생물 정보학은 데이터 세트에서 정보를 추출하는 유용한 방법입니다. 실험은 유효성 검사에도 똑같이 중요합니다. 우리는 난소암에 있는 노치 신호의 역할을 조사하기 위하여 두 접근을 결합합니다.
이 기술의 주요 장점은 연구원이 실험을 수행하기 전에 연구 방향을 계획하기 위해 생물 정보 학 데이터베이스의 정보를 활용할 수 있다는 것입니다. 인간 질병의 축적된 생물정보학 데이터로 과학자들은 더 이상 눈을 가리지 않습니다. 실험은 질병의 향상한 치료 또는 진단으로 이끌어 낼 수 있는 특정 사실 인정을 확인하기 위하여 수행될 수 있습니다.
특정 유형의 암과 관심 있는 유전자의 연관성을 분석하기 위해, PRECOG 데이터베이스에 액세스하고 계정과 관련된 이메일 주소와 암호를 로그인 단말기에 입력하기 위해 학술 제휴 이메일 주소로 계정을 만듭니다. 세부 정보 보기를 클릭하고 관심 있는 유전자를 검색 표시줄에 입력합니다. 그런 다음 스크롤 막대를 사용하여 특정 암 유형의 관심에 대한 생존 Z 점수를 얻습니다.
유전자 발현 수준과 난소암 단계 사이의 연관성을 조사하려면 CSIOVDB 웹 페이지로 이동하여 관심 유전자의 이름을 검색 표시줄에 입력합니다. 그런 다음 생존 탭을 클릭합니다. 다양 한, 정상 및 종양 조직에 걸쳐 유전자 발현 데이터를 평가 하려면 GENT 포털로 이동 하 고 검색 탭을 클릭 합니다.
키워드 섹션에서는 드롭다운 메뉴로부터 용어에 대한 유전자 심볼을 선택하고, 관심 유전자의 유전자 심볼을 입력하고, 유형 옵션에 대한 조직을 선택한다. 검색 버튼을 클릭합니다. U133A 및 U122 Plus 2 플랫폼을 기반으로 다른 암 유형의 정상 및 종양 조직에서 유전자 발현의 요약 그래프가 표시됩니다.
그런 다음 결과 데이터 다운로드 링크를 클릭하여 유전자 발현 값, 조직 유형 및 데이터 소스에 대한 자세한 정보에 액세스합니다. 유전자 변경 및 신호 네트워크를 검색하려면 CBIO 포털 웹 페이지를 열고 방문 페이지의 쿼리를 사용하여 선택 연구 섹션에서 장기 또는 관심 조직을 클릭하고 관심 있는 특정 연구를 선택하고 유전자별 쿼리를 클릭합니다. 유전체 프로파일 선택 섹션에서 돌연변이, GISTIC의 푸디트 카피 번호 변경 또는 mRNA 발현 옵션을 선택합니다.
환자/사례 집합 선택 메뉴에서 해당 데이터를 선택하고 대상 유전자 기호를 입력 유전자의 쿼리 상자에 입력합니다. 쿼리 제출 단추를 클릭하고 네트워크 탭을 열어 원하는 유전자 네트워크를 검색합니다. 그런 다음 파일 탭을 클릭하고 네트워크 이미지 다운로드를 위해 이미지 PNG로 저장을 선택합니다.
NICD 또는 NICD 및 맘 과발현으로 파리를 생성하려면 적절한 플라이 스톡을 준비하고 표준 프로토콜에 따라 현면 적 유전자 발현을 제어하기 위해 시간적 및 지역 유전자 발현 표적 화 기술을 적용합니다. 성인이 될 때까지 18도에서 파리를 올리고 효모와 섭씨 29도로 전환하면 48시간 동안 섭씨 29도로 바뀌습니다. 섭씨 29도 의 끝에, 배아 수집 접시에 PBS의 3 밀리리터를 추가하고 이산화탄소 패드로 비행 문화를 마취.
해부 현미경을 사용하여 마취 된 여성의 비행을 식별하고 해부 집게 한 쌍을 사용하여 비행의 하부 흉부를 조심스럽게 잡아 버립니다. 배아 수집 접시 내에서 PBS에 비행을 잠수하고, 두 번째 쌍의 집게를 사용하여 하복부를 꼬집어 부드럽게 당겨 내부 장기를 방출합니다. 플라이 바디에서 난소 쌍을 찾아 분리하고, 난소의 후방 끝에 있는 근육 칼집을 부러뜨리고, 변종을 분리합니다.
그런 다음 격리된 난소를 1.5 밀리리터 원심분리기 튜브에 놓고 500마이크로리터의 얼음을 얼음 위에 놓습니다. 모든 난소가 수집되면 PBS를 4%포름알데히드의 500마이크로리터로 대체하고 튜브를 10분 동안 누에이터에 놓습니다. 인큐베이션이 끝나면 고정을 버리고 난소를 세척당 PBT 1밀리리터로 3, 15분 헹구십시오.
마지막 세척 후, 난소를 150 마이크로리터의 10 마이크로리터로 분류하여 영양자에 10-15분 동안 밀리리터 DAPI당 10 마이크로리터로 라벨을 붙입니다. 인큐베이션이 끝나면 PBT 1밀리리터로 10분 동안 난소를 1회 세척한 다음 PBS에서 10분 동안 세척합니다. 두 번째 세척 후, PBS의 마지막 300 마이크로 리터를 제외한 모든 제거하고 난소를 여러 번 진부화하여 계란 챔버를 풀어주세요.
다음으로, 미세 원심 분리기에서 빠른 스핀을 통해 난소 조직을 부드럽게 퇴적시키고 난소 펠릿을 방해하지 않고 가능한 한 많은 PBS를 제거합니다. 1, 000 마이크로리터 파이펫 팁을 사용하여 약 3방울의 장착 용액을 튜브로 옮기고, 끝에서 약 0.33밀리미터의 200 마이크로리터 파이펫 팁을 사용하여 난소 함유 장착 용액 120마이크로리터를 유리 현미경 슬라이드에 전달합니다. 커버슬립 유리를 장착 용액 위에 부드럽게 놓고 투명한 매니큐어로 가장자리를 밀봉합니다.
그런 다음 0.8 조리개와 함께 10배 배율로 공초점 현미경을 사용하여 염색및 장착된 난소의 이미지를 습득한다. 입증된 바와 같이 PRECOG 포털을 사용하여 난소암에서 NOTCH2, NOTCH3 및 MAML1의 Z-점수를 얻을 수 있다. 음의 Z 점수 값은 3개의 유전자의 높은 발현 수준을 가진 환자의 가난한 전반적인 생존을 나타냅니다.
이러한 사실 인정을 확인하기 위하여 CSIOVD 데이터베이스를 사용하여, NOTCH2, NOTCH3 및 MAML1의 높은 발현이 가난한 전반적인 및 질병 없는 생존과 상관관계가 있다는 것을 추가로 표시합니다. 추가 순열 시험은 NOTCH2, NOTCH3 및 MAML1이 종양 조직에서 높게 표현된다는 것을 건의합니다. 이 3개의 핵심 유전자에 근거하여, 가장 높은 돌연변이 비율을 가진 동일 통로에 있는 50가장 빈번하게 변경된 이웃 유전자를 제공하기 위하여 신호 네트워크는 생성될 수 있습니다.
관심의, 드로소필라 동등한 NOTCH 유전자의 과발현, NICD, 혼자, 드로소필라에서 종양을 유도하지 않습니다. NICD와 맘의 과발현이 함께 과일 파리의 종양을 유도하는 반면, 여러 상피 층과 축적 된 세포의 존재에 의해 입증된 바와 같이. 추가 실험 유효성 검사는 잠재적인 신약 치료 표적, 질병 바이오마커 및 개인화된 치료법의 식별을 위한 길을 열 수 있습니다.
