Bu araştırma temel bilim araştırma programı tarafından desteklenmiştir (proje sayısı: 2016R1A2B4013467) aracılığıyla Ulusal Araştırma Vakfı, Kore (Bilim Bakanlığı, ICT ve gelecek planlama 2016 tarafından finanse edilen ve ayrıca Kore temel bilim tarafından desteklenen NMK) Enstitüsü araştırma programı (proje sayısı: C36707).

1. DMMTAV sentezi
<ol><li>
Kimyasal hazırlama ve molar oranı karıştırma DMAV, Na2S ve H2SO4 Not: DMAV: Na2S:H2kadar4 1:1.6:1.6 =<ol>
<li>DMAV 40 mL deiyonize ve N25,24 g çözülür-tasfiye (en az 30 dk için tasfiye) 50 mL santrifüj tüpü suya.</li>
		<li>Na2S reaktif 14,41 g Na2S·9H2O 50 ml deiyonize, N2çözülerek hazırlamak-bir 250 mL şişe su tasfiye.</li>
		<li>Hazırlamak için 40 mL konsantre sülfirik asit (% 96) 3,3 mL ekleyerek4 reaktif deiyonize Yani H2ve N2-50 mL santrifüj tüpü suya temizlendi. Not: DMAVson molar oranı: Na2S:H2SO4 = 1:1.6:1.6 1,3,4,8,15.</li>
		<li>DMAV çözüm (Adım 1.1.1) hazırlanan 40 mL 50 mL 250 mL şişe (Adım 1.1.2) bulunan Na2S çözeltisi ekleyin. DMAV 10 mL tasfiye su ile içeren tüp durulayın ve bu 250 mL şişe de ekleyin.</li>
		<li>Şişeye cam tüpleri ile donatılmış bir üç delikli lastik tıpa ile kapatın. Camı kullan N2 gaz giriş, çıkış ve H2SO4 çözüm giriş, sırasıyla tüpler. Hemen şişeye kapattıktan sonra balonun içine N2 gaz akışını sağlar. Not: Gaz basıncı sıçramasına olmadan tepki çözüm yüzey üzerinde akmaya sağlanmalıdır.</li>
		<li>Aside dayanıklı H2cam tüp SO4 çözüm giriş H2hazır 40 mL kadar eklemek için 50 mL şırınga ile boru bağlanmak4 çözüm (Adım 1.1.3). H240 mL kadar ekleyin4 çözüm, yavaş yavaş ve kademeli bir şekilde. Uyarı: Sülfürik asit ekleyerek üzerine beyaz duman-ecek var olmak oluşturmak; iyi havalandırılmış duman başlığı kullan.</li>
		<li>Monitör renk değişikliği sülfürik asit düzenli aralıklarla ekleme süre şişeye tepki karışımı. Bir ara ile 4-5 mL damla H2/ çok korumak4; karışım beyaz bir bulutlu çözüm olmalıdır. Not: Anlık sarı yağış konsantre sülfürik asit hızlı ek nedeniyle görünebilir.</li>
		<li>Reaksiyon çözüm adım 1.1.4 başlangıcından bu yana 1 h için ayakta olun.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
DMMTAV çıkarma sıvı-sıvı ekstraksiyon yöntemiyle
	<ol>
<li>1 saat sonra yaklaşık 200 mL Dietil eter içeren bir HCI'yi huni tepki solüsyonu dökün.</li>
		<li>5-10 dk, gaz stopcock geçerek birkaç kez serbest bırakmak için huni sallamak. Not: Sentezlenmiş DMMTAV Dietil eter (0.713 g·mL-1) üst katmana aktarılır. Uyarı: Dietil eter gaz zararlı olabilir; iyi havalandırılmış duman başlığı kullan.</li>
		<li>Bir ölçek tepki çözüm toplamak ve ayrı ayrı DMMTAV bir şişe içeren Dietil eter toplamak. Reaksiyon çözüm aynı HCI'yi hunide geri yerleştirin ve yaklaşık 200 mL taze Dietil eter reshaking için ekleyin. Adımları 1.2.2 - 1.2.3 üç kere tekrar edin.</li>
		<li>Tekrar toplanan Dietil eter adım 1.2.3 aynı HCI'yi huni içine dökün ve yaklaşık 100 mL N2ekleyin-deiyonize suyla temizlendi. Sallamak için 5-10 dk ve N2atın-deiyonize su ve bir kaç mL Dietil eter saflık amaçlar için temizlendi. Cam petri kabına (en az 160 mm iç çapı) ve minimum yüksekliği 50 mm içinde kalan Dietil eter toplamak.</li>
		<li>Cam petri kabına bir N2 atmosfer tür dönüştürme önlemek için torpido aktarın. Uyarı: Çözücü vakum pompa ile çıkış pass kutusunun içine çekti değil emin olun.</li>
		<li>Dimethylmonothioarsinate beyaz bir çökelti kadar kuru (crystalized DMMTAV) cam petri kabına üzerinde oluşturulur. Not: Protokol burada duraklatılmış.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Doğrulama sentezlenmiş DMMTAV ve depolama
	<ol>
<li>Crystalized DMMTAV, beyaz çökelti al ve ölçmek ve toplam ağırlığı kaydetmek. Uyarı: Hidrojen sülfür gazı zehirlenmesinden önlemek için iyi havalandırılan duman hood veya torpido kullanın.</li>
		<li>Erime crystalized DMMTAV N250 ml-deiyonize suyla temizlendi ve sarı çökelti 0.2 µm şırınga filtre ile filtre.</li>
		<li>DMAV itibariyle toplam DMMTAV, Yani≈9, 649 mg As· dönüştürülür varsayıyorum L-1. DMMTAV ≈1 mg· hisse senedi çözüm sulandırmak L-1 ve ≈40 µg· L-1 Electrospray iyonlaşma kullanarak doğrulama analizi için kitle Spectromtery (ESI-MS) ve HPLC-ICP-MS, anılan sıraya göre.</li>
		<li>M/z DMMTAV m/z 155 pozitif iyon modunda veya m/z 153 (Tablo 1) negatif iyon modunda ESI-MS11,16 ve parçaları kullanarak analiz. Not: Bkz: başvuru değerleri m/z (Tablo 1).</li>
		<li>DMMTAV HPLC-ICP-MS11,16,17 uygun eluent koşullar ile kullanarak hisse senedi çözümde Kromatografik analiz etmek ve büyük bir tepe'de açıklanan tutma zaman bulundu onaylayın Edebiyat. Not: Sentezlenmiş DMMTAV saflığı adım 1.3.5 analiz sonuçlarından kullanılarak hesaplanması.</li>
		<li>ICP-MS asit sindirim11 ' den sonra kullanarak toplam arsenik konsantrasyonu analiz ve doğru DMMTAV konsantrasyon sentezlenmiş DMMTAV hisse senedi çözüm seyreltme faktörler ve saflık, olduğu gibi aşağıdaki eşitliği kullanarak hesaplar: Analiz toplam konsantrasyonu (µg· olarak L-1) · Seyreltme faktörü · Saflık (%) doğru DMMTAV konsantrasyon DMMTAV hisse senedi çözüm (µg· = L-1)</li>
		<li>Daha fazla nicel Türleşme analiz18için karanlıkta DMMTAV hisse senedi çözüm 4 ° C'de depolayın.</li>
	</ol>
</li>
</ol>2. DMDTAV sentezi
<ol><li>
Kimyasal hazırlama ve molar oranı karıştırma DMAV , Na2S ve H2SO4 Not: DMAV: Na2S:H2kadar4 1:7.5:7.5 =<ol>
<li>DMAV 40 mL deiyonize su 50 mL santrifüj tüpü içinde 1,38 gr geçiyoruz.</li>
		<li>Na2S reaktif 18.01 g Na2S·9H2O bir 250 mL şişe 50 mL deiyonize suda çözülerek hazırlayın.</li>
		<li>4 mL konsantre sülfirik asit (% 96) 40 mL deiyonize su ekleyerek4 reaktif bir 50 mL santrifüj tüpü bulunan H2hazırlamak. Not: DMAVson molar oranı: Na2S:H2SO4 = 1:7.5:7.51,3,4,8,15.</li>
		<li>DMAV çözüm (Adım 2.1.1) hazırlanan 40 mL 50 mL 250 mL şişe (Adım 2.1.2) bulunan Na2S çözeltisi ekleyin. DMAV 10 mL deiyonize su ile içeren tüp durulayın ve bu 250 mL şişe de ekleyin.</li>
		<li>H2hazır 40 mL kadar ekleyin4 çözüm (2.1.3. adım) yavaş yavaş ve kademeli bir şekilde, balonun içine.</li>
		<li>Sülfürik asit düzenli aralıklarla ekleme süre şişeye tepki karışımı renk değişikliği izlemek. Bir ara ile 4-5 mL damla H2/ çok korumak4; karışımı bir beyaz/sarı bulutlu çözüm olmalıdır. Not: Anlık sarı yağış nedeniyle hızlı bir ek konsantre sülfirik asit görünebilir. Uyarı: Sülfürik asit ekleyerek üzerine beyaz duman-ecek var olmak oluşturmak; iyi havalandırılan duman başlığı kullan.</li>
		<li>Flask örtü olmadan gecede tepki çözümde korumak. Not: Protokol burada duraklatılmış.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Katı faz ayıklama (SPE) yöntemini kullanarak DMDTAV çıkarma
	<ol>
<li>Sonra gece ayakta tepki, C18 kullanarak tepki solüsyonu yazın silis tabanlı SPE tuzağa düşürmek için filtre DMDTAV reçine üzerinde sentezledim. Uyarı: İyi havalandırılmış duman başlığı kullan.</li>
		<li>10 mM amonyum asetat (pH 6.3) 0,77 g amonyum asetat deiyonize su 1 litre içinde çözülerek hazırlayın. 10 mM amonyum asetat yeterli hacmi adsorbed DMDTAVayıklamak için C18 şırınga (Adım 2.2.1) elute. Bir cam Petri kabına (en az 160 mm iç çapı) ve minimum yüksekliği 50 mm filtre uygulanmış amonyum asetat toplamak.</li>
		<li>Cam petri kabına bir N2 atmosfer tür dönüştürme önlemek için torpido aktarın. Uyarı: Solvent vakum pompa ile çıkış pass kutusunun içine çekti değil emin olun.</li>
		<li>Dimethyldithioarsinate beyaz bir çökelti kadar kuru (crystalized DMDTAV) cam petri çanak üzerinde kurdu. Not: Protokol burada duraklatılmış.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Doğrulama sentezlenmiş DMDTAV ve depolama
	<ol>
<li>Crystalized DMDTAVbeyaz çökelti al ve ölçüm kayıt toplam ağırlığını ölçmek. Uyarı: Bir iyi havalandırılmış duman hood veya torpido hidrojen sülfür gazı zehirlenmesinden engellemek için kullanın.</li>
		<li>Erime crystalized DMDTAV N250 ml-50 mL tasfiye deiyonize suyla santrifüj kapasitesi tüp ve herhangi bir çökelti 0.2 µm şırınga filtre ile filtre.</li>
		<li>DMAV itibarıyla Toplam DMDTAV, Yani≈2, 539 mg As· dönüştürülür varsayıyorum L-1. DMDTAV ≈1 mg· hisse senedi çözüm sulandırmak L-1 ve ≈40 µg· L-1 ESI-MS ve HPLC-ICP-MS, sırasıyla kullanarak doğrulama analizi için.</li>
		<li>M/z DMDTAV m/z 171 pozitif iyon modunda veya m/z 169 (Tablo 1) negatif iyon modunda ESI-MS11,16 ve parçaları kullanarak analiz. Not: Bkz: başvuru değerleri m/z (Tablo 1).</li>
		<li>DMDTAV HPLC-ICP-MS11,16,17 uygun eluent koşullar ile kullanarak hisse senedi çözümde Kromatografik analiz etmek ve açıklanan tutma zamanı bir tepe bulunabilir doğrulayın Edebiyat. Not: Sentezlenmiş DMDTAV saflığı adım 2.3.5 analiz sonuçlarından kullanılarak hesaplanması.</li>
		<li>ICP-MS asit sindirim11 ' den sonra kullanarak toplam arsenik konsantrasyonu analiz ve doğru DMDTAV konsantrasyon sentezlenmiş DMDTAV hisse senedi çözüm seyreltme faktörler ve saflık aşağıdaki eşitliği kullanarak hesaplar: Analiz toplam konsantrasyonu (µg· olarak L-1) · Seyreltme faktörü · Saflık (%) DMDTA hisse senedi çözüm (µg·V konsantrasyon gerçek DMDTAV = L-1)</li>
		<li>Daha fazla nicel Türleşme analiz18için karanlıkta DMDTAV hisse senedi çözüm 4 ° C'de depolayın.</li>
	</ol>
</li>
</ol>

<ol>
	<li>Suzuki, K. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dimethylthioarsenicals+as+arsenic+metabolites+and+their+chemical+preparation.">Dimethylthioarsenicals as arsenic metabolites and their chemical preparation.</a> Chem. Res. Toxicol. 17, 914-921 (2004).</li><li>Kuroda, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+metabolite+of+dimethylarsinic+acid+is+highly+toxic+and+genotoxic.">Microbial metabolite of dimethylarsinic acid is highly toxic and genotoxic.</a> Toxicol. Appl. Pharmacol. 198, 345-353 (2004).</li><li>Naranmandura, H., Iwata, K., Suzuki, K. T., Ogra, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distribution+and+metabolism+of+four+different+dimethylated+arsenicals+in+hamsters.">Distribution and metabolism of four different dimethylated arsenicals in hamsters.</a> Toxicol. Appl. Pharmacol. 245, 67-75 (2010).</li><li>Naranmandura, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+toxicity+of+arsenic+metabolites+in+human+bladder+cancer+EJ-1+cells.">Comparative toxicity of arsenic metabolites in human bladder cancer EJ-1 cells.</a> Chem. Res. Toxicol. 24, 1586-1596 (2011).</li><li>Wallschlager, D., London, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determination+of+methylated+arsenic-sulfur+compounds+in+groundwater.">Determination of methylated arsenic-sulfur compounds in groundwater.</a> Environ. Sci. Technol. 42, 228-234 (2008).</li><li>Zhang, J., Kim, H., Townsend, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methodology+for+assessing+thioarsenic+formation+potential+in+sulfidic+landfill+environments.">Methodology for assessing thioarsenic formation potential in sulfidic landfill environments.</a> Chemosphere. 107, 311-318 (2014).</li><li>Shimoda, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proposal+for+novel+metabolic+pathway+of+highly+toxic+dimethylated+arsenics+accompanied+by+enzymatic+sulfuration,+desulfuration+and+oxidation.">Proposal for novel metabolic pathway of highly toxic dimethylated arsenics accompanied by enzymatic sulfuration, desulfuration and oxidation.</a> Trace Elem. Med. Biol. 30, 129-136 (2015).</li><li>Naranmandura, H., Suzuki, T. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Formation+of+dimethylthioarsenicals+in+red+blood+cells.">Formation of dimethylthioarsenicals in red blood cells.</a> Toxicol. Appl. Pharmacol. 227, 390-399 (2008).</li><li>Leffers, L., Ebert, F., Taleshi, S. M., Francesconi, A. K., Schwerdtle, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vitro+toxicological+characterization+of+two+arsenosugars+and+their+metabolites.">In vitro toxicological characterization of two arsenosugars and their metabolites.</a> Mol. Nutr. Food Res. 57, 1270-1282 (2013).</li><li>Wang, Q. Q., Thomas, J. D., Naranmandura, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Important+of+being+thiomethylated:+Formation,+Fate+and+Effects+of+methylated+thioarsenicals.">Important of being thiomethylated: Formation, Fate and Effects of methylated thioarsenicals.</a> Chem. Res. Toxicol. 25, 281-289 (2015).</li><li>Kim, Y. T., Lee, H., Yoon, H. O., Woo, N. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Kinetics+of+dimethylated+thioarsenicals+and+the+formation+of+highly+toxic+dimethylmonothioarsinic+acid+in+environment.">Kinetics of dimethylated thioarsenicals and the formation of highly toxic dimethylmonothioarsinic acid in environment.</a> Environ. Sci. Technol. 50, 11637-11645 (2016).</li><li>Cullen, W. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methylated+and+thiolated+arsenic+species+for+environmental+and+health+research+-+A+review+on+synthesis+and+characterization.">Methylated and thiolated arsenic species for environmental and health research - A review on synthesis and characterization.</a> J. Environ. Sci. 49, 7-27 (2016).</li><li>Fricke, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatographic+separation+and+identification+of+products+form+the+reaction+of+dimethylarsinic+acid+with+hydrogen+sulfide.">Chromatographic separation and identification of products form the reaction of dimethylarsinic acid with hydrogen sulfide.</a> Chem. Res. Toxicol. 18, 1821-1829 (2005).</li><li>Fricke, M., Zeller, M., Cullen, W., Witkowski, M., Creed, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dimethylthioarsinic+anhydride:+a+standard+for+arsenic+speciation.">Dimethylthioarsinic anhydride: a standard for arsenic speciation.</a> Anal. Chim. Acta. 583, 78-83 (2007).</li><li>Suzuki, K. T., Iwata, K., Naranmandura, H., Suzuki, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metabolic+differences+between+twon+dimethylthioarsenicals+in+rats.">Metabolic differences between twon dimethylthioarsenicals in rats.</a> Toxicol. Appl. Pharmacol. 218, 166-173 (2007).</li><li>Jeong, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+simultaneous+analytical+method+to+determine+arsenic+speciation+using+HPLC-ICP-MS:+Arsenate,+arsenite,+monomethylarsonic+acid,+dimethylarsinic+acid,+dimethyldithioarsinic+acid,+and+dimethylmonothioarsinic+acid.">Development of a simultaneous analytical method to determine arsenic speciation using HPLC-ICP-MS: Arsenate, arsenite, monomethylarsonic acid, dimethylarsinic acid, dimethyldithioarsinic acid, and dimethylmonothioarsinic acid.</a> Microchem. J. 134, 295-300 (2017).</li><li>Li, Y., Low, C. -. K., Scott, A. J., Amal, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Arsenic+speciation+in+municipal+landfill+leachate.">Arsenic speciation in municipal landfill leachate.</a> Chemosphere. 79, 794-801 (2010).</li><li>Conklin, D. S., Fricke, W. M., Creed, A. P., Creed, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Investigation+of+the+pH+effects+on+the+formation+of+methylated+thio-arsenicals,+and+the+effects+of+pH+and+temperature+on+their+stability.">Investigation of the pH effects on the formation of methylated thio-arsenicals, and the effects of pH and temperature on their stability.</a> J. Anal. At. Spectrom. 23, 711-716 (2008).</li><li>Hansen, H. R., Raab, A., Jaspara, M., Milne, F. B., Feldmann, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sulfur-containing+arsenical+mistaken+for+dimethylarsinous+acid+[DMA(III)]+and+identified+as+a+natural+metabolite+in+urine:+major+implications+for+studies+on+arsenic+metabolism+and+toxicity.">Sulfur-containing arsenical mistaken for dimethylarsinous acid [DMA(III)] and identified as a natural metabolite in urine: major implications for studies on arsenic metabolism and toxicity.</a> Chem. Res. Toxicol. 17, 1086-1091 (2004).</li><li>Mandal, B. K., Suzuki, K. T., Anzai, K., Yamaguchi, K., Sei, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+SEC-HPLC-ICP-MS+hyphenated+technique+for+identification+of+sulfur-containing+arsenic+metabolites+in+biological+samples.">A SEC-HPLC-ICP-MS hyphenated technique for identification of sulfur-containing arsenic metabolites in biological samples.</a> J. Chromatogr. B. 874, 64-76 (2008).</li><li>Bartel, M., Ebert, F., Leffers, L., Karst, U., Schwerdtle, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Toxicological+characterization+of+the+inorganic+and+organic+arsenic+metabolite+thio-DMAV+in+cultured+human+lung+cells.">Toxicological characterization of the inorganic and organic arsenic metabolite thio-DMAV in cultured human lung cells.</a> J. Toxicol. 2011, (2011).</li><li>An, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Formation+of+dimethyldithioarsinic+acid+in+a+simulated+landfill+leachate+in+relation+to+hydrosulfide+concentration.">Formation of dimethyldithioarsinic acid in a simulated landfill leachate in relation to hydrosulfide concentration.</a> Environ. Geochem. Health. 38, 255-263 (2016).</li><li>Chen, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Arsenic+speciation+in+the+blood+of+arsenite-treated+F344+rats.">Arsenic speciation in the blood of arsenite-treated F344 rats.</a> Chem. Res. Toxicol. 26, 952-962 (2013).</li><li>Alava, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HPLC-ICP-MS+method+development+to+monitor+arsenic+speciation+changes+by+human+gut+microbiota.">HPLC-ICP-MS method development to monitor arsenic speciation changes by human gut microbiota.</a> Biomed. Chromatogr. 26, 524-533 (2012).</li><li>Kurosawa, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+metabolic+activation+associated+with+glutathione+in+dimethylmonoarsinic+acid+(DMMTAV)-induced+toxicity+obtained+from+in+vitro+reaction+of+DMMTAV+with+glutathione.">A novel metabolic activation associated with glutathione in dimethylmonoarsinic acid (DMMTAV)-induced toxicity obtained from in vitro reaction of DMMTAV with glutathione.</a> J. trace Elem. Med. Biol. 33, 87-94 (2016).</li></ol>

Yazarlar ifşa gerek yok.

Gelişmiş iletişim kuralı önceki çalışmalar1,3,4,8,15 atlanmış veya kısaltılmış, hangi zorluklarla veya başarısızlık sırasında yol açmış olabilir önemli adımlar açıklık vardır DMMTAV ve DMDTAV sentezi. DMMTAV oksidasyon duyarlı1,5olduğu için onun sentezi için kimyasal reaktifler N2kullanılarak hazırlanmıştır-DMAV mümkün retardasyon önlemek için deiyonize su (Adım 1.1.1 - 1.1.3) tasfiye thiolation ve DMMTAVoksidasyonunu. Bu iletişim kuralı kullanılarak hazırlanan DMMTAV % 92 saflığı vardı. Silis tabanlı C18 sütun çıkarma amonyum asetat veya fosfat tampon solüsyonu ile bir eluent,3,4,7,8 olarak başvuru DMDTAV ayıklama yöntemi seçme hangi başvurular çalışmalar3,4,8' açıklanmayan böylece hazır DMDTAV kullanıldığında, sütun bölmeleri bağlı olarak değişen saflığı ile. Buna ek olarak, Gelişmiş iletişim kuralı (Adım 2.2.1) tek kullanımlık SPE kullanımına izin % 88 çıkarma saf DMDTAV. Buna ek olarak, DMDTAV crystallizing önceki yöntemleri ise sadece bir freeze-drying yordam20, başvurulan bu iletişim kuralı ' N2 eldiven içinde bir ortamda ayıklanan DMDTAV çözeltinin kurutma basit kutusu (Adım 2.2.3) crystalized dimethyldithioarsinate beyaz bir kalıntı üretti.
Kimlik doğrulama sentezlenmiş DMMTAV ve DMDTAV ideal standart kimyasal belirlenmesi için kritik bir adımdır. Bu iletişim kuralı, büyük parçaları m/z 155 pozitif iyon modu temel alan16 bizim önceki iş ve m/z 169 negatif iyon modunda DMMTAV olarak sentezlenmiş ve DMDTAVESI-MS analizi tarafından algılandı, anılan sıraya göre. İkinci parça [CH3]2için AsS(=S) S atfedilen]- (örneğin, [M-H]-), iyi anlaşma ile önceki sonuçları5,17,20,22 , m/z 155 parçası [CH3]2' ye atanmıştır Oysa As(=S)(OH) + H]+ (örneğin, [M + H]+), yine, taleplere ile başvuran13,14, 17,19,21,24. Bu yana ESI-MS analizi tek doğrulama yöntemi olarak kullanılamaz, büyük chromatograms DMMTAV ve HPLC-ICP-MS tarafından elde edilen DMDTAV hisse senedi çözümleri Peaks'e bu Li vd tarafından bildirilen karşılaştırıldı 17 (şekil 1). DMAIII DMMTAV formasyonu1,7,8,25ilk aşamada üretilen bir ara olarak anılmasına karşın, kaybolan alçak kararlılık sergileyen 70 dk19 içinde ve bu nedenle bu yordam (şekil 1) tarafından algılanabilir değildir.
Saklama koşulları DMMTAV ve daha az yabancı maddelerin stok çözümlerle DMDTAV sülfür Oksit dönüşüm önlemek ve böylece daha fazla istikrar18ulaşmak için önermek için bu çalışmanın başka bir hedef oldu. Burada kullanılan saklama koşulları (örneğin, karanlıkta 4 ˚C) sentezlenmiş DMMTAV ve DMDTAV korunması büyük tür olarak hisse senedi Çözümleri (Şekil 2) dört hafta boyunca gözlenen hiçbir ciddi ayrışma ile izin 13 hafta sonra bile. Her ne kadar çözelti pH (Yani, deiyonize su) türleri için dönüştürme sırasında yerel10 ve HS- veya H2 gibi kimyasal reaktifler kaynaklanan aşırı sülfür tür varlığı nedeniyle depolama etkileyebilir S, hisse senedi çözümleri tutulan türlerin (Şekil 2) orada bulunan önemli dönüşüm olmadan nötr pH. Bu nedenle, hisse senedi çözümler 4 ˚C karanlıkta, nicel Türleşme analiz önce 13 hafta için saklanan olabilir.
Bu çalışmada, istikrarlı DMMTAV üretmek için DMMTAV ve DMDTAV 1,3,4,8,15 sentezleme başvuru molar oranı karıştırma yöntemi güncellenmiştir ve DMDTAV hisse senedi çözümleri HPLC-ICP-MS nicel analiz. Sadece kimyasal reaktif hazırlık, emme ve kristalizasyon adımları, aynı zamanda DMMTAV ve DMDTAV, saklama koşulları dahil olmak üzere kritik adım ayrıntıları eksikliği nedeniyle hisse senedi çözümleri değiştirilebilir ve en iyi duruma getirilmiş gerekiyordu. Bu nedenle, hisse senedi çözümleri bu iletişim kuralını kullanan hazırlanan çevre izleme amaçları için yeterince DMMTAV ve DMDTAV kantitatif analiz için geçerlidir.

Dimethylarsinic asit (DMAV) Akut toksisite ve metilasyonu ve thiolation yenmesi1,2üzerine geçiren nedeniyle genotoxicity sergilemek için kanıtlanmıştır beri arsenik thiolation metabolik yolu vardır yoğun olmuştur vitro ve in vivo3,4 de olduğu gibi çevre medya (Örneğin, çöp sızıntı)5,6okudu. Önceki yıllarda yapılan çalışmalarda her ikisi de azaltılmış ve thiolated analogları DMAV yaşayan hücreleri, örnek, dimethylarsinous asit (DMAIII), dimethylmonothioarsinic asit (DMMTAV) ve dimethyldithioarsinic asit (için bulduk DMDTAV)7,8,9, dimethylated thioarsenicals DMMTAV diğer inorganik veya organik arsenicals10bilinen daha büyük toksisite sergilenmesi gibi. Son derece sulfidic koşulları11altında çevre ve insanlar için bir risk oluşturabilecek bu yana yüksek derecede toksik thioarsenicals bolluk ciddi çevresel etkileri vardır. Ancak, DMMTAV ve DMDTAV (trans) oluşumu ve onların kaderi çevre medya mekanizmaları hala daha fazla çalışma gerektirir. Böylece, thioarsenicals kantitatif analiz DMMTAV ve DMDTAVçevresel etkileri anlayış geliştirmek için gereklidir.
Standart kimyasallar kantitatif analiz için anahtar gereksinimi olmakla birlikte, DMMTAV ve DMDTAV standartları sayesinde diğer türler türler dönüşmesi riski yüksek önceki çalışmalarda kopyalayan tarafından elde etmek zordur ve unstandardized sentez yordamlar12. Ayrıca, başvurulan yöntemleri standart kimyasallar sentezleme ve kantitatif analiz performans, pratik sorunlara neden olabilir bazı kısıtlamalara sahiptir. DMMTAV ve DMDTAV sık DMAV, Na2S ve H24 ' te bir belirli molar oranı1 veya köpüren H2S gaz Yani DMAV 13,14bir çözüm ile karıştırılarak hazırlanır. Oksijen kullanarak doğrudan temini, son derece zehirli ve zor bir deneyimsiz kullanıcı için denetime H2S gazı kükürt tarafından kabarcıklanma yöntemi özellikleri değiştirme. Tersine, thiolation, DMMTAV ve DMDTAV çevre sudies5,6,12, kalitatif analiz için yaygın olarak kullanılan yukarıdaki karıştırma yöntem1, özellikleri DMAV H2Na2S ve H24 ve üretir DMMTAV ve DMDTAVolarak hedef kimyasallar, üretmek daha kolay stokiometrik kontrol sağlayan, doğrudan karşılaştırıldığında bu yüzden karıştırarak oluşturulan S H2S gaz kullanın.
Yöntemi yordamları1,3,4,8,15 karıştırma başvuru bu çalışma sergi kısıtlamalar bazı yol açabilir kritik onların deneysel adımlar bahsedilen deneysel hatası. Örneğin, belirli solvent (deiyonizeYani, su) hazırlık ve ayıklama ayrıntılarını ve sentezlenmiş arsenicals kristalleşme aşırı kısaltılmış veya yeterince ayrıntılı bir biçimde anlatılan değil. Böyle dağınık ve yordam adımları hakkında sınırlı bilgi thioarsenicals ve güvenilmez miktar analiz tutarsız oluşumuna neden olabilir. Bu nedenle, burada geliştirilen değiştirilmiş protokolünü DMMTAV ve DMDTAV hisse senedi çözümleri sayısal türler ayırma analizi ile sentezi açıklar.

<table><tbody><tr><td>Cacodylic acid</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>20835-10G-F</td><td></td></tr><tr><td>Sodium sulfide nonahydrate</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S2006-500G</td><td></td></tr><tr><td>Sulfuric acid 96%</td><td>J.T.Baker</td><td>0000011478</td><td></td></tr><tr><td>Ammonium acetate</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A7262-500G</td><td></td></tr><tr><td>Formic acid 98%</td><td>Wako Pure Chemical Industries, Ltd.</td><td>066-00461</td><td></td></tr><tr><td>Diethyl ether (Extra Pure)</td><td>Junsei Chemical</td><td>33475-0380</td><td></td></tr><tr><td>Adapter cap for 60 mL Bond Elut catridges</td><td>Agilent Technologies</td><td>12131004</td><td>Syringe type of SPE</td></tr><tr><td>Bond Elut C18 cartridge</td><td>Agilent Technologies</td><td>14256031</td><td>Syringe type of SPE</td></tr><tr><td>HyPURITY C-18</td><td>Thermo Scientific</td><td>22105-254630</td><td>5 um, 125 x 4.6 mm</td></tr><tr><td>Glovebox</td><td>Chungae-chun, Rep. of Korea</td><td></td><td>Customized&amp;nbsp;</td></tr><tr><td>Agilent 1260 Infinity Bio-inert LC</td><td>Agilent Technologies</td><td>DEAB600252, DEACH00245</td><td></td></tr><tr><td>Agilent Technologies 7700 Series ICP-MS</td><td>Agilent Technologies</td><td>JP12031510</td><td></td></tr><tr><td>Finnigan LCQ Deca XP MAX Mass Spectrometer System</td><td>Thermo Electron Corporation</td><td>LDM10627</td><td></td></tr></tbody></table>

preparation of dmmtav and dmdtav using dmav for environmental applications: synthesis, purification, and confirmation

Dimethylmonothioarsinic asit (DMMTAV) gibi Dimethylated thioarsenicals ve dimethyldithioarsinic asit (DMDTAV), dimethylarsinic asit (DMAV) thiolation metabolik yolu tarafından üretilen, son zamanlarda olmuştur çevre yanı sıra insan organlarını buldum. DMMTAV ve DMDTAV dimethylated thioarsenicals ve çevre medya onların istikrar ekolojik etkileri belirlemek için sayısal. Bu bileşiklerin sentezi yöntemi önceki çalışmalarda zorlu çoğaltılıyor yapma unstandardized özeldir. Ayrıca, tür dönüşümü olmadan bileşiklerin depolama da dahil olmak üzere depolama teknikleri hakkında bilgi eksikliği vardır. Ayrıca, sadece sınırlı bilgi sentez yöntemleri hakkında kullanılabildiğinden, standart kimyasallar sentezleme ve kantitatif analiz gerçekleştirme deneysel zorluklar olabilir. Burada sunulan protokolü için dimethylated thioarsenicals, DMMTAV ve DMDTAV, pratik olarak değiştirilmiş sentez yöntemi sağlar ve tür ayırma analizi yüksek performanslı sıvı miktar içinde yardımcı olacaktır Kromatografi İndüktif eşleşmiş plazma kütle spektrometresi (HPLC-ICP-MS) ile birlikte. Bu yordamın deneysel adımını kimyasal reaktifler, filtrasyon yöntemleri ve depolama hazırlanması üzerinde odaklanarak tarafından modifiye edilmiştir.

DMMTAV yanlışlıkla DMAIII sentez yöntemi19tarafından hazırlanmış olup, doğrulama sentezlenmiş DMMTAV ve DMDTAV sentezi ve çıkarma ve ideal standart belirleme için önemli bir adım olduğu için kimyasal maddeler. Sentezlenmiş kimyasallar DMMTA en yüksekV (MW 154 g·mol-1) ve DMDTAV (MW 170 g·mol-1) kitle ücret oranı (m/z) electrospray iyonlaşma kütlesinin pozitif veya negatif iyon modu kullanarak tarafından doğrulanabilir gerçek zamanlı enjeksiyon (ESI-MS) spektrometresinde. M/z referans değerlerini Tablo 119' listelenir. DMMTAV ve DMDTAV başarılı bir sentez ek doğrulama HPLC ICP Bayan Resim 1 kullanarak başvuru veri için büyük zirvesinin tutma zamanı (RT) tür ayırma analizi sonuçlarını karşılaştırarak yapılmıştır bir eluent ve bir C18 sıvı Kromatografi (LC) 1.0 mL·min-1 , 5 mM formik asit kullanarak benzer RT DMAV ve DMMTAV (Şekil 1a) ya da DMDTAV (Şekil 1b), birincil ve ikincil zirvesinin gösterir 17' açıklandığı gibi sütun. RT büyük doruklarına enstrümantal ve eluent koşulları ve hangi LC sütunun kullanıldığını bağlı olarak değişebilir. Her ne kadar bu iletişim kuralı 4 ˚C sentezlenmiş DMMTAV ve DMDTA tutar karanlıkta saklama koşulları öneriyor türler DMMTAV ve DMDTAV hisse senedi çözümlerinde dahil her analiz önce incelenmesi gerekir V ile sırasıyla, % 2.2 ve % 5.8 dönüştürme sırasında 13 hafta analizi (Şekil 2).
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56603/56603fig1.jpg"> Resim 1: HPLC-ICP-MS Kromatografik sentezlenmiş DMMTAV ve DMDTAV. 1: DMAV, 2: DMDTAVve 3: DMMTAV o Li vd tarafından bildirilen denk büyük tepeler 3.8 min, 5.9 min ve her hisse senedi çözümleri a: DMMTAV ve b: DMDTAV, 8.0 min olarak ölçülen 201017'. ICP-MS enstrümantal koşullar 1550 V RF güç ve 50 µL enjeksiyon birim vardı. C18 sütun 5 mM formik asit ile eluent17olarak kullanıldı. <a href="//cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/56603/56603fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56603/56603fig2.jpg"> Resim 2: İstikrar DMMTAV ve DMDTAV karanlıkta 4 ˚C. Her hisse senedi çözümleri DMMTAV (bir) ve DMDTAV (b) türler dağıtıma 13 hafta yüzde değiştikçe. <a href="//cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/56603/56603fig2large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>Sentezlenmiş hisse senedi çözüm</td>
			<td>İyon modu</td>
			<td>Parçaları</td>
			<td>m/z</td>
			<td>Referanslar</td>
		</tr>
<tr>
<td rowspan="7">DMMTAV</td>
			<td rowspan="4">Pozitif</td>
			<td>[Me2As (SH) OH] +</td>
			<td>155</td>
			<td>13,14,19,17,21,24</td>
		</tr>
<tr>
<td>[Me2As (OH) 2] +</td>
			<td>139</td>
			<td>19,17</td>
		</tr>
<tr>
<td>[Me2AsS] +</td>
			<td>137</td>
			<td>13,19,17,24</td>
		</tr>
<tr>
<td>[Me2As (S) SAsMe2] +</td>
			<td>275</td>
			<td>13</td>
		</tr>
<tr>
<td rowspan="3">Negatif</td>
			<td>[Me2AsOS]-</td>
			<td>153</td>
			<td>17,5,23</td>
		</tr>
<tr>
<td>[MeAsSO]-</td>
			<td>138</td>
			<td>17,5</td>
		</tr>
<tr>
<td>[AsSO]-</td>
			<td>123</td>
			<td>17,5</td>
		</tr>
<tr>
<td rowspan="6">DMDTAV</td>
			<td rowspan="3">Pozitif</td>
			<td>[Me2As (SH) 2] +</td>
			<td>171</td>
			<td>19,17</td>
		</tr>
<tr>
<td>[Me2As (SH) OH] +</td>
			<td>155</td>
			<td>19</td>
		</tr>
<tr>
<td>[Me2AsS] +</td>
			<td>137</td>
			<td>19,17</td>
		</tr>
<tr>
<td rowspan="3">Negatif</td>
			<td>[Me2AsS2]-</td>
			<td>169</td>
			<td>20,17,5,22</td>
		</tr>
<tr>
<td>[MeAsS2]-</td>
			<td>154</td>
			<td>20,17,5</td>
		</tr>
<tr>
<td>[AsS2]-</td>
			<td>139</td>
			<td>17,5,22</td>
		</tr>
</tbody></table>Tablo 1: ESI-Bayan olumlu ve/veya negatif iyon modu tarafından sentezlenen DMMTAV ve DMDTAVve küçük parça iyonları yapısını önerilen DMMTAV, DMDTAVve ESI-MS tarafından ölçülen küçük parçaları m/z listesi çoğaltılamaz edebiyatı5,13,14,17,19 ,20,21,22,23,24. M/z doruklarına enstrümantal koşullar ve/veya hisse senedi çözümleri matrisler ile değişebilir.

Watch this Scientific Journal Video about Preparation of DMMTAV and DMDTAV Using DMAV for Environmental Applications: Synthesis, Purification, and Confirmation at JoVE.com

Preparation of DMMTAV and DMDTAV Using DMAV for Environmental Applications: Synthesis, Purification, and Confirmation

DMMTAV ve çevresel uygulamaları için DMAV kullanarak DMDTAV hazırlanması: sentez, arıtma ve onay

Bu yazı için dimethylmonothioarsinic asit (DMMTAV) değiştirilmiş deneysel protokoller sunar ve dimethyldithioarsinic asit (DMDTAV) sentezi, dimethylarsinic asit (DMAV) thiolation DMAV karıştırma yoluyla inducing , Na2S ve H2kadar4. Değiştirilen protokol böylece deneysel hataları kantitatif analiz sebep olabilecek sentez adımları sınırlamaları aşmak deneysel bir kılavuz sağlar.

Dimethylated thioarsenicals such as dimethylmonothioarsinic acid (DMMTAV) and dimethyldithioarsinic acid (DMDTAV), which are produced by the metabolic ...

preparation-dmmtav-dmdtav-using-dmav-for-environmental-applications

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Environment

Preparation of DMMTAV and DMDTAV Using DMAV for Environmental Applications: Synthesis, Purification, and Confirmation

5.5K Görüntüleme.  Korea Basic Science Institute, Seoul Center. Bu yazı için dimethylmonothioarsinic asit (DMMTAV) değiştirilmiş deneysel protokoller sunar ve dimethyldithioarsinic asit (DMDTAV) sentezi, dimethylarsinic asit (DMAV) thiolation DMAV karıştırma yoluyla inducing , Na2S ve H2kadar4. Değiştirilen protokol böylece deneysel hataları kantitatif analiz sebep olabilecek sentez adımları sınırlamaları aşmak deneysel bir kılavuz sağlar....

Video: Preparation of DMMTAV and DMDTAV Using DMAV for Environmental Applications: Synthesis, Purification, and Confirmation

Unraveling the Unseen Players in the Ocean - A Field Guide to Water Chemistry and Marine Microbiology

Here we introduce a series of thoroughly tested and well standardized research protocols adapted for use in remote marine environments. The sampling protocols include the assessment of resources available to the microbial community (dissolved organic carbon, particulate organic matter, inorganic nutrients), and a comprehensive description of the viral and bacterial communities (via direct viral and microbial counts, enumeration of autofluorescent microbes, and construction of viral and microbial metagenomes). We use a combination of methods, which represent a dispersed field of scientific disciplines comprising already established protocols and some of the most recent techniques developed. Especially metagenomic sequencing techniques used for viral and bacterial community characterization, have been established only in recent years, and are thus still subjected to constant improvement. This has led to a variety of sampling and sample processing procedures currently in use. The set of methods presented here provides an up to date approach to collect and process environmental samples. Parameters addressed with these protocols yield the minimum on information essential to characterize and understand the underlying mechanisms of viral and microbial community dynamics. It gives easy to follow guidelines to conduct comprehensive surveys and discusses critical steps and potential caveats pertinent to each technique.

Here, we present a comprehensive protocol to assess the organic and inorganic nutrient availability and the abundance and structure of microbial and viral communities in remote marine environments.

Su Kimya ve Deniz Mikrobiyoloji A Field Guide - Okyanusu&#39;nda gaybı Oyuncular çözülüyor

Here we introduce a series of thoroughly tested and well standardized research protocols adapted for use in remote marine environments. The sampling ...

Çevre

In vitro tRNA Methylation Assay with the Entamoeba histolytica DNA and tRNA Methyltransferase Dnmt2 (Ehmeth) Enzyme

Protozoan parasites are among the most devastating infectious agents of humans responsible for a variety of diseases including amebiasis, which is one of the three most common causes of death from parasitic disease. The agent of amebiasis is the amoeba parasite Entamoeba histolytica that exists under two stages: the infective cyst found in food or water and the invasive trophozoite living in the intestine. The clinical manifestations of amebiasis range from being asymptomatic to colitis, dysentery or liver abscesses. E. histolytica is one of the rare unicellular parasite with 5-methylcytosine (5mC) in its genome. 1, 2 It contains a single DNA methyltransferase, Ehmeth, that belongs to the Dnmt2 family. 2 A role for Dnmt2 in the control of repetitive elements has been established in E. histolytica, 3 Dictyostelium discoideum 4,5 and Drosophila. 6 Our recent work has shown that Ehmeth methylates tRNAAsp, and this finding indicates that this enzyme has a dual DNA/tRNAAsp methyltransferase activity. 7 This observation is in agreement with the dual activity that has been reported for D. discoideum and D. melanogaster. 8 The functional significance of the DNA/tRNA specificity of Dnmt2 enzymes is still unknown. To address this question, a method to determine the tRNA methyltransferase activity of Dnmt2 proteins was established. In this video, we describe a straightforward approach to prepare an adequate tRNA substrate for Dnmt2 and a method to measure its tRNA methyltransferase activity.

In vitro tRNA Methylation Assay with the Entamoeba histolytica DNA and tRNA Methyltransferase Dnmt2 Ehmeth Enzyme

This protocol describes the preparation of a synthetic tRNA substrate for the Entamoeba histolytica DNA/tRNA methyltransferase 2 (Dnmt2) homolog Ehmeth and the measure of its methyltransferase activity. This experimental approach can be used for investigating the activity of other Dnmt2 proteins.

Entamoeba histolytica DNA ve tRNA Metiltransferaz Dnmt2 (Ehmeth) Enzim ile in vitro tRNA Metilasyon Testi

Protozoan parasites are among the most devastating infectious agents of humans responsible for a variety of diseases including amebiasis, which is one of ...

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Biochemical Measurement of Neonatal Hypoxia

Neonatal hypoxia ischemia is characterized by inadequate blood perfusion of a tissue or a systemic lack of oxygen. This condition is thought to cause/exacerbate well documented neonatal disorders including neurological impairment 1-3. Decreased adenosine triphosphate production occurs due to a lack of oxidative phosphorylation. To compensate for this energy deprived state molecules containing high energy phosphate bonds are degraded 2. This leads to increased levels of adenosine which is subsequently degraded to inosine, hypoxanthine, xanthine, and finally to uric acid. The final two steps in this degradation process are performed by xanthine oxidoreductase. This enzyme exists in the form of xanthine dehydrogenase under normoxic conditions but is converted to xanthine oxidase (XO) under hypoxia-reperfusion circumstances 4, 5. Unlike xanthine dehydrogenase, XO generates hydrogen peroxide as a byproduct of purine degradation 4, 6. This hydrogen peroxide in combination with other reactive oxygen species (ROS) produced during hypoxia, oxidizes uric acid to form allantoin and reacts with lipid membranes to generate malondialdehyde (MDA) 7-9. Most mammals, humans exempted, possess the enzyme uricase, which converts uric acid to allantoin. In humans, however, allantoin can only be formed by ROS-mediated oxidation of uric acid. Because of this, allantoin is considered to be a marker of oxidative stress in humans, but not in the mammals that have uricase.
We describe methods employing high pressure liquid chromatography (HPLC) and gas chromatography mass spectrometry (GCMS) to measure biochemical markers of neonatal hypoxia ischemia. Human blood is used for most tests. Animal blood may also be used while recognizing the potential for uricase-generated allantoin. Purine metabolites were linked to hypoxia as early as 1963 and the reliability of hypoxanthine, xanthine, and uric acid as biochemical indicators of neonatal hypoxia was validated by several investigators 10-13. The HPLC method used for the quantification of purine compounds is fast, reliable, and reproducible. The GC/MS method used for the quantification of allantoin, a relatively new marker of oxidative stress, was adapted from Gruber et al 7. This method avoids certain artifacts and requires low volumes of sample. Methods used for synthesis of MMDA were described elsewhere 14, 15. GC/MS based quantification of MDA was adapted from Paroni et al. and Cighetti et al. 16, 17. Xanthine oxidase activity was measured by HPLC by quantifying the conversion of pterin to isoxanthopterin 18. This approach proved to be sufficiently sensitive and reproducible.

A method is described to measure biochemical markers of neonatal hypoxia-ischemia. The approach utilizes high pressure liquid chromatography (HPLC) and Gas Chromatography Mass Spectrometry (GC/MS).

Yenidoğan Hipoksi Biyokimyasal Ölçüm

Neonatal hypoxia ischemia is characterized by inadequate blood perfusion of a tissue or a systemic lack of oxygen. This condition is thought to ...

Tıp

Cost-effective Method for Microbial Source Tracking Using Specific Human and Animal Viruses

Microbial contamination of the environment represents a significant health risk. Classical bacterial fecal indicators have shown to have significant limitations, viruses are more resistant to many inactivation processes and standard fecal indicators do not inform on the source of contamination. The development of cost-effective methods for the concentration of viruses from water and molecular assays facilitates the applicability of viruses as indicators of fecal contamination and as microbial source tracking (MST) tools. Adenoviruses and polyomaviruses are DNA viruses infecting specific vertebrate species including humans and are persistently excreted in feces and/or urine in all geographical areas studied. In previous studies, we suggested the quantification of human adenoviruses (HAdV) and JC polyomaviruses (JCPyV) by quantitative PCR (qPCR) as an index of human fecal contamination. Recently, we have developed qPCR assays for the specific quantification of porcine adenoviruses (PAdV) and bovine polyomaviruses (BPyV) as animal fecal markers of contamination with sensitivities of 1-10 genome copies per test tube. In this study, we present the procedure to be followed to identify the source of contamination in water samples using these tools. As example of representative results, analysis of viruses in ground water presenting high levels of nitrates is shown.
Detection of viruses in low or moderately polluted waters requires the concentration of the viruses from at least several liters of water into a much smaller volume, a procedure that usually includes two concentration steps in series. This somewhat cumbersome procedure and the variability observed in viral recoveries significantly hamper the simultaneous processing of a large number of water samples.
In order to eliminate the bottleneck caused by the two-step procedures we have applied a one-step protocol developed in previous studies and applicable to a diversity of water matrices. The procedure includes: acidification of ten-liter water samples, flocculation by skimmed milk, gravity sedimentation of the flocculated materials, collection of the precipitate and centrifugation, resuspension of the precipitate in 10 ml phosphate buffer. The viral concentrate is used for the extraction of viral nucleic acids and the specific adenoviruses and polyomaviruses of interest are quantified by qPCR. High number of samples may be simultaneously analyzed using this low-cost concentration method.
The procedure has been applied to the analysis of bathing waters, seawater and river water and in this study, we present results analyzing groundwater samples. This high-throughput quantitative method is reliable, straightforward, and cost-effective.

The study describes a cost-effective method for the identification of the source of fecal/urine contamination or contamination by nitrates in water using qPCR for the specific quantification of human/porcine/bovine DNA viruses, adenoviruses and polyomaviruses, proposed as MST tools.

Özgül İnsan ve Hayvan Virüsler Mikrobiyal Kaynak Takip için maliyet-etkin Yöntemi

Microbial contamination of the environment represents a significant health risk. Classical bacterial fecal indicators have shown to have significant ...

Isolation and Genome Analysis of Single Virions using 'Single Virus Genomics'

Whole genome amplification and sequencing of single microbial cells enables genomic characterization without the need of cultivation 1-3. Viruses, which are ubiquitous and the most numerous entities on our planet 4 and important in all environments 5, have yet to be revealed via similar approaches. Here we describe an approach for isolating and characterizing the genomes of single virions called 'Single Virus Genomics' (SVG). SVG utilizes flow cytometry to isolate individual viruses and whole genome amplification to obtain high molecular weight genomic DNA (gDNA) that can be used in subsequent sequencing reactions.

Single Virus Genomics (SVG) is a method to isolate and amplify the genomes of single virons. Viral suspensions of a mixed assemblage are sorted using flow cytometry onto a microscope slide with discrete wells containing agarose, thereby capturing the virion and reducing genome shearing during downstream processing. Whole genome amplification is achieved using multiple displacement amplification (MDA) resulting in genomic material that is suitable for sequencing.

&#39;Tek Virüs Genomik&#39; kullanarak Tek viryonlar İzolasyonu ve Genom Analizi

Whole genome amplification and sequencing of single microbial cells enables genomic characterization without the need of cultivation 1-3. Viruses, which ...

Development and Testing of Species-specific Quantitative PCR Assays for Environmental DNA Applications

New, non-invasive methods for detecting and monitoring species presence are being developed to aid in fisheries and wildlife conservation management. The use of environmental DNA (eDNA) samples for detecting macrobiota is one such group of methods that is rapidly becoming popular and being implemented in national management programs. Here we focus on the development of species-specific targeted assays for probe-based quantitative PCR (qPCR) applications. Using probe-based qPCR offers greater specificity than is possible with primers alone. Furthermore, the ability to quantify the amount of DNA in a sample can be useful in our understanding of the ecology of eDNA and the interpretation of eDNA detection patterns in the field. Careful consideration is needed in the development and testing of these assays to ensure the sensitivity and specificity of detecting the target species from an environmental sample. In this protocol we will delineate the steps needed to design and test probe-based assays for the detection of a target species; including creation of sequence databases, assay design, assay selection and optimization, testing assay performance, and field validation. Following these steps will help achieve an efficient, sensitive, and specific assay that can be used with confidence. We demonstrate this process with our assay designed for populations of the mucket (Actinonaias ligamentina), a freshwater mussel species found in the Clinch River, USA.

Environmental DNA assays require rigorous design, testing, optimization and validation before the collection of field data can begin. Here, we present a protocol to take users through each step of designing a species-specific, probe-based qPCR assay for the detection and quantification of a target species DNA from environmental samples.

ÇevreSEL DNA Uygulamaları için Türlere Özgü Nicel PCR Testlerinin Geliştirilmesi ve Testi

New, non-invasive methods for detecting and monitoring species presence are being developed to aid in fisheries and wildlife conservation management. The ...

Probing RNA Structure with Dimethyl Sulfate Mutational Profiling with Sequencing In Vitro and in Cells

The role of RNA structure in virtually any biological process has become increasingly evident, especially in the past decade. However, classical approaches to solving RNA structure, such as RNA crystallography or cryo-EM, have failed to keep up with the rapidly evolving field and the need for high-throughput solutions. Mutational profiling with sequencing using dimethyl sulfate (DMS) MaPseq is a sequencing-based approach to infer the RNA structure from a base&#39;s reactivity with DMS. DMS methylates the N1 nitrogen in adenosines and the N3 in cytosines at their Watson-Crick face when the base is unpaired. Reverse-transcribing the modified RNA with the thermostable group II intron reverse transcriptase (TGIRT-III) leads to the methylated bases being incorporated as mutations into the cDNA. When sequencing the resulting cDNA and mapping it back to a reference transcript, the relative mutation rates for each base are indicative of the base&#39;s &#34;status&#34; as paired or unpaired. Even though DMS reactivities have a high signal-to-noise ratio both in vitro and in cells, this method is sensitive to bias in the handling procedures. To reduce this bias, this paper provides a protocol for RNA treatment with DMS in cells and with in vitro transcribed RNA.

Probing RNA Structure with Dimethyl Sulfate Mutational Profiling with Sequencing In Vitro and in Cells

The protocol provides instruction for modifying RNA with dimethyl sulfate for mutational profiling experiments. It includes in vitro and in vivo probing with two alternative library preparation methods.

RNA Yapısının Dimetil Sülfat Mutasyonel Profillemesi ile İn Vitro ve İn Hücre Dizilimi ile İncelenmesi

The role of RNA structure in virtually any biological process has become increasingly evident, especially in the past decade. However, classical ...

Biyokimya

<meta charset="utf8"></head><body>Dijital Damlacık PCR Kullanarak Viral Genom Ölçümü için Standartlaştırılmış Protokol

Quantification of Adeno-Associated Viral Genomes in Purified Vector Samples by Digital Droplet Polymerase Chain Reaction

Adeno-associated virus (AAV) is a non-pathogenic virus used as a delivery vehicle to transfer therapeutic genes into patients. Accurate quantification of AAV genome copy number in vector preparations is essential for bioprocess optimization and dosage calculation in both preclinical and clinical studies of AAV-based gene therapy products. Currently, a consensus protocol for AAV viral genome titration is lacking. Here, we present a digital droplet PCR (dd_PCR) protocol for the quantification of viral genomes in purified vector samples. Samples are treated with DNase I to eliminate unpackaged contaminant DNA. DNase-treated samples are then mixed with an appropriate primer-probe set (designed according to the target AAV genome) and PCR reagents, and then loaded into a droplet generator. The prepared droplets are transferred into a PCR plate, where PCR amplification is performed and analyzed. The viral genome titer is calculated based on the concentration (copies/&#181;L), accounting for sample dilutions. A successful measurement shows a clear separation of the positive and negative droplet clouds, has at least 10,000 accepted droplets, shows a value between 10 copies/&#181;L and 10,000 copies/&#181;L, and has a coefficient of variation (CV) between repeats lower than 20%. Reliable viral genome titration will aid in the development of safe and effective AAV-based gene therapy products.

<meta charset="utf8"></head><body>Yazar Spotlight: Doğru Adeno İlişkili Viral Genom Ölçümü için Dijital Damlacık PCR Yönteminin Optimize Edilmesi

Precise quantification of adeno-associated virus (AAV) vector genome copies is critical, but a standardized protocol has yet to be established. This protocol describes a validated method for preparing purified AAV samples and conducting digital droplet polymerase chain reaction (dd_PCR) to reliably quantify the viral genome titer.

Dijital Damlacık Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Saflaştırılmış Vektör Örneklerinde Adeno İlişkili Viral Genomların Miktar Tayini

Adeno-associated virus (AAV) is a non-pathogenic virus used as a delivery vehicle to transfer therapeutic genes into patients. Accurate quantification of ...

DMMTA^V ve çevresel uygulamaları için DMA^V kullanarak DMDTA^V hazırlanması: sentez, arıtma ve onay

Özet

Daha Fazla Video Keşfet

Bu videodaki bölümler

Su Kimya ve Deniz Mikrobiyoloji A Field Guide - Okyanusu'nda gaybı Oyuncular çözülüyor

Entamoeba histolytica DNA ve tRNA Metiltransferaz Dnmt2 (Ehmeth) Enzim ile in vitro tRNA Metilasyon Testi

Yenidoğan Hipoksi Biyokimyasal Ölçüm

Özgül İnsan ve Hayvan Virüsler Mikrobiyal Kaynak Takip için maliyet-etkin Yöntemi

'Tek Virüs Genomik' kullanarak Tek viryonlar İzolasyonu ve Genom Analizi

ÇevreSEL DNA Uygulamaları için Türlere Özgü Nicel PCR Testlerinin Geliştirilmesi ve Testi

RNA Yapısının Dimetil Sülfat Mutasyonel Profillemesi ile İn Vitro ve İn Hücre Dizilimi ile İncelenmesi

Dijital Damlacık Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Saflaştırılmış Vektör Örneklerinde Adeno İlişkili Viral Genomların Miktar Tayini

Dijital Damlacık Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Saflaştırılmış Vektör Örneklerinde Adeno İlişkili Viral Genomların Miktar Tayini

Dijital Damlacık Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Saflaştırılmış Vektör Örneklerinde Adeno İlişkili Viral Genomların Miktar Tayini