ジョエル Sanneman とによって、カンザス州立大学獣医学の大学、この手法を開発する努力の彼らのサポートのための資金を提供、共焦点顕微鏡コアの博士 Philine の Wangemann に感謝しますpCBASceI だったマリア Jasin (Addgene プラスミド # 26477) からの贈り物 30。U2OS DR GFP の細胞だったマリア Jasin18からの優しい贈り物です。

このプロトコルは U2OS セル - SceI 認識サイト18の書かれているのでご了承ください。セルは U2OS をする必要はありませんが、-SceI サイトを含める必要があります。プロトコルは、調整された (例えば、播種された細胞およびインキュベーション時間の数) にする必要があります使用される電池の種類に応じて。
1. DSB 修復複合体形成反応の定義
<ol><li>85-90% まで 10 cm 組織培養プレート上の U20S DRGFP のセル成長合流。</li>
	<li>メディアを取り外し、2 分のため EDTA の 3 mL の室温 (RT) で孵化させなさい。</li>
	<li>1 mL のトリプシン EDTA に置き換えるし、5 分細胞が顕微鏡下で表示して板の表面から切り離されることを確認の 37 ° C で孵化させなさい。5 mL のダルベッコ変更イーグル培地 (DMEM) 10% 牛胎児血清 (FBS) と 1% ペニシリン/ストレプトマイシンとトリプシンを中和します。</li>
	<li>細胞診断とトリパン ブルー排除法を使用してこの懸濁液中の濃度を決定します。</li>
	<li>シード 6 x 103細胞/ウェルのガラス底 96 ウェル プレートを 200 μ l 添加。また、12 mm coverslips に 8 mL の種子 4 x 106セルは、10 cm のプレートに配置されます。 注: 各井戸または coverslip コントロールを含む単一の時間ポイントを表します。</li>
	<li>37 ° C、5% CO2で一晩細胞を成長します。</li>
	<li>Dsb を誘導
	<ol>
<li>96 ウェル プレート/10 cm 皿からメディアを交換して H2O2を DMEM + 10% と 25 μ M の濃度に希釈して FBS と 37 ° C 1 時間で孵化させなさい。</li>
		<li>PBS x 1 と 3 x と新鮮な DMEM に置換 10 %fbs と 1% ペニシリン/ストレプトマイシンを添加した細胞を洗浄します。37 ° C、0、1、4、8、24、および 48 h. 各実験に H2O2の新鮮な希釈液を使用することを確認、セルを孵化させなさい。 注: ここで使用される H2O2の濃度で細胞を殺す避けるために、老化とアポトーシス細胞の大部分を回避するよう十分なダメージ量が低いことを確認します。回復プロセスを観察するが重要です。これは、最高用量の範囲に感度を測定することによって達成されます。MTT の試金または使用できる水素過酸化物の最小濃度を決定する他の細胞生存率の試金を実行します。</li>
	</ol></li>
	<li>固定し、細胞の構造
	<ol>
<li>1x PBS で 3 回洗浄を行う。各時点の 10 cm のプレートから観察を外し、24 ウェル プレートを固定するための単一の井戸の配置。針と鉗子を使って、coverslip と coverslip の表面から細胞を傷を避け慎重に取り外します。</li>
		<li>4% パラホルムアルデヒド (PFA) と 15 分のためのインキュベーションでセル指定の H2O2露出と新鮮な DMEM 置換 (0、1、4、8、24、および 48 h) の 1 時間後の時間を修正。</li>
		<li>PBS で 3 回固定 coverslips を洗います。1x PBS で希釈した 0.5% 非イオン性洗剤でセルを permeabilize します。3 x PBS で洗浄する前に常温では、15 分間インキュベートします。 注: 透過後、coverslips の貯蔵可能です PBS で 4 ° C で少なくとも 1 週間の。</li>
	</ol></li>
	<li>複雑な視覚化を修復します。
	<ol>
<li>3% ウシ血清アルブミン (BSA) と 0.1% 非イオン性洗剤 1x PBS で希釈した溶液に 96 ウェル プレート/coverslips をブロック (3 %bsa 溶液) 室温 1 時間</li>
		<li>1x PBS で 3 回を洗う前に常温では、1 h 3 %bsa 溶液の製造元の仕様に従って希釈、関心の修復タンパク質を対象とする一次抗体とインキュベートします。</li>
		<li>96 ウェル プレート/coverslips を 3 %bsa 溶液で製造元のプロトコルに従って希釈した二次抗体とインキュベートします。セカンダリ fluorophores が重複する励起または発光スペクトルを持っていないことを確認します。</li>
		<li>洗浄のセル PBS 3 時間後 1x PBS で製造元の仕様に従って希釈 DAPI を追加し、室温で 5 分間インキュベートします。</li>
		<li>スライド マウント エージェント、ダウン セル側の顔を確かめるのドロップで coverslips をマウントします。慎重に、coverslips、ワイプで任意の余分なマウント エージェントを吸収します。</li>
		<li>速乾性の透明なマニキュアで coverslips をシールし、スライドとカバーガラスの完全なシールを確保します。</li>
		<li>実験にバイアスを導入することを避けるために (興味の DNA 修復遺伝子からの信号) で他のチャネルの前に、DAPI チャネルに焦点を当てて共焦点顕微鏡画像を取る。</li>
		<li>また、目的の地域の Z セクションを取り、すべての検出可能な病巣を可視化する 1 つの平面にイメージを凝縮によって画像を取得できます。 注: DSB 解像度または興味の蛋白質を選択した時点で見られない場合、決定 Dsb が最初の時点の広い範囲を選択することにより解決する場合 (0-48 h 投稿 DSB 誘導)。注目ポイントは、DSB 誘導法と関心の修復タンパク質によって異なります。</li>
	</ol></li>
	<li>蛍光顕微鏡画像の核を定義するのに ImageJ フリーソフトを使用します。 注: 顕微鏡画像を開くには、ImageJ でバイオ形式プラグインをインストールしなければなりません。<ol>
<li>ImageJ の「プラグイン」ツールバーから ImageJ ウィンドウに画像ファイルをドラッグすることによってまたは「バイオ フォーマット インポーター」を選択することによって共焦点画像 (.czi または .tif) を開きます。 注:「バイオ形式インポート オプション」ウィンドウが表示されます。</li>
		<li>構成 DAPI と蛍光画像「バイオ形式インポート オプション」ウィンドウ内に画像を分割する「分割チャンネル」を選択します。</li>
		<li>ドロップ ダウン メニューから「カラー オプション」で「発色」を選択します。DAPI を開き、ヒストン H2AX、"OK"を選択 (H2AX) イメージとして個別のウィンドウに、DAPI イメージを選択します。</li>
		<li>「イメージ」ツールバーと核を選択する「しきい値を調整」オプションを選択します。 注:「しきい値」ウィンドウが表示されます。</li>
		<li>イメージのしきい値を調整するには、完全に「しきい値」ウィンドウの下のバーを右にスライドします。核が明瞭な輪郭と背景黒で完全に赤く表示されるまでは、一番上のバーを調整します。選択して適用。「調整しきい値」ウィンドウを閉じます。</li>
		<li>「分析」ツールバー「分析粒子」オプションを選択します。画面に表示される「分析粒子」ウィンドウを参照してください。</li>
		<li>核の最小サイズを入力します。 注: 入力サイズ以下の粒子は核としてはカウントされません。</li>
		<li>「表示」ドロップ ダウン メニューから「アウトライン」を選択します。「マネージャーに追加」オプションをを選択します。「ROI マネージャー」ウィンドウ開くには"OK"をクリックしてします。 注: 核の概要が別ウィンドウで表示されます。</li>
		<li>「ROI マネージャー」ウィンドウから選択することができます核に番号を割り当てます。</li>
	</ol></li>
	<li>蛍光顕微鏡画像で H2AX 巣を定量化するのに ImageJ を使用します。
	<ol>
<li>(蛍光共役二次抗体で染色)"H2AX"巣ウィンドウを選択します。「プロセス」ツールバーを選択し、、核内で巣を検索する「検索マキシマ」を選択します。 注:「見つけるマキシマ」ウィンドウが開きます。</li>
		<li>「出力の種類」のドロップ ダウン メニューから「シングル ポイント」オプションを選択し、、「プレビュー ポイントの選択」を選択マキシマ/巣を視覚化します。画像 (図 1) の蛍光強度に応じて「ノイズ耐性」の値を入力します。小さな黒い点と白いウィンドウの外観を確認します。 注: これらのドットは、検出されている H2AX 巣/マキシマを表しています。ノイズ許容値は、分析対象のすべてのイメージのために一定に維持されなければなりません。低/高ノイズ耐性は核内であまりにも多くの/いくつかマキシマ (巣) を描くし、核内病巣の正確な表現はできません。</li>
		<li>核「ROI マネージャー」ウィンドウから H2AX 巣を定量化する必要がありますを選択します。「すべて表示」オプションをチェックし、すべての核を選択します。</li>
		<li>選択した核内でマキシマ/巣の数を測定する「測定」を選択します。 注: マキシマ/巣の数が 255、すなわちの倍数として表示されます、1 つの最大値が 255 の「RawIntDen」(統合密度) を読む。</li>
		<li>"RawIntDen"の値をコピーして、データ分析用ソフトウェアを貼り付けること。</li>
	</ol></li>
</ol>2. 長期的な二重鎖 DNA 切断するためのローカリゼーションの分析
<ol><li>96 ウェル プレート/coverslips 前述のセクション 1.1 と 1.2 での種子のセル。</li>
	<li>
二本鎖 DNA 切断の誘導
	<ol>
<li>メーカーの仕様によると脂質ベースのトランスフェクション試薬を用いた - SceI 発現ベクターを細胞を transfect します。エンドヌクレアーゼ表現を最大限にトランスフェクション後の 24-72 時間を待ちます。単数形の大きな核 γ H2AX フォーカスを持つセルを配置することによって、遺伝子導入が成功したかを確認します。</li>
	</ol>
</li>
	<li>
画像の取得
	<ol>
<li>修正を permeabilize、ブロック、および 1.8 のセクションで説明されているように 96 ウェル プレート/coverslips を洗います。</li>
		<li>共同 γ H2AX と関心の修復タンパク質に対する抗体と細胞を孵化させなさい (ここでは、RAD51 に対する主な抗体を使用) 3 %bsa 溶液の製造元の仕様に従って希釈します。</li>
		<li>96 ウェル プレート/coverslips 1x PBS で 3 回洗います。96 ウェル プレート/coverslips を 3 %bsa 溶液で製造元のプロトコルに従って希釈した二次抗体とインキュベートします。セカンダリ fluorophores が重複する励起または発光スペクトルを持っていないことを確認します。</li>
		<li>大規模な核 γ H2AX フォーカスされているセルを識別します。バイアスを避けるためにこれらの細胞の写真を撮るだけ。</li>
	</ol>
</li>
	<li>
長期的な SceI の解析による巣
	<ol>
<li>大規模な γ H2AX 巣と関心の修復タンパク質の共局在の巣を持つ細胞数をカウントすることによって、手動で長期的な巣を分析します。</li>
	</ol>
</li>
</ol>

<ol>
	<li>Lindahl, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Instability+and+decay+of+the+primary+structure+of+DNA.">Instability and decay of the primary structure of DNA.</a> Nature. 362 (6422), 709-715 (1993).</li><li>Branzei, D., Foiani, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+DNA+repair+throughout+the+cell+cycle.">Regulation of DNA repair throughout the cell cycle.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 9 (4), 297-308 (2008).</li><li>Ciccia, A., Elledge, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+DNA+damage+response:+making+it+safe+to+play+with+knives.">The DNA damage response: making it safe to play with knives.</a> Mol Cell. 40 (2), 179-204 (2010).</li><li>Auclair, Y., Rouget, R., Drobetsky, E. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ATR+kinase+as+master+regulator+of+nucleotide+excision+repair+during+S+phase+of+the+cell+cycle.">ATR kinase as master regulator of nucleotide excision repair during S phase of the cell cycle.</a> Cell Cycle. 8 (12), 1865-1871 (2009).</li><li>Awasthi, P., Foiani, M., Kumar, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ATM+and+ATR+signaling+at+a+glance.">ATM and ATR signaling at a glance.</a> J Cell Sci. 128 (23), 4255-4262 (2015).</li><li>Ceccaldi, R., Rondinelli, B., D'Andrea, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Repair+Pathway+Choices+and+Consequences+at+the+Double-Strand+Break.">Repair Pathway Choices and Consequences at the Double-Strand Break.</a> Trends Cell Biol. 26 (1), 52-64 (2016).</li><li>Chapman, J. R., Taylor, M. R. G., Boulton, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Playing+the+End+Game:+DNA+Double-Strand+Break+Repair+Pathway+Choice.">Playing the End Game: DNA Double-Strand Break Repair Pathway Choice.</a> Mol Cell. 47 (4), 497-510 (2012).</li><li>Daley, J. M., Sung, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=53BP1,+BRCA1,+and+the+Choice+between+Recombination+and+End+Joining+at+DNA+Double-Strand+Breaks.">53BP1, BRCA1, and the Choice between Recombination and End Joining at DNA Double-Strand Breaks.</a> Mol Cell Biol. 34 (8), 1380-1388 (2014).</li><li>Hartlerode, A., Odate, S., Shim, I., Brown, J., Scully, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell+Cycle-Dependent+Induction+of+Homologous+Recombination+by+a+Tightly+Regulated+I-SceI+Fusion+Protein.">Cell Cycle-Dependent Induction of Homologous Recombination by a Tightly Regulated I-SceI Fusion Protein.</a> PLOS ONE. 6 (3), e16501 (2011).</li><li>Brandsma, I., Gent, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pathway+choice+in+DNA+double+strand+break+repair:+observations+of+a+balancing+act.">Pathway choice in DNA double strand break repair: observations of a balancing act.</a> Genome Integr. 3, 9 (2012).</li><li>Davis, A. J., Chen, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+double+strand+break+repair+via+non-homologous+end-joining.">DNA double strand break repair via non-homologous end-joining.</a> Transl Cancer Res. 2 (3), 130-143 (2013).</li><li>Reid, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Organization+and+dynamics+of+the+nonhomologous+end-joining+machinery+during+DNA+double-strand+break+repair.">Organization and dynamics of the nonhomologous end-joining machinery during DNA double-strand break repair.</a> Proc Natl Acad Sci. 112 (20), E2575-E2584 (2015).</li><li>Chen, J. J., Silver, D., Cantor, S., Livingston, D. M., Scully, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BRCA1,+BRCA2,+and+Rad51+Operate+in+a+Common+DNA+Damage+Response+Pathway.">BRCA1, BRCA2, and Rad51 Operate in a Common DNA Damage Response Pathway.</a> Cancer Res. 59 (7 Supplement), 1752s-1756s (1999).</li><li>D'Andrea, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BRCA1:+A+Missing+Link+in+the+Fanconi+Anemia/BRCA+Pathway.">BRCA1: A Missing Link in the Fanconi Anemia/BRCA Pathway.</a> Cancer Discov. 3 (4), 376-378 (2013).</li><li>Gudmundsdottir, K., Ashworth, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+roles+of+BRCA1+and+BRCA2+and+associated+proteins+in+the+maintenance+of+genomic+stability.">The roles of BRCA1 and BRCA2 and associated proteins in the maintenance of genomic stability.</a> Oncogene. 25 (43), 5864-5874 (2006).</li><li>Liu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinct+roles+for+DNA-PK,+ATM+and+ATR+in+RPA+phosphorylation+and+checkpoint+activation+in+response+to+replication+stress.">Distinct roles for DNA-PK, ATM and ATR in RPA phosphorylation and checkpoint activation in response to replication stress.</a> Nucleic Acids Res. 40 (21), 10780-10794 (2012).</li><li>Wallace, N. A., Khanal, S., Robinson, K. L., Wendel, S. O., Messer, J. J., Galloway, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+Risk+Alpha+Papillomavirus+Oncogenes+Impair+the+Homologous+Recombination+Pathway.">High Risk Alpha Papillomavirus Oncogenes Impair the Homologous Recombination Pathway.</a> J Virol. , (2017).</li><li>Pierce, A. J., Johnson, R. D., Thompson, L. H., Jasin, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=XRCC3+promotes+homology-directed+repair+of+DNA+damage+in+mammalian+cells.">XRCC3 promotes homology-directed repair of DNA damage in mammalian cells.</a> Genes Dev. 13 (20), 2633-2638 (1999).</li><li>Luzhna, L., Kathiria, P., Kovalchuk, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Micronuclei+in+genotoxicity+assessment:+from+genetics+to+epigenetics+and+beyond.">Micronuclei in genotoxicity assessment: from genetics to epigenetics and beyond.</a> Front Genet. 4, (2013).</li><li>Jasin, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Homologous+repair+of+DNA+damage+and+tumorigenesis:+the+BRCA+connection.">Homologous repair of DNA damage and tumorigenesis: the BRCA connection.</a> Oncogene. 21 (58), 8981-8993 (2002).</li><li>Wallace, N. A., Robinson, K., Howie, H. L., Galloway, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=&#946;-HPV+5+and+8+E6+Disrupt+Homology+Dependent+Double+Strand+Break+Repair+by+Attenuating+BRCA1+and+BRCA2+Expression+and+Foci+Formation.">&#946;-HPV 5 and 8 E6 Disrupt Homology Dependent Double Strand Break Repair by Attenuating BRCA1 and BRCA2 Expression and Foci Formation.</a> PLOS Pathog. 11 (3), e1004687 (2015).</li><li>Wallace, N. A., Robinson, K., Howie, H. L., Galloway, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HPV+5+and+8+E6+Abrogate+ATR+Activity+Resulting+in+Increased+Persistence+of+UVB+Induced+DNA+Damage.">HPV 5 and 8 E6 Abrogate ATR Activity Resulting in Increased Persistence of UVB Induced DNA Damage.</a> PLoS Pathog. 8 (7), (2012).</li><li>Mah, L. J., Vasireddy, R. S., Tang, M. M., Georgiadis, G. T., El-Osta, A., Karagiannis, T. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantification+of+&#947;H2AX+Foci+in+Response+to+Ionising+Radiation.">Quantification of &#947;H2AX Foci in Response to Ionising Radiation.</a> J Vis Exp. (38), e1957 (2010).</li><li>Popp, H. D., Brendel, S., Hofmann, W. K., Fabarius, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immunofluorescence+Microscopy+of+&#947;H2AX+and+53BP1+for+Analyzing+the+Formation+and+Repair+of+DNA+Double-strand+Breaks.">Immunofluorescence Microscopy of &#947;H2AX and 53BP1 for Analyzing the Formation and Repair of DNA Double-strand Breaks.</a> J Vis Exp. (129), e56617 (2017).</li><li>Burma, S., Chen, B. P., Murphy, M., Kurimasa, A., Chen, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ATM+Phosphorylates+Histone+H2AX+in+Response+to+DNA+Double-strand+Breaks.">ATM Phosphorylates Histone H2AX in Response to DNA Double-strand Breaks.</a> J Biol Chem. 276 (45), 42462-42467 (2001).</li><li>Britton, S., Coates, J., Jackson, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+method+for+high-resolution+imaging+of+Ku+foci+to+decipher+mechanisms+of+DNA+double-strand+break+repair.">A new method for high-resolution imaging of Ku foci to decipher mechanisms of DNA double-strand break repair.</a> J Cell Biol. 202 (3), 579-595 (2013).</li><li>Landthaler, M., Shen, B. W., Stoddard, B. L., Shub, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=I-BasI+and+I-HmuI:+two+phage+intron-encoded+endonucleases+with+homologous+DNA+recognition+sequences+but+distinct+DNA+specificities.">I-BasI and I-HmuI: two phage intron-encoded endonucleases with homologous DNA recognition sequences but distinct DNA specificities.</a> J Mol Biol. 358 (4), 1137-1151 (2006).</li><li>Lackner, D. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+generic+strategy+for+CRISPR-Cas9-mediated+gene+tagging.">A generic strategy for CRISPR-Cas9-mediated gene tagging.</a> Nat Commun. 6, 10237 (2015).</li><li>Chan, S. H., Stoddard, B. L., Xu, S. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Natural+and+engineered+nicking+endonucleases--from+cleavage+mechanism+to+engineering+of+strand-specificity.">Natural and engineered nicking endonucleases--from cleavage mechanism to engineering of strand-specificity.</a> Nucleic Acids Res. 39 (1), 1-18 (2011).</li></ol>

著者が明らかに何もありません。

DNA の分析損傷修理一般、二本鎖 DNA 切断の修復具体的には研究の活発な領域その結果基礎生物学6,20に腫瘍にまたがるため。この原稿の詳細14Dsb の修復タンパク質機能を解明するため正確に時間を楽しみ、このメソッドを介して Dsb の解像度に RAD51 と γ H2AX 蛋白質の貢献を暴き出すアプローチを使用できます。修復動態比較とノックアウト、興味の蛋白質と修理機械制御の細胞と細胞の間の誘導私 SceI Dsb の募集は募集、ローカリゼーション、そのタンパク質の貢献を定義し、Dsb の修復要因の解像度。
一般的に使用されるアプローチに比べていくつかの利点を持って修復動態を可視化します。頻繁に修理がアセンブリの動的過程と修理錯体の解離を表すことがない単一の時間ポイントで調査します。フル解像度の最初のライセンス認証から修理の完全な範囲を観察することにより、修理の遅れは完全に抑制として誤認されたないこと。逆に、その応答は通常または過度の活性化として誤認しないことを不活化する能力なしに修復応答誘導を保証します。これらは、確立されたアプローチの適用の変化主ですが、長期的な DSB を誘導するまれな切削エンドヌクレアーゼの使用新しいツールです。実験の結論を越える時間の短い期間に遅れて採用ではなく修復タンパク質の局在化が阻害されるかどうかを明確に特定する捜査官をことができます。酵素を表明した限り、-SceI による DSB が最後の日と理論的に (する必要がありますセル存続)。生きているセルイメージ投射を介して DSB 修復の動態を観察することも。しかし、ライブが細胞イメージングにより修復イベントの検出、リアルタイムで、そのアプリケーションは蛋白質が GFP などの蛍光タグ付け、要件によって妨げられます。このような遺伝子操作は、タンパク質の機能を変更する可能性があります、追加の技術的な障壁を表します。
ImageJ ソフトウェアを介して画像解析は、マスターに面倒なことができます。修理フォーカスの認識とこのソフトウェアを使用して定量化のためのステップバイ ステップの命令は、この障害を他のグループを削除することを願って提供しています。これは強力なソフトウェアの使用率の向上につながる可能性があります、連邦助成金サポートのプールを縮小の時より高価なプログラムのコストを排除します。
原則として、これらの Dsb の期間必要があります蛍光顕微鏡によるとらえどころのない修復タンパク質の可視化を有効にします。これは十分な濃度を検出する、例えば、大きい誘導私 SceI DSB 結果の永続性、彼らはハイに蓄積するため、表示することは困難である蛋白質のためのケースかもしれない典型的な蓄積で修理蛋白質のよりも病変。強化された豊富な可能性があります検出抗体の品質の制限によって妨げられるとき可視化を向上させるも以下の研究蛋白質が DNA に影響を与えることがわかったときに特に役に立つかもしれない機能を修復します。日には、このアプローチが確認された 4 の DNA 修復タンパク質 RAD51、RPA70、BRCA1 および BRCA2 すなわち (示されていないデータ、図 2、および参照17)
最後に、細胞の環境だけでなく、尋問することができます DNA 損傷の種類を拡大してこのプロトコルを作ることができる変更があります。最も明白な変更は、ソースまたは DNA 損傷の種類変更でしょう。紫外線、電離放射線または radiomimetics (フレオマイシン、ブレオマイシン、エトポシド) DNA 修復の動力学を調査する使用のための原則の証拠が既に公開された18,19,23,24,25. を若干修正して、このアプローチすることができますも解明に Dsb NHEJ によって修復タンパク質応答または、ブリットンら可能性があります使用される26前の抽出手法を説明します。さらに、そこはホーミング-SceI27に類似した広範な認識サイトがある酵素 (- HmuI またはバシ) 刻み目をつける人します。SceI からそれらを区別する、これらの酵素は一本鎖 DNA 切断 (SSBs) を引き起こします。これらの酵素が細胞ラインに尋問キメた Dsb 特に、この原稿に記載されているプロトコルに匹敵する SSB 修理解析できるようになるため認識サイトの紹介 - SceI 認識を統合するプロセス。サイトとサイトの紹介を確認することは、骨の折れることができます。幸いなことにゲノム編集 (鮮明/Cas9 システム) などの技術の進歩は、この負担28を緩和しています。工学ホーミングエンドヌクレアーゼ所望ゲノムの位置に、将来的にそれを示すように、これらの技術の進歩をカットすることに成功して積極的な研究のフィールドがまたあり、CRISPR/Cas9 を使用するこのクローンの手順をつながる可能性があります。不可欠である28,29。

毎日、人間の体のあらゆる細胞は推定 10,000 殺到 DNA 病変1。この実存的な脅威は、セルと同様、突然変異、発癌のリスクが私たちを置く死。ゲノムの忠実性を保護するために哺乳類細胞は一連の複雑な蛋白質の関連付けと修正と DNA 損傷に対応するため進化してきた。この応答は、まとめて DNA 損傷応答 (DDR)2,3と呼ばれる、複数の経路に編成されます。DDR は、DNA 損傷、時間的、空間的調整で DNA 修理蛋白質の蓄積で構成されています。DDR はよく伝搬または破損した DNA2,4、5のレプリケーション中に発生する被害の激化を避けるために細胞周期の停止を誘導します。ターンも、修理が完了した後修理錯体の関連付けを解除によって細胞周期の停止をオフに細胞の生存のため必要です。
DNA 損傷の様々 な種類、Dsb は最も有害があります。Dsb の修復に失敗したは、染色体組換え誘発または全体の染色体腕の損失など大規模な削除につながります。Dsb の修復は 2 経路6,7、8に分かれています。相同組換え (HR) は、姉妹を必要と染色体 DNA のテンプレートとして使用する、従って細胞周期9,10S と G2/M 後期に限られます。非相同末端結合 (NHEJ) は、これらの制限はありませんが、Dsb11,12を修復するときに小さな削除を引き起こすことができます。
DSB 修復具体的、DDR 一般に調査のアクティブな領域。便利な区切られた経路にまとめられ、にもかかわらず多大な冗長性があります。確かに、複数経路13,14,15,16(BRCA1、BRCA2、および例の複雑な RPA) 多くのタンパク質が関与しています。1 つの経路による病変の修復は、別経路14で修復する必要があります中間の損傷につながることができます。必要な時間の正確な量を適切な場所に右の蛋白質を採用、複雑なタスクと組み合わせて、これらの経路の多階層を規制する必要があります。
最近の報告書は、修理複雑な形成、解像度、およびローカリゼーションの各別々 にできる障害17示すことによって DDR の複雑さを強調表示します。次のプロトコルの全体的な目標は、決定的に DSB を修復する細胞の能力を分析することです。蛍光顕微鏡を用いた、Dsb の誘導代表時点で損傷部位で修理蛋白質の蓄積を視覚化できます。
この技術は、一般的に使用される方法をいくつかの利点を持っています。多くの場合、修理は単一の時間ポイントで調査およびアセンブリの動的過程と修理錯体の解離を表すことができません。フル解像度の最初のライセンス認証から修理の完全な範囲を観察することにより、修理の遅れは完全に抑制として誤認されたないこと。逆に、それは当該対策を不活性化することができる修復反応の誘導は通常または過度の活性化として誤認しないことを保証します。
遅延タンパク質複合体形成と修復タンパク質の誤ローカリゼーションただし、可能性があります明確に区別しないでこの方法で。修復タンパク質がミスとローカライズされた局在の遅延か確かめるには、細胞の DNA の酵素の開裂を「長期的な」DSB を導入できます。結果病変はそれが修復された明瞭な大型核修理フォーカスの結果、募集から時間制限を解除するたびに改修されました。これは、長期的な DSB を誘導するまれな切削エンドヌクレアーゼ (例えば、SceI) の使用に既存のアプローチを変更することによって実現できます。Dsb の寿命は、蛍光顕微鏡でとらえどころのない修復タンパク質の可視化を実現。 にします。抗体の品質、低い研究蛋白質が DNA の修復に影響を与えることがわかったときに役に立つかもしれない機能の制限による検出を妨げてと強化された豊かさが可視化を向上することはまた。
特に、我々 は無料の画像処理と解析ソフトウェア (例えばImageJ) について明示的な指示を提供します。これはより多くのオーディエンスに DNA 損傷修復の尋問を開く、画像解析の主要な金融の障壁を削除します。

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>12mm Coverslips</td>
			<td>VWR</td>
			<td>89015-725</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>16% Paraformaldehyde (PFA)</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>28908</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>24-well plate</td>
			<td>VWR</td>
			<td>82050-892</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96-well glass bottom plate</td>
			<td>Cellvis</td>
			<td>P96-1.5H-N</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-H2AX Alexa488</td>
			<td>EMD Millipore</td>
			<td>05-636-AF488</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-Rad51 (D4B10)&#160;</td>
			<td>Cell Signaling Technology</td>
			<td>8875S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bio-formats plugin for ImageJ</td>
			<td>National Institute of Health (NIH)&#160;</td>
			<td></td>
			<td>https://imagej.nih.gov/ij/plugins/index.html</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bovine Serum Albumin (BSA)</td>
			<td>VWR</td>
			<td>97061-416</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DAPI</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>D1306</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DMEM, High Glucose</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>12100046</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>15576-028</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fetal Bovine Serum (FBS)</td>
			<td>VWR</td>
			<td>89510-194</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Goat Anti-Rabbit IgG Alexa594</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>&#160;A-11012&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrogen Peroxide</td>
			<td>sigma-Aldrich</td>
			<td>216763-100ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ImageJ Software</td>
			<td>National Institute of Health (NIH)&#160;</td>
			<td></td>
			<td>https://imagej.nih.gov/ij/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>I-SceI Expression Vector</td>
			<td>Addgene</td>
			<td>26477</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nail Polish- Insta Dri</td>
			<td>Sally and Hansen</td>
			<td>Clearly Quick (103)</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phosphate Buffered Saline (PBS)</td>
			<td>Bio Basic</td>
			<td>PD8117</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ProLong Gold Antifade Reagent</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>P36930</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triton X-100</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>X100-100ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trypsin-EDTA</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T4049-500ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TurboFect Transfection Reagent</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>R0531</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tween-20</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP337-500</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

characterizing dna repair processes at transient and long-lasting double-strand dna breaks by immunofluorescence microscopy

DNA の二本鎖切断 (Dsb) の修理は非常に調整されたプロセス、形成し複数タンパク質の修復複合体の解像度が必要です。このプロセスは、関連付けを促進するタンパク質の無数およびこれらの病変に蛋白質の脱退によって規制されています。蛋白質の広大な図書館の機能画面を実行する能力に大部分のおかげで、二本鎖 DNA 切断の修復に必要な遺伝子のより深い理解があります。よくノックアウトまたは化学的阻害剤スクリーンは、DSB の修復に必要な蛋白質のマーカーとして高められた毒性を使用して修理プロセスに関与する蛋白質を識別します。識別する新規細胞タンパク質ゲノムの忠実性を維持に関与するに役立つ、機能解析が必要です興味の蛋白質は、ローカリゼーション、形成、または修復複合体の解像度を促進するかどうかの決定。
蛍光顕微鏡による、明瞭な核の巣として修理蛋白質の蓄積を容易に検出できます。したがって、DNA 損傷のサイトでこれらの蛋白質の加盟および脱退は、二本鎖 DNA 切断の誘導後代表的な間隔でこれらの核の巣を観察することによってアクセスできます。このアプローチは、修理欠陥が修理不完全な遅れに同時に発生しない場合も誤ローカライズされた修復因子蛋白質を識別できます。このシナリオでは、長期的な二重鎖 DNA 切断は細胞と酵素の認識部位が細胞のゲノムに統合されました珍しい切削エンドヌクレアーゼ (例えば、SceI) を表現することによって設計することができます。結果として得られる病変は特に忠実な修復酵素の認識部位、胸の谷間の別のラウンドをプロンプトを再導入すると解決するは難しい。その結果、修復の動態の違いが解消されます。修理錯体が形成されていない場合、ローカリゼーションは妨害されました。このプロトコルでは、修復反応として修復タンパク質の局在の変化を識別するために必要な方法について説明します。

図 1は、ImageJ を用いたマキシマ/巣定量化のため正しいノイズ差別の選択を示しています。DAPI のイメージをマージし、関心の修復タンパク質は、左のパネルにあります。図 1 aは 90 のノイズの識別を示していて、巣の正しい数をマークします。エッジ (ピンクの矢印で描かれている) (黄色の矢印で表示) 核外の巣で核は定量化の中にはカウントされません。図 1 bは、50 の低ノイズ耐性を示しています。多数のマキシマは、外核と内核に識別されます。図 1は、220 の高ノイズ耐性を示しています。単焦点 (白い矢印) だけが検出されました。読者の「正」と「負」結果意味を提供するには、典型的な結果を図 2にもまとめました。具体的には、図 2 aは、γ H2AX フォーカス (緑) と (赤) の興味の修復タンパク質間の共局在を示しています。同様に、融合細胞はこのパネルの左上に示すように、非核 (false) γ H2AX フォーカスを持つセルが右上に表示されます。注、小核に関連付ける DNA 損傷機械はこれらの非原子力巣19の可能性が高いソースでしてください。図 2 bは、彼らの核内外それぞれに決定された方法の明快さを提供するために図 2 aから 2 つの右端のセルの高倍率を提供します。修復タンパク質の共局在せず核 γ H2AX フォーカスの例を図 2に示します。このプロトコルの概略図は、DNA 修復を特徴付ける方法をまとめた図 3で提供されます。
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57653/57653fig1.jpg"> 図 1: 二重鎖 DNA 休憩修復反応の代表的な解析します。ImageJ (バイオ形式プラグイン) とソフトウェアを使用して γ H2AX 巣定量化の代表的なイメージ。左のパネルは、核 (40 倍)、染色 DAPI と γ H2AX の緑に青の合成画像です。センター パネルは、γ H2AX 巣/マキシマ分析国連核参照を表示します。(A) 右パネル 90 のノイズ耐性を持つマキシマ/巣検出を示しています、核内病巣の数の実際の推定の代表です。(B) 右パネルには、低ノイズ耐性 (50) を持つマキシマ数量が表示されます。(黄色の矢印) は核の外マキシマ/巣を検出できる、マキシマの大半が内にある核が非固有バック グラウンド信号。(C) 右パネルは、高ノイズ耐性 (220) とマキシマ数量を示しています。のみ、単一最大/フォーカス (白い矢印) が核内で検出され、核内病巣の代表ではないです。<a href="/files/ftp_upload/57653/57653fig1large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください</a>。
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57653/57653fig2.jpg"> 図 2: 代表 SceI による DNA の二重鎖切断します。Coverslips (40 倍) 上に成長した細胞から核の代表的なイメージ。核は青いステンド グラスが。修復タンパク質 (RAD51) が赤に染まるし、γ H2AX は緑色に染まっています。(A) 3 つのパネルを同じ 3 セル。左にほとんどのパネル、核が表示されます。中央のパネルでは、RAD51 の染色が表示されます。右のパネルでは、γ H2AX 染色されます。右上隅で核 - SceI の兆候は、Dsb を誘導が表示されません。センター (ピンクの矢印) の核は、大規模な γ H2AX 核フォーカスと共局在 RAD51 核フォーカスの両方があり、真陽性のイベントを表します。右側にある核における核外だと偽大 γ H2AX フォーカスがあります。共局在解析、核外の巣を使用しないでください。(B) 部にマージされた画像の高倍率 (中央、右ほとんどの細胞) と申します。RAD51 と H2AX 信号の重なりを示す大きい核黄色のフォーカスは、ピンクの矢印で示されます。(C) A 共同関心の DNA 修復タンパク質の染色することがなく核 γ H2AX フォーカスの代表的なイメージ。白色の矢印 (A) と (B) で表される焦点とは異なりは、黄色の矢印は、修復タンパク質は損傷部位にローカライズするから禁止されている場合に典型的な結果を示します。スケール バー = 15 μ m.<a href="/files/ftp_upload/57653/57653fig2large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください</a>。
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57653/57653fig3.jpg"> 図 3: 二重鎖 DNA 切断修復の分析のためのプロトコルをビジュアルに表現します。Coverslips/ガラスの上に細胞を播種するためのプロトコルの表現 (1) 手順 1.1 底板です。二重鎖の誘導のイラスト (2) 改-SceI の 3 μ g を株で長期的な二重鎖切断を誘導または過酸化水素 (右) の治療します。(3) プロトコル手順 1.4 に 1.5.3 二重鎖切断の可視化のための表現。(4 a) セルの共焦点の顕微鏡を表すイメージ染色 DAPI (青) と γ H2AX 巣 (緑)。(4 b) 特異な γ H2AX 巣 (グリーン) 再度のイメージの核を染色 DAPI (青)。(5 a) ImageJ (プロトコルの手順 1.10.1–1.11.5) を使用して γ H2AX 巣の分析の描写。(5 b) 大きな長期的な γ H2AX 巣 (プロトコル手順 2.4) の手動カウントの描写。<a href="/files/ftp_upload/57653/57653fig3large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください</a>。

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Characterizing DNA Repair Processes at Transient and Long-lasting Double-strand DNA Breaks by Immunofluorescence Microscopy

二本鎖 DNA 切断の修復は、病変を対処した後、休憩だけでなく、その解像度で修復複合体の形成だけではなくを必要とする動的なプロセスです。ここは、蛍光顕微鏡過渡的かつ長期的な二本鎖切断ツールとしてこのゲノム維持機構を解剖します。

蛍光顕微鏡を用いた過渡的長期的な二本鎖 DNA 切断の DNA 修復プロセスの特性

The repair of double-stranded breaks (DSBs) in DNA is a highly coordinated process, necessitating the formation and resolution of multi-protein repair ...

characterizing-dna-repair-processes-at-transient-long-lasting-double

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Cancer Research

9.0K ビュー.  Kansas State University. 二本鎖 DNA 切断の修復は、病変を対処した後、休憩だけでなく、その解像度で修復複合体の形成だけではなくを必要とする動的なプロセスです。ここは、蛍光顕微鏡過渡的かつ長期的な二本鎖切断ツールとしてこのゲノム維持機構を解剖します。

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Cell-Free DNA Integrity Analysis in Urine Samples

Although the presence of circulating cell-free DNA in plasma or serum has been widely shown to be a suitable source of biomarkers for many types of cancer, few studies have focused on the potential use of urine cell-free (UCF) DNA. Starting from the hypotheses that normal apoptotic cells produce highly fragmented DNA and that cancer cells release longer DNA, the potential role of UCF DNA integrity was evaluated as an early diagnostic marker capable of distinguishing between patients with prostate or bladder cancer and healthy individuals.
A UCF DNA integrity analysis is proposed on the basis of four quantitative real-time PCRs of four sequences longer than 250 bp: c-MYC, BCAS1, HER2, and AR. Sequences that frequently have an increased DNA copy number in bladder and prostate cancers were chosen for the analysis, but the method is flexible, and these genes could be substituted with other genes of interest. The potential utility of UCF DNA as a source of biomarkers has already been demonstrated for urologic malignancies, thus paving the way for further studies on UCF DNA characterization. The UCF DNA integrity test has the advantage of being non-invasive, rapid, and easy to perform, with only a few milliliters of urine needed to carry out the analysis.

A method for analyzing DNA integrity in the cell-free supernatant fraction of urine samples is proposed. The method is suitable for early detection of urological malignancies and has proven accurate for the early diagnosis of bladder cancer.

尿サンプル中の無細胞DNAインテグリティ解析

Although the presence of circulating cell-free DNA in plasma or serum has been widely shown to be a suitable source of biomarkers for many types of ...

がん研究

Application of Laser Micro-irradiation for Examination of Single and Double Strand Break Repair in Mammalian Cells

Highly coordinated DNA repair pathways exist to detect, excise and replace damaged DNA bases, and coordinate repair of DNA strand breaks. While molecular biology techniques have clarified structure, enzymatic functions, and kinetics of repair proteins, there is still a need to understand how repair is coordinated within the nucleus. Laser micro-irradiation offers a powerful tool for inducing DNA damage and monitoring the recruitment of repair proteins. Induction of DNA damage by laser micro-irradiation can occur with a range of wavelengths, and users can reliably induce single strand breaks, base lesions and double strand breaks with a range of doses. Here, laser micro-irradiation is used to examine repair of single and double strand breaks induced by two common confocal laser wavelengths, 355 nm and 405 nm. Further, proper characterization of the applied laser dose for inducing specific damage mixtures is described, so users can reproducibly perform laser micro-irradiation data acquisition and analysis.

Confocal fluorescence microscopy and laser micro-irradiation offer tools for inducing DNA damage and monitoring the response of DNA repair proteins in selected sub-nuclear areas. This technique has significantly advanced our knowledge of damage detection, signaling, and recruitment. This manuscript demonstrates these technologies to examine single and double strand break repair.

マイクロ レーザーの単一の試験と哺乳類細胞における二重鎖切断修復のためのアプリケーション

Highly coordinated DNA repair pathways exist to detect, excise and replace damaged DNA bases, and coordinate repair of DNA strand breaks. While molecular ...

Evaluating In Vitro DNA Damage Using Comet Assay

DNA damage is a common phenomenon for each cell during its lifespan, and is defined as an alteration of the chemical structure of genomic DNA. Cancer therapies, such as radio- and chemotherapy, introduce enormous amount of additional DNA damage, leading to cell cycle arrest and apoptosis to limit cancer progression. Quantitative assessment of DNA damage during experimental cancer therapy is a key step to justify the effectiveness of a genotoxic agent. In this study, we focus on a single cell electrophoresis assay, also known as the comet assay, which can quantify single and double-strand DNA breaks in vitro. The comet assay is a DNA damage quantification method that is efficient and easy to perform, and has low time/budget demands and high reproducibility. Here, we highlight the utility of the comet assay for a preclinical study by evaluating the genotoxic effect of olaparib/temozolomide combination therapy to U251 glioma cells.

Evaluating In Vitro DNA Damage Using Comet Assay

The comet assay is an efficient method to detect DNA damage including single and double-stranded DNA breaks. We describe alkaline and neutral comet assays to measure DNA damage in cancer cells to evaluate the therapeutic effect of chemotherapy.

コメットアッセイを用いた DNA 損傷の in Vitro評価

DNA damage is a common phenomenon for each cell during its lifespan, and is defined as an alteration of the chemical structure of genomic DNA. Cancer ...

Immunofluorescence Microscopy of &#947;H2AX and 53BP1 for Analyzing the Formation and Repair of DNA Double-strand Breaks

DNA double-strand breaks (DSB) are serious DNA lesions. Analysis of the formation and repair of DSB is relevant in a broad spectrum of research areas including genome integrity, genotoxicity, radiation biology, aging, cancer, and drug development. In response to DSB, the histone H2AX is phosphorylated at Serine 139 in a region of several megabase pairs forming discrete nuclear foci detectable by immunofluorescence microscopy. In addition, 53BP1 (p53 binding protein 1) is another important DSB-responsive protein promoting repair of DSB by nonhomologous end-joining while preventing homologous recombination. According to the specific functions of &#947;H2AX and 53BP1, the combined analysis of &#947;H2AX and 53BP1 by immunofluorescence microscopy may be a reasonable approach for a detailed analysis of DSB. This manuscript provides a step-by-step protocol supplemented with methodical notes for performing the technique. Specifically, the influence of the cell cycle on &#947;H2AX foci patterns is demonstrated in normal fibroblasts of the cell line NHDF. Further, the value of the &#947;H2AX foci as a biomarker is depicted in x-ray irradiated lymphocytes of a healthy individual. Finally, genetic instability is investigated in CD34+ cells of a patient with acute myeloid leukemia by immunofluorescence microscopy of &#947;H2AX and 53BP1.

This manuscript provides a protocol for the analysis of DNA double-strand breaks by immunofluorescence microscopy of &#947;H2AX and 53BP1.

ΓH2AX、53BP1 形成と DNA 二重鎖切断の修復を分析するための蛍光顕微鏡観察

DNA double-strand breaks (DSB) are serious DNA lesions. Analysis of the formation and repair of DSB is relevant in a broad spectrum of research areas ...

Characterization of Tumor Cells Using a Medical Wire for Capturing Circulating Tumor Cells: A 3D Approach Based on Immunofluorescence and DNA FISH

Circulating tumor cells (CTCs) are associated with poor survival in metastatic cancer. Their identification, phenotyping, and genotyping could lead to a better understanding of tumor heterogeneity and thus facilitate the selection of patients for personalized treatment. However, this is hampered because of the rarity of CTCs. We present an innovative approach for sampling a high volume of the patient blood and obtaining information about presence, phenotype, and gene translocation of CTCs. The method combines immunofluorescence staining and DNA fluorescent-in-situ-hybridization (DNA FISH) and is based on a functionalized medical wire. This wire is an innovative device that permits the in vivo isolation of CTCs from a large volume of peripheral blood. The blood volume screened by a 30-min administration of the wire is approximately 1.5-3 L. To demonstrate the feasibility of this approach, epithelial cell adhesion molecule (EpCAM) expression and the chromosomal translocation of the ALK gene were determined in non-small-cell lung cancer (NSCLC) cell lines captured by the functionalized wire and stained with an immuno-DNA FISH approach. Our main challenge was to perform the assay on a 3D structure, the functionalized wire, and to determine immuno-phenotype and FISH signals on this support using a conventional fluorescence microscope. The results obtained indicate that catching CTCs and analyzing their phenotype and chromosomal rearrangement could potentially represent a new companion diagnostic approach and provide an innovative strategy for improving personalized cancer treatments.

We present a new approach to characterize tumor cells. We combined immunofluorescence with DNA fluorescent-in-situ-hybridization to evaluate cells captured by a functionalized medical wire capable of in vivo enriching CTCs directly from patient blood.

循環腫瘍細胞を取り込むため医療用ワイヤー線を用いた腫瘍細胞の特性解析: 蛍光抗体法や DNA 魚に基づく 3 D アプローチ

Circulating tumor cells (CTCs) are associated with poor survival in metastatic cancer. Their identification, phenotyping, and genotyping could lead to a ...

Evaluation of Colorectal Cancer Risk and Prevalence by Stool DNA Integrity Detection

Nowadays, stool DNA can be isolated and analyzed by several methods. The long fragments of DNA in stool can be detected by a qPCR assay, which provides a reliable probability of the presence of pre-neoplastic or neoplastic colorectal lesions. This method, called fluorescence long DNA (FL-DNA), is a fast, non-invasive procedure that is an improvement upon the primary prevention system. This method is based on evaluation of fecal DNA integrity by quantitative amplification of specific targets of genomic DNA. In particular, the evaluation of DNA fragments longer than 200 bp allows for detection of patients with colorectal lesions with very high specificity. However, this system and all currently available stool DNA tests present some general issues that need to be addressed (e.g., the frequency at which tests should be carried out and optimal number of stool samples collected at each timepoint for each individual). However, the main advantage of FL-DNA is the possibility to use it in association with a test currently used in the CRC screening program, known as the immunochemical-based fecal occult blood test (iFOBT). Indeed, both tests can be performed on the same sample, reducing costs and achieving a better prediction of the eventual presence of colorectal lesions.

The presented diagnostic FL-DNA kit is a time-saving and user-friendly method to determine the reliable probability of the presence of colorectal cancer lesions.

便DNA完全性検出による大腸癌リスクと罹患率の評価

Nowadays, stool DNA can be isolated and analyzed by several methods. The long fragments of DNA in stool can be detected by a qPCR assay, which provides a ...

Detection and Monitoring of Tumor Associated Circulating DNA in Patient Biofluids

Complications associated with upfront and repeat surgical tissue sampling present the need for minimally invasive platforms capable of molecular sub-classification and temporal monitoring of tumor response to therapy. Here, we describe our dPCR-based method for the detection of tumor somatic mutations in cell free DNA (cfDNA), readily available in&#160;patient biofluids. Although limited in the number of mutations that can be tested for in each assay, this method provides a high level of sensitivity and specificity. Monitoring of mutation abundance, as calculated by MAF, allows for the evaluation of tumor response to therapy, thereby providing a much-needed supplement to radiographic imaging.

Here, we present a protocol to detect tumor somatic mutations in circulating DNA present in patient biological fluids (biofluids). Our droplet digital polymerase chain reaction (dPCR)-based method enables quantification of the tumor mutation allelic frequency (MAF), facilitating a minimally invasive complement to diagnosis and temporal monitoring of tumor response.

患者の生体流体における腫瘍関連循環DNAの検出とモニタリング

Complications associated with upfront and repeat surgical tissue sampling present the need for minimally invasive platforms capable of molecular ...

In Vivo Immunofluorescence Localization for Assessment of Therapeutic and Diagnostic Antibody Biodistribution in Cancer Research

Monoclonal antibodies (mAbs) are important tools in cancer detection, diagnosis, and treatment. They are used to unravel the role of proteins in tumorigenesis, can be directed to cancer biomarkers enabling tumor detection and characterization, and can be used for cancer therapy as mAbs or antibody-drug conjugates to activate immune effector cells, to inhibit signaling pathways, or directly kill cells carrying the specific antigen. Despite clinical advancements in the development and production of novel and highly specific mAbs, diagnostic and therapeutic applications can be impaired by the complexity and heterogeneity of the tumor microenvironment. Thus, for the development of efficient antibody-based therapies and diagnostics, it is crucial to assess the biodistribution and interaction of the antibody-based conjugate with the living tumor microenvironment. Here, we describe In Vivo Immunofluorescence Localization (IVIL) as a new approach to study interactions of antibody-based therapeutics and diagnostics in the in vivo physiological and pathological conditions. In this technique, a therapeutic or diagnostic antigen-specific antibody is intravenously injected in&#160;vivo and localized ex vivo with a secondary antibody in isolated tumors. IVIL, therefore, reflects the in vivo biodistribution of antibody-based drugs and targeting agents. Two IVIL applications are described assessing the biodistribution and accessibility of antibody-based contrast agents for molecular imaging of breast cancer. This protocol will allow future users to adapt the IVIL method for their own antibody-based research applications.

The in vivo immunofluorescence localization (IVIL) method can be used to examine in vivo biodistribution of antibodies and antibody conjugates for oncological purposes in living organisms using a combination of in vivo tumor targeting and ex vivo immunostaining methods.

がん研究における治療・診断抗体生体分布の評価のための生体内免疫蛍光局所法

Monoclonal antibodies (mAbs) are important tools in cancer detection, diagnosis, and treatment. They are used to unravel the role of proteins in ...

Genome-Wide Analysis of DNA Methylation in Gastrointestinal Cancer

DNA methylation is an important epigenetic change that is biologically meaningful and a frequent focus of cancer research. Genome-wide DNA methylation is a useful measure to provide an accurate analysis of the methylation status of gastrointestinal (GI) malignancies. Given the multiple potential translational uses of DNA methylation analysis, practicing clinicians and others new to DNA methylation studies need to be able to understand step by step how these genome-wide analyses are performed. The goal of this protocol is to provide a detailed description of how this method is used for the biomarker identification in GI malignancies. Importantly, we describe three critical steps that are needed to obtain accurate results during genome-wide analysis. Clearly and concisely written, these three methods are often lacking and not noticeable to those new to epigenetic studies. We used 48 samples of a GI malignancy (gastric cancer) to highlight practically how genome-wide DNA methylation analysis can be performed for GI malignancies.

Herein, we describe a procedure for genome-wide analysis of DNA methylation in gastrointestinal cancers. The procedure is of relevance to studies that investigate relationships between methylation patterns of genes and factors contributing to carcinogenesis in gastrointestinal cancers.

消化器癌におけるDNAメチル化のゲノムワイド解析

DNA methylation is an important epigenetic change that is biologically meaningful and a frequent focus of cancer research. Genome-wide DNA methylation is ...

Immunofluorescence Imaging of DNA Damage and Repair Foci in Human Colon Cancer Cells

The purpose of the manuscript is to provide a step-by-step protocol for performing immunofluorescence microscopy to study the radiation-induced DNA damage response induced by neutron-gamma mixed-beam used in boron neutron capture therapy (BNCT). Specifically, the proposed methodology is applied for the detection of repair proteins activation which can be visualized as foci using antibodies specific to DNA double-strand breaks (DNA-DSBs). DNA repair foci were assessed by immunofluorescence in colon cancer cells (HCT-116) after irradiation with the neutron-mixed beam. DNA-DSBs are the most genotoxic lesions and are repaired in mammalian cells by two major pathways: non-homologous end-joining pathway (NHEJ) and homologous recombination repair (HRR). The frequencies of foci, immunochemically stained, for commonly used markers in radiobiology like &#947;-H2AX, 53BP1 are associated with DNA-DSB number and are considered as efficient and sensitive markers for monitoring the induction and repair of DNA-DSBs. It was established that &#947;-H2AX foci attract repair proteins, leading to a higher concentration of repair factors near a DSB. To monitor DNA damage at the cellular level, immunofluorescence analysis for the presence of DNA-PKcs representative repair protein foci from the NHEJ pathway and Rad52 from the HRR pathway was planned. We have developed and introduced a reliable immunofluorescence staining protocol for the detection of radiation-induced DNA damage response with antibodies specific for repair factors from NHEJ and HRR pathways and observed radiation-induced foci (RIF). The proposed methodology can be used for investigating repair protein that is highly activated in the case of neutron-mixed beam radiation, thereby indicating the dominance of the repair pathway.

Radiation-induced DNA damage response activated by neutron mixed-beam used in boron neutron capture therapy (BNCT) has not been fully established. This protocol provides a step-by-step procedure to detect radiation-induced foci (RIF) of repair proteins by immunofluorescence staining in human colon cancer cell lines after irradiation with the neutron-mixed beam.

ヒト大腸癌細胞におけるDNA損傷および修復病巣の免疫蛍光イメージング

The purpose of the manuscript is to provide a step-by-step protocol for performing immunofluorescence microscopy to study the radiation-induced DNA damage ...

蛍光顕微鏡を用いた過渡的長期的な二本鎖 DNA 切断の DNA 修復プロセスの特性

要約

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尿サンプル中の無細胞DNAインテグリティ解析

マイクロレーザーの単一の試験と哺乳類細胞における二重鎖切断修復のためのアプリケーション

コメットアッセイを用いた DNA 損傷の in Vitro評価

ΓH2AX、53BP1 形成と DNA 二重鎖切断の修復を分析するための蛍光顕微鏡観察

循環腫瘍細胞を取り込むため医療用ワイヤー線を用いた腫瘍細胞の特性解析: 蛍光抗体法や DNA 魚に基づく 3 D アプローチ

便DNA完全性検出による大腸癌リスクと罹患率の評価

患者の生体流体における腫瘍関連循環DNAの検出とモニタリング

がん研究における治療・診断抗体生体分布の評価のための生体内免疫蛍光局所法

消化器癌におけるDNAメチル化のゲノムワイド解析

ヒト大腸癌細胞におけるDNA損傷および修復病巣の免疫蛍光イメージング

蛍光顕微鏡を用いた過渡的長期的な二本鎖 DNA 切断の DNA 修復プロセスの特性

要約

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尿サンプル中の無細胞DNAインテグリティ解析

マイクロ レーザーの単一の試験と哺乳類細胞における二重鎖切断修復のためのアプリケーション

コメットアッセイを用いた DNA 損傷の in Vitro評価

ΓH2AX、53BP1 形成と DNA 二重鎖切断の修復を分析するための蛍光顕微鏡観察

循環腫瘍細胞を取り込むため医療用ワイヤー線を用いた腫瘍細胞の特性解析: 蛍光抗体法や DNA 魚に基づく 3 D アプローチ

便DNA完全性検出による大腸癌リスクと罹患率の評価

患者の生体流体における腫瘍関連循環DNAの検出とモニタリング

がん研究における治療・診断抗体生体分布の評価のための生体内免疫蛍光局所法

消化器癌におけるDNAメチル化のゲノムワイド解析

ヒト大腸癌細胞におけるDNA損傷および修復病巣の免疫蛍光イメージング

マイクロレーザーの単一の試験と哺乳類細胞における二重鎖切断修復のためのアプリケーション