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Nanyang Technological University

Ein Protokoll für die Verwendung von Gen Set Anreicherung Analyse zur Ermittlung von geeigneten Tiermodell für die translationale Forschung

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17.7K Views

•

09:35 min

•

August 16th, 2017

DOI :

10.3791/55768-v

August 16th, 2017

•

Christopher Weidner¹, Matthias Steinfath¹, Elisa Wistorf¹, Michael Oelgeschläger¹, Marlon R. Schneider¹, Gilbert Schönfelder¹^,²

¹Department of Experimental Toxicology and ZEBET, German Federal Institute for Risk Assessment (BfR), ²Department of Clinical Pharmacology and Toxicology, Charité-Universitätsmedizin Berlin

Zusammenfassung

Wir bieten ein standardisiertes Protokoll für die Nutzung der Genanalyse Set Anreicherung von transkriptomischen Daten, um eine ideale Maus-Modell für die translationale Forschung zu identifizieren.
Dieses Protokoll kann mit DNA-Microarray und RNA Sequenzierungsdaten verwendet werden und kann weiter mit anderen Daten der Omics verlängert werden, wenn Daten vorhanden sind.

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Grundlegende Protokoll

translationale Forschung

Kapitel in diesem Video

0:05

Title

0:54

Performing the Game Set Enrichment Analysis (GSEA)

8:49

Conclusion

7:55

Results: Overlap of Pathway Regulation Identifies Suitable and Unsuitable Animal Models

5:46

Comparing the GSEA Results and Identifying the Optimal Animal Model

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