakładającymi się liniami lub pasmami emisyjnymi. Obejmują one zwiększenie rozdzielczości instrumentu, wybór alternatywnych linii emisyjnych, optymalne umieszczenie detektora w obszarach o niskim tle lub zastosowanie technik korekcji tła.

Interferencje chemiczne występują, gdy analit i inne składniki w płomieniu reagują, tworząc stabilne związki, które nie ulegają dysocjacji, co zmienia sygnały analitu. Takie interferencje chemiczne można często wyeliminować lub złagodzić, stosując wyższe temperatury lub środki uwalniające, które selektywnie reagują z substancją zakłócającą, uwalniając analit. Źródła plazmowe zawierają obfite ilości elektronów, które pomagają zniwelować interferencje związane z jonizacją. Dodanie do próbek i wzorców łatwo jonizujących pierwiastków również przeciwdziała interferencjom chemicznym i poprawia czułość.

Rozpuszczalniki organiczne zwiększają intensywność linii widmowych ze względu na wyższą temperaturę płomienia, szybszy posuw i mniejsze krople w aerozolu. Jednak sole, kwasy i inne rozpuszczone gatunki mogą obniżać intensywność emisji, co wymaga starannego dopasowania próbki/standardu. Mniej gatunków pozostaje stabilnych w plazmie, co zmniejsza zakłócenia ze strony anionów nieorganicznych, rozpuszczalników organicznych i innych rozpuszczonych gatunków.

Ponadto atomy analitu stanu podstawowego w zewnętrznych obszarach płomienia mogą absorbować promieniowanie emitowane przez wzbudzone atomy w centrum płomienia, zmniejszając intensywność emisji. Jednak jest to mniej prawdopodobne w plazmie ze względu na krótszą długość ścieżki i bardziej jednolitą temperaturę.