A Novel Bayesian Change-Punkt Algorithmus für genomweite Analyse Diverse ChIPseq Datentypen

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12:39 min

•

December 10th, 2012

DOI :

10.3791/4273-v

December 10th, 2012

•

Haipeng Xing¹, Willey Liao¹^,², Yifan Mo¹^,², Michael Q. Zhang²^,³

¹Department of Applied Mathematics & Statistics, Stony Brook University, ²Computational Biology and Bioinformatics, Cold Spring Harbor Laboratory, ³Department of Molecular and Cell Biology, University of Texas at Dallas

Zusammenfassung

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Chromatin Immunopr zipitation

ChIP Seq

Histon Modifikationen

Kapitel in diesem Video

0:05

Title

2:43

Preprocessing: Preparing Input Files for Bayesian Change-point (BCP) Analysis & ChIP Read Densities for Detection of Enriched Islands in Diffuse Data

4:48

Estimating the Posterior Mean Read Density of Each Block using BCMIX Approximation

6:24

Post-processing Posterior Means of Diffuse Read Profiles

7:06

Results: Comparison of BCP and SICER in Analysis of Histone Modification Data

11:47

Conclusion

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