The authors would like to thank Dr Rita Shaknovich and members of Elemento lab, Melnick lab, and Tam lab for thoughtful discussions. We would also like to thank the Genomics Resources Core Facility at Weill Cornell Medical College for performing the VDJ-sequencing. YJ was supported by ASH Scholar Award. WT and OE are supported by Weill Cornell Cancer Center Pilot Grant. OE is supported by the NSF CAREER award, the Starr Cancer Consortium and the Hirschl Trust. We would also like to thank Katherine Benesch, JD, MPH for her generous support to this project.

1. VDJ 증폭 종양 샘플에서 1.1) DNA 추출 <ol><li> 냉동 10월 임베디드 정상 또는 악성 조직의 얇은 부분 (10 ~ 20 μm의)에서 DNA를 추출합니다. <ol><li> 테 K와 (0.5 ㎎ / ㎖, 최종 농도 4 ml의 핵산 용해 버퍼 (; 0.3 M의 NaCl 0.002 M 나 2 EDTA 0.0075 M 트리스 염산, pH를 8.2)에 그라 이오 스탯 마이크로톰로 절단 포함 된 조직의 10 ~ 30 얇은 섹션 다이제스트 )와 하룻밤 37 ° C의 물을 욕조에 15 ㎖의 원심 분리 관에 0.625 % SDS. </li><li> 소화 혼합물에 포화 염화나트륨 (5 M)의 1 ML을 추가하고 15 초 동안 격렬하게 흔들어. </li><li> 실온에서 15 분 동안 1,100 XG 원심 분리기. </li><li> 새로운 15 ML의 원심 분리기 튜브에 뜨는을 전송하고 100 % 에탄올의 두 볼륨을 추가합니다. </li><li> 튜브에게 6-8 번 반전 섞는다. 4 ° C에서 60 분 동안 5,000 XG에 원심 분리기는 침전 된 DNA를 수집합니다. </li><li> 70 % 에탄올로 두 번 DNA 펠렛을 세척 하였다. 하기 Centr15 분 펠렛을 수집 할 때마다 5,000 XG에 ifuge. </li><li> 셰이커 하룻밤에 실온에서 100-400 μL TE 버퍼 DNA를 녹여. DNA 수율은 조직의 크기에 따라 5~200 μg의 (50-500 NG / l 사이의 최종 농도) 인 </li></ol></li><li> 포르말린 고정, 파라핀 포함 (FFPE) 정상 또는 악성 조직의 얇은 부분 (10 ~ 20 μm의)에서 DNA를 추출합니다. <ol><li> 회 1.5 ml의 마이크로 원심 튜브에 10 분간 각각의 시간 동안 실온에서 디 paraffinize 크실렌을 1 ㎖의 파라핀 섹션을 인큐베이션. 실온에서 5 분 동안 13,000 XG에서 회전하여 조직 절편을 수집한다. </li><li> 실온에서, 10 분 잔류 크실렌을 제거하는 각각의 시간에 1 회 ml의 100 % 에탄올을 부화 섹션. 실온에서 5 분 동안 13,000 XG에서 회전하여 조직 절편을 수집한다. 파라핀은이 시점에서 완전히 용해시키고, 단지 조직 절편은 남아있다. </li><li> 객실 테에서 섹션을 공기 - 건조10 ~ 15 분 동안 mperature. </li><li> (뉴 클레아없는 물과 10 배 PCR 버퍼에서 희석) 1X PCR 버퍼와 0.5 ㎎ / ㎖ 프로 테 K 솔루션을합니다. 50 ~ 100 μL의 최종 부피에 샘플 테 K 솔루션을 추가하고 밤새 37 ° C를 품어. </li><li> 테 K. 불활 10 분간 95 ℃에서 시료를 가열 주 :이 단계에서, 샘플 DNA는 PCR 버퍼에 용해하고 직접 단계 1.2 및 1.3에서 사용될 수있다. DNA 수율은 조직의 크기에 따라서 0.5 내지 20 μg의 (10-200 NG / l 사이의 최종 농도)이다. </li></ol></li></ol> 1.2) DNA 품질 평가 <ol><li> PCR 튜브에서 상업적 사다리 키트에서의 마스터 믹스를 45 ㎕의 0.25 μL의 Taq DNA 중합 효소를 혼합한다. </li><li> PCR 튜브에 1.1.1.7 또는 1.1.2.5에서 준비 5 μL DNA를 추가하고 최소 5 회까지 피펫 팅에 의해 아래로 잘 섞는다. </li><li> 95 ° C의 : DNA를 증폭하기 위해 다음과 같은 조건을 사용하여7 분; 95 ° C, 60 ° C에서 45 초, 72 ℃에서 90 초에서 45 초로 35 회 반복; 다음 10 분 동안 72 ° C와 15 ° C에서 개최. </li><li> TBE (트리스 / 붕산염 / EDTA)에서 2 % 아가 로스 겔을 제조. </li><li> 4 μL 6X 로딩 염료와 함께 20 ㎕의 PCR 반응을 혼합하고, 2 % 아가 로스 겔에 로딩. </li><li> 0.5 μg의 / ㎖에 티듐 브로마이드 용액을 아가로 오스 겔을 겔 염색 및 영상화 시스템으로 PCR 산물을 검출한다. 주 : 100, 200, 300, 400, 및 600 bp의 5의 크기의 PCR 산물을 수득 샘플 VDJ 증폭 물을 생성하는 것을 계속한다. 주의 : 에티 디움 브로마이드 강력한 돌연변이입니다. 보호 기어, 즉 장갑을 착용하여 극도의주의를 처리하고 기관의 지침에 따라 특정 용기에 폐기하십시오. </li></ol> 1.3) VDJ PCR 1.3.1) 프레임 워크 1 지역에서 증폭 재결합 IGH VDJ 세그먼트 (IgVHFR1) <ol><li> 튜브 라벨에서 45 μL 마스터 믹스 믹스ED 상업적 체세포과 돌연변이 IGH 정량법 젤 검출 용 키트 &quot;믹스 2&quot;의 Taq DNA 폴리머 라제 0.25 μL 및 PCR 튜브에 1.1.1.7 또는 1.1.2.5로부터 제조 5 μL 샘플 DNA 등. </li><li> DNA를 증폭하기 위해 다음과 같은 조건을 사용하여 7 분 95 ° C를, 95 ° C, 60 ° C에서 45 초, 72 ℃에서 90 초에서 45 초로 35 회 반복; 다음 10 분 동안 72 ° C와 15 ° C에서 개최. </li><li> 전기 영동에 의한 2 % 아가 로스 젤에서 전체 PCR 생성물을 해결. </li><li> 0.5 μg의 / ㎖에 티듐 브로마이드 용액을 아가로 오스 겔을 겔 염색 및 이미징 시스템으로 PCR 산물을 검출한다. 앰플 리콘은 모노클 3백10부터 3백80까지 BP의 크기 범위로 예상된다. </li><li> 3백10부터 3백80까지 BP 사이 모노클 앰플 리콘을 포함하는 젤 부분을 절제. </li><li> 제조 업체의 프로토콜에 따라 표준 젤 추출 키트를 사용하여 적출 젤에서 DNA를 정화. 주 : FR1 단편을 얻을 수 있었다 샘플, IGV를 충분히 할 필요가 없다HFR2 및 IgVHFR3. </li></ol> 1.3.2) 프레임 워크 2 지역에서 증폭 재결합 IGH VDJ 세그먼트 (IgVHFR2) <ol><li> PCR 튜브에 1.1.1.7 또는 1.1.2.5로부터 제조 젤 검출 키트 상업적 IGH 유전자 Clonality 분석의 &quot;튜브 B&quot;의 Taq DNA 중합 효소 μL 0.25, 5 μL 샘플 DNA로 표지 된 튜브에서 45 μL 마스터 믹스 믹스 . </li><li> DNA를 증폭하기 위해 다음과 같은 조건을 사용하여 7 분 95 ° C를, 95 ° C, 60 ° C에서 45 초, 72 ℃에서 90 초에서 45 초로 35 회 반복; 다음 10 분 동안 72 ° C와 15 ° C에서 둡니다. </li><li> 전기 영동에 의한 2 % 아가 로스 젤에서 전체 PCR 생성물을 해결. </li><li> 0.5 μg의 / ㎖의에 티듐 브로마이드 염색에 의해 PCR 생성물 (들)을 가시화. 단클론 앰플 리콘은 2백50부터 2백95까지 BP의 크기 범위 내에서 관찰 할 수있다. </li><li> 2백50에서 2백95까지 BP 사이 모노클 앰플 리콘을 포함하는 젤 부분을 절제. </li><li> 표준 젤 추출물을 사용하여 적출 젤에서 DNA를 정화제조 업체의 프로토콜에 따라 이온 키트. </li></ol> 1.4) 최적화 VDJ PCR <ol><li> 7 분, 60 초, 60 초 동안 60 ° C, 95 ° C, 40 사이클, 90 초간 72 ℃에서 최종 연장 95 ℃ : IgVHFR1 및 IgVHFR2가 차선 DNA를 사용하여 증폭 다음 변성 PCR 조건을 사용하여 10 분 동안 72 ℃로. </li></ol> 2. VDJ 앰플 리콘 라이브러리 준비 및 시퀀싱 2.1) 라이브러리 준비 2.1.1) 최종 수리 <ol><li> PCR 튜브에 1.3에서 VDJ PCR 제품을 전송하고 60 μL에 볼륨을 가지고 DNA 샘플 준비 키트 부유 버퍼를 추가합니다. </li><li> DNA 샘플 준비 키트에서 최종 수리 믹스의 40 μl를 추가하고 철저하게 섞는다. </li><li> 100 ℃에서 예열 된 뚜껑 예열 된 열 순환기 (30 ℃)에서 30 분간 30 ℃에서 반응을 배양한다. </li><li> 136 μL 자석 구슬 24 μl의 PCR G 믹스rade 물은 먼저 1.5 ㎖의 튜브에 다음, 1.5 ㎖의 튜브에 2.1.1.3에서 전체 최종 수리 반응 옮기고 비드 용액과 잘 혼합한다. </li><li> 2 분 동안 자기 스탠드에 배치 튜브 용액으로부터 구슬의 분리를 허용합니다. 뜨는을 대기음, 튜브는 자기 스탠드에있는 동안 두 번 80 % 신선한 준비 EtOH로 구슬을 씻는다. </li><li> 완전히 에탄올 용액을 흡인하고 15 분 동안 실온에서 15 분 동안 공기 건조시킨 비드를 허용한다. </li><li> 17.5 μL 부유 버퍼에 자기 스탠드에 resuspend 구슬 오프 튜브를 타고. </li><li> 다시 재 부유 버퍼에서 별도의 구슬 2 분 동안 자기 스탠드 위에 놓고 튜브. 깨끗한 PCR 튜브에 재현 탁 버퍼 (최종 수리 제품이 현재 재현 탁 완충액된다) 제거한다. </li></ol> 2.1.2) - 미행 <ol><li> 최종 수리 생성물을 함유하는 PCR 튜브에 12.5 μL A-테일링 믹스를 첨가하고 잘 혼합한다. </리&gt; <li> 100 ℃에서 예열 뚜껑 예열 된 열 순환기 (37 ℃)에서 30 분 동안 37 ° C에서 PCR 튜브를 배양한다. </li></ol> 2.1.3) 어댑터 내고 <ol><li> - 미행 반응에 2.5 μL 부유 버퍼, 2.5 μL 내고 믹스, 2.5 μL DNA 어댑터 인덱스를 추가합니다. </li><li> 100 ℃에서 예열 된 뚜껑 예열 된 열 순환기 (30 ° C)에서 30 minl 30 ℃에서 반응을 배양한다. </li><li> 각 반응에 5 μL 정지 내고 버퍼를 추가하고 철저하게 섞는다. </li><li> 2.1.1.5 2.1.1.8에 단계에 따라 반응을 청소하는 42.5 μL 잘 혼합 된 자석 구슬을 섞는다. 어댑터 결찰 제품을 용출 50 μL 부유 버퍼를 추가합니다. </li><li> 50 μl를 잘 혼합 AMPure XP 비즈를 사용하여 두 번째로 어댑터 라이 게이션 생성물을 청소하고 깨끗한 PCR 튜브에 25 ㎕의 완충액에 재현 탁 생성물을 용리. </li></ol> 2.1.4) 증폭 된 DNA 단편 <ol><li> 어댑터 결찰 제품을 포함하는 PCR 튜브에 5 μL PCR 프라이머 칵테일 25 μL PCR 마스터 믹스를 추가하고 철저하게 섞는다. </li><li> 다음과 같은 조건으로 미리 프로그램 된 열 순환기에 증폭을 수행 : 30 초 동안 98 ° C; 10 초 동안 98 ° C의 10주기, 30 초, 60 ℃, 30 초, 72 ° C; 다음 5 분 동안 72 ° C와 10 ° C에서 개최. </li><li> 50 μl를 잘 혼합 된 자성 비드를 이용하여 반응을 정리하고, 30 μL에 재현 탁 버퍼 최종 생성물을 용리시킨다. </li></ol> 2.1.5) 라이브러리 확인 <ol><li> 제조사의 프로토콜에 의한 형광으로 최종 생성물을 정량화. 라이브러리 최종 농도는 2.5-20 NG / l 사이이다. </li><li> 제조사의 프로토콜에 따라 고감도 DNA 칩 분석 기기를 사용하여 최종 제품의 품질을 평가. IGVHFR1, IGVHFR2 또는 IGVHFR3 중 하나에 대한 예상 크기의 단일 밴드를 기대합니다. 너를라이브러리 생성물 xpected 크기 원고 VDJ 증폭 물을 더한 크기의 어댑터 (~ 125 염기쌍)의 크기가 동일하다. </li></ol> 2.2) VDJ-PCR 도서관 풀링 및 시퀀싱 <ol><li> 다음 식을 이용하여 각각의 라이브러리 분획의 몰 농도를 계산한다 nM 내지 = [(NG / 1,000) / BP * 660] NG 단계 2.1.5.1 측정 VDJ-PCR 라이브러리의 농도 인 109을 X 및 혈압 피크 VDJ-PCR 라이브러리의 크기는 단계 2.1.5.2 측정. </li><li> DNase의없는 물 2 nm의 (10 μL 총)에 대한 라이브러리를 희석. </li><li> 함께 1.5 ML 튜브로 희석 2 nM의 라이브러리의 10 μl를 결합합니다. </li><li> 1.5 ML 튜브에 PhiX의 스파이크에 제어의 동일한 볼륨을 추가합니다. </li><li> flowcell에 오후 7시 농도에서 풀을 넣습니다. </li><li> 제조사의 프로토콜에 따라 한 쌍의 엔드 150 사이클 시퀀서를 사용하여 라이브러리의 시퀀스. </li></ol> 3. 데이터 분석 참고 : 써머을이 절에서 사용되는 생물 정보학 스크립트의 진은 보조 코드 파일로 찾을 수 있습니다. 3.1) 정렬 및 품질 관리 <ol><li> 지도 쌍 엔드 시퀀싱 인간 IGH의 V에 대해 읽기, 2의 격차 열린 처벌, 1의 간격 연장 페널티 NCBI에서 제공 &#39;BLASTN&#39;에 따라 적응 염기 폭발 알고리즘을 사용하여 IMGT 웹 사이트 (11)에서 다운로드 D와 J 지역 데이터베이스, 7의 단어 길이 및 10-4의 전자 임계 값. IGH (V)과 J 영역에 모두 매핑되지 않는 읽기 쌍을 폐기하십시오. </li><li> 모든 샘플에 시퀀싱 실행에서 얻은 쌍을 읽기를 통해 VJ 조합을 일치의 주파수를 얻기 위해 IGH V와 J 매핑이 나머지 읽기 쌍을 계산합니다. 이 IGH의 V 및 J 유전자에 모두 매핑 된 경우 읽기 쌍을 카운트하고 VJ 특정 조합에 대응하는 수의 대립 유전자에 추가. </li><li> 높은에서 3.1.2에서 얻은 각각의 재결합 VDJ 영역의 수를 순위가장 낮은 EST. VDJ 영역은 가장 높은 계수가 큰 재정렬 조합으로서 정의된다 판독 갖는다. </li><li> 3.1.3에서 식별 도메인 주요한 재 배열 35 % 미만을 커버 정렬 순서를 버린다. </li></ol> 3.2) SHM 프로필 확인 <ol><li> 이 단계 3.1.3에서 읽는 걸쳐 모든 SHM 패턴을 계산합니다. 서브 클론 각 SHM 패턴을 정의합니다. </li><li> 다른 고유 SHM 패턴에 대응되는 서브 클론의 수, 및 개별 서브 클론에 매핑되는 읽기 횟수를 카운트. </li></ol> 결과 3.3) 그래픽 표현 <ol><li> 제조사의 프로토콜에 따라 R 패키지 &quot;영장류&quot;에서 접합 방법을 사용하여 이웃 대응 SHM 패턴을 사용하여 서브 클론에 계통 학적 분석을 수행한다. V의 배선 서열에 뿌리 서브 클론의 계통을 다시 각각의 고유 한 정렬으로부터의 거리 행렬을 계산각 쌍 샘플 세트에 대한 질문에 J 조합. </li><li> 문자 벡터로서 각 서브 클론의 염기 서열을 사용하여 두 선형 사이의 거리 (D)의 X, Y에 의해 주어진다 수학적 진단 Levenshtein 거리 측정 값을 이용하여 해당 재발 샘플 모두 주요 VJ 재 배열에서 모든 서브 클론 간의 근사 스트링 거리를 계산 (I, J) (D)의 X, Y (I, J) = 1을 난 J ≠ 0, 그렇지 않으면 다음 서열 i와 j 뉴클레오티드에 대응하는 문자열의 길이를 통해이 기능을 요약하면한다. </li><li> 그래픽으로 다음 두 가지 방법으로 서브 클론 거리 및 해당 서브 클론 카운트의 결과를 표시 매트릭스 : <ol><li> R 패키지를 사용하여 &quot;질량&quot;제조 업체의 프로토콜에 따른 서브 클론 거리 행렬에 다차원 스케일링을 적용하고 두 차원 원칙을 생성하기 위해 다음 로그와 함께 플롯지도, 좌표원의 반지름으로 subclonal 카운트. </li><li> 정점의 주요 VJ 재 배열에서 발생하는 각각의 별개의 서브 클론에 해당하는 Levenshtein 거리에 따라 무향 그래프를 구축합니다. 참고 한 후, 이들 두 꼭지점 사이의 에지가 존재하는 두 개의 별개의 클론 사이의 거리가 동일한 경우. 거리가 1보다 큰 경우, 그것들을 연결하는 어떤 에지는 없다. </li><li> 제조사의 프로토콜에 따라 Kamada 가와이 레이아웃 &quot;iGraph&quot;R 패키지 tkplot 함수를 사용 3.3.3.2의 그래프를 그린다. 정점의 반경은 매핑 클론의 총 개수의 제곱 루트에 비례하고 음영 하나가 진단 (청) 또는 재발 (적색) 샘플에 속하는 클론의 비율을 표시하는 적색 및 청색 범위를 사용 . </li></ol></li></ol> 3.4) 이질성 (엔트로피) 측정 <ol><li> 의 번호와 서브 클론 수를 검사각각의 주요 VJ 재 배열에서 발생하는 체세포과 돌연변이의 개별 패턴 샘플 세트 페어링. </li><li> 표준 히스토그램 엔트로피 기반 추정을 사용하여 각 샘플의 고유 클론의 수를 조정 경험적​​ 엔트로피 잔류 경험적 엔트로피를 계산한다. </li></ol>

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The authors have no conflicts of interest to disclose.

때문에 인간 B 세포 IGH 유전자좌 VDJ 재 배열 및 SHM에서 부호화 순서 정보의 반복 거의 무제한, 높은 처리량 깊은 시퀀싱하여 전체 IGH 레퍼토리 검사 클론 서술하는 효율적이고 광범위한 방법 입증 및 서브 클론 B 세포 집단. 더욱이, 이러한 전략은 질환의 다양한 단계를 따라 수집 된 환자 샘플의 클론과 서브 클론 구조를 비교하여 B 세포 종양 발생, 경감 및 재발 클론 진화 경로를 연구하기 위해 사...

암은 클론 질환이다. 30 년 전에는 피터 C. Nowell는 암 클론 진화 모델 1을 제안 언제부터, 많은 연구는 종양 샘플에서 클론 인구를 해부하고, 종양 발생 과정 (2)를 기초 클론 확장과 진화 패턴을 재구성하기 위해 노력했다. 최근 전체 게놈 시퀀싱은 클론 이질성과 진화 3,4에 깊은 살펴보고 수사를 가능하게했다. 그러나, 다수의 세포 유형에서 취급 용이 마커의 부족으로 인해, 그것은 정확한 클론 아키텍처 진화 경로를 추정하는 것은 곤란하다. 다행히 DLBCL 등 많은 림프 악성 종양이, 유래하는 성숙 B 세포에서 자연 clonality 마커가있다. 항원 자극에 반응하여 이들의 세그먼트 큰 풀에서 함께 세그먼트를 각각 B 세포는 V의 H (가변), D (다이버 시티)을 접합하여 하나의 생산성 IGH VDJ 서열을 형성 할 수 있고, J H는 (결합). 이 홍보 중ocess 원래 서열의 작은 부분이 삭제 될 수 있고, 추가로 비 - 템플릿 뉴클레오티드 고유 VDJ 재 배열을 만들기 위해 첨가 될 수있다. 이 특정 VDJ 재배치 따라서 개인의 성숙 B 세포와 그 자손 (5) 태그,이 B 세포의 모든 자손에 상속 할 수 있습니다. 또한, SHM는 항체의 풀 팽창 및 항체 친 화성 (6)의 향상을위한 추가의 돌연변이를 도입하기 위해 후속 배 중심 (GC) 반응에서 VDJ 재조합 서열에서 일어난다. 따라서, 이러한 비교 과정을 거친 시료 림프종 및 VDJ SHM 패턴을 대조함으로써, 종양 내부의 이질성이 서술 될 수 있고, 질병의 클론 진화 경로가 추론 될 수있다. 이전 VDJ 재 배열 및 SHM은 서열 정보를 얻기 위해 PCR 제품,이어서 생거 시퀀싱 클로닝, 재결합 영역을 PCR 증폭에 의해 식별 될 수있다. 이 방법의 난VDJ 재조합 전체 레퍼토리의 매우 작은 부분을 검색하고, 주어진 샘플 내에 클론 집단의 전체 표현의 특성을 방해 낮은 처리량과 낮은 수율이야. 수정 된 접근 방식은 VDJ PCR 제품에서 NGS 색인 시퀀싱 라이브러리를 생성하고 샘플 당 50 만 재결합 VDJ 시퀀스를 얻기 위해 PE × 150의 BP 시퀀싱을 수행하여 만들어졌습니다. 또한, 사용자 정의 파이프 라인 필터 VDJ 서열은 각 읽기의 재배 열과 SHMS을 식별하고, 각 샘플의 클론 아키텍처 계통 분석을 수행하기 위해 판독, 품질 관리 (QC)를 수행 정렬하기 위해 개발되었다. 또한, 새로운 방법은 또한 다양한 질병의 단계에서 수집 된 샘플 클론 진화 패턴을 특성화하기 위해 설립되었다. 우리는 DLBCL 환자 샘플에이 기술을 적용했습니다. DLBCL 최대 1 일에 자주 재발과 비호 지킨 림프종의 공격적인 형태환자 7 IRD. 일부 5 년 8 이후에 발생하는 않지만 DLBCL 재발은 일반적으로 초기 진단 2 ~ 3 년 내에, 초기 발생합니다. 재발 환자에 대한 예후는 10 %로 인해 제한된 치료 옵션에 삼년 무 진행 생존 달성과 함께, 좋지 않습니다. 이 DLBCL 재발 9,10을 치료하는 새로운 접근 방식에 대한 긴급한 필요에 기초가된다. 그러나, DLBCL 재발과 관련된 분자 메커니즘은 아직 크게 알려져 있지 않다. 특히, DLBCL 재발 개발하는 동안 진단과 클론 진화에 클론 이질성의 역할은, 현재지지 않은 있습니다 어려운 재발을 예측할 수있는 정확하고 유용한 바이오 마커를 정의 할 수있다. 이러한 질문을 해결하기 위해, 우리는 일치 차 진단 - 재발 DLBCL 샘플 쌍의 여러 쌍 우리의 VDJ 시퀀싱 방식을 적용했다. 재발의 두 가지 별개의 클론 진화 시나리오는 진단과 재발 SAMP의 클론 아키텍처의 비교에서 등장여러 분자 메커니즘을 제안 레는 DLBCL 재발에 관여 할 수있다.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="841">
	<tbody>
		<tr height="60">
			<td height="60" style="height:60px;width:359px;">Ethanol</td>
			<td style="width:163px;">VWR</td>
			<td style="width:123px;">89125-170</td>
			<td style="width:197px;">200 proof, for molecular biology</td>
		</tr>
		<tr height="60">
			<td height="60" style="height:60px;width:359px;">TE buffer</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>12090-015</td>
			<td style="width:197px;">10 mM Tris&#183;Cl, pH 8.0; 10mM EDTA</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Xylenes</td>
			<td>VWR</td>
			<td>EM-XX0055-6</td>
			<td>500 ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">Proteinase K&#160;</td>
			<td style="width:163px;">Life Technonogies</td>
			<td>25530-015</td>
			<td>100 mg</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:359px;">Deoxynucleotide triphosphate (dNTP) Solution Mix</td>
			<td>Promega</td>
			<td style="width:123px;">U1515</td>
			<td style="width:197px;">10 mM each nucleotide</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">10x PCR Buffer&#160;</td>
			<td>Roche</td>
			<td>11699105001</td>
			<td>Without MgCl2</td>
		</tr>
		<tr height="46">
			<td height="46" style="height:46px;width:359px;">AmpliTaq Gold DNA Polymerase with Gold Buffer and MgCl2</td>
			<td style="width:163px;">Life Technonogies</td>
			<td style="width:123px;">4311806</td>
			<td>50 &#181;l at 5 U/&#181;l</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:359px;">Specimen Control Size Ladder</td>
			<td style="width:163px;">Invivoscribe Technologies&#160;</td>
			<td>2-096-0020</td>
			<td>33 reactions</td>
		</tr>
		<tr height="80">
			<td height="80" style="height:80px;width:359px;">IGH Somatic Hypermutation Assay v2.0 - Gel Detection</td>
			<td style="width:163px;">Invivoscribe Technologies&#160;</td>
			<td style="width:123px;">5-101-0030</td>
			<td style="width:197px;">33 reactions, Mix 2 for IGVHFR1 detection</td>
		</tr>
		<tr height="80">
			<td height="80" style="height:80px;">IGH Gene Clonality Assay - Gel Detection</td>
			<td style="width:163px;">Invivoscribe Technologies&#160;</td>
			<td>1-101-0020</td>
			<td style="width:197px;">33 reactions, Tube B for IGVHFR2 detection</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">GoTaq Flexi DNA Polymerase</td>
			<td>Promega</td>
			<td style="width:123px;">M8291</td>
			<td>20 &#181;l at 5 U/&#181;l</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">10X Tris-Borate-EDTA (TBE) buffer</td>
			<td>Corning (cellgro)</td>
			<td style="width:123px;">46-011-CM</td>
			<td style="width:197px;">6x1 L</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">50X TAE BUFFER&#160;&#160;</td>
			<td>VWR</td>
			<td>101414-298</td>
			<td style="width:197px;">1 L</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Ethidium bromide solution</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>E1510</td>
			<td style="width:197px;">10 mg/ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">25 bp DNA Ladder</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>10597011</td>
			<td style="width:197px;">1 &#181;g/&#181;l</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">100 bp DNA Ladder</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>15628-019</td>
			<td style="width:197px;">1 &#181;g/&#181;l</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">UltraPure Agarose</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>16500-500</td>
			<td style="width:197px;">500 g</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">40% Acrylamide/Bis Solution</td>
			<td>Bio-Rad Laboratories</td>
			<td>1610144</td>
			<td style="width:197px;">500 ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">QIAquick Gel Extraction Kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>28704</td>
			<td style="width:197px;">50 columns</td>
		</tr>
		<tr height="60">
			<td height="60" style="height:60px;width:359px;">Agencourt AMPure XP</td>
			<td style="width:163px;">Beckman Coulter</td>
			<td style="width:123px;">A63881</td>
			<td style="width:197px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:359px;">Qubit dsDNA High Sensitivity Assay Kit</td>
			<td style="width:163px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:123px;">Q32854</td>
			<td style="width:197px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:359px;">High Sensitivity DNA Kit</td>
			<td style="width:163px;">Agilent Technologies</td>
			<td style="width:123px;">5067-4626</td>
			<td style="width:197px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:359px;">2100 Bioanalyzer</td>
			<td style="width:163px;">Agilent Technologies</td>
			<td></td>
			<td style="width:197px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:359px;">PhiX Control v3</td>
			<td style="width:163px;">Illumina</td>
			<td>FC-110-3001</td>
			<td style="width:197px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:359px;">MiSeq</td>
			<td style="width:163px;">Illumina</td>
			<td></td>
			<td style="width:197px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Qubit 2.0 Fluorometer</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>Q32872</td>
			<td style="width:197px;"></td>
		</tr>
		<tr height="60">
			<td height="60" style="height:60px;width:359px;">Resuspension buffer (Illumina TruSeq DNA Sample Preparation Kit v2)</td>
			<td style="width:163px;">Illumina</td>
			<td>FC-121-2001</td>
			<td style="width:197px;"></td>
		</tr>
		<tr height="60">
			<td height="60" style="height:60px;width:359px;">End repair mix (Illumina TruSeq DNA Sample Preparation Kit v2)</td>
			<td style="width:163px;">Illumina</td>
			<td>FC-121-2001</td>
			<td style="width:197px;"></td>
		</tr>
		<tr height="60">
			<td height="60" style="height:60px;width:359px;">A-tailing mix (Illumina TruSeq DNA Sample Preparation Kit v2)</td>
			<td style="width:163px;">Illumina</td>
			<td>FC-121-2001</td>
			<td style="width:197px;"></td>
		</tr>
		<tr height="60">
			<td height="60" style="height:60px;width:359px;">Ligation mix (Illumina TruSeq DNA Sample Preparation Kit v2)</td>
			<td style="width:163px;">Illumina</td>
			<td>FC-121-2001</td>
			<td style="width:197px;"></td>
		</tr>
		<tr height="60">
			<td height="60" style="height:60px;width:359px;">DNA adaptor index (Illumina TruSeq DNA Sample Preparation Kit v2)</td>
			<td style="width:163px;">Illumina</td>
			<td>FC-121-2001</td>
			<td style="width:197px;"></td>
		</tr>
		<tr height="60">
			<td height="60" style="height:60px;width:359px;">Stop ligation buffer (Illumina TruSeq DNA Sample Preparation Kit v2)</td>
			<td style="width:163px;">Illumina</td>
			<td>FC-121-2001</td>
			<td style="width:197px;"></td>
		</tr>
		<tr height="60">
			<td height="60" style="height:60px;width:359px;">PCR primer cocktail (Illumina TruSeq DNA Sample Preparation Kit v2)</td>
			<td style="width:163px;">Illumina</td>
			<td>FC-121-2001</td>
			<td style="width:197px;"></td>
		</tr>
		<tr height="60">
			<td height="60" style="height:60px;width:359px;">PCR master mix (Illumina TruSeq DNA Sample Preparation Kit v2)</td>
			<td style="width:163px;">Illumina</td>
			<td>FC-121-2001</td>
			<td style="width:197px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:359px;">Magnetic stand</td>
			<td style="width:163px;">Life Technologies</td>
			<td align="right">4457858</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:359px;">Gel imaging system</td>
			<td style="width:163px;">Bio-Rad Laboratories</td>
			<td>170-8370</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

vdj-seq: deep sequencing analysis of rearranged immunoglobulin heavy chain gene to reveal clonal evolution patterns of b cell lymphoma

이해 clonality 종양은 종양 및 질병 진행에 관련된 메카니즘을 이해하는 데 중요하다. 또한, 특정 미세 환경 또는 치료에 응답 종양 내에 발생 클론 조성 변화를 이해하는 것은 종양 세포를 근절보다 정교하고 효과적인 접근 방법의 설계로 이어질 수있다. 그러나 트래킹 서브 종양 클론 개체군 인해 구별 마커의 부족으로 인해 도전되고있다. 이 문제를 해결하기 위해, VDJ-SEQ 프로토콜은 VDJ 재조합 및 체세포과 돌연변이 (SHM), B 세포 림프종의 두 고유의 기능을 이용하여 확산 큰 B 세포 림프종 (DLBCL) 재발의 클론 진화 패턴을 추적하기 위해 만들어졌습니다. 이 프로토콜에서, 인덱싱 가능성을 가진 차세대 시퀀싱 (NGS) 라이브러리는 기본 진단 및 재발 DLBCL의 S​​AMP 쌍에서 증폭 재 배열 면역 글로불린 중쇄 (IGH) VDJ 지역에서 건설되었다레. 샘플 당 평균 이상 만 절반 이상 VDJ 서열은 VDJ 재배치와 SHM 정보를 모두 포함 시퀀싱, 후 얻었다에. 또한, 사용자 정의 생물 정보학 파이프 라인은 완전히 이러한 샘플 내 IGH-VDJ 레퍼토리의 특성에 대한 서열 정보를 이용하기 위해 개발되었다. 또한, 파이프 라인은 재건 및 진단 종양 진단 및 재발 종양 쌍 사이 클론 진화 패턴 공제 내의 클론 이질성의 시험을 가능 개별 종양 클론 구조의 비교를 허용한다. 여러 진단 - 재발 쌍에이 분석을 적용 할 때, 우리는 여러 독특한 종양 진화 패턴 DLBCL 재발로 이어질 수 있다는 키 증거를 발견. 또한,이 방법은 최소 잔존 질환의 식별, 진행 및 재발 치료 반응을 모니터링하고, 면역 repertoir 조사 등의 다른 임상 적 형태로 확장 될 수있다비 림프종 상황에서 에스.

DNA 추출을 포함 VDJ 서열 (VDJ-SEQ)의 전반적인 절차는, 처리 및 계통 발생 분석을 판독 VDJ 영역 증폭 및 정제, 서열 라이브러리 구성을 재결합,도 1에 표시된다. 일상적 5-200 μg의의 DNA로부터 검색 될 수있다 냉동 고체 조직 섹션 또는 포르말린 고정 파라핀 조직 절편에서 0.5 ~ 20 μg의 DNA를. 품질, 재 배열 패턴 및 개별 샘플 SHM 정도에 따라 다른 샘플로부터 VDJ 증폭 산물의 다양성을 얻을 수...

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VDJ-Seq: Deep Sequencing Analysis of Rearranged Immunoglobulin Heavy Chain Gene to Reveal Clonal Evolution Patterns of B Cell Lymphoma

This protocol describes an approach to interrogate the recombined immunoglobulin heavy chain VDJ regions of lymphomas by deep-sequencing and retrieve VDJ rearrangement and somatic hypermutation status to delineate clonal architecture of individual tumor. Comparing clonal architecture between paired diagnosis and relapse samples reveals lymphoma relapse clonal evolution modes.

VDJ-SEQ : B 세포 림프종의 클론 진화 패턴을 나타 내기 위해 재 배열 면역 글로불린 무거운 체인 유전자의 깊은 시퀀싱 분석

Understanding tumor clonality is critical to understanding the mechanisms involved in tumorigenesis and disease progression. In addition, understanding ...

vdj-seq-deep-sequencing-analysis-rearranged-immunoglobulin-heavy

Research

JoVE Journal

Medicine

26.6K 조회수.  Weill Cornell Medical College. This protocol describes an approach to interrogate the recombined immunoglobulin heavy chain VDJ regions of lymphomas by deep-sequencing and retrieve VDJ rearrangement and somatic hypermutation status to delineate clonal architecture of individual tumor. Comparing clonal architecture between paired diagnosis and relapse samples reveals lymphoma relapse clonal evolution modes. 

비디오: VDJ-Seq: Deep Sequencing Analysis of Rearranged Immunoglobulin Heavy Chain Gene to Reveal Clonal Evolution Patterns of B Cell Lymphoma

Dissection of Human Vitreous Body Elements for Proteomic Analysis

The vitreous is an optically clear, collagenous extracellular matrix that fills the inside of the eye and overlies the retina. 1,2 Abnormal interactions between vitreous substructures and the retina underlie several vitreoretinal diseases, including retinal tear and detachment, macular pucker, macular hole, age-related macular degeneration, vitreomacular traction, proliferative vitreoretinopathy, proliferative diabetic retinopathy, and inherited vitreoretinopathies. 1,2 The molecular composition of the vitreous substructures is not known. Since the vitreous body is transparent with limited surgical access, it has been difficult to study its substructures at the molecular level. We developed a method to separate and preserve these tissues for proteomic and biochemical analysis. The dissection technique in this experimental video shows how to isolate vitreous base, anterior hyaloid, vitreous core, and vitreous cortex from postmortem human eyes. One-dimensional SDS-PAGE analyses of each vitreous component showed that our dissection technique resulted in four unique protein profiles corresponding to each substructure of the human vitreous body. Identification of differentially compartmentalized proteins will reveal candidate molecules underlying various vitreoretinal diseases.

This video shows an effective technique for differentiating and dissecting the various semi-transparent structures of the human vitreous body in post mortem eyes.

Proteomic 분석을위한 인적 유리 바디 요소의 해부

The vitreous is an optically clear, collagenous extracellular matrix that fills the inside of the eye and overlies the retina. 1,2 Abnormal interactions ...

연구

의학

Establishment and Propagation of Human Retinoblastoma Tumors in Immune Deficient Mice

Culturing retinoblastoma tumor cells in defined stem cell media gives rise to primary tumorspheres that can be grown and maintained for only a limited time. These cultured tumorspheres may exhibit markedly different cellular phenotypes when compared to the original tumors. Demonstration that cultured cells have the capability of forming new tumors is important to ensure that cultured cells model the biology of the original tumor. 
Here we present a protocol for propagating human retinoblastoma tumors in vivo using Rag2-/- immune deficient mice. Cultured human retinoblastoma tumorspheres of low passage or cells obtained from freshly harvested human retinoblastoma tumors injected directly into the vitreous cavity of murine eyes form tumors within 2-4 weeks. These tumors can be harvested and either further passaged into murine eyes in vivo or grown as tumorspheres in vitro. Propagation has been successfully carried out for at least three passages thus establishing a continuing source of human retinoblastoma tissue for further experimentation. 
Wesley S. Bond and Lalita Wadhwa are co-first authors.

A method is described to propagate human retinoblastoma tumors in mice. Tumor cells are directly injected into the eyes of immune deficient mice. Secondary tumors have been successfully established using both cells directly harvested from human tumors and cultured tumorspheres.

면역 결함 마우스의 확립과 인간 Retinoblastoma 종양의 전파

Culturing retinoblastoma tumor cells in defined stem cell media gives rise to primary tumorspheres that can be grown and maintained for only a limited ...

Production and Detection of Reactive Oxygen Species (ROS) in Cancers

Reactive oxygen species include a number of molecules that damage DNA and RNA and oxidize proteins and lipids (lipid peroxydation). These reactive molecules contain an oxygen and include H2O2 (hydrogen peroxide), NO (nitric oxide), O2- (oxide anion), peroxynitrite (ONOO-), hydrochlorous acid (HOCl), and hydroxyl radical (OH-).
Oxidative species are produced not only under pathological situations (cancers, ischemic/reperfusion, neurologic and cardiovascular pathologies, infectious diseases, inflammatory diseases 1, autoimmune diseases 2, etc&hellip;) but also during physiological (non-pathological) situations such as cellular metabolism 3, 4. Indeed, ROS play important roles in many cellular signaling pathways (proliferation, cell activation 5, 6, migration 7 etc..). ROS can be detrimental (it is then referred to as "oxidative and nitrosative stress") when produced in high amounts in the intracellular compartments and cells generally respond to ROS by upregulating antioxidants such as superoxide dismutase (SOD) and catalase (CAT), glutathione peroxidase (GPx) and glutathione (GSH) that protects them by converting dangerous free radicals to harmless molecules (i.e. water). Vitamins C and E have also been described as ROS scavengers (antioxidants).
Free radicals are beneficial in low amounts 3. Macrophage and neutrophils-mediated immune responses involve the production and release of NO, which inhibits viruses, pathogens and tumor proliferation 8. NO also reacts with other ROS and thus, also has a role as a detoxifier (ROS scavenger). Finally NO acts on vessels to regulate blood flow which is important for the adaptation of muscle to prolonged exercise 9, 10. Several publications have also demonstrated that ROS are involved in insulin sensitivity 11, 12.
Numerous methods to evaluate ROS production are available. In this article we propose several simple, fast, and affordable assays; these assays have been validated by many publications and are routinely used to detect ROS or its effects in mammalian cells. While some of these assays detect multiple ROS, others detect only a single ROS.

Production and Detection of Reactive Oxygen Species ROS in Cancers

Here we propose simple methods to test and evaluate the presence of reactive oxygen species in cells.

암의 생산 및 반응 산소 종의 감지 (ROS)

Reactive oxygen species include a number of molecules that damage DNA and RNA and oxidize proteins and lipids (lipid peroxydation). These reactive ...

DNA Vector-based RNA Interference to Study Gene Function in Cancer

RNA interference (RNAi) inhibits gene expression by specifically degrading target mRNAs. Since the discovery of double-stranded small interference RNA (siRNA) in gene silencing1, RNAi has become a powerful research tool in gene function studies. Compared to genetic deletion, RNAi-mediated gene silencing possesses many advantages, such as the ease with which it is carried out and its suitability to most cell lines. Multiple studies have demonstrated the applications of RNAi technology in cancer research. In particular, the development of the DNA vector-based technology to produce small hairpin RNA (shRNA) driven by the U6 or H1 promoter has made long term and inducible gene silencing possible2,3. Its use in combination with genetically engineered viral vectors, such as lentivirus, facilitates high efficiencies of shRNA delivery and/or integration into genomic DNA for stable shRNA expression. 
We describe a detailed procedure using the DNA vector-based RNAi technology to determine gene function, including construction of lentiviral vectors expressing shRNA, lentivirus production and cell infection, and functional studies using a mouse xenograft model. 
Various strategies have been reported in generating shRNA constructs. The protocol described here employing PCR amplification and a 3-fragment ligation can be used to directly and efficiently generate shRNA-containing lentiviral constructs without leaving any extra nucleotide adjacent to a shRNA coding sequence. Since the shRNA-expression cassettes created by this strategy can be cut out by restriction enzymes, they can be easily moved to other vectors with different fluorescent or antibiotic markers. Most commercial transfection reagents can be used in lentivirus production. However, in this report, we provide an economic method using calcium phosphate precipitation that can achieve over 90% transfection efficiency in 293T cells. Compared to constitutive shRNA expression vectors, an inducible shRNA system is particularly suitable to knocking down a gene essential to cell proliferation. We demonstrate the gene silencing of Yin Yang 1 (YY1), a potential oncogene in breast cancer4,5, by a Tet-On inducible shRNA system and its effects on tumor formation. Research using lentivirus requires review and approval of a biosafety protocol by the Biosafety Committee of a researcher's institution. Research using animal models requires review and approval of an animal protocol by the Animal Care and Use Committee (ACUC) of a researcher's institution.

RNA interference (RNAi) possesses many advantages over gene knockout and has been broadly used as a tool in gene functional studies. The invention of DNA vector-based RNAi technology has made long term and inducible gene knockdown possible, and also increased the feasibility of gene silencing in vivo.

암 관련 유전자 기능을 연구하기 DNA를 벡터 기반의 RNA 간섭

RNA interference (RNAi) inhibits gene expression by specifically degrading target mRNAs. Since the discovery of double-stranded small interference RNA ...

Deep Neuromuscular Blockade Leads to a Larger Intraabdominal Volume During Laparoscopy

Shoulder pain is a commonly reported symptom following laparoscopic procedures such as myomectomy or hysterectomy, and recent studies have shown that lowering the insufflation pressure during surgery may reduce the risk of post-operative pain. In this pilot study, a method is presented for measuring the intra-abdominal space available to the surgeon during laproscopy, in order to examine whether the relaxation produced by deep neuromuscular blockade can increase the working surgical space sufficiently to permit a reduction in the CO2 insufflation pressure. Using the laproscopic grasper, the distance from the promontory to the skin is measured at two different insufflation pressures: 8 mm Hg and 12 mm Hg. After the initial measurements, a neuromuscular blocking agent (rocuronium) is administered to the patient and the intra-abdominal volume is measured again. Pilot data collected from 15 patients shows that the intra-abdominal space at 8 mm Hg with blockade is comparable to the intra-abdominal space measured at 12 mm Hg without blockade. The impact of neuromuscular blockade was not correlated with patient height, weight, BMI, and age. Thus, using neuromuscular blockade to maintain a steady volume while reducing insufflation pressure may produce improved patient outcomes.

This article presents a method for measuring the working abdominal volume during laproscopic myomectomy using the surgical grasper, and applies this technique to obtain pilot data on whether deep neuromuscular blockade (NMB) can enable the use of lower insufflation pressure. Reduced insufflation pressure during laproscopic surgery has been shown to reduce post-operative pain, and thus the use of NMB during surgery may enable improved patient outcomes.

깊은 신경 근육 학 봉쇄 복강경​​시 복강 큰 볼륨으로 오퍼

Shoulder pain is a commonly reported symptom following laparoscopic procedures such as myomectomy or hysterectomy, and recent studies have shown that ...

Identification of Disease-related Spatial Covariance Patterns using Neuroimaging Data

The scaled subprofile model (SSM)1-4 is a multivariate PCA-based algorithm that identifies major sources of variation in patient and control group brain image data while rejecting lesser components (Figure 1). Applied directly to voxel-by-voxel covariance data of steady-state multimodality images, an entire group image set can be reduced to a few significant linearly independent covariance patterns and corresponding subject scores. Each pattern, termed a group invariant subprofile (GIS), is an orthogonal principal component that represents a spatially distributed network of functionally interrelated brain regions. Large global mean scalar effects that can obscure smaller network-specific contributions are removed by the inherent logarithmic conversion and mean centering of the data2,5,6. Subjects express each of these patterns to a variable degree represented by a simple scalar score that can correlate with independent clinical or psychometric descriptors7,8. Using logistic regression analysis of subject scores (i.e. pattern expression values), linear coefficients can be derived to combine multiple principal components into single disease-related spatial covariance patterns, i.e. composite networks with improved discrimination of patients from healthy control subjects5,6. Cross-validation within the derivation set can be performed using bootstrap resampling techniques9. Forward validation is easily confirmed by direct score evaluation of the derived patterns in prospective datasets10. Once validated, disease-related patterns can be used to score individual patients with respect to a fixed reference sample, often the set of healthy subjects that was used (with the disease group) in the original pattern derivation11. These standardized values can in turn be used to assist in differential diagnosis12,13 and to assess disease progression and treatment effects at the network level7,14-16. We present an example of the application of this methodology to FDG PET data of Parkinson's Disease patients and normal controls using our in-house software to derive a characteristic covariance pattern biomarker of disease.

Multivariate techniques including principal component analysis (PCA) have been used to identify signature patterns of regional change in functional brain images. We have developed an algorithm to identify reproducible network biomarkers for the diagnosis of neurodegenerative disorders, assessment of disease progression, and objective evaluation of treatment effects in patient populations.

신경 영상 데이터를 사용하여 질병과 관련된 공간 공분산 패턴의 식별

The scaled subprofile model (SSM)1-4 is a multivariate PCA-based algorithm that identifies major sources of variation in patient and control group brain ...

Detection of Architectural Distortion in Prior Mammograms via Analysis of Oriented Patterns

We demonstrate methods for the detection of architectural distortion in prior mammograms of interval-cancer cases based on analysis of the orientation of breast tissue patterns in mammograms. We hypothesize that architectural distortion modifies the normal orientation of breast tissue patterns in mammographic images before the formation of masses or tumors. In the initial steps of our methods, the oriented structures in a given mammogram are analyzed using Gabor filters and phase portraits to detect node-like sites of radiating or intersecting tissue patterns. Each detected site is then characterized using the node value, fractal dimension, and a measure of angular dispersion specifically designed to represent spiculating patterns associated with architectural distortion.
Our methods were tested with a database of 106 prior mammograms of 56 interval-cancer cases and 52 mammograms of 13 normal cases using the features developed for the characterization of architectural distortion, pattern classification via quadratic discriminant analysis, and validation with the leave-one-patient out procedure. According to the results of free-response receiver operating characteristic analysis, our methods have demonstrated the capability to detect architectural distortion in prior mammograms, taken 15 months (on the average) before clinical diagnosis of breast cancer, with a sensitivity of 80% at about five false positives per patient.

Detection of Architectural Distortion in Prior Mammograms via Analysis of Oriented Patterns

We demonstrate methods for the detection of architectural distortion in prior mammograms. Oriented structures are analyzed using Gabor filters and phase portraits to detect sites of radiating tissue patterns. Each site is characterized and classified using measures to represent spiculating patterns. The methods should assist in the detection of breast cancer.

이전 유방 X 선 사진에있는 건축 왜곡의 검출<em&gt;를 통해</em지향 패턴의&gt; 분석

We demonstrate methods for the detection of architectural distortion in prior mammograms of interval-cancer cases based on analysis of the orientation of ...

Gene-environment Interaction Models to Unmask Susceptibility Mechanisms in Parkinson's Disease

Lipoxygenase (LOX) activity has been implicated in neurodegenerative disorders such as Alzheimer&#39;s disease, but its effects in Parkinson&#39;s disease (PD) pathogenesis are less understood. Gene-environment interaction models have utility in unmasking the impact of specific cellular pathways in toxicity that may not be observed using a solely genetic or toxicant disease model alone.&#160;To evaluate if distinct LOX isozymes selectively contribute to PD-related neurodegeneration, transgenic (i.e. 5-LOX and 12/15-LOX deficient) mice can be challenged with a toxin that mimics cell injury and death in the disorder.&#160;Here we describe the use of a neurotoxin, 1-methyl-4-phenyl-1,2,3,6-tetrahydropyridine (MPTP), which produces a nigrostriatal lesion to elucidate the distinct contributions of LOX isozymes to neurodegeneration related to PD. The use of MPTP in mouse, and nonhuman primate, is well-established to recapitulate the nigrostriatal damage in PD.&#160;The extent of MPTP-induced lesioning is measured by HPLC analysis of dopamine and its metabolites and semi-quantitative Western blot analysis of striatum for tyrosine hydroxylase (TH), the rate-limiting enzyme for the synthesis of dopamine. To assess inflammatory markers, which may demonstrate LOX isozyme-selective sensitivity, glial fibrillary acidic protein (GFAP) and Iba-1 immunohistochemistry are performed on brain sections containing substantia nigra, and GFAP Western blot analysis is performed on striatal homogenates.&#160;This experimental approach can provide novel insights into gene-environment interactions underlying nigrostriatal degeneration and PD.

Lipoxygenase (LOX) isozymes can generate products that may increase or decrease neuroinflammation and neurodegeneration.&#160;A gene-environment interaction study could identify LOX isozyme-specific effects. Using the 1-methyl-4-phenyl-1,2,3,6-tetrahydropyridine (MPTP) model of nigrostriatal damage in two LOX isozyme-deficient transgenic lines allows for comparison of the contribution of LOX isozymes on dopaminergic integrity and inflammation.

파킨슨 병에서 감수성 메커니즘을 마스크를 해제하는 유전자 환경 상호 작용 모델

Lipoxygenase (LOX) activity has been implicated in neurodegenerative disorders such as Alzheimer&#39;s disease, but its effects in Parkinson&#39;s disease ...

Focus Formation: A Cell-based Assay to Determine the Oncogenic Potential of a Gene

Malignant transformation of cells is typically associated with increased proliferation, loss of contact inhibition, acquisition of anchorage-independent growth potential, and the ability to form tumors in experimental animals1. In NIH 3T3 cells, the Ras signal transduction pathway is known to trigger many of these events, what is known as Ras transformation. The introduction of an overexpressed gene in NIH 3T3 cells may promote morphological transformation and loss of contact inhibition, which can help determine the oncogenic potential of that gene of interest. An assay that provides a straightforward method to assess one aspect of the transforming potential of an oncogene is the Focus Formation Assay (FFA)2. When NIH 3T3 cells divide normally in culture, they do so until they reach a confluent monolayer. However, in the presence of an overexpressed oncogene, these cells can begin to grow in dense, multilayered foci1 that can be visualized and quantified by crystal violet or Hema 3 staining. In this article we describe the FFA protocol with retroviral transduction of the gene of interest into NIH 3T3 cells, and how to quantify the number of foci through staining. Retroviral transduction offers a more efficient method of gene delivery than transfection, and the use of an ecotropic murine retrovirus provides a biosafety control when working with potential human oncogenes.

The Focus Formation Assay provides a straightforward method to assess the transforming potential of a candidate oncogene.

형성 초점 : 세포 기반 분석은 유전자의 발암 성 가능성을 파악하기 위해

Malignant transformation of cells is typically associated with increased proliferation, loss of contact inhibition, acquisition of anchorage-independent ...

Unbiased Deep Sequencing of RNA Viruses from Clinical Samples

Here we outline a next-generation RNA sequencing protocol that enables de novo assemblies and intra-host variant calls of viral genomes collected from clinical and biological sources. The method is unbiased and universal; it uses random primers for cDNA synthesis and requires no prior knowledge of the viral sequence content. Before library construction, selective RNase H-based digestion is used to deplete unwanted RNA &#8212; including poly(rA) carrier and ribosomal RNA &#8212; from the viral RNA sample. Selective depletion improves both the data quality and the number of unique reads in viral RNA sequencing libraries. Moreover, a transposase-based &#39;tagmentation&#39; step is used in the protocol as it reduces overall library construction time. The protocol has enabled rapid deep sequencing of over 600 Lassa and Ebola virus samples-including collections from both blood and tissue isolates-and is broadly applicable to other microbial genomics studies.

This protocol describes a rapid and broadly applicable method for unbiased RNA-sequencing of viral samples from human clinical isolates.

임상 샘플에서 RNA 바이러스의 편견 깊은 시퀀싱

Here we outline a next-generation RNA sequencing protocol that enables de novo assemblies and intra-host variant calls of viral genomes collected from ...