Promotore cattura Ciao-c: Ad alta risoluzione, Genome-wide profilatura delle interazioni del promotore

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10:16 min

•

June 28th, 2018

DOI :

10.3791/57320-v

June 28th, 2018

•

Stefan Schoenfelder*¹, Biola-Maria Javierre*¹^,², Mayra Furlan-Magaril¹^,³, Steven W. Wingett¹^,⁴, Peter Fraser¹^,⁵

¹Nuclear Dynamics Programme, The Babraham Institute, Babraham Research Campus, ²IJC Building, Campus ICO-Germans Trias i Pujol, Josep Carreras Leukemia Research Institute, ³Departamento de Genética Molecular, Instituto de Fisiología Celular, Universidad Nacional Autónoma de México, ⁴Bioinformatics Group, The Babraham Institute, Babraham Research Campus, ⁵Department of Biological Science, Florida State University

Riepilogo

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Genetica

problema 136

organizzazione del genoma 3D

promotori

enhancers

interazioni a lungo raggio

Hi C

cis elementi regolatori

studio di associazione genome wide GWAS

varianti di malattia non codificanti

cromatina loop

CHiCAGO

HiCUP

Capitoli in questo video

0:04

Title

0:52

Formaldehyde Fixation

2:14

HindIII Digestion and Biotinylation of Restriction Fragment Overhangs

4:09

Hybrid In-solution Capture

6:53

Isolation of Promoter Fragment-containing Ligation Products

8:55

Results: IL8 PCHi-C Profile in Human Hematopoietic Cells

9:34

Conclusion

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