この作品は、モンサント社のトウモロコシ Rootworm 知識研究プログラムからの助成金によって支えられた、NCSU から MDL に番号 AG/1005 (MDL と YC) してスタートアップ資金を与えます。(MDL) に番号 MCB 1244772 を付与する FC は、モンサント社のトウモロコシ Rootworm 知識研究プログラム (AG/1005)、全米科学財団からの助成金によって支えられました。著者は競争の興味を宣言しません。FC と MDL の考案設計実験;FC、PW、SP で行う実験。FC と MDL の分析結果FC、NG、MDL は原稿を書いていた。WCR のスクリーニングでの専門的な支援、テレサ o ' leary、ウィリアム Klobasa とステファニーと感謝します。我々 はまた飼育プロトコルを提供するラボのコロニーを確立する卵の出荷のため博士のウェイドのフランス語 (農務省、北中央農業研究所、ブルッキングズ, サウスダコタ) を感謝します。

1. コロニー レベル WCR 大人の飼育
<ol><li>WCR 大人の十分な量を取得 (500-1,000) 信頼性の高い会社や研究所から (例のための参照材料表) し、30 cm3ケージに配置。 注: 非休眠株の使用は強くお勧めします。</li>
	<li>WCR 人工飼料メーカーのプロトコル、次を準備し、38 オンスの容器に 1 cm 厚層を注ぐ (材料の表を参照してください)。混合した後、2 ヶ月未使用ダイエット 4 ° C で保存します。</li>
	<li>大人の食事 (10-15 g) とペトリ皿 (100 × 15 mm) を 30 cm3ケージに入れます。低または乾燥食品より多くの食事を追加します。</li>
	<li>水の源として水、コットン ロール (6"x 3/8")、提供する場所に保持するために使用する綿球で覆われているとフラスコ (300 mL) を置きます。低実行するときは、水を変更します。</li>
	<li>26 ° C 湿度 60% で WCR を維持し、14:10 光インキュベーターを飼育昆虫のサイクルします。</li>
</ol>2. 胚のコレクションおよび配置
<ol><li>シャーレの滅菌 100 × 15 mm2水 1% 寒天を用いた卵コレクション区域を作る。寒天が固化した後、4 ° C で保存します。</li>
	<li>最近置かれた卵を収集するには、(図 1 a) 寒天培地の表面に寒冷紗 (サイズへのカットそれぞれ) の 4 層に続いて、フィルター ペーパーの単一の層を配置します。 メモ: 寒冷紗を使用できます、漂白剤で洗浄し、オートクレーブ養生した後、初めて使用するためこれを行う必要はありません。フィルター紙は再利用されないことし、滅菌する必要はありません。</li>
	<li>できるだけ (仕事日の終わり) の日に遅く WCR ケージに卵コレクション プレートを置き、アルミ箔のテントで覆います。一晩おきます。 ケージに夜遅くコレクション区域を配置するラボのスタッフを必要とせずマイクロインジェクションの若い卵のコレクションを進め注: しなくてもライト 10 から 12 時 (14 時間) 遅れ産卵。</li>
	<li>卵コレクション区域約 8 または 9 を削除します。</li>
	<li>鉗子を使用すると、時間と水のビーカー (500 mL) の場所で寒冷紗の 1 層を拾います。(図 1 b と 1 C) を優しく攪拌によってチーズの卵を洗います。</li>
	<li>電球ピペットを使用して卵を水の別のビーカー (500 mL) に転送。卵をきれいにする 2 〜 3 倍を繰り返します。</li>
	<li>水繰越額を最小限に抑えながら、フィルター紙 (図 1) の上に卵を転送するのに電球ピペットを使用します。</li>
	<li>しっかりと確認するスライドにスライド ガラスとテープと同じ幅の短冊状に黒濾紙をカット紙産むフラット (図 2 a)。 注: 黒濾紙は、反射する光の量を減らすことによって顕微鏡下で可視性を向上させるのに役立ちます。</li>
	<li>非毒性接着剤の適用 (例えば材料の表を参照) 細い線 (図 2 b) でろ過紙。接着剤でコーティングされた卵を避けるために卵の直径よりも薄く、接着をしてください。</li>
	<li>軽く接着剤のラインに彼らのフィルター ペーパーから WCR 卵 1 つずつを移動するのに細かいブラシを使用します。接着剤で産卵を乾く前にしようし、それぞれの卵の間に少なくとも 1 つの卵の距離を保ちます。</li>
	<li>1 ろ紙スライド (図 3) に複数行の卵を置くことによって注入効率を最大化します。</li>
	<li>すべての卵をフィルター紙の上にレイアウト後のインジェクションの前にすべての接着剤が乾くまで待ちます。 注: 生殖変換と編集 CRISPR/Cas9 を介したゲノム、注入すべて胚正午 (12) 19 h 以上古い最古の胚があるよう。しかし、RNAi のため制限はありません時間、WCR で dsRNA セル間を移動することができます。実際には、RNAi のため高齢化胚がよりよい生存率で可能性があります。</li>
</ol>3. 保有するプラスミド Dna と注射針の準備
<ol><li>エンドトキシン フリーの商業を使用して高品質スーパー プラスミッド DNA の準備キット (例については材料の表を参照してください)。</li>
	<li>注射液の準備するには、各プラスミドの濃度をチェックし、ヘルパー プラスミド (250 ng/μ L 最終濃度)、ドナー プラスミド (750 ng/μ L 最終濃度)、フェノールレッド バッファー (最終濃度 20%)、結合します。渦ソリューションを簡単に、針を詰まらせることができる粒子の沈殿物に最大速度で 3 分間遠心します。</li>
	<li>ホウケイ酸ガラスの針 (外径内径 0.58 mm、10 cm 長さ 1 mm) を引く炎/ブラウン タイプのマイクロ ピペットの引き手を使用して。ストレージ、シャーレなどの明確なコンテナーの両面粘着テープで引っ張ら針を固定します。 注: マイクロ ピペットの引き手システムの使用設定があった: 熱 335、フィルを = = 4、ヴェル = 40、デル = 200、PUL = 100。</li>
	<li>バックフィル マイクロ ローダーを使用して、注射針ヒント (材料の表を参照) をピペット 0.5 - 1.0 μ L をテーパー エンドの近くの針の内部。発生した場合は、針の先端から泡を削除します。</li>
	<li>持針器に注射針を挿入します。</li>
	<li>優しく、鉗子の罰金ペアを破壊または優しく触れる/ドラッグ coverslip またはガラス スライドの先端の針の先端を開きます。 注: まだ出てくる注射ミックスを可能にする最小の開口部を持っていること (小さな開口部は一般的に高い注入圧力を必要と)。ベベル針は、彼らは既に開いているのでこの手順を必要としません。</li>
</ol>4. マイクロインジェクションと投与後のケア
<ol><li>細かいペイント ブラシを使用して、慎重に滅菌水で 1-3 個の卵の表面を湿らせる針を挿入、薬液を注入します。表面が乾く前に、それぞれの卵を注入します。成功のインジェクションを示す注入中に卵中の赤い色の少量を外観を探します。クラッシュまたは破損、空を見て、またはそれ以外の場合、注入することはできませんのすべての卵を削除します。 注: 射出圧力によって異なりますが針穴のサイズに基づいて、10-13 psi は良い出発点です。</li>
	<li>すべての卵が注入された後は、スライド ガラスからフィルター用紙を取り除きます。</li>
	<li>(上記) 1% 寒天料理の表面にフィルター紙を置きます。</li>
	<li>料理を密封し、12 日間インキュベーターを飼育 26 ° C 昆虫を置くプラスチック パラフィン フィルムを使用します。 注: パラフィン フィルムの料理の間に金型のクロス汚染を防ぐ助け。しかし、カビや細菌の増殖を防ぐために他の治療法は、注入された胚の生存率を減らすことができます。</li>
</ol>5. 培養と胚の孵化
<ol><li>孵化胚 12 日後注入をチェックを開始し、次の 2 週間毎日続けてください。</li>
	<li>発芽トウモロコシと土飼育箱に細かいブラシを使用して、幼虫を転送します。 注: 金型は、寒天料理で成長可能性がありますが、ほとんどの場合幼虫が孵化まだ。それらすべてをキャッチする金型内で慎重に幼虫を探します。いくつか幼虫は皿の蓋に移動可能性があり、結露にはまり込む可能性があります。</li>
	<li>26 ° C 以下の飼育方法25標準 WCR で幼虫を育てます。</li>
</ol>

<ol>
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これはマイクロインジェクション precellular WCR 胚生殖細胞への変換を行うための重要なプロセスのためのベストプラクティスを確立する最初のプロトコルで RNAi を目的として二本の WCR のマイクロインジェクション報告9がずっと、および/またはこの種の編集 CRISPR/Cas9 ゲノム。WCR 胚の正常なマイクロインジェクションは、変換効率は、多くの要因に依存しています。後述はいくつかの主要な問題に影響を与えるこのカブトムシの生殖細胞の変形のためのプロトコルを使用しての結果。
Precellular 胚を取得 前述のように、DNA は方法 dsRNA が細胞膜を交差させない。つまりは重要な重要性の DNA、mRNA やタンパク質が前に cellularization を注入します。射出のタイミングが重要なので nondiapausing WCR ひずみ30胚形成を完了するのにかかる時間に基づく成功のインジェクションの可能性がありますウィンドウを決定することが重要だった。これはだった別のカブトムシ、コクヌストモドキシンシチウム胚盤葉期のタイミングの詳細な研究に基づいて計算されます。コクヌストモドキcellularization には、30 ° C31〜 8 h 投稿卵レイが発生します。30 ° C で完全な胚コクヌストモドキの ~3.5 日をかかりますので、cellularization は起こるプロセスに方法の 10 分の 1 です。WCR 胚は、開発に約 2 週間を取る、ので、2 番目の日のポスト卵置くまで cellularization が発生しません。したがって、成功マイクロインジェクションの] ウィンドウは、少なくとも 24 時間の長い、WCR マイクロインジェクションの卵の十分な量を提供するために一晩産卵を必要とするので有用であることとしました。このメソッドは、成功した遺伝子27の使用された、それは処理の非常に早い胚に害をもたらすしない場合、結果は若い胚を注入することにより改善される可能性が考えられる。
DNA の品質と濃度 DNA 濃度が成功した変換で極めて重要な役割を果たしていること驚くべきことではありません。最終濃度 1 mg/mL 以下プラスミド DNA を維持した注入胚32への潜在的な毒性を避ける必要があるそれが長く考えられてしまった。とはいえ、今、過去の毒性問題の原因は DNA 自体またはプラスミド精製プロセスから引き継がれる汚染物質の結果だった代わりに、親指のこのルールは断固としてに付着されて二十年かは明らかです。しかし、最近わかったこと 1 mg/mL を超える制限可能なだけでなく、高い変換率を達成できるので卵毒性の不在はプラスミド精製キットの進歩のためかもしれないとの憶測につながる少ない汚染の結果。リア WCR に必要な時間を考えると、変換率の増加は、わずかに高い死亡率が生じる場合も。
マイクロインジェクションの前に卵の表面を軟化 異なり、コクヌストモドキWCR 胚の最も外側の表面 (絨毛膜) はマイクロインジェクションの前に柔らかく必要があります。水晶針を使用した場合でも、これは重要なステップです。理想的には、水は注入の直前に 1 つの胚に適用する必要がありますが、絨毛の reharden 前に、インジェクションを行うことができる場合は、時に 2 に 3 胚のグループに適用できます。この手順を行わない針は一般に絨毛膜、インジェクションの試みが失敗し、それを引き起こし、有害な針の先端を貫通する失敗します。また、針が正常に乾燥絨毛膜を貫通する場合は、注射液通常漏れる戻って周囲圧より高い胚の内部圧力のため。しかし、それはぬれた (軟化) 胚から乾燥を区別しやすい。具体的には、乾燥後、胚がある明確な硬い円形の形で, 水の添加により、球状の外観は彼らを失う。軟化だけでなくにより、絨毛膜を簡単に貫通する針、注射液が漏れない十分な胚の内部圧力を減らします。
湿気とカビ 注入された胚は、胚全体に暖かい、湿った環境で開催されます。これらの条件は、WCR 開発に最適な環境を提供するだけでなく、またカビの成長を促進します。この 2 週間の期間中に住宅 WCR 胚寒天料理によくカビします。残念ながら、胚は、高湿度を必要とする、ハッチのはるかに低い率で起因したそれを減らすための試み。興味深いことに、金型の存在は問題なく孵化ほとんど胚と一般的にハッチ率にほとんど影響を しました。また、抗真菌治療が WCR 胚に害を及ぼすので、汚染を避けるためにカビの生育を抑える最善の方法が表示されます。クリーニング ツール、コンテナー、およびインジェクション システム使用する前に、型の胞子は多くの実験室の環境で流行しているので最小限にマイクロインジェクション費やされた時間を維持ましょう。
結論 このプロトコルは、WCR 研究トランスジェニック技術を採用する多くの研究者を有効にしてうまくいけば、この昆虫で使用するため追加遺伝子組み換え技術の開発に役立ちます。コクヌストモドキで行われる高度な遺伝子組み換えベースの実験は突然変異誘発33と34を編集 CRISPR ベースのゲノムを含む WCR に適応できる可能性が。これらの技術は、precellular 胚の顕微注入を必要とするためこのプロトコルはトランスポゾンを用いた機能ゲノム研究や CRISPR/Cas9 を介したゲノム編集も遺伝学ベースの害虫管理戦略だけでなく役に立つでしょう35,36。

西部のトウモロコシ rootworm (WCR)、Diabrotica virgifera virgifera、トウモロコシ1の重要な害虫であります。興味深いことに、WCR のコントロールを克服するよう措置最も農業害虫よりも急速に以来、彼らだけでなく適応だけでなく、生理学的行動2,3,4,5, 6. 過去 10 年間、RNA 干渉 (RNAi) 強力な機能ゲノム ツール WCR7、8、潜在的な制御法として研究されている、遺伝子機能9を研究手段としても使用されています。しかし、RNAi は頻繁に他の種における二本鎖 rna (dsRNA) によって実行される、インジェクション ベース RNAi は WCR にまれであります。実際、dsRNA の WCR9にマイクロインジェクションによるRNAi の報告は少ないがあります。理由は母11に dsRNA を供給することにより胚性効果の研究を許しさえ WCR が dsRNA7,10の遺伝子ノックダウンを介して摂取の高レベルに得ることができます。このメソッドには、WCR 機能ゲノム解析によるRNAi 優秀な主題が、それはこの種の胚のインジェクションの方法論の開発の進捗状況を鈍化しています。
RNAi のパワーにもかかわらず、いくつかの欠点があります。たとえば、すべての遺伝子は RNAi に均等に対応します。この変動より困難なゲノム機能アッセイの結果を解釈することができます。また、RNAi は一時的なもの、遺伝的突然変異を生成しません。その一方で、生殖細胞変換、機能ゲノムの他のツールはマーク付きの転位因子のゲノム12,13にを介して挿入変異を生成できます。これは生殖細胞変換を長期的な遺伝学的研究で使用するため突然変異系統を作成するための優れたツールになります。変換は、変異ゲノム14遺伝子の機能的なコピーを提供することにより、突然変異を救出するも使用できます。さらに、生殖細胞変換はさまざまな分子遺伝学的手法の礎です。ノックアウトや遺伝子機能を救出、に加えてエンハンサー トラップ15、遺伝子トラップ16、Gal4 ベースの異所性発現17、およびゲノム変異18の生殖細胞への変換を使用できます。
最近では、高度なゲノムの編集を有効にするツールが開発されています。これらのツールでは、転写 Activator-Like エフェクター核酸 (TALEN) CRISPR/Cas9-ヌクレアーゼ システム19,20をご利用など。これらの新しいツールの利点は、彼らは研究者のほぼすべてのゲノム内のほぼすべての場所で二本鎖 DNA 切断を誘導する能力を提供することです。どちらか非相同末端結合、削除、または目標とされた遺伝子の挿入を導入することができます、通したり、相同性監督の修理エンジニア リング構造が存在することができますを触媒する誘導、一度これらの壊れ目を修理すること、全体の遺伝子や遺伝領域21,22の交換。ただし、これらのメソッドには、DNA、RNA および蛋白質の非常に若い胚へのマイクロインジェクションが必要があります。
重要なは、RNAi、生殖のために使用される蛋白質や核酸用二本とは異なり、変換およびゲノムの編集が、細胞膜を容易に越えることはできません。したがって、プラスミド Dna や Mrna、タンパク質のマイクロインジェクションは胞胚期 (すなわち昆虫胚 cellularizes 前に) 行われなければなりません。これは注射のタイミングを重要な要因になります。たとえば、キイロショウジョウバエ胚は卵を産む12後 2 時間以内に注入する必要があります。したがって、WCR の正常胚マイクロインジェクションのプロトコルの開発は、precellular 胚の十分な量を収集するための最良の方法だけでなく、女性の卵が産卵に最適な条件に考慮に入れなければなりません。
WCR 生物学を分子遺伝学的ツールの広い範囲をもたらすべく収集と precellular WCR 胚マイクロインジェクション法の開発が必要です。ここで我々 は WCR 研究に変換ベースの技術を使用して他人を助けるためのヒントとトリックの詳細な手順を提供します。これらのテクニックには WCR 機能ゲノム研究用トランスジェニック技術を拡張すると、に加えて、遺伝子ドライブ23,24経済的に重要なこれでテストするなど強力な新しい害虫対策も有効にします。害虫。

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1155">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:343px;">Qualitative Filter Paper (Black)</td>
			<td style="width:189px;">Ahlstrom</td>
			<td style="width:287px;">8613-0900</td>
			<td style="width:339px;">For egg microinjection</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">1 oz Containers&#160;</td>
			<td style="width:189px;">Anny&#39;s Plastic Tableware</td>
			<td>ASET101</td>
			<td>Egg container</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Drosophila Agar Type II</td>
			<td style="width:189px;">Apex</td>
			<td style="width:287px;">66-103</td>
			<td>Substrate for WCR egg-laying dish</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Featherweight Forceps&#160;</td>
			<td>Bioquip</td>
			<td style="width:287px;">4748</td>
			<td>Handling larvae and pupae&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Clorox Regular-Bleach1</td>
			<td style="width:189px;">Clorox</td>
			<td style="width:287px;">44600-30770</td>
			<td>Wash corn and dishes</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Trucker&#39;s Favorite Yellow</td>
			<td>Coor Farm Supply</td>
			<td>502</td>
			<td>Corn for feeding WCR</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">Microinjection System (Homemade)</td>
			<td style="width:189px;">NA</td>
			<td style="width:287px;">Parts &#38; instructions available upon request</td>
			<td>Controls injection pressure (0-20 psi)</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:343px;">Elmer&#39;s Non-toxic Glue</td>
			<td>Elmer&#39;s Products, Inc.</td>
			<td style="width:287px;">E304</td>
			<td>Glue eggs on filter paper</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:343px;">epTIPS Microloader Tips</td>
			<td style="width:189px;">Eppendorf</td>
			<td style="width:287px;">C2554691</td>
			<td>Backfilling needle loading tips</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Falcon Tissue Culture Dishes</td>
			<td style="width:189px;">Falcon</td>
			<td>25383-103</td>
			<td>Sprouting corn /150 x 25 mm</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Fisherbrand&#160;Quantitative-Grade Filter Paper Circles</td>
			<td style="width:189px;">Fisher Scientific</td>
			<td>S47576C</td>
			<td>Making agar dish for egg-lay/9cm</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:343px;">Sparkleen</td>
			<td style="width:189px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:287px;">04-320-4</td>
			<td>Wash dishes</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:343px;">Plain Microscope Slides</td>
			<td style="width:189px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:287px;">12-549-3</td>
			<td>Holding filter paper and eggs for microinjection</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">Western Corn Rootworm w/o Pollen Substitute</td>
			<td style="width:189px;">Frontier Agricultural Sciences&#160;</td>
			<td>F9766B</td>
			<td>WCR adult artificial diet</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Cotton Balls, Large</td>
			<td>Genesee Scientific</td>
			<td>51-101</td>
			<td>Close the flask</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Globe Scientific 3.0 mL Small Bulb Transfer Pipettes</td>
			<td>Globe Scientific</td>
			<td>137035</td>
			<td>Collect and transfer eggs</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Leica M165 FC Fluorescence Stereomicroscope&#160;</td>
			<td style="width:189px;">Leica</td>
			<td>M165 FC&#160;</td>
			<td>WCR screening</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">DsRed Filter Set for Fluorescence Stereomicroscope</td>
			<td style="width:189px;">Leica</td>
			<td>DSR</td>
			<td>Excitation filter: 510-560 nm, emission filter: 590-650 nm</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">EGFP filter</td>
			<td style="width:189px;">Leica</td>
			<td>GFP2</td>
			<td>Excitation filter: 440&#8211;520 nm, emission filter: 510 nm</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BugDorm</td>
			<td>MegaView Science</td>
			<td>DP1000_5P</td>
			<td>Cage for adult colony</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:343px;">Miniature Paint Brush</td>
			<td style="width:189px;">MyArtscape</td>
			<td>MAS-102-MINI</td>
			<td>Liner 2/0&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Joystick Micromanipulator</td>
			<td style="width:189px;">Narishige</td>
			<td style="width:287px;">MN-151</td>
			<td>Micromanipulator and needle holder</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:343px;">Microscope XY Stage</td>
			<td style="width:189px;">Olympus</td>
			<td style="width:287px;">265515</td>
			<td style="width:339px;">Microscope stage (adapted for use with stereoscope)</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Grade 90 Cheesecloth</td>
			<td style="width:189px;">Online Fabric Store</td>
			<td>CHEE90</td>
			<td>For egg-lay</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Plastic paraffin film&#160;</td>
			<td style="width:189px;">Pechiney Plastic Packaging</td>
			<td>PM-996</td>
			<td>Seal agar dish after microinjection/Roll size 4 in. x 125 ft</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:343px;">Percival Incubator</td>
			<td style="width:189px;">Percival&#160;</td>
			<td style="width:287px;">I41VLH3C8</td>
			<td>WCR growing chamber (insect rearing incubator)</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Narrow Mouth Erlenmeyer Flasks</td>
			<td style="width:189px;">VWR</td>
			<td>4980-300-PK</td>
			<td>Water container for adult colony&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Griffin Low Form Beakers</td>
			<td style="width:189px;">VWR</td>
			<td>1000-600-PK</td>
			<td>For egg wash</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Braided Cotton Rolls</td>
			<td>Richmond Dental Cotton Co.</td>
			<td>605-3599</td>
			<td>Use in water supply for adult colony&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Petri Dishes (35x10mm)</td>
			<td>SIGMA</td>
			<td>CLS430588-500EA</td>
			<td>For diet plates</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Phenol Red</td>
			<td>Sigma</td>
			<td style="width:287px;">143-78-8</td>
			<td>Microinjection buffer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Laser-based Micropipiette Puller</td>
			<td>Sutter Instrument</td>
			<td>P-2000/G</td>
			<td>Needle puller/Heat = 335, FIL = 4, VEL = 40, DEL = 200, PUL = 100</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Premium Topsoil</td>
			<td>The Scotts Company</td>
			<td style="width:287px;">71130758</td>
			<td>Soil for cron growing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Reloc Zippit 2 Mil Zipper Bags</td>
			<td>United States Plastic Corporation</td>
			<td>48342</td>
			<td>Bag agar dish after microinjection/5x7</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Petri Dishes (100x15m)</td>
			<td style="width:189px;">VWR</td>
			<td style="width:287px;">89038-968</td>
			<td>Making agar dish for egg-lay/ 100 x 15 mm</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">6 oz Containers</td>
			<td style="width:189px;">Webstaurantstore</td>
			<td>128E506</td>
			<td>WCR single pair mating chamber&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">38 oz Containers</td>
			<td style="width:189px;">Webstaurantstore</td>
			<td>128NC888</td>
			<td>Larvae rearing box/38 oz</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ChoiceHD 16 oz. Microwavable Translucent Plastic Deli Container</td>
			<td style="width:189px;">Webstaurantstore</td>
			<td>128HRD16</td>
			<td>Larvae rearing box/16 oz</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:343px;">Microinjection Scope&#160;</td>
			<td style="width:189px;">Wild Heerbrugg</td>
			<td style="width:287px;">WILD-M8</td>
			<td style="width:339px;">Microinjection scope outfited with an XY stage</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Standard Glass Capillaries</td>
			<td>World Precision Instruments</td>
			<td>1B100F-4</td>
			<td>Microinjection needles</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:343px;">Adult Western Corn Rootworms</td>
			<td style="width:189px;">North Centeral Aqricultural reasearch Laboratory</td>
			<td style="width:287px;">Non-diapase strain</td>
			<td>Request from Dr. Bryan Wade French&#39;s lab</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:343px;">Plasmid DNA Midi Kit</td>
			<td style="width:189px;">Qiagen</td>
			<td>12143</td>
			<td>Purification of injection-ready plasmid DNAs</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

microinjection of western corn rootworm, diabrotica virgifera virgifera, embryos for germline transformation, or crispr/cas9 genome editing

西部のトウモロコシ rootworm (WCR) トウモロコシの重要害虫であり害虫管理戦略に迅速に適応する能力があることが知られています。RNA 干渉 (RNAi) WCR 生物学を勉強するための強力なツールであることを証明している、それはその限界を持っています。具体的には、RNAi 自体は一時的なもの (すなわちわけで関連する表現型の長期的なメンデル遺伝)、それはターゲット遺伝子の DNA 順序を知る必要があり、。後者ために制限があります興味の表現型が悪い、節約またはも新規の遺伝子によって制御される場合便利なターゲットの識別に挑戦するが、不可能ではない場合。WCR のゲノム] ツールボックスのツールの数は、安定した突然変異系統を作成し、WCR ゲノムのシーケンスに依存しない調査を有効にするために使用できる手法の開発が拡大する必要があります。ここで、収集し、核酸 precellular WCR 胚を microinject するために使用方法を詳しく説明します。ここ記載されているプロトコルは、トランスジェニック WCR の創出を目指したが、一方 CRISPR/Cas9-ゲノム編集も実行でした唯一の違いは、胚に注入液の組成と同じプロトコルを使用しています。

このプロトコルを開発するときの重要な考慮事項は、マイクロインジェクションの時に萌芽期の開発の段階をだった。具体的には、生殖細胞系列変換は萌芽期の cellularization の前に dna マイクロインジェクションを必要です。これは、Dna が細胞膜を容易に通過できないためにです。WCR 胚の dechorionation は本質的にすべての胚の完全性に責任がある保護膜を溶解するため、WCR 核染色を使用して萌芽期の開発の段階を視覚化する試みは成功しなかった。ただし、このラインの問い合わせは、タイムリーに胚の十分な量を取得 – 別の難しさに取って代わられました。フィールドに、WCR 女性は土に卵を産む、従ってそれ驚きべきである、演習では、女性のみ卵を産む暗闇の中。これは短い昼間コレクション (2-4 h) を困難になります。この問題を克服するために単一の一晩卵レイは行ったし、胚の大量をもたらすことがわかった。(図 1) を収集し、インジェクションのため (図 2) 胚のレイアウトのプロセスは迅速に行う場合、多少面倒ですがこのプロトコルにより注射の時点で古い 2-19 h との間にある胚のマイクロインジェクション24 h 後の日に注射が実行される場合よりも古い。WCR と他の種との間の開発時間の比較では、WCR 胚が 24 h 投稿卵を産む (説明参照) で precellular するまだ必要がありますを示唆しています。
WCR の生殖変換で最初の試みには、precellular の胚にヘルパー (トランスポザーゼ ソース) とドナー (トランスポゾン) プラスミドの共同注入 (図 3) が関与しています。ドナーのプラスミッドのため変換マーカーは、コクヌストモドキ(α-チューブリンプロモーター26) から恒常活性プロモーターによる緑色蛍光タンパク質 (EGFP) 遺伝子だった。胚の生存率が低い (表 1)、26 G0大人が回収されました。ドナー要素に挿入を生殖細胞、G1胚を決定するには、EGFP 発現の上映。蛍光の子孫は確かに識別されたが (図 4)、スクリーニング強烈な光源を持つ WCR 胚致死27ことが分かった。生殖変換の次のラウンド活用 1 つショウジョウバエ(熱衝撃蛋白質 70プロモーター28 から恒常活性プロモーターによって駆動される赤色けい光たんぱく質 (下流) 遺伝子を有する新しいドナー プラスミッド).生存率が大幅に改善された (表 1)、生き残った大人は単一した DsRed 正幼虫 (図 5) のみを生産しました。しかし、これらの実験は 2 つの点の中で特に有益ではありませんでした。最初に、それが発見されたそのマイクロインジェクション発展等、拡張時間-する-ハッチに遅延が生じる。すべての胚が孵化 2 週間以内ではなく注入された胚孵化 12 と 26 日ポスト マイクロインジェクション、従ってすべての孵化を採取できるように拡張監視期間を要求する間。第二に、孵化幼虫がかなりアクティブなことがわかりました。彼らはどこに立ち往生、なるだろうし、寒天料理から脱出した時の蓋にクロールされました。これらの問題は、ペトリ皿パラフィン フィルムをシールして、蓋と孵化の慎重に寒天を調べることによって克服されました。
この注入プロトコルの最終バージョンは、マイクロインジェクション WCR 胚単独で、バッファー、またはヘルパーと目プロモーター (3xP329) ドナー DNA プラスミドをマークによってテストされました。追加のコントロールとして胚の別のセットを同じように処理された microinjected がないが。胚の 4 つのセットは、注射溶液のいずれかを注射しました。合計 485 胚をバッファーと孵化、148 の投与 (孵化率 30.5%、テーブル 1を =)。289 プラスミド Dna を注入 1,450 胚の孵化 (率 26.8% を =)。興味深いことに、同じ卵処理条件を受けた 470 胚なくマイクロインジェクション、唯一 250 孵化 (率 53.2% を =)。Uninjected 胚の生存率が 20% 以上の注入された胚の生存率はマイクロインジェクションやむを得ない被害により予想されます。ただし、少しの違いはバッファー挿入および追加される DNA の量は WCR の受け入れを示唆している DNA の挿入間に見られる (ディスカッションを参照してください)。これらの結果はまた生存率が以前の努力で改善を示す.このメソッドを使用して形質転換線の成功確立がされている27は別途報告します。
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57497/57497fig1.jpg"> 図 1: 卵のコレクション。A)卵コレクション区域。B) 24 h 卵後卵室のセクションの拡大表示を置きます。矢印は、いくつかの卵の場所を示すことに注意してください。C)チーズを卵を洗浄します。D) WCR 卵の最後の転送。ノートでは、ブラケットは、密集の WCR 胚 (すなわち最低限水) と領域を示します。<a href="/files/ftp_upload/57497/57497fig1large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください</a>。
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57497/57497fig2.jpg"> 図 2: 注入スライドを準備します。A)黒濾紙は標準的な顕微鏡のスライドにしっかりとテープで。B)注射部拡大表示スライド準備プロセス中に。注、↓ 1 は、卵の行、#2 接着剤の行の一部と接着剤を広げるための pin #3 の場所を示します。<a href="/files/ftp_upload/57497/57497fig2large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください</a>。
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57497/57497fig3.jpg"> 図 3: 胚の注入します。8 行と卵の注入スライド。注射針の角度による胚の一連の行は単にステージを移動することによって注入することができます。注注射針で赤い染料は大きく注入の可視化を支援します。<a href="/files/ftp_upload/57497/57497fig3large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください</a>。
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57497/57497fig4.jpg"> 図 4: トランスジェニック G1胚。 PiggyBac共同注射だった WCR 大人から胚の初期胚としてヘルパーとドナー プラスミドを用いた。明るい緑の胚は強化された緑の蛍光蛋白質 (EGFP) 式の肯定的な他の。EGFP の発現は、コクヌストモドキ群 α-チューブリンプロモーター26によって駆動されます。<a href="/files/ftp_upload/57497/57497fig4large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください</a>。
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57497/57497fig5.jpg"> 図 5: トランスジェニック G1幼虫。親は co piggyBacを注入した 3 齢幼虫-初期胚としてヘルパーとドナー プラスミドを用いた。左側の赤い光る幼虫は、右側の幼虫ではないした DsRed 発現陽性です。した DsRed 発現はショウジョウバエ キイロショウジョウバエ熱ショック 70プロモーター28によって駆動されます。<a href="/files/ftp_upload/57497/57497fig5large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください</a>。
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>実験</td>
			<td>治療</td>
			<td>卵</td>
			<td>孵化</td>
			<td>孵化率</td>
		</tr>
<tr>
<td>Exp. #1</td>
			<td>ΑtubEGFP ドナー</td>
			<td>910</td>
			<td>57</td>
			<td>6.3%</td>
		</tr>
<tr>
<td>Exp. #2</td>
			<td>hsp70DsRed ドナー</td>
			<td>1580</td>
			<td>211</td>
			<td>13.4%</td>
		</tr>
<tr>
<td rowspan="3">Exp. #3</td>
			<td>3xP3EGFP ドナー</td>
			<td>1450</td>
			<td>389</td>
			<td>26.8%</td>
		</tr>
<tr>
<td>バッファー</td>
			<td>485</td>
			<td>148</td>
			<td>30.5%</td>
		</tr>
<tr>
<td>いいえ注入</td>
			<td>470</td>
			<td>250</td>
			<td>53.2%</td>
		</tr>
</tbody></table>表 1: インジェクション データ。WCR 胚、卵注入の合計数、正常に孵化、幼虫の総数と孵化率を示す 3 つのマイクロインジェクション実験から料金を孵化します。

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Microinjection of Western Corn Rootworm, Diabrotica virgifera virgifera, Embryos for Germline Transformation, or CRISPR/Cas9 Genome Editing

マイクロインジェクション ウエスタン トウモロコシ Rootworm、 Diabrotica virgifera virgifera胚の生殖細胞への変換、または CRISPR/Cas9 ゲノム編集

ここで rootworm 胚生殖細胞変換や CRISPR/Cas9-ゲノム編集など機能ゲノム試金の実行の目的のため収集、マイクロインジェクション precellular 西部のトウモロコシのためのプロトコルは提示します。

The western corn rootworm (WCR) is an important pest of corn and is well known for its ability to rapidly adapt to pest management strategies. Although ...

microinjection-western-corn-rootworm-diabrotica-virgifera-virgifera

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Microinjection of Western Corn Rootworm, Diabrotica virgifera virgifera, Embryos for Germline Transformation, or CRISPR/Cas9 Genome Editing

7.3K ビュー.  North Carolina State University. ここで rootworm 胚生殖細胞変換や CRISPR/Cas9-ゲノム編集など機能ゲノム試金の実行の目的のため収集、マイクロインジェクション precellular 西部のトウモロコシのためのプロトコルは提示します。

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Viral Nanoparticles for In vivo Tumor Imaging

The use of nanomaterials has the potential to revolutionize materials science and medicine. Currently, a number of different nanoparticles are being investigated for applications in imaging and therapy. Viral nanoparticles (VNPs) derived from plants can be regarded as self-assembled bionanomaterials with defined sizes and shapes. Plant viruses under investigation in the Steinmetz lab include icosahedral particles formed by Cowpea mosaic virus (CPMV) and Brome mosaic virus (BMV), both of which are 30 nm in diameter. We are also developing rod-shaped and filamentous structures derived from the following plant viruses: Tobacco mosaic virus (TMV), which forms rigid rods with dimensions of 300 nm by 18 nm, and Potato virus X (PVX), which form filamentous particles 515 nm in length and 13 nm in width (the reader is referred to refs. 1 and 2 for further information on VNPs).
From a materials scientist's point of view, VNPs are attractive building blocks for several reasons: the particles are monodisperse, can be produced with ease on large scale in planta, are exceptionally stable, and biocompatible. Also, VNPs are "programmable" units, which can be specifically engineered using genetic modification or chemical bioconjugation methods 3. The structure of VNPs is known to atomic resolution, and modifications can be carried out with spatial precision at the atomic level4, a level of control that cannot be achieved using synthetic nanomaterials with current state-of-the-art technologies.
In this paper, we describe the propagation of CPMV, PVX, TMV, and BMV in Vigna ungiuculata and Nicotiana benthamiana plants. Extraction and purification protocols for each VNP are given. Methods for characterization of purified and chemically-labeled VNPs are described. In this study, we focus on chemical labeling of VNPs with fluorophores (e.g. Alexa Fluor 647) and polyethylene glycol (PEG). The dyes facilitate tracking and detection of the VNPs 5-10, and PEG reduces immunogenicity of the proteinaceous nanoparticles while enhancing their pharmacokinetics 8,11. We demonstrate tumor homing of PEGylated VNPs using a mouse xenograft tumor model. A combination of fluorescence imaging of tissues ex vivo using Maestro Imaging System, fluorescence quantification in homogenized tissues, and confocal microscopy is used to study biodistribution. VNPs are cleared via the reticuloendothelial system (RES); tumor homing is achieved passively via the enhanced permeability and retention (EPR) effect12. The VNP nanotechnology is a powerful plug-and-play technology to image and treat sites of disease in vivo. We are further developing VNPs to carry drug cargos and clinically-relevant imaging moieties, as well as tissue-specific ligands to target molecular receptors overexpressed in cancer and cardiovascular disease.

Viral Nanoparticles for In vivo Tumor Imaging

Plant viral nanoparticles (VNPs) are promising platforms for applications in biomedicine. Here, we describe the procedures for plant VNP propagation, purification, characterization, and bioconjugation. Finally, we show the application of VNPs for tumor homing and imaging using a mouse xenograft model and fluorescence imaging.

のためのウイルス粒子<emインビボ&gt;</em&gt;腫瘍イメージング

The use of nanomaterials has the potential to revolutionize materials science and medicine. Currently, a number of different nanoparticles are being ...

生物工学

Microinjection Wound Assay and In vivo Localization of Epidermal Wound Response Reporters in Drosophila Embryos.

The Drosophila embryo develops a robust epidermal layer that serves both to protect the internal cells from a harsh external environment as well as to maintain cellular homeostasis. Puncture injury with glass needles provides a direct method to trigger a rapid epidermal wound response that activates wound transcriptional reporters, which can be visualized by a localized reporter signal in living embryos or larvae. Puncture or laser injury also provides signals that promote the recruitment of hemocytes to the wound site. Surprisingly, severe (through and through) puncture injury in late stage embryos only rarely disrupts normal embryonic development, as greater than 90% of such wounded embryos survive to adulthood when embryos are injected in an oil medium that minimizes immediate leakage of hemolymph from puncture sites. The wound procedure does require micromanipulation of the Drosophila embryos, including manual alignment of the embryos on agar plates and transfer of the aligned embryos to microscope slides. The Drosophila epidermal wound response assay provides a quick system to test the genetic requirements of a variety of biological functions that promote wound healing, as well as a way to screen for potential chemical compounds that promote wound healing. The short life cycle and easy culturing routine make Drosophila a powerful model organism. Drosophila clean wound healing appears to coordinate the epidermal regenerative response, with the innate immune response, in ways that are still under investigation, which provides an excellent system to find conserved regulatory mechanisms common to Drosophila and mammalian epidermal wounding.

Microinjection Wound Assay and In vivo Localization of Epidermal Wound Response Reporters in Drosophila Embryos.

The embryonic epidermis of very late stage Drosophila embryos provides an in vivo system for rapid puncture wound response analysis and can be combined with genetic manipulations or chemical microinjection treatments to advance studies in wound healing for translation into mammalian models.

マイクロインジェクションアッセイをキズや<em&gt;インビボ</em&gt;表皮の局在は、応答記者傷<em&gt;ショウジョウバエ</em&gt;胚。

The Drosophila embryo develops a robust epidermal layer that serves both to protect the internal cells from a harsh external environment as well as to ...

Efficient Generation and Editing of Feeder-free IPSCs from Human Pancreatic Cells Using the CRISPR-Cas9 System

Embryonic and induced pluripotent stem cells can self-renew and differentiate into multiple cell types of the body. The pluripotent cells are thus coveted for research in regenerative medicine and are currently in clinical trials for eye diseases, diabetes, heart diseases, and other disorders. The potential to differentiate into specialized cell types coupled with the recent advances in genome editing technologies including the CRISPR/Cas system have provided additional opportunities for tailoring the genome of iPSC for varied applications including disease modeling, gene therapy, and biasing pathways of differentiation, to name a few. Among the available editing technologies, the CRISPR/Cas9 from Streptococcus pyogenes has emerged as a tool of choice for site-specific editing of the eukaryotic genome. The CRISPRs are easily accessible, inexpensive, and highly efficient in engineering targeted edits. The system requires a Cas9 nuclease and a guide sequence (20-mer) specific to the genomic target abutting a 3-nucleotide &#34;NGG&#34; protospacer-adjacent-motif (PAM) for targeting Cas9 to the desired genomic locus, alongside a universal Cas9 binding tracer RNA (together called single guide RNA or sgRNA). Here we present a step-by-step protocol for efficient generation of feeder-independent and footprint-free iPSC and describe methodologies for genome editing of iPSC using the Cas9 ribonucleoprotein (RNP) complexes. The genome editing protocol is effective and can be easily multiplexed by pre-complexing sgRNAs for more than one target with the Cas9 protein and simultaneously delivering into the cells. Finally, we describe a simplified approach for identification and characterization of iPSCs with desired edits. Taken together, the outlined strategies are expected to streamline generation and editing of iPSC for manifold applications.

This protocol describes in detail the generation of footprint-free induced pluripotent stem cells (iPSCs) from human pancreatic cells in feeder-free conditions, followed by editing using CRISPR/Cas9 ribonucleoproteins and characterization of the modified single-cell clones.

効率的な生成および CRISPR Cas9 システムを用いた人間の膵臓細胞から Ips をフィーダー フリーの編集

Embryonic and induced pluripotent stem cells can self-renew and differentiate into multiple cell types of the body. The pluripotent cells are thus coveted ...

Production of Genetically Engineered Golden Syrian Hamsters by Pronuclear Injection of the CRISPR/Cas9 Complex

The pronuclear (PN) injection technique was first established in mice to introduce foreign genetic materials into the pronuclei of one-cell stage embryos. The introduced genetic material may integrate into the embryonic genome and generate transgenic animals with foreign genetic information following transfer of the injected embryos to foster mothers. Following the success in mice, PN injection has been applied successfully in many other animal species. Recently, PN injection has been successfully employed to introduce reagents with gene-modifying activities, such as the CRISPR/Cas9 system, to achieve site-specific genetic modifications in several laboratory and farm animal species. In addition to mastering the special set of microinjection skills to produce genetically modified animals by PN injection, researchers must understand the reproduction physiology and behavior of the target species, because each species presents unique challenges. For example, golden Syrian hamster embryos have unique handling requirements in vitro such that PN injection techniques were not possible in this species until recent breakthroughs by our group. With our species-modified PN injection protocol, we have succeeded in producing several gene knockout (KO) and knockin (KI) hamsters, which have been used successfully to model human diseases. Here we describe the PN injection procedure for delivering the CRISPR/Cas9 complex to the zygotes of the hamster, the embryo handling conditions, embryo transfer procedures, and husbandry required to produce genetically modified hamsters.

Pronuclear (PN) injection of the clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and CRISPR-associated protein-9 nuclease (CRISPR/Cas9) system is a highly efficient method for producing genetically engineered golden Syrian hamsters. Herein, we describe the detailed PN injection protocol for the production of gene knockout hamsters with the CRISPR/Cas9 system.

CRISPR/Cas9 複合体の前核注入による遺伝子組み換えゴールデン ハムスターの生産

The pronuclear (PN) injection technique was first established in mice to introduce foreign genetic materials into the pronuclei of one-cell stage embryos. ...

An Ultrahigh-throughput Microfluidic Platform for Single-cell Genome Sequencing

Sequencing technologies have undergone a paradigm shift from bulk to single-cell resolution in response to an evolving understanding of the role of cellular heterogeneity in biological systems. However, single-cell sequencing of large populations has been hampered by limitations in processing genomes for sequencing. In this paper, we describe a method for single-cell genome sequencing (SiC-seq) which uses droplet microfluidics to isolate, amplify, and barcode the genomes of single cells. Cell encapsulation in microgels allows the compartmentalized purification and tagmentation of DNA, while a microfluidic merger efficiently pairs each genome with a unique single-cell oligonucleotide barcode, allowing &gt;50,000 single cells to be sequenced per run. The sequencing data is demultiplexed by barcode, generating groups of reads originating from single cells. As a high-throughput and low-bias method of single-cell sequencing, SiC-seq will enable a broader range of genomic studies targeted at diverse cell populations.

Single-cell sequencing reveals genotypic heterogeneity in biological systems, but current technologies lack the throughput necessary for the deep profiling of community composition and function. Here, we describe a microfluidic workflow for sequencing &gt;50,000 single-cell genomes from diverse cell populations.

単一細胞のゲノムの配列のための超高スループット マイクロ流体プラットフォーム

Sequencing technologies have undergone a paradigm shift from bulk to single-cell resolution in response to an evolving understanding of the role of ...

Ultra-long Read Sequencing for Whole Genomic DNA Analysis

Third generation single-molecule DNA sequencing technologies offer significantly longer read length that can facilitate the assembly of complex genomes and analysis of complex structural variants. Nanopore platforms perform single-molecule sequencing by directly measuring the current changes mediated by DNA passage through the pores and can generate hundreds of kilobase (kb) reads with minimal capital cost. This platform has been adopted by many researchers for a variety of applications. Achieving longer sequencing read lengths is the most critical factor to leverage the value of nanopore sequencing platforms. To generate ultra-long reads, special consideration is required to avoid DNA breakages and gain efficiency to generate productive sequencing templates. Here, we provide the detailed protocol of ultra-long DNA sequencing including high molecular weight (HMW) DNA extraction from fresh or frozen cells, library construction by mechanical shearing or transposase fragmentation, and sequencing on a nanopore device. From 20-25 &#181;g of HMW DNA, the method can achieve N50 read length of 50-70 kb with mechanical shearing and N50 of 90-100 kb read length with transposase mediated fragmentation. The protocol can be applied to DNA extracted from mammalian cells to perform whole genome sequencing for the detection of structural variants and genome assembly. Additional improvements on the DNA extraction and enzymatic reactions will further increase the read length and expand its utility.

Long-read sequences greatly facilitate the assembly of complex genomes and characterization of structural variation. We describe a method to generate ultra-long sequences by nanopore-based sequencing platforms. The approach adopts an optimized DNA extraction followed by modified library preparations to generate hundreds of kilobase reads with moderate coverage from human cells.

全 Genomic DNA 分析のための超長いリード シーケンス

Third generation single-molecule DNA sequencing technologies offer significantly longer read length that can facilitate the assembly of complex genomes ...

CRISPR/Cas12a Multiplex Genome Editing of Saccharomyces cerevisiae and the Creation of Yeast Pixel Art

High efficiency, ease of use and versatility of the clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated protein 9 (CRISPR/Cas9) system has facilitated advanced genetic modification of Saccharomyces cerevisiae, a model organism and workhorse in industrial biotechnology. CRISPR-associated protein 12a (Cas12a), an RNA-guided endonuclease with features distinguishable from Cas9 is applied in this work, further extending the molecular toolbox for genome editing purposes. A benefit of the CRISPR/Cas12a system is that it can be used in multiplex genome editing with multiple guide RNAs expressed from a single transcriptional unit (single CRISPR RNA (crRNA) array). We present a protocol for multiplex integration of multiple heterologous genes into independent loci of the S. cerevisiae genome using the CRISPR/Cas12a system with multiple crRNAs expressed from a single crRNA array construct. The proposed method exploits the ability of S. cerevisiae to perform in vivo recombination of DNA fragments to assemble the single crRNA array into a plasmid that can be used for transformant selection, as well as the assembly of donor DNA sequences that integrate into the genome at intended positions. Cas12a is pre-expressed constitutively, facilitating cleavage of the S.&#160;cerevisiae genome at the intended positions upon expression of the single crRNA array. The protocol includes the design and construction of a single crRNA array and donor DNA expression cassettes, and exploits an integration approach making use of unique 50-bp DNA connectors sequences and separate integration flank DNA sequences, which simplifies experimental design through standardization and modularization and extends the range of applications. Finally, we demonstrate a straightforward technique for creating yeast pixel art with an acoustic liquid handler using differently colored carotenoid producing yeast strains that were constructed.

CRISPR/Cas12a Multiplex Genome Editing of Saccharomyces cerevisiae and the Creation of Yeast Pixel Art

The CRISPR/Cas12a system in combination with a single crRNA array enables efficient multiplex editing of the S.&#160;cerevisiae genome at multiple loci simultaneously. This is demonstrated by constructing carotenoid producing yeast strains which are subsequently used to create yeast pixel art.

CRISPR/Cas12a サッカロマイセスセレビシエの多重ゲノム編集と酵母ピクセルアートの創造

High efficiency, ease of use and versatility of the clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated protein 9 (CRISPR/Cas9) ...

Measuring the Spin-Lattice Relaxation Magnetic Field Dependence of Hyperpolarized [1-13C]pyruvate

The fundamental limit to in vivo imaging applications of hyperpolarized 13C-enriched compounds is their finite spin-lattice relaxation times. Various factors affect the relaxation rates, such as buffer composition, solution pH, temperature, and magnetic field. In this last regard, the spin-lattice relaxation time can be measured at clinical field strengths, but at lower fields, where these compounds are dispensed from the polarizer and transported to the MRI, the relaxation is even faster and difficult to measure. To have a better understanding of the amount of magnetization lost during transport, we used fast field-cycling relaxometry, with magnetic resonance detection of 13C nuclei at ~0.75 T, to measure the nuclear magnetic resonance dispersion of the spin-lattice relaxation time of hyperpolarized [1-13C]pyruvate. Dissolution dynamic nuclear polarization was used to produce hyperpolarized samples of pyruvate at a concentration of 80 mmol/L and physiological pH (~7.8). These solutions were rapidly transferred to a fast field-cycling relaxometer so that relaxation of the sample magnetization could be measured as a function of time using a calibrated small flip angle (3&#176;-5&#176;). To map the T1 dispersion of the C-1 of pyruvate, we recorded data for different relaxation fields ranging between 0.237 mT and 0.705 T. With this information, we determined an empirical equation to estimate the spin-lattice relaxation of the hyperpolarized substrate within the mentioned range of magnetic fields. These results can be used to predict the amount of magnetization lost during transport and to improve experimental designs to minimize signal loss.

Measuring the Spin-Lattice Relaxation Magnetic Field Dependence of Hyperpolarized [1-13C]pyruvate

We present a protocol to measure the magnetic field dependence of the spin-lattice relaxation time of 13C-enriched compounds, hyperpolarized by means of dynamic nuclear polarization, using fast field-cycled relaxometry. Specifically, we have demonstrated this with [1-13C]pyruvate, but the protocol could be extended to other hyperpolarized substrates.

過偏光のスピン格子緩和磁場依存性の測定[1-13C]ピルビン酸

The fundamental limit to in vivo imaging applications of hyperpolarized 13C-enriched compounds is their finite spin-lattice relaxation times. Various ...

Microinjection of Corn Planthopper, Peregrinus maidis, Embryos for CRISPR/Cas9 Genome Editing

The corn planthopper, Peregrinus maidis, is&#160;a pest of maize and a vector of several maize viruses. Previously published methods describe the triggering of RNA interference (RNAi) in P. maidis through microinjection of double-stranded RNAs (dsRNAs) into nymphs and adults. Despite the power of RNAi, phenotypes generated via this technique are transient and lack long-term Mendelian inheritance. Therefore, the P. maidis toolbox needs to be expanded to include functional genomic tools that would enable the production of stable mutant strains, opening the door for researchers to bring new control methods to bear on this economically important pest. However, unlike the dsRNAs used for RNAi, the components used in CRISPR/Cas9-based genome editing and germline transformation do not easily cross cell membranes. As a result, plasmid DNAs, RNAs, and/or proteins must be microinjected into embryos before the embryo cellularizes, making the timing of injection a critical factor for success. To that end, an agarose-based egg-lay method was developed to allow embryos to be harvested from P. maidis females at relatively short intervals. Herein are provided detailed protocols for collecting and microinjecting precellular P. maidis embryos with CRISPR components (Cas9 nuclease that has been complexed with guide RNAs), and results of Cas9-based gene knockout of a P. maidis eye-color gene, white, are presented. Although these protocols describe CRISPR/Cas9-genome editing in P. maidis, they can also be used for producing transgenic P. maidis via germline transformation by simply changing the composition of the injection solution.

Microinjection of Corn Planthopper, Peregrinus maidis, Embryos for CRISPR/Cas9 Genome Editing

Herein are protocols for collecting and microinjecting precellular corn planthopper embryos for the purpose of modifying their genome via CRISPR/Cas9-based genome editing or for the addition of marked transposable elements through germline transformation.

トウモロコシウンカ、 ペレグリヌスマイディス、CRISPR/Cas9ゲノム編集のための胚のマイクロインジェクション

The corn planthopper, Peregrinus maidis, is&#160;a pest of maize and a vector of several maize viruses. Previously published methods describe the ...

Liquid Chromatography Coupled to Refractive Index or Mass Spectrometric Detection for Metabolite Profiling in Lysate-based Cell-free Systems

Engineering cellular metabolism for targeted biosynthesis can require extensive design-build-test-learn (DBTL) cycles as the engineer works around the cell&#39;s survival requirements. Alternatively, carrying out DBTL cycles in cell-free environments can accelerate this process and alleviate concerns with host compatibility. A promising approach to cell-free metabolic engineering (CFME) leverages metabolically active crude cell extracts as platforms for biomanufacturing and for rapidly discovering and prototyping modified proteins and pathways. Realizing these capabilities and optimizing CFME performance requires methods to characterize the metabolome of lysate-based cell-free platforms. That is, analytical tools are necessary for monitoring improvements in targeted metabolite conversions and in elucidating alterations to metabolite flux when manipulating lysate metabolism. Here, metabolite analyses using high-performance liquid chromatography (HPLC) coupled with either optical or mass spectrometric detection were applied to characterize metabolite production and flux in E. coli S30 lysates. Specifically, this report describes the preparation of samples from CFME lysates for HPLC analyses using refractive index detection (RID) to quantify the generation of central metabolic intermediates and by-products in the conversion of low-cost substrates (i.e., glucose) to various high-value products. The analysis of metabolite conversion in CFME reactions fed with 13C-labeled glucose through reversed-phase liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry (MS/MS), a powerful tool for characterizing specific metabolite yields and lysate metabolic flux from starting materials, is also presented. Altogether, applying these analytical methods to CFME lysate metabolism enables the advancement of these systems as alternative platforms for executing faster or novel metabolic engineering tasks.

The protocols describe high-performance liquid chromatography methods coupled to refractive index or mass spectrometric detection for studying metabolic reactions in complex lysate-based cell-free systems.

リセートベースの無細胞システムにおける代謝物プロファイリングのためのリキッドクロマトグラフィー結合と屈折率または質量分析法検出

Engineering cellular metabolism for targeted biosynthesis can require extensive design-build-test-learn (DBTL) cycles as the engineer works around the ...

マイクロインジェクション ウエスタン トウモロコシ Rootworm、 Diabrotica virgifera virgifera胚の生殖細胞への変換、または CRISPR/Cas9 ゲノム編集

マイクロインジェクションウエスタントウモロコシ Rootworm、 Diabrotica virgifera virgifera胚の生殖細胞への変換、または CRISPR/Cas9 ゲノム編集