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Se describe cómo utilizar la microdisección de captura por láser (LCM) para obtener poblaciones enriquecidas de las neuronas del hipocampo o neuronas individuales de las secciones congeladas del cerebro de rata lesionado para el posterior análisis de expresión génica usando PCR en tiempo real cuantitativa y / o microarrays de todo el genoma.
Discapacidad a largo plazo después de una LCT cognitivo está asociado con una lesión inducida por la neurodegeneración en el hipocampo, una región del lóbulo temporal medial que es fundamental para el aprendizaje, la memoria y la función ejecutiva. 1,2 De ahí que nuestros estudios se centran en el análisis de la expresión génica específica neuronal las poblaciones en diferentes subregiones del hipocampo. La técnica de microdisección por captura láser (LCM), introducida en 1996 por Emmert-Buck, et al., 3 ha permitido avances significativos en el análisis de expresión génica de células individuales y poblaciones enriquecidas de células de tejidos heterogéneos tales como el cerebro de los mamíferos que contiene miles de tipos de células funcionales. 4 Usamos LCM y un modelo de rata bien establecido de la lesión cerebral traumática (TBI) para investigar los mecanismos moleculares que subyacen a la patogénesis de la lesión cerebral traumática. Después de TBI de percusión de fluido, los cerebros se retiran en tiempos predeterminados después de la lesión, se congelaron inmediatamente en hielo seco,y preparado para seccionar en un criostato. Los cerebros de ratas puede ser embebido en OCT y se seccionaron inmediatamente, o almacenarse durante varios meses a -80 ° C antes de seccionamiento de microdisección de captura por láser. Adicionalmente, usamos LCM para estudiar los efectos de la lesión cerebral traumática en los ritmos circadianos. Para ello, capturar las neuronas de los núcleos supraquiasmáticos que contienen el reloj maestro de la cerebro de los mamíferos. Aquí, se demuestra el uso de LCM para obtener neuronas individuales identificadas (lesionado y degenerativo, fluoro-Jade-positivo, o no lesionado, fluoro-Jade negativo-) y poblaciones enriquecidas de las neuronas del hipocampo para su posterior análisis de expresión génica mediante PCR en tiempo real y / o microarrays de todo el genoma. Estos estudios LCM habilitados han revelado que la vulnerabilidad selectiva de las regiones anatómicamente diferentes del hipocampo de rata se reflejan en los diferentes perfiles de expresión génica de diferentes poblaciones de neuronas obtenidas por LCM de estas regiones distintas. Los resultados de nuestros estudios de una sola célula, en suse comparan los perfiles de transcripción de morir y adyacente sobrevivir las neuronas del hipocampo, sugieren la existencia de un reostato de la supervivencia celular que regula la muerte celular y la supervivencia después de TBI.
Análisis de expresión génica de tejidos heterogéneos siempre ha sido problemática;. Esto es particularmente cierto en el cerebro de los mamíferos, que tiene aproximadamente 5.000 diferentes tipos de células 4 Antes del desarrollo de la microdisección por captura láser (LCM) técnica, los estudios genómicos de los efectos de la lesión cerebral traumática in vivo se basaron en el análisis de la expresión de genes en una población mixta de células cerebrales que comprenden, no sólo de diferentes tipos de células neuronales, pero también de células gliales de sostén e inmunomoduladoras. Los perfiles complejos resultantes de expresión génica obtenidos a partir de estos tejidos heterogéneos, y los patrones de frecuencia en conflicto de lesión inducida por señales celulares, puede ser una explicación para el fracaso en ensayos clínicos humanos de estrategias terapéuticas demostrado ser eficaz en estudios pre-clínicos de lesión cerebral traumática. 5
Para obtener una comprensión clara de la expresión génica inducida por la lesión en poblaciones vulnerables de las neuronas de la cadera ratahipocampo, hemos adoptado la técnica de la LCM, por primera vez por Emmert-Buck et al. 3 Posteriormente, se ha modificado y optimizado esta técnica de microdisección por captura eficiente de las poblaciones enriquecidas de las neuronas y las neuronas individuales para perfiles de mRNA utilizando cuantitativa en tiempo real PCR y análisis de microarrays . Para mantener la integridad de ARNm en secciones congeladas de tejido cerebral para el análisis genómico, se modificaron los protocolos existentes para la fijación, la tinción y la captación rápida de las neuronas de congelados secciones de cerebro de rata. Para la identificación y el aislamiento de las neuronas del hipocampo lesionado y muriendo, que también se optimiza la técnica de tinción fluoro-Jade para LCM. Fluoro-Jade no distingue entre la muerte celular por apoptosis y necrosis. Por lo tanto, todos los tipos de neuronas en degeneración puede ser detectada por esta mancha. 6,7
A continuación, se describe el protocolo utilizado en nuestro laboratorio para obtener grupos de neuronas individuales que mueren o sobreviven, así como franjas de enriquecimiento poblaciócomplementos de los distintos tipos de células neuronales (es decir, CA1-CA3 neuronas para análisis de expresión génica después de TBI). El procedimiento para la lesión cerebral de percusión de fluido realizado en nuestro laboratorio se describe en detalle en Shimamura et al., 8 y es muy similar al protocolo de lesión lateral de percusión de fluido para ratones publicados en JoVE por Alder et al. 9 Dado que la técnica LCM tiene Se ha demostrado que tienen un efecto mínimo o nulo sobre la integridad del ADN, ARN y proteínas en los tejidos, esta es una excelente herramienta para el análisis molecular y la proteína de tipos celulares definidos.
1. Procedimientos Quirúrgicos y percusión Fluid TBI
2. De sección y tinción de cerebro de rata
3. Laser captura microdissection (LCM)
Mcm de franjas de poblaciones enriquecidas de las neuronas del hipocampo
LCM individuales de FJ + neuronas en el hipocampo
4. Aislamiento de ARN total a partir de muestras LCM (Esta sección sólo se describirá en la presentación de vídeo)
5. RNA Cuantificación y aplicaciones posteriores
Evaluación de la calidad del ARN y la cuantificación se realiza con un Agilent Bioanalyzer utilizando reactivos del Kit de Pico (Agilent Technologies, Santa Clara, CA) siguiendo el protocolo del fabricante.
En nuestro estudio LCM primero, hemos sido capaces de demostrar que las subregiones funcionalmente distintos (CA1 y CA3) de hipocampo de la rata tienen perfiles de expresión génica que reflejan su vulnerabilidad a la lesión cerebral traumática. 8 Figura 1A-1C muestra la captura de láser de neuronas piramidales del hipocampo (CA1- CA3), las neuronas del gyrus dentado y las neuronas del SCN antes de, y después de LCM. Limpie las capturas de piramidal, gránulos o neuronas SCN, respectivamente, se muestran en las tapas de macro. Figura 2A-2B ilustra morir, Jade fluoro-positivas las neuronas piramidales y sobrevivir, Jade fluoro-neuronas piramidales negativas antes y después de la LCM. La captura limpia de los moribundos o neuronas supervivientes se muestra mediante la visualización de las células capturadas en las tapas de LCM.
Después de LCM, el ARN total se puede utilizar para una gran variedad de estudios moleculares, incluyendo cuantitativa en tiempo real el análisis de PCR de la expresión génica utilizando TaqMan o SYBR química verde (figura 3A), pequeña focused arrays con sondas de PCR SYBR Green (Figura 3B) o todo el genoma estudios de microarrays (Figura 3C).
Figura 1. Microdisección mediante captura con láser de franjas de poblaciones de células definidas del cerebro de rata. Congeladas 10 micras secciones coronales de cerebro de rata se fijaron en etanol, se tiñeron con una tinción de Nissl (cresil violeta) y preparado para LCM. Se muestran imágenes del hipocampo de la rata y en el núcleo supraquiasmático, antes y después de LCM y las células capturadas como visualizado en las tapas de macro. A. neuronas piramidales de los subcampos CA1-CA3 de hipocampo de la rata. Gránulo células B. En el giro dentado del hipocampo. C. Bilateral núcleo supraquiasmático situada a cada lado del tercer ventrículoy situado por encima del quiasma óptico. Haga clic aquí para ampliar la cifra .
Figura 2. Microdisección láser captura de neuronas individuales de hipocampo de rata. A. Se muestran degeneración, fluoro-Jade-positivas (teñidas) neuronas CA3 del hipocampo y sobrevivir B., fluoro-Jade-negativo (sin teñir) CA3 neuronas antes y después de la LCM. Las células capturadas se visualizan. Haga clic aquí para ampliar la cifra .
Figura 3. La expresión de genes de ARN total aislado de las neuronas láser capturados. A. cuantitativos de PCR en tiempo real los datos de expresión de genes del reloj circadiano en SCN. B. Mapa de calor de la expresión génica en morir y sobrevivir a las neuronas del hipocampo que muestran la expresión de genes relacionados con la apoptosis utilizando arrays de PCR se centraron . C. Agilent todo el genoma análisis de microarray de la expresión génica en hipocampo CA1-CA3 las neuronas de las ratas que recibieron lesión simulada, TBI o TBI además de un recombinante de virus adeno-asociado siRNA desmontables diseñados para expresión de genes inducida por lesión cerebral (óxido nítrico neuronal sintetasa y glutatión peroxidasa-1). Haga clic aquí para ampliar la cifra .
Esta técnica LCM nos ha permitido lograr avances significativos en la comprensión de los mecanismos moleculares de la LCT. 8,10,11,12,13 Fuimos los primeros investigadores que utilizan esta técnica para demostrar que diferentes subregiones del hipocampo de rata tienen perfiles de expresión de genes que correlaciona con su vulnerabilidad selectiva a una lesión. Nuestros estudios mostraron que pudiéramos cuantificar la expresión génica, por qPCR, de tan sólo 10 células láser capturados y que podríamos realizar genoma en todo el análisis de microarrays de tan sólo 600 células capturadas. LCM sería una herramienta valiosa en estudios similares de otras regiones del cerebro que se sabe que están implicados en diversos trastornos neurológicos y neuropsiquiátricos. Por ejemplo, los estudios que utilizan LCM han arrojado luz sobre la patogénesis de la enfermedad de Parkinson en las neuronas dopaminérgicas de la sustancia negra, 14 y ayudados en todo el genoma estudios de perfiles del núcleo accumbens, que participa en los circuitos de recompensa implicados en strastornos de abuso de sustancias. ubstance 15
Heterogeneidad neuronal se refleja en el nivel de genoma y 16 pueden contribuir a la falta de éxito de los tratamientos experimentales para la LCT en ensayos clínicos. Por lo tanto, nuestro objetivo es utilizar esta técnica para investigar los elementos críticos que influyen en la supervivencia neuronal después de TBI. Nuestra reciente en todo el genoma estudio de perfiles de morir y adyacente sobrevivir las neuronas del hipocampo después de TBI sugiere que un reóstato celular que refleja la relación de los niveles de expresión de genes de la supervivencia celular a la muerte celular regula el destino celular después de TBI. Estos estudios en curso contribuirá al diseño y desarrollo de estrategias farmacoterapéuticas que pueden influir positivamente en el reóstato supervivencia celular. Por otra parte, actualmente utilizamos LCM para rastrear y controlar los efectos de los posibles tratamientos farmacológicos terapéuticos en las neuronas del hipocampo después de la lesión cerebral traumática. Por lo tanto, nuestros estudios demuestran que dado cuidadosas RNasa libre de las técnicas de manipulación y algunosmodificaciones de los protocolos existentes, es posible obtener alta calidad de muestras de ARN de LCM para análisis cuantitativo exacto la expresión génica.
Sin embargo, hay algunas trampas asociadas con las técnicas LCM. Por ejemplo, recogiendo sólo las células neuronales sin ningún tipo de contaminación microglia puede ser casi imposible. En la capa de células piramidales del hipocampo se ha estimado que el 95% de las células son neuronas con 90% de esta población a ser células piramidales y las interneuronas 10%, dejando un pequeño porcentaje de los tipos de células gliales y otras. 8,17, 18 En nuestros estudios utilizamos fluoro-jade un tinte fluorescente que específicamente sólo etiquetas neuronas lesionadas en el tejido cerebral. Una mancha diferente que es un marcador para GFAP sería necesario para teñir microglia. 19 recogiendo sólo las jade fluoro-manchado cuerpos neuronales individuales asegura una población más homogénea de las neuronas. Otro problema común que puede requerir la solución de problemas es que hay un círculot se define cuando el láser se dispara. Si esto ocurre, es necesario comprobar los parámetros del láser y ajustar la potencia y la duración según sea necesario. También es importante asegurarse de que la tapa se coloca plano en el tejido y colocada correctamente en el brazo. En referencia a la dirección técnica LCM o llamar al soporte técnico a veces será necesario. Después de LCM y el aislamiento de ARN, la calidad de la ARN siempre deben ser evaluados utilizando un bioanalizador antes de cualquier análisis de la expresión génica.
Hay varios tipos de instrumentos de captura láser actualmente en el mercado, incluyendo el corte por láser (Life Technologies, Leica Microsystems) y el láser catapultando (Zeiss) instrumentos. Nuestro sistema LCM funciona bien para la captura de pequeñas cantidades de células. Otros sistemas de alto rendimiento y más automatizado puede ser más adecuado para obtener un número mayor de células para el análisis genómico y proteómico en particular. En efecto, LCM utilizando estos sistemas automatizados tiene un gran potencial para el análisis de prOtein expresión en células identificadas o poblaciones enriquecidas de células. 20 Por otra parte, LCM puede facilitar el análisis de la expresión génica de las células inmunomarcadas, 21 lo que nos permite investigar la expresión génica en los tipos de células definidas independientemente de la complejidad en los tejidos más heterogéneos. Por lo tanto, LCM es una excelente herramienta para el corte-borde estudios moleculares de las poblaciones individuales o enriquecida de células.
Los autores declaran que no tienen conflictos de interés.
Este trabajo está financiado por R01 NS052532 (a HLH), la Fundación Moody, y el Departamento de Anestesiología. Damos las gracias a Laurie Bolding, Christine Courteau Butler y Christy Perry por su asistencia editorial, y Christy Perry para el diseño y la producción excelente de todas las figuras, tablas e ilustraciones.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
PixCell IIe Laser Capture Microscope | Life Technologies (Arcturus) | ||
Agilent 2100 Bioanalyzer | Agilent Technologies | ||
RNAqueous Micro- Kit | Life Technologies (Ambion) | AM1931 | |
Agilent 6000 Pico Kit | Agilent Technologies | 5067-1513 | |
Capsure LCM caps | Applied Biosystems | LCM0211/LCM0214 | |
Fluoro-Jade | Histo-chem Inc. | #1FJ | |
Cresyl Violet Acetate | Sigma-aldrich | C5042-10G | |
Xylene (Histological grade) | Fisher Scientific | X3P-1GAL | |
Ethanol 200 proof (Histological grade) | UTMB pharmacy | ||
RNase free barrier pipette tips | Fisher Scientific | 2123635, 212364, 212361, 21-236-2A | |
Arcturus Laser Capture Microdissection system (Life Technologies) Zeiss Laser Microdissection The PALM family Leica Microsystems |
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