JoVE Journal

Chemistry

This content is Open Access.

Otimização de proteínas sintéticas: Identificação de interposição Dependências Indicating Estruturalmente e / ou resíduos funcionalmente ligadas

Synthetic protein sequences based on consensus motifs typically ignore co-evolving residues, that imply interpositional dependencies (IPDs). IPDs can be essential to activity, and designs that disregard them may result in suboptimal results. This protocol uses StickWRLD to identify IPDs and help inform rational protein design, resulting in more efficient results.

Capítulos neste vídeo

0:05

Title

1:37

Software Download & Installation and Preparation of Alignment

2:52

Launching and Using StickWRLD

4:37

Finding, Selecting, and Saving Interpositional Dependencies (IPDs)

5:52

Results: StickWRLD Visualization of the Adenylate Kinase Lid Domain Protein

6:41

Conclusion

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