Automação de triagem por microscopia crioeletrônica em várias redes usando o Smart Leginon

No Simons Electron Microscopy Center, nosso objetivo é fornecer excelentes serviços de microscopia eletrônica, experiência e treinamento para pesquisadores locais e nacionais, e desenvolver métodos inovadores para otimizar os fluxos de trabalho. Nosso escopo abrange serviços, desenvolvimento, aprendizado de máquina e pesquisa biomédica. Estamos tentando responder, como podemos otimizar melhor nossos serviços?

O aprendizado de máquina está mudando o campo da microscopia eletrônica. A coleta de dados está se tornando automatizada. As ferramentas de análise de dados estão rapidamente se tornando mais eficientes.

Isso inclui imagens de denoização, coleta de partículas, análise de flexibilidade 3G e construção de modelos. Atualizamos regularmente o software para dar conta de diferentes situações, como diferentes buracos na grade, coleta inclinada ou bugs identificados por meio de software de teste beta em nosso ambiente de produção. Também integramos o feedback de nossos usuários, por isso estamos continuamente fornecendo recursos que são úteis para eles.

O Smart Leginon aborda as tarefas trabalhosas e demoradas de triagem de uma ou mais grades em um crioTEM. Ele permite que operadores e pesquisadores selecionem e analisem grades mais rapidamente, enquanto liberam tempo para otimizar as condições de grade e amostra em paralelo. Isso também reduz o tempo e o custo do microscópio.

A tela automática Smart Leginon oferece triagem multigrid totalmente autônoma, que leva cerca de 10 minutos para configurar a triagem para 12 grades. Em comparação com a triagem manual, nosso protocolo economiza várias horas por dia. Desde a introdução do Smart Leginon, outros softwares livres e comerciais foram desenvolvidos para automação semelhante.