저자는 개자리의 truncatula 샘플을 제공하는 UW-매디슨에서 농업 경제학학과 박사 장 미셸 ANE을 인정하고 싶습니다. 이 작품은 국립 과학 재단 (NSF)의 자금에 의해 부분적으로 지원 된 보조금 CHE-0957784, 위스콘신 대학의 대학원 위스콘신 동문회 연구 재단 (WARF) 및 Romnes 교직원 연구 활동 프로그램 (LL까지). EG는 NSF 대학원 연구 활동 (DGE-1256259)를 인정한다.

1. 수단 <ol><li> MALDI-TOF/TOF MSI. 작은 분자의 분석을위한 MALDI 소스가 장착 된 질량 분석기를 (재료 / 장비의 표 참조)를 사용합니다. 그 분석에 따라 양 또는 음 이온 모드에서 획득을 수행합니다. 관심의 질량 범위를 지정하고 이온의 이미지를 생성하는 샘플의 표면을 가로 질러 x와 y 차원 모두에서 50 ㎛ 간격으로 500 레이저 샷 / 자리를 수집합니다. 레이저 샷의 래스터 폭과 번호는, 각각 더 높은 공간 분해능 및 최대 신호 강도를 얻기 위해 조정될 수있다. DHB 매트릭스 피크 또는 질량 스펙트럼을 보정 슬라이드에 직접 조직에 적용되는 내부 기준을 사용합니다. </li><li> 높은 해상도 LC-MS. (재료 / 장비의 표 참조) LC-MS는 HILIC 열이 관심의 분석에 따라와 C-18 열, 또는 정상적인 단계 (NP)과 역상 (RP) LC를 사용하여 실행 샘플을 추출. 이동상 및 사용특정 샘플 유형에 대한 적절한 그라디언트. 시료의 유형에 따라 양 또는 음 이온 모드에서 획득을 수행한다. </li></ol> 2. 조직 준비 <ol><li> 결절에 부착 된 루트 3 ~ 4 밀리미터를두고, 공장에서 루트 결절 트림. </li><li> 즉시 절개 한 후, 저온 유지 컵에 조직을두고 젤라틴 (탈 이온수에서 100 ㎎ / ㎖)를 충당하기 위해 집게를 사용합니다. 조직이 기포와 컵의 바닥에 붙어되는 것이 필수적이다. </li><li> 플래시 젤라틴 견고 불투명해질 때까지 드라이 아이스 / 에탄올 욕에 컵을 배치하여 조직을 동결. -80 ° C까지 사용에서 보관 샘플. </li><li> 에서 샘플을 제거 -80 C 냉장고 °, 플라스틱 저온 유지 컵을 버려야 과잉 젤라틴을 멀리 트림. OCT를 사용하여 조직을 터치 두지 않을 동안, 최적의 절삭 온도 (10 월) 미디어 한푼 크기의 양의 저온 유지 척에 포함 된 조직을 설치합니다. 저온 유지 장치에 배치OCT를 응고 될 때까지 상자. </li><li> 척 젤라틴은 약 15 분 동안 (-20 또는 -25 ° C에서 세트) 저온 유지 장치 상자에서 평형을 허용합니다. </li><li> 백 (비 ITO를 따뜻하게하여 ITO 코팅 유리에 각 슬라이스를 마운트 그라 이오 스탯 (재료 / 장비의 표 참조) 섹션 조직에 약 하나의 셀의 두께 (8-20 μm의는 조직의 유형에 따라)과 해동을 사용하여 손등에 ITO 코팅 유리 슬라이드의면) 코팅. 냉동 조직 절편 근처 따뜻하게 슬라이드의 ITO 코팅면을 놓고 슬라이스가 슬라이드에 충실 할 수 있습니다. 슬라이드에 가깝게 섹션을 배치하는 MSI 동안 더 나은 정렬을 제공 할 것입니다. </li></ol> 3. 매트릭스 응용 프로그램 <ol><li> MALDI 매트릭스의 에어 브러시 적용 <ol><li> 모든 에어 브러쉬 절차는 흄 후드에서 수행해야합니다. </li><li> 철저히 에어 브러쉬 솔루션 컨테이너와 노즐 (재료 / 장비의 표 참조) 메탄올을 청소하고DHB 매트릭스 용액으로 용액 용기를 채우기 (50 % methanol/0.1 %의 TFA의 V에서 150 ㎎ / ㎖ / v). </li><li> 약 35 센티미터 샘플에서 에어 브러쉬를 잡고 10 초 스프레이 기간 및 각 코트 사이에 30 초 건조 시간과 슬라이드의 표면에 매트릭스의 10-15 코트를 적용합니다. </li><li> 매트릭스 솔루션에서 막힘 방지하기 위해 완료되면 철저하게 메탄올로 다시 에어 브러시를 청소합니다. </li></ol></li><li> MALDI 매트릭스의 자동 스프레이 응용 프로그램 <ol><li> 자동 스프레이 시스템의 제조 업체에서 제공하는 스타트 업 지침을 따르십시오. </li><li> 40 ㎎ / ㎖를 사용하여 루트 결절의 대사 산물의 MSI (50 % methanol/0.1 %의 TFA의 V IN / V) DHB 매트릭스 ~ 80 ° C, 속도에 1천2백50mm / 분, 50 유량에 온도 설정을위한 μL / 분, 24에 패스의 수. 최고의 보험의 경우,이 노즐 90 ° 및 / 또는 각 패스의 노즐 1.5 mm 오프셋을 회전하는 것이 좋습니다. 스프레이 방법을 시작합니다. SI로데주의, 여기에 사용 된 특정 스프레이 시스템은 용매의 빠른 증발을 위해 노즐을 가열한다. 용매가 증발 할 때, 매트릭스의 농도는 빠르게 증가한다. 에어 브러시와 자동 분무기를 이용하여 시료에 적용되는 매트릭스는 비교 농도가있다. </li><li> 자동 스프레이 시스템의 제조 업체에서 제공하는 셧다운 지시 사항을 따르십시오. </li></ol></li><li> MALDI 매트릭스의 승화 신청 <ol><li> (재료 / 장비의 표 참조) 승화 실의 바닥에 300 밀리그램의 DHB를 달다. </li><li> 조직 섹션 양면, 전도성 테이프를 아래로 향하게하여 차가운 손가락 (승화 챔버의 상부)에 유리 슬라이드 스틱. 심지어 매트릭스 증착을 생산, 심지어 전도성 양면 테이프와 슬라이드의 뒷면 전체를 커버. </li><li> 함께 C-클램프로 승화 챔버의 상하 반쪽 클램프. 진공 및 광고를 연결상부 저수지에 D 얼음과 차가운 물. </li><li> 실내 온도에 가열 맨틀에서 승화 챔버를 놓습니다. </li><li> 진공 펌프의 전원을 켭니다. 15 분을 기다린 후 가열 맨틀의 전원을 켭니다. 가열 맨틀은 10 분에 걸쳐 120 ° C에 도달해야합니다. </li><li> 10 분 후, 열, 진공 개폐 밸브 (그래서 챔버의 내부는 진공 상태 유지)를 해제하고 진공 펌프를 끄십시오. </li><li> 진공 압력 방출 밸브를 열고 샘플을 제거, 챔버는 실내 온도에 올 수 있습니다. 승화 챔버의 크기가 유리 슬라이드에 승화 행렬의 양을 결정할 것이다. 작은 챔버 (150 ㎖의 비이커의 사이즈) DHB 약 100 밀리그램을 사용하고 유리 슬라이드를 절단 필요하면서 큰 승화 챔버 (400 ㎖의 비이커의 사이즈) DHB 약 300 mg의 사용되도록 그것을 챔버에 맞는. </li></ol></li></ol> 4. 이미지 획득 <ol> &lt;리&gt; 마크 &quot;가르쳐 포인트」로서 사용되는 WiteOut 수정액 펜으로 샘플의 각 모서리에 + 패턴. MALDI 슬라이드 어댑터 플레이트에 유리 슬라이드를 삽입하고 스캐너를 사용하여 샘​​플의 광학 이미지를 촬영. </li><li> 50 ㎛의 래스터 스텝 사이즈와 같거나 래스터 스텝 사이즈보다 작은 레이저 직경 인스트루먼트 사에 의해 제공된 소프트웨어를 사용하여 화상 취득 파일을 설정. 이 특정 기기에서 최소 레이저 설정은 40 ~ 50 μm의 직경이 약 10 μm의 작은 레이저 설정의 레이저 직경을 제공합니다. </li><li> 소프트웨어에 광학 이미지를로드하고 광학 이미지로 판을 맞 춥니 다. </li><li> 일반적인 매트릭스 클러스터 이온, 내부 표준 또는 교정 믹스를 사용하여 인수를 시작하기 전에 악기를 보정합니다. </li><li> &quot;빈&quot;으로 사용될 슬라이드 순수 행렬의 스폿 등으로 MSI 분석 할 조직의 영역을 지정한다. </li><li> 교류 시작quisition. </li></ol> 5. 이미지 생성 <ol><li> 공급 업체에서 제공하는 상용 소프트웨어에서 이미지 파일을 열고 이온 이미지를 추출합니다. 다른 오픈 소스 소프트웨어는 MSI 데이터 처리 19 사용할 수 있습니다. </li></ol> 6. 대사 산물 식별 <ol><li> 공급 업체에 특정 소프트웨어를 사용하여 질량 스펙트럼에서 관심의 특정 M / Z를 (재료 / 장비의 표를 참조). 분석 물 피크가 질량 스펙트럼으로부터 선택되는 이온 이미지가 구체적으로 조직 절편에 국부적으로 생성 될 때 분석 물은 매트릭스 이온 구별 될 수있다. </li><li> 그 분석의 목록을 생성 및 MS / MS 실험을 수행합니다. 분석의 샘플 목록의 대표 결과 표 1과 표 2를 참조하십시오. </li><li> 정확한을 얻기 위해 (또는 가능하면 높은 해상도 MALDI-MS) 고해상도 질량 분석기에 표적으로 한 LC-MS 분석을 수행대중의 관심의 분석의 측정과도 특성 조각 패턴을 얻기 위해 분석 대상 물질의 LC-MS/MS를 수행합니다. </li><li> 대상 분석을위한 추정 식별을 결정하는 검색 데이터베이스를 수행합니다. 대사 데이터베이스의 예는 다음과 같습니다 METLIN, ChemSpider, PubChem, KEGG 및 HMDB을. </li><li> 정확한 질량 데이터베이스 검색에서 추정 식별을 확인하기 위해, 표준, 문학, 및 / 또는 분열 예측 소프트웨어의 MS / MS 스펙트럼을 분석 대상에서 MS / MS를 일치합니다. </li></ol>

<ol>
	<li>Seeley, E. H., Schwamborn, K., Caprioli, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+of+Intact+Tissue+Sections:+Moving+beyond+the+Microscope.">Imaging of Intact Tissue Sections: Moving beyond the Microscope.</a> J. Biol. Chem. 286, 25459-25466 (2011).</li><li>van Hove, E. R. A., Smith, D. F., Heeren, R. M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+concise+review+of+mass+spectrometry+imaging.">A concise review of mass spectrometry imaging.</a> J. Chromatogr. A. 1217, 3946-3954 (2010).</li><li>Lietz, C. B., Gemperline, E., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Qualitative+and+quantitative+mass+spectrometry+imaging+of+drugs+and+metabolites.">Qualitative and quantitative mass spectrometry imaging of drugs and metabolites.</a> Adv. Drug Deliv. Rev. 65, 1074-1085 (2013).</li><li>Ye, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MALDI+mass+spectrometry-assisted+molecular+imaging+of+metabolites+during+nitrogen+fixation+in+the+Medicago+truncatula-Sinorhizobium+meliloti+symbiosis.">MALDI mass spectrometry-assisted molecular imaging of metabolites during nitrogen fixation in the Medicago truncatula-Sinorhizobium meliloti symbiosis.</a> Plant J. 75, 130-145 (2013).</li><li>Ye, H., Gemperline, E., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+vision+for+better+health:+mass+spectrometry+imaging+for+clinical+diagnostics.">A vision for better health: mass spectrometry imaging for clinical diagnostics.</a> Clin. Chim. Acta. 420, 11-22 (2013).</li><li>Wei, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metabolomics+and+Its+Practical+Value+in+Pharmaceutical+Industry.">Metabolomics and Its Practical Value in Pharmaceutical Industry.</a> Curr. Drug Metab. 12, 345-358 (2011).</li><li>Kobayashi, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Novel+Serum+Metabolomics-Based+Diagnostic+Approach+to+Pancreatic+Cancer.">A Novel Serum Metabolomics-Based Diagnostic Approach to Pancreatic Cancer.</a> Cancer Epidem. Biomar. 22, 571-579 (2013).</li><li>West, P. R., Weir, A. M., Smith, A. M., Donley, E. L. R., Cezar, G. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predicting+human+developmental+toxicity+of+pharmaceuticals+using+human+embryonic+stem+cells+and+metabolomics.">Predicting human developmental toxicity of pharmaceuticals using human embryonic stem cells and metabolomics.</a> Toxicol. Appl. Pharm. 247, 18-27 (2010).</li><li>Spegel, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Time-resolved+metabolomics+analysis+of+beta-cells+implicates+the+pentose+phosphate+pathway+in+the+control+of+insulin+release.">Time-resolved metabolomics analysis of beta-cells implicates the pentose phosphate pathway in the control of insulin release.</a> Biochem. J. 450, 595-605 (2013).</li><li>Pendyala, G., Want, E. J., Webb, W., Siuzdak, G., Fox, H. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biomarkers+for+neuroAIDS:+The+widening+scope+of+metabolomics.">Biomarkers for neuroAIDS: The widening scope of metabolomics.</a> J. Neuroimmune. Pharm. 2, 72-80 (2007).</li><li>Prell, J., Poole, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metabolic+changes+of+rhizobia+in+legume+nodules.">Metabolic changes of rhizobia in legume nodules.</a> Trends Microbiol. 14, 161-168 (2006).</li><li>Kutz, K. K., Schmidt, J. J., Li, L. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+situ+tissue+analysis+of+neuropeptides+by+MALDI+FTMS+in-cell+accumulation.">In situ tissue analysis of neuropeptides by MALDI FTMS in-cell accumulation.</a> Anal. Chem. 76, 5630-5640 (1021).</li><li>Stemmler, E. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-mass-resolution+direct-tissue+MALDI-FTMS+reveals+broad+conservation+of+three+neuropeptides+(APSGFLGMRamide,+GYRKPPFNGSIFamide+and+pQDLDHVFLRFamide)+across+members+of+seven+decapod+crustaean+infraorders.">High-mass-resolution direct-tissue MALDI-FTMS reveals broad conservation of three neuropeptides (APSGFLGMRamide, GYRKPPFNGSIFamide and pQDLDHVFLRFamide) across members of seven decapod crustaean infraorders.</a> Peptides. 28, 2104-2115 (2007).</li><li>Rubakhin, S. S., Churchill, J. D., Greenough, W. T., Sweedler, J. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Profiling+signaling+peptides+in+single+mammalian+cells+using+mass+spectrometry.">Profiling signaling peptides in single mammalian cells using mass spectrometry.</a> Anal. Chem. 78, 7267-7272 (1021).</li><li>Neupert, S., Predel, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometric+analysis+of+single+identified+neurons+of+an+insect.">Mass spectrometric analysis of single identified neurons of an insect.</a> Biochem. Bioph. Res. Co. 327, 640-645 (2005).</li><li>Caprioli, R. M., Farmer, T. B., Gile, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+imaging+of+biological+samples:+localization+of+peptides+and+proteins+using.">Molecular imaging of biological samples: localization of peptides and proteins using.</a> MALDI-TOF MS. Anal. Chem. 69, 4751-4760 (1997).</li><li>Baluya, D. L., Garrett, T. J., Yost, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+MALDI+matrix+deposition+method+with+inkjet+printing+for+imaging+mass+spectrometry.">Automated MALDI matrix deposition method with inkjet printing for imaging mass spectrometry.</a> Anal. Chem. 79, 6862-6867 (2007).</li><li>Hankin, J. A., Barkley, R. M., Murphy, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sublimation+as+a+method+of+matrix+application+for+mass+spectrometric+imaging.">Sublimation as a method of matrix application for mass spectrometric imaging.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 18, 1646-1652 (2007).</li><li>Robichaud, G., Garrard, K. P., Barry, J. A., Muddiman, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MSiReader:+an+open-source+interface+to+view+and+analyze+high+resolving+power+MS+imaging+files+on+Matlab+platform.">MSiReader: an open-source interface to view and analyze high resolving power MS imaging files on Matlab platform.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 24, 718-721 (2013).</li><li>Northen, T. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clathrate+nanostructures+for+mass+spectrometry.">Clathrate nanostructures for mass spectrometry.</a> Nature. 449, (2007).</li><li>Shrivas, K., Hayasaka, T., Sugiura, Y., Setou, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Method+for+simultaneous+imaging+of+endogenous+low+molecular+weight+metabolites+in+mouse+brain+using+TiO2+nanoparticles+in+nanoparticle-assisted+laser+desorption/ionization-imaging+mass+spectrometry.">Method for simultaneous imaging of endogenous low molecular weight metabolites in mouse brain using TiO2 nanoparticles in nanoparticle-assisted laser desorption/ionization-imaging mass spectrometry.</a> Anal. Chem. 83, 7283-7289 (2011).</li><li>Thomas, A., Charbonneau, J. L., Fournaise, E., Chaurand, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sublimation+of+new+matrix+candidates+for+high+spatial+resolution+imaging+mass+spectrometry+of+lipids:+enhanced+information+in+both+positive+and+negative+polarities+after+1,5-diaminonapthalene+deposition.">Sublimation of new matrix candidates for high spatial resolution imaging mass spectrometry of lipids: enhanced information in both positive and negative polarities after 1,5-diaminonapthalene deposition.</a> Anal. Chem. 84, 2048-2054 (2012).</li><li>Chen, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=2,3,4,5-Tetrakis(3',4'-dihydroxylphenyl)thiophene:+a+new+matrix+for+the+selective+analysis+of+low+molecular+weight+amines+and+direct+determination+of+creatinine+in+urine+by+MALDI-TOF+MS.">2,3,4,5-Tetrakis(3',4'-dihydroxylphenyl)thiophene: a new matrix for the selective analysis of low molecular weight amines and direct determination of creatinine in urine by MALDI-TOF MS.</a> Anal. Chem. 84, 10291-10297 (2012).</li><li>Shroff, R., Rulisek, L., Doubsky, J., Svatos, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Acid-base-driven+matrix-assisted+mass+spectrometry+for+targeted+metabolomics.">Acid-base-driven matrix-assisted mass spectrometry for targeted metabolomics.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 106, 10092-10096 (2009).</li><li>Shroff, R., Svatos, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proton+sponge:+a+novel+and+versatile+MALDI+matrix+for+the+analysis+of+metabolites+using+mass+spectrometry.">Proton sponge: a novel and versatile MALDI matrix for the analysis of metabolites using mass spectrometry.</a> Anal. Chem. 81, 7954-7959 (2009).</li><li>Shimma, S., Setou, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+Microscopy+to+Reveal+Distinct+Localization+of+Heme+B+(m/z+616)+in+Colon+Cancer+Liver+Metastasis.">Mass Microscopy to Reveal Distinct Localization of Heme B (m/z 616) in Colon Cancer Liver Metastasis.</a> J. Mass Spectrom. Soc. Jpn. 55, 145-148 (2007).</li><li>Paschke, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mirion-A+Software+Package+for+Automatic+Processing+of+Mass+Spectrometric+Images.">Mirion-A Software Package for Automatic Processing of Mass Spectrometric Images.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 24, 1296-1306 (2013).</li><li>Parry, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=omniSpect:+an+open+MATLAB-based+tool+for+visualization+and+analysis+of+matrix-assisted+laser+desorption/ionization+and+desorption+electrospray+ionization+mass+spectrometry+images.">omniSpect: an open MATLAB-based tool for visualization and analysis of matrix-assisted laser desorption/ionization and desorption electrospray ionization mass spectrometry images.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 24, 646-649 (2013).</li></ol>

저자는 더 경쟁 재정적 이익이 없다는 것을 선언합니다.

전술 한 바와 같이, 샘플 준비는 MSI 흐름에서 가장 중요한 단계이다. 고르지 조직을 포함하면 경우에 가능 어렵거나없는 것으로 절편의 원인이됩니다. 단면의 크기 및 적절한 평형 시간은 조직의 무결성을 유지하고 접는 눈물 회피에 결정적이다. 행렬 및 응용 기술의 선택은 검출 될 분석 물의 유형을 결정하는 역할, 공간 해상도, 및 결과의 재현성을 할 것이다. 행렬 또는 적용 기술의 조합을 사용하여 상보적인 결과를 제공 할 수 있었다. 이 방법은 M. 내인성 대사의 타겟이 불분명 한 MSI를 위해 특별히 설계되었습니다 truncatula 뿌리 결절 조직 만 쉽게 다른 조직 유형 및 생물학적 질문에 적응 될 수있다. 작은 분자 MSI의 권장 매트릭스 신청 방법은 승화 자동 분무기입니다. Tissu은 상에 증착 용매의 양을 증가E, 자동 스프레이 방식을 조정함으로써, 분석 물질의 추출을 증가하고 하나 등 지질, 펩타이드, MSI 건을 수행하도록 선택할 경우 높은 질량 화합물의 검출을 허용한다. 조직의 다른 유형을 사용할 때, 주요 조절 부 두께 일 것이다. 이상적으로 조직은 하나의 셀의 두께로 슬라이스한다, 식물 조직과 동물의 조직에 적합한 얇은 섹션에 대한 때문에 두꺼운 부분은 아마 해당. 접힘 또는 찢어짐이 발생하는 경우, 일반적으로 긴 평형 시간은 단면 처리 전에 필요한 또는 두꺼운 부분의 크기가 필요할 수 있었다. 정확한 질량, 조직 추출 프로토콜, 이동상 용매 구배, 칼럼 고정상 및 MS 이온화 모드를 구하는 LC-MS를 수행하는 경우 모두를 조정하고 또한 분석을 위해 최적화 될 수있다. MALDI-MSI의 주요 이점은 그 질량뿐만 아니라 정보를 제공하는 능력뿐만 아니라, 주어진 샘플에 대한 공간 정보 인분석 대상 물질의 사전 지식 없이도. 다른 이미징 기술은 유도체 화 또는 태그 (5)의 사용을 필요로한다. 전술 한 바와 같이,이 기술의 한 가지 제한이 매트릭스 이온 피크를 방해 풍부하다. 소설 행렬이 제한을 해결하기 위해보고되었습니다. 또한, 이차 이온 질량 분석 (SIMS) - MSI는 매트릭스 무료 영상 옵션입니다, 그러나, MALDI-MSI 3 이하의 감도를 가지고 있습니다. 이 기술의 또 다른 한계는 MALDI-TOF/TOF 악기의 낮은 질량 해상도입니다. 때문에 낮은 질량 분해능으로, 또한 추가 실험과 더 의미 대사 산물 식별을 위해 정확한 질량을 구하는 것이 고해상도 MS를 수행 할 필요가있다. 이 문제는 MALDI-Orbitrap 같은 고해상도 기기 플랫폼 MALDI-MSI를 수행함으로써 해결 될 수있다. MSI 실험 수행의 마지막 제한은 MSI 데이터의 분석을 위해 사용할 수있는 소프트웨어 툴의 부족이다 ALT무릎 MSI 소프트웨어의 몇 가지 최근의 진보는 27, 28가되었습니다. 일반적으로 각각의 이미지 영역에 대한 MS 스펙트럼은 수동으로 분석해야한다 이온 이미지는 손으로 추출. MSI의 실험은 많은 양의 데이터를 생성하고 믿을 수 없을만큼 시간 분석이 소요될 수 있습니다. 전반적으로, MALDI-MSI는 많은 생물학적 응용 프로그램을 작은 분자와 다른 화합물의 타겟이 불분명 한 분석에 매우 유용 할 수있는 하나의 실험 내에서 동시에 여러 화합물의 공간 정보를 얻기 위해 고유 한 이점을 제공합니다.

대사의 성장 분야는 바이오 마커 발견, 식물과 다른 생물 학적 시스템에 대사 경로를 해독하고, 독성 프로파일 4,6-10 등 많은 중요한 생물 학적 응용 프로그램을하고 있습니다. 시스템 생물학을 공부하고 주요 기술 과제는 그들에게 11을 방해하지 않고 메타 볼로 경로를 연구하는 것입니다. MALDI-MSI는 단일 기관 12, 13, 심지어 하나의 세포 (14, 15)에 분석의 민감한 탐지를 가능하게 손상 조직을 직접 분석 할 수 있습니다. 샘플 준비를 재현하고 신뢰할 수있는 질량 스펙트럼 이미지를 생산하는 중요한 단계입니다. 이미지의 품질이 크게 티슈 매립 매체, 슬라이스 두께, MALDI 매트릭스 및 매트릭스 응용 기술과 같은 요인에 의존한다. 이미징 애플리케이션에 이상적인 단면 두께는 하나의 셀 (시료 유형에 따라 8-20 μM)의 폭이다. MALDI 유기, crystallin의 증착을 필요로E 매트릭스 화합물, 분석 절제 및 이온화를 돕기 위해 샘플에 전형적 약산. 16 다른 행렬들은 상이한 신호 강도, 간섭 이온 및 화합물의 다른 클래스의 이온화 효율을 제공한다. 매트릭스 응용 기술은 또한 질량 스펙트럼 이미지 및 다른 기술의 품질 역할 분석의 다른 클래스에 적합한한다. 세 매트릭스 응용 프로그램의 방법은이 프로토콜에 제시되어있다 : 에어 브러쉬, 자동 분무기, 승화. 에어 브러시 매트릭스 애플리케이션은 광범위 MALDI 이미징에 사용되어왔다. 에어 브러쉬 매트릭스 애플리케이션의 장점은 상대적으로 신속하고 용이하다는 것이다. 그러나, 에어 브러쉬 매트릭스 애플리케이션의 품질은 크게 사용자의 숙련도에 따라 덜 재현 할과 분석 물질의 확산, 특히 작은 분자 (17)을 야기하는 경향이있다. 자동 스프레이 시스템은 매트릭스 애플리케이션 에어 브러시 유사한 기계가 있지만, 근래전자 스프레이 더 재현하고, 수동 에어 브러쉬 응용 프로그램을 볼 수있는 변동성을 제거하기 위해 개발되었습니다. 이 방법은 때로는 더 많은 시간이 소요되는 기존의 에어 브러쉬 매트릭스 응용 프로그램을보다가 될 수 있습니다. 수동 에어 브러쉬 자동 스프레이 시스템은 모두 솔벤트 기반의 매트릭스 응용 프로그램의 방법이다. 그러나, 추출 및 높은 질량 화합물 (18)을 관찰하기 위해 용매 필요한 부족, 승화는 분석 확산을 줄일 수 있기 때문에 대사와 작은 분자의 질량 스펙트럼 이미징 점점 더 인기를 끌고있다 건조 매트릭스 응용 기술이다. 대사의 신분은 일반적으로 탠덤 질량 MS / MS 스펙트럼이 표준, 문학, 또는 이론적 스펙트럼에 비교되는 유효성 검사에 대한 (MS / MS) 실험, 다음 추정 동정을 얻기 위해 정확한 질량 측정이 필요합니다. 이 프로토콜 고해상도 (질량 m / z 400에서 60,000의 분해능), 액체 크로마토 그래피 (LC)-MS는 개자리는 생물학적 시스템으로 뿌리와 뿌리혹을 truncatula 사용하여, 공간 정보 및 내인성 대사의 자신감을 식별 모두를 얻기 위해 MALDI-MSI에 연결된다. MS / MS 실험은 MALDI-MSI 또는 LC-MS와 조직 추출물의 조직에서 직접 수행 및 대사 산물 식별의 유효성 검사에 사용 할 수 있습니다. 이 프로토콜은 M. 내인성 대사를 매핑 할 수있는 간단한 방법을 제공합니다 적응 및 다양한 조직 유형 및 생물학적 시스템에서 작은 분자 MSI에 적용될 수 truncatula.

<table><tbody><tr><td>Gelatin</td><td>Difco</td><td>&lt;a href=&quot;http://catalog.bd.com/bdCat/viewProduct.doCustomer?productNumber=214340&quot;&gt;214340&lt;/a&gt;</td><td>heat to dissolve</td></tr><tr><td>Cryostat- HM 550</td><td>Thermo Scientific</td><td>956564A</td><td></td></tr><tr><td>Indium tin oxide (ITO)-coated glass slides&amp;nbsp;</td><td>Delta Technologies</td><td>CB-90IN-S107</td><td>25 mm x 75 mm x 0.8 mm (width x length x thickness)</td></tr><tr><td>2,5-Dihydroxybenzoic acid (DHB) matrix&amp;nbsp;</td><td>ICN Biomedicals</td><td>&lt;a href=&quot;http://www.labsource.com/Catalog/Item.aspx?ItemID=1787195&quot;&gt;PI90033&lt;/a&gt;</td><td></td></tr><tr><td>Airbrush</td><td>Paasche Airbrush Company</td><td>TG-100D</td><td>coupled with 75 ml steel container</td></tr><tr><td>Automatic matrix sprayer system- TM-Sprayer</td><td>HTX Technologies, LLC</td><td>HTX.TMSP.H021-U</td><td>Specific start-up and shut-down instructions will be given when the instrument is installed</td></tr><tr><td>Sublimation apparatus&amp;nbsp;</td><td>Chemglass Life Science</td><td>&lt;a href=&quot;http://www.chemglass.com/product_view.asp?pnr=CG-3038&quot;&gt;CG-3038-01&lt;/a&gt;</td><td></td></tr><tr><td>Vaccum pump- Alcatel 2008 A</td><td>Ideal Vacuum Products</td><td>P10976</td><td>Ultimate Pressure = 1 x 10&lt;sup&gt;-4 &lt;/sup&gt;Torr</td></tr><tr><td>ultrafleXtreme MALDI-TOF/TOF</td><td>Bruker Daltonics</td><td>276601</td><td></td></tr><tr><td>FlexImaging</td><td>Bruker Daltonics</td><td>269841</td><td>One example of &quot;vender specific software&quot;</td></tr><tr><td>MALDI LTQ Orbitrap</td><td>Thermo Scientific</td><td>IQLAAEGAAPFADBMASZ</td><td>High resolution MALDI instrument for accurate mass measurements</td></tr><tr><td>Q Exactive</td><td>Thermo Scientific</td><td>IQLAAEGAAPFALGMAZR</td><td>High resolution LC-MS instrument for accurate mass measurements</td></tr></tbody></table>

maldi-mass spectrometric imaging for the investigation of metabolites in medicago truncatula root nodules

이러한 의약품 또는 내인성 대사와 같은 작은 분자를 연구 잠재적으로 1 연구되고 대사 경로에 변화를 일으킬 수있는 그 조직의 균질화를 필요로 조직 추출물을 사용하는 데 사용되는 대부분의 기술. 질량 분석 영상 (MSI)은 생체 조직 샘플 1-5의 손상 조각 내 분석의 공간 정보를 제공 할 수있는 강력한 분석 도구입니다. 이 기술은 단백질, 펩티드, 지질과 같은 내인성 대사와 같은 작은 분자를 포함하여 각종 화합물을 연구하기 위해 광범위하게 사용되고있다. 매트릭스 보조 레이저 탈착 / 이온화 (MALDI) MSI와, 다 대사 산물의 공간적 분포를 동시에 검출 할 수있다. 여기서, 콩과의 식물 뿌리와 뿌리혹에 타겟이 불분명 한 대사 MSI의 실험을 위해 특별히 개발 된 방법이 일어나는 생물학적 과정에 대한 통찰력을 표시 할 수있는 표시됩니다.여기에 제시된 방법은 시료 준비에서 이미지 수집으로, 일반적인 MSI의 흐름을 보여주고, 작은 분자를 검출하는 데 도움이되는 여러 매트릭스 응용 프로그램 기술을 시연, 매트릭스 응용 프로그램 단계에 초점을 맞추고 있습니다. MS의 이미지가 생성되면, 그 대사 산물의 분석 및 식별을 논의 보여줍니다. 여기에 제시된 표준 워크 플로우를 쉽게 다른 조직 유형, 분자 종, 및 계측에 대해 수정할 수 있습니다.

MSI의 실험 개요는도 1에 도시된다. 실험의 시작에서, 샘플 준비는 중요한 단계입니다. 결절은 식물 뿌리에서 트리밍 된 젤라틴에 포함됩니다. 이 동결되는 동안 조직은, 아니 거품, 저온 유지 컵에 평평하게 눌러야합니다, 그것은 단면되는 동안이 조직의 쉽고 적절한 정렬을 보장합니다. 조직과 분리 될 때, 적절한 두께로 조직을 절단하기 위해 중요하다; 섹션 너무 두껍게 추출 및 조직으로부터 검출 된 분석 물질의 수를 줄이는 반면 섹션 너무 얇은는 티슈 무결성을 망치고, 찢어 것이다. 행렬 및 응용 기술의 선택은 검출 된 분석 물질의 종류를 결정할 것이다. 행렬의 조합을 사용하여 상보적인 결과를 제공 할 수 있었다. 세 매트릭스 응용 기술은이 작품에 제시되어있다. 에어 브러쉬 기법은 빠르지 만 작은 분자의 MSI 수를 위해 일반적으로 적합하지 않습니다분석 확산의 원인이됩니다. 자동 스프레이 시스템 및 승화 작은 행렬 결정 나은 재현성, 이하 피 분석 물 확산을 제공한다. 2 개자리의 truncatula 뿌리 결절 부의 광학 이미지를 보여준다. 3 자동 에어 브러쉬를 사용하여 매트릭스 따르면 및 결정 크기의 광학 이미지 예를 보여준다 각각 분무기, 승화. DHB 같은 전통적인 행렬, 낮은 질량 범위 (m / Z 100 ~ 400) (20)에 많은 이온을 생성한다. 이 매트릭스 이온이이 범위에있는 대사 산물의 검출을 방해 할 수 있습니다. 그림 4 단지 DHB 매트릭스의 MS 스펙트럼은 DHB 매트릭스 코팅 루트 결절 조직에 비해 보여줍니다. DHB 매트릭스 피크는 파란색으로 표시됩니다 DHB 덮여 빨간색과 루트 결절 조직에 표시됩니다. 같은 티오이 나노 입자 (21), 1,5 - diaminonapthalene (DAN) 22, 2,3,4,5 - 테트라 키스 (3 &#39;, 4&#39;-AS 소설 행렬디 하이드) 티 오펜 (DHPT) (23), 및 1,8 - 비스 (디메틸 아미노) 나프탈렌 (DMAN) (24, 25)는 낮은 질량 범위에서 매트릭스 이온의 간섭을 감소 시킨다는보고, 또한 특정 클래스의 검출을 보강하였습니다 5 대사 산물. 매트릭스 피크 MS 이미지를 사용하여 실제의 대사 산물과 구별 될 수있다. 피크에서 클릭하면, 이온 이미지가 추출되고, 광 화상을 중첩 표시된다. 조직에 별개의 현지화 이미지를 생성하고, 단지 이미지 영역 매트릭스에 존재하지 않는 그 피크, 대사 산물로 간주됩니다. 그림 5a 루트 결절의 조직에서 발견 된 대사 산물의 몇 가지 대표적인 이온의 이미지를 보여줍니다, 그림 (b)는 MS의 이미지의 예를 보여줍니다 동안 관련 피크를 매트릭스에 대응. 그림 5a에서 이미지는 루트 결절 조직과 몇 군데 만 지역 매트릭스 신호의 부족으로 별개의 현지화를 보여줍니다. 그림 (b)에 </강한&gt; 신호가 거의 현지화를 표시하고, 전체 조직에 존재하며, 신호는 또한 매트릭스 (오른쪽 상단 모서리에있는 사각형 영역) 몇 군데에만 영역을 볼 수 있습니다. M.에서 그 분석의 샘플 목록 truncatula 루트 결절 조직은 표 1에 (긍정적 인 모드) 표 2 (음 모드) 4입니다. 불분명 한 대사 실험의 최종 목표는 탐지 된 화합물을 식별하는 것이다. 중 해상도 악기 등 TOF / TOF 등 (MRMS)에 MSI를 수행 할 때, 그것은 다른 방식으로 정확한 질량 측정을 구하는 것이 필요하다. 이 MALDI-MSI 결과는 조직 추출물을 이용한 고해상도 LC-MS 데이터에 비교되는 다각 MS 방식으로 수행 될 수있다. 그 분석에 따라 선택할 수있는 많은 수의 조직 추출 프로토콜이 있습니다. 고해상도 MS (HRMS)는 양 또는 음 이온화 MO에서 수행 될 수있다DES 및 정상 또는 반전 위상 LC 관심의 분석에 따라와. 정확한 질량은 고해상도 LC-MS로 수득되면, 생성 된 질량을 추정 식별을 얻기 위해, 앞서 설명한 여러 데이터베이스로 검색 할 수있다. 다음 MS / MS 데이터를 수집하고 그 분석 물의 특성 단편화 패턴은 표준 문헌 스펙트럼 또는 이론적 조각화 패턴과 비교 될 수있다.도 6은 MSI 및 LC-MS로 검출 대사 산물 중 하나의 예를 나타낸다. 이 대사 산물은 고해상도 LC-MS로 수집 MS / MS 스펙트럼에 근거 헴로 확인되었다. 이 MS / MS 데이터는 이전에 Shimma 및 Setou (26)에 의해 발표 된 MS / MS 스펙트럼을 비교 하였다. 이 MS / MS 스펙트럼이 일치하므로 m / z 616.2의 ID는 자신 문헌 MS / MS 데이터에 비해 정확한 질량 데이터베이스 검색 및 MS / MS 데이터에 기초 헴로 할당 하였다. <p class="jove_content" fo:keep-together.within 페이지 = &quot;항상&quot;&gt; <img alt="그림 1" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51434/51434fig1highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51434/51434fig1.jpg" /> 그림 1. MSI 워크 플로우. 루트 결절의 개요는 저온 유지에 단면 젤라틴에 포함 된 공장에서 트리밍 및 ITO 코팅 유리 슬라이드에 장착되어있다. 매트릭스는 세 매트릭스 적용 기술 중 하나를 사용하여 슬라이드에 적용된다. MSI의 인수는 MALDI-TOF/TOF 질량 분석기로 수행되고 MS 스펙트럼은 MSI 소프트웨어 이미지로 컴파일됩니다. <img alt="그림 2" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51434/51434fig2highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51434/51434fig2.jpg" /> 그림 2. 조직 샘플의 광학 이미지. 개자리의 truncatula 루트 결절 조직 섹션의 대표적인 광학 이미지. <img alt="그림 3" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51434/51434fig3highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51434/51434fig3.jpg" /> 그림 3. 실시 예 매트릭스 증착.) 에어 브러쉬, b) 자동 분무기, 및 c) 승화 기법 매트릭스 증착의 다른 일관성을 보여주는 대표적인 이미지. 자동 분무기 방법은 작은 균등하게 크기의 결정을 생성하는 동안 에어 브러쉬 신청 방법은 크고 작은 결정을 생성합니다. 승화 한에게 매트릭스의 수평 층을 생성합니다. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/51434/51434fig3highres.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img alt="그림 4" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51434/51434fig4highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51434/51434fig4.jpg" /> 그림 4. PLA의 MS 스펙트럼DHB으로 덮여 루트 결절 조직 대 DHB 매트릭스에. DHB 매트릭스 피크가 빨간색으로 표시됩니다 및 DHB으로 덮여 루트 결절 조직은 파란색으로 표시됩니다. 매트릭스 피크 MS 이미지를 사용하여 실제의 대사 산물과 구별 될 수있다. 피크에서 클릭하면, 이온 이미지가 추출되고, 광 화상을 중첩 표시된다. 조직에 별개의 현지화 이미지를 생성하고, 그 피크가, 단지 이미지 영역 행렬에없는 대사 산물로 간주됩니다. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/51434/51434fig4highres.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img alt="그림 5" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51434/51434fig5highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51434/51434fig5.jpg" /> 그림 5. M.의 MS의 이미지 truncatula 루트 결절.) 대사 (F)의 대표 이온 이미지ound 야생형 M.에 truncatula 루트 결절. B)의 대사 산물로 간주되지 않을 것이다 행렬 종의 대표적인 이온의 이미지. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/51434/51434fig5highres.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img alt="그림 6" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51434/51434fig6highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51434/51434fig6.jpg" /> 그림 6. 대사 산물 식별 예를 들어 MS / MS 데이터. 헴 [M +]로 확인 m / z 616.2의 MS / MS 스펙트럼. 화학 구조가 표시되고 분열 구조가 할당됩니다. 실험 MS / MS 데이터 Shimma 및 Setou (26)에 의해 문헌에보고 헴의 MS / MS 스펙트럼과 비교된다. 표 1. 그 분석 -. 항문의 긍정적 인 모드 샘플 목록M.에서 관심, 킬로바이트 양이온 모드 4 truncatula 루트 결절 조직. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="454"><colgroup><col /><col /><col /><col /><col /></colgroup><tbody><tr height="68"><td height="68" style="height:68px;width:173px;"> 대사의 이름 </td><td style="width:79px;"> 이론 [M + H] + </td><td style="width:68px;"> [M + H] + 측정 MRMS </td><td style="width:71px;"> [M + H] + HRMS 실측 </td><td style="width:64px;"> ΔM (MDA) </td></tr><tr height="26"><td height="26" style="height:26px;width:173px;"> γ-아미노 산을 </td><td style="width:79px;"> 104.0706 </td><td style="width:68px;"> 104.1 </td><td style="width:71px;"> 104.0706 </td><td style="width:64px;"> 0 </td></tr><tr height="25"><td height="25" style="height:26px;width:173px;"> 콜린 * </td><td style="width:79px;"> 104.1070 </td<html> &gt; <td style="width:68px;"> 104.1 </td><td style="width:71px;"> 104.1071 </td><td style="width:64px;"> 0.01 </td></tr><tr height="21"><td height="21" style="height:22px;width:173px;"> 프롤린 </td><td style="width:79px;"> 116.0706 </td><td style="width:68px;"> 116.07 </td><td style="width:71px;"> 116.0706 </td><td style="width:64px;"> 0 </td></tr><tr height="21"><td height="21" style="height:22px;width:173px;"> 발린 </td><td style="width:79px;"> 118.0863 </td><td style="width:68px;"> 118.09 </td><td style="width:71px;"> 118.0865 </td><td style="width:64px;"> 0.02 </td></tr><tr height="25"><td height="25" style="height:26px;width:173px;"> 류신 </td><td style="width:79px;"> 132.1019 </td><td style="width:68px;"> 132.1 </td><td style="width:71px;"> 132.1022 </td><td style="width:64px;"> 0.03 </td></tr><tr height="25"><td height="25" style="height:26px;width:173px;"> 아스파라긴 </td><html> H : 79px; &quot;&gt; 133.0608 </td><td style="width:68px;"> 133.06 </td><td style="width:71px;"> 133.0602 </td><td style="width:64px;"> -0.06 </td></tr><tr height="25"><td height="25" style="height:26px;width:173px;"> 아데닌 </td><td style="width:79px;"> 136.0618 </td><td style="width:68px;"> 136.07 </td><td style="width:71px;"> NA </td><td style="width:64px;"> NA </td></tr><tr height="25"><td height="25" style="height:26px;width:173px;"> proling 베타 </td><td style="width:79px;"> 144.1019 </td><td style="width:68px;"> 144.1 </td><td style="width:71px;"> 144.1024 </td><td style="width:64px;"> 0.05 </td></tr><tr height="25"><td height="25" style="height:26px;width:173px;"> 글루타민 </td><td style="width:79px;"> 147.0764 </td><td style="width:68px;"> 147.09 </td><td style="width:71px;"> 147.0768 </td><td style="width:64px;"> 0.04 </td></tr><tr height="25">73px; &quot;&gt; 히스티딘 </td><td style="width:79px;"> 156.0768 </td><td style="width:68px;"> 156.06 </td><td style="width:71px;"> 156.0771 </td><td style="width:64px;"> 0.03 </td></tr><tr height="25"><td height="25" style="height:26px;width:173px;"> 아르기닌 </td><td style="width:79px;"> 175.1190 </td><td style="width:68px;"> 175.13 </td><td style="width:71px;"> 175.1167 </td><td style="width:64px;"> -0.23 </td></tr><tr height="21"><td height="21" style="height:22px;width:173px;"> 자당 + K </td><td style="width:79px;"> 381.0794 </td><td style="width:68px;"> 381.05 </td><td style="width:71px;"> 381.0791 </td><td style="width:64px;"> -0.03 </td></tr><tr height="25"><td height="25" style="height:26px;width:173px;"> 헴, * </td><td style="width:79px;"> 616.1768 </td><td style="width:68px;"> 616.15 </td><td style="width:71px;"> NA </td><td style="width:64px;"> NA </td></tr><tr height="25"><td heig<html> HT = &quot;25&quot;스타일 = &quot;높이 : 26px; 폭 : 173px;&quot;&gt; NAD의 </td><td style="width:79px;"> 664.1164 </td><td style="width:68px;"> 664.1 </td><td style="width:71px;"> NA </td><td style="width:64px;"> NA </td></tr><tr height="25"><td height="25" style="height:26px;width:173px;"> 포르 모노 네틴 </td><td style="width:79px;"> 269​​.0808 </td><td style="width:68px;"> 269​​.08 </td><td style="width:71px;"> 269​​.0803 </td><td style="width:64px;"> 0.05 </td></tr><tr height="25"><td height="25" style="height:26px;width:173px;"> chrysoseriol GlcA </td><td style="width:79px;"> 477.1028 </td><td style="width:68px;"> 477.1 </td><td style="width:71px;"> 477.1008 </td><td style="width:64px;"> 0.2 </td></tr><tr height="25"><td height="25" style="height:26px;width:173px;"> 포르 모노 네틴 MalGlc의 </td><td style="width:79px;"> 517.1341 </td><td style="width:68px;"> 517.13 </td><td style="width:71px;"> 517.1337 </td>idth : 64px; &quot;&gt; 0.04 </td></tr><tr height="25"><td height="25" style="height:26px;width:173px;"> aformosin MalGlc </td><td style="width:79px;"> 547.1446 </td><td style="width:68px;"> 547.16 </td><td style="width:71px;"> 547.1427 </td><td style="width:64px;"> 0.19 </td></tr></tbody></table> * [M +] MS / MS는 식별을 수행. 표 2. 그 분석 -. M.에서 그 분석의 부정적인 모드 샘플 목록 음이온 모드 4 truncatula 루트 결절 조직. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="434"><colgroup><col /><col /><col /><col /><col /></colgroup><tbody><tr height="68"><td height="68" style="height:68px;width:140px;"> 대사의 이름 </td><td style="width:79px;"> 이론 [MH] - </td><td style="width:81px;"> 측정 MRMS [MH] - &lt;<html> / SUP&gt; </td><td style="width:71px;"> HRMS는 [MH]를 측정 - </td><td style="width:64px;"> ΔM (MDA) </td></tr><tr height="21"><td height="21" style="height:22px;"> 피루브산 </td><td> 87.0077 </td><td> 87 </td><td> NA </td><td> NA </td></tr><tr height="25"><td height="25" style="height:26px;"> 알라닌 </td><td> 88.0393 </td><td> 88.01 </td><td> 88.0374 </td><td> -0.19 </td></tr><tr height="25"><td height="25" style="height:26px;"> 락트산 </td><td> 89.0233 </td><td> 89.01 </td><td> 89.0296 </td><td> 0.63 </td></tr><tr height="21"><td height="21" style="height:22px;"> 인산 </td><td> 96.9685 </td><td> 96.96 </td><td> 96.9625 </td><td> -0.6 </td></tr><tr height="21"><td height="21" style="height:22px;"> 2 ketobutyric 산 </td><td> 101.0233 </td><td> 101.02 </td><td> 101.0191 </td><td> -0.42 </td></tr><tr height="26">HT : 26px; &quot;&gt; γ-아미노 산 </td><td> 102.055 </td><td> 102.04 </td><td> 102.0528 </td><td> -0.22 </td></tr><tr height="21"><td height="21" style="height:22px;"> 세린 </td><td> 104.0342 </td><td> 104.02 </td><td> 104.0228 </td><td> -1.14 </td></tr><tr height="25"><td height="25" style="height:26px;"> 말레인산 / 푸마르산 </td><td> 115.0026 </td><td> 115.03 </td><td> 115 </td><td> -0.26 </td></tr><tr height="25"><td height="25" style="height:26px;"> 숙신산 </td><td> 117.0182 </td><td> 117.01 </td><td> 117.0125 </td><td> -0.57 </td></tr><tr height="21"><td height="21" style="height:22px;"> 트레오닌 </td><td> 118.0499 </td><td> 118.04 </td><td> 118.0456 </td><td> -0.43 </td></tr><tr height="21"><td height="21" style="height:22px;"> 옥살 산 </td><td> 130.9975 </td><td> 131.03 </td><td> 130.991 </td><td> -0.65 </td></tr><tr height="25"><td height="25" style="height:26px;"> 아스파르트 산 </td><td> 132.0291 </td><td> 132.03 </td><td> 132.0256 </td><td> -0.35 </td></tr><tr height="25"><td height="25" style="height:26px;"> 말산 </td><td> 133.0132 </td><td> 133.02 </td><td> 133.0221 </td><td> 0.89 </td></tr><tr height="21"><td height="21" style="height:22px;"> 살리실산 산 </td><td> 137.0233 </td><td> 137.02 </td><td> 137.0349 </td><td> 1.16 </td></tr><tr height="22"><td height="22" style="height:22px;"> α-케토 글루 타르 산을 </td><td> 145.0132 </td><td> 145.02 </td><td> 145.0063 </td><td> -0.69 </td></tr><tr height="25"><td height="25" style="height:26px;"> 글루탐산 </td><td> 146.0448 </td><td> 146.01 </td><td> 146.0408 </td><td> -0.4 </td></tr><tr height="21"><td height="21" style="height:22px;"> 오탄당 </td><td> 149.0445 </td><td> 149.04 </td><td> 149.0414 </td><td> -0.31 </td> &lt;/ TR&gt; <tr height="25"><td height="25" style="height:26px;"> 아코 니트 산 </td><td> 173.0081 </td><td> 173.03 </td><td> 173.0057 </td><td> -0.24 </td></tr><tr height="25"><td height="25" style="height:26px;"> 아스 코르 빈산 </td><td> 175.0237 </td><td> 175.05 </td><td> 175.0341 </td><td> 1.04 </td></tr><tr height="21"><td height="21" style="height:22px;"> 탄당 </td><td> 179.055 </td><td> 179.05 </td><td> 179.0484 </td><td> -0.66 </td></tr><tr height="25"><td height="25" style="height:26px;"> 구연산 / isocitric 산 </td><td> 191.0186 </td><td> 191.02 </td><td> 191.0166 </td><td> -0.2 </td></tr><tr height="22"><td height="22" style="height:22px;"> 팔 미트 산 </td><td> 255.2319 </td><td> 255.22 </td><td> 255.2246 </td><td> -0.73 </td></tr><tr height="26"><td height="26" style="height:26px;"> 육탄 당 -6 - 인산 </td><td> 259.0213 </td><td> 259.04 </td><td> 259.014 </td><td> -0.73 </td></tr><tr height="22"><td height="22" style="height:22px;"> 스테아르 산 </td><td> 283.2632 </td><td> 283.26 </td><td> 283.2552 </td><td> -0.8 </td></tr><tr height="26"><td height="26" style="height:26px;"> 자당 </td><td> 341.1078 </td><td> 341.07 </td><td> 341.0972 </td><td> -1.06 </td></tr></tbody></table> MS / MS는 식별을 수행.

Watch this Scientific Journal Video about MALDI-Mass Spectrometric Imaging for the Investigation of Metabolites in Medicago truncatula Root Nodules at JoVE.com

MALDI-Mass Spectrometric Imaging for the Investigation of Metabolites in Medicago truncatula Root Nodules

질량 분석 영상 (MSI)은 생물 학적 과정에 새로운 통찰력을 제공 할 수있는 자신의 네이티브 환경에서 화합물을 보존, 그대로 조직에서 다양한 화학 종을 발견하고 식별하는 데 사용할 수있는 강력한 도구입니다. 여기서 작은 분자의 분석을 위해 개발 MSI 방법이 설명된다.

의 대사 산물의 조사를위한 MALDI-질량 분석 이미징<em&gt; 개자리 truncatula</em&gt; 루트 결절

Most techniques used to study small molecules, such as pharmaceutical drugs or endogenous metabolites, employ tissue extracts which require the ...

maldi-mass-spectrometric-imaging-for-investigation-metabolites

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Biology

MALDI-Mass Spectrometric Imaging for the Investigation of Metabolites in Medicago truncatula Root Nodules

18.8K 조회수.  University of Wisconsin- Madison.  질량 분석 영상 (MSI)은 생물 학적 과정에 새로운 통찰력을 제공 할 수있는 자신의 네이티브 환경에서 화합물을 보존, 그대로 조직에서 다양한 화학 종을 발견하고 식별하는 데 사용할 수있는 강력한 도구입니다. 여기서 작은 분자의 분석을 위해 개발 MSI 방법이 설명된다. 

비디오: MALDI-Mass Spectrometric Imaging for the Investigation of Metabolites in Medicago truncatula Root Nodules

Assessing Hepatic Metabolic Changes During Progressive Colonization of Germ-free Mouse by 1H NMR Spectroscopy

It is well known that gut bacteria contribute significantly to the host homeostasis, providing a range of benefits such as immune protection and vitamin synthesis. They also supply the host with a considerable amount of nutrients, making this ecosystem an essential metabolic organ. In the context of increasing evidence of the link between the gut flora and the metabolic syndrome, understanding the metabolic interaction between the host and its gut microbiota is becoming an important challenge of modern biology.1-4
 Colonization (also referred to as normalization process) designates the establishment of micro-organisms in a former germ-free animal. While it is a natural process occurring at birth, it is also used in adult germ-free animals to control the gut floral ecosystem and further determine its impact on the host metabolism. A common procedure to control the colonization process is to use the gavage method with a single or a mixture of micro-organisms. This method results in a very quick colonization and presents the disadvantage of being extremely stressful5. It is therefore useful to minimize the stress and to obtain a slower colonization process to observe gradually the impact of bacterial establishment on the host metabolism.
 In this manuscript, we describe a procedure to assess the modification of hepatic metabolism during a gradual colonization process using a non-destructive metabolic profiling technique. We propose to monitor gut microbial colonization by assessing the gut microbial metabolic activity reflected by the urinary excretion of microbial co-metabolites by 1H NMR-based metabolic profiling. This allows an appreciation of the stability of gut microbial activity beyond the stable establishment of the gut microbial ecosystem usually assessed by monitoring fecal bacteria by DGGE (denaturing gradient gel electrophoresis).6 The colonization takes place in a conventional open environment and is initiated by a dirty litter soiled by conventional animals, which will serve as controls. Rodents being coprophagous animals, this ensures a homogenous colonization as previously described.7
 Hepatic metabolic profiling is measured directly from an intact liver biopsy using 1H High Resolution Magic Angle Spinning NMR spectroscopy. This semi-quantitative technique offers a quick way to assess, without damaging the cell structure, the major metabolites such as triglycerides, glucose and glycogen in order to further estimate the complex interaction between the colonization process and the hepatic metabolism7-10. This method can also be applied to any tissue biopsy11,12.

Assessing Hepatic Metabolic Changes During Progressive Colonization of Germ-free Mouse by 1H NMR Spectroscopy

A progressive colonization procedure is described to further assess its impact on the host hepatic metabolism. Colonization is monitored non invasively by evaluating the urinary excretion of microbial co-metabolites by NMR-based metabolic profiling while hepatic metabolism is assessed by High Resolution Magic Angle Spinning (HR MAS) NMR profiling of intact biopsy.

하여 세균없는 마우스 프로 그레시브 콜로니 동안 간장 신진 대사 변경 사항 평가 1 H NMR 분광학

It is well known that gut bacteria contribute significantly to the host homeostasis, providing a range of benefits such as immune protection and vitamin ...

연구

면역학 및 감염병학

Leaf Spray Mass Spectrometry: A Rapid Ambient Ionization Technique to Directly Assess Metabolites from Plant Tissues

Plants produce thousands of small molecules that are diverse in their chemical properties. Mass spectrometry (MS) is a powerful technique for analyzing plant metabolites because it provides molecular weights with high sensitivity and specificity. Leaf spray MS is an ambient ionization technique where plant tissue is used for direct chemical analysis via electrospray, eliminating chromatography from the process. This approach to sampling metabolites allows for a wide range of chemical classes to be detected simultaneously from intact plant tissues, minimizing the amount of sample preparation needed. When used with a high-resolution, accurate mass MS, leaf spray MS facilitates the rapid detection of metabolites of interest. It is also possible to collect tandem mass fragmentation data with this technique to facilitate a compound identification. The combination of accurate mass measurements and fragmentation is beneficial in confirming compound identities. The leaf spray MS technique requires only minor modifications to a nanospray ionization source and is a useful tool to further expand the capabilities of a mass spectrometer. Here, fresh leaf tissue from Sceletium tortuosum (Aizoaceae), a traditional medicinal plant from South Africa, is analyzed; numerous mesembrine alkaloids are detected with leaf spray MS.

Leaf spray mass spectrometry is a direct chemical analysis technique that minimizes the sample preparation and eliminates chromatography, allowing for the rapid detection of small molecules from plant tissues.

잎 스프레이 질량 분석: 식물 조직에서 대사를 직접 평가 하는 급속 한 대기 이온화 기술

Plants produce thousands of small molecules that are diverse in their chemical properties. Mass spectrometry (MS) is a powerful technique for analyzing ...

생화학

Investigation of Xenobiotics Metabolism In Salix alba Leaves via Mass Spectrometry Imaging

The method presented uses mass spectrometry imaging (MSI) to establish the metabolic profile of S. alba leaves when exposed to xenobiotics. Using a non-targeted approach, plant metabolites and xenobiotics of interest are identified and localized in plant tissues to uncover&#160;specific distribution patterns. Then, in silico prediction of potential metabolites (i.e., catabolites and conjugates) from the identified xenobiotics is performed. When a xenobiotic metabolite is located in the tissue, the type of enzyme involved in its alteration by the plant is recorded. These results were used to describe different types of biological reactions occurring in S. alba leaves in response to xenobiotic accumulation in the leaves. The metabolites were predicted in two generations, allowing the documentation of successive biological reactions to transform xenobiotics in the leaf tissues.

Investigation of Xenobiotics Metabolism In Salix alba Leaves via Mass Spectrometry Imaging

This method uses mass spectrometry imaging (MSI) to understand metabolic processes in S. alba leaves when exposed to xenobiotics. The method allows the spatial localization of compounds of interest and their predicted metabolites within specific, intact tissues.

살릭스 알바에서 제노바이오틱스 대사에 대한 조사는 질량 분광화상 영상을 통해 나뭇잎

The method presented uses mass spectrometry imaging (MSI) to establish the metabolic profile of S. alba leaves when exposed to xenobiotics. Using a ...

환경과학

Whole-body Mass Spectrometry Imaging by Infrared Matrix-assisted Laser Desorption Electrospray Ionization (IR-MALDESI)

Ambient ionization sources for mass spectrometry (MS) have been the subject of much interest in the past decade. Matrix-assisted laser desorption electrospray ionization (MALDESI) is an example of such methods, where features of matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI) (e.g., pulsed nature of desorption) and electrospray ionization (ESI) (e.g., soft-ionization) are combined. One of the major advantages of MALDESI is its inherent versatility. In MALDESI experiments, an ultraviolet (UV) or infrared (IR) laser can be used to resonantly excite an endogenous or exogenous matrix. The choice of matrix is not analyte dependent, and depends solely on the laser wavelength used for excitation. In IR-MALDESI experiments, a thin layer of ice is deposited on the sample surface as an energy-absorbing matrix. The IR-MALDESI source geometry has been optimized using statistical design of experiments (DOE) for analysis of liquid samples as well as biological tissue specimens. Furthermore, a robust IR-MALDESI imaging source has been developed, where a tunable mid-IR laser is synchronized with a computer controlled XY translational stage and a high resolving power mass spectrometer. A custom graphical user interface (GUI) allows user selection of the repetition rate of the laser, number of shots per voxel, step-size of the sample stage, and the delay between the desorption and scan events for the source. IR-MALDESI has been used in variety of applications such as forensic analysis of fibers and dyes and MSI of biological tissue sections. Distribution of different analytes ranging from endogenous metabolites to exogenous xenobiotics within tissue sections can be measured and quantified using this technique. The protocol presented in this manuscript describes major steps necessary for IR-MALDESI MSI of whole-body tissue sections.

Whole-body Mass Spectrometry Imaging by Infrared Matrix-assisted Laser Desorption Electrospray Ionization IR-MALDESI

A mass spectrometry imaging (MSI) source operated at atmospheric pressure was developed by coupling mid-infrared laser desorption and electrospray post-ionization. Exogenous ice matrix was used as the energy-absorbing matrix to facilitate resonant desorption of tissue-related material. This manuscript provides a step-by-step protocol for performing IR-MALDESI MSI of whole-body neonatal mouse.

적외선 매트릭스 보조 레이저 탈착 전자 분무 이온화에 의한 전신 질량 분석 이미징 (IR-MALDESI)

Ambient ionization sources for mass spectrometry (MS) have been the subject of much interest in the past decade. Matrix-assisted laser desorption ...

생체공학

OLIgo Mass Profiling (OLIMP) of Extracellular Polysaccharides

The direct contact of cells to the environment is mediated in many organisms by an extracellular matrix. One common aspect of extracellular matrices is that they contain complex sugar moieties in form of glycoproteins, proteoglycans, and/or polysaccharides. Examples include the extracellular matrix of humans and animal cells consisting mainly of fibrillar proteins and proteoglycans or the polysaccharide based cell walls of plants and fungi, and the proteoglycan/glycolipid based cell walls of bacteria. All these glycostructures play vital roles in cell-to-cell and cell-to-environment communication and signalling.
An extraordinary complex example of an extracellular matrix is present in the walls of higher plant cells. Their wall is made almost entirely of sugars, up to 75% dry weight, and consists of the most abundant biopolymers present on this planet. Therefore, research is conducted how to utilize these materials best as a carbon-neutral renewable resource to replace petrochemicals derived from fossil fuel. The main challenge for fuel conversion remains the recalcitrance of walls to enzymatic or chemical degradation due to the unique glycostructures present in this unique biocomposite.
Here, we present a method for the rapid and sensitive analysis of plant cell wall glycostructures. This method OLIgo Mass Profiling (OLIMP) is based the enzymatic release of oligosaccharides from wall materials facilitating specific glycosylhydrolases and subsequent analysis of the solubilized oligosaccharide mixtures using matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF/MS)1 (Figure 1). OLIMP requires walls of only 5000 cells for a complete analysis, can be performed on the tissue itself2, and is amenable to high-throughput analyses3. While the absolute amount of the solubilized oligosaccharides cannot be determined by OLIMP the relative abundance of the various oligosaccharide ions can be delineated from the mass spectra giving insights about the substitution-pattern of the native polysaccharide present in the wall.
OLIMP can be used to analyze a wide variety of wall polymers, limited only by the availability of specific enzymes4. For example, for the analysis of polymers present in the plant cell wall enzymes are available to analyse the hemicelluloses xyloglucan using a xyloglucanase5, 11, 12, 13, xylan using an endo-&beta;-(1-4)-xylanase 6,7, or for pectic polysaccharides using a combination of a polygalacturonase and a methylesterase 8. Furthermore, using the same principles of OLIMP glycosylhydrolase and even glycosyltransferase activities can be monitored and determined 9.

OLIgo Mass Profiling OLIMP of Extracellular Polysaccharides

A rapid way is described to gain insights into the structure of polysaccharides in an extracellular matrix. The method takes advantage of the specificity of glycosylhydrolases and the sensitivity of mass spectrometry allowing minute amounts of materials to be analyzed. This technique is adaptable to be used directly on tissue itself.

세포외 다당류의 OLIgo 질량 프로파일 (OLIMP)

The direct contact of cells to the environment is mediated in many organisms by an extracellular matrix. One common aspect of extracellular matrices is ...

생물학

Investigation of Microbial Cooperation via Imaging Mass Spectrometry Analysis of Bacterial Colonies Grown on Agar and in Tissue During Infection

Understanding the metabolic consequences of microbial interactions that occur during infection presents a unique challenge to the field of biomedical imaging. Matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI) imaging mass spectrometry represents a label-free, in situ imaging modality capable of generating spatial maps for a wide variety of metabolites. While thinly sectioned tissue samples are now routinely analyzed via this technology, imaging mass spectrometry analyses of non-traditional substrates, such as bacterial colonies commonly grown on agar in microbiology research, remain challenging due to the high water content and uneven topography of these samples. This paper demonstrates a sample preparation workflow to allow for imaging mass spectrometry analyses of these sample types. This process is exemplified using bacterial co-culture macrocolonies of two gastrointestinal pathogens: Clostridioides difficile and Enterococcus faecalis. Studying microbial interactions in this well-defined agar environment is also shown to complement tissue studies aimed at understanding microbial metabolic cooperation between these two pathogenic organisms in mouse models of infection. Imaging mass spectrometry analyses of the amino acid metabolites arginine and ornithine are presented as representative data. This method is broadly applicable to other analytes, microbial pathogens or diseases, and tissue types where a spatial measure of cellular or tissue biochemistry is desired.

Investigation of Microbial Cooperation via Imaging Mass Spectrometry Analysis of Bacterial Colonies Grown on Agar and in Tissue During Infection

A novel sample preparation method is demonstrated for the analysis of agar-based, bacterial macrocolonies via matrix-assisted laser desorption/ionization imaging mass spectrometry.

감염 중 한천 및 조직에서 자란 박테리아 집락의 이미징 질량 분석 분석을 통한 미생물 협력 조사

Understanding the metabolic consequences of microbial interactions that occur during infection presents a unique challenge to the field of biomedical ...

Dithranol as a Matrix for Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Imaging on a Fourier Transform Ion Cyclotron Resonance Mass Spectrometer

Mass spectrometry imaging (MSI) determines the spatial localization and distribution patterns of compounds on the surface of a tissue section, mainly using MALDI (matrix&#160;assisted laser desorption/ionization)-based analytical techniques. New matrices for small-molecule MSI, which can improve the analysis of low-molecular weight (MW) compounds, are needed. These matrices should provide increased analyte signals while decreasing MALDI background signals. In addition, the use of ultrahigh-resolution instruments, such as Fourier transform ion cyclotron resonance (FTICR) mass spectrometers, has&#160;the ability to resolve analyte signals from matrix signals, and this can partially overcome many problems associated with the background originating from the MALDI matrix. The reduction in the intensities of the metastable matrix clusters by FTICR MS can also help to overcome some of the interferences associated with matrix peaks on other instruments. High-resolution instruments such as the FTICR mass spectrometers are advantageous as they can produce distribution patterns of many compounds simultaneously while still providing confidence in chemical identifications. Dithranol (DT; 1,8-dihydroxy-9,10-dihydroanthracen-9-one) has previously been reported as a MALDI matrix for tissue imaging. In this work, a protocol for the use of DT for MALDI imaging of endogenous lipids from the surfaces of mammalian tissue sections, by positive-ion MALDI-MS, on an ultrahigh-resolution hybrid quadrupole FTICR instrument has been provided.

Dithranol (DT; 1,8-dihydroxy-9,10-dihydroanthracen-9-one) has previously been reported as a MALDI matrix for tissue imaging of small molecules; protocols for the use of DT for the MALDI imaging of endogenous lipids on the surface of tissue sections&#160;by positive-ion MALDI-MS on an ultrahigh-resolution quadrupole-FTICR instrument are provided here.

푸리에에 매트릭스 보조 레이저 탈착 / 이온화 이미징 매트릭스 디 트라 놀은 이온 사이클로트론 공명 질량 분석기를 변환

Mass spectrometry imaging (MSI) determines the spatial localization and distribution patterns of compounds on the surface of a tissue section, mainly ...

Visualization of Metabolites Identified in the Spatial Metabolome of Traditional Chinese Medicine Using DESI-MSI

The medicinal use of traditional Chinese medicine is mainly due to its secondary metabolites. Visualization of the distribution of these metabolites has become a crucial topic in plant science. Mass spectrometry imaging can extract huge volumes of data and provide spatial distribution information about these by analyzing tissue slices. With the advantage of high throughput and higher accuracy, desorption electrospray ionization mass spectrometry imaging (DESI-MSI) is often used in biological research and in the study of traditional Chinese medicine. However, the procedures used in this research are complicated and not affordable. In this study, we optimized sectioning and DESI imaging procedures and developed a more cost-effective method to identify the distribution of metabolites and categorize these compounds in plant tissues, with a special focus on traditional Chinese medicines. The study will promote the utilization of DESI in metabolite analysis and standardization of traditional Chinese medicine/ethnic medicine for research-related technologies.

In this study, a series of methods are presented to prepare DESI-MSI samples from plants, and a procedure of DESI assembly installation, MSI data acquisition, and processing is described in detail. This protocol can be applied in several conditions for acquiring spatial metabolome information in plants.

DESI-MSI를 이용한 중국 전통 의학의 공간 대사체에서 확인된 대사산물의 시각화

The medicinal use of traditional Chinese medicine is mainly due to its secondary metabolites. Visualization of the distribution of these metabolites has ...

의학

 Advanced MALDI-MSI Mapping of Metabolites in Brain Organoids

Molecular Imaging of Human Brain Organoids Using Mass Spectrometry 

Brain organoid models serve as a powerful tool for studying human brain development and function. Mass spectrometry imaging (MSI), a cutting-edge technology, allows us to map the spatial distribution of diverse molecules such as lipids, sugars, amino acids, drugs, and their metabolites within these organoids, all without the need for specific molecular probes. High-quality MSI data hinge on meticulous sample preparation. Fixatives play a pivotal role, but conventional options such as glutaraldehyde, paraformaldehyde, and cryopreserving such as sucrose may inadvertently impact tissue metabolites. Optimal fixation entails flash freezing in liquid nitrogen. However, for small organoids, a more suitable approach involves transitioning the organoids directly from the incubator into a warmed embedding solution, followed by freezing in dry ice-cooled ethanol. Another critical step is the embedding prior to cryosectioning, which also requires materials compatible with MSI, as traditional options can interfere with matrix deposition and ionization. Here, an optimized protocol for high resolution-MALDI-MSI of human brain organoids is presented, encompassing sample preparation, sectioning, and imaging using mass spectrometry. This method showcases the molecular distribution of small metabolites, such as amino acids, with high mass accuracy and sensitivity. As such, coupled with complementary studies of brain organoids, it can assist in illuminating complex processes governing early brain development, metabolic cell fate trajectories, and distinctive metabolite signatures. Furthermore, it provides insights into the precise locations of molecules within the organoid, enriching our understanding of the spatial organization of 3D brain organoid models. As the field continues to advance, a growing number of studies leveraging MSI to delve into brain organoids and complex biological systems is anticipated, thereby deepening the understanding of the metabolic aspects of human brain function and development.

Molecular Imaging of Human Brain Organoids Using Mass Spectrometry

An advanced method was developed for mass spectrometry imaging (MSI) of brain organoids that allows mapping metabolite distributions within these models. This technology offers insights into brain metabolic pathways and metabolite signatures during early development and in disease, promising a deeper understanding of the human brain function.

Brain organoid models serve as a powerful tool for studying human brain development and function. Mass spectrometry imaging (MSI), a cutting-edge ...

신경과학

MRM Microcoil Performance Calibration and Usage Demonstrated on Medicago truncatula Roots at 22 T

This protocol describes a signal-to-noise ratio (SNR) calibration and sample preparation method for solenoidal microcoils combined with biological samples, designed for high-resolution magnetic resonance imaging (MRI), also referred to as MR microscopy (MRM). It may be used at pre-clinical MRI spectrometers, demonstrated on Medicago truncatula root samples. Microcoils increase sensitivity by matching the size of the RF resonator to the size of the sample of interest, thereby enabling higher image resolutions in a given data acquisition time. Due to the relatively simple design, solenoidal microcoils are straightforward and cheap to construct and can be easily adapted to the sample requirements. Systematically, we explain how to calibrate new or home-built microcoils, using a reference solution. The calibration steps include: pulse power determination using a nutation curve; estimation of RF-field homogeneity; and calculating a volume-normalized signal-to-noise ratio (SNR) using standard pulse sequences. Important steps in sample preparation for small biological samples are discussed, as well as possible mitigating factors such as magnetic susceptibility differences. The applications of an optimized solenoid coil are demonstrated by high-resolution (13 x 13 x 13 &#956;m3, 2.2 pL) 3D imaging of a root sample.

MRM Microcoil Performance Calibration and Usage Demonstrated on Medicago truncatula Roots at 22 T

A protocol to study biological tissue at high spatial resolution using ultra-high field magnetic resonance microscopy (MRM) using microcoils is presented. Step-by-step instructions are provided for characterizing the microcoils. Finally, optimization of imaging is demonstrated on plant roots.

의 대사 산물의 조사를위한 MALDI-질량 분석 이미징

요약

더 많은 비디오 탐색

이 비디오의 챕터

하여 세균없는 마우스 프로 그레시브 콜로니 동안 간장 신진 대사 변경 사항 평가¹ H NMR 분광학

잎 스프레이 질량 분석: 식물 조직에서 대사를 직접 평가 하는 급속 한 대기 이온화 기술

살릭스 알바에서 제노바이오틱스 대사에 대한 조사는 질량 분광화상 영상을 통해 나뭇잎

적외선 매트릭스 보조 레이저 탈착 전자 분무 이온화에 의한 전신 질량 분석 이미징 (IR-MALDESI)

세포외 다당류의 OLIgo 질량 프로파일 (OLIMP)

감염 중 한천 및 조직에서 자란 박테리아 집락의 이미징 질량 분석 분석을 통한 미생물 협력 조사

푸리에에 매트릭스 보조 레이저 탈착 / 이온화 이미징 매트릭스 디 트라 놀은 이온 사이클로트론 공명 질량 분석기를 변환

DESI-MSI를 이용한 중국 전통 의학의 공간 대사체에서 확인된 대사산물의 시각화

Molecular Imaging of Human Brain Organoids Using Mass Spectrometry

MRM 마이크로코일 성능 교정 및 사용 에 설명 된 메디카고 트런카툴라 뿌리에 22 T