تحديد مجموعات فرعية العلامات البيولوجية متعددة مع المثل تصنيف ثنائي فعال العروض

يمكن أن يساعد هذا الإجراء في الإجابة على الأسئلة الرئيسية في مجال الكشف الطبي الحيوي حول توليد حلول متعددة. والميزة الرئيسية لهذه التقنية هي أنها توفر واجهة مستخدم رسومية سهلة الاستخدام لمساعدة الباحثين في الطب الحيوي في الكشف عن الإعانات المتعددة للميزات. تبدأ عن طريق تحميل مصفوفة البيانات وتسميات الفئة في البرنامج.

انقر فوق مصفوفة تحميل البيانات لتحديد ملف مقاييس البيانات المحدد للمستخدم وتحميل تسميات الفئة لتحديد ملف تسمية الفئة المقابلة. لتحديد تسميات الفئة في عدد من الميزات الأعلى مرتبة، حدد أسماء الفئات الموجبة والسلبية في المربعات المنسدلة المناسبة وحدد 10 كـ عدد من الميزات الأعلى مرتبة في المربع المنسدل X العلوي لشاشة شاملة من مجموعة فرعية للميزة. لضبط معلمات النظام للأداءات المختلفة، حدد دقة قياس الأداء كمربع إسقاط دقة متوازنة الدقة للمصنفات ماكينات التعلم الشديدة المحددة.

ثم حدد قيمة قطع 0.7 لقياس الأداء المحدد في مربع إدخال قطع الأداء. لتشغيل خط الأنابيب، انقر فوق تحليل وحدد 0.7 كقيمة افتراضية لـ قطع قياس الأداء. و، 10 كرقم افتراضي من أفضل مجموعة فرعية ميزة.

ثم جمع وتفسير الميزات التي كشفها البرنامج. لإنشاء مخطط مبعثر ثلاثي الأبعاد لـ الميزات العشر الأولى للمجموعات الفرعية مع أفضل أداء تصنيف تم الكشف عنه بواسطة البرنامج، انقر فوق تحليل وفرز الميزات الثلاث في مجموعة فرعية للميزات بترتيب تصاعدي لرتبها، باستخدام صفوف الميزات الثلاث مثل محاور F1 وF2 وF3. تغيير قيمة قطع الأداء إلى 0.7 وانقر فوق تحليل لإنشاء مخطط مبعثر 3D من المجموعات الفرعية ميزة مع أكبر من أو يساوي إلى أداء قطع قيمة قياس الأداء.

ثم انقر فوق ضبط 3D لفتح نافذة جديدة لضبط يدوي من زوايا العرض من مؤامرة مبعثر 3D والحد من الحد من التكرار من مجموعات فرعية ميزة الكشف عن. لإضافة تعليق توضيحي على جين في مستويات تسلسل الحمض النووي والبروتين، افتح صفحة ويب قاعدة بيانات ديفيد وانقر على رابط تحويل معرف الجينات لإدخال معرفات المعالم للمجموعة الفرعية الأولى من المؤشرات الحيوية لمجموعة البيانات المعدة. انقر فوق ارتباط قائمة الجينات وانقر على قائمة إرسال لاسترداد التعليقات التوضيحية ذات الاهتمام، ثم عرض قائمة الجينات للحصول على قائمة رموز الجينات.

بعد ذلك، افتح صفحة ويب قاعدة بيانات GeneCards وأدخل اسم الجين الذي يهمك في مربع إدخال استعلام قاعدة البيانات للعثور على التعليقات التوضيحية لهذا الجين. فتح الميراث Mendelian على الانترنت في قاعدة بيانات الرجل والبحث عن الجين للعثور على الشروح من هذا الجين من قاعدة البيانات. لإضافة تعليقات توضيحية على البروتينات المشفرة، افتح صفحة قاعدة بيانات UniProt Knowledge base وابحث عن الشروح للجين من قاعدة البيانات هذه.

افتح نظام التنبؤ الجماعي القائم على مجموعة، أو خادم الويب GPS، واسترد تسلسل البروتين المشفر بواسطة الجين البيوماركير من قاعدة بيانات قاعدة معارف UniProt واستخدم أداة GPS عبر الإنترنت للتنبؤ ببقايا التعديل بعد المرحلة الانتقالية للبروتينات. لإضافة تعليقات على التفاعلات البروتين البروتين وهناك وحدات وظيفية المخصب، وفتح صفحة خادم الويب سلسلة واستخدام قاعدة بيانات سلسلة للبحث في رفع للجينات ذات الأهمية للعثور على خصائصهم مدبرة. لتصدير المجموعات الفرعية المحددة للعلامات الحيوية لمزيد من التحليل، انقر فوق تصدير الجدول وحدد تنسيق النص المناسب لحفظ الملفات.

ثم، تصدير التصور المؤامرات كملفات صورة فردية، والنقر حفظ تحت كل مؤامرة وتحديد تنسيق الصورة المناسبة لحفظ كل ملف. في هذه التجربة التمثيلية، تم تنسيق مجموعتين من البيانات كملفات CSV وتحميلها في البرنامج كما هو موضح. وفي مجموعة البيانات الأولى، تم تحميل 128 عينة تحتوي على 625 12 من السمات وتسميات الفئات الفردية بمصفوفة البيانات النهائية التي تحتوي على 95 عينة سلبية و 33 عينة إيجابية.

وأجريت أيضا عمليات مماثلة لمجموعة البيانات الصعبة الثانية. يكشف البحث عن كلمة أساسية خاصة بالمستخدم في أسماء المعالم عن رسم بياني للميزات لكل مجموعة بيانات. بعد تنفيذ خوارزمية خط الأنابيب لكل مجموعة بيانات، تم الكشف عن 120 مجموعة فرعية مؤهلة من المؤشرات الحيوية لمجموعة البيانات سهلة التمييز، مع 57 مجموعة فرعية ثلاثية العلامات الحيوية التي تظهر دقة 100٪.

ومع ذلك، لم يتم اكتشاف سوى 76 مجموعة فرعية من المؤشرات الحيوية لمجموعة البيانات الصعبة. ومع وجود دقة فرعية أقل للعلامات الحيوية تشير إلى أن المؤشرات الحيوية هي نوع ظاهري محدد ، وهو تحد رئيسي آخر في الكشف عن المؤشرات الحيوية. أثناء استخدام هذا الإجراء، من المهم أن تتذكر أن مشكلة الاختيار المستقبلية لها حلول متعددة.

اقرأ أفضل أداء في بطاقة SIM. بعد تطورها، مهدت هذه التقنية الطريق للباحثين في الطب الحيوي لاستكشاف الكشف الطبي الحيوي مع حلول متعددة.