This work was supported by NIH-NINDS grant RO1-NS065895 and NIH-NINDS grant 5-F31-NS076250-02. 
We thank JHU SOM Microscope Facility for the use of the cryostat.

NOTA: Todos los animales procedimientos descritos en este protocolo se llevaron a cabo de acuerdo con las recomendaciones de la Guía para el Cuidado y Uso de Animales de Laboratorio de los Institutos Nacionales de Salud 26. El protocolo (MO13M391) fue aprobado por el Comité de Cuidado de Animales de la Universidad Johns Hopkins y Uso. 1. Neonatal ratón Sacrificio, disección, y Fijación <ol><li> Sacrificar un ratón neonatal por inhalación de CO2. </li><li> Inmediatamente cortar el miembro posterior por encima de la rodilla. Hasta días aproximadamente postnatal 7, los huesos de las piernas son lo suficientemente suaves para cortar con tijeras grandes de laboratorio o cuchilla afilada y posteriormente la sección en un criostato. </li><li> Coloque la extremidad posterior en 10 ml de hielo frío 4% de paraformaldehído en solución salina tamponada con fosfato (PBS) en un tubo de 15 ml. </li><li> Inmersión solucionar el miembro posterior en paraformaldehido durante 4-24 horas a 4 ° C. Tejido embrionario sólo requiere varias horass de fijación. <ol><li> Evite fijación más de 24 horas, ya que esto puede reducir la eficiencia TUNEL ensayo. </li></ol></li><li> Cryoprotect la extremidad posterior por inmersión en solución de sacarosa. <ol><li> Cambiar paraformaldehído al 10% de sacarosa en PBS en el mismo tubo de 15 ml, incubar durante la noche a 4 ° C. </li><li> Cambio a 30% de sacarosa en PBS, se incuban durante la noche a 4 ° C o hasta que los sumideros de los miembros posteriores a la parte inferior del tubo. Tissue se puede dejar en 30% de sacarosa durante un período más largo, siempre que la sacarosa ha sido filtrada de forma estéril. </li></ol></li></ol> 2. Tejido incrustación <ol><li> Llenar un molde de inclusión a medio camino marcado con un medio de inclusión. </li><li> Colocar las extremidades posteriores en la parte superior del medio de incrustación, con el lado del corte lo más cerca posible a una de las paredes del molde. Marcar la orientación de la extremidad posterior en el exterior del molde. <ol><li> Insertar varios miembros traseros y corte en el mismo bloque. Sin embargo, es importante asegurarse de que todo hindlimbs en el bloque están orientados paralelos entre sí para obtener secciones en búsqueda de los niveles a lo largo del eje de la extremidad. </li></ol></li><li> Cubra miembros posteriores con medio de incrustación. Si extremidades posteriores cambian mientras se vierte el medio, les re-orientar con unas pinzas de punta roma o un palillo de dientes. </li><li> Permitir medio de inclusión para infiltrarse en el tejido a temperatura ambiente durante al menos 15 min. </li><li> Coloque los moldes directamente en hielo seco o en isopentano en hielo seco para congelar un medio de inclusión. Asegúrese de mantener el nivel de moldes en todo momento y evitar el desplazamiento del tejido embebido. </li><li> Mantenga moldes congelados a -80 ° C hasta que esté listo para cortar, durante hasta varios meses. </li></ol> 3. cryosectioning Embedded extremidades <ol><li> Ajuste la temperatura cámara del criostato a -20 ° C, la temperatura del objeto a -18 ° C; ajustar la temperatura del objeto abajo según sea necesario. </li><li> Equilibrar el bloque de tejido dentro de la cámara del criostato durante al menos 30 min. Temp bloque correctabibliografía es crucial para la calidad de la sección. </li><li> Los cortes de secciones transversales con un espesor de 10 micras o menos. Secciones más gruesas no será totalmente penetradas por reactivos TUNEL. Utilice la placa estabilizadora, cuchillas, y el ángulo de la hoja (típicamente 5 °) recomendado para el criostato. </li><li> Recoger secciones Onto gelatin- o portaobjetos de vidrio recubiertos con Vectabond a temperatura ambiente. Coloque inmediatamente en una caja de portaobjetos en hielo seco. Mantenga la caja portaobjetos en un recipiente aparte con hielo seco colocado cerca del criostato alcance de la mano. <ol><li> Los cortes de secciones transversales en serie a través del eje largo de la extremidad, saltándose 100-200 micras. Recoge al menos 3 secciones adyacentes en cada nivel de serie. </li></ol></li></ol> 4. Ensayo de TUNEL en las patas traseras Secciones utilizando un kit disponible comercialmente (todas las medidas a temperatura ambiente a menos que se indique) <ol><li> Descongele las diapositivas con secciones a temperatura ambiente y se seque durante la noche o el fin de semana. </li><li> Rehidratar secciones por immersing diapositivas en PBS durante 2 x 10 min en un tarro Coplin. Seque con un paño de laboratorio, la eliminación de la mayor cantidad de líquido alrededor de la sección de lo posible. </li><li> Secciones permeabilizar <ol><li> Utilice una no proteolítico, reactivo basado en saponina comercial o 0,5% de Tween 20 y 0,05% de Triton X100 en PBS. </li><li> Colocar el portaobjetos en una cámara de humedad. Una cámara de humedad simple es una caja de puntas de pipeta vacía con tapa hermética, con suficiente agua añadida para cubrir el fondo de la caja. </li><li> Pipetear lo suficientemente reactivo sobre el portaobjetos para cubrir la sección (50 l es suficiente para extremidades de ratón neonatales). No pipetear directamente a la sección, como la agitación repetida puede causar la sección de levantar fuera de la diapositiva. </li><li> Con unas pinzas de punta roma, colocar un pequeño rectángulo de parafina en la parte superior de la sección para extenderse la gota de reactivo y cubrir completamente la sección. Si todas las burbujas se forman bajo la parafina, levante suavemente si fuera poco, en seco, y volver a aplicar. </li><li> Incubar los portaobjetos con permeabilización reactivo durante 1 hora en una cámara de humedad cubierta. Si las secciones comienzan a levantar de la diapositiva, el tiempo de permeabilización puede reducirse a 30 min. </li><li> Lavar los portaobjetos en PBS en una jarra Coplin 2 x 5 min. Los rectángulos parafilm deben flotar en la parte superior y luego se pueden sacar y desechar. </li><li> El uso de un paño de laboratorio, seque todo el líquido alrededor de las secciones como sea posible. </li></ol></li><li> Etiquetado ruptura de ADN mediada por TDT <ol><li> Siga las instrucciones del juego para hacer 1x tampón TdT etiquetado, pipeta etiquetado de amortiguación suficiente sobre el portaobjetos para cubrir sección de tejido (50 l es suficiente para que los miembros de ratones neonatales). Incubar en la cámara de humedad durante 5 min. Alternativamente, sumerja el portaobjetos en tampón TdT etiquetado en una jarra Coplin. </li><li> Siga las instrucciones del juego para hacer mezcla de marcaje TDT. El kit incluye el cobalto, magnesio, y cationes de manganeso; el catión de manganeso funciona bien en una variedad de tejidos, incluyendo el músculo esquelético, el sistema nervioso TISSUES, el hígado, la piel y los huesos. </li><li> Para un control positivo, añadir DNasa (etiquetado &quot;nucleasa&quot; en el kit) a la mezcla de marcaje TdT. Alternativamente, pre-tratar una sección de control positivo con DNasa en tampón de nucleasa durante 1 hora a 37 ° C, de acuerdo con las instrucciones del kit. Mantenga solución de DNasa y secciones tratado con DNasa lejos de otras secciones experimentales para prevenir la contaminación cruzada. </li><li> Para un control negativo, omita la enzima TdT de la mezcla de marcaje. </li><li> Utilice un paño de laboratorio para eliminar la mayor cantidad de tampón TdT etiquetado de la diapositiva como sea posible. Mezcla de marcaje pipeta TDT en el portaobjetos (50 l por sección), cubrir con un nuevo rectángulo de parafina, y se incuba en la cámara de humedad a 37 ° C durante 1 hora. </li><li> Siga las instrucciones del juego para hacer tampón de detención 1x. Utilice un paño de laboratorio para eliminar mezcla de marcaje TdT de la diapositiva, y añadir tampón de parada 200-300 l para cubrir la sección de tejido, e incubar en la cámara de humedad durante 5 min. Al<html> ternatively, sumerja el portaobjetos en tampón de detención en una jarra Coplin. </li><li> Lavar el portaobjetos 2 x 2 min en PBS. Utilice un paño de laboratorio para eliminar la mayor cantidad de PBS de la diapositiva como sea posible. </li></ol></li><li> Fluorescente etiquetado <ol><li> Siga las instrucciones del kit para preparar solución de etiquetado con fluoresceína para etiquetar dNTPs en ADN se rompe. Solución de la pipeta en el portaobjetos (50 l por sección), cubrir con un nuevo rectángulo de parafina, y se incuba en la cámara de humedad durante 20 min. </li><li> Lave los portaobjetos durante 2 minutos en PBS en una jarra Coplin. Utilice un paño de laboratorio para eliminar la mayor cantidad posible de PBS la diapositiva. </li><li> Diluir Hoechst 33258 tinción nuclear a 1 g / ml en PBS y pipeta sobre la corredera (100-200 l es suficiente para cubrir la sección). Incubar en la cámara de humedad durante 5 min. </li><li> Lavar 3x durante 5 min en PBS. </li><li> Cubreobjetos con Antifade medio de montaje de fluorescencia y sellar los bordes con esmalte de uñas. </li></ol></li></ol>jove_title &quot;&gt; 5. Adquisición de Imagen Digital <ol><li> Adquirir imágenes utilizando un microscopio de fluorescencia convencional con DAPI, FITC, y los filtros de Texas Red (o equivalente). Utilice un objetivo mayor aumento (20X o 40X) para verificar que el etiquetado tuvo éxito y los núcleos (intactas o fragmentados) se marcaron. Un objetivo de 10X es suficiente para la cuantificación de puntos lagrimales TUNEL-positiva. </li><li> Recoger imágenes de la tinción de Hoechst, la tinción TUNEL, y la señal de autofluorescent como tres canales de color falso separadas combinadas en una sola imagen. Si la etiqueta fluoróforo TUNEL es verde, señal de imagen autofluorescent en el filtro rojo, y viceversa. <ol><li> Mantenga todos los ajustes de imagen equivalente entre diapositivas para su posterior umbral y cuantificación. Para cada filtro, tiempos preestablecidos y exposición récord, ganancia y hurgar en la basura (sin hurgar en la basura es el mejor); no utilice exposición o ganancia ajustes automáticos. </li><li> Utilice ensayo y error para encontrar la exposición y los ajustes de ganancia que mejor capturar el rango de intendades en todas las diapositivas manchadas. Asegúrese de que no hay píxeles saturados en las imágenes obtenidas, ya que esta cuantificación sesgo voluntad. </li></ol></li><li> Tome fotografías del grupo muscular entera de interés. Esto puede requerir varias imágenes que se &quot;cosido&quot; juntos. </li></ol> Análisis 6. Imagen <ol><li> Utilice los programas de análisis de imágenes disponibles en el mercado para analizar imágenes digitales de la tinción de TUNEL. Análisis utilizando software comercial se muestra aquí. Alternativamente, el software ImageJ libre de NIH se puede utilizar para analizar la tinción de TUNEL. </li><li> Teñir una sección adyacente a la sección de TUNEL-teñidas con hematoxilina y eosina (H &amp; E) y tomar una imagen digital de sección completa con un microscopio de campo claro convencional. Utilice esta imagen H &amp; E en combinación con un atlas de anatomía 5,18,19 trazar las estructuras anatómicas que ser cuantificados. </li><li> Con el canal TUNEL apagado, trazar manualmente el contorno de la zona a ser cuantificado, utilizandoHoechst y canales de autofluorescencia de orientación. Convertir el área de trazado en una máscara (un conjunto de coordenadas de píxel seleccionado para ser analizados). </li><li> Encienda el canal TUNEL. Uso de la función de umbral de intensidad en el programa de análisis de imagen, ajustar el umbral más bajo para excluir toda señal de autofluorescencia. </li><li> Aplicar la misma configuración de umbral para todas las imágenes de la unidad de estudios. Convertir selecciones de umbral en máscaras. </li><li> Para cada imagen, combinar la máscara área muscular y la máscara de TUNEL. La nueva máscara combinación representará señal de TUNEL en el área del músculo trazado solamente. </li><li> Realizar cuantificación máscara de la máscara combinación para determinar el número de objetos y el área de la señal de TUNEL en el área del músculo trazado objeto. Realice este utilizando la función de analizador de partículas en ImageJ. </li></ol>

The authors have nothing to disclose.

Un método para detectar y analizar cuantitativamente la apoptosis asociada a daño del ADN en el músculo esquelético de ratón se describe. El procedimiento incluye la recolección del tejido, tinción TUNEL, la adquisición de imagen digital, y análisis de imagen. Se necesitan suministros y herramientas histológicos comunes, y un kit comercial especial TUNEL es necesario. Los grandes elementos esenciales de equipos necesarios son un criostato, microscopio de epifluorescencia con capacidad de imagen digital, y un sistema informático para el análisis de imágenes. El experimentador debe ser consciente de los peligros potenciales. Autofluorescencia de tejidos es una preocupación importante en imágenes de fluorescencia. En los animales no perfundido, permaneciendo las células rojas de la sangre contribuirá señal bastante alta autofluorescente. Las células endoteliales también pueden ser autofluorescentes significativamente. Por lo tanto, es importante confirmar que la autofluorescencia no se confunde con la señal de TUNEL-positiva. Esta evaluación se realiza fácilmente mediante la adopción de una imagen en un canal sin flfluoróforo, para ser utilizado para la comparación y la posible sustracción del canal de TUNEL-positiva. De esta manera, el método TUNEL basado en la fluorescencia es superior a los métodos colorimétricos de microscopía de campo claro que no ofrecen un control interno para la tinción de fondo. La fijación del tejido tendrá efectos significativos en el éxito de la señal de TUNEL. Lo mejor para minimizar el tiempo de fijación en paraformaldehído, que no exceda de 24 horas es. Tejido embrionario y neonatal requerirá tiempos de fijación significativamente inferiores a 24 h. Cuando la señal de TUNEL se realiza correctamente, la señal de TUNEL-positivas debe ser mucho mayor que la autofluorescencia de fondo, por lo que la señal puede ser fácilmente aislado por gating intensidad umbral utilizando el software de análisis de imágenes. La recuperación de antígenos usando el protocolo estándar de calentamiento en tampón de citrato 27,35 puede mejorar ligeramente señal de baja TUNEL si el tiempo de calentamiento se mantiene a un mínimo (5 min), pero este pretratamiento diezds para reducir la señal de TUNEL si el calentamiento se extiende por períodos más largos (por ejemplo, 20 minutos a 95 ° C). La recuperación de antígenos aumentará fondo autofluorescencia y falsos positivos, y por lo tanto puede negar cualquier ganancia en la relación señal-ruido de aumento de la señal de TUNEL. Las mediciones de señal TUNEL deben normalizarse ya sea a la zona muscular total cuantificada o el número de núcleos por zona cuantificó. Debido TUNEL mide núcleos apoptóticos, la normalización ideal sería núcleos totales. Sin embargo, incluso en (10 M) secciones de músculo relativamente delgadas, las miofibras y los núcleos son tan numerosas y se embalan tan estrechamente, que es imposible contar automáticamente los núcleos teñidos con Hoechst por algoritmos de umbralización y la separación de partículas. Conteo manual es también muy laborioso e inexacta. La alternativa factible es normalizar a la zona muscular total. El ensayo de TUNEL, que se utiliza con el procesamiento de tejido apropiadotécnicas y controles positivos y negativos, es un método relativamente rápido, reproducible, cuantitativo para la detección de daños en el ADN y la muerte celular en el tejido. Se puede utilizar para confirmar la apoptosis como un mecanismo patológico, para identificar tipos de células afectadas, y para evaluar la eficacia de los tratamientos terapéuticos. Este procedimiento será de gran valor para los investigadores en el campo de la enfermedad del músculo esquelético y lesiones, incluyendo SMA, ALS, distrofia muscular, miopatía inducida por toxinas, y la fisiología del ejercicio.

Terminal desoxinucleotidil transferasa (TdT) dUTP nick fin de etiquetado (TUNEL) es el proceso de utilización de la enzima TdT para adjuntar dUTP a extremos 3 &#39;de doble y de cadena sencilla de ADN rompe 12,23. El método TUNEL para la detección de la apoptosis y daño del ADN se informó por primera vez hace más de 20 años por Gavrieli et al. 1,12,24. Desde entonces se ha evaluado y optimizado en diferentes preparaciones de tejidos 7,23,27,40. TUNEL se ha utilizado para estudiar la isquemia inducida por la muerte celular de las neuronas 6,14,29 y 43,44 cardiomiocitos, la muerte celular neuronal excitotóxica 30,31, y como biomarcador en el tratamiento de la artritis 39. También se ha utilizado como un factor de pronóstico y marcador de células del tumor en varios cánceres humanos 2,3,15,32,37,38,42. Existen métodos alternativos para el daño del ADN y detección de muerte celular, pero tienen dificultades técnicas y advertencias. Transferencia de Southern se puede usar para quantifdaños en el ADN y en el tejido lisados ​​enteros 7,9-11, pero este método no proporciona resolución a nivel celular y es difícil de cuantificar. El ensayo cometa es un método basado en células alternativa que requiere la extracción de núcleos de células conservadas 4,20,28,36. Aunque el ensayo cometa funciona bien en células aisladas en cultivo, es mucho más difícil de preparar núcleos intactos a partir de tejido muscular esquelético 8,21. Al igual que con Southern blot, el ensayo cometa no proporciona información específica del tipo de célula de todo un homogeneizado de tejido muscular. Otra alternativa para el método TUNEL es inmunohistoquímica utilizando anticuerpos contra ADN monocatenario 25,33,41 o en contra de las proteínas que participan en la respuesta al daño del ADN y la muerte celular vías (por ejemplo, p53, H2AX, y caspasas) 13,17,22,40. Tales métodos basados ​​en anticuerpos requieren caracterización exhaustiva de anticuerpos y excelente especificidad del anticuerpo para producir una alta relación de señal a fondo. Incluso cuando specexisten anticuerpos IFIC, podrán exigir la desnaturalización de la proteína diana a través de los procedimientos de recuperación de antígeno 34,35. Mientras discutimos aquí, la recuperación de antígenos en los resultados de tejido muscular en inaceptablemente alta autofluorescencia. A diferencia de los métodos alternativos, TUNEL logra detectar el daño del ADN con una señal de alto y bajo fondo, excelente especificidad que se puede probar con simples controles positivos y negativos, buena penetración en los tejidos que no requiere la recuperación de antígenos, y la resolución a nivel celular. Además, el método TUNEL tarda unas 4 horas en completarse, mientras que los métodos alternativos suelen requerir incubaciones durante la noche. Estudiamos la muerte celular del músculo esquelético en un modelo de ratón de la atrofia muscular espinal (SMA) 10 que se ha generado por Hsieh-Li y sus colegas 16. Para cuantificar las células apoptóticas en el músculo, hemos desarrollado un método de preparación de tejido, tinción y cuantificación que funciona con firmeza a través de diferentes skeleTal grupos musculares en diferentes puntos de tiempo de desarrollo en ratones. Utilizamos un kit TUNEL etiquetado disponible en el mercado y el software de análisis de imágenes disponible en el mercado. También hemos usado con éxito el ensayo de TUNEL en combinación con la tinción de inmunofluorescencia en la médula espinal 10. Los métodos descritos aquí son útiles para los investigadores que desean evaluar la patología del tejido, mecanismos de la enfermedad, los mecanismos del envejecimiento y del desarrollo (pre y post-natal) la muerte celular en el músculo esquelético. La técnica de TUNEL es especialmente útil para los estudios de daño y reparación del ADN y la muerte celular en sistemas modelo en el que sólo un subconjunto de las células es de resolución a nivel celular afectada y es necesario. Este video describe la disección, el procesamiento de tejidos, seccionamiento, y TUNEL etiquetado basado en la fluorescencia del músculo esquelético del ratón. También se describe un método de semi-automatizado señal de cuantificación TUNEL.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="916">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Name of Reagent/ Equipment</td>
			<td style="width:121px;">Company</td>
			<td style="width:119px;">Catalog Number</td>
			<td style="width:460px;">Comments/Description</td>
		</tr>
		<tr height="147">
			<td height="147" style="height:147px;width:216px;">4% Paraformaldehyde in phosphate buffered saline</td>
			<td style="width:121px;">Electron Microscopy Sciences</td>
			<td style="width:119px;">19202</td>
			<td style="width:460px;">For procedures described here, 4% solution was prepared fresh from powder. Paraformaldehyde from any supplier may be used. Prepared formaldehyde solution should be stored at 4 &#176;C and should not be used after its expiration date (up to several months). Paraformaldehyde is a carcinogen and a toxin by inhalation and skin contact. Please follow precautions specified in the MSDS when handling paraformaldehyde.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Sucrose</td>
			<td style="width:121px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">S0389</td>
			<td style="width:460px;">Used for cryoprotecting tissue before freezing. Sucrose from any supplier may be used.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">O.C.T. compound&#160;</td>
			<td style="width:121px;">Tissue-Tek</td>
			<td style="width:119px;">4583</td>
			<td>Embedding medium for cryosectioning.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Cryostat</td>
			<td style="width:121px;">Leica</td>
			<td style="width:119px;">CM 3050S</td>
			<td style="width:460px;">A Leica CM3050S cryostat was used for the preparations described here. Any cryostat capable of cutting 10 &#956;m sections may be used.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Glass slides, 25 x 75 x 1 mm</td>
			<td style="width:121px;">Fisher</td>
			<td style="width:119px;">12-552-3</td>
			<td>Slides from any supplier may be used.</td>
		</tr>
		<tr height="105">
			<td height="105" style="height:105px;width:216px;">Gelatin</td>
			<td style="width:121px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">G-9391</td>
			<td style="width:460px;">Gelatin is used to promote tissue section adhesion to glass slides. To coat glass slides with gelatin, dissolve 2.75 g gelatin and 0.275 g chrome alum in 500 mL distilled water, warm to 60 &#176;C, dip slides for several seconds, and let dry. Gelatin from any supplier may be used. Alternatively, gelatin-precoated slides may be purchased.</td>
		</tr>
		<tr height="84">
			<td height="84" style="height:84px;width:216px;">Chromium(III) potassium sulfate dodecahydrate (chrome alum)</td>
			<td style="width:121px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">243361</td>
			<td style="width:460px;">Chrome alum is added to gelatin solution to promote tissue adhesion on glass slides. It is a possible carcinogen and a toxin by inhalation and skin contact. Please follow precautions specified in the MSDS when handling chrome alum.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Vectabond tissue adhesion reagent</td>
			<td style="width:121px;">Vector Labs</td>
			<td style="width:119px;">SP-1800</td>
			<td style="width:460px;">Optional substrate for better tissue adhesion to glass slides; gellatin-coated slides may be used instead.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Tween20</td>
			<td style="width:121px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">P9416</td>
			<td style="width:460px;">A detergent used to permeabilize tissue. Tween20 from any supplier may be used.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Triton X100</td>
			<td style="width:121px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">T8787</td>
			<td style="width:460px;">A detergent used to permeabilize tissue. Triton X100 from any supplier may be used.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">TACS 2 TdT fluorescein in situ apoptosis detection kit</td>
			<td style="width:121px;">Trevigen</td>
			<td style="width:119px;">4812-30-K</td>
			<td>Commercial kit for fluorescence-based TUNEL labeling.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">DNase/nuclease</td>
			<td style="width:121px;">Trevigen</td>
			<td style="width:119px;">4812-30-K</td>
			<td>(included with kit)</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">DNase/nuclease buffer</td>
			<td style="width:121px;">Trevigen</td>
			<td style="width:119px;">4812-30-K</td>
			<td>(included with kit)</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">10x phosphate buffered saline (PBS), pH 7.4</td>
			<td style="width:121px;">Amresco</td>
			<td style="width:119px;">780</td>
			<td style="width:460px;">Make 1x PBS for washes and dilutions. PBS from any supplier may be used.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">DNase-free water</td>
			<td style="width:121px;">Quality Biologicals</td>
			<td style="width:119px;">351-029-131</td>
			<td>Water from any supplier may be used.</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:216px;">Hoechst 33258</td>
			<td style="width:121px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">94403</td>
			<td style="width:460px;">Nuclear dye. Any blue fluorescent nuclear dye may be used. As a DNA-binding dye, Hoechst is a suspected carcinogen and should be handled with protective equipment to minimize skin contact.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Parafilm M</td>
			<td style="width:121px;">multiple</td>
			<td style="width:119px;">807</td>
			<td style="width:460px;">Any other hydrophobic film or cover slip may be used. Available from multiple suppliers.&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:216px;">Fluorescent microscope with digital camera</td>
			<td style="width:121px;">&#160;--</td>
			<td style="width:119px;">&#160;--</td>
			<td style="width:460px;">Any fluorescent microscope capable of digitally capturing red, green, and blue fluorescence in separate channels may be used.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Vectashield antifade media</td>
			<td style="width:121px;">Vector Labs</td>
			<td style="width:119px;">H-1000</td>
			<td>Antifade media from any supplier may be used.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">glass coverslips, No.1 thickness</td>
			<td style="width:121px;">Brain Research Labs</td>
			<td style="width:119px;">2222-1</td>
			<td style="width:460px;">Cover slips from any supplier may be used. The smallest size of 22x22 mm is sufficient for neonatal mouse leg sections.</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:216px;">Nail polish</td>
			<td style="width:121px;">Ted Pella</td>
			<td style="width:119px;">114-8</td>
			<td style="width:460px;">Used to seal coverslips. Nail polish from any supplier (including regular retailers) may be used. Avoid using nail polish with color or additives that may reflect light during fluorescent imaging.&#160;</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

detection and analysis of dna damage in mouse skeletal muscle in situ using the tunel method

Terminal deoxynucleotidyl transferase (TdT) deoxyuridine triphosphate (dUTP) nick end labeling (TUNEL) is the method of using the TdT enzyme to covalently attach a tagged form of dUTP to 3&#8217; ends of double- and single-stranded DNA breaks in cells. It is a reliable and useful method to detect DNA damage and cell death in situ. This video describes dissection, tissue processing, sectioning, and fluorescence-based TUNEL labeling of mouse skeletal muscle. It also describes a method of semi-automated TUNEL signal quantitation. Inherent normal tissue features and tissue processing conditions affect the ability of the TdT enzyme to efficiently label DNA. Tissue processing may also add undesirable autofluorescence that will interfere with TUNEL signal detection. Therefore, it is important to empirically determine tissue processing and TUNEL labeling methods that will yield the optimal signal-to-noise ratio for subsequent quantitation. The fluorescence-based assay described here provides a way to exclude autofluorescent signal by digital channel subtraction. The TUNEL assay, used with appropriate tissue processing techniques and controls, is a relatively fast, reproducible, quantitative method for detecting apoptosis in tissue. It can be used to confirm DNA damage and apoptosis as pathological mechanisms, to identify affected cell types, and to assess the efficacy of therapeutic treatments in vivo.

Con la tinción de éxito, señal de TUNEL-positivas debe ser lo suficientemente brillante como para aislarlo de autofluorescencia estableciendo umbrales de intensidad. Objetos TUNEL-positivas a bajo aumento pueden aparecer fragmentos irregulares brillantes en el músculo esquelético (Figura 1A). Sin embargo, a mayor aumento, se deben observar algunos objetos TUNEL-positivas con la morfología apoptótica clásico, si el tipo de muerte celular en cuestión es la apoptosis (Figura 1B). El control positivo (DNasa añadido) debe exhibir abundante señal de TUNEL-positivas, distribuidos uniformemente a través de todos los tejidos en la sección (Figura 1C). El control negativo (enzima TdT omitido de reacción) debe ceder el fondo de baja intensidad y la señal autofluorescente solamente (Figura 1D). Piel proporciona un control positivo interno en secciones enteras de las piernas, ya que este tejido tiene una alta tasa de apoptosis normal (Figura 1A). La sangre rojacélulas, hueso, y las células endoteliales pueden contribuir señal autofluorescent significativa (Figura 2). Es aconsejable imagen cada sección en un canal separado sin marcaje fluorescente para asegurar que la autofluorescencia no es equivocado para la señalización de TUNEL positiva. La verdadera señal de TUNEL-positiva debe tener mucha mayor intensidad que la autofluorescencia, de modo que pueda ser aislado mediante el establecimiento de umbrales de intensidad de la imagen (Figura 2A, la fila intermedia). Alternativamente, el canal autofluorescent puede restarse digitalmente desde el canal de TUNEL para producir la señal de TUNEL positivas (Figura 2A, fila inferior). El método de etiquetado TUNEL descrito aquí se ha utilizado para cuantificar la muerte celular del músculo esquelético en un modelo de ratón de SMA 10. Etiquetado TUNEL muestra un aumento en el número de perfiles apoptóticos en los músculos de la pierna de ratones 5 días SMA viejos, en comparación con los controles de camada (Figura 3A). El aumento de la apoptosis escuantificable por el método descrito anteriormente, lo que indica diferencias estadísticamente significativas en los grupos de músculos múltiples (Figura 3B). <img alt="Figura 1" fo:content-width="6in" src="/files/ftp_upload/52211/52211fig1highres.jpg" width="600" /> Figura 1: etiquetado TUNEL Representante de los músculos de las patas traseras del ratón. (A) TUNEL-etiquetados sección transversal de extremidad posterior del ratón que muestra el músculo tibial anterior, la tibia, y la piel. TA - tibial anterior, Fdl - flexor largo de los dedos, Edl - extensor largo de los dedos. Verde - TUNEL, azul - núcleos, rojo - señal autofluorescente. Las líneas de puntos delinean áreas musculares para la cuantificación. Piel músculos de las patas traseras contiguo ofrece un control positivo interno para el etiquetado TUNEL. La barra de escala = 200 micras. (B) Representante imágenes de gran aumento que identifican estructuras TUNEL positivas (verdes) en embriones<html> 13 días ratón músculo esquelético como núcleos apoptóticos. Barra de escala = 10 m. A y B modificado de Fayzullina y Martin 2014 10. (C) Sección transversal de la extremidad posterior del ratón TUNEL etiquetados-después del tratamiento con DNasa para servir como control positivo. La mayoría de los núcleos tienen etiquetado TUNEL brillante. Barra de escala = 50 m. (D) Sección transversal de la misma extremidad posterior del ratón como se muestra en C (semi-adyacente a la sección en C) TUNEL marcado con la enzima TdT-omitido para servir como un control negativo. No hay señal de TUNEL-positivas brillante; la única señal verde es la autofluorescencia detectada por colocalización con la señal en el canal rojo. La barra de escala = 50 micras. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/52211/52211fig1highres.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a> 2 &quot;fo: contenido-width =&quot; &quot;src =&quot; 6 pulgadas / files / ftp_upload / 52211 / 52211fig2highres.jpg &quot;width =&quot; 600 &quot;/&gt; Figura 2: autofluorescencia del tejido debe ser considerada y excluidos de la cuantificación en el análisis de la señal de TUNEL. (A) Ratón sección transversal de las extremidades posteriores con etiquetado TUNEL y autofluorescencia: original de la imagen (fila superior), misma imagen con umbrales ajustados (fila central), y la misma imagen con autofluorescencia (rojo) Canal resta (fila inferior). Umbral elimina célula más rojo sangre y autofluorescencia de las células endoteliales, pero no el artefacto tinción (punta de flecha, fila del medio). Resta Canal también elimina el artefacto tinción (punta de flecha, la fila inferior). Verde - TUNEL, rojo - autofluorescencia, azul - núcleos. Barra de escala = 100 micras. Imagen mayor aumento de panel de autofluorescencia roja rectángulo gris delinea área ampliada en B. (B) en A. Los glóbulos rojos de la sangre y algunas células endoteliales (flechas), y un tissue artefacto tinción (punta de flecha) autofluoresce en ambos filtros de fluorescencia roja y verde. La barra de escala = 50 micras. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/52211/52211fig2highres.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a> <img alt="Figura 3" fo:content-width="6in" src="/files/ftp_upload/52211/52211fig3highres.jpg" width="600" /> Figura 3: etiquetado TUNEL muestra la muerte celular en el músculo esquelético de ratones neonatales SMA inferiores músculos de las patas traseras de los ratones de SMA en el día postnatal 5 se marcaron mediante el método de TUNEL (A) etiquetado TUNEL muestra varios perfiles apoptóticos en múltiples grupos de músculos en el ratón SMA.. muscular (derecha) en comparación con el control de la misma camada (izquierda). Verde - TUNEL, azul - Hoechst (núcleos), rojo - autofluorescencia. Las líneas de puntos delinear las áreas musculares cuantificados. TA - tibial anterior, Fdl - empuje flexorlongus itorum, Edl - extensor largo de los dedos. Las barras de escala = 200 micras etiquetado. (B) TUNEL se cuantificó como área total de píxeles de la señal de TUNEL normalizado a la superficie total de píxeles de músculo. Los medios ± error estándar se muestran, n = 4-5 ratones. La significación estadística entre SMA y control para cada grupo muscular (una cola t-test): * p &lt;0.05, ** p &lt;0,01, *** p &lt;0,001. Esta cifra ha sido modificado desde Fayzullina y Martin 2014 10. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/52211/52211fig3highres.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>

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Detection and Analysis of DNA Damage in Mouse Skeletal Muscle In Situ Using the TUNEL Method

This video describes dissection, tissue processing, sectioning, and fluorescence-based TUNEL labeling of mouse skeletal muscle. It also describes a method for semi-automated analysis of TUNEL labeling.

Detección y análisis de daño del ADN en el ratón músculo esquelético<em&gt; In Situ</em&gt; Con el método TUNEL

Terminal deoxynucleotidyl transferase (TdT) deoxyuridine triphosphate (dUTP) nick end labeling (TUNEL) is the method of using the TdT enzyme to covalently ...

detection-analysis-dna-damage-mouse-skeletal-muscle-situ-using-tunel

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Biology

Detection and Analysis of DNA Damage in Mouse Skeletal Muscle In Situ Using the TUNEL Method

16.2K vistas.  Johns Hopkins School of Medicine. This video describes dissection, tissue processing, sectioning, and fluorescence-based TUNEL labeling of mouse skeletal muscle. It also describes a method for semi-automated analysis of TUNEL labeling. 

Video: Detection and Analysis of DNA Damage in Mouse Skeletal Muscle In Situ Using the TUNEL Method

In vivo Micro-circulation Measurement in Skeletal Muscle by Intra-vital Microscopy

BACKGROUND: Regulatory factors and detailed physiology of in vivo microcirculation have remained not fully clarified after many different modalities of imaging had invented. While many macroscopic parameters of blood flow reflect flow velocity, changes in blood flow velocity and red blood cell (RBC) flux does not hold linear relationship in the microscopic observations. There are reports of discrepancy between RBC velocity and RBC flux, RBC flux and plasma flow volume, and of spatial and temporal heterogeneity of flow regulation in the peripheral tissues in microscopic observations, a scientific basis for the requirement of more detailed studies in microcirculatory regulation using intravital microscopy. METHODS: We modified Jeff Lichtman's method of in vivo microscopic observation of mouse sternomastoid muscles. Mice are anesthetized,
ventilated, and injected with PKH26L-fluorescently labeled RBCs for microscopic observation.RESULT &amp; CONCLUSIONS: Fluorescently labeled RBCs are detected and distinguished well by a wide-field microscope. Muscle contraction evoked by electrical stimulation induced increase in RBC flux. Quantification of other parameters including RBC velocity and capillary density were feasible. Mice tolerated well the surgery, injection of stained RBCs, microscopic observation, and electrical stimulation. No muscle or blood vessel damage was observed, suggesting that our method is relatively less invasive and suited for long-term observations.

A new versatile method for observation of microcirculation is presented. It is considered suitable for long-term observation, and for combination with pharmacophysiological or molecular biological interventions.

En vivo la micro-circulación de medición en el músculo esquelético de Intra-vital Microscopía

BACKGROUND: Regulatory factors and detailed physiology of in vivo microcirculation have remained not fully clarified after many different modalities of ...

Investigación

Biología

In situ Imaging of the Mouse Thymus Using 2-Photon Microscopy

Two-photon Microscopy (TPM) enables us to image deep into the thymus and document the events that are important for thymocyte development. To follow the migration of individuals in a crowd of thymocytes , we generate neonatal chimeras where less than one percent of the thymocytes are derived from a donor that is transgenic for a ubiquitously express fluorescent protein. To generate these partial hematopoetic chimeras, neonatal recipients are injected with bone marrow between 3-7 days of age. After 4-6 weeks, the mouse is sacrificed and the thymus is carefully dissected and bissected preserving the architecture of the tissue that will be imaged. The thymus is glued onto a coverslip in preparation for ex vivo imaging by TPM. During imaging the thymus is kept in DMEM without phenol red that is perfused with 95% oxygen and 5% carbon dioxide and warmed to 37&deg;C. Using this approach, we can study the events required for the generation of a diverse T cell repertoire.

We present step-by-step instructions for the generation of neonatal chimeras as well as the dissection and preparation of the thymus for ex vivo imaging by 2-Photon Microscopy.

En imágenes in situ del timo de ratón utilizando 2-Photon Microscopía

Two-photon Microscopy (TPM) enables us to image deep into the thymus and document the events that are important for thymocyte development.  To follow the ...

Purification of Progenitors from Skeletal Muscle

Skeletal muscle contains multiple progenitor populations of distinct embryonic origins and developmental potential. Myogenic progenitors, usually residing in a "satellite cell position" between the myofiber plasma membrane and the laminin-rich basement membrane that ensheaths it, are self-renewing cells that are solely committed to the myogenic lineage1,2. We have recently described a second class of vessel associated progenitors that can generate myofibroblasts and white adipocytes, which responds to damage by efficiently entering proliferation and provides trophic support to myogenic cells during tissue regeneration3,4. One of the most trusted assays to determine the developmental and regenerative potential of a given cell population relies on their isolation and transplantation5-7. To this end we have optimized protocols for their purification by flow cytometry from enzymatically dissociated muscle, which we will outline in this article. The populations obtained using this method will contain either myogenic or fibro/adipogenic colony forming cells: no other cell types are capable of expanding in vitro or surviving in vivo delivery. However, when these populations are used immediately after the sort for molecular analysis (e.g qRT-PCR) one must keep in mind that the freshly sorted subsets may contain other contaminant cells that lack the ability of forming colonies or engrafting recipients.

Method for the enzymatic dissociation, surface labeling and purification by flow cytometry of fibro/adipogenic and myogenic progenitors from murine skeletal muscle.

Purificación de los progenitores del músculo esquelético

Skeletal muscle contains multiple progenitor populations of distinct embryonic origins and developmental potential. Myogenic progenitors, usually residing ...

Procedures for Rat in situ Skeletal Muscle Contractile Properties

There are many circumstances where it is desirable to obtain the contractile response of skeletal muscle under physiological circumstances: normal circulation, intact whole muscle, at body temperature. This includes the study of contractile responses like posttetanic potentiation, staircase and fatigue. Furthermore, the consequences of disease, disuse, injury, training and drug treatment can be of interest. This video demonstrates appropriate procedures to set up and use this valuable muscle preparation.
To set up this preparation, the animal must be anesthetized, and the medial gastrocnemius muscle is surgically isolated, with the origin intact. Care must be taken to maintain the blood and nerve supplies. A long section of the sciatic nerve is cleared of connective tissue, and severed proximally. All branches of the distal stump that do not innervate the medial gastrocnemius muscle are severed. The distal nerve stump is inserted into a cuff lined with stainless steel stimulating wires. The calcaneus is severed, leaving a small piece of bone still attached to the Achilles tendon. Sonometric crystals and/or electrodes for electromyography can be inserted. Immobilization by metal probes in the femur and tibia prevents movement of the muscle origin. The Achilles tendon is attached to the force transducer and the loosened skin is pulled up at the sides to form a container that is filled with warmed paraffin oil. The oil distributes heat evenly and minimizes evaporative heat loss. A heat lamp is directed on the muscle, and the muscle and rat are allowed to warm up to 37&deg;C. While it is warming, maximal voltage and optimal length can be determined. These are important initial conditions for any experiment on intact whole muscle. The experiment may include determination of standard contractile properties, like the force-frequency relationship, force-length relationship, and force-velocity relationship.
With care in surgical isolation, immobilization of the origin of the muscle and alignment of the muscle-tendon unit with the force transducer, and proper data analysis, high quality measurements can be obtained with this muscle preparation.

Procedures for Rat in situ Skeletal Muscle Contractile Properties

This video demonstrates the surgical preparation and procedures needed to study the contractile responses of the rat medial gastrocnemius muscle preparation in situ. This preparation allows measurement of skeletal muscle contractile properties under physiological conditions. The animal is anesthetized and the muscle is separated from surrounding tissue at its distal end. The Achilles tendon is attached to a force transducer, allowing measurement of the muscle&#x2019;s contractile response at 37 degrees C with an intact circulation.

Procedimientos para la Rata In situ Propiedades contráctiles del músculo esquelético

There are many circumstances where it is desirable to obtain the contractile response of skeletal muscle under physiological circumstances: normal ...

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

The Fluorescence in situ Hybridization (FISH) method allows one to detect nucleic acids in the native cellular environment. Here we provide a protocol for using FISH to quantify the number of mRNAs in single yeast cells. Cells can be grown in any condition of interest and then fixed and made permeable. Subsequently, multiple single-stranded deoxyoligonucleotides conjugated to fluorescent dyes are used to label and visualize mRNAs. Diffraction-limited fluorescence from single mRNA molecules is quantified using a spot-detection algorithm to identify and count the number of mRNAs per cell. While the more standard quantification methods of northern blots, RT-PCR and gene expression microarrays provide information on average mRNAs in the bulk population, FISH facilitates both the counting and localization of these mRNAs in single cells at single-molecule resolution.

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

This protocol describes an experimental procedure for performing Fluorescence in situ Hybridization (FISH) for counting mRNAs in single cells at single-molecule resolution.

Visualización y Análisis de las moléculas de ARNm mediante fluorescencia<em&gt; In Situ</em&gt; La hibridación en<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

The Fluorescence in situ Hybridization (FISH) method allows one to detect nucleic acids in the native cellular environment. Here we provide a protocol for ...

Assessment of Calcium Sparks in Intact Skeletal Muscle Fibers

Maintaining homeostatic Ca2+ signaling is a fundamental physiological process in living cells. Ca2+ sparks are the elementary units of Ca2+ signaling in the striated muscle fibers that appear as highly localized Ca2+ release events mediated by ryanodine receptor (RyR) Ca2+ release channels on the sarcoplasmic reticulum (SR) membrane. Proper assessment of muscle Ca2+ sparks could provide information on the intracellular Ca2+&#160;handling properties of healthy and diseased striated muscles. Although Ca2+ sparks events are commonly seen in resting cardiomyocytes, they are rarely observed in resting skeletal muscle fibers; thus there is a need for methods to generate and analyze sparks in skeletal muscle fibers.
Detailed here is an experimental protocol for measuring Ca2+ sparks in isolated flexor digitorm brevis (FDB) muscle fibers using fluorescent Ca2+ indictors and laser scanning confocal microscopy. In this approach, isolated FDB fibers are exposed to transient hypoosmotic stress followed by a return to isotonic physiological solution. Under these conditions, a robust Ca2+ sparks response is detected adjacent to the sarcolemmal membrane in young healthy FDB muscle fibers. Altered Ca2+ sparks response is detected in dystrophic or aged skeletal muscle fibers. This approach has recently demonstrated that membrane-delimited signaling involving cross-talk between inositol (1,4,5)-triphosphate receptor (IP3R) and RyR contributes to Ca2+ spark activation in skeletal muscle. In summary, our studies using osmotic stress induced Ca2+ sparks showed that this intracellular response reflects a muscle signaling mechanism in physiology and aging/disease states, including mouse models of muscle dystrophy (mdx mice) or amyotrophic lateral sclerosis (ALS model).

Described here is a method to directly measure calcium sparks, the elementary units of Ca2+ release from sarcoplasmic reticulum&#160;in intact skeletal muscle fibers. This method utilizes osmotic-stress-mediated triggering of Ca2+ release from ryanodine receptor in isolated muscle fibers. The dynamics and homeostatic capacity of intracellular Ca2+ signaling can be employed to assess muscle function in health and disease.

Evaluación de calcio en Sparks intactas las fibras musculares esqueléticas

Maintaining homeostatic Ca2+ signaling is a fundamental physiological process in living cells. Ca2+ sparks are the elementary units of Ca2+ signaling in ...

Rapid and Efficient Zebrafish Genotyping Using PCR with High-resolution Melt Analysis

Zebrafish is a powerful vertebrate model system for studying development, modeling disease, and performing drug screening. Recently a variety of genetic tools have been introduced, including multiple strategies for inducing mutations and generating transgenic lines. However, large-scale screening is limited by traditional genotyping methods, which are time-consuming and labor-intensive. Here we describe a technique to analyze zebrafish genotypes by PCR combined with high-resolution melting analysis (HRMA).&#160;This approach is rapid, sensitive, and inexpensive, with lower risk of contamination artifacts.&#160;Genotyping by PCR with HRMA can be used for embryos or adult fish, including in high-throughput screening protocols.

PCR combined with high-resolution melt analysis (HRMA) is demonstrated as a rapid and efficient method to genotype zebrafish.

Rápido y Eficiente de pez cebra Genotipado Utilizando PCR con análisis del derretimiento de alta resolución

Zebrafish is a powerful vertebrate model system for studying development, modeling disease, and performing drug screening. Recently a variety of genetic ...

Isolation of Mitochondria from Minimal Quantities of Mouse Skeletal Muscle for High Throughput Microplate Respiratory Measurements

Dysfunctional skeletal muscle mitochondria play a role in altered metabolism observed with aging, obesity and Type II diabetes. Mitochondrial respirometric assays from isolated mitochondrial preparations allow for the assessment of mitochondrial function, as well as determination of the mechanism(s) of action of drugs and proteins that modulate metabolism. Current isolation procedures often require large quantities of tissue to yield high quality mitochondria necessary for respirometric assays. The methods presented herein describe how high quality purified mitochondria (~ 450 &#181;g) can be isolated from minimal quantities (~75-100 mg) of mouse skeletal muscle for use in high throughput respiratory measurements. We determined that our isolation method yields 92.5&#177; 2.0% intact mitochondria by measuring citrate synthase activity spectrophotometrically. In addition, Western blot analysis in isolated mitochondria resulted in the faint expression of the cytosolic protein, GAPDH, and the robust expression of the mitochondrial protein, COXIV. The absence of a prominent GAPDH band in the isolated mitochondria is indicative of little contamination from non-mitochondrial sources during the isolation procedure. Most importantly, the measurement of O2 consumption rate with micro-plate based technology and determining the respiratory control ratio (RCR) for coupled respirometric assays shows highly coupled (RCR; &#62;6 for all assays) and functional mitochondria. In conclusion, the addition of a separate mincing step and significantly reducing motor driven homogenization speed of a previously reported method has allowed the isolation of high quality and purified mitochondria from smaller quantities of mouse skeletal muscle that results in highly coupled mitochondria that respire with high function during microplate based respirometirc assays.

Here, we present a modification of a previously reported method that allows for the isolation of high quality and purified mitochondria from smaller quantities of mouse skeletal muscle. This procedure results in highly coupled mitochondria that respire with high function during microplate based respirometirc assays.

Aislamiento de mitocondrias a partir de cantidades mínimas de ratón músculo esquelético para mediciones de alto rendimiento de microplacas Respiratorias

Dysfunctional skeletal muscle mitochondria play a role in altered metabolism observed with aging, obesity and Type II diabetes. Mitochondrial ...

Filtration Isolation of Nucleic Acids:  A Simple and Rapid DNA Extraction Method

FINA, filtration isolation of nucleic acids, is a novel extraction method which utilizes vertical filtration via a separation membrane and absorbent pad to extract cellular DNA from whole blood in less than 2 min. The blood specimen is treated with detergent, mixed briefly and applied by pipet to the separation membrane. The lysate wicks into the blotting pad due to capillary action, capturing the genomic DNA on the surface of the separation membrane. The extracted DNA is retained on the membrane during a simple wash step wherein PCR inhibitors are wicked into the absorbent blotting pad. The membrane containing the entrapped DNA is then added to the PCR reaction without further purification. This simple method does not require laboratory equipment and can be easily implemented with inexpensive laboratory supplies. Here we describe a protocol for highly sensitive detection and quantitation of HIV-1 proviral DNA from 100 &#181;l whole blood as a model for early infant diagnosis of HIV that could readily be adapted to other genetic targets.

We describe here a simple and rapid paper-based DNA extraction method of HIV proviral DNA from whole blood detected by quantitative PCR. This protocol can be extended for use in detecting other genetic markers or using alternative amplification methods.

El aislamiento de filtración de ácidos nucleicos: A Extracción de ADN método sencillo y rápido

FINA, filtration isolation of nucleic acids, is a novel extraction method which utilizes vertical filtration via a separation membrane and absorbent pad ...

Electroporation of Plasmid DNA into Mouse Skeletal Muscle

Transient gene expression modulation in murine skeletal muscle by plasmid electroporation is a useful tool for assessing normal and pathological physiology. Overexpression or knockdown of target genes enables investigators to manipulate individual molecular events and, thus, better understand the mechanisms that impact muscle mass, muscle metabolism, and contractility. In addition, electroporation of DNA plasmids that encode fluorescent tags allows investigators to measure changes in subcellular localization of proteins in skeletal muscle in vivo. A key functional assessment of skeletal muscle includes the measurement of muscle contractility. In this protocol, we demonstrate that whole muscle contractility studies are still possible after plasmid DNA injection, electroporation, and gene expression modulation. The goal of this instructional procedure is to demonstrate the step-by-step method of DNA plasmid electroporation into mouse skeletal muscle to facilitate uptake and expression in the myofibers of the tibialis anterior and extensor digitorum longus muscles, as well as to demonstrate that skeletal muscle contractility is not compromised by injection and electroporation.

Electroporation of plasmid DNA into skeletal muscle is a viable method to modulate gene expression without compromising muscle contractility in mice.