Tutoriel d’analyse computationnelle pour les petits ARN non codants chimériques : bibliothèques de séquençage de l’ARN cible

Ce protocole couvre l’installation et les étapes pratiques pour l’utilisation d’un pipeline de calcul conçu pour analyser les données de séquençage à haut débit à partir d’interactions ARN cibles chimériques non codantes. La stratégie moléculaire pour former des ARN chimériques est un développement relativement récent qui présente des avantages par rapport aux outils de prédiction biochromatique antérieurs pour comprendre sans ambiguïté le paysage d’interaction ARN cible ARN non codant à l’échelle du génome. Les données de séquençage générées à partir du séquençage à haut débit des ARN chimériques peuvent représenter un défi d’analyse pour les nouveaux utilisateurs de cette stratégie.

Nous avons mis en place un pipeline de calcul multiplateforme open source qui est hautement annoté pour permettre aux utilisateurs débutants d’analyser les données de leurs expériences chimériques de séquençage de l’ARN cible de l’ARN non codant. Dans de futures expériences, le laboratoire de Mefford prévoit d’utiliser l’analyse computationnelle par scrap sur un ensemble de données généré à partir de nos recherches en cours sur la régulation post-transcriptionnelle dans le système nerveux des mammifères, ainsi que de maintenir une mise à jour scrap sur notre GitHub.