우리는 현장에서 자신의 도움을 MANEL 리바 감사합니다. 우리는 우리의 연구 및 샘플링 권한 그들의 지원을위한 &quot;파크 천연 델 Montgrì, 레 레스 메디아 나는 엘 Baix 테르&quot;에 감사하고 있습니다. 수중 매니퓰레이터는 Ayelet Dadon-Pilosof에 의해 설계된 씨 Pilosof에 의해 제작 하였다. 이 작품은 스페인 정부 프로젝트 CSI-산호 [RC 및 MR에 허가 번호 CGL2013-43106-R]에 의해 TM에 &quot;Ministerio 드 EDUCACION, Cultura y를 Deporte (MECD)&quot;에서 FPU의 교제에 의해 지원되었다. 이 G. 야헬에 카탈로니아 정부 [허가 번호 2014SGR1029]와 ISF 부여 13분의 1,280 및 BSF 보조금 2,012,089에 의해 자금 해양 생지 화학의 기여와 글로벌 변화 연구 그룹입니다.

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D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+situ+grazing+on+plankton+&lt;10+&#181;m+by+the+boreal+sponge+Mycale+lingua.">In situ grazing on plankton &lt;10 &#181;m by the boreal sponge Mycale lingua.</a> Mar. Ecol. Prog. Ser. 141, 95-102 (1996).</li></ol>

The authors have nothing to disclose.

준비 단계 DOM 및 영양 분석을 위해 수집 튜브 수집 용기 용해 마이크로 성분과 상호 작용할 수 있고, 샘플러 벽 성장 30-34, DOM 영양 컬렉션 상이한 바이알 테스트 한 세균에 대한 기판 일 수 있기 때문이다. 샘플 신속 (30) 냉동하지 않는 경우 유리 병은 최대 두 배 실리카의 초기 농도를 증가시킬 수 있기 때문에 붕 규산염은 실리카 정량화 33, 35 사용하지 않는 것이 좋습니다. 우리의 결과는 미리 청소 EPA 유리 병을 사용하면 특히 암모늄을위한, DOC, DON, 무기 영양소에 대한 낮은 농도의 공백을 초래 것을 보여줍니다. DOC 여과 및 저장 여과가 많은 경우에 요구되고, 해양 화학 제 분석 단계이고미생물학. 이 실험실에서 수집 한 후 샘플을 필터링 할 수 있지만,이 절차는 샘플이 떨어져 적절한 실험실 시설 종종 원격 위치, 시간, 일, 수중 수집 현장에서 작업하지 않는 것이 좋습니다. 시츄 여과 - 라인의 사용은 시료 처리를 최소화하고, 따라서 오염의 위험을 감소시킨다. 시츄 여과 또한 박테리아의 대부분을 제거하고 시료 조성물을 장시간 샘플링 및 운송 중에 세균 대사에 의해 변경 될 것이라는 위험을 줄일 시각. 여과 조립체는 샘플링 장치의 데드 볼륨을 증가시키고, 또한 오염의 원인이 될 수있다. 가능한 가장 작은 필터 홀더의 선택 (예를 들어, 인라인 Swinney 필터 홀더 13mm)과 분 PEEK 튜브 (예를 들어, 254 μm의 ID가) 죽은 볼륨 및 주변 물에 의한 오염의 위험을 줄일 수 있습니다. 적절한 필터가없는 경우사용하거나 신중하게 세정되지 않으면, 물 샘플의 아티팩트 및 오염 32,36-39를 발생하기 쉽다. DOC 분석의 연구는 철저하게 고품질의 이중 증류수 (38) 플러시하지 않을 경우 유기 화합물 (폴리 카보네이트와 PFA-PTFE)으로 만든 필터 및 필터 홀더가 특히 심한 DOC 오염 32,37 될 수 있음을 보여 주었다. 본 프로토콜 및 결과는 다음 지침을 따르 또한 폴리 카보네이트 필터 홀더는 피해야한다 나타냅니다. 현장 작업과 상호 운용에서 VacuSIP 시스템은 자연 환경에서 방해받지 않고 서스펜션 피더의 신진 대사 시스템에서의 생태 학적 역할의 정량화 연구를 용이하게하는 직접 샘플링 기법이다. 경험을 갖추고 다이버를 들어, VacuSIP 방법의 응용 프로그램은 간단하고 단지 짧은 그럴 필요합니다aining. INEX VacuSIP 실험 따라서 높은 공백을 포함한 대부분의 분석 이슈를 제어하는 &#39;within&#39; 디자인 통계 분석 (즉, 쌍으로 또는 반복 측정 분석)을 위해 설계되었습니다. 제어 흡입의 사용, 따라서 주변 물을 내뿜어 물 우연한 오염 방지 느리고 조정 가능한 샘플링 속도를 보장한다. 가능하다면, 저 전류 및 낮은 탁도와 작업 현장의 선택을 권장하고 깨끗하고 더 정확한 결과를 보장합니다. 장기간 샘플링 시간 (시간 분)는 저서 경계층의 특징 인 높은 patchiness 통합 할 수 있습니다. 이러한 모든 기능이 제대로 적용 할 때 VacuSIP 방법은 복제 적은 수의 작업시에도 안전하고 복제 결과를 제공, 매우 강력한 있는지 확인하십시오. 지중해 스폰지와 인도 - 태평양 조개 종에서 얻은 전형적인 결과의 예는 그림 7과 Supplemen에 표시됩니다TARY 그림 1. 어떤 기술과 마찬가지로, VacuSIP 잠재적 인 함정 무료로하지 않습니다. 가장 일반적인 문제는 주변의 물을 배출 된 물 샘플의 오염이다. 이러한 유물 이유는 높은 흡입 속도, 튜브 dislodgments 및 동물의 행동을 포함한다. 적절한 샘플링 비율의 적절한 선택은 excurrent 유량의 사전 추정치에 의존한다. 이러한 추정치는 염료 프론트 속도 법 (16)을 사용하여 얻을 수있다. 이상적으로는, 흡인 속도 펌핑 속도 (예를 들어, 1 ml의 분 -1 L 6 시간 -1 펌핑 속도)의 1 % 미만으로 유지되어야한다. 주변 물의 오염을 방지하기 위해, 샘플링 레이트는 펌핑 속도의 10 % 초과 일 수 없습니다. 샘플링 속도를 통제하기 위해, 흡입 호스의 길이 및 내경이 계획된 작업 깊이와 물의 온도에 따라 조절한다. 푸 아죄 유의 법칙은 (섹션 1을 참조하십시오.3.1 이상) 기준으로 사용될 수있다. 그러나이 방정식은 샘플링 시간을 제 ΔP 보낸 차 근사 샘플링 속도 감소로 간주 인라인 여과 불확실성이 추가되어야한다. 진공 용기의 사용은 종종 알려지지 진공 압력과, 상기 합병증을 소개한다. 샘플링 레이트가 서로 다른 진공 다른 진공 용기의 함수로서 어떻게 변화하는지의 예를 표 1에 나타낸다. 샘플링 레이트를 감소하는 것은 쉽게 감소없이 기술적 제한 튜브의 길이와 ID를 조정함으로써 달성된다 (시간당 몇 마이크로 리터의 샘플링 레이트가 가능하다). 그럼에도 불구하고, 실험자는 느린 펌핑 속도와 동물이 제한에 의해 작은 생물 또는 표본에 대한 지시 느린 샘플링 속도를 알고 있어야합니다. 느린 샘플링 속도의 즉각적인 의미 번의 샘플링 sessi 동안 수집 될 수있는 물의 제한된 볼륨에. 이러한 낮은 양이 샘플을 실행할 수있는 분석 및 복제의 횟수를 제한하며, 따라서, 이러한 집단에서 얻을 수있는 정보를 제한한다. 튜브 탈락을 쉽게 발견 할 수 있으며, 샘플링은 중단 또는 다시 시작, 다이버가 일정한 시계를 유지하는 것을 제공 할 수있다. 반대로, 샘플링 동안 펌핑 중단 항상 검출하는 것은 쉽지 않다. 이 사실뿐만 아니라 스폰지에 대한뿐만 아니라 tunicates, 이매패 류 및 다모류합니다. 사실, 일반적인 믿음과는 반대로, 멍게 또는 조개가 펌핑을 중단하는 이벤트는 사이펀 구조 (야헬, 게시되지 않은 데이터)에 눈에 띄는 변화를 설명했다. 또한, 경우에 따라서는 tunicates 메쉬 분비 활성 펌핑 (즉, 더 여과가 진행되지 않는 경우) 유지할 수있다. 샘플링 레이트를 제어하는​​ 것은 중요하다. 이 점에서 VacuSIP이 연구 동물은 상대 금지되어 특히, 다른 방법보다 낫다엘리 작은 또는 천천히 펌프 때. 주사기 2를 제어 할 특히 어렵습니다. , NO 3 - -, NH 예를 들어, 페레 아 - Blazquéz 및 동료 (2012A) 40 NO 2 (여러 온대 스폰지 종에 의해 호기 물을 샘플링 주사기를 사용하고 놀라 울 정도로 특정 영양소의 섭취 / 배설의 일반적인 패턴을 찾을 수 없습니다 4 +, PO 4 3-, 그런가 4). 선명한 패턴의 부족 가능성으로 인해 주사기 사용으로 주변 물로 호기 샘플의 오염의 결과이다. 종속 영양 세균의 40 ± 14 %와 인 Synechococcus SP는 54 ± 18 % : 오염은 스폰지에 대한 페레 아 - Blázquez 및 동료 (2012b) (41)에 의해보고 된 피코 플랑크톤의 매우 낮은 보유 효율에서 분명하다. 비교를 위해 VacuSIP 뮬러 등을 사용. (2014) 21의 종속 영양 박테리아의 제거 효율을보고Siphonodictyon SP는 72 ± 15 %. 및 Cliona의 delitrix 87 ± 10 %. 샘플 품질을 확인하고 주변의 물을 더 오염이 발생되지 않도록하기 위해, 우리는 강하게 먼저 유동 세포 계측법을 사용하여 피코 및 나노 플랑크톤 샘플을 분석하는 것이 좋습니다. 이 빠르고, 안정적이며 저렴한 분석은 샘플 품질의 즉각적인 정보를 제공합니다. 여기에는 인 Synechococcus 특검팀 일부 먹이 분류군에 매우 일반적입니다. 스폰지와 멍게 90 %의 효율 14,42 가까이에서 제거합니다. 이 벤치 마크에서 상당한 편차 오염 (그림 8)가 발생했을 수 있습니다 것이 좋습니다. 안전하고 깨끗한 샘플링 들어 있는지 실험 디자인을 만족 칠 간단한 규칙을 만들 : (1) (속도 추정을 펌핑 포함) 예비 조사를 수행하고 잘 사업장를 준비; (2) 연구 동물을 알고 (3) 연구 표본은 잘 정의 된 excurrent 조리개 a를 가지고 있는지 확인차 액세스 할 수있는 위치를; (4) 연구 표본 전에 각 샘플 수집 후 펌핑되어 있는지 확인합니다; (5) 약간 excurrent 구멍 (그림 1) 내부의 호기 물 수집 튜브를 배치; (6)를 사용하는 샘플링 레이트 &lt;excurrent 유량의 10 %는 1 % 적극 권장되고; (7)의 품질 기준을 정의하고 의심 INEX 쌍을 생략합니다. 이러한 간단한 규칙에 따라, VacuSIP 시스템은 어떻게 액티브 서스펜션 모이 프로세스 미립자 측정 실용적이고 신뢰성있는 방법 및 주위에 다른 생태계 필터 피더의 기능적 역할을 평가하기 위해 사용할 수있는 정확하고 비교 평가 수 자연 조건에서 용해 된 화합물을 제공한다 세계.

저서 서스펜션 피더는 해양 생태계 (1)의 기능에 중요한 역할을한다. 물 2,3 대량 필터링함으로써, 그들은 제거하고 미립자 (플랑크톤과 암설) 및 (내부 및 참조) 용해 화합물 (1)을 배설 및 저서 - 원양 커플 링 4,5 영양 순환 6,7의 중요한 에이전트입니다. 정확하게 미립자 및 용해 화합물을 제거하고 (예 : 스폰지, 해초 강, 다모류 및 이매패 류 등) 저서 서스펜션 피더에 의해 배설을 측정하는 그들의 생리, 대사, 및 공급 생태를 이해하는 것이 필수적입니다. 함께 속도 측정을 펌핑하여, 또한 이러한 유기체 수질뿐 아니라 생태계 규모 과정에서 자신의 생태 영향에 의해 매개되는 영양소 플럭스의 정량화 할 수있다. 제거 및 생산 입자의 속도와 용해 닷컴을 측정하는 적절한 방법을 선택서스펜션 필터 피더에 의해 파운드는 먹이 활동 (8)에 관한 신뢰할 수있는 데이터를 얻기 위해 매우 중요하다. Riisgård 등 부적절한 방법 바이어스 결과가 지적한 바와 같이, 실험 조건을 왜곡 섭취와 특정 물질의 배설의 잘못된 추정을 생산,이 미생물에 의해 처리 된 영양 플럭스의 잘못된 정량화 될 수 있습니다. 두 가지 가장 자주 사용되는 방법은 배양 (간접 기술) 또는 주위의 동시 수집 및 호기 물 (직접 기술)를 포함하는 필터 피더의 입자 용해 영양 플럭스를 측정합니다. 배양 방법은 배양 물에 미립자의 농도로 용해 영양소의 변화율을 측정하고, 적절한 제어 8에 비해, 생산 제거 속도를 추정에 기초한다. 그러나, 배양 챔버에서 생물을 둘러싸는 자사의 feedin을 변경할 수 있습니다g 인해 및 / 또는 식품 농도, 또는 때문에 배설 배양 물 7,9의 화합물 (참고 문헌 내부)의 축적 산소의 감소로 인해 자연스러운 흐름 정권의 변화에 행동을 펌핑. 협착 및 변형 물 공급의 효과에 더하여, 배양 기술이 중요한 바이어스 재 여과 효과 (예 10 참조)로부터 유래한다. 이 방법론의 문제 중 일부가 배양 용기 (11)의 오른쪽 체적 형상을 사용하거나 반응계 12 재순환 벨자 시스템의 도입으로 극복되었지만,이 기술은 종종 분리 및 생산 속도를 과소. 이러한 용존 유기 질소 (DON)과 탄소 (DOC) 또는 무기 영양소로 용해 화합물의 신진 대사를 정량화, 배양 기술 (13)에 의해 발생하는 편견에 특히 발생하기 쉬운 것으로 입증되었습니다. 60 년대 후반과 70 년대 초반, 헨리 Reiswig에서9,14,15 별도로 현장에서 미생물에 의해 흡입과 호기 물을 샘플링하여, 거대한 카리브해 스폰지에 의해 입자 제거를 정량화하기 위해 직접 기술의 응용 프로그램을 개척했다. 작은 현탁액 공급기에보다 어려운 조건 중 Reiswig의 기술을 적용하는 어려움으로 인해,이 분야에 대한 연구의 대부분은 주로 간접 배양 기법을 이용한 16 (시험 관내) 실험실로 제한 하였다. 야헬와 동료들은 작은 규모의 환경에서 작업 할 현장 기술에 Reiswig의 직접적인을 튼튼. 그들의 방법은 INEX (16)라고, 방해받지 생물에 의해 (예) (에서) 흡입과 호기 물을 동시에 수중 샘플링을 기반으로합니다. 샘플 쌍 (INEX) 사이의 물질 (예를 들면, 박테리아)의 다양한 농도는 동물에 의한 물질의 보존 (또는 제조)의 측정치를 제공한다. INEX 기술은 개방형 튜브를 고용하고수동적으로 수집 튜브로 주변의 물을 대체 연구 유기체의 펌핑 활동에 의해 생성 된 excurrent 제트에 의존한다. 야헬 및 동료가 성공적으로 15 개 이상의 서로 다른 서스펜션의 연구에이 기술을 적용하고 있지만 분류군을 피더 (예를 들어, 17), 메소드가 일부 excurrent 오리피스의 소문자 크기에 의해, 필요한 연습과 경험의 높은 수준에 의해 제한되고,로 바다의 조건. 이러한 장애를 극복하기 위해, 우리는 예약 튜브를 통해 상기 샘플링 된 물 흡입 조절 (외경 &lt;1.6 mm)에 기초하여 대안적인 기술을 발전시켰다. 우리의 목표는 저서 서스펜션 피더의 excurrent 구멍으로 깨끗하고 아주 특정 지점에서 현장 물 샘플링 제어 허용 단순하고 안정적이며 저렴한 장치를 만드는 것이 었습니다. 효과적이기 위해서는, 상기 방법은 주위의 유동 체제 영향 또는 B를 수정하지 않도록 비 간섭이어야연구 된 생물의 ehavior. 여기에 제시된 장치 VacuSIP 불린다. 그것은 야헬 동부 등에 의해 개발 된 SIP 시스템의 단순화이다. 깊은 바다에서 ROV 기반 포인트 샘플링 (2007) 18. VacuSIP은 원래 SIP보다 훨씬 저렴하고는 스쿠버 기반 작업에 적용되고있다. 이 시스템은 실험실 설정에 대한 라이트와 스티븐스 (1978) 19 Møhlenberg 및 Riisgård (1978) (20)에 의해 제공되고 시험 원칙에 따라 설계되었습니다. VacuSIP 시스템 저서 현탁액 공급기의 대사 반응계의 연구를 위해 설계되었지만, 또한 실험 연구에 이용 될 수 있고, 제어 깨끗 포인트 소스 물 샘플 목적지가 요구된다. 현장 filtrations 또는 장기간 (최소 시간)에 걸쳐 통합이 필요한 경우 시스템이 특히 유용합니다. VacuSIP 2011 년 이후 야헬 실험실에서 성공적으로 사용하고, 또한이되었습니다카리브해와 지중해 스폰지 종 (21)에 의해 매개 영양 플럭스의 두 최근 연구에 사용 된 (Morganti 등. 제출). VacuSIP이 적용되는 특정 샘플러 장기간 샘플링 기간, 현장 조건의 사용은, 수집, 필터링하고 민감한 분석을위한 샘플을 저장하기위한 표준 프로토콜 해양 다소 차이를 수반한다. VacuSIP 시스템 또는 수집 후에 세균 활성에 의해 샘플링 물의 변형의 위험에 의한 오염의 위험을 줄이기 위해, 반응계 여과 및 저장 과정에서 각종 시험. 다른 여과 장치, 수집 용기 및 저장 절차 용존 무기 (PO 4 3-, NO X - NH 4 +, 그런가 4)의 분석에 가장 적합한 기술을 달성하기 위해 조사하고, 유기 (DOC + DON)를 화합물 및 초 플랑크톤 (&lt;1081; m) 및 입자상 유기 (POC + PON) 샘플링. 또, 특히 현장 조건 하에서, 오염의 위험을 최소화하기 위해, 처리 공정 수를 최소한으로 감소시켰다. 상기 방법은 제시되는 영상 포맷은 재현성을 용이하고 효율적으로하는 기술을 적용하는데 필요한 시간을 단축하도록 배향된다. 시스템 개요 2mm 작게 exhalant 오리피스와 서스펜션 피더에서 현장 펌핑 물 샘플, 각 시편의 펌핑 활동은 첫째 옆에 흡입 구멍 (들)과 excurrent 개구 (16)로부터의 흐름을 관찰에 형광 염색 해수를 여과 해제하여 가시화 (18 2B 그림도 참조). 연구 표본 (된 유입 및 excurrent)에 의해 흡입과 호기 물은 동시에 맞춤형 조작에 설치된 분 튜브의 한 쌍의 사용으로 또는 &quot;아칸소의 두에 샘플링거꾸로 유연한 휴대용 삼각대의 MS &quot;(그림 1 및 보충 비디오 1). 연구 유기체에 의해 흡입 물은 조심스럽게 내부 또는 연구 유기체의 흡입 구멍 근처에 하나 관의 기단부의 위치에 의해 수집된다. 동일한를 튜브는 다음 excurrent 구멍 안쪽에 위치한다.이 작업은 퇴적물 재 부유하여 예를 들어, 연락처 또는 동물의 방해를 피하기 위해 잘 관리해야합니다. 샘플링을 시작하려면, 다이버가 부착 된 주사기 바늘로 수집 용기에 격벽을 관통 샘플링 튜브를 통해 용기에 샘플링 된 물을 강제로 외부 수압 있도록 각각의 튜브의 말단부. 흡입 나란히 바이알에서 생성 된 진공에 의해 외부의 물과 배기 샘플 컨테이너의 압력 차에 의해 개시 . 호기의 물을 깨끗한 수집을 보장하고 AMBI의 실수로 흡입을 방지하기 위해엔트 물 (16)은 물 샘플링 레이트는 excurrent 유량보다 현저하게 낮은 비율 (&lt;10 %)로 유지 될 필요가있다. 흡입 속도는 상기 튜브의 길이와 내경 (ID)에 의해 제어된다. 작은 내경도 무시할 죽은 볼륨 (&lt;튜브의 미터 당 200 μL)을 보장한다. 장기간 (시간 분)에 걸쳐 샘플링이 가능 관심의 대부분 물질의 고유 patchiness를 통합 할 수 있습니다. 샘플을 적절하게 실험실로 운송뿐만 아니라 장시간 수중 샘플링 세션에서 유지되는 것을 보장하기 위해 현장 여과에 민감한 분석하는 것이 좋습니다. 샘플링 용기, 여과 어셈블리 및 튜브의 선택은 연구 생물 및 특정 연구 문제에 의해 결정된다. 아래에서 설명하는 프로토콜은 전체 신진 대사 프로필 (개요는 그림 2 참조) 관심이 있다고 가정합니다. 그러나, 프로토콜의 모듈 특성은 F 허용또는 쉽게 수정은 단순 또는 매우 다른 샘플링 방식을 수용한다. 전체 대사 프로파일 샘플링 프로토콜은 다음 단계를 포함한다 : (1) 유동 가시화하는 단계; (2) 샘플링 초 플랑크톤의 먹이 (플랑크톤 &lt;10 μm의); (3) (인라인 필터를 사용하여) 무기 영양소의 흡수와 배설을 샘플링; (4) 샘플링 유기 흡수와 배설을 용해 (인라인 필터를 사용) (5) 미립자 공급 및 배설 (인라인 필터를 사용) (6) 2 단계를 반복합니다 (품질 검사 등 매우 플랑크톤 먹이); (7) 시각화 흐름. 논리적으로 가능한, 그 대사 프로파일 측정 속도 펌프와 결합되는 것이되는 경우 (예를 들면, 염료 프론트 속도에있어서, 16)뿐만 아니라, 호흡 측정과. 이러한 측정은 최고의 샘플링 세션의 시작과 끝에서 수행된다. 호흡 측정, 수중 optodes 또는 마이크로 전극이 바람직하다.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1096">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:280px;">GorillaPod, Original</td>
			<td style="width:191px;">Joby</td>
			<td style="width:167px;">GP000001</td>
			<td style="width:459px;">flexible portable tripod&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Flangeless Ferrule</td>
			<td>IDEX Health &#38; Science&#160;</td>
			<td>P-200X</td>
			<td>1/16&#34; in Blue/pk</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Male Nut</td>
			<td>IDEX Health &#38; Science&#160;</td>
			<td>P-205X&#160;</td>
			<td>1/16&#34; in Green/10pk</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Female to Female Luer</td>
			<td>IDEX Health &#38; Science&#160;</td>
			<td>P-658</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Female-Male Luer</td>
			<td>IDEX Health &#38; Science&#160;</td>
			<td>P-655</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Peek Tubing (250&#181;m ID)</td>
			<td>IDEX Health &#38; Science&#160;</td>
			<td>1531</td>
			<td>1/16&#34; OD x 0.01in ID x 5ft lenght. Alternative ID can be used</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Two component resin epoxy</td>
			<td>IVEGOR</td>
			<td>9257</td>
			<td>Mix well the two component resin before use</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">(TOC) EPA VIALS</td>
			<td>Cole -Parmer&#160;</td>
			<td>03756-20</td>
			<td>40 ml glass vials. Manifactured also by Thomas Scientific (ref. number 9711F09)&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">HDPE VIALS</td>
			<td>Wheaton</td>
			<td>986701 (E78620)</td>
			<td>20 ml high-density polyethylene vials</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Vacuette Z no additive</td>
			<td>Greiner bio-one</td>
			<td>455001</td>
			<td>pre-vacuum by the manufacturer&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Septum Sample Bottles</td>
			<td>Thomas Scientific</td>
			<td>1755C01</td>
			<td>250 ml glass bottles&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Septum Cap 1</td>
			<td>Wheaton</td>
			<td>W240844SP (E7865R)</td>
			<td>22-400 for HDPE vials&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Septum Cap 2&#160;</td>
			<td>Wheaton</td>
			<td>W240846 (1078-5553)</td>
			<td>24-400 for glass vials and bottles. Also manufactured by Thermo Scientific National (ref. 03-377-42)</td>
		</tr>
		<tr height="18">
			<td height="18" style="height:19px;">In-line stainless steel Swinney Filter holders</td>
			<td>Pall&#160;</td>
			<td>516-9067</td>
			<td>13mm of diameter</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PTFE Seal Washer</td>
			<td>Pall&#160;</td>
			<td>516-8064</td>
			<td>ring for stainless steel filter holders</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">TCLP Glass Filters</td>
			<td>Pall&#160;</td>
			<td>516-9126</td>
			<td>binder-free glass fiber filters, 13mm of diameter,&#160; pore size 0.7&#181;m</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Polycarbonate Filter Holders&#160;</td>
			<td>Cole -Parmer&#160;</td>
			<td>17295</td>
			<td>13mm of diameter</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Isopore Membrane Filters</td>
			<td>Millipore</td>
			<td>GTTP01300</td>
			<td>13mm of diameter, pore size 0.2 &#181;m&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Contrad 2000 Solution&#160;</td>
			<td>Decon Labs</td>
			<td>E123FH</td>
			<td>highly soluble basic mix of anionic and non-ionic surfactant solution&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sterile Syringe Filters</td>
			<td>VWR International Eurolab S.L.</td>
			<td>514-0061P</td>
			<td>25mm of diameter , pore size 0.2 &#181;m&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Fluorescein</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>(old ref.28802) 46955-100G&#160;</td>
			<td>100g&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Holdex, disposable,sterile</td>
			<td>Greiner bio-one</td>
			<td>450263</td>
			<td>sterile, single-use tube holder with off-center luer for Vacuette</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sterile Needles</td>
			<td>IcoGammaPlus</td>
			<td>5160</td>
			<td>0.7mm x 30mm</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Cryovials Nalgene</td>
			<td>Nalgene</td>
			<td>V5007(Cat. No.5000-0020)</td>
			<td>2ml&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Cryobox carton&#160;</td>
			<td>Rubilabor</td>
			<td>M-600</td>
			<td>145x145x55mm p/microtube 1.5 ml</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Orthophosphoric Acid</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>79617</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Paraformaldehyde</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>P6148</td>
			<td>500g</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Glutaraldehyde</td>
			<td>Merck</td>
			<td>8,206,031,000</td>
			<td>25%, 1 L</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Hand Vacuum Pump&#160;</td>
			<td>B&#252;rkle&#160;</td>
			<td>5620-2181</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

vacusip, an improved inex method for in situ measurement of particulate and dissolved compounds processed by active suspension feeders

Benthic suspension feeders play essential roles in the functioning of marine ecosystems. By filtering large volumes of water, removing plankton and detritus, and excreting particulate and dissolved compounds, they serve as important agents for benthic-pelagic coupling. Accurately measuring the compounds removed and excreted by suspension feeders (such as sponges, ascidians, polychaetes, bivalves) is crucial for the study of their physiology, metabolism, and feeding ecology, and is fundamental to determine the ecological relevance of the nutrient fluxes mediated by these organisms. However, the assessment of the rate by which suspension feeders process particulate and dissolved compounds in nature is restricted by the limitations of the currently available methodologies. Our goal was to develop a simple, reliable, and non-intrusive method that would allow clean and controlled water sampling from a specific point, such as the excurrent aperture of benthic suspension feeders, in situ. Our method allows simultaneous sampling of inhaled and exhaled water of the studied organism by using minute tubes installed on a custom-built manipulator device and carefully positioned inside the exhalant orifice of the sampled organism. Piercing a septum on the collecting vessel with a syringe needle attached to the distal end of each tube allows the external pressure to slowly force the sampled water into the vessel through the sampling tube. The slow and controlled sampling rate allows integrating the inherent patchiness in the water while ensuring contamination free sampling. We provide recommendations for the most suitable filtering devices, collection vessel, and storing procedures for the analyses of different particulate and dissolved compounds. The VacuSIP system offers a reliable method for the quantification of undisturbed suspension feeder metabolism in natural conditions that is cheap and easy to learn and apply to assess the physiology and functional role of filter feeders in different ecosystems.

해수 수집 방법의 최적화 컬렉터 튜브 및 청소 절차의 선택 VacuSIP 호환 수집 용기 샘플링 주사기 바늘 관통에 의해 개시 될 수있는 격벽을 가져야한다. 그들은 높은 수중 압력 (수심 작업 일반적인 스쿠버에서 2-3 바)를 견딜 수 있어야하며 진공을 유지해야한다. 대부분 (전부는 아니지만 브랜드) 휘발성 유기물의 분석을 위해 EPA의 승인을 유리 병의 이러한 기준을 충족. DOC와 DON 분석을 위해 승인 된 사전 청소 유리 병도 사용할 수 있습니다. 수집 및 분석 영양 및 청소 절차를 최적화하는 이러한 병의 적합성을 테스트하기 위해, 높은 품질의 증류수가 산 청소 폴리 프로필렌 튜브 (PP 튜브)에 수집, 새롭게에서 구입CID 세정 고밀도 폴리에틸렌 바이알 (HDPE 튜브) 및 EPA 유리 바이알에서 모든 폴리 테트라 플루오로 에틸렌 (PFTE) 격막 캡이 장착. 위의 섹션 1.5.2에 설명 된 HDPE 튜브 및 폴리 프로필렌 튜브 세정하였고, EPA 유리 튜브는 제조자에 의해 세정 하였다. EPA 유리 바이알에 위치한 NH 4 +의 양이 상대적으로 적었다 (≤ 0.1 μmol의 L-1)과 높은 품질 증류수 표준 품질에 의존한다. 대조적으로, NH 4 + 농도가 크게 (각각 3, 7 배, 최대) 증가와 높은 ANOVA F (산 세정 폴리에틸렌 파이프에 고밀도 폴리에틸렌 튜브에서 변동성 (5,53) = 7.183, P를 나타내었다 &lt; 0.001, 그림 3). 암모늄 분석에 실리콘 격막 높은 품질의 이중 증류수 접촉의 효과가 없었다. 비교 청소 / 재활용 유리 병에 비해 새로운 유리 병의를 EPA 유리 병이 한 번 이상 영양 분석을 위해 활용 될 수 있는지 여부를 테스트하기 위해, NO X -, PO 4 3-, 및 NH 새로운 EPA 유리 바이알에서 수집 된 해수 시료 농도 4 + EPA 사용 유리 바이알에 수거와 비교 하였다. (1.5.2) 전술 한 바와 같이 재활용 유리 바이알 세정 동안 새로운 EPA 유리 바이알, 제조자가 미리 세척 하였다. 재활용 된 바이알은 새로운 유리 바이알에 위치한 레벨 1.5 배까지, 상당히 높은 NH 4 +의 농도는 (t 시험, p &lt;0.001, N = 5). 유의 한 차이는 NO X를 찾을 수 없습니다 - 새로운 유리에 수집 된 재활용 유리 병에서 수집 한 샘플과 시료 사이의 PO 4 3- 콘텐츠유리 병 (그림 4). 규산 수집 및 저장 프로 시저 실리케이트의 분석을위한 최고의 샘플링 용기를 확인하기 위해 고품질의 이중 증류수 비 세정, 산 세정 고밀도 폴리에틸렌 튜브에서 산 세정 폴리에틸렌 파이프 (PP 튜브)에서 (HDPE 바이알)에서 수집되었고 EPA 유리 병입니다. 예상 농도에서 이탈 값이 오염 간주되었다 있도록 예상되는 규산 농도는 제로에 가까웠다. 실리케이트 농도는 크게 산 세정 HDPE 튜브 최저 그런가 4 농도를 보여주는 다른 튜브 (ANOVA, F (3,19) = 210.047, p &lt;0.001)에서 수집 한 샘플 간의 차이. 붕규산 유리 바이알 최종 농도 4 그런가 7 μmol까지 증가에 의해, 샘플을 오염L-1 (그림 5). 용존 유기물 (DOM) 및 영양 분석 여과 장치의 선정 필터 장치가 용해 된 유기 (DOC와 DON) 및 무기 영양소의 분석에서 가장 낮은 빈 생산 확인하려면 - 스테인레스 스틸 필터 홀더는 폴리 카보네이트에 비교 하였다 (NO X, NH 4 +, PO 4 3-), Swinney 온라인에서 필터 홀더. 각 필터 홀더 형으로 우리는 폴리 카보네이트 막 및 사전 연소 유리 섬유 필터를 모두 테스트했다. 폴리 카보네이트 막을 구비 카보네이트 Swinney 필터 홀더 명확 9 배까지로 샘플을 오염 반면 스테인레스 스틸 필터 홀더 및 연소 유리 섬유 필터의 조합은 가장 낮은 블랭크를 제공 하였다. 세척 볼륨을 높이면했다<html> 이 문제 (그림 6) 해결되지. <img alt="그림 3" src="/files/ftp_upload/54221/54221fig3.jpg" /> 다른 병으로 수집 그림 3. 암모늄 농도 (μmol의 L -1, 평균 ±의 SD) : (1) 관리법 HDPE 유리 병; (2) 청소 HDPE 유리 병을; (3) 청소 HDPE 유리 병 + 파라 필름; (4) EPA 유리 병; (5) EPA 유리 병 + 파라 필름; (6) PP 튜브 청소. 파라 필름은 실리콘 격막 물 샘플을 오염시킬 수 있는지 여부를 테스트 위치시켰다. 각각의 치료를 위해 고품질의 이중 증류수 9 샘플을 분석 하였다. 샘플은 신선한 분석 하였다. 유의 한 차이가 네 개의 샘플링 용기 (ANOVA, F (5,53) = 7.183, P &lt;0.001, 전원 테스트 = 0.992) 사이에서 발견되었다. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54221/54221fig3large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <html> 1 &quot;&gt; :&quot;유지 - together.within 페이지 = FO &quot;ve_content <img alt="그림 4" src="/files/ftp_upload/54221/54221fig4.jpg" /> , 새로운 (어두운)에서 수집 및 재활용 해수 시료의 인산 (PO 4 3-) 농도 (μmol의 L -1, 평균 ±의 SD) / 정리 - (NH 4 +), 아질산염 + 질산염 (NOx를) 그림 4. 암모늄 (흰색) EPA 유리 병. 해수가 해양 과학 연구소의 실험 수족관​​ 영역에서 수집하고, 스테인레스 스틸 필터 홀더와 유리 필터로 여과 하였다. 물 샘플은 신선한 분석 하였다. 별표 (*)의 차이가 중요한 것이 (t 테스트, P &lt;0.001, N = 5, 전원 테스트 = 1)을 나타냅니다. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54221/54221fig4large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> .JPG &quot;/&gt; 그림 5. 규산 농도 (μmol의 L -1, 평균 ±의 SD) 산 세척 PP 관, PP 관, 산 세척 HDPE 튜브, 새로운 EPA 유리 병 : 높은 품질의 증류수는 다른 유리 병에 수집. 유의 한 차이는 네 개의 샘플러 재료 사이에 발견 (ANOVA, F (3,19) = 210.047, p &lt;0.001, 전원 테스트 = 1). <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54221/54221fig5large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img alt="그림 6" src="/files/ftp_upload/54221/54221fig6.jpg" /> 그림 6. 다른 여과 어셈블리의 효과를 검토 및 아질산염 + 질산염에 볼륨을 씻어 (NO X - μmol의 L-1). NO X의 샘플 - (SS F 스테인리스로 해수 샘플을 여과하여 수득 하였다ilter 홀더) 폴리 카보네이트 - 라인 카보네이트 막 (PC 필터) 또는 예비 연소 유리 섬유 필터를 하나 구비 Swinney 필터 홀더 (PC 필터 홀더). PC의 필터 5 % HCl 고품질 증​​류수 상이한 볼륨 (10, 30, 60, 90, 120 mL)를 상기 필터 조립체를 세정에 사용 된, 세척 부피 도면 범례에서 괄호에 주어진다. 값은 평균 ± 표준 편차를 표현 (N = 5). 해수는 해양 과학 연구소의 실험 수족관 영역에서 수집하고, 샘플을 여과 후 신선한 분석 하였다. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54221/54221fig6large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img alt="그림 7" src="/files/ftp_upload/54221/54221fig7.jpg" /> 그림 실험 결과 7. 예 : 흡입 (IN, 블랙Chondrosia는 지중해에서 레니 포르 미스 스폰지에 의해 처리 다른 물질의 원) 및 (EX, 빨간색 삼각형) 쌍 호기 물 시료 농도 (μmol의 L-1) : (A) 암모늄 (NH 4 +); (B) + 아질산, 질산 (질소 산화물 -); (C) 포스페이트 (PO4 3-); (D) 규산 (그런가 4); (E)에 용해하고 유기 탄소 (DOC); 유기 질소 (DON)에 용해 (F); (G) 플랑크톤 유기 탄소 (LPOC); (H) 플랑크톤 유기 질소 (LPON). <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54221/54221fig7large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img alt="그림 8" src="/files/ftp_upload/54221/54221fig8.jpg" /> 도 8 흐름도의 예 cytom(A, B, C, D) 식물 플랑크톤 집단; 흡입 물에서 도출 한 쌍의 물 샘플 etry 분석 (A는, C, E, G) 및 호기 (B는 D는 F, H)이 스폰지는 Chondrosia는 레니 포르 미스 (E, F, G, H) 종속 영양 세균. AB와 EF에서 샘플링 (모든 플랑크톤 그룹이 효율적으로 유지했다) 깨끗하고 정확했다. CD와 GH는 모든 플랑크톤 그룹의 낮은 제거를 보여주는 호기 수질 오염의 예입니다. 가 SYN :. 인 Synechococcus 특검팀, 피코 : 독립 영양 picoeukariotes, 나노 : 독립 영양 nanoeukaryotes, 높은 : 높은 DNA 함량 종속 영양 박테리아, 낮은 :. 낮은 DNA 함량 종속 영양 세균 <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54221/54221fig8large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> 보충 Figur조개 Chama의 파시 피카로 다른 플랑크톤의 먹이 전자 1. 셀 보유 효율 : Prochlorococcus 특검팀. (프로), 인 Synechococcus 특검팀. (동기 유휴), 피코 진핵 생물 (피코 EUK), 나노 진핵 생물 (나노 EUK). 오차 막대 = 95 % CI. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54221/Supplementary_Figure_1.png" target="_blank">이 파일을 다운로드하려면 여기를 클릭하십시오.</a> 보충 비디오 1. 샘플링 호기 물 시료 흡입 녹색과 노란색 사용되는 색상 코드와 맞춤형 조작을 사용하여 멍게 Polycarpa의 mytiligera. 샘플링 튜브 (PEEK, ID 54 μm의, 75cm 길이)을주의 깊게 멍게의 exhalant 및 흡입 사이펀에 배치됩니다. 물은 이하의 속도로 진공 튜브로 유입된다 ~ 1 mL의 분 -1. 이 데모에서는 형광 염료는 exhalant 제트를 시각화하는 데 사용됩니다. exha​​lant 샘플링 튜브가 잘 위스콘신 배치되어 있습니다얇은 exhalant 제트. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54221/Supplementary_Video.MP4" target="_blank">이 파일을 다운로드하려면 여기를 클릭하십시오.</a>

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VacuSIP, an Improved InEx Method for In Situ Measurement of Particulate and Dissolved Compounds Processed by Active Suspension Feeders

We introduce the VacuSIP, a simple, non-intrusive, and reliable method for clean and accurate point sampling of water. The system was developed and evaluated for the simultaneous collection of the water inhaled and exhaled by benthic suspension feeders in situ, to cleanly measure removal and excretion of particulate and dissolved compounds.

VacuSIP, 개선 INEX 방법에 대한<em&gt; 현장에서</em&gt; 미립자의 측정 및 용존 화합물은 액티브 서스펜션 피더에 의해 처리

Benthic suspension feeders play essential roles in the functioning of marine ecosystems. By filtering large volumes of water, removing plankton and ...

vacusip-an-improved-inex-method-for-situ-measurement-particulate

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Environment

VacuSIP, an Improved InEx Method for In Situ Measurement of Particulate and Dissolved Compounds Processed by Active Suspension Feeders

10.8K 조회수.  Centre d’Estudis Avançats de Blanes (CEAB-CSIC). We introduce the VacuSIP, a simple, non-intrusive, and reliable method for clean and accurate point sampling of water. The system was developed and evaluated for the simultaneous collection of the water inhaled and exhaled by benthic suspension feeders in situ, to cleanly measure removal and excretion of particulate and dissolved compounds.

비디오: VacuSIP, an Improved InEx Method for In Situ Measurement of Particulate and Dissolved Compounds Processed by Active Suspension Feeders

A Noninvasive Method For In situ Determination of Mating Success in Female American Lobsters (Homarus americanus)

Despite being one of the most productive fisheries in the Northwest Atlantic, much remains unknown about the natural reproductive dynamics of American lobsters. Recent work in exploited crustacean populations (crabs and lobsters) suggests that there are circumstances where mature females are unable to achieve their full reproductive potential due to sperm limitation. To examine this possibility in different regions of the American lobster fishery, a reliable and noninvasive method was developed for sampling large numbers of female lobsters at sea. This method involves inserting a blunt-tipped needle into the female&#39;s seminal receptacle to determine the presence or absence of a sperm plug and to withdraw a sample that can be examined for the presence of sperm. A series of control studies were conducted at the dock and in the laboratory to test the reliability of this technique. These efforts entailed sampling 294 female lobsters to confirm that the presence of a sperm plug was a reliable indicator of sperm within the receptacle and thus, mating. This paper details the methodology and the results obtained from a subset of the total females sampled. Of the 230 female lobsters sampled from George&#39;s Bank and Cape Ann, MA (size range = 71-145 mm in carapace length), 90.3% were positive for sperm. Potential explanations for the absence of sperm in some females include: immaturity (lack of physiological maturity), breakdown of the sperm plug after being used to fertilize a clutch of eggs, and lack of mating activity. The surveys indicate that this technique for examining the mating success of female lobsters is a reliable proxy that can be used in the field to document reproductive activity in natural populations.

A Noninvasive Method For In situ Determination of Mating Success in Female American Lobsters Homarus americanus

Fishery-induced changes to exploited crustacean fisheries, such as the American lobster fishery, could potentially influence their reproductive dynamics, leading to a reduction in mating success. This study&#39;s goal was to develop a noninvasive method for ascertaining the mating success of female lobsters that may be physiologically or functionally mature.

에 대한 비 침습적 방법<em&gt; 현장에서</em&gt; 여성 미국의 바닷가에 연결 성공 (의 결정<em&gt; Homarus의 americanus</em&gt;)

Despite being one of the most productive fisheries in the Northwest Atlantic, much remains unknown about the natural reproductive dynamics of American ...

연구

환경과학

EPA Method 1615. Measurement of Enterovirus and Norovirus Occurrence in Water by Culture and RT-qPCR. I. Collection of Virus Samples

EPA Method 1615 was developed with a goal of providing a standard method for measuring enteroviruses and noroviruses in environmental and drinking waters. The standardized sampling component of the method concentrates viruses that may be present in water by passage of a minimum specified volume of water through an electropositive cartridge filter. The minimum specified volumes for surface and finished/ground water are 300 L and 1,500 L, respectively. A major method limitation is the tendency for the filters to clog before meeting the sample volume requirement. Studies using two different, but equivalent, cartridge filter options showed that filter clogging was a problem with 10% of the samples with one of the filter types compared to 6% with the other filter type. Clogging tends to increase with turbidity, but cannot be predicted based on turbidity measurements only. From a cost standpoint one of the filter options is preferable over the other, but the water quality and experience with the water system to be sampled should be taken into consideration in making filter selections.

EPA Method 1615 uses an electropositive filter to concentrate enteroviruses and noroviruses in environmental and drinking waters. This manuscript describes the procedure for collecting samples for Method 1615 analyses.

엔테로 바이러스 및 문화 RT-qPCR에 의해 물에서 노로 바이러스의 발생의 EPA 방법 1615 측정. 바이러스 샘플의 I. 컬렉션

EPA Method 1615 was developed with a goal of providing a standard method for measuring enteroviruses and noroviruses in environmental and drinking waters. ...

EPA Method 1615. Measurement of Enterovirus and Norovirus Occurrence in Water by Culture and RT-qPCR. II. Total Culturable Virus Assay

A standardized method is required when national studies on virus occurrence in environmental and drinking waters utilize multiple analytical laboratories. The U.S Environmental Protection Agency&#8217;s (USEPA) Method 1615 was developed with the goal of providing such a standard for measuring Enterovirus and Norovirus in these waters. Virus is concentrated from water using an electropositive filter, eluted from the filter surface with beef extract, and then concentrated further using organic flocculation. Herein we present the protocol from Method 1615 for filter elution, secondary concentration, and measurement of total culturable viruses. A portion of the concentrated eluate from each sample is inoculated onto ten replicate flasks of Buffalo Green Monkey kidney cells. The number of flasks demonstrating cytopathic effects is used to quantify the most probable number (MPN) of infectious units per liter. The method uses a number of quality controls to increase data quality and to reduce interlaboratory and intralaboratory variation. Laboratories must meet defined performance standards. Method 1615 was evaluated by examining virus recovery from reagent-grade and ground waters seeded with Sabin poliovirus type 3. Mean poliovirus recoveries with the total culturable assay were 111% in reagent grade water and 58% in groundwaters.

Here we present a procedure to measure total culturable viruses using the Buffalo Green Monkey kidney cell line. The procedure provides a standardized tool for measuring the occurrence of infectious viruses in environmental and drinking waters.

엔테로 바이러스 및 문화 RT-qPCR에 의해 물에서 노로 바이러스의 발생의 EPA 방법 1615 측정. II. 총 배양 가능한 바이러스 분석

A standardized method is required when national studies on virus occurrence in environmental and drinking waters utilize multiple analytical laboratories. ...

EPA Method 1615. Measurement of Enterovirus and Norovirus Occurrence in Water by Culture and RT-qPCR. Part III. Virus Detection by RT-qPCR

EPA Method 1615 measures enteroviruses and noroviruses present in environmental and drinking waters. This method was developed with the goal of having a standardized method for use in multiple analytical laboratories during monitoring period 3 of the Unregulated Contaminant Monitoring Rule. Herein we present the protocol for extraction of viral ribonucleic acid (RNA) from water sample concentrates and for quantitatively measuring enterovirus and norovirus concentrations using reverse transcription-quantitative PCR (RT-qPCR). Virus concentrations for the molecular assay are calculated in terms of genomic copies of viral RNA per liter based upon a standard curve. The method uses a number of quality controls to increase data quality and to reduce interlaboratory and intralaboratory variation. The method has been evaluated by examining virus recovery from ground and reagent grade waters seeded with poliovirus type 3 and murine norovirus as a surrogate for human noroviruses. Mean poliovirus recoveries were 20% in groundwaters and 44% in reagent grade water. Mean murine norovirus recoveries with the RT-qPCR assay were 30% in groundwaters and 4% in reagent grade water.

Here we present a procedure to quantify enterovirus and norovirus in environmental and drinking waters using reverse transcription-quantitative PCR. Mean virus recovery from groundwater with this standardized procedure from EPA Method 1615 was 20% for poliovirus and 30% for murine norovirus.

엔테로 바이러스 및 문화와 RT-qPCR에 의해 물에서 노로 바이러스의 발생의 EPA 방법 1615 측정. 파트 III. RT-qPCR에 의한 바이러스 검출

EPA Method 1615 measures enteroviruses and noroviruses present in environmental and drinking waters. This method was developed with the goal of having a ...

Spotting Cheetahs: Identifying Individuals by Their Footprints

The cheetah (Acinonyx jubatus) is Africa's most endangered large felid and listed as Vulnerable with a declining population trend by the IUCN1. It ranges widely over sub-Saharan Africa and in parts of the Middle East. Cheetah conservationists face two major challenges, conflict with landowners over the killing of domestic livestock, and concern over range contraction. Understanding of the latter remains particularly poor2. Namibia is believed to support the largest number of cheetahs of any range country, around 30%, but estimates range from 2,9053 to 13,5204. The disparity is likely a result of the different techniques used in monitoring.
Current techniques, including invasive tagging with VHF or satellite/GPS collars, can be costly and unreliable. The footprint identification technique5 is a new tool accessible to both field scientists and also citizens with smartphones, who could potentially augment data collection. The footprint identification technique analyzes digital images of footprints captured according to a standardized protocol. Images are optimized and measured in data visualization software. Measurements of distances, angles, and areas of the footprint images are analyzed using a robust cross-validated pairwise discriminant analysis based on a customized model. The final output is in the form of a Ward's cluster dendrogram. A user-friendly graphic user interface (GUI) allows the user immediate access and clear interpretation of classification results.
The footprint identification technique algorithms are species specific because each species has a unique anatomy. The technique runs in a data visualization software, using its own scripting language (jsl) that can be customized for the footprint anatomy of any species. An initial classification algorithm is built from a training database of footprints from that species, collected from individuals of known identity. An algorithm derived from a cheetah of known identity is then able to classify free-ranging cheetahs of unknown identity. The footprint identification technique predicts individual cheetah identity with an accuracy of &gt;90%.

The cheetah (Acinonyx jubatus) is an iconic, endangered species, but conservation efforts are challenged by habitat shrinkage and conflict with commercial farmers. The footprint identification technique, a robust, accurate and cost-effective image classification system, is a new approach to monitoring cheetahs.

그들의 발자국으로 확인 개인 : 치타를 구경하기

The cheetah (Acinonyx jubatus) is Africa's most endangered large felid and listed as Vulnerable with a declining population trend by the IUCN1. It ranges ...

The Benthic Exchange of O2, N2 and Dissolved Nutrients Using Small Core Incubations

The measurement of sediment-water exchange of gases and solutes in aquatic sediments provides data valuable for understanding the role of sediments in nutrient and gas cycles. After cores with intact sediment-water interfaces are collected, they are submerged in incubation tanks and kept under aerobic conditions at in situ temperatures. To initiate a time course of overlying water chemistry, cores are sealed without bubbles using a top cap with a suspended stirrer. Time courses of 4-7 sample points are used to determine the rate of sediment water exchange. Artificial illumination simulates day-time conditions for shallow photosynthetic sediments, and in conjunction with dark incubations can provide net exchanges on a daily basis. The net measurement of N2 is made possible by sampling a time course of dissolved gas concentrations, with high precision mass spectrometric analysis of N2:Ar ratios providing a means to measure N2 concentrations. We have successfully applied this approach to lakes, reservoirs, estuaries, wetlands and storm water ponds, and with care, this approach provides valuable information on biogeochemical balances in aquatic ecosystems.

The Benthic Exchange of O2, N2 and Dissolved Nutrients Using Small Core Incubations

Here, we present small core incubations for the measurement of sediment-water gas and solute exchange. These will provide reliable measurements of sediment-water exchange that assess the role of sediment in influencing biological and biogeochemical processes in aquatic ecosystems.

O의 저서 교환<sub&gt; 2</sub&gt;, N<sub&gt; 2</sub작은 코어 항온 사용&gt;와 용존 영양소

The measurement of sediment-water exchange of gases and solutes in aquatic sediments provides data valuable for understanding the role of sediments in ...

A Simple Approach to Manipulate Dissolved Oxygen for Animal Behavior Observations

The ability to manipulate dissolved oxygen (DO) in a laboratory setting has significant application to investigate a number of ecological and organismal behavior questions. The protocol described here provides a simple, reproducible, and controlled method to manipulate DO to study behavioral response in aquatic organisms resulting from hypoxic and anoxic conditions. While performing degasification of water with nitrogen is commonly used in laboratory settings, no explicit method for ecological (aquatic) application exists in the literature, and this protocol is the first to describe a protocol to degasify water to observe organismal response. This technique and protocol were developed for direct application for aquatic macroinvertebrates; however, small fish, amphibians, and other aquatic vertebrates could be easily substituted. It allows for easy manipulation of DO levels ranging from 2 mg/L to 11 mg/L with stability for up to a 5 min animal-observation period. Beyond a 5 min observation period water temperatures began to rise, and at 10 min DO levels became too unstable to maintain. The protocol is scalable to the study organism, reproducible, and reliable, allowing for rapid implementation into introductory teaching labs and high-level research applications. The expected results of this technique should relate dissolved oxygen changes to behavioral responses of organisms.

This article describes a simple and reproducible protocol to manipulate dissolved oxygen conditions in a laboratory setting for animal behavior studies. This protocol may be used in both teaching and research laboratory settings to evaluate organismal response of macroinvertebrates, fishes, or amphibians to changes in dissolved oxygen concentration.

간단한 접근 방식은 동물 행동 관찰을위한 용존 산소를 조작하는

The ability to manipulate dissolved oxygen (DO) in a laboratory setting has significant application to investigate a number of ecological and organismal ...

Understanding Dissolved Organic Matter Biogeochemistry Through In Situ Nutrient Manipulations in Stream Ecosystems

Dissolved organic matter (DOM) is a highly diverse mixture of molecules providing one of the largest sources of energy and nutrients to stream ecosystems. Yet the in situ study of DOM is difficult as the molecular complexity of the DOM pool cannot be easily reproduced for experimental purposes. Nutrient additions to streams however, have been shown to repeatedly alter the in situ and ambient DOM pool. Here we demonstrate an easily replicable field-based method for manipulating the ambient pool of DOM at the ecosystem scale. During nutrient pulse experiments changes in the concentration of both dissolved organic carbon and dissolved organic nitrogen can be examined across a wide-range of nutrient concentrations. This method allows researchers to examine the controls on the DOM pool and make inferences regarding the role and function that certain fractions of the DOM pool play within ecosystems. We advocate the use of this method as a technique to help develop a deeper understanding of DOM biogeochemistry and how it interacts with nutrients. With further development this method may help elucidate the dynamics of DOM in other ecosystems.

Understanding Dissolved Organic Matter Biogeochemistry Through In Situ Nutrient Manipulations in Stream Ecosystems

Dissolved organic matter provides an important source of energy and nutrients to stream ecosystems. Here we demonstrate a field-based method to manipulate the ambient pool of dissolved organic matter in situ through easily replicable nutrient pulses.

을 통해 유기 물질 생지 화학을 용해의 이해<em&gt; 현장에서</em&gt; 스트림 생태계에서 영양소 조작을

Dissolved organic matter (DOM) is a highly diverse mixture of molecules providing one of the largest sources of energy and nutrients to stream ecosystems. ...

Production and Measurement of Organic Particulate Matter in a Flow Tube Reactor

Organic particulate matter (PM) is increasingly recognized as important to the Earth's climate system as well as public health in urban regions, and the production of synthetic PM for laboratory studies have become a widespread necessity. Herein, experimental protocols demonstrate approaches to produce aerosolized organic PM by &#945;-pinene ozonolysis in a flow tube reactor. Methods are described for measuring the size distributions and morphology of the aerosol particles. The video demonstrates basic operations of the flow tube reactor and related instrumentation. The first part of the video shows the procedure for preparing gas-phase reactants, ozonolysis, and production of organic PM. The second part of the video shows the procedures for determining the properties of the produced particle population. The particle number-diameter distributions show different stages of particle growth, namely condensation, coagulation, or a combination of both, depending on reaction conditions. The particle morphology is characterized by an aerosol particle mass analyzer (APM) and a scanning electron microscope (SEM). The results confirm the existence of non-spherical particles that have grown from coagulation for specific reaction conditions. The experimental results also indicate that the flow tube reactor can be used to study the physical and chemical properties of organic PM for relatively high concentrations and short time frames.

This paper describes the operation procedure for the flow tube reactor and related data collection. It shows the protocols for setting the experiments, recording data and generating the number-diameter distribution as well as the particle mass information, which gives useful information about chemical and physical properties of the organic aerosols.

생산 및 흐름 튜브 반응 기에서 유기 미 립 자 물질의 측정

Organic particulate matter (PM) is increasingly recognized as important to the Earth's climate system as well as public health in urban regions, and the ...

Production and Measurement of Organic Particulate Matter in the Harvard Environmental Chamber

The production and the evolution of atmospheric organic particulate matter (PM) are insufficiently understood for accurate simulations of atmospheric chemistry and climate. The complex production mechanisms and reaction pathways make this a challenging research topic. To address these issues, an environmental chamber, providing enough residence time and close-to-ambient concentrations of precursors for secondary organic materials, is needed. The Harvard Environmental Chamber (HEC) was built to serve this need, simulating the production of gas and particle phase species from volatile organic compounds (VOCs). The HEC has a volume of 4.7 m3 and a mean residence time of 3.4 h under typical operating conditions. It is operated as a completely mixed flow reactor (CMFR), providing the possibility of indefinite steady-state operation across days for sample collection and data analysis. The operation procedures are described in detail in this article. Several types of instrumentation are used to characterize the produced gas and particles. A High-Resolution Time-of-Fight Aerosol Mass Spectrometer (HR-ToF-AMS) is used to characterize particles. A Proton-Transfer-Reaction Mass Spectrometer (PTR-MS) is used for gaseous analysis. Example results are presented to show the use of the environmental chamber in a wide variety of applications related to the physicochemical properties and reaction mechanisms of organic atmospheric particulate matter.

This paper describes operation procedures for the Harvard Environmental Chamber (HEC) and related instrumentation for measuring gaseous and particle species. The environmental chamber is used to produce and study secondary organic species produced from the organic precursors, especially related to atmospheric organic particulate matter.

생산 및 하버드 환경 챔버에 유기 미 립 자 물질의 측정

The production and the evolution of atmospheric organic particulate matter (PM) are insufficiently understood for accurate simulations of atmospheric ...