이 작품은 NIH에 의해 지원 되었다 NICHD NHGRI에서 R01HG008135에서에서 DP1HD087990를 포함 하 여 부여. 우리는 귀중 한 피드백을 위한 종 실험실의 구성원 감사.
작가 기부: X.C. 및 A.T.Z. 업데이트 GeNemo 코딩 새로운 인터페이스와 기능; A.T.Z. 생산 사내 샘플 비디오; A.T.Z., X.C 및 S.Z.는 종이 썼다.

참고: 프로토콜 어디 일시 중지 될 수 있습니다.
 1. 기본 설치 <ol><li>얻기 침대, 봉우리 형식, 또는 게놈으로 입력 데이터를 포함 하는 중요 인물 7 파일. 파일 확장 이름이 있어야 &#34; 침대 &#34;, &#34; broadpeaks &#34; &#34; narrowpeaks &#34;, 또는 &#34; 중요 &#34; 각각. 
	&#8203; 참고: 이러한 유형의 파일의 압축된 버전도 작동 합니다.</li>
	<li>인터넷 브라우저를 사용 하 여 genemo.org에가 서. 가장 일반적인 인터넷 브라우저를 실행할 수 있는 모든 운영 체제 GeNemo를 사용 하 여 수 있어야 합니다.
	<ol><li>선택 드롭다운 메뉴를 사용 하 여에 대 한 검색 하는 종. 현재 사용할 수 있는 포함 인간 종과 마우스.</li>
		<li>업로드 사용자 파일 url 또는 직접 업로드를 사용 하 여. 중요는 url 업로드 방법만 작업 파일. 침대와 봉우리 (흔들기 파일은 지금 현재 기본 데이터로 업로드할 수 없습니다) 두 가지 방법으로 파일 작업을 포맷.</li>
	</ol></li></ol> 2. 옵션 설치 <ol><li>검색 완료 되 면 검색 결과 이메일로 받으려면 해당 상자에 전자 메일 주소 제공. 
	&#8203; 참고: 게놈의 또는 많은 수의 트랙 (아래 참조)에 대 한 큰 부분을 검색할 때 것이 좋습니다 때문에 검색 시간이 오래 걸릴 수 있습니다 사용자의 이메일을 제공 하. 예를 들어 100 megabase 검색 소요 약 15 s. 검색 결과에 대 한 링크는 검색 완료 되 면 제공 된 이메일 주소로 전송 됩니다. 링크는 검색 완료 후 7 일 이내에 만료 됩니다.</li>
	<li>중요 파일을 제공 하거나 흔들기 디스플레이 파일 url에서 있을 수 있습니다. 이 디스플레이 파일; 결과 영향을 미치지 않습니다. 그것은 결과 함께 표시 됩니다.</li>
	<li>해당 상자에 (를 포함 하 여 염색체와 기본적인 쌍 위치) 검색 범위를 지정.
	<ol><li>염색체 기본적인 쌍, 시작 목록과 끝 기본적인 쌍.</li>
		<li>사용 &#39; chrN &#39; 염색체 형식에 대 한 어디 &#39; N &#39;는 염색체 번호/문자 (1, 2, &#8230; X 또는 Y). 기본적인 쌍에 대 한 숫자에서 입력.</li>
		<li>모든 3 항목 사이의 공백을 포함 하거나 염색체 수와 1 루 쌍 및 2 개의 자료 쌍 사이의 하이픈 사이 콜론 (:)을 포함 합니다. 예: chr1:1000000-2000000, chr1 chr1 1000000 2000000 chr1:1000000 2000000 1000000 2000000. 
		참고: 2.1-2.3 단계는 선택 사항.</li>
	</ol></li></ol> <img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56136/56136fig1.jpg" /> 그림 1 : GeNemo &#39; s 프론트 페이지 작성 필요한 분야. 사용자 종, 검색 파일 및 검색 범위를 입력 하 고 그에 대 한 검색 하고자 하는 트랙을 선택 해야 합니다. 이메일 주소와 파일 표시 선택 사항입니다. <a href="//ecsource-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/56136/56136fig1large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
 3. 데이터 선택 <img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56136/56136fig2.jpg" /> 그림 2 : 트랙 선택 창. 이것은 클릭 하 여 키워는 &#34; 데이터 선택 &#34; 첫 페이지에 단추. 여기서, 사용자에 대 한 입력된 파일을 검색 하려면 트랙을 선택 합니다. 트랙의 일부는 이미 기본적. 선정 <a href="//ecsource-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/56136/56136fig2large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<ol><li>데이터 선택 버튼을 클릭 하면 트랙 (즉, 쿼리를 추가 하려면)에 대 한 검색의 유형을 선택 하십시오. 연구소는 세계 각국에서 많은 다른 데이터 집합을 포함 하는 트랙 컬렉션.
	<ol><li>트랙 목록이 매우 긴으로, 사용자 (위)에 필터 단추를 사용 하 여 트랙 선택 촉진 하고자 할 수 있습니다. 트랙 실험, 조직, 세포 선 또는 실험실에 의해 필터링 할 수 있습니다</li>
		<li>트랙 선택 실행 수 있도록 하단에 5 개의 단추가 있다: 모두 선택 일 없음에 선택, 추가, 필터, 제외.</li>
		<li>모두 선택 &#34; 및 &#34; 선택 없음 &#34; 단정.</li>
		<li>는 &#34; 추가 &#34; 쿼리를 현재 선택 된 트랙을 추가 하는 버튼. 그것은 논리 게이트 역할을 &#34; 또는 &#34;. 참고는 (예를 들어, 특정 실험, 조직, 세포 또는 실험실) 위의 필터를 선택 하면 추가 하지 않습니다 자동으로 해당 검색 쿼리를 추적 합니다. 사용자가 합니다 먼저 트랙 (예를 들어, 뇌, 간 조직에서), 선택한 다음에 &#34; 추가 &#34; 쿼리에 추가 버튼을. 트랙을 선택할 때 note만 필터 필터 창에서 열린된 탭에 지정 된 검색 쿼리에 적용 됩니다. 다른 탭에 선택 필터 창에 저장 되지만 검색 쿼리에 적용 되지 것입니다.</li>
		<li>는 &#34; 필터 &#34; 버튼 쿼리에서 필터 창에서 현재 선택 된 트랙의 종류만을 유지 하 고 다른 모든 종류의 트랙을 제거 합니다. 그것은 논리 게이트 역할 &#34;와 &#34;. 기본적으로, &#34; 필터 &#34; 트랙 (예를 들어, 특정 조직 특정 실험실)의 2 개의 종류 사이 상호 작용의 선택을 허용. &#34; 필터 &#34; 그들은 아직 없는 경우 쿼리에서 쿼리를 선택한 유형의 트랙을 추가 하지 않습니다.</li>
		<li>는 &#34; 제외 &#34; 버튼 쿼리에서 필터 창에서 현재 선택 된 트랙의 모든 종류를 제거 합니다. 그것은 논리 게이트 역할 &#34; 하지 &#34;, 반대에 &#34; 필터 &#34; 기능. 다시, &#34; 제외 &#34; 하지 쿼리 필터 창에서 현재 선택 된 모든 트랙을 추가 하지 않습니다.</li>
	</ol></li></ol> <img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56136/56136fig3.jpg" /> 그림 3 : 필터 창 . 이것은 클릭 하 여 키워는 &#34; 필터 &#34; 트랙 선택 창에서 단추. 여기서, 사용자 상대적 용이성. 동시에 많은 트랙을 선택할 수 <a href="//ecsource-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/56136/56136fig3large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
 <img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56136/56136fig4.jpg" /> 그림 4 : filter 함수를 사용 하는 방법. <a href="//ecsource-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/56136/56136fig4large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<ol start="2"> <li>쿼리에 원하는 트랙을 추가한 후 클릭는 &#34; 업데이트 &#34; 오른쪽 하단에 버튼. 이 데이터를 선택 하는 두 가지를 수용 하기 위해 필요 하다: 개별 데이터 트랙을 선택 하거나 필터링/제외. &#34; 다시 보기 &#34; 단추 인간/마우스 배아 줄기 세포에서 유전자 표현 규제에 관련 된 기본 트랙에 쿼리를 다시 설정 됩니다. 
	참고: 선택 트랙을 통해 검색할 수 &#34; 데이터 선택 &#34;는 옵션 이지만 권장 됩니다기본 검색 트랙은 대부분 사용자에 게 적합 하지 원인 &#39; s 요구.</li>
</ol> 4. 검색 및 결과 <ol><li>클릭에 &#34; 검색 &#34; 데이터 선택 후 버튼. 검색 시간이 좀 걸릴 수 있습니다.</li>
	<li>검색 완료 되 면, 사용자가 결과 페이지에서 다양 한 상자를 볼 것 이다. 각 상자는 어디에 사용자는 게놈의 섹션을 나타냅니다 &#39; s 데이터 파일은 하나 이상의 트랙 사용자 쿼리는 밀접 하 게 일치 패턴.
	<li>아무 상자 표시, 해 더 많은 종류의 트랙을 검색 하거나 검색 범위 동일한 입력 파일 큰 경우 <ol>. 모든 것을 다시 실행 하지 않고이 작업을 수행 하는 쉬운 방법 클릭 하 여 &#34; &#9776; &#34; 로고 옆 버튼. 이 검색을 수정 하려면 사용자를 허용 하는 사이드바를 열 것 이다.</li>
		<li>결과 클릭 하 여 침대 파일로 내보낼 수 있습니다는 &#34; 침대 파일 다운로드 &#34; 결과 페이지의 하단에 있는 버튼.</li>
	</ol></li> <li>시각화 단추 상단에 결과 시각화 하기 위해 각 상자 오른쪽의.
	일부 기본 추적 및 <ol><li>시각화에 패널 오른쪽, 여러 가지 통합 사용자 입력된 파일 표시 파일 하나 입력 했다, 트랙, 일치 하는 경우 데이터를 포함 하 여 표시 됩니다. 결과 사용자 추가 조사에 대 한 제공 된 데이터 집합에 대 한 알려진된 인코딩 데이터 집합을 비교할 수 있습니다. 사용자 또한 UCSC 유전자 쿼리 결과의 컨텍스트 참조를 참조할 수 있습니다. 여러 셀 라인/조직에서 트랙을 선택 하는 경우 사용자 지정 된 데이터 집합 및 인코딩 데이터 집합 사이의 유사성의 조직 특이성에 대 한 통찰력을 얻기 위해 같은 결과 사용할 수 있습니다.</li>
		<li>결과에 페이지 사용자 상류 또는 하류 모든 트랙에 드래그 수 있습니다 게놈;의 마우스 커서 좌표를 켜져 있을 때 사용자 및 사용 수 있습니다 마우스 휠 확대 / 축소.</li>
	</ol></li></ol> <img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56136/56136fig5.jpg" /> 그림 5 : 결과 페이지. 이 특정 검색 363 일치 지역 반환. 클릭 하 여 첫 번째 일치 영역 표시를 할 수 있습니다는 &#34; 표시 &#34; 각 결과 영역 상자 맨 아래 왼쪽에 단추. 디스플레이 창의 왼쪽된 부분에서 볼 수 있습니다 두 개의 데이터 파일 (입력 및 선택한 트랙)은 비슷한 신호 강도 패턴. <a href="//ecsource-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/56136/56136fig5large.jpg" target="_blank">를 클릭 하십시오 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기.</a>

<ol>
	<li>The ENCODE Project Consortium. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+integrated+encyclopedia+of+DNA+elements+in+the+human+genome.">An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome.</a> Nature. 489, 57-74 (2012).</li><li>Barski, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-Resolution+Profiling+of+Histone+Methylations+in+the+Human+Genome.">High-Resolution Profiling of Histone Methylations in the Human Genome.</a> Cell. 129 (4), 823-837 (2007).</li><li>Meaney, M. J., Ferguson-Smith, A. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epigenetic+regulation+of+the+neural+transcriptome:+the+meaning+of+the+marks.">Epigenetic regulation of the neural transcriptome: the meaning of the marks.</a> Nature Neuroscience. 13, 1313-1318 (2010).</li><li>Roh, T. -. Y., Cuddapah, S., Cui, K., Zhao, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+genomic+landscape+of+histone+modifications+in+human+T+cells.">The genomic landscape of histone modifications in human T cells.</a> PNAS. 103 (43), 15782-15787 (2006).</li><li>Zhang, Y., Cao, X., Zhong, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GeNemo:+a+search+engine+for+web-based+functional+genomic+data.">GeNemo: a search engine for web-based functional genomic data.</a> Nucleic Acids Res. 44, W122-W127 (2016).</li><li>Fujita, P. A., Rhead, B., Zweig, A. S., Hinrichs, A. S., Karolchik, D., Cline, M. S., Goldman, M., Barber, G. P., Clawson, H., Coelho, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+UCSC+Genome+Browser+database:+update+2011.">The UCSC Genome Browser database: update 2011.</a> Nucleic Acids Res. 39, 876-882 (2011).</li><li>Neph, S., Vierstra, J., Stergachis, A. B., Reynolds, A. P., Haugen, E., Vernot, B., Thurman, R. E., John, S., Sandstrom, R., Johnson, A. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+expansive+human+regulatory+lexicon+encoded+in+transcription+factor+footprints.">An expansive human regulatory lexicon encoded in transcription factor footprints.</a> Nature. 489, 83-90 (2012).</li><li>Sarda, S., Hannenhalli, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Next-generation+sequencing+and+epigenomics+research:+a+hammer+in+search+of+nails.">Next-generation sequencing and epigenomics research: a hammer in search of nails.</a> Genomics Inform. 12 (1), 2-11 (2014).</li><li>Storre, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Silencing+of+the+Meiotic+Genes+SMC1&#946;+and+STAG3+in+Somatic+Cells+by+E2F6.">Silencing of the Meiotic Genes SMC1&#946; and STAG3 in Somatic Cells by E2F6.</a> J Biol Chem. 280, 41380-41386 (2005).</li><li>Liu, B., Shats, I., Angus, S. P., Gatza, M. L., Nevins, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Interaction+of+E2F7+Transcription+Factor+with+E2F1+and+C-terminal-binding+Protein+(CtBP)+Provides+a+Mechanism+for+E2F7-dependent+Transcription+Repression.">Interaction of E2F7 Transcription Factor with E2F1 and C-terminal-binding Protein (CtBP) Provides a Mechanism for E2F7-dependent Transcription Repression.</a> J Biol Chem. 288, 24581-24589 (2013).</li></ol>

저자는 공개 경쟁 금융 관심 없다 있다.

제공 하는 새로운 생물 학적 통찰력8인간 게놈 시퀀싱의 풍부한 잠재력을 달성 하는 epigenome에 대 한 철저 한 이해가 필요 합니다. 현재 데이터 설명 및 제목 (즉, 메타 데이터)1온라인 epigenomic 데이터 집합을 검색 하는 방법만이 있다. 이 심각 하 게 검색 하나 epigenomic 데이터와 함께 할 수 있는의 유형을 제한 합니다. Epigenomic 데이터에 대 한 패턴 기반 검색 도구 새로운 생물 학적 통찰력으로 이어질 수 있는 다른 epigenomic 마크 사이의 관계를 탐구 하는 것이 필수적입니다. GeNemo, 데이터 및 메타 데이터 하지 내용 검색, 인코딩 데이터베이스 사용자 생성와 같은 게시 된 depositories에서 epigenomic 데이터에서 패턴을 비교 하는 종류의 첫 번째 서비스 또는 데이터 집합5다운로드. 이 텍스트 기반 시퀀스 검색 도구 되었다 1990 년대에 널리 널리 그냥 전세계 연구자에 액세스할 수 있는 epigenomic 검색 도구의 가용성의 시작을 표시 한다. 현재, GeNemo 이외의 epigenomic 데이터에 대 한 온라인 검색 패턴 기반 도구에 대 한 대안입니다.
인간 배아 줄기 세포 (예를 들어 E2F6 바인딩 신호 파일을 또는 인코딩 데이터 포털에서 사용할 수 있는 공동 나타나는 히스톤 수정 transcriptional 요소 E2F6와 다른 후 표시를 검색 하는 GeNemo를 사용 하 여 하나의 잠재적인 예 https://sysbio.ucsd.edu/public/xcao3/ENCODESample/ENCFF001UBC.bed)입니다. H1 hESC에 모든 인코딩 데이터 집합에 대 한 검색 쿼리로이 파일을 사용 하 여 GeNemo E2F6 바인딩 신호 H3K4me1, H3K4me2, H3K4me3, 및 H3K27me3, E2F6를 통해 몇 가지 유전자 조절 보여주는 기존 연구 동의와 농축 심하게 표시 됩니다. H3K279의 메 틸 화입니다. 다른 한편으로, 동일한 가족, E2F710요소와 상호 작용 하는 것으로 알려져 있는 E2F6 CtBP2 바인딩 사이트 colocalization 것 같습니다. 많은 수의 후 성적인 부호, transcriptional 요소 바인딩 신호 및 인코딩에 포함 된 다른 신호에 대 한 전체 게놈에 대 한 이러한 결과 추가 분석에 대 한 모든 잠재적인 목표를 제공할 수 있는 GeNemo로 비교적 쉽게 얻어질 수 있다.
이후 첫 번째 게시5 epigenomic 웹 기반 데이터 검색 도구로 GeNemo의, GeNemo의 결과 섹션 GeNemo의 첫 페이지와 어울리는 모습을 새롭게 했다. 밀접 하 게 이전 결과 섹션 UCSC 게놈 브라우저 결과 섹션을 미러 하 고 디스플레이 대 한 원격 UCSC 서버에 크게 의존 했다. 새로운 인터페이스와 함께 GeNemo는 더 쉽고 UCSC 게놈 서버에 더 이상 의존 (데이터는 여전히 원격으로 인출 됩니다). 이것은 GeNemo 더 강력 하 고 덜 코드 변경 문제에 취약 UCSC 서버에 있습니다. 또한, GeNemo의 새로운, 더 빠른 폴리머 인터페이스 시각화 하 고 데이터에서 패턴 분석 도구를 더 많은 사용자를 제공 합니다.
중요 한 단계는 적절 한 입력된 파일을 제공 하 고 데이터 트랙에 대 한 검색을 선택 하면 포함 됩니다. 사용자가 다양 한 실험 하는 것이 좋습니다 트랙 선택 기능을 어떻게 다른 명령과 선택 과정 원하는 결과 달성 하기 위해 결합 될 수 있다. 특히, "추가" 기능 "필터링" 또는 "제외" 논리 게이트 명령으로 사용할 수 있는 쿼리를 선택 하는 원하는 트랙을 추가 하는 데 필요한는 참고 "AND" 및 "또는", 각각. "업데이트" 기능 검색을 구현 하기 전에 모든 선택에 영향을 줄 필요 합니다. 결과가 반환 될 때 사용자 수 확인 입력된 데이터 파일, 더 많은 트랙을 검색 하거나 검색 범위를 증가. 오류가 있을 때마다 정확 하 게 오류를 정의 팝업 창이 있을 것입니다. 비록 몇 가지 모호한 오류 있습니다. 예를 들어 윈도우는 '파일 업로드 된' 때, 중 아무 파일을 업로드 또는 업로드 된 파일 허용 형식의 되었고, 결과적으로, 프로그램은 올바르게 읽을 수 있습니다. 파일 업로드 허용 파일 형식 모두 업로드 방법에 대 한 침대와 봉우리 서식 파일 및 온라인 링크 업로드만 중요 포함 됩니다. 이러한 파일 포맷의 압축된 버전도 사용할 수 있습니다.
이 방법의 현재 한계는 아직---최적화 알고리즘 및 기능 GeNemo에 포함 합니다. GeNemo 아직 반환 된 모든 데이터 집합의 해석에 어떤 지침을 제공할 수 없습니다. 이 작업은 상당한 지식과 게놈 epigenome의 생물학에 전문 지식이 필요로 하는 사용자까지 이다. 또한, 또 다른 현재 한계가입니다 사용자 검색의 감도 및 잡음 레벨을 변경할 수 없습니다. 우리는 개선 하 고 GeNemo의 패턴 검색 기능 및 나중에 데이터 집합 컬렉션에 확장을 계속 기대 합니다.

최근의 기술 진보는 epigenomic 또는 생물 학적 통찰력을 추출 관련 분석 도구 개발을 능가 하는 기능 게놈 데이터 depositories의 급속 한 확장에 대 한 수 있다. Epigenomic 데이터를 분석 하는 한 가지 중요 한 방법은 데이터 depositories와 새로운 지식으로 이어질 수 있는 패턴 일치에 대 한 백과 사전의 DNA 요소 (인코딩)1 프로젝트에서 특히 그들에 대 한 사용자 생성 데이터를 검색 하는 것입니다. 예를 들어, 게놈 전체 정의 loci에서 두 개의 서로 다른 epigenomic 표시의 패턴에서 유사성을 식별 다른 분자 선수 chromatin 구조 및 transcriptional 규칙2 에 의해 조율 된 행동을 나타낼 수 있습니다. ,34.
기존의 텍스트 기반 검색 엔진 유효 하지 않습니다 이와 DNA 시퀀스와 달리 주로 epigenomic 데이터 농도 또는 기능 게놈 지역의 형태로 존재 하기 때문에. GeNemo, 유전자 Nemo (니 모를 찾아서)로 서5패턴 기반 검색 사용 하 여이 충족 되지 요구를 해결 하기 위해 개발 되었다. 알고리즘의 마르코프 체인 몬테 카를로 극대화 과정5을 이용 한다. 사용자가 자신의 데이터 나 dataset 패턴에서 유사성을 식별 depositories 검색 온라인 epigenomic 데이터의 배열에서 다운로드.
GeNemo의 현재 버전은 업데이트 된 디스플레이, 캘리포니아 대학, 산타 크루즈 (UCSC) 게놈 브라우저6, 더 튼튼하게 인터페이스 이며 후자에 변화에 의해 발생 하는 문제에 덜 취약. 특히, GeNemo의 결과 페이지는 UCSC 게놈 브라우저 인터페이스에 기반 하는 데 사용, GeNemo의 현재 버전 자체 결과 페이지를 지원 하며 결과적으로 더 이상 부정적인 영향을 UCSC 게놈 브라우저 구조 변경. GeNemo 모든 게놈 신호, 등 단백질 바인딩, 히스톤 수정, chromatin 접근성, 토폴로지 도메인, 쿼리 큰 컨소시엄에서 알려진된 데이터 세트 사이 colocalized/비슷한 세그먼트를 찾을 수로 사용할 수 있습니다. 따라서, 관심의 다른 epigenomic 데이터와 대규모 게놈 프로젝트에서 생성 된 알려진된 데이터 사이의 관계를 연구 하는 중요 한 도구입니다.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="border-collapse:
 collapse;width:515pt" width="687">
	<tbody>
		<tr height="21" style="height:15.75pt">
			<td class="xl66" height="21" style="height:15.75pt;width:162pt" width="216">GENEMO</td>
			<td class="xl67" style="width:139pt" width="185">https://www.genemo.org</td>
			<td class="xl66" style="width:89pt" width="119"></td>
			<td class="xl65" style="width:125pt" width="167">Comparative Epigenome Browser</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

pattern-based search of epigenomic data using genemo

강력한 텍스트 기반 검색 도구에 비해 게놈 RNA 시퀀싱 데이터, epigenomic 및 다른 기능 게놈 데이터의 패턴 기반 검색에 대 한 현재 방법론은 매우 제한 된 또는. GeNemo는이 목표를 수행 하는 첫 번째 온라인 검색 도구입니다. 사용자가 브라우저 확장 데이터 (침대), 봉우리, 및 중요 형식, 기능 게놈 데이터를 입력 하 고 세 가지 형식 중 하나에서 데이터를 검색할 수 있습니다. 사용자와는 백과 사전의 DNA 요소 (인코딩) 다른 epigenomic 마크, transcriptional 요소 바인딩 사이트 및 chromatin 대표 온라인 데이터 집합의 다양 한에서 선택 하는 데이터 집합에 대 한, 검색의 유형을 지정할 수 있습니다. hypersensitivities 또는 특정 세포 유형, 발달 단계 또는 종 (마우스 또는 인간)과. GeNemo 수 수는 브라우저에서 볼로 침대 파일 형태로 다운로드 입력된 데이터에 패턴 일치와 게놈 영역의 목록을 반환 합니다. 업그레이드 된 GeNemo 그래픽 디스플레이 개선 하 고 보다 강력한 인터페이스, 캘리포니아 대학, 산타 크루즈 (UCSC) 게놈 브라우저 변경 오류 경향이 더 이상 이다. 일반적인 문제에 대 한 문제 해결 단계를 설명 합니다. 기능 게놈 데이터의 양이 기하급수적으로 확장 하 고, 개발 하 고 데이터 분석 및 해석에 대 한 GeNemo와 같은 새로운 bioinformatic 도구 수정 중요 한 필요가 있다.

여기 그림 5 에 표시는 가장된 검색이입니다. 인류를 선택 하 고 해당 샘플 파일이 입력된 데이터 파일로 사용 된. 또한, 그림 3에서 보듯이 기본 트랙 선정 됐다. 일치 하는 지역, 363의 총 있었고 첫 번째 영역 표시 페이지에 표시 됩니다. 그것은에서 강도 패턴 입력된 파일에 대 한 염색체 1에 17036000 17038000 기초 및 선택한 트랙 중 하나는 매우 유사 볼 수 있습니다.

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Pattern-based Search of Epigenomic Data Using GeNemo

DNA 시퀀스 데이터와는 달리 epigenomic 데이터 쉽게 텍스트 기반 검색을 복종 하지는. 업그레이드 된 버전의 GeNemo, 웹 기반 생물 정보학 도구를 사용 하 여 유사성 백과 사전의 DNA 요소를 포함 하 여 사용할 수 있는 온라인 데이터베이스를 비교 하는 epigenomic 데이터에 대 한 패턴 기반 검색을 수행 하는 절차는 여기에 제시 된 사용자의 데이터입니다.

GeNemo를 사용 하 여 Epigenomic 데이터의 패턴 기반 검색

Compared with the robust text-based search tools for genomic or RNA sequencing data, current methodologies for pattern-based searches of epigenomic and ...

pattern-based-search-of-epigenomic-data-using-genemo

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Bioengineering

5.0K 조회수.  University of California San Diego. DNA 시퀀스 데이터와는 달리 epigenomic 데이터 쉽게 텍스트 기반 검색을 복종 하지는. 업그레이드 된 버전의 GeNemo, 웹 기반 생물 정보학 도구를 사용 하 여 유사성 백과 사전의 DNA 요소를 포함 하 여 사용할 수 있는 온라인 데이터베이스를 비교 하는 epigenomic 데이터에 대 한 패턴 기반 검색을 수행 하는 절차는 여기에 제시 된 사용자의 데이터입니다.

비디오: Pattern-based Search of Epigenomic Data Using GeNemo

Fabrication of Micro-tissues using Modules of Collagen Gel Containing Cells

This protocol describes the fabrication of a type of micro-tissues called modules.  The module approach generates uniform, scalable and vascularized tissues.  The modules can be made of collagen as well as other gelable or crosslinkable materials.  They are approximately 2 mm in length and 0.7 mm in diameter upon fabrication but shrink in size with embedded cells or when the modules are coated with endothelial cells.  The modules individually are small enough that the embedded cells are within the diffusion limit of oxygen and other nutrients but modules can be packed together to form larger tissues that are perfusable.  These tissues are modular in construction because different cell types can be embedded in or coated on the modules before they are packed together to form complex tissues.  There are three main steps to making the modules: (1) neutralizing the collagen and embedding cells in it, (2) gelling the collagen in the tube and cutting the modules and (3) coating the modules with endothelial cells.

Creation of micro-tissues using cylindrical collagen gels, called modules, that contain embedded cells and which surface is coated with endothelial cells.

콜라겐의 모듈을 사용하여 미세 조직의 제조가 포함 세포를 젤

This protocol describes the fabrication of a type of micro-tissues called modules.  The module approach generates uniform, scalable and vascularized ...

연구

생체공학

Induction of Adhesion-dependent Signals Using Low-intensity Ultrasound

In multicellular organisms, cell behavior is dictated by interactions with the extracellular matrix. Consequences of matrix-engagement range from regulation of cell migration and proliferation, to secretion and even differentiation. The signals underlying each of these complex processes arise from the molecular interactions of extracellular matrix receptors on the surface of the cell. Integrins are the prototypic receptors and provide a mechanical link between extracellular matrix and the cytoskeleton, as well as initiating some of the adhesion-dependent signaling cascades. However, it is becoming increasingly apparent that additional transmembrane receptors function alongside the integrins to regulate both the integrin itself and signals downstream. The most elegant of these examples is the transmembrane proteoglycan, syndecan-4, which cooperates with &alpha;5&beta;1-integrin during adhesion to fibronectin. In vivo models demonstrate the importance of syndecan-4 signaling, as syndecan-4-knockout mice exhibit healing retardation due to inefficient fibroblast migration1,2. In wild-type animals, migration of fibroblasts toward a wound is triggered by the appearance of fibronectin that leaks from damaged capillaries and is deposited by macrophages in injured tissue. Therefore there is great interest in discovering strategies that enhance fibronectin-dependent signaling and could accelerate repair processes.
The integrin-mediated and syndecan-4-mediated components of fibronectin-dependent signaling can be separated by stimulating cells with recombinant fibronectin fragments. Although integrin engagement is essential for cell adhesion, certain fibronectin-dependent signals are regulated by syndecan-4. Syndecan-4 activates the Rac1 protrusive signal3, causes integrin redistribution1, triggers recruitment of cytoskeletal molecules, such as vinculin, to focal adhesions4, and thereby induces directional migration3. We have looked for alternative strategies for activating such signals and found that low-intensity pulsed ultrasound (LIPUS) can mimic the effects of syndecan-4 engagement5. In this protocol we describe the method by which 30 mW/cm2, 1.5 MHz ultrasound, pulsed at 1 kHz (Fig. 1) can be applied to fibroblasts in culture (Fig. 2) to induce Rac1 activation and focal adhesion formation. Ultrasound stimulation is applied for a maximum of 20 minutes, as this combination of parameters has been found to be most efficacious for acceleration of clinical fracture repair6. The method uses recombinant fibronectin fragments to engage &alpha;5&beta;1-integrin, without engagement of syndecan-4, and requires inhibition of protein synthesis by cycloheximide to block deposition of additional matrix by the fibroblasts., The positive effect of ultrasound on repair mechanisms is well documented7,8, and by understanding the molecular effect of ultrasound in culture we should be able to refine the therapeutic technique to improve clinical outcomes.

This protocol describes the stimulation of cultured fibroblasts with low-intensity pulsed ultrasound, which drives focal adhesion formation and Rac1 activation by mimicking engagement of the transmembrane matrix receptor, syndecan-4. This approach allows investigation of a successful clinical technique at the cellular level, thereby providing opportunities for refinement of the therapy.

낮은 강도의 초음파를 사용하여 접착 종속 신호의 유도

In multicellular organisms, cell behavior is dictated by interactions with the extracellular matrix. Consequences of matrix-engagement range from ...

Flexural Rigidity Measurements of Biopolymers Using Gliding Assays

Microtubules are cytoskeletal polymers which play a role in cell division, cell mechanics, and intracellular transport. Each of these functions requires microtubules that are stiff and straight enough to span a significant fraction of the cell diameter. As a result, the microtubule persistence length, a measure of stiffness, has been actively studied for the past two decades1. Nonetheless, open questions remain: short microtubules are 10-50 times less stiff than long microtubules2-4, and even long microtubules have measured persistence lengths which vary by an order of magnitude5-9.
	Here, we present a method to measure microtubule persistence length. The method is based on a kinesin-driven microtubule gliding assay10. By combining sparse fluorescent labeling of individual microtubules with single particle tracking of individual fluorophores attached to the microtubule, the gliding trajectories of single microtubules are tracked with nanometer-level precision. The persistence length of the trajectories is the same as the persistence length of the microtubule under the conditions used11. An automated tracking routine is used to create microtubule trajectories from fluorophores attached to individual microtubules, and the persistence length of this trajectory is calculated using routines written in IDL.
	This technique is rapidly implementable, and capable of measuring the persistence length of 100 microtubules in one day of experimentation. The method can be extended to measure persistence length under a variety of conditions, including persistence length as a function of length along microtubules. Moreover, the analysis routines used can be extended to myosin-based acting gliding assays, to measure the persistence length of actin filaments as well.

A method to measure the persistence length or flexural rigidity of biopolymers is described. The method uses a kinesin-driven microtubule gliding assay to experimentally determine the persistence length of individual microtubules and is adaptable to actin-based gliding assays.

글라이딩 Assays를 사용 Biopolymers의 굽힘 강성 측정

Microtubules are cytoskeletal polymers which  play a role in cell division, cell mechanics, and intracellular transport. Each of these functions requires ...

Production of Large Numbers of Size-controlled Tumor Spheroids Using Microwell Plates

Tumor spheroids are increasingly recognized as an important in vitro model for the behavior of tumor cells in three dimensions. More physiologically relevant than conventional adherent-sheet cultures, they more accurately recapitulate the complexity and interactions present in real tumors. In order to harness this model to better assess tumor biology, or the efficacy of novel therapeutic agents, it is necessary to be able to generate spheroids reproducibly, in a controlled manner and in significant numbers.
The AggreWell system consists of a high-density array of pyramid-shaped microwells, into which a suspension of single cells is centrifuged. The numbers of cells clustering at the bottom of each microwell, and the number and ratio of distinct cell types involved depend only on the properties of the suspension introduced by the experimenter. Thus, we are able to generate tumor spheroids of arbitrary size and composition without needing to modify the underlying platform technology. The hundreds of microwells per square centimeter of culture surface area in turn ensure that extremely high production levels may be attained via a straightforward, nonlabor-intensive process. We therefore expect that this protocol will be broadly useful to researchers in the tumor spheroid field.

We introduce a protocol for the generation of large numbers (thousands to hundreds of thousands) of uniform size- and composition-controlled tumor spheroids, using commercially available microwell plates.

마이크로 웰 플레이트를 사용하여 크기 조절 종양 상체 많은 수의 생산

Tumor spheroids are increasingly recognized as an important in vitro model for the behavior of tumor cells in three dimensions. More physiologically ...

From Voxels to Knowledge: A Practical Guide to the Segmentation of Complex Electron Microscopy 3D-Data

Modern 3D electron microscopy approaches have recently allowed unprecedented insight into the 3D ultrastructural organization of cells and tissues, enabling the visualization of large macromolecular machines, such as adhesion complexes, as well as higher-order structures, such as the cytoskeleton and cellular organelles in their respective cell and tissue context. Given the inherent complexity of cellular volumes, it is essential to first extract the features of interest in order to allow visualization, quantification, and therefore comprehension of their 3D organization. Each data set is defined by distinct characteristics, e.g., signal-to-noise ratio, crispness (sharpness) of the data, heterogeneity of its features, crowdedness of features, presence or absence of characteristic shapes that allow for easy identification, and the percentage of the entire volume that a specific region of interest occupies. All these characteristics need to be considered when deciding on which approach to take for segmentation.
The six different 3D ultrastructural data sets presented were obtained by three different imaging approaches: resin embedded stained electron tomography, focused ion beam- and serial block face- scanning electron microscopy (FIB-SEM, SBF-SEM) of mildly stained and heavily stained samples, respectively. For these data sets, four different segmentation approaches have been applied: (1) fully manual model building followed solely by visualization of the model, (2) manual tracing segmentation of the data followed by surface rendering, (3) semi-automated approaches followed by surface rendering, or (4) automated custom-designed segmentation algorithms followed by surface rendering and quantitative analysis. Depending on the combination of data set characteristics, it was found that typically one of these four categorical approaches outperforms the others, but depending on the exact sequence of criteria, more than one approach may be successful. Based on these data, we propose a triage scheme that categorizes both objective data set characteristics and subjective personal criteria for the analysis of the different data sets.

The bottleneck for cellular 3D electron microscopy is feature extraction (segmentation) in highly complex 3D density maps. We have developed a set of criteria, which provides guidance regarding which segmentation approach (manual, semi-automated, or automated) is best suited for different data types, thus providing a starting point for effective segmentation.

복셀에서 지식 : 복잡한 전자 현미경 3D-데이터의 분할에 대한 실용 가이드

Modern 3D electron microscopy approaches have recently allowed unprecedented insight into the 3D ultrastructural organization of cells and tissues, ...

Scaled Anatomical Model Creation of Biomedical Tomographic Imaging Data and Associated Labels for Subsequent Sub-surface Laser Engraving (SSLE) of Glass Crystals

Biomedical imaging modalities like computed tomography (CT) and magnetic resonance (MR) provide excellent platforms for collecting three-dimensional data sets of patient or specimen anatomy in clinical or preclinical settings. However, the use of a virtual, on-screen display limits the ability of these tomographic images to fully convey the anatomical information embedded within. One solution is to interface a biomedical imaging data set with 3D printing technology to generate a physical replica. Here we detail a complementary method to visualize tomographic imaging data with a hand-held model: Sub Surface Laser Engraving (SSLE) of crystal glass. SSLE offers several unique benefits including: the facile ability to include anatomical labels, as well as a scale bar; streamlined multipart assembly of complex structures in one medium; high resolution in the X, Y, and Z planes; and semi-transparent shells for visualization of internal anatomical substructures. Here we demonstrate the process of SSLE with CT data sets derived from pre-clinical and clinical sources. This protocol will serve as a powerful and inexpensive new tool with which to visualize complex anatomical structures for scientists and students in a number of educational and research settings.

Scaled Anatomical Model Creation of Biomedical Tomographic Imaging Data and Associated Labels for Subsequent Sub-surface Laser Engraving SSLE of Glass Crystals

A methodology is described herein for representing anatomical imaging data within crystals. We create scaled three-dimensional models of biomedical imaging data for use in Sub-Surface Laser Engraving (SSLE) of crystal glass. This tool offers a useful complement to computational display or three-dimensionally printed models used within clinical or educational settings.

유리 크리스탈의 후속 하위 표면 레이저 조각 (SSLE)에 대한 확장 된 해부학 모델 생체 단층 촬영 영상 데이터의 생성 및 관련 레이블

Biomedical imaging modalities like computed tomography (CT) and magnetic resonance (MR) provide excellent platforms for collecting three-dimensional data ...

Fragility Assessment of Bovine Cortical Bone Using Scratch Tests

Bone is a complex hierarchical material with five distinct levels of organization. Factors like aging and diseases like osteoporosis increase the fragility of bone, making it fracture-prone. Owing to the large socio-economic impact of bone fracture in our society, there is a need for novel ways to assess the mechanical performance of each hierarchical level of bone. Although stiffness and strength can be probed at all scales &#8211; nano-, micro-, meso-, and macroscopic &#8211; fracture assessment has so far been confined to macroscopic testing. This limitation restricts our understanding of bone fracture and constrains the scope of laboratory and clinical studies. In this research, we investigate the fracture resistance of bone from the microscopic to the mesoscopic length scales using micro scratch tests combined with nonlinear fracture mechanics. The tests are performed in the short longitudinal orientation on bovine cortical bone specimens. A meticulous experimental protocol is developed and a large number (102) of tests are conducted to assess the fracture toughness of cortical bone specimens while accounting for the heterogeneity associated with bone microstructure.

This study assesses the fracture toughness of bovine cortical bone at the sub-meso levels using microscopic scratch tests. This is an original, objective, rigorous, and reproducible method proposed to probe fracture toughness below the macroscopic scale. Potential applications are studying changes in bone fragility due to diseases like osteoporosis.

스크래치 테스트를 사용 하 여 소 피 질 골의 취약성 평가

Bone is a complex hierarchical material with five distinct levels of organization. Factors like aging and diseases like osteoporosis increase the ...

Databases to Efficiently Manage Medium Sized, Low Velocity, Multidimensional Data in Tissue Engineering

Science relies on increasingly complex data sets for progress, but common data management methods such as spreadsheet programs are inadequate for the growing scale and complexity of this information. While database management systems have the potential to rectify these issues, they are not commonly utilized outside of business and informatics fields. Yet, many research labs already generate "medium sized", low velocity, multi-dimensional data that could greatly benefit from implementing similar systems. In this article, we provide a conceptual overview explaining how databases function and the advantages they provide in tissue engineering applications. Structural fibroblast data from individuals with a lamin A/C mutation was used to illustrate examples within a specific experimental context. Examples include visualizing multidimensional data, linking tables in a relational database structure, mapping a semi-automated data pipeline to convert raw data into structured formats, and explaining the underlying syntax of a query. Outcomes from analyzing the data were used to create plots of various arrangements and significance was demonstrated in cell organization in aligned environments between the positive control of Hutchinson-Gilford progeria, a well-known laminopathy, and all other experimental groups. In comparison to spreadsheets, database methods were enormously time efficient, simple to use once set up, allowed for immediate access of original file locations, and increased data rigor. In response to the National Institutes of Health (NIH) emphasis on experimental rigor, it is likely that many scientific fields will eventually adopt databases as common practice due to their strong capability to effectively organize complex data.

Many researchers generate "medium-sized", low-velocity, and multi-dimensional data, which can be managed more efficiently with databases rather than spreadsheets. Here we provide a conceptual overview of databases including visualizing multi-dimensional data, linking tables in relational database structures, mapping semi-automated data pipelines, and using the database to elucidate data meaning.

조직 공학에서 중간 크기의 저속, 다차원 데이터를 효율적으로 관리하는 데이터베이스

Science relies on increasingly complex data sets for progress, but common data management methods such as spreadsheet programs are inadequate for the ...

Simple, Affordable, and Modular Patterning of Cells using DNA

The relative positioning of cells is a key feature of the microenvironment that organizes cell-cell interactions. To study the interactions between cells of the same or different type, micropatterning techniques have proved useful. DNA Programmed Assembly of Cells (DPAC) is a micropatterning technique that targets the adhesion of cells to a substrate or other cells using DNA hybridization. The most basic operations in DPAC begin with decorating cell membranes with lipid-modified oligonucleotides, then flowing them over a substrate that has been patterned with complementary DNA sequences. Cells adhere selectively to the substrate only where they find a complementary DNA sequence. Non-adherent cells are washed away, revealing a pattern of adherent cells. Additional operations include further rounds of cell-substrate or cell-cell adhesion, as well as transferring the patterns formed by DPAC to an embedding hydrogel for long-term culture. Previously, methods for patterning oligonucleotides on surfaces and decorating cells with DNA sequences required specialized equipment and custom DNA synthesis, respectively. We report an updated version of the protocol, utilizing an inexpensive benchtop photolithography setup and commercially available cholesterol modified oligonucleotides (CMOs) deployed using a modular format. CMO-labeled cells adhere with high efficiency to DNA-patterned substrates. This approach can be used to pattern multiple cell types at once with high precision and to create arrays of microtissues embedded within an extracellular matrix. Advantages of this method include its high resolution, ability to embed cells into a three-dimensional microenvironment without disrupting the micropattern, and flexibility in patterning any cell type.

Here we present a protocol to micropattern cells at single-cell resolution using DNA-programmed adhesion. This protocol uses a benchtop photolithography platform to create patterns of DNA oligonucleotides on a glass slide and then labels cell membranes with commercially available complementary oligonucleotides. Hybridization of the oligos results in programmed cell adhesion.

DNA를 사용하여 세포의 간단하고, 적당한, 모듈식 패터닝

The relative positioning of cells is a key feature of the microenvironment that organizes cell-cell interactions. To study the interactions between cells ...

Modulating Shape of Polyester Based Polymersomes using Osmotic Pressure

Polymersomes are membrane-bound, bilayer vesicles created from amphiphilic block copolymers that can encapsulate both hydrophobic and hydrophilic payloads for drug delivery applications. Despite their promise, polymersomes are limited in application due to their spherical shape, which is not readily taken up by cells, as demonstrated by solid nanoparticle scientists. This article describes a salt-based method for increasing the aspect ratios of spherical poly(ethylene glycol) (PEG)- based polymersomes. This method can elongate polymersomes and ultimately control their final shape by adding sodium chloride in post-formation dialysis. Salt concentration can be varied, as described in this method, based on the hydrophobicity of the block copolymer being used as the base for the polymersome and the target shape. Elongated nanoparticles have the potential to better target the endothelium in larger diameter blood vessels, like veins, where margination is observed. This protocol can expand therapeutic nanoparticle applications by utilizing elongation techniques in tandem with the dual-loading, long-circulating benefits of polymersomes.

Polymersomes are self-assembled polymeric vesicles that are formed in spherical shapes to minimize Gibb's Free Energy. In the case of drug delivery, more elongated structures are beneficial. This protocol establishes methods to create more rod-like polymersomes, with elongated aspect ratios, using salt to induce osmotic pressure and reduce internal vesicle volumes.

삼투압을 이용한 폴리에스테르 기반 폴리머좀의 변조 형상

Polymersomes are membrane-bound, bilayer vesicles created from amphiphilic block copolymers that can encapsulate both hydrophobic and hydrophilic payloads ...