אנו מודים המועצה למחקר רפואי בבריטניה על ליבה מימון (U105115237) RRK.

1. הכנת תאים וחומרים
<ol><li>לטפח התאים או על פלטות אגר SM בשילוב עם חיידקים כגון קלבסיאלה aerogenes, או מזין בינוני כגון HL5 כפי שמתואר23. הערה: גידול מוטציות נוק אאוט זה הם פגומים ב macropinocytosis על חיידקים מסייע במניעת הצטברות מוטציות משני אשר עשוי להגדיל את קצב macropinocytosis. לשמור על מספר מעבר מתחת 4 לאחר ציפוי תאים מן המניות לקבלת תוצאות מיטביות. מוטציות יש לאחסנו מניות קפוא בהקדם האפשרי לאחר בידוד.</li>
	<li>לטפח תאים על פלטות אגר SM, לגדול ק' aerogenes הנהרות SM בינוני. להוסיף 200 – 300 μL של חיידקים על גבי צלחת אגר SM, להפיץ. קח לולאה סטרילי של תאים (בעת העברת עוד צלחת חיידקי), מורחים בקצה אחד של הצלחת. דגירה ב 22 מעלות צלזיוס במשך שבוע.</li>
	<li>להמיס לתוספי טטרה-מתיל-rhodamine isothiocyanate (TRITC-) עד 50 מ"ג/מ"ל מים, סינון באמצעות מסננים μm 0.22 לתוך 1 מ"ל aliquots ולאחסן ב-20 ° C. Aliquots יכול להישמר ללא הגבלת זמן. הערה: 155 kDa הוא גודל אופייני בשימוש בשיטה זו, ניתן לרכוש בזול בכמויות, אבל dextrans קטנים יותר למדוד את macropinocytosis בצורה יעילה ב- Dictyostelium24. Dextrans quenchable שונים, כגון מפל כחול או אלקסה-647, הן חלופות אם fluorophores שונים נדרשים.</li>
</ol>2. המרת איכותי המידות כמותית (אופציונלי)
<ol><li>
ביצוע וזמינותו של ספיגת נוזלים באמצעות תאים ההשעיה.
	<ol>
<li>גלולה תאים axenically גדל ב g 300 x למשך 3 דקות, למחוק את תגובת שיקוע, resuspend מזין בינוני 1 x 107 תאים/מ ל.... להוסיף TRITC-לתוספי 0.5 מ"ג/מ"ל, לנער-180 סל ד, 22 ° C.</li>
		<li>לדלל 0.8 מ לתוך 0.7 מ של KK כקרח2 -0, 30, 60, 90, 120 דקות לשטוף פעם ב- 1.5 מ של קרח KK2 מאגר23 צנטריפוגה benchtop, resuspend 1 מ ל מאגר באותו ודוגמאות לאחסן בקירור. הערה: לרחוץ באופן מיידי או לאחר שנאסף כל דוגמאות מניב תוצאות שוות ערך.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
קבע את עוצמת הקול של נוזל על ידי התאים.
	<ol>
<li>להגדיר את fluorimeter כדי למדוד קרינה פלואורסצנטית באמצעות אורך גל של עירור של גל nm ו פליטה 544 של 574 nm עם חתך nm 10. להגדיר סדרת דילול TRITC-לתוספי ולהשתמש בו כדי למדוד את קרינה פלואורסצנטית כי נתנו נפחי לתוספי. ליצור עקומת כיול.</li>
		<li>למדוד את זריחה על ידי התאים בסעיף 2.1 באמצעות 0.9 מ של התליה תא. חישוב הנפח של נוזלים הפנימו בכל תא באמצעות עקומת כיול24.</li>
	</ol>
</li>
	<li>לדלל את שאר התאים של כל נקודת זמן בנפרד לתוך 0.5 mL קרח קר KK2. לסנן דרך מסננת תא מיקרומטר 70 לתוך צינורות cytometry זרימה פוליסטירן מ. להגדיר את cytometer זרימה כך תאים לכל נקודת זמן נפרדים אחד מהשני ולהקליט שלהם קרינה פלואורסצנטית (ראו סעיפים 3.4 ו- 3.5).</li>
	<li>למדוד את זריחה של כיול חרוזים ב cytometer זרימה באמצעות ההגדרות לעיל, להקליט אותו. שימו לב: זאת ההתייחסות עבור כל המדידות פלורסצנטיות בעתיד על cytometer זרימה: לפני השימוש שוב להפעיל את החרוזים והתאם את ההגדרות אז הם צריכים את קרינה פלואורסצנטית אותו. זה ייתן לשיא מוגדר צר מאוד. לשים שער סביב הפסגה פלורסצנטיות יכול לעשות את זה יותר קל.</li>
	<li>אני חוזר שלוש פעמים, להתוות את הנתונים פלורסצנטיות תא שהתקבלו בסעיפים 2.2 ו- 2.3 אחד נגד השני. להתוות קו של מיטבית ולהשתמש המשוואה להמיר הנתונים האיכותיים cytometry זרימה ליחידות כמותית.</li>
</ol>3. מדידת ספיגת נוזלים
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/58434/58434fig1.jpg"> איור 1: סכימטי של מדידת תפוקה גבוהה macropinocytosis. (א) לגדול Dictyostelium בצלחת SM נזרע עם ק' aerogenes חיידקים (צהוב). קציר תאים מהחזית האכלה (כתום), הימנעות התאים כבר מפותחים (ירוק), לתוך 25 מ של KK2 מאגר. מערבולת מביצועם, גלולה על ידי צנטריפוגה 3 דקות ב x 300 גרם, ולאחר מכן לשטוף 3 פעמים ב 50 מ ל מאגר2 KK, השמטת את תגובת שיקוע בכל פעם. Resuspend עונה 1 פרק 105 תאים/מ במדיום הגידול HL5 ולהוסיף 50 µL לתוך משלוש בארות לדגימה של צלחת 96-ובכן בתחתית שטוח. דגירה ב 22 ° C עבור ה 24 (B) שתדללו TRITC-לתוספי 1 מ ג/מ במדיום הגידול HL5 פתרון מניות של 50 מ"ג/מ"ל. להוסיף 50 µL כל דגימה (למעט הבארות שליטה ספיגת דקות 0), דגירה ב 22 ° C 1 h, אחרי אשר מוסיף את לתוספי לפקד ספיגת דקות 0. (ג) decant מיד את המדיה, לטפוח על הלוחית טישו כדי להסיר עודפי בינוני ויציפו באמבט קר כקרח מאגר2 KK, מילוי הבארות לשטוף. Decant המאגר, ומייבשים שוב. להוסיף 100 µL של 5 מ מ אזיד הנתרן מומס KK2MC כדי לנתק את התאים. לקחת לזרום cytometer למדידת קרינה פלואורסצנטית למביטה. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/58434/58434fig1large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גירסה גדולה יותר של הדמות הזאת.</a>
<ol><li>
להגדיר את צלחת שהונעו 96-ובכן-תרביות רקמה (איור 1 א'). להשתמש בתאים הגדלים על חיידקים, להעביר אותם לתוך HL5 בינוני (המכיל 100 µg/mL של dihydrostreptomycin, 100 µg/mL אמפיצילין µg 50/mL kanamycin) 24 שעות לפני וזמינותו; זה מאפשר macropinocytosis להיות upregulated של רמות נמוכות ראיתי בתאים גדל על חיידקים24. לחלופין, לדלל תאים ישירות מן התרבות axenic, המקננת במשך 24 שעות לפני וזמינותו, כדי להפחית שגיאות בגלל התאים להיות מדולל של צפיפויות שונות.<ol>
<li>קציר תאים מהחזית הזנה לתוך 25 מ של KK2 בשפופרת צנטרפוגה 50 מ. מביצועם תאים על-ידי vortexing צנפה ב x 300 גרם למשך 3 דקות. למחוק את תגובת שיקוע, resuspend בגדר ולשטוף 3 פעמים ב x 300 גרם במשך 3 דקות ב- 50 מ של KK2, השמטת את תגובת שיקוע בכל פעם כדי להסיר את החיידקים.</li>
		<li>לקבוע את צפיפות התאים (באמצעות hemacytometer או הפלאפון האחר ספירת מערכת), לדלל לתוך HL5 המכיל אנטיביוטיקה עונה 1 פרק 105 תאים/מ ל.... פיפטה 50 μL בכל טוב, באמצעות שלוש בארות עבור כל תנאי. דגירה ב 22 מעלות צלזיוס במשך 24 ה זכור להגדיר פקד ספיגת דקות 0. הערה: חלופה בינונית, למשל SIH, VL6 ניתן להשתמש במקום זאת.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
לטעון תאים עם TRITC-לתוספי (איור 1B).
	<ol>
<li>לדלל את לתוספי כדי 1 מ"ג/מ"ל ב אופן השימוש (זה יכול להיות עלה ל 2.5 – 5 מ"ג/מ"ל כאשר הערכת תאים עם ספיגה נמוכה מאוד). להוסיף 50 μL בכל טוב (ויתור ריכוז סופי של 0.5 מ"ג/מ"ל TRITC-לתוספי) ולהחזיר את הצלחת עד 22 מעלות צלסיוס לשעה זה מאפשר הצטברות לתוספי משמעותית אך אקסוציטוזה של לתוספי טרם החלה. הערה: פיפטה משחזר מאפשרת שלב זה צריך להיעשות במהירות רבה יותר, צמצום שגיאות.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
הכינו את התאים עבור cytometry זרימה (איור 1C).
	<ol>
<li>מייד לפני כביסה, להוסיף 50 μL המכילים לתוספי מדיה הפקדים ספיגת דקות 0.</li>
		<li>Decant של המדיום, ומייבשים על טישו. לשטוף מאת השוקע את הצלחת KK כקרח2ולאחר מכן decant. הערה: עלולים להתנתק זנים מסוימים עם הדבקות פגמים במהלך שלב זה, למשל פצצה של שני homologs של Talin (טאלה-/ אתר פרסום -)25. שימוש באזהרה בעת עבודה עם שורות תאים לקוי צרף, תשאף מדיה במידת הצורך.</li>
		<li>להוסיף 100 μL של 5 מ מ קרה כקרח אזיד הנתרן מומס KK2MC (KK2 + 2 מ מ MgSO4 ו- 100 μM CaCl2). התראה: אזיד הנתרן הוא רעיל מאוד. השתמש מסיכת אבק בטיחות משקפיים כשאתה עובד עם האבקה. תמיד ללבוש כפפות, חלוק המעבדה. להימנע חום, לא לערבב עם חומצה. הערה: תאים לנתק במהירות, אקסוציטוזה מנעו24. מיקרוסקופ ניתן לבדוק את זה.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
מדד ספיגת הנוזלים על ידי cytometry זרימה
	<ol>
<li>אם התכנון להמיר ערכי יחסית לאלה מוחלטת, השתמש חרוזים לתקנן את הזרימה cytometer הגדרות (ראה סעיף 2). לחלופין, השתמש תאים עמוסה לתוספי כמו סעיף 2 על מנת להבטיח פיזור קדימה ואת הצד פיזור מוגדרים כראוי כדי לבודד תאים (איור 2 א), המבטיח שהמכונה אינה חסומה, (איור 2B) ולהתאים את הפרמטרים כדי למדוד את קרינה פלואורסצנטית למביטה (איור 2C).</li>
		<li>הצמד דגימה תפוקה גבוהה מערכת והוסף את הצלחת. להגדיר את פרוטוקול כדי למדוד את קרינה פלואורסצנטית (עבור TRITC-לתוספי משתמשים בלייזר ירוק-צהוב כדי לרגש ולמדוד בערוץ nm 582 או דומה) של עד 65 μL של התא ההשעיה, ריצה.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
ניתוח תוצאות cytometry זרימה
	<ol>
<li>שער על תאים באמצעות פיזור קדימה ופיזור צד (איור 2 א). לחשב את קרינה פלואורסצנטית החציוני של התאים באמצעות האפשרות ' סטטיסטיקה '. הגדר פרמטרים אלה באמצעות דוגמא אחת ומוחלות על כל הדגימות. הערה: הפרופילים פיזור לצד פיזור קדימה יכול להשתנות בין מדגמים בעת שימוש מוטציות שונות או מעכבי.</li>
		<li>לקבוע הממוצע של הבארות שלושה עבור כל תנאי ולהחסיר את הפקד ספיגת דקות 0. גם להמיר לערכים כמותיים באמצעות המשוואה נקבע בסעיף 2 או לנרמל לפקד.</li>
	</ol>
</li>
</ol>4. ביצוע זמן ספיגת נוזלים-קורסים
<ol><li>להגדיר את התאים כמו בסעיף 3, עם שלוש בארות לכל נקודת זמן או מאמץ/תנאי.</li>
	<li>להוסיף בינוני עם תוויות ברורות לתוספי הבארות שונים ברצף. זמן-קורס טיפוסי מודד את ספיגת הנוזלים 0, 30, 60, 90, 120, 180 דקות להוסיף לתוספי המכילות בינוני וולס נקודת זמן 180 דקות, אחרי 60 דקות מאוחר יותר על-ידי הוספתו לפקודה הבארות עבור נקודת זמן מינימום 120, וכדומה (איור 3 א).</li>
	<li>ב 0 דקה, להוסיף 50 μL של לתוספי המכילות בינוני, מיד decant, לשטוף את הצלחת כמו סעיף 3.3. לנתח כמתואר בסעיף 3.5.</li>
</ol>5. במינון התגובה עקומות
<ol><li>הגדרת התאים כמתואר בסעיף 3, עם משלוש בארות לכל זן או תנאי.</li>
	<li>לדלל את המתחם עניין לתוך בינוני המכיל 1 מ"ג/מ"ל לתוספי- כפול הרצוי המרבי הסופי הריכוז של המתחם. הכן צינור השני המכיל בינוני עם לתוספי עם הפרופורציה של הרכב כמו הראשון. מערבולת לערבב.</li>
	<li>ליצור סדרה דילול של המתחם עניין ב- 200 μL לתוספי המכילות בינוני לכל דגימה (איור 4A). מערבולת לערבב. להוסיף 50 μL של המדיום כל מדגם טוב עבור 1 h.</li>
	<li>רוחצים את נתח כמתואר בסעיף 3.3 ואילך.</li>
</ol>6. phagocytosis ואת ספיגת ממברנה
<ol><li>כדי למדוד את ספיגת ממברנה, להכין את התאים כמתואר בסעיף 3. הוסף μL 50 בינוני המכיל FM μM 20 1-43 עבור ריכוז סופי של 10 μM. לאחר הטעינה, לשטוף ולהכין תאים עבור cytometry זרימה כמו סעיף 3.3. למדוד בתעלה 585 ננומטר או דומה, באמצעות לייזר כחול כדי לרגש. הערה: כמו קרום סחר היא מהירה יותר מאשר נוזל-פאזי, 10 דקות היא נקודת זמן מתאים יותר לשימוש מאשר 1 h26. צבעי חלופי לזרוח רק כאשר שולבו הקרום ניתן להשתמש במקום זאת.</li>
	<li>
להשתמש fluorescently שכותרתה חרוזים או חיידקים כדי למדוד phagocytosis. אין אפשרות להשתמש שמרים פלורסנט, כפי שהם באמת בלתי נפרד מן Dictyostelium על ידי העבר, לצד פיזור24. הגדרת התאים כמתואר בסעיף 3 ולנתח כמו שמתואר27.<ol>
<li>כדי למדוד phagocytosis של חרוזים להוסיף מתויג חרוזים כפי שמתואר בסעיף 3.2 כדי ריכוז הסופי של 5 x 107 חרוזים/mL (1.75 ו-2 μm) או עונה 1 פרק 108 חרוזים/mL (1 ל- 1.5 μm) עבור 1 h לפני שטיפה והכנת עבור cytometry זרימה כמו ירוק-צהוב סעיף 3.3. למדוד בערוץ nm 525 או דומה, באמצעות לייזר כחול כדי לרגש. הערה: ריכוז גבוה יוביל ניתוק התא.</li>
		<li>כדי למדוד phagocytosis של חיידקים, להוסיף שטקסס-אדום מתויג Escherichia coli bioparticles כפי שמתואר בסעיף 3.2 1 x 108 חיידקים/מ"ל לשעה לפני שטיפה והכנת עבור cytometry זרימה כמו סעיף 3.3. למדוד בתעלה 610 nm או דומה, באמצעות לייזר ירוק-צהוב כדי לרגש.</li>
	</ol>
</li>
</ol>

<ol>
	<li>Bloomfield, G., Kay, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Uses+and+abuses+of+macropinocytosis.">Uses and abuses of macropinocytosis.</a> Journal of Cell Science. 129 (14), 2697-2705 (2016).</li><li>Sallusto, F., Cella, M., Danieli, C., Lanzavecchia, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dendritic+cells+use+macropinocytosis+and+the+mannose+receptor+to+concentrate+macromolecules+in+the+major+histocompatibility+complex+class+II+compartment:+downregulation+by+cytokines+and+bacterial+products.">Dendritic cells use macropinocytosis and the mannose receptor to concentrate macromolecules in the major histocompatibility complex class II compartment: downregulation by cytokines and bacterial products.</a> Journal of Experimental Medicine. 182 (2), 389-400 (1995).</li><li>Hardt, W. D., Chen, L. M., Schuebel, K. E., Bustelo, X. R., Galan, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=S.+typhimurium+encodes+an+activator+of+Rho+GTPases+that+induces+membrane+ruffling+and+nuclear+responses+in+host+cells.">S. typhimurium encodes an activator of Rho GTPases that induces membrane ruffling and nuclear responses in host cells.</a> Cell. 93 (5), 815-826 (1998).</li><li>Commisso, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Macropinocytosis+of+protein+is+an+amino+acid+supply+route+in+Ras-transformed+cells.">Macropinocytosis of protein is an amino acid supply route in Ras-transformed cells.</a> Nature. 497 (7451), 633-637 (2013).</li><li>Munch, C., O'Brien, J., Bertolotti, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prion-like+propagation+of+mutant+superoxide+dismutase-1+misfolding+in+neuronal+cells.">Prion-like propagation of mutant superoxide dismutase-1 misfolding in neuronal cells.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 108 (9), 3548-3553 (2011).</li><li>Hacker, U., Albrecht, R., Maniak, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluid-phase+uptake+by+macropinocytosis+in+Dictyostelium.">Fluid-phase uptake by macropinocytosis in Dictyostelium.</a> Journal of Cell Science. 110, 105-112 (1997).</li><li>Dowrick, P., Kenworthy, P., McCann, B., Warn, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Circular+ruffle+formation+and+closure+lead+to+macropinocytosis+in+hepatocyte+growth+factor/scatter+factor-treated+cells.">Circular ruffle formation and closure lead to macropinocytosis in hepatocyte growth factor/scatter factor-treated cells.</a> European Journal of Cell Biology. 61 (1), 44-53 (1993).</li><li>Buczynski, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inactivation+of+two+Dictyostelium+discoideum+genes,+DdPIK1+and+DdPIK2,+encoding+proteins+related+to+mammalian+phosphatidylinositide+3-kinases,+results+in+defects+in+endocytosis,+lysosome+to+postlysosome+transport,+and+actin+cytoskeleton+organization.">Inactivation of two Dictyostelium discoideum genes, DdPIK1 and DdPIK2, encoding proteins related to mammalian phosphatidylinositide 3-kinases, results in defects in endocytosis, lysosome to postlysosome transport, and actin cytoskeleton organization.</a> Journal of Cell Biology. 136, 1271-1286 (1997).</li><li>Araki, N., Johnson, M. T., Swanson, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+role+for+phosphoinositide+3-kinase+in+the+completion+of+macropinocytosis+and+phagocytosis+by+macrophages.">A role for phosphoinositide 3-kinase in the completion of macropinocytosis and phagocytosis by macrophages.</a> Journal of Cell Biology. 135 (5), 1249-1260 (1996).</li><li>Araki, N., Egami, Y., Watanabe, Y., Hatae, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phosphoinositide+metabolism+during+membrane+ruffling+and+macropinosome+formation+in+EGF-stimulated+A431+cells.">Phosphoinositide metabolism during membrane ruffling and macropinosome formation in EGF-stimulated A431 cells.</a> Experimental Cell Research. 313 (7), 1496-1507 (2007).</li><li>Clark, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dictyostelium+uses+ether-linked+inositol+phospholipids+for+intracellular+signalling.">Dictyostelium uses ether-linked inositol phospholipids for intracellular signalling.</a> The EMBO Journal. 33 (19), 2188-2200 (2014).</li><li>Hoeller, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two+distinct+functions+for+PI3-kinases+in+macropinocytosis.">Two distinct functions for PI3-kinases in macropinocytosis.</a> Journal of Cell Science. 126, 4296-4307 (2013).</li><li>Bar-Sagi, D., Feramisco, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Induction+of+membrane+ruffling+and+fluid-phase+pinocytosis+in+quiescent+fibroblasts+by+ras+proteins.">Induction of membrane ruffling and fluid-phase pinocytosis in quiescent fibroblasts by ras proteins.</a> Science. 233 (4768), 1061-1068 (1986).</li><li>Veltman, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+plasma+membrane+template+for+macropinocytic+cups.">A plasma membrane template for macropinocytic cups.</a> Elife. 5, e20085 (2016).</li><li>West, M. A., Prescott, A. R., Eskelinen, E. L., Ridley, A. J., Watts, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rac+is+required+for+constitutive+macropinocytosis+by+dendritic+cells+but+does+not+control+its+downregulation.">Rac is required for constitutive macropinocytosis by dendritic cells but does not control its downregulation.</a> Current Biology. 10 (14), 839-848 (2000).</li><li>West, M. A., Bretscher, M. S., Watts, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinct+endocytotic+pathways+in+epidermal+growth+factor-stimulated+human+carcinoma+A431+cells.">Distinct endocytotic pathways in epidermal growth factor-stimulated human carcinoma A431 cells.</a> Journal of Cell Biology. 109, 2731-2739 (1989).</li><li>Canton, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Calcium-sensing+receptors+signal+constitutive+macropinocytosis+and+facilitate+the+uptake+of+NOD2+ligands+in+macrophages.">Calcium-sensing receptors signal constitutive macropinocytosis and facilitate the uptake of NOD2 ligands in macrophages.</a> Nature Communications. 7, 11284 (2016).</li><li>Commisso, C., Flinn, R. J., Bar-Sagi, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determining+the+macropinocytic+index+of+cells+through+a+quantitative+image-based+assay.">Determining the macropinocytic index of cells through a quantitative image-based assay.</a> Nature Protocols. 9 (1), 182-192 (2014).</li><li>Clarke, M., Kohler, J., Heuser, J., Gerisch, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Endosome+fusion+and+microtubule-based+dynamics+in+the+early+endocytic+pathway+of+Dictyostelium.">Endosome fusion and microtubule-based dynamics in the early endocytic pathway of Dictyostelium.</a> Traffic. 3, 791-800 (2002).</li><li>Pacitto, R., Gaeta, I., Swanson, J. A., Yoshida, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CXCL12-induced+macropinocytosis+modulates+two+distinct+pathways+to+activate+mTORC1+in+macrophages.">CXCL12-induced macropinocytosis modulates two distinct pathways to activate mTORC1 in macrophages.</a> Journal of Leukocyte Biology. 101 (3), 683-692 (2017).</li><li>Rivero, F., Maniak, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+and+microscopic+methods+for+studying+the+endocytic+pathway.">Quantitative and microscopic methods for studying the endocytic pathway.</a> Methods in Molecular Biology. , 423-438 (2006).</li><li>Bacon, R. A., Cohen, C. J., Lewin, D. A., Mellman, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dictyostelium+discoideum+mutants+with+temperature-sensitive+defects+in+endocytosis.">Dictyostelium discoideum mutants with temperature-sensitive defects in endocytosis.</a> Journal of Cell Biology. 127, 387-399 (1994).</li><li>Basu, S., Fey, P., Jimenez-Morales, D., Dodson, R. J., Chisholm, R. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=dictyBase+2015:+Expanding+data+and+annotations+in+a+new+software+environment.">dictyBase 2015: Expanding data and annotations in a new software environment.</a> Genesis. 53 (8), 523-534 (2015).</li><li>Williams, T. D., Kay, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+physiological+regulation+of+macropinocytosis+during+Dictyostelium+growth+and+development.">The physiological regulation of macropinocytosis during Dictyostelium growth and development.</a> Journal of Cell Science. 131 (6), (2018).</li><li>Tsujioka, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Overlapping+functions+of+the+two+talin+homologues+in+Dictyostelium.">Overlapping functions of the two talin homologues in Dictyostelium.</a> Eukaryotic Cell. 7 (5), 906-916 (2008).</li><li>Aguado-Velasco, C., Bretscher, M. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Circulation+of+the+plasma+membrane+in+Dictyostelium.">Circulation of the plasma membrane in Dictyostelium.</a> Molecular Biology of the Cell. 10, 4419-4427 (1999).</li><li>Sattler, N., Monroy, R., Soldati, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+analysis+of+phagocytosis+and+phagosome+maturation.">Quantitative analysis of phagocytosis and phagosome maturation.</a> Methods in Molecular Biology. 983, 383-402 (2013).</li><li>Wilkins, A., Chubb, J., Insall, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+Dictyostelium+RasGEF+is+required+for+normal+endocytosis,+cell+motility+and+multicellular+development.">A novel Dictyostelium RasGEF is required for normal endocytosis, cell motility and multicellular development.</a> Current Biology. 10, 1427-1437 (2000).</li><li>Thomason, P. A., King, J. S., Insall, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mroh1,+a+lysosomal+regulator+localized+by+WASH-generated+actin.">Mroh1, a lysosomal regulator localized by WASH-generated actin.</a> Journal of Cell Science. 130 (10), 1785-1795 (2017).</li><li>van Duijn, B., Vogelzang, S. A., Ypey, D. L., van der Molen, L. G., van Haastert, P. J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Normal+chemotaxis+in+Dictyostelium+discoideum+cells+with+a+depolarized+plasma+membrane+potential.">Normal chemotaxis in Dictyostelium discoideum cells with a depolarized plasma membrane potential.</a> Journal of Cell Science. 95, 177-183 (1990).</li><li>Novak, K. D., Peterson, M. D., Reedy, M. C., Titus, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dictyostelium+myosin+I+double+mutants+exhibit+conditional+defects+in+pinocytosis.">Dictyostelium myosin I double mutants exhibit conditional defects in pinocytosis.</a> Journal of Cell Biology. 131, 1205-1221 (1995).</li><li>Mercer, J., Helenius, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Vaccinia+virus+uses+macropinocytosis+and+apoptotic+mimicry+to+enter+host+cells.">Vaccinia virus uses macropinocytosis and apoptotic mimicry to enter host cells.</a> Science. 320 (5875), 531-535 (2008).</li><li>Paschke, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+and+efficient+genetic+engineering+of+both+wild+type+and+axenic+strains+of+Dictyostelium+discoideum.">Rapid and efficient genetic engineering of both wild type and axenic strains of Dictyostelium discoideum.</a> PLoS One. 13 (5), e0196809 (2018).</li><li>Bloomfield, G., Tanaka, Y., Skelton, J., Ivens, A., Kay, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Widespread+duplications+in+the+genomes+of+laboratory+stocks+of+Dictyostelium+discoideum.">Widespread duplications in the genomes of laboratory stocks of Dictyostelium discoideum.</a> Genome Biology. 9 (4), R75 (2008).</li><li>Fey, P., Dodson, R. J., Basu, S., Chisholm, R. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=One+stop+shop+for+everything+Dictyostelium:+dictyBase+and+the+Dicty+Stock+Center+in+2012.">One stop shop for everything Dictyostelium: dictyBase and the Dicty Stock Center in 2012.</a> Methods in Molecular Biology. 983, 59-92 (2013).</li></ol>

המחברים יש שאין ניגודי אינטרסים לחשוף.

בעוד שיטות אחרות כדי להעריך את ספיגת הנוזלים תפוקה נמוכה, לשטוף את התאים בחיי עיר ושימוש של אזיד הנתרן להתנתק תאים הן לשלבים הקריטיים בשיטה זו, אשר מאפשרים מדידה תפוקה גבוהה של macropinocytosis, ספיגת קרום, או phagocytosis על-ידי Dictyostelium. כמו התאים מחוברים משטח, המדיום אינו, הם יכולים להיות נשאר מחובר ואילו המדיום סביבם קודם שיעיפו ואז השתנה על ידי טבילה במאגר ו שיעיפו שוב. אזיד הנתרן, אשר מכלה ATP הסלולר, depolarizes את קרום30, משמש לאחר מכן לנתק את התאים, גם מונע אקסוציטוזה מבלי להשפיע על התאים הכדאיות24.
בזמן השימוש cytometry זרימה כדי למדוד את macropinocytosis על ידי Dictyostelium מעניק מדידות מדויקות מאוד של ספיגת נוזלים במהירות רבה, כדי לקבוע את הסיבה מדוע זן מסוים או מצב של שינה ספיגת נוזלים, לקדם באמצעות חקירה מיקרוסקופ הוא נדרש24. יש גם לציין כי התוצאות שפורסמו בעבר, במקרים מסוימים, הראו הבדל ספיגת הנוזלים על ידי מוטציה זנים גדל גם על משטח (כמו במקרה זה), או לוחצים ההשעיה (כמו הפרוטוקול הסטנדרטי)31. בשיטה זו פירושה כי, במקרים נדירים, ספיגת נוזלים לכאורה פגמים הם החמיצו. בנוסף, בעת מדידת phagocytosis, ניתן להשתמש רק ריכוזים נמוכים של חלקיקים. הקצב המרבי של phagocytosis זה יכול להיקבע בטכניקה זו הוא הרבה מתחת מרבי אמיתי, למרות שזה עדיין אפשרי למדוד הבדלים רלוונטיים phagocytosis בין זנים ותנאים24. כדי לקבוע את השיעור המרבי של phagocytosis, ספיגת חייב להימדד לוחצים השעיה פרוטוקול חלופי27. התאים יש phagocytosed חרוזים הגדילו פיזור בצד, אז זה אמור להיפתר עבור בהתאם בעת הגדרת את cytometer זרימה.
Cytometry זרימה יכול לשמש כדי למדוד את ספיגת הנוזלים ב תאים בתרבית של32, אולם שיעור גבוה יותר של נוזל שלב ספיגת על ידי מסלולים endocytic אחרים מאשר אצל Dictyostelium היא דאגה. בנוסף, תאים בדרך כלל מנותקים באמצעות טריפסין ב 37 מעלות צלזיוס, המאפשר יותר התקדמות endocytic של לתוספי למביטה. אזיד הנתרן כקרח אינו גורם מקרופאגים לנתק ממשטח (וויליאמס, שלא פורסמו תצפיות), ביצוע הטכניקה הזו לא תקפה בתרבית של תאים ללא נוספים מיטוב.
מדידת תפוקה גבוהה macropinocytosis יש פוטנציאל לשמש מסך במהירות ובזול על ההשפעות של מעכבי, מוטציה גנטית או גנים בתאי Dictyostelium . מוטציות צריך תמיד להשוותו הוריהם ישיר בלבד. אם הקורא אין העדפה מוקדמת לזן Dictyostelium , זנים שאינם axenic כגון DdB או NC4 יותר "פראי-סוג" מאשר אלו axenic, ניתן לטפל בצורה יעילה כמו זנים axenic33. אחרת, Ax2 זנים הם axenic זנים עם המצומצמות הגנום כפילויות34, בעוד זנים רבים של Ax4 Talin A הסתרה, צריך להיות להימנע במידת האפשר23. ניתן להזמין ביותר שפורסמו בעבר זנים Dicty מניות מרכז35.
טכניקה זו מאפשרת אפשרויות חקירה גדול יותר משהיה אפשרי לתוך ההשפעות של תנאים שונים, מעכבי מוטציות ב- macropinocytosis על ידי Dictyostelium.

בקנה מידה גדול ספיגת נוזלים שאינם ספציפיים על-ידי macropinocytosis חשוב בהקשרים ביולוגיים מספר1, כולל אנטיגן דגימה על-ידי החיסון תאים2, פתוגן כניסתו לתאים מארח3, סרטן התא התפשטות4 ו הפצת מחלות פריון5. מידע יונקים, תאים Dictyostelium , פאי אקטין6,7,9,8,P3 (3,4,5)10 (למרות טיב השומנים שונה בין שני11), מופעל ראס12,13ו-14,Rac מופעל15 חשובים עבור יעילות ספיגת הנוזלים על ידי macropinocytosis, למרות נותרו שאלות רבות ללא מענה על איך הוא התיקון macropinocytic נוצרו, מאורגן, למביטה בסופו של דבר. גילוי חלבונים יותר חשוב macropinocytosis ונחישות עוקבות של מה הם חשובים בהקשרים ביולוגיים שונים, לתת הבנה מקיפה יותר של macropinocytosis, העלול לאפשר התפתחות טיפולים יישוב למגוון רחב של מצבים.
Dictyostelium היא מערכת מודל אידיאלי ללמוד macropinocytosis. רמה גבוהה של macropinocytosis המכונן ב מעבדה סטנדרטיים זנים אומר שאת ספיגת הנוזלים הוא מעל 90% בשל macropinocytosis6. זה מאפשר macropinocytosis נמדד אך ורק על פי קביעת ספיגת נוזלים, בניגוד בתרבית של תאים כאשר שיעור ספיגת נוזלים עקב macropinocytosis הוא נמוך בהרבה. Macropinocytosis כל כך מוגדרת היטב, דמיינו בקלות12 במערכת זו דומה מציע יתרונות ברורים על חקירת ליבה שנשמרת מרכיבי macropinosome על פני מערכות אחרות שבהן עשוי להיות מספר אותות התקינה 16 , 17.
הטכניקה תקן המשמש למדידת macropinocytosis על ידי תאים בתרבית של כרוך בתיקון תאים לאחר הפועמים עם לתוספי לתקופה קצרה של זמן ואחריו מיקרוסקופ כדי לקבוע את האזור של תא מאוכלס על ידי לתוספי-חיוביות שלפוחית18. טכניקה זו אינו חשבון אולם לאפשרות של macropinosomes מתכווץ עם כניסתו התא, אשר דווחה Dictyostelium19, והיא רק לוקחת בחשבון מטוסים יחיד של התא, כלומר אמצעי האחסון הפנימו לא ברור. טכניקה חלופית, של ספירת מספר macropinosomes הפנימו בזמן נתון, יש חסרונות אותם20. השימוש Dictyostelium מונע בעיות אלה; עם זאת, קיימות טכניקות למדידת ספיגת הנוזלים על ידי Dictyostelium הם יחסית עמל רב, שימוש גדול כמות התאים והן לתוספי21. תאים שיש לחיצות על צפיפות גבוהה ב לתוספי פלורסנט ודוגמאות הוסר בנקודות שונות בזמן-לקביעת למביטה ידי קרינה פלואורסצנטית באמצעות fluorimeter. ניתן לנתח תאים שהוכנו בדרך זו על ידי cytometry זרימה כדי לזכות תא בודד, יותר מאשר האוכלוסייה ברמת, רזולוציה22, למרות שזה ישאר תפוקה נמוכה.
כאן, טכניקה סטנדרטית למדידת נוזלים למביטה באמצעות לתוספי פלורסנט כתווית הוא להתאים לתבנית צלחת 96-ובכן, עם הדגימות נותחו על ידי cytometry זרימה באמצעות קובץ מצורף תפוקה גבוהה דגימה (HTS). תאים ניזונים לתוספי פלורסנט-quenchable עבור אורך זמן, נשטף על ידי טבילה במאגר קר כקרח, מנותק תוך שימוש אזיד הנתרן 5 מ מ, אשר גם עוצר אקסוציטוזה שנקבע מראש. התאים היטב כל מנותחות ואז על ידי cytometry זרימה. שיטה זו נועדה להתגבר על המגבלות של השיטות שהוזכרו לעיל, לאפשר השוואה סימולטני של ספיגת הנוזלים של מספר גדול של זנים/תנאים תוך שימוש בפחות משאבים והקטנת העבודה מעורב.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>LSR_II flow cytometer</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td>-</td>
			<td>Other Flow cytometers can also do this role, e.g. the LSRFortessa by BD</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TRITC-dextran (155 kDa)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T1287</td>
			<td>Other non-quenchable dextrans, and other sizes are also fine</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HL5 medium</td>
			<td>Formedium</td>
			<td>HLGCFG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96-well tissue culture plate</td>
			<td>Corning</td>
			<td>3596</td>
			<td>Any flat-bottom tissue culture treated 96-well plate will work</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dihydrostreptomycin sulfate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>PHR1517</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ampicillin sodium</td>
			<td>Formdium</td>
			<td>AMP50</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kanamycin monosulfate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>60615</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium azide</td>
			<td>VWR</td>
			<td>103694M</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium sulfate hydrate</td>
			<td>VWR</td>
			<td>25169.295</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calcium chloride dihydrate</td>
			<td>VWR</td>
			<td>1.02382.0250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium dihydrogen phopshate</td>
			<td>VWR</td>
			<td>1.04877.1000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Di-potassium hydrogen phosphate</td>
			<td>VWR</td>
			<td>1.05104.1000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fluorimeter</td>
			<td>Perkin-Elmer</td>
			<td>LS 50 B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FM1-43</td>
			<td>Thermofisher</td>
			<td>T35356</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fluoresbrite YG-carboxy microspheres 1.00 &#181;m</td>
			<td>Polysciences</td>
			<td>15702-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fluoresbrite YG-carboxy microspheres 1.50 &#181;m</td>
			<td>Polysciences</td>
			<td>09719-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fluoresbrite YG-carboxy microspheres 1.75 &#181;m</td>
			<td>Polysciences</td>
			<td>17687-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fluoresbrite YG-carboxy microspheres 2.00 &#181;m</td>
			<td>Polysciences</td>
			<td>09847-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Texas Red E. coli bioparticles</td>
			<td>Thermofisher</td>
			<td>E2863</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Flow-set fluorospheres</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>6607007</td>
			<td>Calibration Beads</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SM agar</td>
			<td>Formedium</td>
			<td>SMACFG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.22 &#181;m syringe filter</td>
			<td>Elkay Laboratory Products</td>
			<td>E25-PS22-50S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10 mL Syringe</td>
			<td>Becton Dickinson</td>
			<td>302188</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Round-bottom polystyrene tubes</td>
			<td>Corning</td>
			<td>352058</td>
			<td>Use a tube that will fit onto your flow cytometer.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>70 &#181;m cell strainer</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>352350</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 mL centrifuge tube</td>
			<td>Sarstedt</td>
			<td>62.547.004</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Repeating pipette</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>M4-SK</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5 mL repeating pipette tips</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>30089650</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DMSO</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>D2650-100ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LY294002</td>
			<td>Cayman Chemical Company</td>
			<td>70920</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nocodazole</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M1404-2MG</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high-throughput measurement of dictyostelium discoideum macropinocytosis by flow cytometry

בקנה מידה גדול ספיגת נוזלים שאינם ספציפיים על-ידי macropinocytosis חשוב ההתפשטות של תאים סרטניים מסוימים, אנטיגן דגימה, הפלישה התא המארח ואת ההתפשטות של מחלות ניווניות. זני מעבדה נפוץ אמבה Dictyostelium discoideum יש שיעור ספיגת נוזלים גבוהה מאוד כאשר גדל מזין בינוני, מעל 90% מהם נובע macropinocytosis. בנוסף, רבים של רכיבי ליבה ידוע macropinocytosis בתרבית של נוכחות גם הן, שהופך אותו מערכת מודל מצויין ללמוד macropinocytosis. כאן, טכניקה סטנדרטית למדידת נוזלים למביטה באמצעות לתוספי פלורסנט כתווית הוא להתאים לתבנית צלחת 96-ובכן, עם הדגימות נותחו על ידי cytometry זרימה באמצעות קובץ מצורף תפוקה גבוהה דגימה (HTS).
תאים ניזונים לתוספי פלורסנט-quenchable עבור אורך זמן, נשטף על ידי טבילה במאגר קר כקרח, מנותק תוך שימוש אזיד הנתרן 5 מ מ, אשר גם עוצר אקסוציטוזה שנקבע מראש. התאים היטב כל מנותחות ואז על ידי cytometry זרימה. השיטה גם ניתן להתאים כדי למדוד את ספיגת ממברנה של phagocytosis של חרוזים פלורסנט או חיידקים.
שיטה זו נועדה לאפשר מדידה של ספיגת הנוזלים על ידי Dictyostelium תפוקה גבוהה, דיני עבודה, משאבים באופן יעיל. היא מאפשרת השוואה בו זמנית של מספר זנים (למשל knockout מוטציות של גנים) ותנאים (למשל תאי מדיה שונים או מטופלים עם ריכוזים שונים של מעכב) במקביל ומפשט את הזמן-קורסים.

פעם הטכניקה בוצעה תאים הם עמוסה לתוספי ומוכן לניתוח (איור 1), להבטיח שזרימת cytometer אינה חסומה ולהתאים את הפרופיל פיזור לצד פיזור לפנים להיראות כמו התאים שמוצג באיור 2A. אם המכונה חסומה, זה ייראה יותר ככה באיור איור 2B , בטח החסימה לפני שתמשיך. להבטיח הפרמטרים להראות שליטה axenic תאים גבוהה לתוספי למביטה פלורסצנטיות בנקודות זמן ארוך יותר ויש קרינה פלואורסצנטית למביטה נמוך-אלה שורטר (איור 2C).
כאשר מחפשים הבדלים בין מוטנטים, סביר להניח כי יהיו אחד שלושה פנוטיפים. המוטציות יכול להיות נורמלי ספיגת נוזלים, להם פגם חלקית או ספיגת נוזלים יכול לבטל לחלוטין. איור דו-ממדי מראה על המתח עם ספיגת נוזלים נורמלית, במקרה זה המתח מעבדה סטנדרטיים Ax2, מוטציה עם ~ 50% להקטין את ספיגת הנוזלים (Ax2 rasG-14) וביטלה אחד עם ספיגת נוזלים (Ax3 gefB-28). להשיג את (סעיף 3.5) ממוצע חציון ספיגת נוזלים ולהשתמש בו כדי לחשב את עוצמת הקול של נוזל הפנימו (כמו דמות 3B) או להשוות את הנתונים לפקד (כמו דמות 4B ו- 4 C).
בעת ביצוע קורס זמן ספיגת נוזלים, כמו באיור 3A, ידי קרינה פלואורסצנטית למביטה צריך להגדיל 60-90 דקות, לאחר מכן לתוספי מתחיל להיות exocytosed, מישור זה להגיע (איור 3B). באמצעות 60 דקות כמו נקודת השעה הרגילה כאשר משווים macropinocytosis בתנאים/מוטציות שונות ולכן מאפשר קליטה טובה להיות מושגת, אין קליטה אובדת עקב אקסוציטוזה. מוטציות איפה אקסוציטוזה קשות נחסמת עשויה להימשך זמן רב כדי להגיע אל הרמה של29.
כאשר מתייחסים תאים עם מעכבי יעילים נגד macropinocytosis ב Dictyostelium (להקים כמו איור 4A), את לתוספי הפנימו ב 1 h יהיה ללכת למטה כמעט שום בריכוזים גבוהים מעכב ברוב המכריע של המקרים (איור 4B). כמה מעכבי לא יכול להיות יעיל ב-100 אחוז, לעומת זאת, למשל nocodazole מעכב רק עד 50% של ספיגת הנוזלים על ידי macropinocytosis בעת הוספת בחריפות (איור 4C). אם מעכבי אינם יעילים, התאים להפנים כמות דומה של לתוספי של הפקד, ירידה ברמת קרינה פלואורסצנטית לא ישודר. טכניקה זו מאפשרת מגוון גדול של מעכבי שונים, ריכוזי המדכא שיוקרנו השפעות על ספיגת הנוזלים על ידי macropinocytosis במהירות רבה, צמצום הזמן בילה ייעול הטיפול מעכב.
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/58434/58434fig2.jpg"> איור 2: הגדר של זרימת נתונים cytometer ונציג. (א) פיזור קדמי (FSC) ואת הצד פרופילים פיזור (האס) של תאים יש להגדירו כך התאים ניתן להבחין בקלות. דוגמה של איך צריך להיראות Ax2 התאים מוצג. (B) אם cytometer זרימה חסומה, כמו בדוגמה זו, התאים יש פיזור בצד נמוך מאוד. הלייזר לא יעוררו את fluorophores כראוי, המכונה החסימה לפני שתמשיך. צריך להיות מושלך נתונים שהושגו בעוד המכונה היה חסום. (ג) ידי קרינה פלואורסצנטית להגדיר כך מדגם ספיגת דקות 0 יש קרינה פלואורסצנטית נמוכה, אשר מגדילה כאשר יש כבר מתפשט תאים עבור יותר במדיום פלורסנט, כפי שמוצג בדוגמה זו שנלקחו וויליאמס & קיי 201824. (ד) דוגמאות של תאים יש כבר מתפשט עם TRITC לתוספי עבור h 1 עם macropinocytosis רגיל (Ax2, ירוק), מופחת macropinocytosis (Ax2 rasG -, HM172614, כתום) וביטלה macropinocytosis (Ax3 gefB -, HM177628, כחול). <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/58434/58434fig2large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גירסה גדולה יותר של הדמות הזאת.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/58434/58434fig3.jpg"> איור 3: ביצוע זמן ספיגת נוזלים-קורסים ב 96-ובכן צלחות. (א) לתוספי צריכים להתווסף לכל קבוצה של דגימות ברצף, עם סיום באותו הזמן. אז תרחץ הבארות, לנתק, למדוד את קרינה פלואורסצנטית למביטה על ידי cytometry זרימה. דוגמה פעמים כדי להוסיף את לתוספי מוצגים כאן. (B) כמובן זמן ספיגת הנוזלים של תאים Ax2 הופיעה 96-ובכן צלחות. שנלקחו וויליאמס & קיי 201824, קווי שגיאה הצג השגיאה הסטנדרטית של 3 ניסויים עצמאית. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/58434/58434fig3large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גירסה גדולה יותר של הדמות הזאת.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/58434/58434fig4.jpg"> איור 4: ספיגת נוזלים במינון התגובה עקומות. (א) להוסיף את המתחם של עניין, זה התיק PI3K מעכב LY294002, HL5 המכיל 1 מ"ג/מ"ל TRITC-לתוספי- זוגי הריכוז המרבי הסופי הרצוי. מערבבים עם מדיום הגידול HL5 + 1 מ"ג/מ"ל לתוספי המכיל את הרכב לבד בפרופורציות שונות כדי ליצור סדרת דילול בינוני 200 µL לכל תנאי. להוסיף בארות כרגיל לשעה לפני שטיפה ומדידת למביטה זריחה. (B) ספיגת נוזלים במינון עקומת בתגובה עבור תאים Ax2 מודגרות עם המדיום המכיל LY294002 מ- A. הותאם ויליאמס אנד קיי 201824. ספיגת נוזלים מנורמל לפקד שאינו מטופל. קווי שגיאה הצג השגיאה הסטנדרטית של 3 ניסויים עצמאית. (ג) ספיגת נוזלים במינון עקומת בתגובה עבור תאים Ax2 מודגרות עם nocodazole. הותאם ויליאמס אנד קיי 201824. ספיגת נוזלים מנורמל לפקד שאינו מטופל. קווי שגיאה הצג השגיאה הסטנדרטית של 3 ניסויים עצמאית. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/58434/58434fig4large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גירסה גדולה יותר של הדמות הזאת.</a>

Watch this Scientific Journal Video about High-throughput Measurement of Dictyostelium discoideum Macropinocytosis by Flow Cytometry at JoVE.com

High-throughput Measurement of Dictyostelium discoideum Macropinocytosis by Flow Cytometry

Macropinocytosis, בקנה מידה גדול ספיגת הנוזלים של שאינם ספציפיים, חשוב בתחומים רבים של ביולוגיה קליני כולל אימונולוגיה, זיהום, סרטן ומחלות ניווניות. . הנה, קיימות טכניקות הותאמו כדי לאפשר רזולוציה תפוקה גבוהה, תא בודד מדידה של macropinocytosis macropinocytosis דגם האורגניזם Dictyostelium discoideum באמצעות flow cytometry.

מדידת תפוקה גבוהה Dictyostelium discoideum Macropinocytosis על ידי Cytometry זרימה

Large-scale non-specific fluid uptake by macropinocytosis is important for the proliferation of certain cancer cells, antigen sampling, host cell invasion ...

high-throughput-measurement-dictyostelium-discoideum-macropinocytosis

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Biology

High-throughput Measurement of Dictyostelium discoideum Macropinocytosis by Flow Cytometry

7.7K Views.  MRC-Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK. Macropinocytosis, בקנה מידה גדול ספיגת הנוזלים של שאינם ספציפיים, חשוב בתחומים רבים של ביולוגיה קליני כולל אימונולוגיה, זיהום, סרטן ומחלות ניווניות. . הנה, קיימות טכניקות הותאמו כדי לאפשר רזולוציה תפוקה גבוהה, תא בודד מדידה של macropinocytosis macropinocytosis דגם האורגניזם Dictyostelium dis...

Video: High-throughput Measurement of Dictyostelium discoideum Macropinocytosis by Flow Cytometry

IP-FCM:  Immunoprecipitation Detected by Flow Cytometry

Immunoprecipitation detected by flow cytometry (IP-FCM) is an efficient method for detecting and quantifying protein-protein interactions. The basic principle extends that of sandwich ELISA, wherein the captured primary analyte can be detected together with other molecules physically associated within multiprotein complexes. The procedure involves covalent coupling of polystyrene latex microbeads with immunoprecipitating monoclonal antibodies (mAb) specific for a protein of interest, incubating these beads with cell lysates, probing captured protein complexes with fluorochrome-conjugated probes, and analyzing bead-associated fluorescence by flow cytometry. IP-FCM is extremely sensitive, allows analysis of proteins in their native (non-denatured) state, and is amenable to either semi-quantitative or quantitative analysis. As additional advantages, IP-FCM requires no genetic engineering or specialized equipment, other than a flow cytometer, and it can be readily adapted for high-throughput applications.

The IP-FCM method is presented, which allows a sensitive, robust, biochemical assessment of native protein-protein interactions, without requiring genetic engineering or large sample sizes.

IP-FCM: immunoprecipitation זוהה על ידי זרימת cytometry

Immunoprecipitation detected by flow cytometry (IP-FCM) is an efficient method for detecting and quantifying protein-protein interactions. The basic ...

Quantitative Measurement of GLUT4 Translocation to the Plasma Membrane by Flow Cytometry

Glucose is the main source of energy for the body, requiring constant regulation of its blood concentration. Insulin release by the pancreas induces glucose uptake by insulin-sensitive tissues, most notably the brain, skeletal muscle, and adipocytes. Patients suffering from type-2 diabetes and/or obesity often develop insulin resistance and are unable to control their glucose homeostasis. New insights into the mechanisms of insulin resistance may provide new treatment strategies for type-2 diabetes.
The GLUT family of glucose transporters consists of thirteen members distributed on different tissues throughout the body1. Glucose transporter type 4 (GLUT4) is the major transporter that mediates glucose uptake by insulin sensitive tissues, such as the skeletal muscle. Upon binding of insulin to its receptor, vesicles containing GLUT4 translocate from the cytoplasm to the plasma membrane, inducing glucose uptake. Reduced GLUT4 translocation is one of the causes of insulin resistance in type-2 diabetes2,3.
The translocation of GLUT4 from the cytoplasm to the plasma membrane can be visualized by immunocytochemistry, using fluorophore-conjugated GLUT4-specific antibodies.
Here, we describe a technique to quantify total amounts of GLUT4 translocation to the plasma membrane of cells during a chosen duration, using flow cytometry. This protocol is rapid (less than 4 hours, including incubation with insulin) and allows the analysis of as few as 3,000 cells or as many as 1 million cells per condition in a single experiment. It relies on anti-GLUT4 antibodies directed to an external epitope of the transporter that bind to it as soon as it is exposed to the extracellular medium after translocation to the plasma membrane.

This protocol describes a rapid technique to quantify the translocation of GLUT4 from the cytoplasm to the plasma membrane of cells by flow cytometry.

מדידה כמותית של טרנסלוקציה GLUT4 על קרום התא על ידי זרימת cytometry

Glucose is the main source of energy for the body, requiring constant regulation of its blood concentration. Insulin release by the pancreas induces ...

Flow Cytometry Purification of Mouse Meiotic Cells

The heterogeneous nature of cell types in the testis and the absence of meiotic cell culture models have been significant hurdles to the study of the unique differentiation programs that are manifest during meiosis. Two principal methods have been developed to purify, to varying degrees, various meiotic fractions from both adult and immature animals: elutriation or Staput (sedimentation) using BSA and/or percoll gradients. Both of these methods rely on cell size and density to separate meiotic cells1-5. Overall, except for few cell populations6, these protocols fail to yield sufficient purity of the numerous meiotic cell populations that are necessary for detailed molecular analyses. Moreover, with such methods usually one type of meiotic cells can be purified at a given time, which adds an extra level of complexity regarding the reproducibility and homogeneity when comparing meiotic cell samples.
Here, we describe a refined method that allows one to easily visualize, identify, and purify meiotic cells, from germ cells to round spermatids, using FACS combined with Hoechst 33342 staining7,8. This method provides an overall snapshot of the entire meiotic process and allows one to highly purify viable cells from most stage of meiosis. These purified cells can then be analyzed in detail for molecular changes that accompany progression through meiosis, for example changes in gene expression9,10and the dynamics of nucleosome occupancy at hotspots of meiotic recombination11.

An efficient method to obtain highly purified viable meiotic fractions from mouse testis is described, which combines a refined cell dissociation protocol with fluorescent activated cell sorting (FACS). This method takes advantage of differences in the DNA content and nuclear density of discrete meiotic fractions.

Cytometry זרימה טיהור תאים עכבר meiotic

The heterogeneous nature of cell types in the testis and the absence of meiotic cell culture models have been significant hurdles to the study of the ...

High-Throughput Measurement and Classification of Organic P in Environmental Samples

Many types of organic phosphorus (P) molecules exist in environmental samples1. Traditional P measurements do not detect these organic P compounds since they do not react with colorimetric reagents2,3. Enzymatic hydrolysis (EH) is an emerging method for accurately characterizing organic P forms in environmental samples4,5. This method is only trumped in accuracy by Phosphorus-31 Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy (31P-NMR) -a method that is expensive and requires specialized technical training6. We have adapted an enzymatic hydrolysis method capable of measuring three classes of phosphorus (monoester P, diester P and inorganic P) to a microplate reader system7. This method provides researchers with a fast, accurate, affordable and user-friendly means to measure P species in soils, sediments, manures and, if concentrated, aquatic samples. This is the only high-throughput method for measuring the forms and enzyme-lability of organic P that can be performed in a standard laboratory. The resulting data provides insight to scientists studying system nutrient content and eutrophication potential.

This protocol describes a high-throughput method of enzymatic hydrolysis that utilizes a microplate reader to measure and classify soil phosphorus as P monoesters, P diesters and inorganic P. Up to 96 samples can be measured at one time in a standard laboratory.

תפוקה גבוהה מדידה סיווג P אורגני דגימות סביבתיות

Many types of organic phosphorus (P) molecules exist in environmental samples1.  Traditional P measurements do not detect these organic P compounds since ...

Imaging G-protein Coupled Receptor (GPCR)-mediated Signaling Events that Control Chemotaxis of Dictyostelium Discoideum

Many eukaryotic cells can detect gradients of chemical signals in their environments and migrate accordingly 1. This guided cell migration is referred as chemotaxis, which is essential for various cells to carry out their functions such as trafficking of immune cells and patterning of neuronal cells 2, 3. A large family of G-protein coupled receptors (GPCRs) detects variable small peptides, known as chemokines, to direct cell migration in vivo 4. The final goal of chemotaxis research is to understand how a GPCR machinery senses chemokine gradients and controls signaling events leading to chemotaxis. To this end, we use imaging techniques to monitor, in real time, spatiotemporal concentrations of chemoattractants, cell movement in a gradient of chemoattractant, GPCR mediated activation of heterotrimeric G-protein, and intracellular signaling events involved in chemotaxis of eukaryotic cells 5-8. The simple eukaryotic organism, Dictyostelium discoideum, displays chemotaxic behaviors that are similar to those of leukocytes, and D. discoideum is a key model system for studying eukaryotic chemotaxis. As free-living amoebae, D. discoideum cells divide in rich medium. Upon starvation, cells enter a developmental program in which they aggregate through cAMP-mediated chemotaxis to form multicullular structures. Many components involved in chemotaxis to cAMP have been identified in D. discoideum. The binding of cAMP to a GPCR (cAR1) induces dissociation of heterotrimeric G-proteins into G&gamma; and G&beta;&gamma; subunits 7, 9, 10. G&beta;&gamma; subunits activate Ras, which in turn activates PI3K, converting PIP2 into PIP3 on the cell membrane 11-13. PIP3 serve as binding sites for proteins with pleckstrin Homology (PH) domains, thus recruiting these proteins to the membrane 14, 15. Activation of cAR1 receptors also controls the membrane associations of PTEN, which dephosphorylates PIP3 to PIP2 16, 17. The molecular mechanisms are evolutionarily conserved in chemokine GPCR-mediated chemotaxis of human cells such as neutrophils 18. We present following methods for studying chemotaxis of D. discoideum cells. 1. Preparation of chemotactic component cells. 2. Imaging chemotaxis of cells in a cAMP gradient. 3. Monitoring a GPCR induced activation of heterotrimeric G-protein in single live cells. 4. Imaging chemoattractant-triggered dynamic PIP3 responses in single live cells in real time. Our developed imaging methods can be applied to study chemotaxis of human leukocytes.

Imaging G-protein Coupled Receptor GPCR-mediated Signaling Events that Control Chemotaxis of Dictyostelium Discoideum

Here, we describe detailed live cell imaging methods for investigating chemotaxis. We present fluorescence microscopic methods to monitor spatiotemporal dynamics of signaling events in migrating cells. Measurement of signaling events permits us to further understand how a GPCR-signaling network achieves gradient sensing of chemoattractants and controls directional migration of eukaryotic cells.

קולטן הדמיה G-חלבון יחד (GPCR) בתיווך אירועים איתות כי הפיקוח של Chemotaxis Discoideum Dictyostelium</em

Many eukaryotic cells can detect gradients of chemical signals in their environments and migrate accordingly 1.  This guided cell migration is referred as ...

Optimized Staining and Proliferation Modeling Methods for Cell Division Monitoring using Cell Tracking Dyes

Fluorescent cell tracking dyes, in combination with flow and image cytometry, are powerful tools with which to study the interactions and fates of different cell types in vitro and in vivo.1-5 Although there are literally thousands of publications using such dyes, some of the most commonly encountered cell tracking applications include monitoring of:
<ol>
	<li>stem and progenitor cell quiescence, proliferation and/or differentiation6-8</li>
	<li>antigen-driven membrane transfer9 and/or precursor cell proliferation3,4,10-18 and</li>
	<li>immune regulatory and effector cell function1,18-21.</li>
</ol>
Commercially available cell tracking dyes vary widely in their chemistries and fluorescence properties but the great majority fall into one of two classes based on their mechanism of cell labeling. "Membrane dyes", typified by PKH26, are highly lipophilic dyes that partition stably but non-covalently into cell membranes1,2,11. "Protein dyes", typified by CFSE, are amino-reactive dyes that form stable covalent bonds with cell proteins4,16,18. Each class has its own advantages and limitations. The key to their successful use, particularly in multicolor studies where multiple dyes are used to track different cell types, is therefore to understand the critical issues enabling optimal use of each class2-4,16,18,24.
The protocols included here highlight three common causes of poor or variable results when using cell-tracking dyes. These are:
<ol>
	<li>Failure to achieve bright, uniform, reproducible labeling. This is a necessary starting point for any cell tracking study but requires attention to different variables when using membrane dyes than when using protein dyes or equilibrium binding reagents such as antibodies.</li>
	<li>Suboptimal fluorochrome combinations and/or failure to include critical compensation controls. Tracking dye fluorescence is typically 102 - 103 times brighter than antibody fluorescence. It is therefore essential to verify that the presence of tracking dye does not compromise the ability to detect other probes being used.</li>
	<li>Failure to obtain a good fit with peak modeling software. Such software allows quantitative comparison of proliferative responses across different populations or stimuli based on precursor frequency or other metrics. Obtaining a good fit, however, requires exclusion of dead/dying cells that can distort dye dilution profiles and matching of the assumptions underlying the model with characteristics of the observed dye dilution profile.</li>
</ol>
Examples given here illustrate how these variables can affect results when using membrane and/or protein dyes to monitor cell proliferation.

Successful use of cell tracking dyes to monitor immune cell function and proliferation involves several critical steps. We describe methods for: 1) obtaining bright, uniform, reproducible label-ing with membrane dyes; 2) selecting fluorochromes and data acquisition conditions; and 3) choosing a model to quantify cell proliferation based on dye dilution.

אופטימיזציה שיטות דוגמנות מכתימה והפצת נשק לניטור חלוקת תא באמצעות צבעי מעקב סלולרי

Fluorescent cell tracking dyes, in combination with flow and image cytometry, are powerful tools with which to study the interactions and fates of ...

Immunodetection of Outer Membrane Proteins by Flow Cytometry of Isolated Mitochondria

Methods to detect and monitor mitochondrial outer membrane protein components in animal tissues are vital to study mitochondrial physiology and pathophysiology. This protocol describes a technique where mitochondria isolated from rodent tissue are immunolabeled and analyzed by flow cytometry. Mitochondria are isolated from rodent spinal cords and subjected to a rapid enrichment step so as to remove myelin, a major contaminant of mitochondrial fractions prepared from nervous tissue. Isolated mitochondria are then labeled with an antibody of choice and a fluorescently conjugated secondary antibody. Analysis by flow cytometry verifies the relative purity of mitochondrial preparations by staining with a mitochondrial specific dye, followed by detection and quantification of immunolabeled protein. This technique is rapid, quantifiable and high-throughput, allowing for the analysis of hundreds of thousands of mitochondria per sample. It is applicable to assess novel proteins at the mitochondrial surface under normal physiological conditions as well as the proteins that may become mislocalized to this organelle during pathology. Importantly, this method can be coupled to fluorescent indicator dyes to report on certain activities of mitochondrial subpopulations and is feasible for mitochondria from the central nervous system (brain and spinal cord) as well as liver.

Described here is a method to detect and quantify mitochondrial outer membrane proteins by immunolabeling of mitochondria isolated from rodent tissue and analysis by flow cytometry. This method can be extended to assess functional aspects of mitochondrial subpopulations.

Immunodetection של החלבונים בממברנה חיצוניים על ידי cytometry הזרימה של מיטוכונדריה מבודדת

Methods to detect and monitor mitochondrial outer membrane protein components in animal tissues are vital to study mitochondrial physiology and ...

High-throughput Screening for Chemical Modulators of Post-transcriptionally Regulated Genes

Both transcriptional and post-transcriptional regulation have a profound impact on genes expression. However, commonly adopted cell-based screening assays focus on transcriptional regulation, being essentially aimed at the identification of promoter-targeting molecules. As a result, post-transcriptional mechanisms are largely uncovered by gene expression targeted drug development. Here we describe a cell-based assay aimed at investigating the role of the 3&#39; untranslated region (3&#8217; UTR) in the modulation of the fate of its mRNA, and at identifying compounds able to modify it. The assay is based on the use of a luciferase reporter construct containing the 3&#8217; UTR of a gene of interest stably integrated into a disease-relevant cell line. The protocol is divided into two parts, with the initial focus on the primary screening aimed at the identification of molecules affecting luciferase activity after 24 hr of treatment. The second part of the protocol describes the counter-screening necessary to discriminate compounds modulating luciferase activity specifically through the 3&#8217; UTR. In addition to the detailed protocol and representative results, we provide important considerations about the assay development and the validation of the hit(s) on the endogenous target. The described cell-based reporter gene assay will allow scientists to identify molecules modulating protein levels via post-transcriptional mechanisms dependent on a 3&#8217; UTR.

Here we describe a cell-based reporter gene assay as a valuable tool to screen chemical libraries for compounds modulating post-transcriptional control mechanisms exerted through 3&#8217; UTR.

הקרנת תפוקה גבוהה עבור כימית מאפננים של גני Post-תעתיק מוסדר

Both transcriptional and post-transcriptional regulation have a profound impact on genes expression. However, commonly adopted cell-based screening assays ...

Investigating the Function of Coronin A in the Early Starvation Response of Dictyostelium discoideum by Aggregation Assays

Dictyostelium discoideum amoeba are found in soil, feeding on bacteria. When food sources become scarce, they secrete factors to initiate a multicellular development program, during which single cells chemotax towards aggregation centers1-4. This process is dependent on the release of cyclic adenosine monophosphate (cAMP)5. cAMP is produced in waves through the concerted action of adenylate cyclase and phosphodiesterases, and binds to G protein-coupled cAMP receptors6,7. A widely used assay to analyze the mechanisms involved in the developmental cycle of the lower eukaryote Dictyostelium discoideum is based on the observation of cell aggregation in submerged conditions8,9. This protocol describes the analysis of the role of coronin A in the developmental cycle by starvation in tissue-culture plates submerged in balanced salt solution (BSS)10. Coronin A is a member of the widely conserved protein family of coronins that have been implicated in a wide variety of activities11,12. Dictyostelium cells lacking coronin A are unable to form multicellular aggregates, and this defect can be rescued by supplying pulses of cAMP, suggesting that coronin A acts upstream of the cAMP cascade10. The techniques described in these studies provide robust tools to investigate functions of proteins during the initial stages of the developmental cycle of Dictyostelium discoideum upstream of the cAMP cascade. Therefore, utilizing this aggregation assay may allow the further study of coronin A function and advance our understanding of coronin biology.

Investigating the Function of Coronin A in the Early Starvation Response of Dictyostelium discoideum by Aggregation Assays

The social amoeba Dictyostelium discoideum undergoes a developmental transition into a multicellular organism when starved. The evolutionary conserved protein coronin A plays a crucial role in the initiation of development. Using aggregation assays as our main method, we aim to elucidate the role of coronin A in early development.

חקירת הפונקציה של Coronin במענה הרעב מוקדם של<em&gt; Discoideum Dictyostelium</em&gt; באמצעות אגרגציה מבחנים

Dictyostelium discoideum amoeba are found in soil, feeding on bacteria. When food sources become scarce, they secrete factors to initiate a multicellular ...

Assessment of Dictyostelium discoideum Response to Acute Mechanical Stimulation

Chemotaxis, or migration up a gradient of a chemoattractant, is the best understood mode of directed migration. Studies using social amoeba Dictyostelium discoideum revealed that a complex signal transduction network of parallel pathways amplifies the response to chemoattractants, and leads to biased actin polymerization and protrusion of a pseudopod in the direction of a gradient. In contrast, molecular mechanisms driving other types of directed migration, for example, due to exposure to shear flow or electric fields, are not known. Many regulators of chemotaxis exhibit localization at the leading or lagging edge of a migrating cell, as well as show transient changes in localization or activation following global stimulation with a chemoattractant. To understand the molecular mechanisms of other types of directed migration we developed a method that allows examination of cellular response to acute mechanical stimulation based on brief (2 - 5 s) exposure to shear flow. This stimulation can be delivered in a channel while imaging cells expressing fluorescently-labeled biosensors to examine individual cell behavior. Additionally, cell population can be stimulated in a plate, lysed, and immunoblotted using antibodies that recognize active versions of proteins of interest. By combining both assays, one can examine a wide array of molecules activated by changes in subcellular localization and/or phosphorylation. Using this method we determined that acute mechanical stimulation triggers activation of the chemotactic signal transduction and actin cytoskeleton networks. The ability to examine cellular responses to acute mechanical stimulation is important for understanding the initiating events necessary for shear flow-induced motility. This approach also provides a tool for studying the chemotactic signal transduction network without the confounding influence of the chemoattractant receptor.

Assessment of Dictyostelium discoideum Response to Acute Mechanical Stimulation

Here we describe methods for assessing cellular response to acute mechanical stimulation. In the microscopy-based assay, we examine localization of fluorescently-labeled biosensors following brief stimulation with shear flow. We also test activation of various proteins of interest in response to acute mechanical stimulation biochemically.

הערכה של Dictyostelium discoideum בתגובה חריפה גירוי מכני

Chemotaxis, or migration up a gradient of a chemoattractant, is the best understood mode of directed migration. Studies using social amoeba Dictyostelium ...