Aufbereitung von gefrorenen nicht-menschlichen Primateninseln für die kombinierte Einzelkern-RNA-Sequenzierung und ATAC-Sequenzierung sowie Bulk-Metabolomik

Wir verwenden ein hochtranslationales, nicht-humanes Primatenmodell, um zu untersuchen, wie die Ernährung der Mutter und der Medikamentenkonsum während der Schwangerschaft die Embryonalentwicklung und die postnatale Funktion der Pankreasinseln bei den Nachkommen beeinflussen. Entwicklungsbedingt programmierte Veränderungen könnten die Anfälligkeit für Krankheiten im späteren Leben verändern. Eine Herausforderung bei der Arbeit mit schwer zu beschaffenden Proben, wie z. B. denen von nicht-menschlichen Primaten, besteht darin, mehrere Fragen derselben Person effizient auszuwerten.

Leider kann es schwierig sein, gleichzeitig Informationen aus dem Metabolom und dem Genom zu extrahieren, da die Assay-Reagenzien beim zeitkritischen Abbau der zu quantifizierenden Moleküle inkompatibel sind. Unser Protokoll ermöglicht die Extrapolation der Metabolitenhäufigkeit, der Chromatinzugänglichkeit und der differentiellen Genexpression aus demselben Ausgangsmaterial. Dieser mehrschichtige Ansatz gibt Aufschluss darüber, wie der Stoffwechsel das Genom in Pankreasinseln verändern kann.