저자는 기꺼이 자연과학 및 공학 연구 위원회 캐나다의 (05448, 165831 213411)에서 자금을 인정 합니다.

1. 준비 Cyanobacterial 문화
<ol><li>
단단한 미디어를 사용 하 여 접종 문화 준비
	<ol>
<li>미국 유형 문화 수집 또는 파스퇴르 문화 컬렉션에서 axenic cyanobacterial 셀을 가져옵니다. 예를 들어 단 세포, 해양 Synechococcus 특검팀 PCC 7002 파스퇴르 문화 컬렉션에서 얻은, 그것은 금 후 Synechococcus으로 참조 됩니다.</li>
		<li>단단한 미디어 (+ 액체14 와 1.5% agar15)를 포함 하는 접시에 Synechococcus 세포를 유지 합니다. 이 금 후에 접종 문화로 참조 됩니다.</li>
		<li>30-50 µmol 광자 m-2 s-1,15,18에서 제공 하는 지속적인 빛 32 ± 2 ° C에 접시를 품 어.</li>
		<li>1.1-1.3 단계를 반복 하 고 + 미디어 단계 1.1.2 민물 cyanobacterial 종,17, Synechocystis 의 sp PCC 6803.16,에서 BG 1116 으로 여기서 언급 바꿉니다 Synechocystis. A + 및 BG-11 미디어의 구성 표 1-4 를 참조 하십시오.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
액체 문화 준비: 각 탱크 실험 요구 한 400 mL cyanobacterial 문화.
	<ol>
<li>한 250 mL 및 두 1 L 내 열 삼각 플라스 크를 수집 합니다.</li>
		<li>4m 염 산 (HCl) 솔루션 각 플라스 크에 대 한 HCl 솔루션의 (30 mL), 증류수 다음 각 플라스 크를 헹 구 십시오. 주의: 염 산 이며 부식성 독성입니다. 실험실 외 투, 안전 고글, 및 부식 방지 장갑 4 M HCl 솔루션을 사용 하는 동안 착용 하는 확인 하십시오. 실험실 싱크대에이 단계를 수행 하 고 4 M HCl 해결책의 처리에 관한 현지 규정에 따라</li>
		<li>(A + 또는 BG-11) 액체 매체의 50 mL로 250 mL 플라스 크를 채우십시오. (A + 또는 BG-11) 액체 매체의 400 mL와 함께 한 1 L 플라스 크와 미디어 (A + 또는 BG-11)의 600 mL와 다른 1 L 플라스 크를 입력 합니다.</li>
		<li>가스 투과성 거품 스 토퍼와 함께 각 플라스 크를 밀봉 하 고 은박지를 거품 마 개 및 플라스 크 목 커버.</li>
		<li>레이블 및 고압 121 ° C와 25 분에 대 한 100 kPa에 플라스 크를 실내 온도에 냉각 플라스 크 허용.</li>
		<li>70% 알코올로 표면 살 균 하 여 층 류 후드를 준비 합니다.</li>
		<li>와이어 접종 루프, 분 젠 버너, (1.2.5 단계)에서 냉각된 50 mL 액체 플라스 크와 접종 문화 (에서 단계 1.1)를 수집 합니다. 멸 균된 흐름 후드에 이러한 항목을 놓습니다.</li>
		<li>짧게 분 젠 버너의 불꽃을 사용 하 여 와이어 접종 루프를 소독 하 고 진정 있습니다.</li>
		<li>접종 문화 수집 cyanobacterial 셀의 표면에 따라서 쿨 루프를 끕니다.</li>
		<li>(폼 마 개 감동) 없이 250 mL 플라스 크에서 거품 스 토퍼와 호 일 모자를 제거 하 고 불꽃을 통해 간략하게 전달 하 여 삼각 플라스 크의 가장자리를 소독.</li>
		<li>미디어 플라스 크의 목 근처 이므로 플라스 크를 기울기 고 플라스 크로 셀과 코팅 접종 루프를 삽입 합니다. 루프는 미디어에 빠져들은, 일단 세포 제거를 접종 루프를 저 어.</li>
		<li>접종 루프를 제거 하 고 다시 분 젠 버너 불꽃을 사용 하 여 플라스 크의 입술을 소독.</li>
		<li>(폼 마 개 감동) 없이 거품 스 토퍼 및 삼각 플라스 크에 호 일 모자를 교체 합니다.</li>
		<li>분 젠 버너 화 염 내에서 간단히 접종 루프를 소독.</li>
		<li>준비 (성장 챔버 라고도 함) 성장 방 온도 30 ° C15,18 에 유지와 빛의 강도 30-50 µmol 광자 m-2 s-1,15,18 . 습도 적극적으로 제어 하지.</li>
		<li>30 ° c.의 유지 온도와 성장 챔버에 150 rpm에서 떨고에 의해 품 어 접종된 50 mL 문화 허용 계속 증발 손실을 제어 하 고 오염을 방지 하기 위해 교 반 동안 덮여 플라스 크의 입.</li>
		<li>96 h에 대 한 성장 cyanobacterial 문화를 허용 한다. 성공적인 문화 한다 밝은 녹색 표시 그리고 광학 밀도 (OD)에서 750 nm 0.4-0.6의.</li>
		<li>문화는 충분히 성장 했다, 일단 50 mL 문화와 층 류 두건에서 (1.2.5 단계)에서 액체 미디어의 400 mL를 포함 하는 1 L 플라스 크를 놓습니다. 흐름 후드 소독된 다음 단계 1.2.6 확인 하십시오.</li>
		<li>층 류 흐름 후드 내에서 두 플라스 크에 대 한 단계 1.2.10를 반복 합니다.</li>
		<li>1 L 플라스 크에 미디어의 400 mL 50 mL 문화 부 어 하 고 다시 분 젠 버너 불꽃을 사용 하 여 1 L 플라스 크의 입술을 소독.</li>
		<li>거품 스 토퍼 및 호 일 모자 대신 폼 마 개, 피 펫, 플라스틱 튜브, 인라인 필터 구성 된 살 균 버블링 장치를 부착 하 고 플라스 크의 입에 덮개를 호 일.</li>
		<li>300 mL/min에서 솔루션15,18 통해 습도 공기 혼합물을 회람 하는 공기 펌프에 연결 된 bubbler 기구와 30 ° C에서 150 rpm에서 1 L 플라스 크를 교 반 하십시오.</li>
		<li>120-168 h 30 ° C에서 성장 챔버 내 성장 문화를 허용 한다. 성공적인 문화 밝은 녹색을 표시 해야한다 고는 OD750 nm 0.4-0.6의.</li>
		<li>점토와 혼합 되지 것입니다 제어 문화를 생산 하는 1.2 단계를 반복 합니다.</li>
		<li>죽은 바이오 매스를 사용 하 여 실험 한 추가 단계가 필요 합니다. 오토 클레이 브 1 L 플라스 크 121 ° C에서 60 분에 대 한 문화 고 실내 온도에 냉각.</li>
	</ol>
</li>
</ol>2. 실험 설정
<ol><li>형광등 (9 T8 전구, 적어도 2600 루멘;의 은행 앞 (길이 20 cm의), 30 cm의 5.1 c m의 너비와 높이 직사각형 아크릴 탱크 배치 그림 1) 19.</li>
	<li>빛의 뱅크와 탱크를 통해 빛나는 빛을 확산 하기 위해 탱크 반투명, 흰색 플라스틱 시트를 놓습니다. 이 설정 서덜랜드 외. 에서 적응 시켰다 19
</li>
	<li>마크 10 센티미터의 높이에 아크릴 탱크 기지에서 수직으로 측정. 모든 샘플링의 일관성을 보장 물 열이이 높이에서 모든 측정 할 수 있습니다.</li>
	<li>각 실험 기록 탱크 앞 1m, 삼각대에 카메라를 배치 합니다. 비디오 카메라와 이미지, 비디오 파일에서 추출 될 수 수학적 모델링 소프트웨어를 사용 하 여 비디오 파일 안정화 역학19를 모델링 하는 데 사용할 수 있습니다 것이 좋습니다.</li>
	<li>검은 천으로 빛 은행, 탱크, 그리고 카메라 외부 광원 (그림 1)에서 실험을 방패를 놓습니다.</li>
</ol>3. 응집 실험 프로토콜
<ol><li>400 mL 문화 (1.2 단계), 큰 등급된 실린더, 및 600 mL 1 L 플라스 크 (1.2.5 단계)에 추가 성장 매체의 수집.</li>
	<li>졸업된 실린더를 사용 하 여 1 L의 최종 볼륨을 추가 성장 미디어 (A + 또는 BG-11) 400ml 문화 (4-6 mg/mL의 초기 세포 농도)을 희석. 아크릴 탱크에이 솔루션을 추가 합니다.</li>
	<li>라벨 및 아크릴 탱크 근처 편리한 위치에 배치 하 여 2 mL microfuge 관을 준비 합니다. 실험에 대 한 클레이의 50 g을 측정 합니다.</li>
	<li>비디오 녹화를 시작 합니다. 여러 실험의 경우 실험 식별자 기호 수 일시적으로 전에 개최 카메라.</li>
	<li>피 펫을 사용 하 여 1 mL 샘플 고 레이블이 microfuge 관에. 이 샘플을 사용 하 여 초기 cyanobacterial 세포 수는 OD를 측정 하 여 결정750 nm 값. 정확한 결과 보장 하기 위해 3 중에서 모든 샘플을 가져가 라.</li>
	<li>신속 하 게 부 어 클레이 (50 g) 탱크에 교 반 막대기를 사용 하 여 10-15에 대 한 활발 한 동요와 함께.</li>
	<li>타이머를 시작 하 고 Chl P1000 피 펫 (샘플 시간0)를 사용 하 여 결정에 대 한 초기 1 mL 샘플을 가져가 라.</li>
	<li>적절 한 시간 간격 (예:1 분, 2 분, 3 분, 4 분, 5 분, 10 분, 15 분, 30 분, 60 분, 180 분, 240 분) 추가 샘플을 가져가 라.</li>
	<li>실험 완료 되 면 비디오 파일을 저장 하 고 비디오 카메라를 해제 한 Chl 결정 (4 단계) 에 대 한 모든 샘플을 처리.</li>
	<li>압력솥 나머지 점토/cyanobacterial 솔루션입니다. Cyanobacterial 종, 법규, 및 연구소 정책에 따라 적절 한 방법을 사용 하 여 솔루션의 처분. 깨끗 한 비누와 물, 탱크 증류수로 그것을 씻어 하 고 공기 건조.</li>
	<li>추가 없는 점토와 제어 실험을 준비 합니다. 같은 시간 지점에서 샘플을 가져가 라. 이 데이터는 점토, 아니라 자연 정착의 결과와 응집으로 인해 안정화 속도 향상 된 것인지 다른 실험 데이터를 비교할 수 있습니다.</li>
	<li>실험 기간 동안 죽은 바이오 매스를 사용 하는 경우 동일한 실험적인 절차를 사용 합니다. 그러나, 솔루션의 처리 절차는 압력가 마로 소독을 필요 하지 않습니다.</li>
</ol>4. 샘플 처리 및 평가
<ol><li>Chl Owttrim16에서 수정 하는 절차를 사용 하 여 각 셀 샘플의 농도 결정 합니다. 일단 수집, 13000 x g 는 microcentrifuge를 사용 하 여 실내 온도에 3 분 동안 각 샘플에서 셀을 펠 렛.</li>
	<li>P1000 피 펫을 사용 하 여 초과 미디어를 제거 하 고 100% 메탄올 (20 ° C)의 1 mL를 추가 합니다. 소용돌이 1 분 셀 펠 릿 resuspend 최고 속도로 샘플. 주의: 메탄올은 유독 하 고 가연성. 장갑, 안전 안경, 착용 하 고 점화 소스에서 메탄올을 유지.</li>
	<li>Chl는 는의 적 출을 촉진 하기 위하여 24 시간 동안-20 ° C에서 샘플을 품 어.</li>
	<li>부 화, 후 4.1에 설명 된 대로 세포 파편을 펠 릿, 녹색 표면에 뜨는 베트는 피 펫을 사용 하 여 전송 고는 베트는 분 광 광도 계 합니다. 1 분 샘플 내 모든 나머지 점토 침전 하 고 측정을 방해 하지 않습니다에 대 한 분 광 광도 계에 샘플을 수 있습니다.</li>
	<li>665에서 흡 광도 측정 하 여 농도 Chl를 spectrophotometrically 결정 및 652 nm, 및 750에서 OD nm. Chl는 농도는 수식 Chl는 는 사용 하 여 결정 됩니다 (는665 -OD750)-x 16.29 = (는652 -OD750) x 8.54 20. Chl 농도 세포 농도 대 한 프록시로 사용 됩니다. 또한, 1010 셀/L x 7.4의 변환 계수 = 10 g/L21 일부 cyanobacterial 종족의 그램에서 셀 농도 계산 하기 위해 사용할 수 있습니다.</li>
	<li>플롯은 Chl 시간에 대 한 값을 계산합니다.</li>
</ol>

<ol>
	<li>Macquaker, H. S., Keller, M. A., Davies, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Algal+blooms+and+"marine+snow":+mechanisms+that+enhance+preservation+of+organic+carbon+in+ancient+fine-grained+sediments.">Algal blooms and "marine snow": mechanisms that enhance preservation of organic carbon in ancient fine-grained sediments.</a> J. Sediment. Res. 80, 934-942 (2010).</li><li>Tyson, R. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sedimentation+rate,+dilution,+preservation+and+total+organic+carbon:+some+results+of+a+modeling+study.">Sedimentation rate, dilution, preservation and total organic carbon: some results of a modeling study.</a> Org. Geochem. 32, 333-339 (2001).</li><li>Piper, D. Z., Calvert, S. 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저자는 공개 없다.

응집 cyanobacterial 셀-클레이 상호 작용에 의해 촉매 생태 및 엔지니어링2,3,,45,6,7 분야에 관심을 많이 받고 있다 그러나 ,,89,10,11,<sup cla...

과거의 depositional 메커니즘 유추를 존재 하는 환경 조건 및 프로세스를 사용 하 여 오랫동안 sedimentology underpinning입니다. 검은 바다 같은 현대 depositional 아날로그 유기 풍부한, 세분화 된 예금의 증 착을 이해 하는 것 사용 되었다, 실험실 실험 혈 암 예금의 근원에 추가 해 주실 수가 있다. 검은 혈 암의 창세기에의 한 지역 증 착 속도 및 원래 형성의 메커니즘 이다. 전통적으로, 그것은 되었습니다 가설 검정 shales 침전 속도, 기본 생산성 및 유기 물 호흡 속도 앙금1,2 유기 물질의 보존을 촉진 하는 환경에서 형성 ,3. 그러나, cyanobacterial의 역할 클레이 응집 크게 경솔하게 남아 있다. 응집이이 메커니즘 발생, 유기 풍부한, 세분화 된 앙금의 빠른 증 착에 대 한 허용 및 낮은 산소를 필요로 하지 않는다. 고려이 전제,이 프로토콜은 두 가지 목표: 1) cyanobacterial/클레이 floccules의 침전 속도 측정 하 고 2) 실시간으로 침전 과정을 시각화. 지구 화학 분석 외에이 방법론은 그 cyanobacterial/클레이 응집 사실 셰 일 형성1에 대 한 중요 한 메커니즘 수 있습니다 보여 주기 위해 사용 되었습니다. 원래 셰 일 증 착 모델링을 위한, 하는 동안이 메서드는 생물학, 환경 치료 등 다른 분야에 적용 가능한 세균성 물질 대사 및 인구에 클레이 입력의 영향 측정 될 필요가.
박테리아 및 유해 조류 꽃2,3,,45,6,7 을 완화 하기 위해 점토의 응집을 관찰 수많은 연구를 실시 했습니다. , 8 , 9 , 10 , 11 , 1 그러나 2., 시간이 지남에 따라 세포 농도 측정 하는 동안 이러한 연구에 적용 되지 않은 박테리아/클레이 응집 바위 기록의 증 착 모델링. 따라서, 이러한 연구는 과거의 sedimentological 프로세스 모델링 때 중요 한 될 수 있는 시각적 구성 요소를 부족 합니다. 또한, 연구의 대다수 셀 계산 활용 (예를 들어, 팬 외. 11), 힘 드는 수 있습니다. 측정 cyanobacterial 응집, 최근의 진보와 함께 우리의 방법 측정 하 여 엽록소는 a (Chl a) 이산 시간 간격 cyanobacterial 셀 농도에 변화를 결정 합니다. Chl 시각적 데이터 측정을 페어링 depositional 조건을 유추할 수 사용 될 수 있는 새로운 접근 방식입니다. 생성 된 이미지 또한 뒤 외에서 작업 후 침전 속도 계산에 사용할 수 있습니다. 13. 결과의 신뢰성을 강화 하는 시각 및 숫자 데이터의 조합. 또한, 우리는 관찰도 죽은 바이오 매스와 점토의 침에 대 한 허용 하는 추가적인 프로토콜 개요. 어디 라이브 sedimentological 환경, 과거 고려 때 이것은 중요 하 고 죽은 바이오 매스 공동 발생 할 수 있습니다. 응집 동안 죽은 바이오 매스의 행동에 차이 (예를 들어 응집 속도 감소) sedimentological 의미 있을 것 이다.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:664px;" width="665">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="84">
			<td height="84" style="height:84px;width:216px;">cyanobacteria (in this study: Synechococcus sp. PCC 7002 and Synechocystis sp. PCC 6803)</td>
			<td style="width:135px;">Pasteur Culture Collection</td>
			<td style="width:147px;">PCC 7002 or PCC 6803</td>
			<td style="width:167px;">used to inoculate the plates</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">agar</td>
			<td style="width:135px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:147px;">CM0003</td>
			<td style="width:167px;">used to fill two petri dishes</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:216px;">Petri plates (standard bacteriology, 100 x 15 mm)</td>
			<td style="width:135px;">Sarstedt</td>
			<td style="width:147px;">82.1473.001</td>
			<td style="width:167px;">2 required</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">1 L heat resistant Erlenmeyer flask</td>
			<td style="width:135px;">Pyrex</td>
			<td style="width:147px;">4980-125</td>
			<td style="width:167px;">1 required</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">250 mL heat resistant Erlenmeyer flask</td>
			<td style="width:135px;">Pyrex</td>
			<td style="width:147px;">4980-250</td>
			<td style="width:167px;">1 required</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:216px;">Nichrome inoculating loop with handle</td>
			<td style="width:135px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:147px;">14-956-103</td>
			<td style="width:167px;">1 required</td>
		</tr>
		<tr height="80">
			<td height="80" style="height:80px;">tinfoil</td>
			<td style="width:135px;">Reynolds Wrap Aluminum Foil</td>
			<td style="width:147px;">89079-067</td>
			<td style="width:167px;">50 cm required; used to cover foam stopper and neck of erlenmeyer flasks</td>
		</tr>
		<tr height="80">
			<td height="80" style="height:80px;">growth media (e.g. A+)</td>
			<td style="width:135px;"></td>
			<td style="width:147px;"></td>
			<td style="width:167px;">1050 mL required; produced using composition described in tables 1-4</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Bunsen Burner</td>
			<td style="width:135px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:147px;">S95941</td>
			<td style="width:167px;">1 required</td>
		</tr>
		<tr height="60">
			<td height="60" style="height:60px;">plastic tubing</td>
			<td style="width:135px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:147px;">S504591</td>
			<td style="width:167px;">1 m required; used to create the bubbling apparatus</td>
		</tr>
		<tr height="80">
			<td height="80" style="height:80px;">sponge stopper</td>
			<td style="width:135px;">Jaece Industries Inc</td>
			<td style="width:147px;">14-127-40E</td>
			<td style="width:167px;">1 required; hole made in center for pipette; used for constructin the bubbling apparatus</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;">acrylic sheet&#160;</td>
			<td style="width:135px;">Home Depot</td>
			<td style="width:147px;">Optix clear acrylic sheet model # MC-102S</td>
			<td style="width:167px;">1 required; used to construct acrylic tank (20 x 30 x 5.1 cm)</td>
		</tr>
		<tr height="60">
			<td height="60" style="height:60px;">clear waterproof silicone adhesive</td>
			<td style="width:135px;">Home Depot</td>
			<td style="width:147px;">Loctite clear silicone model # 908570</td>
			<td style="width:167px;">1 required; used to construct acrylic tank (20 x 30 x 5.1 cm)</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">camera or video recorder</td>
			<td style="width:135px;">Panasonic</td>
			<td style="width:147px;">HC-V770 HD camcorder</td>
			<td style="width:167px;">1 required</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">tripod</td>
			<td style="width:135px;">Magnus</td>
			<td style="width:147px;">VT-300</td>
			<td style="width:167px;">1 required</td>
		</tr>
		<tr height="105">
			<td height="105" style="height:105px;">black cloth</td>
			<td style="width:135px;">primomart</td>
			<td style="width:147px;">&#160;EAN 0726670162199; Part number 680254blacknappedfr</td>
			<td style="width:167px;">1 required; duvetyne light block-out cloth; approximatly 152 x 213 cm to cover tank experiment</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;">heat resistant serological pipet</td>
			<td style="width:135px;">corning incorporated C708510</td>
			<td style="width:147px;">13-671-101G</td>
			<td style="width:167px;">1 required; used to create the bubbling apparatus</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">sample vials&#160;</td>
			<td style="width:135px;">Dynalon</td>
			<td style="width:147px;">S30467</td>
			<td style="width:167px;">at least 12 (will vary with time interval chosen)</td>
		</tr>
		<tr height="180">
			<td height="180" style="height:180px;">heat resistant glass pipette</td>
			<td style="width:135px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:147px;">Corning Incorporated C708510, 13-671-101G</td>
			<td style="width:167px;">1 required; used to create the bubbling apparatus; Polystyrene serological pipet would also work, but should be connected to the tubing and stopper after the rest of the apparatus is autoclaved.</td>
		</tr>
		<tr height="100">
			<td height="100" style="height:100px;">microcentrifuge</td>
			<td style="width:135px;">Eppendorf</td>
			<td style="width:147px;">22 62 120-3</td>
			<td style="width:167px;">&#160;1 required;Comparable products may be used if capable of centrifuging 1.5 -2 mL microfuge tubes at 13,000 x g</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">vortex machine (Vortex-Genie 2)</td>
			<td style="width:135px;">Scientific Industries, Inc</td>
			<td style="width:147px;">SI-0236</td>
			<td style="width:167px;">1 required</td>
		</tr>
		<tr height="160">
			<td height="160" style="height:160px;">100% methanol</td>
			<td style="width:135px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:147px;">A412-500 SDS</td>
			<td style="width:167px;">at least 12 mL (1mL per sample) required; Caution: Flammable, toxic. Wear gloves and safety glasses. Do not use or store near ignition source. Alternate sources may be used.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">cuvettes (1.6&#160; mL, polystyrene)</td>
			<td style="width:135px;">Sarstedt</td>
			<td style="width:147px;">67.742</td>
			<td style="width:167px;">at least 12 required</td>
		</tr>
		<tr height="60">
			<td height="60" style="height:60px;">spectrophotometer</td>
			<td style="width:135px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:147px;">222-271600</td>
			<td style="width:167px;">1 required; Pharmacia Biotech Novaspec ll could also be used.</td>
		</tr>
		<tr height="84">
			<td height="84" style="height:84px;width:216px;">light bulbs</td>
			<td style="width:135px;">Home Depot</td>
			<td style="width:147px;">model # 451807; internet #205477895; store SKU #1001061538</td>
			<td style="width:167px;">6-8 bulbs required to provide light for the tank experiments</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">pipette (Pipetman Classic P1000</td>
			<td style="width:135px;">Gilson</td>
			<td style="width:147px;">F123602</td>
			<td style="width:167px;">used to collect samples</td>
		</tr>
		<tr height="168">
			<td height="168" style="height:168px;width:216px;">37 % Hydrochloric acid</td>
			<td style="width:135px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:147px;">258148</td>
			<td style="width:167px;">Caution: Corrosive and toxic. Wear lab coat, safety glasses and acid-resistant gloves while using. Prepared to 4 N before use by dilution into deionized water in a chemical fumehood.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Foam stopper (small)</td>
			<td style="width:135px;">Canlab</td>
			<td style="width:147px;">T 1385</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="84">
			<td height="84" style="height:84px;width:216px;">Foam stopper (large)</td>
			<td style="width:135px;">Canlab</td>
			<td style="width:147px;">T 1387</td>
			<td style="width:167px;">Requires some intact stoppers and some with a single hole through the centre</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:216px;">30 &#176;C incubator/growth room with continuous illumination</td>
			<td style="width:135px;"></td>
			<td style="width:147px;"></td>
			<td style="width:167px;">1 required</td>
		</tr>
		<tr height="105">
			<td height="105" style="height:105px;width:216px;">70 % Ethanol</td>
			<td style="width:135px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:147px;">BP8201500</td>
			<td style="width:167px;">30 mL&#160; required;Caution: Toxic and flammable. Wear lab coat and safety glasses</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:216px;">hydrophobic air filter (Midisart 2000, 0.2 &#181;m)</td>
			<td style="width:135px;">Sartorius</td>
			<td style="width:147px;">17805</td>
			<td style="width:167px;">1 required</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">clay (e.g. kaolin)</td>
			<td style="width:135px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:147px;">MFCD00062311</td>
			<td style="width:167px;">at least 50 g required</td>
		</tr>
		<tr height="84">
			<td height="84" style="height:84px;width:216px;">microfuge tubes (2 mL, polypropylene)</td>
			<td style="width:135px;">Sarstedt</td>
			<td style="width:147px;">72.695.500</td>
			<td style="width:167px;">Comparable products may be used. At least 12 (will vary with time interval chosen)</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">1000 &#181;L pipet tips</td>
			<td style="width:135px;">Sarstedt</td>
			<td style="width:147px;">70.762</td>
			<td style="width:167px;">1 required</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

determination of the settling rate of clay/cyanobacterial floccules

메커니즘의 세분화 된 증 착을 underpinning, 유기 부유한 앙금은 여전히 크게 논의. 특히, 퇴적암 레코드에 반응, planktonic cyanobacterial 셀과 점토 입자의 상호 작용의 영향 아래 공부 했습니다. 이 상호 작용은 셰 일 depositional 모델에 잠재적으로 큰 기여. 랩 설정 내에서 이러한 물질의 응집 및 침전 속도 검사 고 제어 된 환경에서 측정 될 수 있습니다. 여기, 우리 선발 cyanobacterial/점토 혼합물의 침전 속도 측정 하기 위한 프로토콜. 이 방법론은 두 개의 샘플 실험의 설명을 통해 증명: 고령 토 (kaolinite의 탈수 형태) 및 Synechococcus sp. PCC 7002 (해양 coccoid 박테리아)를 사용 하는 첫 번째 및 두 번째 고령 토 및 를 사용 하 여 Synechocystis sp. PCC 6803 (민물 coccoid 박테리아). Cyanobacterial 문화는 다양 한 양의 연속, 실시간 비디오 및 사진 기록 수 있도록 최적화 된 특별히 고안 된 탱크 장치 내에서 점토와 혼합 됩니다. 샘플링 절차 후 컬렉션 프로토콜의 엽록소는 는 cyanobacterial 세포 현 탁 액에 남아의 농도 결정 될 수 있는 정확한 측정을 위한 뿐만 아니라 자세히 나와 있습니다. 실험적인 복제를 통해 프로필 침전 속도 표시 하는 구성 되어 있습니다.

점토에 드러낼 때, cyanobacterial 세포 현 탁 액22에서 주어진 다. 이 대표적인 결과 여기에 설명 했다. Cyanobacterial 인구에 점토의 효과 확인 하 고 관찰 하는 침전 속도, 두 실험 기간 동안 Synechococcus 및 Synechocystis 50 g/L 고령 토 찰 흙 (표 5-6, 에 노출 됐다 실시 했다 그림 2-3). 1 단계에서 설명한 대로 ...

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Determination of the Settling Rate of Clay/Cyanobacterial Floccules

클레이/Cyanobacterial Floccules의 정착 률의 결정

상호 작용 및 찰 흙 및 영역 내에서 해양, 자연적인 환경에서 관찰 된 세균성 세포의 침전 제어 환경에서 최고의 조사 수 있습니다. 여기, 우리는 점토와 cyanobacterial floccules의 침전 속도 측정 하기 위한 새로운 방법을 설명 하는 상세한 프로토콜을 설명 합니다.

The mechanisms underpinning the deposition of fine-grained, organic-rich sediments are still largely debated. Specifically, the impact of the interaction ...

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Research

JoVE Journal

Environment

6.9K 조회수.  University of Alberta. 상호 작용 및 찰 흙 및 영역 내에서 해양, 자연적인 환경에서 관찰 된 세균성 세포의 침전 제어 환경에서 최고의 조사 수 있습니다. 여기, 우리는 점토와 cyanobacterial floccules의 침전 속도 측정 하기 위한 새로운 방법을 설명 하는 상세한 프로토콜을 설명 합니다.

비디오: Determination of the Settling Rate of Clay/Cyanobacterial Floccules

Determination of Microbial Extracellular Enzyme Activity in Waters, Soils, and Sediments using High Throughput Microplate Assays

Much of the nutrient cycling and carbon processing in natural environments occurs through the activity of extracellular enzymes released by microorganisms. Thus, measurement of the activity of these extracellular enzymes can give insights into the rates of ecosystem level processes, such as organic matter decomposition or nitrogen and phosphorus mineralization. Assays of extracellular enzyme activity in environmental samples typically involve exposing the samples to artificial colorimetric or fluorometric substrates and tracking the rate of substrate hydrolysis. Here we describe microplate based methods for these procedures that allow the analysis of large numbers of samples within a short time frame. Samples are allowed to react with artificial substrates within 96-well microplates or deep well microplate blocks, and enzyme activity is subsequently determined by absorption or fluorescence of the resulting end product using a typical microplate reader or fluorometer. Such high throughput procedures not only facilitate comparisons between spatially separate sites or ecosystems, but also substantially reduce the cost of such assays by reducing overall reagent volumes needed per sample.

Microplate based procedures are described for the colorimetric or fluorometric analysis of extracellular enzyme activity. These procedures allow for the rapid assay of such activity in large numbers of environmental samples within a manageable time frame.

높은 처리량 마이크로 분석 실험을 사용하여 워터스, 토양 및 퇴적물에있는 미생물 세포 외 효소 활성의 결정

Much of the nutrient cycling and carbon  processing in natural environments occurs through the activity of extracellular  enzymes released by ...

연구

환경과학

A Noninvasive Method For In situ Determination of Mating Success in Female American Lobsters (Homarus americanus)

Despite being one of the most productive fisheries in the Northwest Atlantic, much remains unknown about the natural reproductive dynamics of American lobsters. Recent work in exploited crustacean populations (crabs and lobsters) suggests that there are circumstances where mature females are unable to achieve their full reproductive potential due to sperm limitation. To examine this possibility in different regions of the American lobster fishery, a reliable and noninvasive method was developed for sampling large numbers of female lobsters at sea. This method involves inserting a blunt-tipped needle into the female&#39;s seminal receptacle to determine the presence or absence of a sperm plug and to withdraw a sample that can be examined for the presence of sperm. A series of control studies were conducted at the dock and in the laboratory to test the reliability of this technique. These efforts entailed sampling 294 female lobsters to confirm that the presence of a sperm plug was a reliable indicator of sperm within the receptacle and thus, mating. This paper details the methodology and the results obtained from a subset of the total females sampled. Of the 230 female lobsters sampled from George&#39;s Bank and Cape Ann, MA (size range = 71-145 mm in carapace length), 90.3% were positive for sperm. Potential explanations for the absence of sperm in some females include: immaturity (lack of physiological maturity), breakdown of the sperm plug after being used to fertilize a clutch of eggs, and lack of mating activity. The surveys indicate that this technique for examining the mating success of female lobsters is a reliable proxy that can be used in the field to document reproductive activity in natural populations.

A Noninvasive Method For In situ Determination of Mating Success in Female American Lobsters Homarus americanus

Fishery-induced changes to exploited crustacean fisheries, such as the American lobster fishery, could potentially influence their reproductive dynamics, leading to a reduction in mating success. This study&#39;s goal was to develop a noninvasive method for ascertaining the mating success of female lobsters that may be physiologically or functionally mature.

에 대한 비 침습적 방법<em&gt; 현장에서</em&gt; 여성 미국의 바닷가에 연결 성공 (의 결정<em&gt; Homarus의 americanus</em&gt;)

Despite being one of the most productive fisheries in the Northwest Atlantic, much remains unknown about the natural reproductive dynamics of American ...

Enhancement of the Initial Growth Rate of Agricultural Plants by Using Static Magnetic Fields

Electronic devices and high-voltage wires induce magnetic fields. A magnetic field of 1,300-2,500 Gauss (0.2 Tesla) was applied to Petri dishes containing seeds of Garden Balsam (Impatiens balsamina), Mizuna (Brassica rapa var. japonica), Komatsuna (Brassica rapa var. perviridis), and Mescluns (Lepidium sativum). We applied magnets under the culture dish. During the 4 days of application, we observed that the stem and root length increased. The group subjected to magnetic field treatment (n = 10) showed a 1.4 times faster rate of growth compared with the control group (n = 11) in a total of 8 days (p &#60;0.0005). This rate is 20% higher than that reported in previous studies. The tubulin complex lines did not have connecting points, but connecting points occur upon the application of magnets. This shows complete difference from the control, which means abnormal arrangements. However, the exact cause remains unclear. These results of growth enhancement of applying magnets suggest that it is possible to enhance the growth rate, increase productivity, or control the speed of germination of plants by applying static magnetic fields. Also, magnetic fields can cause physiological changes in plant cells and can induce growth. Therefore, stimulation with a magnetic field can have possible effects that are similar to those of chemical fertilizers, which means that the use of fertilizers can be avoided.

The goal of this protocol is to demonstrate the acceleration of the initial growth rate of plants by applying static magnetic fields with no external energy.

정적 자기장을 사용하여 농업 식물의 초기 성장 속도의 향상

Electronic devices and high-voltage wires induce magnetic fields. A magnetic field of 1,300-2,500 Gauss (0.2 Tesla) was applied to Petri dishes containing ...

Determination of Inorganic Arsenic in a Wide Range of Food Matrices using Hydride Generation - Atomic Absorption Spectrometry.

The European Food Safety Authority (EFSA) underlined in its Scientific Opinion on Arsenic in Food that in order to support a sound exposure assessment to inorganic arsenic through diet, information about distribution of arsenic species in various food types must be generated. A method, previously validated in a collaborative trial, has been applied to determine inorganic arsenic in a wide variety of food matrices, covering grains, mushrooms and food of marine origin (31 samples in total). The method is based on detection by flow injection-hydride generation-atomic absorption spectrometry of the iAs selectively extracted into chloroform after digestion of the proteins with concentrated HCl. The method is characterized by a limit of quantification of 10 &#181;g/kg dry weight, which allowed quantification of inorganic arsenic in a large amount of food matrices. Information is provided about performance scores given to results obtained with this method and which were reported by different laboratories in several proficiency tests. The percentage of satisfactory results obtained with the discussed method is higher than that of the results obtained with other analytical approaches.

The usefulness of an analytical method to determine inorganic arsenic in a wide range of food matrices is demonstrated. The method consists of selective extraction of inorganic arsenic into chloroform with a final determination by hydride generation-atomic absorption spectrometry.

The European Food Safety Authority (EFSA) underlined in its Scientific Opinion on Arsenic in Food that in order to support a sound exposure assessment to ...

Techniques for Investigating the Anatomy of the Ant Visual System

This article outlines a suite of techniques in light microscopy (LM) and electron microscopy (EM) which can be used to study the internal and external eye anatomy of insects. These include traditional histological techniques optimized for work on ant eyes and adapted to work in concert with other techniques such as transmission electron microscopy (TEM) and scanning electron microscopy (SEM). These techniques, although vastly useful, can be difficult for the novice microscopist, so great emphasis has been placed in this article on troubleshooting and optimization for different specimens. We provide information on imaging techniques for the entire specimen (photo-microscopy and SEM) and discuss their advantages and disadvantages. We highlight the technique used in determining lens diameters for the entire eye and discuss new techniques for improvement. Lastly, we discuss techniques involved in preparing samples for LM and TEM, sectioning, staining, and imaging these samples. We discuss the hurdles that one might come across when preparing samples and how best to navigate around them.

This article outlines a suite of techniques in light and electron microscopy to study the internal and external eye anatomy of insects. These include several traditional techniques optimized for work on ant eyes, detailed troubleshooting, and suggestions for optimization for different specimens and regions of interest.

개미 비주얼 시스템의 조사 기법

This article outlines a suite of techniques in light microscopy (LM) and electron microscopy (EM) which can be used to study the internal and external eye ...

Wastewater Irrigation Impacts on Soil Hydraulic Conductivity: Coupled Field Sampling and Laboratory Determination of Saturated Hydraulic Conductivity

Since the early 1960s, an alternative wastewater discharge practice at The Pennsylvania State University has been researched and its impacts monitored. Rather than discharging treated wastewater to a stream, and thereby directly impacting the stream quality, the effluent is applied to forested and cropped land managed by the University. Concerns related to reductions in soil hydraulic conductivity occur when considering wastewater reuse. The methodology described in this manuscript, matching soil sample size with the size of the laboratory-based hydraulic conductivity measurement apparatus, provides the benefits of a relatively rapid collection of samples with the benefits of controlled laboratory boundary conditions. The results suggest that there may have been some impact of wastewater reuse on the soil&#39;s ability to transmit water at deeper depths in the depressional areas of the site. Most of the reductions in the soil hydraulic conductivity in the depressions appear to be related to the depth from which the sample was collected, and by inference, associated with the soil structural and textural differences.

Here we present a methodology which matches a soil sample size and a hydraulic conductivity measurement device to prevent the so-called wall flow along the inside of the soil container from being erroneously included in water flow measurements. Its use is demonstrated with samples collected from a wastewater irrigation site.

토양의 유압 전도도에 폐수 관개 영향: 필드 샘플링 고 포화 된 유압 전도도의 실험실 결정

Since the early 1960s, an alternative wastewater discharge practice at The Pennsylvania State University has been researched and its impacts monitored. ...

Optimized Procedure for Determining the Adsorption of Phosphonates onto Granular Ferric Hydroxide using a Miniaturized Phosphorus Determination Method

This paper introduces a procedure to investigate the adsorption of phosphonates onto iron-containing filter materials, particularly granular ferric hydroxide (GFH), with little effort and high reliability. The phosphonate, e.g., nitrilotrimethylphosphonic acid (NTMP), is brought into contact with the GFH in a rotator in a solution buffered by an organic acid (e.g., acetic acid) or Good buffer (e.g., 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid) [MES] and N-cyclohexyl-2-hydroxyl-3-aminopropanesulfonic acid [CAPSO]) in a concentration of 10 mM for a specific time in 50 mL centrifuge tubes. Subsequently, after membrane filtration (0.45 &#181;m pore size), the total phosphorus (total P) concentration is measured using a specifically developed determination method (ISOmini). This method is a modification and simplification of the ISO 6878 method: a 4 mL sample is mixed with H2SO4 and K2S2O8 in a screw cap vial, heated to 148-150 &#176;C for 1 h and then mixed with NaOH, ascorbic acid and acidified molybdate with antimony(III) (final volume of 10 mL) to produce a blue complex. The color intensity, which is linearly proportional to the phosphorus concentration, is measured spectrophotometrically (880 nm). It is demonstrated that the buffer concentration used has no significant effect on the adsorption of phosphonate between pH 4 and 12. The buffers, therefore, do not compete with the phosphonate for adsorption sites. Furthermore, the relatively high concentration of the buffer requires a higher dosage concentration of oxidizing agent (K2S2O8) for digestion than that specified in ISO 6878, which, together with the NaOH dosage, is matched to each buffer. Despite the simplification, the ISOmini method does not lose any of its accuracy compared to the standardized method.

This paper introduces a procedure to investigate the adsorption of phosphonates onto iron-containing filter materials, particularly granular ferric hydroxide, with little effort and high reliability. In a buffered solution, the phosphonate is brought into contact with the adsorbent using a rotator and then analyzed via a miniaturized phosphorus determination method.

소형 인 결정 방법을 사용 하 여 세분화 된 제 2 철 수산화에 Phosphonates의 흡착을 결정 하기 위한 최적화 된 절차

This paper introduces a procedure to investigate the adsorption of phosphonates onto iron-containing filter materials, particularly granular ferric ...

Sample Preparation Method of Scanning and Transmission Electron Microscope for the Appendages of Woodboring Beetle

This report described sample preparation methods that scanning and transmission electron microscope observations, demonstrated by preparing appendages of the woodboring beetle, Chlorophorus caragana Xie &#38; Wang (2012), for both types of electron microscopy. The scanning electron microscopy (SEM) sample preparation protocol was based on sample chemical fixation, dehydration in a series of ethanol baths, drying, and sputter-coating. By adding Tween 20 (Polyoxyethylene sorbitan laurate) to the fixative and the wash solution, the insect body surface of woodboring beetle was washed more cleanly in SEM. This study&#39;s transmission electron microscopy (TEM) sample preparation involved a series of steps including fixation, ethanol dehydration, embedding in resin, positioning using fluorescence microscopy, sectioning, and staining. Fixative with Tween 20 enabled penetrate the insect body wall of woodboring beetle more easily than it would had been without Tween 20, and subsequently better fixed tissues and organs in the body, thus yielded clear transmission electron microscope observations of insect sensilla ultrastructures. The next step of this preparation was determining the positions of insect sensilla in the sample embedded in the resin block by using fluorescence microscopy to increase the precision of target sensilla positioning. This improved slicing accuracy.

In order to observe ultrastructure of insect sensilla, scanning and transmission electron microscopy (SEM and TEM, respectively) sample preparation protocol were presented in the study. Tween 20 was added into the fixative to avoid sample deformation in SEM. Fluorescence microscopy was helpful for improving slicing accuracy in TEM.

목공 딱정벌레의 부속물을 위한 주사 및 투과 전자 현미경의 시료 제조 방법

This report described sample preparation methods that scanning and transmission electron microscope observations, demonstrated by preparing appendages of ...

Measurement of Aerosols Optical Thickness of the Atmosphere using the GLOBE Handheld Sun Photometer

Here, we describe the measurement of aerosol optical thickness using the GLOBE handheld sun photometer. Aerosol optical thickness (AOT) was measured at Xavier University of Louisiana (XULA, 29.96&#176; N, 90.11&#176; W and 3 m above sea level). The measurements were done at two different wavelengths, 505 nm and 625 nm. AOT measurements were done 6 times a day (7 AM, 9 AM, 11 AM, solar noon, 3 PM and 5 PM). The data shown in this paper are the monthly average AOT values taken at solar noon. During each measurement time; at least five values of the sunlight voltage V and the dark voltage Vdark are taken for each channel. The mean for these five measurements is taken as the average for that measurement time. Other meteorological data such as temperature, surface pressure, rainfall and relative humidity are also measured at the same time. The whole protocol is completed within a time span of 10&#8211;15 min. The measured AOT values at 505 nm and 625 nm are then used to extrapolate the AOT values for wavelengths 667 nm, 551 nm, 532 nm and 490 nm. The measured and extrapolated AOT values were then compared with values from the nearest AERONET station at Wave CIS site 6 (AERONET, 28.87&#176; N, 90.48&#176; W and 33 m above sea level), which is about 96 km south of XULA. In this study we tracked the annual and daily variations of AOT for a 12 month period from September 2017 to August 2018. We also compared AOT data from two independently calibrated GLOBE handheld sun photometers at the XULA site. The data show that the two instruments are in excellent agreement.

The goal of the methods presented here is to measure aerosol optical thickness of the atmosphere. The sun photometer is pointed at the sun and the largest voltage reading obtained on an in-built digital voltmeter is recorded. Atmospheric measurements such as barometric pressure and relative humidity are also performed.

글로브 휴대용 태양 광도 계를 이용한 대기의에 어로 졸 광학 두께 측정

Here, we describe the measurement of aerosol optical thickness using the GLOBE handheld sun photometer. Aerosol optical thickness (AOT) was measured at ...

Impedance Pneumography for Minimally Invasive Measurement of Heart Rate in Late Stage Invertebrates

Temperatures in oceans are increasing rapidly as a consequence of widespread changes in world climates. As organismal physiology is heavily influenced by environmental temperature, this has the potential to alter thermal physiological performance in a variety of marine organisms. Using the American lobster (Homarus americanus) as a model organism, this protocol describes the use of impedance pneumography to understand how cardiac performance in late stage invertebrates changes under acute thermal stress. The protocol presents a minimally invasive technique that allows for real-time collection of heart rate during a temperature ramping experiment. Data are easily manipulated to generate an Arrhenius plot that is used to calculate Arrhenius break temperature (ABT), the temperature at which heart rate begins to decline with increasing temperatures. This technique can be used in a variety of late stage invertebrates (i.e., crabs, mussels, or shrimps). Although the protocol focuses solely on the impact of temperature on cardiac performance, it can be modified to understand the potential for additional stressors (e.g., hypoxia or hypercapnia) to interact with temperature to influence physiological performance. Thus, the method has potential for wide-ranging applications to further understand how marine invertebrates respond to acute changes in the environment.

Measuring heart rate during a thermal challenge provides insight into physiological responses of organisms as a consequence of acute environmental change. Using the American lobster (Homarus americanus) as a model organism, this protocol describes the use of impedance pneumography as a relatively noninvasive and nonlethal approach to measure heart rate in late stage invertebrates.

후기 무척추 동물에서 심박수의 최소 침습 측정을 위한 임피던스 폐색술

Temperatures in oceans are increasing rapidly as a consequence of widespread changes in world climates. As organismal physiology is heavily influenced by ...