이 작품의 로렌스 버클리 국립 연구소 계약 번호에서 미국 에너지 부의 과학의 사무실에서 지 원하는 실험실 감독 연구 및 개발 (LDRD) 프로그램에 의해 지원 되었다 드-AC02-05CH11231 그리고 미국의 에너지 사무실의 과학 계열에서에서 UC 버클리를 상을 드 SC0014079. 분자 주조에서 작업 아래 미국 부의 에너지 계약 번호를 지원 했다 드-AC02-05CH11231입니다. 우리 또한 그들의 도움에 대 한 수잔 M. Kosina, 캐서린 루이, 벤자민 P. 보 웬과 로렌스 버클리 국립 연구소에서 벤자민 제이 콜을 감사합니다.

주의:이 프로토콜은 유해 화학 물질, 날카로운 물체, 전기 장치, 핫 객체, 및 상해에서 발생할 수 있는 다른 위험의 사용을 포함. 적절 한 개인 보호 장비 (PPE, 예., 화학적으로 저항 하는 장갑, 안전 안경, 연구실 코트, 긴 옷, 폐쇄 터진 신발, 등.) 착용 되어야 한다, 및 적절 한 안전 절차 (안전 교육, 연기 후드의 사용 등) 따라야 한다.
1. EcoFAB 장치 제작: PDMS 레이어 (그림 2 및 그림 3) 주조
<ol><li>EcoFAB 금형 (설계 파일에서 사용할 수 있습니다 3 차원 인쇄 기술을 사용 하 여 구성. 세 부분을 포함 하는 각 형: 캐스팅 프레임, 추천된 몰드 베이스 및 삽입, 그림 2와 같이. 몰드 베이스를 인쇄 하 고 플라스틱 3D 프린터를 사용 하 여 엄밀한 불투명 광에서 삽입. 100 µ m 해상도의 최소를 활용 하 고 아크릴로 니트 릴 부 타 디 엔 스 티 렌 (ABS)와 함께 캐스팅 프레임 인쇄.</li>
	<li>일회용 1 L 용기에 경화제와 실록 산 고무 베이스의 40 mL를 혼합. 원하는 실험 (2.1, 2.2 단계)에 따라 자료/경화제 (5:1, 15:1, 또는 30: 1) 탄성 중합체의 다른 비율 (v/v)을 사용 합니다. 1.3 1.8에 혼합물의 모든 종류에 대 한 단계를 진행 합니다. 주의: 화학적으로 저항 하는 장갑, 안전 안경, 및 다른 PPEs 착용.</li>
	<li>고무 혼합물에서 기포를 제거 하려면 적어도 30 분 동안 진공 챔버에 컨테이너를 놓습니다.</li>
	<li>조립된 3 차원 인쇄 된 플라스틱 금형 (그림 3A)에 혼합물을 부 어 하 고 4 h (그림 3B) 85 ° C에서 난방 블록에 금형을 유지. 주의: 화상을 피하기 위해 보호구를 착용 하십시오.</li>
	<li>금형을 하자 5 분에 대 한 진정. 다음 금형에서의 삽입을 부드럽게 꺼내 (그림 3C), 유틸리티 나이프 PDMS (응고 고무 혼합물) 그들 (그림 2D)을 분리 하 고 주조 프레임 사이 천천히 삽입.</li>
	<li>금형 주조 프레임 (그림 3E)에서 PDMS를 베이스를 누릅니다. 부드럽게 가장자리 (그림 3 층), 몰드 베이스에서 PDMS 레이어를 분리 하는 칼 또는 다른 도구를 사용 하 고 천천히 껍질 그것을 금형 표면 (그림 3)에서.</li>
	<li>입구를 만들고 ~1.6 m m 구멍 입구 및 출구 포트는 15 여 PDMS 레이어에 콘센트 채널 측정 무딘 바늘 (그림 3 H, I). 참고: 표준 몰드는 입구 및 출구 포트, 와이드 콘센트 형만 입구 포트 (그림 3 H, I) 필요.</li>
	<li>가 위를 사용 하 여 PDMS 레이어. 의 가장자리를 트림 참고: 트림된 PDMS 레이어 m m x 51mm 사각형 작은 EcoFAB 장치에 대 한 ≥76 및 큰 EcoFAB 장치에 대 한 직사각형 83 m m x ≥102 이어야 한다.</li>
</ol>2. EcoFAB 장치 제작: 현미경 슬라이드 (그림 3 및 그림 4)에 레이어 PDMS를 화학적으로 연결
<ol><li>영구적으로 현미경 슬라이드 PDMS 레이어를 결합<ol>
<li>린스 (게 15:1 고무의 기본 치료 에이전트 혼합물) PDMS 층과 7.6 × 5 cm 현미경 접합 측면 메탄올을 가진 슬라이드와 다음 날 려 건조 압축 공기 또는 초 순수 질소 총. 주의: 메탄올 독성이 있다. 증기 두건 및 보호 눈 덮개, 장갑 및 다른 PPEs 착용 합니다.</li>
		<li>현미경 슬라이드 및 PDMS 층에 자리는 플라즈마 청소기의 접합 면을 향하도록 (그림 3J)와 함께. 플라즈마 클리너를 사용할 수 없는 경우 2.2 단계로 건너뜁니다.</li>
		<li>챔버와 청소기, 플라즈마의 가스 배출 밸브를 닫고 진공 및 펌프 챔버 내려 1 분 동안.</li>
		<li>플라즈마 발생기의 전원 켜고 1 분에 대 한 무선 주파수 (RF) 수준 "안녕하세요"에 전환.</li>
		<li>진공 펌프와 플라즈마 전원 끄고 챔버 분위기를 환기.</li>
		<li>플라즈마 챔버에서 현미경 슬라이드 및 PDMS 층 밖으로 하 고 신속 하 게도 압력 (그림 3 L) 슬라이드에 PDMS 층의 모든 4 개의 가장자리를 누릅니다. PDMS 계층 (루트 챔버)의 센터 타원형 영역 슬라이드를 만지지 않는다 다는 것을 확인 하십시오.</li>
		<li>20 분 추가 보안 PDMS 레이어와 현미경 슬라이드 사이의 영구 결합 블록 난방 120 ° C에 봉인 된 EcoFAB 장치를 놓습니다.</li>
		<li>장치를 하자 칼으로 PDMS 층의 5 분 여분의 가장자리에서 트림에 대 한 진정.</li>
	</ol>
</li>
	<li>현미경 슬라이드 PDMS 층의 가역 물리적 씰링<ol>
<li>씰링 기술 가역 사용자 지정 클램프 (3 차원 플라스틱 프린터 또는에서 가공된 금속, 그림으로 인쇄 하거나 그림 4에 나와 있다)의 집합을 사용 합니다.<ol>
<li>바닥판 클램프에 컷아웃으로 현미경 슬라이드를 놓고 슬라이드 위에 PDMS 레이어 (경화 에이전트 혼합물을 5:1 탄성 기지의 만든)를 정렬 합니다.</li>
			<li>톱 클램프 플레이트 PDMS 레이어를 놓습니다. 4 개의 16 진수 캡 나사, 나사는 너트에 클램프의 위쪽에서 스레드는 방향을 사용 하 여 위쪽 및 아래쪽 접시를 보호 합니다.</li>
		</ol>
</li>
		<li>현미경 슬라이드에 직접 붙는 PDMS<ol>
<li>현미경 슬라이드 위에 PDMS 레이어 (에이전트 혼합 치료에 30: 1 탄성 기지의 만든)를 배치 합니다.</li>
			<li>PDMS 레이어를 슬라이드를 누릅니다. 부드러운, 매우 접착제 PDMS 레이어 (30: 1) 클램프 (그림 3 L)에서 영구 화학 결합 또는 물리적 압박 없이 방수 물개를 창조 하는 슬라이드에 충실 해야한다.</li>
		</ol>
</li>
	</ol>
</li>
</ol>3. EcoFABs 살 균
<ol><li>EcoFAB 장치 초순 물으로 린스.</li>
	<li>EcoFAB 컨테이너에서 한 EcoFAB 장치를 놓고 장치 빠져들 때까지 70% 에탄올을 추가 합니다. 컨테이너 뚜껑 닫고 젖은 에탄올과 내 모든 서피스를 부드럽게 흔들어. EcoFAB 장치의 루트 성장 챔버 에탄올, 아주 몇몇으로 채워집니다 또는 공기 거품 다는 것을 확인 하십시오.</li>
	<li>실 온에서 30 분 부 화, 후 부 어 70% 에탄올, 고 5 분 동안 100% 에탄올과 외피를 반복 합니다.</li>
	<li>에탄올, 밖으로 배수 및 완전히 말리는 것을 층 류 두건에 16 h에 대 한 멸 균된 EcoFAB를 품 어. 가능한 경우, UV 빛 1 h 후드 내에서 설정 하 여 시스템을 소독. 주의: 작업 자외선 불빛을 할 때 적절 한 보호구를 착용 하십시오.</li>
	<li>살 균 후드 또는 차후 사용을 위해 압력가 가방에 멸 균된 EcoFABs를 저장 합니다.</li>
</ol>4. EcoFABs led 성장 조명 (그림 5)
<ol><li>EcoFAB 컨테이너에 스트립 LED 연결<ol>
<li>9 LED 클립의 EcoFAB 컨테이너에 위치를 표시 합니다. 첫 번째 클립 (그림 5A), 가장자리를 따라 컨테이너의 하단에서 최대 120 m m와 함께 시작 하 고 10 m m 떨어지고 각 다음 클립 클립 위치는 컨테이너 주위 소용돌이에 밖으로 표를 진행. 컨테이너 주위에 두 번 포장 1 m LED 스트립을 허용 하는 9 클립 나선형</li>
		<li>뜨거운 접착제 각 LED 클립 클립의 장착 구멍의 위치와 정렬 컨테이너에 뜨거운 접착제의 두 dabs 추가 하 여 위치를 표시. 접착제의이 두 dabs에 클립 구멍을 눌러 다음 구멍 위에 접착제의 또 다른 덩어리를 추가 합니다. 9 클립 나선형 (그림 5B) 형성 될 때까지 모든 클립에 대 한 절차를 반복 합니다. 화상을 피하기 위해 뜨거운 접착제로 작업 하는 경우 주의: 장갑, 기타 보호구를 착용 하십시오.</li>
		<li>컨테이너에 직면 하는 Led와 LED 스트립 나선형 모양에서 클립을 통해 스레드. 스트립 두 번 원형 한다 (그림 5C).</li>
	</ol>
</li>
	<li>LED 연결 컨트롤러 (그림 5D 디스플레이 조명 조명, 컨트롤러의 프로그래밍 EcoFAB 챔버를 4.3 단계에서 설명)와 전원 공급 장치를 제거 합니다. 주의: 감전 위험: 전원 공급 전선을 연결할 때 연결 되지 않은 있는지 확인 하십시오.<ol>
<li>(회로도 컨트롤러 설치의 그림 표시 됩니다그림 5E ) 2 선 케이블을 사용 하 여 컨트롤러의 "입력:: V +" 및 "입력:: 브가-" 단자에 전원 공급의 긍정 및 부정적인 단자를 연결 합니다.</li>
		<li>컨트롤러에 대 한 "출력"로 맨 여성 케이블의 맨 끝에서 부정적인 리드를 연결 합니다. 참고: 그것은 최대 5 개의 1 m LED 스트립을 지원할 수 있다 그래서이 프로토콜에 이용 되는 컨트롤러에 5 채널 있습니다.</li>
		<li>모든 긍정적인 리드 케이블의 소형 커넥터 (해당 되는 경우 하나 이상의 채널이 필요), 접합을 연결 하 고 컨트롤러의 "출력 V +" 터미널에이 커넥터를 연결.</li>
		<li>각 LED는 그것의 자신의 채널을 제어할 수 있도록 케이블의 여성 끝에 각 LED 스트립을 연결 합니다. 원하는 경우 여성-남성 케이블 사용 하 여 범위를 확장.</li>
	</ol>
</li>
	<li>제조업체의 지침에 따라 원하는 라이트 사이클에 대 한 컨트롤러 프로그램</li>
</ol>5. EcoFABs에 성장 하는 식물
<ol><li>종자 살 균 및 발 아 참고: 종자 살 균과 모와 모든 다음 단계는 무 균 조건에서 수행 되어야 합니다. 아래에 설명 하는 살 균 과정은 애기 thaliana, Avena barbata, Brachypodium distachyon, Panicum virgatum의 씨앗 적당 하다. Panicum virgatum 씨는 살 균 과정을 하기 전에 1 시간에 대 한 60% 황산에 중단 되어야 합니다. EcoFAB 장치 당 1-2 씨앗 발 아 율 및 발 아의 동질성을 고려 하 고 준비 하는 것이 좋습니다.<ol>
<li>2 분 동안 70% 에탄올에 씨앗을 담가.</li>
		<li>피 펫와 에탄올을 제거 하 고 세 번 살 균 물으로 종자를 헹 굴.</li>
		<li>5 분 동안 10% 표 백제 솔루션에서 씨앗을 둡니다.</li>
		<li>표 백제 솔루션을 제거 하 고 철저 하 게 세척 살 균 수를 사용 하 여 세 번 씨앗.</li>
		<li>씨앗에 메 마른 물을 추가 하 고 7 일 동안 4 ℃ 냉장고에 microcentrifuge 튜브를 품 어.</li>
		<li>균등 하 게 phytagel 0.6%와 0.5 重 & Skoog (MS) 매체에 씨앗을 확산 하 고 작은 세공 테이프와 접시를 봉인.</li>
		<li>루트 길이 약 5 m m EcoFABs (그림 6A)에의 하는 식물을 성장. 제시 하는 실험에 대 한 여기, 16 h 빛/8 h 어두운 조명 정권 22 ° C 성장 챔버에 적용 하 고 식물을 품 어 EcoFAB ( Avena barbata 와 Brachypodium distachyon, 애기에 대 한 한 일에 전에 2-7 d thaliana 및 Panicum virgatum).</li>
	</ol>
</li>
	<li>EcoFABs 액체 매체 (그림 6)와 묘 전송<ol>
<li>무 균 주사기 또는 micropipette 사용 하, 3 시간, 살 균 물 EcoFAB 장치의 루트 챔버를 플러시 하 고 관심, 예를 들어 0.5 MS 매체 (그림 6B, 단계 5.1.6)의 성장 매체와 루트 챔버를 입력.</li>
		<li>신중 하 게 EcoFAB 장치 (그림 6 c)의 공장 저수지에 하나의 경종을 삽입 합니다. 참고: 루트 해야 합니다 수 완전히 침수 루트 챔버 내부 저수지 튀어나와 촬영으로.</li>
		<li>EcoFAB 장치를 피하고 컨테이너에 살 균 물 3 mL를 추가 합니다. 이 습도 증가 하 고 루트 챔버에서 매체의 증발을 줄일 것 이다.</li>
		<li>컨테이너, 닫고 작은 세공 테이프 (그림 6D) 뚜껑을 밀봉 합니다.</li>
		<li>식물 배양 기에는 EcoFAB를 배치 하거나 사용 하는 각 공장 (4 단계)의 성장에 적합 한 제어 온도 환경에서 EcoFAB 조명 시스템. 이 연구를 위해 설정 챔버 24 ° c</li>
		<li>주기적으로 성장 미디어 루트 성장 챔버 내부를 리필 하 여 컨테이너에 물을 추가 EcoFAB를 확인 하십시오. 무 균 조건에서 모든 단계를 수행 합니다. 참고: 초기 식물 성장 단계에 대 한 루트 성장 챔버의 채우는 필요한 모든 5 ~ 7 일입니다. 나중의 성장 단계에 대 한를 채우는 필요한 모든 2 ~ 3 일입니다. 원하는 경우를 사용 하 여 주사기 또는 피 펫 microcentrifuge 튜브에 루트 성장 챔버 로부터 루트 exudate 솔루션을 수집 하 고;-80 ° C 냉장고에 저장 또한, 루트 형태학 젤 영상 또는 현미경 이미지.</li>
	</ol>
</li>
	<li>EcoFABs 고체 기판으로 묘 전송<ol>
<li>(그림 3 K, 그림 4); 현미경 슬라이드에 연결할 사용자 지정 클램프의 집합을 사용 하는 경우 5:1 혼합 고무 경화제를 기본 조작 루트 챔버를 사용 하 여 또는 PDMS 레이어 만든 30: 1의 기본 PDMS 레이어 직접 (에 설명 된 대로 단계 2.2) 슬라이드를 준수 하는 경우 에이전트 혼합 치료를 선택 합니다.</li>
		<li>3 단계에서 설명한 대로 EcoFAB 챔버를 소독.</li>
		<li>신중 하 게 루트 챔버로 멸 균된 토양/모래를 추가 하 고 거꾸로, PDMS 레이어를 설정 하 고, 기판 루트 챔버에 추가. 이후이 접착을 감소 시킬 것 이다 현미경 슬라이드 접촉 될 지역에 있는 미 립 자가 하지 마십시오.</li>
		<li>현미경 슬라이드 PDMS 레이어 위에 놓고 모든 가장자리를 단단히 누르십시오. 아무 토양/모래 여 저수지에서 폭포를 신중 하 게 EcoFAB 장치를 플립. 참고: EcoFAB 장치에 게 5: 1의 기본 에이전트 혼합 치료, 인감을 확보 하 여 사용자 지정 클램프를 사용 합니다.</li>
		<li>액체 매체 또는 EcoFAB 장치의 입구 또는 출구 채널을 통해 물 흐릅니다 그리고 단계 3.3에에서 설명 된 대로 그것의 식물 저수지에는 종묘를 전송.</li>
	</ol>
</li>
	<li>EcoFABs로 미생물을 추가<ol>
<li>미생물 식민지 파운드 국물의 8 mL와 인큐베이션 튜브 전송 OD 0.5 (약 12 h)를 성장 하 고.</li>
		<li>15 mL 원심 분리기 관으로 문화 솔루션을 전송 하 고 작은 미생물을 3000 x g에 5 분 동안 상 온에서 원심.</li>
		<li>상쾌한, 제거 하 고 대상 EcoFAB에에서 사용 되는 식물 성장 매체의 8 mL을 추가. 미생물의 펠 릿을 일시 중단 하 고 원심 3000 x g에 5 분 동안 실내 온도에 튜브.</li>
		<li>5.4.3 단계를 반복 합니다. 두 번 완전히 제거 하려면 파운드 영양소 추적 합니다.</li>
		<li>그것의 광학 조밀도 600에서 약 0.5까지 씻어 미생물 펠 릿 식물 성장 매체 추가 nm.</li>
		<li>EcoFAB 콘센트를 통해 루트 챔버에 미생물 솔루션의 20 µ L를 추가 합니다. 이 발행물에 사용 되는 종자 식물 뿌리의 2-3 일, 그리고 시작된 식민지 루트 표면 내 여행.</li>
		<li>Chemiluminescent 설계, 대 한 유도 luciferase 식 식물 성장 매체에서 유도 (1 mM IPTG)를 포함 해야 합니다.</li>
	</ol>
</li>
</ol>6. 대사 산물 루트 Exudates EcoFABs에서의 프로 파일링
<ol><li>LC/MS에 대 한 샘플 준비 대사체학 분석을 기반으로<ol>
<li>루트 exudates는 lyophilizer에서 EcoFABs에서 수집 된 microcentrifuge 튜브를 넣고 튜브에서 모든 물을 제거를 lyophilizer 설정.</li>
		<li>각 관으로 LC MS 학년 메탄올의 300 µ L을 추가 하 고 30 분 동안 sonicate. 주의: 메탄올 작업 시 보호구 착용.</li>
		<li>원심 분리기에 튜브를 배치 하 고 5 분 동안 3000 x g에서 원심.</li>
		<li>새로운 microcentrifuge 튜브 표면에 뜨는 솔루션을 전송 하 고 진공 집중 장치에서 메탄올을 증발.</li>
		<li>각 관에 1mm LC-MS 내부 기준으로 메탄올의 150 µ L을 추가 하 고 12 h 동안 4 ℃ 냉장고에 튜브를 품 어.</li>
		<li>5 분 동안 3000 x g에서 튜브 원심 고는 상쾌한 0.22 μ m 필터 튜브로 전송.</li>
		<li>원심 필터 튜브, 그리고 삽입의 200 µ L와 2.0 mL LC/MS 튜브에 필터링된 솔루션을 전송.</li>
		<li>LC/MS 랙 내부 튜브를 배치 하 고 LC/MS 자동 샘플러 내부 랙 로드.</li>
	</ol>
</li>
	<li>데이터 분석<ol>
<li>대사 산물 아틀라스와 사용자 지정 파이썬 스크립트26 의 접근 하거나 다른 데이터 분석 소프트웨어를 사용 합니다.</li>
		<li>대사 산물 m에 따라 식별 / 대사 산물 표준 라이브러리를 사용 하 여z 값, 보존 기간 및 복합 조각화 패턴. 27
</li>
	</ol>
</li>
</ol>7. 대량 분 광 이미징 EcoFABs (그림 7)에서 식물 뿌리의
참고: 사용자 지정 클램프 (그림 7A) 에이전트 혼합 치료에 기본 5:1 고무의 만든 EcoFAB 장치 루트 nanostructure 초기자 질량 분석 (NIMS) 칩,,2829,30에 스탬프 사용 됩니다. 이후 PDMS 레이어를 반대로 NIMS 칩의 표면에 접착 될 수 있다.
<ol><li>1 시간에 대 한 자외선과 NIMS 칩 표면 소독.</li>
	<li>인큐베이터에서 성장 식물을 가진 EcoFAB를 선택 하 고 메 마른 후드에.</li>
	<li>EcoFAB 컨테이너를 열고 클램프의 상단 플레이트를 제거 합니다.</li>
	<li>공장 내부, 함께 PDMS 레이어를 들어올린 NIMS 칩 (그림 7BD, E)에 식물을 가진 PDMS 레이어를 신중 하 게 연결. 참고: 일단 루트 NIMS 칩 표면 접촉, 그것 하지 수 이동 해야 합니다. 이 루트 대사 산물의 "번짐"을 방지할 수 있습니다.</li>
	<li>부드럽게 눌러 PDMS 층을 통해 뿌리에 뿌리는 완전히 NIMS 표면 접촉 될 때까지. 20 분 NIMS 표면에 뿌리를 둡니다.</li>
	<li>PDMS 레이어 NIMS 칩, 다시 피하는 NIMS 표면에서 이동 하는 루트에서에서 식물을 포함 하 여 들어올립니다. 원하는 경우 클램프에 공장을 반환 합니다.</li>
	<li>사용자 지정 MALDI 격판덮개에 NIMS 칩을 부착 하 고 질량 (그림 ℃) 이미징 MALDI 분석기에 접시를 로드.</li>
	<li>OpenMSI 프로그램을 사용 하 여 루트 대사 (그림 7D-G)31의 NIMS 이미지 생성.</li>
</ol>

<ol>
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USA. 114 (17), 4549-4554 (2017).</li><li>Sanati Nezhad, A., Naghavi, M., Packirisamy, M., Bhat, R., Geitmann, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantification+of+cellular+penetrative+forces+using+lab-on-a-chip+technology+and+finite+element+modeling.">Quantification of cellular penetrative forces using lab-on-a-chip technology and finite element modeling.</a> P Natl. Acad. Sci. USA. 110 (20), 8093-8098 (2013).</li><li>Jiang, H., Xu, Z., Aluru, M. R., Dong, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plant+chip+for+high-throughput+phenotyping+of+Arabidopsis.">Plant chip for high-throughput phenotyping of Arabidopsis.</a> Lab Chip. 14 (7), 1281-1293 (2014).</li><li>Parashar, A., Pandey, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plant-in-chip:+Microfluidic+system+for+studying+root+growth+and+pathogenic+interactions+in+Arabidopsis.">Plant-in-chip: Microfluidic system for studying root growth and pathogenic interactions in Arabidopsis.</a> Appl. Phys. Lett. 98 (26), 263703 (2011).</li><li>Busch, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+microfluidic+device+and+computational+platform+for+high-throughput+live+imaging+of+gene+expression.">A microfluidic device and computational platform for high-throughput live imaging of gene expression.</a> Nat Methods. 9 (11), 1101-1106 (2012).</li><li>Grossmann, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+RootChip:+An+Integrated+Microfluidic+Chip+for+Plant+Science.">The RootChip: An Integrated Microfluidic Chip for Plant Science.</a> Plant Cell. 23 (12), 4234-4240 (2011).</li><li>Aufrecht, J. A., Ryan, J. M., Hasim, S., Allison, D. P., Nebenf&#252;hr, A., Doktycz, M. J., Retterer, S. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+the+Root+Hair+Morphology+of+Arabidopsis+Seedlings+in+a+Two-layer+Microfluidic+Platform.">Imaging the Root Hair Morphology of Arabidopsis Seedlings in a Two-layer Microfluidic Platform.</a> J. Vis. Exp. (126), (2017).</li><li>Garvin, D. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+Genetic+and+Genomic+Research+Resources+for+Brachypodium+distachyon,+a+New+Model+System+for+Grass+Crop+Research.">Development of Genetic and Genomic Research Resources for Brachypodium distachyon, a New Model System for Grass Crop Research.</a> Crop Sci. 48 (Supplement_1), S69-S84 (2008).</li><li>Lisensky, G. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Replication+and+Compression+of+Surface+Structures+with+Polydimethylsiloxane+Elastomer.">Replication and Compression of Surface Structures with Polydimethylsiloxane Elastomer.</a> J. Chem. Educ. 76 (4), 537 (1999).</li><li>Friend, J., Yeo, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fabrication+of+microfluidic+devices+using+polydimethylsiloxane.">Fabrication of microfluidic devices using polydimethylsiloxane.</a> Biomicrofluidics. 4 (2), 026502 (2010).</li><li>Yao, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+Metabolomics+Datasets+with+High-Performance+Computing+and+Metabolite+Atlases.">Analysis of Metabolomics Datasets with High-Performance Computing and Metabolite Atlases.</a> Metabolites. 5 (3), 431-442 (2015).</li><li>Sumner, L. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proposed+minimum+reporting+standards+for+chemical+analysis+Chemical+Analysis+Working+Group+(CAWG)+Metabolomics+Standards+Initiative+(MSI).">Proposed minimum reporting standards for chemical analysis Chemical Analysis Working Group (CAWG) Metabolomics Standards Initiative (MSI).</a> Metabolomics. 3 (3), 211-221 (2007).</li><li>Gao, J., de Raad, M., Bowen, B. P., Zuckermann, R. N., Northen, T. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+Black+Silicon+for+Nanostructure-Initiator+Mass+Spectrometry.">Application of Black Silicon for Nanostructure-Initiator Mass Spectrometry.</a> Anal. Chem. 88 (3), 1625-1630 (2016).</li><li>Gao, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Morphology-Driven+Control+of+Metabolite+Selectivity+Using+Nanostructure-Initiator+Mass+Spectrometry.">Morphology-Driven Control of Metabolite Selectivity Using Nanostructure-Initiator Mass Spectrometry.</a> Anal. Chem. 89 (12), 6521-6526 (2017).</li><li>Woo, H. -. K., Northen, T. R., Yanes, O., Siuzdak, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nanostructure-initiator+mass+spectrometry:+a+protocol+for+preparing+and+applying+NIMS+surfaces+for+high-sensitivity+mass+analysis.">Nanostructure-initiator mass spectrometry: a protocol for preparing and applying NIMS surfaces for high-sensitivity mass analysis.</a> Nat. Protoc. 3 (8), 1341-1349 (2008).</li><li>R&#252;bel, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=OpenMSI:+A+High-Performance+Web-Based+Platform+for+Mass+Spectrometry+Imaging.">OpenMSI: A High-Performance Web-Based Platform for Mass Spectrometry Imaging.</a> Anal. Chem. 85 (21), 10354-10361 (2013).</li><li>L&#243;pez-Bucio, J., Cruz-Ram&#305;&#769;rez, A., Herrera-Estrella, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+nutrient+availability+in+regulating+root+architecture.">The role of nutrient availability in regulating root architecture.</a> Curr Opin Plant Biol. 6 (3), 280-287 (2003).</li><li>Lynch, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Steep,+cheap+and+deep:+an+ideotype+to+optimize+water+and+N+acquisition+by+maize+root+systems.">Steep, cheap and deep: an ideotype to optimize water and N acquisition by maize root systems.</a> Ann. Bot. 112 (2), 347-357 (2013).</li><li>Rell&#225;n-&#193;lvarez, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GLO-Roots:+an+imaging+platform+enabling+multidimensional+characterization+of+soil-grown+root+systems.">GLO-Roots: an imaging platform enabling multidimensional characterization of soil-grown root systems.</a> eLife. 4, e07597 (2015).</li><li>Kamilova, F., Validov, S., Azarova, T., Mulders, I., Lugtenberg, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enrichment+for+enhanced+competitive+plant+root+tip+colonizers+selects+for+a+new+class+of+biocontrol+bacteria.">Enrichment for enhanced competitive plant root tip colonizers selects for a new class of biocontrol bacteria.</a> Environ. Microbiol. 7 (11), 1809-1817 (2005).</li><li>Klitgaard, A., Nielsen, J. B., Frandsen, R. J. N., Andersen, M. R., Nielsen, K. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Combining+Stable+Isotope+Labeling+and+Molecular+Networking+for+Biosynthetic+Pathway+Characterization.">Combining Stable Isotope Labeling and Molecular Networking for Biosynthetic Pathway Characterization.</a> Anal. Chem. 87 (13), 6520-6526 (2015).</li></ol>

저자는 공개 없다.

프로토콜 보고 여기 생태계 제조를 사용 하 여 만드는 EcoFABs 매우 통제 된 실험실 조건에서 생물학 연구 체계적인 공장 커뮤니티 리소스 제공. 3D 인쇄에 발전 구성 하 고 EcoFAB 디자인을 반복적으로 정제에 대 한 광범위 하 게 액세스할 수 있는 기술을 제공 합니다. 여기에 제시 된 루트 챔버 현미경 이미징 및 불 임, 식물-미생물 상호작용을 조사 하기 위해 미생물의 제어 추가 사용을 유지 수 발견 된다. EcoFAB 플랫폼은 다양 한 식물 종에 호환 됩니다. 그것은 좁은 루트 챔버 내 식물을 성장 하는 추가 실험 자연 환경에서 성장 하는 식물에 연구 결과 일반화 하는 데 필요한 것입니다 그런의 생리 적 효과 인식 해야 합니다.
살 균 챔버와 LED 성장 빛의 사용 파장, 강도와 기간, 식물의 성장과 동시에 관련 된 생리 적 매개 변수를 포함 하 여 다양 한 조명 조건, 효과의 조사 수 있습니다. 가역 결합 루트 챔버 공간 생화학 및 유전 분석을 위한 고체 샘플을 수집으로 뿐만 아니라 고체 기판의 사용을 허용 합니다. 토양, 모래, 석 영 구슬 등 고체 기판의 응용 프로그램 EcoFABs를 사용 하 여 생태학적으로 관련 실험실 생태계 구축의 가능성을 제공 합니다. 그러나, 여기에 제시 된 사용 포화 액체 (수경 문화) 대부분 토양의 정확 하 게 반영 되지 않은 중요 한 것 더 모든 시스템 그들은 더 나은 대표는 토양 내의 공기 주머니를 유지 하기 위해 이러한 디자인 수정 자연 토양
간단한 카메라와 현미경을 사용 하 여 이미지 루트 시스템 형태 개발 모두 대량 세포 수준에서 설명 되어 있습니다. 이 적합성 모니터링 루트 형태학 이미징 및 정량화에 대 한 식물 생리 및 분자 신호 공장 genotypic adaptions 성장 조건에 의해 실행의 규제 메커니즘을 이해 하는 데 도움이 됩니다. 그러나, 생리 루트 개발 공부에 대 한 제한은 EcoFAB 장치의 현재 가로 배치입니다. 자연적인 환경에서 뿌리 gravitropic 응답 루트 시스템의 주로 수직 개발을 리드. 따라서, 및 자연 환경에서 몇 가지 요인에 다릅니다 가능성이 여기에 제시 된 수평 시스템 루트 챔버의 수직 위치와 EcoFAB 시스템의 제작은 미래 EcoFAB 버전에 대 한 바람직한 목표. 현재 EcoFAB 장치는 가로로 배치는, 비록 루트 형태학 매개 변수 다양 한 조건에서 또는, 미생물에 대 한 응답에서의 분석 가능 하다. 고해상도 이미지 캡처 단일 격리 또는 부품 다양 한 영양소 충분 하 고 부족 한 조건에서 식민지는 어떤 식물에 대 한 정보를 제공 하는 커뮤니티의 루트 식민 역학 적용할 수 있습니다. 그것은 이러한 연구 결과 식물 microbiomes 조립 방법, 그리고 이러한 역학 시간에 따라 변경 하는 방법에 중요 한 새로운 통찰력을 제공할 것입니다 예상, 뿌리로 예 개발.
미세 장치 사용 매우 어린 식물의 이미지 그리고 일반적으로 수집 하는 대사 산물의 양을 LCMS 분석에 대 한 충분 하지 않습니다. 토양 기반 시스템 rhizotrons, chemiluminescent 구문 (Glo-루트) 또는 NMR 기반 방법33,34중 식물 변형 때 루트 형태학의 이미지를 허용 한다. 이러한 시스템에서 대사 산물 기사는 대용량 샘플의 시간이 소요 됩니다. EcoFABs는 둘 다의 조합: 제조 미세 소자와 비슷합니다. EcoFABs는 간단 하 고 재현, 저렴 한 설계 되었습니다 하지만 작은 또는 큰 루트 시스템, 그들의 생식 단계와 식물을 성장 챔버의 크기를 조정할 수 있습니다. 루트 형태 변화와 루트 나옴의 동시 관측 가능 하다. 시스템은 살 균, 특정 미생물의 제어 추가 가능.
EcoFABs는 제어 소개 및 미생물 대사 산물의 샘플링 수 있도록 설계 되었습니다. 특히, 루트 성장 약 실에서 수집 된 샘플은 대량 분 광 대사 산물 프로 파일링에 대 한 충분 한 것 발견 된다. 질량 분석 이미징의 통합 (예., NIMS 기술은 여기에 제시 된) 루트 시스템의 대사 산물 공간 분포의 비 파괴적인 접근 방식을 제공 합니다. 이 기술은 도움이 미래에 안정 동위 원소 추적 실험 및 특정 대사 산물36매핑 미생물 지역화 됩니다. 이 프로토콜은 단일 격리를 중점적으로, 동일한 디자인은 더 복잡 한 사회에 대 한 확실히 사용할 수 있습니다. 샘플 볼륨 및 바이오 매스는 EcoFABs 내의 DNA 시퀀싱 기술의 더 통합에 대 한 충분 한 이상,이 중요 한 것 특성화 및 미생물 지역 사회 구조와 유전자 식 모니터링을 높습니다.
결론적으로,이 프로토콜 내용을 쉽게 구현 하 고 확장할 수 주위 연구자에 의해 간단 하 고 접근 방법에 중점을 두고 식물 세균 상호 작용의 수사를 위한 실험실 생태계의 제조는 세계입니다. 현재 노력 각 EcoFAB 것 이다는 독립적으로 제어 빛과 온도 실험실 및 온도 제어 시스템의 통합 간의 재현성을 보여주는 겨냥 된다. 자동된 샘플링의 통합과 관련 공장 microbiomes EcoFABs 내의 설정 재현 가능한 프로토콜의 개발과 EcoFAB 루트 챔버의 채우는 시스템의 더 발전 될 것입니다.

농업에 유익한 식물 미생물의 응용 프로그램 지속 가능한 식품 및 바이오 연료 생산 증가 인구1,2,,34에 대 한 제공을 증가를 큰 잠재력을 제공 합니다. 작업의 상당한 양의 식물 양분 통풍 관, 스트레스, 관용 그리고 질병5,6,,78저항에에서 식물 microbiomes의 중요성을 지원합니다. 그러나, 그것은 필드 생태계의 복잡성 및 관련 된 irreproducibility과 미생물 구성 및 유전학을 정확 하 게 제어 하는 무 능력 때문에 식물-미생물 상호작용의 이러한 메커니즘을 조사 어렵다 (예., 사용 미생물 돌연변이)4,,910.
한 전략 수 있도록 단순화 된 모델 생태계를 구성 하는 제어, 복제 된 실험실 실험 조사 식물-미생물 상호작용 추가 필드10,11, 테스트할 수 있는 통찰력을 생성 하 12. 이 개념은 토양 가득 냄비에 성장 하는 식물을 사용 하 여 전통적인 접근에 또는 온실 또는 incubators13내 한 석판에 빌드합니다. 이러한 가능성이 남아 있지만 가장 널리 사용 되는 방법, 그들은 정확 하 게 모니터링 하 고 식물 성장 환경 조작 능력 부족. 이 끝을 rhizoboxes와 rhizotrons 주요 개선 아래 지상 프로세스14,15, 공부 하는 능력에 나타내고, 토양16rhizosphere 대사 산물을 분석 하기 위한 첫 번째 프로토콜 출판 되었다. 더 최근에, 높은 처리량 분석을 사용 하려면 고급 미세 장치13,17 공장 칩18,19,20, RootArray 및 RootChip21, 같은 되었습니다. 액체 흐름 중간에 작은 모델 식물 애기 thaliana 의 초기 성장 단계를 모니터링할 마이크로미터 스케일 공간 분해능 식물 형질에 대 한 효율적인 도구 개발. 최근, 2 층 영상 플랫폼 미세 플랫폼22묘 종 단계에서 애기 thaliana 의 루트 머리 이미징 수 있도록 설명 했다.
여기, 제어 실험실 장치 (EcoFABs)을 건설 하기를 위한 상세한 프로토콜 제공, 식물 세균 상호 작용을 연구 하 고 공연에 대 한 애기 thaliana, Brachypodium 포함 하 여 식물을 그들이 사용할 수 있는 다양 한 공부 하는 distachyon23, 생태학적으로 중요 한 야생 귀리 Avena barbata 고 bioenergy 작물 Panicum virgatum (switchgrass). EcoFAB는 두 가지 기본 구성 요소를 포함 하는 메 마른 식물 성장 플랫폼: EcoFAB 장치 및 살 균 식물 크기의 투명 한 컨테이너. 장치 제조 캐스팅 PDMS를 포함 하는 프로세스입니다 (PDMS)에서 만든 EcoFAB 3D 인쇄 된 플라스틱 몰드에서 레이어 및24,25 보고 메서드를 사용 하 여 이전 하는 현미경 슬라이드 위에 PDMS 레이어를 결합 . 이 프로토콜 (그림 1)에서 EcoFAB 워크플로, 장치 제조, 살 균, 종자 발 아, 모 종 이식, 미생물 접종/cocultivation, 샘플 준비, 분석, 등의 세부 절차를 설명 합니다. 기본 워크플로 추가 수정 설명, LED 성장 조명 및 고체 기판의 활용 제어 컴퓨터의 설치를 포함 하 여. 이미징 루트 형태 조사 기법 활용, 미생물 식민 뿌리의 변화와 루트 exudates의 대량 분 광 이미징 설명 되어 있습니다. 우리 여기, 상세한 프로토콜 뿐만 아니라 쉽게 사용할 수 있는 재료에 따라 단순, 저렴 한 디자인 커뮤니티 리소스에 EcoFAB 플랫폼을 돌 것 이다 실험실 식물-미생물 연구 표준화 예상.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>3D printed custom mold</td>
			<td>LBNL</td>
			<td></td>
			<td>STL files available here www.eco-fab.org; The EcoFABs molds described here were printed by FATHOM: http://studiofathom.com</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dow sylgard 184 silicone elastomer clear kit</td>
			<td>Ellsworth Adhesives</td>
			<td>184 SIL ELAST KIT 0.5KG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Air duster spray</td>
			<td>VWR</td>
			<td>75780-350</td>
			<td>any compressed gas duster should work</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>15 gauge blunt needle</td>
			<td>VWR</td>
			<td>89166-240</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5 mL syringe with Luer-Lok Tip</td>
			<td>VWR</td>
			<td>BD309646</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3&#8221;x2&#8221; microscope glass slide</td>
			<td>VWR</td>
			<td>48382-179</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1.75&#34; x 2.56&#34; x 3.56&#34; EcoFAB box</td>
			<td>Amazon</td>
			<td>B005GAQ25Q</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4&#8221; x 3 &#188;&#8221; microscope glass slide</td>
			<td>Ted Pella</td>
			<td>260231</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4.87&#34; x 4.87&#34; x 5.50&#34; EcoFAB box</td>
			<td>Amazon</td>
			<td>B00P9QVOS2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plasma Cleaner</td>
			<td>Harrick Plasma</td>
			<td>PDC-001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3D printed custom clamp</td>
			<td>LBNL</td>
			<td></td>
			<td>STL files available from Trent Northen&#39;s lab</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile hood</td>
			<td>AirClean&#160;Systems</td>
			<td>AC600 Series PCR Workstations</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PTFE syringe tubing</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>Z117315-1EA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethanol</td>
			<td>VWR</td>
			<td>89125-172</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bleach</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Murashige and Skoog (MS) Macronutrient Salt Base</td>
			<td>Phytotechnologies Laboratories</td>
			<td>M502</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Murashige and Skoog (MS) Micronutrient Salt Base</td>
			<td>Phytotechnologies Laboratories</td>
			<td>M554</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Soil</td>
			<td>Hummert International</td>
			<td>Pro-Mix PGX</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phytagel</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>71010-52-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Arabidopsis thaliana</td>
			<td>Lehle Seeds</td>
			<td>WT-24 Col-4 Columbia wild type</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Brachypodium distachyon</td>
			<td>LBNL</td>
			<td>Standard Bd-21 line</td>
			<td>Available from John Vogel&#39;s lab</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Panicum virgatum</td>
			<td>The Samuel Roberts Noble Foundation</td>
			<td>Alamo switchgrass</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropore tape</td>
			<td>VWR</td>
			<td>56222-182</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LC-MS grade methanol</td>
			<td>VWR</td>
			<td>JT9830-3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lyophilizer</td>
			<td>LABCONCO</td>
			<td>FreeZone 2.5 Plus</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SpeedVAC concentrator</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>Savant&#8482; SPD111 SpeedVac</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ultrafree-MC GV Centrifugal Filter-0.22 &#181;m</td>
			<td>Millipore</td>
			<td>UFC30GV00</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Liquid chromotography system</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>Agilent 1290 LC system</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Q Exactive mass spectrometer</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>Q Exactive&#8482; Hybrid Quadrupole-Orbitrap MS</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NIMS chip and custom MALDI plate</td>
			<td>LBNL</td>
			<td></td>
			<td>For detailed protocol see: doi:10.1038/nprot.2008.110</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MALDI mass spectrometer</td>
			<td>AB Sciex</td>
			<td>TOF/TOF 5800 MALDI MS</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nano-coated LED grow light strip</td>
			<td>LED World Lighting</td>
			<td>HH-SRB60F010-2835</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Power supply</td>
			<td>LED World Lighting</td>
			<td>MD45W24VA, LV100-24N-UNV-J</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TC420 controller</td>
			<td>Amazon</td>
			<td>B0197U7R8Q</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Silicone LED clips</td>
			<td>Amazon</td>
			<td>B00N9X1GI0</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hot glue gun</td>
			<td>Amazon</td>
			<td>B006IY359K</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Female-to-bare LED connector cable</td>
			<td>LED World Lighting</td>
			<td>HH-F05</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Female-to-male LED connector extension cable</td>
			<td>LED World Lighting</td>
			<td>HH-MF1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>20AWG 2-wire cable</td>
			<td>LED World Lighting</td>
			<td>6102051TFT4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>WAGO 221-415 Splicing Connector</td>
			<td>LED World Lighting</td>
			<td>221-415</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

ecosystem fabrication (ecofab) protocols for the construction of laboratory ecosystems designed to study plant-microbe interactions

유용 식물-미생물 상호작용 가능성이 낮은 입력 음식과 bioenergy 생산 지속 가능한 생물 학적 솔루션을 제공 합니다. 이러한 복잡 한 식물 세균 상호 작용의 더 나은 기계적 이해 잘 수행 기본 생태 조사 식물-토양-미생물 상호작용으로 공장 생산 향상에 중요 한 될 것입니다. 여기, 생태계 제조에 대 한 상세한 설명을 제시, 특정 내 식물 세균 상호 작용의 기계 론 적인 연구에 대 한 환경 제어 실험실 서식 지 (EcoFABs)을 만드는 데 널리 3D 인쇄 기술를 사용 하 여 조건입니다. EcoFABs의 2 개 크기는 애기 thaliana, Panicum virgatum, Brachypodium distachyon, 등 다양 한 식물 종으로 미생물 상호 작용의 수사를 위해 적응 되는 설명 합니다. 이러한 흐름을 통해 장치 조작 제어 및 루트 microbiomes, 루트 화학의 샘플링으로 루트 형태학 및 미생물 지역화의 이미징에 대 한 허용. 이 프로토콜 EcoFABs 내부 살 균 상태를 유지 하 고 EcoFABs에 독립적인 LED 조명 시스템을 설치에 대 한 세부 정보를 포함 합니다. 토양을 포함 한 미디어의 다른 형태의 추가 대 한 자세한 방법 모래, 액체 성장 매체 이미지를 사용 하 여 이러한 시스템의 특성을 결합 하 고 대사체학 설명. 함께, 이러한 시스템 활성화 식물과 미생물 구성 (포함 돌연변이), 식물 성장, 루트 형태학, exudate 구성, 모니터링의 조작을 포함 한 식물 미생물 컨소시엄의 역동적이 고 상세한 조사 및 제어 환경 조건 하에서 미생물 지역화입니다. 우리는 이러한 상세한 프로토콜 이상적으로 식물-미생물 상호작용 조사를 위한 표준화 된 실험적인 시스템을 돕는 다른 연구원을 위한 중요 한 출발점으로 될 것입니다 예상.

각 EcoFAB 시스템 EcoFAB 장치를 포함 하 고 식물 크기의 투명 한 플라스틱 용기. 한 EcoFAB 장치는 식물 저수지, 루트 성장 챔버, 1.6 m m 흐름 입구 및 표준 EcoFAB 장치 (그림 2D & 그림 3 H) 1.6 m m 콘센트 또는 와이드 콘센트 EcoFAB 장치 (그림 2F & 그림 3I 10 m m 콘센트 ). 공장 저수지 6 m m 최고 오프닝 및 3mm 하단 개방, 사다리꼴 형태로 설계이 디자인 액체 주입 하는 동안 흐름 누설의 기회를 감소 하 고 또한 식물의 성장 위한 충분 한 공간을 보장. 루트 성장 챔버는 그림 2C 와 E에서 같이 많은 모델 식물의 루트 시스템에 맞게 2 m m 깊이 가진 타원형 모양을 채택 한다. 영양소 솔루션 EcoFAB 컨테이너를 열지 않고 루트 성장 챔버에 흐름 수 있도록 표준 EcoFAB 장치의 입구 및 출구 채널 PTFE 배관 연결할 수 있습니다. 넓은 콘센트 EcoFAB 장치는 크게는 콘센트의 흐름 저항을 감소 하 고 복잡 한 루트 시스템은 식물에서 파생 된 후 두꺼운 루트 시스템 또는 주기적으로 수집 루트 exudates 식물을 성장 하는 때 사용 선호 됩니다.
PDMS 레이어 EcoFAB 장치의 조작에 대 한 주조 금형 설계 소프트웨어에서 생성 되 고 3D 그림 2 및 그림 3에서 같이 딱딱한 불투명 광에 인쇄 하는 다음. EcoFABs 내부 식물 긴 작업 거리를 보장은 살 균 성장 환경 (그림 8A, 보충 파일 1)를 사용 하 여 현미경으로 직접 관찰할 수 있습니다. 식물을 가진 EcoFAB 장치 또한 식물-미생물 상호작용 (그림 8B, 보충 파일 2)의 높은 해상도 이미지를 가능 하 게 고해상도 현미경 단계에 들어갈 수 있습니다. 불 임은이 환경에서 유지 되지 않습니다 그리고 고해상도 영상 이므로 끝점 측정에 적합.
EcoFABs는 그들의 라이프 사이클에 걸쳐 그들의 다른 성장 단계에서 식물, 그들의 형태학, 신진 대사, 미생물 커뮤니티 등의 체계적인 연구를 활성화 하도록 설계 되었습니다. 여기, EcoFABs는 다양 한 종의 식물을 공부 하는 일반적인 플랫폼으로 시험 되었다. 그림 8C -E 쇼 7 일 오래 된 애기 thaliana, Brachypodium distachyon, Panicum virgatum EcoFABs에서 성장. 모든 3 개의 식물은 한 달 이상 동안에 EcoFAB에서 잘 성장을 발견 했다. 모두는 dicot, 애기 thaliana 및는 monocot, Brachypodium distachyon 는 EcoFABs에 그들의 재생산 단계에 살고 발견 됐다.
시스템 씰링 가역 고체 기판의 사용을 허용 한다 (예., 토양) EcoFABs (2.2 단계) 내. 접근을 씰링이 가역 루트 성장 챔버로 고체 기판의 로드를 가능 하 게 하 고 또한 루트 rhizospheres의 특정 지역에서 샘플 컬렉션을 수 있습니다. 그림 8 층 -H 14 일 오래 된 Brachypodium distachyon 성장 수경 매체 뿐 아니라 모래 토양 수경 매체 (모래)와 물 (토양) 보충에 그룹을 표시 합니다. 루트 성장 챔버에 얇은 고체 기판 레이어 루트 시스템의 현미경 영상에 대 한 관통을 빛을 수 있습니다.
루트 형태 공간 구성 및 식물 뿌리 시스템의 배포 정의 및 영양소 또는 물 가용성32,33, 등의 다양 한 성장 환경에 필수적인 생리 반응으로 승인 되었습니다. 34. EcoFABs는 시간이 지남에 또는 다른 영양 조건 하에서 식물 형태학의 편리한 접근을 제공 합니다. 그림 9A-F EcoFABs를 사용 하 여 첫 3 주 동안에 Brachypodium distachyon 의 루트 형태학을 추적 하는 예제를 보여줍니다. Brachypodium distachyon 경종 EcoFAB 장치에 전송 했다 그리고 그것의 루트 구조 생물 라 드 젤 영상 안에 카메라에 의해 기록 되었다. 이미지 처리 프로그램, 이미지 J, 파이썬 등 matlab, 시간이 지남에 또는 다른 매체 환경에서 루트 형태학의 변화를 계량에 추가 적용할 수 있습니다. 3 주에 걸쳐 총 루트 영역의 정량화 초기 단계에서 점진적 증가 보였다 (< 1 주) 그림 9G과 같이 선형 성장 추세 3 주의 끝에 다음.
식물-미생물 상호작용을 조사 하는 EcoFAB를 생성 하는 데 기본 동기가입니다. 5.4 단계에 설명 된 대로 미생물 유입 채널을 통해 EcoFAB 장치의 루트 성장 챔버로 전송 됩니다. 그림 10 쇼, 슈 도모 나 스 simea (이전fluorescens) WCS417를 포함 하는 EcoFAB (WCS417), 식물의 성장을 추진 chemiluminescent 레이블 rhizobacteria의 농도와 식물 루트 시스템에 추가 되었습니다 식물 당 106 셀입니다. WCS417 신호 루트 성장 챔버에 WCS417 미생물의 고유한 공간 분포를 표시 하는 젤 영상으로 감지 되었습니다. 둘 다 MS 액체 매체와 모래 고체 기판 없이, WCS417 미생물 미생물 루트 팁 영역 루트 팁 (그림 10G의 활성 영양소 생산으로 인해 주위에 집중 전체 루트 시스템의 표면 식민지 & H)35. 다른 한편으로, WCS417 미생물 토양 기판에 루트 팁 (그림 10나) 대신 식물 저수지 지역 축적. 미생물은 콘센트 채널을 통해 추가 된, 미생물 토양 기판에 이동할 수 있었다 하지만 모래 없이 액체 매체에서 관찰 뿌리에 축적 하지 않았다. 이 토양은 충분 한 영양 소스, 그리고 미생물 마이그레이션 최적의 호흡 조건에 대 한 공장 저수지에 나타낼 수 있습니다.
대사 산물 식물 루트 exudates 대사 산물 통풍 관의 프로 파일링 연구 및 식물 세균 상호 작용에서 릴리스, exudate 솔루션 루트 성장 챔버에서 EcoFABs에 있는 식물의 다양 한 성장 단계에 걸쳐 수집 되었다. 6 단계에서 설명한 대로 exudate 샘플 다음 LC MS 분석을 위한 추출 됩니다. 이 메서드를 사용 하 여 식물에 의해 exuded 고 미생물 대사 산물의 범위 검색 되었습니다, 그리고 조사를 받고 현재는 미생물 식민지 없이 루트 exudates의 프로 파일링 관련된 대사 산물.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57170/57170fig1.jpg"> 그림 1:이 EcoFAB 워크플로. 식물 접시에 출 아 했다 고로 멸 균된 EcoFAB 미생물을 추가할 수 있습니다. 비파괴 샘플링: 루트 exudates 샘플링 될 수 있으며 몇 군데, 그리고 루트 형태 구상 될 수 있다. 파괴적인 샘플링 자세히 미생물, 루트 및 촬영 매개 변수의 분석을 수 있습니다.
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57170/57170fig2.jpg"> 그림 2: 3d 구성 요소 인쇄 EcoFAB 장치 제작을 위한 금형. (A) 최고와 기울이면 보기 주조 프레임. (B) 상단과 기울이면 전망 삽입의. (C) 위쪽 고 표준 몰드 베이스의 기울어진된 조회 합니다. (E) 최고와 기울이면 와이드 콘센트 형 기초의 전망. (D, F) 표준과 와이드 콘센트 EcoFAB 장치를 각각 날조를 위한 조립된 금형. 타원형 차원은 51 x 34mm 작은 EcoFAB 몰드 및 76 x 62 mm 큰 EcoFAB 형에 대 한입니다. <a href="https://cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/57170/57170fig2large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57170/57170fig3.jpg"> 그림 3: EcoFAB 장치 제작. (A) 금형에 탄성 중합체 기반과 경화 에이전트의 혼합물을 붓는. (B) 4 헤 (C) 금형에서 삽입을 제거에 대 한 85 ° C에서 혼합물으로 금형을가 열. (D)는 PDMS 주조 프레임에서 분리. (E) 금형 주조 프레임의 기본 추진. (F)는 PDMS 가장자리를 따라 몰드에서 분리 하는 칼을 사용 합니다. (G) 형 기초에서 천천히 PDMS 레이어 필 링. (H) 표준 PDMS 층의 입구와 출구 채널 Poking 구멍. (I) 넓은 콘센트 PDMS 층의 입구 채널에 대 한 구멍을 파고. (J)는 PDMS 레이어 (게 15:1 고무의 기본 치료 에이전트 혼합물) 현미경 슬라이드는 씻어 서, 그리고 접합을 위한 청소기는 플라즈마로 전송. (K) 사용 하 여 클램프를 현미경 슬라이드 (경화 에이전트 혼합물을 5:1 탄성 기지의 만든) PDMS 층을 지키고. (L) 현미경 슬라이드에 직접 PDMS 레이어 (에이전트 혼합 치료에 30: 1 탄성 기지의 만든)를 누르면. <a href="https://cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/57170/57170fig3large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57170/57170fig4.jpg"> 그림 4: 사용자 지정 클램프의 디자인. (최고의 A) 상위 뷰와 기울이면된 클램프 플레이트. (바닥의 B) 상단과 기울이면 조회 클램프 플레이트. (C) 위쪽 고 육각 캡 나사 4 세트와 함께 조립된 클램프의 기울어진된 조회 합니다. <a href="https://cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/57170/57170fig4large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57170/57170fig5.jpg"> 그림 5: 설치 하는 LED 빛을 성장 하십시오. (A) EcoFAB 컨테이너 주위 소용돌이에 9 LED 클립의 위치를 표시. (B) LED 클립 EcoFAB 컨테이너에 연결 된. (C)이이 클립 통해 LED 스트립 스레딩. (D) 24V 전원 공급 장치 유선 컨트롤러 LED 스트립을 연결 합니다. (전자) 컨트롤러에 와이어 연결 회로도 <a href="https://cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/57170/57170fig5large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57170/57170fig6.jpg"> 그림 6: 묘 EcoFABs 전송. (A) Brachypodium distachyon 0.5 MS 접시에 2 일 동안 재배 식물. (B) 식물 성장 매체와 루트 챔버를 채우고 있습니다. (C) 신중 하 게 식물 저수지에 루트를 삽입 하는 트위터를 사용 합니다. (D) 컨테이너의 하단에 물 3 mL를 추가 후 작은 세공 테이프와 EcoFAB 컨테이너 바다 표범 어업. <a href="https://cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/57170/57170fig6large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<img alt="Figure 7" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57170/57170fig7.jpg"> 그림 7: NIMS 이미징 식물의 뿌리에 EcoFABs. (메 마른 EcoFAB에 성장 A) Brachypodium distachyon (B) 사용자 지정 MALDI 격판덮개에 NIMS 칩 연결을 20 분 (C) 사용 하 여 구리 테이프 NIMS 칩에 식물을 가진 PDMS 층을 연결 하 고 MALDI 질량 분 서 계에 그것을 로드. (D-G) 하나 7 일 오래 된 한 일 오래 된 Brachypodium distachyon 공장 NIMS 이미징에 사용 (D, E) 및 해당 NIMS 이미지 (F, G). 주된 이온 빨강, 녹색 및 파랑에서 강조 했다. <a href="https://cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/57170/57170fig7large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<img alt="Figure 8" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57170/57170fig8.jpg"> 그림 8: EcoFABs의 일반 응용 프로그램. (A) 직접 루트 성장 긴 작업 거리 현미경 설치는 EcoFAB에서 Brachypodium distachyon 의 캡처. (B) 직접 고해상도 현미경 설치 루트-미생물 상호작용 관찰. (C-E) 7 일 오래 된 애기 thaliana (C), Brachypodium distachyon (D), 및 Panicum virgatum (E) 0.5 MS 수경 매체, (F-H) 14 일 오래 된 Brachypodium distachyon 0.5 MS 수경 법 (F), 모래 (G) 및 토양 (H)에서 성장 각각 0.5 MS 매체와 물, 제공 하는 기판. <a href="https://cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/57170/57170fig8large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<img alt="Figure 9" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57170/57170fig9.jpg"> 그림 9: EcoFABs를 사용 하 여 루트 형태학 연구. (A-F) 루트 개발 EcoFABs에 성장 하는 Brachypodium distachyon 의 처음 3 주 동안 0.5 MS 매체 가득: (A) 2 일, (B) 4 일, (C) 7 일, (D) 11 일, (E) 14 일의 성장 (F) 21 일. (G) 평균된 루트 표면 영역 ImageJ 소프트웨어에 의해 견적 되었다. <a href="https://cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/57170/57170fig9large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<img alt="Figure 10" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57170/57170fig10.jpg"> 그림 10: EcoFABs를 사용 하 여 루트-미생물 상호작용 연구. (A, B, C) 15 일 오래 된 Brachypodium distachyon 다른 형태의 미디어 MS 액체 솔루션, 모래 및 토양 기판에 슈 도모 나 스 fluorescens WCS417와 식민지의 그룹. (D, E, F) 루트 시스템의 밝은 필드 사진입니다. (G, H, I) 14 일 공동 경작 후이 루트 시스템의 해당 chemiluminescent 이미지. <a href="https://cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/57170/57170fig10large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
보조 파일 1입니다. EcoFAB를 사용 하 여 루트 성장 캡처. <a href="https://cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/57170/video1_capture_growing_roots_(2).mp4">이 파일을 다운로드 하려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
보조 파일 2입니다. EcoFAB를 사용 하 여 루트 미생물 상호 작용 캡처. <a href="https://cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/57170/video2_capture_root_microbes_interaction.avi">이 파일을 다운로드 하려면 여기를 클릭 하십시오.</a>

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Ecosystem Fabrication EcoFAB Protocols for The Construction of Laboratory Ecosystems Designed to Study Plant-microbe Interactions

이 문서는 생태계 식물 및 높게 통제 된 실험실 조건에서 식물-미생물 상호작용 연구를 활성화 하는 장치 (EcoFABs)의 제조에 대 한 상세한 프로토콜을 설명 합니다.

식물-미생물 상호작용 연구 위한 실험실 생태계의 건설에 대 한 생태계 제조 (EcoFAB) 프로토콜

Beneficial plant-microbe interactions offer a sustainable biological solution with the potential to boost low-input food and bioenergy production. A ...

ecosystem-fabrication-ecofab-protocols-for-construction-laboratory

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Environment

Ecosystem Fabrication (EcoFAB) Protocols for The Construction of Laboratory Ecosystems Designed to Study Plant-microbe Interactions

18.3K 조회수.  Lawrence Berkeley National Laboratory. 이 문서는 생태계 식물 및 높게 통제 된 실험실 조건에서 식물-미생물 상호작용 연구를 활성화 하는 장치 (EcoFABs)의 제조에 대 한 상세한 프로토콜을 설명 합니다.

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A Fish-feeding Laboratory Bioassay to Assess the Antipredatory Activity of Secondary Metabolites from the Tissues of Marine Organisms

Marine chemical ecology is a young discipline, having emerged from the collaboration of natural products chemists and marine ecologists in the 1980s with the goal of examining the ecological functions of secondary metabolites from the tissues of marine organisms. The result has been a progression of protocols that have increasingly refined the ecological relevance of the experimental approach. Here we present the most up-to-date version of a fish-feeding laboratory bioassay that enables investigators to assess the antipredatory activity of secondary metabolites from the tissues of marine organisms. Organic metabolites of all polarities are exhaustively extracted from the tissue of the target organism and reconstituted at natural concentrations in a nutritionally appropriate food matrix. Experimental food pellets are presented to a generalist predator in laboratory feeding assays to assess the antipredatory activity of the extract. The procedure described herein uses the bluehead, Thalassoma bifasciatum, to test the palatability of Caribbean marine invertebrates; however, the design may be readily adapted to other systems. Results obtained using this laboratory assay are an important prelude to field experiments that rely on the feeding responses of a full complement of potential predators. Additionally, this bioassay can be used to direct the isolation of feeding-deterrent metabolites through bioassay-guided fractionation. This feeding bioassay has advanced our understanding of the factors that control the distribution and abundance of marine invertebrates on Caribbean coral reefs and may inform investigations in diverse fields of inquiry, including pharmacology, biotechnology, and evolutionary ecology.

This bioassay employs a model predatory fish to assess the presence of feeding-deterrent metabolites from organic extracts of the tissues of marine organisms at natural concentrations using a nutritionally comparable food matrix.

물고기 먹이 실험 생물 검정은 해양 생물의 조직에서 이차 대사 산물의 Antipredatory 활동을 평가하기 위해

Marine chemical ecology is a young discipline, having emerged from the collaboration of natural products chemists and marine ecologists in the 1980s with ...

연구

환경과학

A CO2 Concentration Gradient Facility for Testing CO2 Enrichment and Soil Effects on Grassland Ecosystem Function

Continuing increases in atmospheric carbon dioxide concentrations (CA) mandate techniques for examining impacts on terrestrial ecosystems. Most experiments examine only two or a few levels of CA concentration and a single soil type, but if CA can be varied as a gradient from subambient to superambient concentrations on multiple soils, we can discern whether past ecosystem responses may continue linearly in the future and whether responses may vary across the landscape. The Lysimeter Carbon Dioxide Gradient Facility applies a 250 to 500 &#181;l L-1 CA gradient to Blackland prairie plant communities established on lysimeters containing clay, silty clay, and sandy soils. The gradient is created as photosynthesis by vegetation enclosed in in temperature-controlled chambers progressively depletes carbon dioxide from air flowing directionally through the chambers. Maintaining proper air flow rate, adequate photosynthetic capacity, and temperature control are critical to overcome the main limitations of the system, which are declining photosynthetic rates and increased water stress during summer. The facility is an economical alternative to other techniques of CA enrichment, successfully discerns the shape of ecosystem responses to subambient to superambient CA enrichment, and can be adapted to test for interactions of carbon dioxide with other greenhouse gases such as methane or ozone.

A CO2 Concentration Gradient Facility for Testing CO2 Enrichment and Soil Effects on Grassland Ecosystem Function

The Lysimeter Carbon Dioxide Gradient Facility creates a 250 to 500 &#181;l L-1 linear carbon dioxide gradient in temperature-controlled chambers housing grassland plant communities on clay, silty clay, and sandy soil monoliths. The facility is used to determine how past and future carbon dioxide levels affect grassland carbon cycling.

CO<sub&gt; 2</sub테스트 주식에 대한&gt; 농도 구배 시설<sub&gt; 2</sub초원 생태계 기능에&gt; 농축 및 토양 효과

Continuing increases in atmospheric carbon dioxide concentrations (CA) mandate techniques for examining impacts on terrestrial ecosystems. Most ...

Understanding Dissolved Organic Matter Biogeochemistry Through In Situ Nutrient Manipulations in Stream Ecosystems

Dissolved organic matter (DOM) is a highly diverse mixture of molecules providing one of the largest sources of energy and nutrients to stream ecosystems. Yet the in situ study of DOM is difficult as the molecular complexity of the DOM pool cannot be easily reproduced for experimental purposes. Nutrient additions to streams however, have been shown to repeatedly alter the in situ and ambient DOM pool. Here we demonstrate an easily replicable field-based method for manipulating the ambient pool of DOM at the ecosystem scale. During nutrient pulse experiments changes in the concentration of both dissolved organic carbon and dissolved organic nitrogen can be examined across a wide-range of nutrient concentrations. This method allows researchers to examine the controls on the DOM pool and make inferences regarding the role and function that certain fractions of the DOM pool play within ecosystems. We advocate the use of this method as a technique to help develop a deeper understanding of DOM biogeochemistry and how it interacts with nutrients. With further development this method may help elucidate the dynamics of DOM in other ecosystems.

Understanding Dissolved Organic Matter Biogeochemistry Through In Situ Nutrient Manipulations in Stream Ecosystems

Dissolved organic matter provides an important source of energy and nutrients to stream ecosystems. Here we demonstrate a field-based method to manipulate the ambient pool of dissolved organic matter in situ through easily replicable nutrient pulses.

을 통해 유기 물질 생지 화학을 용해의 이해<em&gt; 현장에서</em&gt; 스트림 생태계에서 영양소 조작을

Dissolved organic matter (DOM) is a highly diverse mixture of molecules providing one of the largest sources of energy and nutrients to stream ecosystems. ...

Procedures of Laboratory Fumigation for Pest Control with Nitric Oxide Gas

Nitric oxide (NO) is a newly discovered fumigant for postharvest pest control. This paper provides detailed protocols for conducting NO fumigation on fresh products and procedures for residue analysis and product quality evaluation. An airtight fumigation chamber containing fresh fruit and vegetables is first flushed with nitrogen (N2) to establish an ultralow oxygen (ULO) environment followed by injection of NO. The fumigation chamber is then kept at a low temperature of 2 - 5 &#176;C for a specified time period necessary to kill a target pest to complete a fumigation treatment. At the end of a fumigation treatment, the fumigation chamber is flushed with N2 to dilute NO prior to opening the chamber to ambient air to prevent the reaction between NO and O2, which produces NO2 and may damage delicate fresh products. At different times after NO fumigation, NO2 in headspace and nitrate and nitrite in liquid samples were measured as residues. Product quality was evaluated after 2 weeks of post-treatment cold storage to determine effects of NO fumigation on product quality. Keeping&#160;O2 from reacting with NO is critical to NO fumigation and is an important part of the protocols. Measuring NO levels is challenging and a practical solution is provided. Possible protocol modifications are also suggested for measuring NO levels in the fumigation chambers as well as residues. NO fumigation has the potential to be a practical alternative to methyl bromide fumigation for postharvest pest control on fresh and stored products. This publication is intended to assist other researchers in conducting NO fumigation research for postharvest pest control and accelerating the development of NO fumigation for practical applications.

This paper describes nitric oxide (NO) fumigation protocols for postharvest pest control. Fumigation chambers are flushed with nitrogen (N2) to establish ultralow oxygen conditions before NO is injected. At the end, chambers are flushed with N2 to dilute NO before exposing products to ambient air to prevent exposure to NO2.

산화 질소 가스와 해충에 대 한 훈 증 실험실의 절차

Nitric oxide (NO) is a newly discovered fumigant for postharvest pest control. This paper provides detailed protocols for conducting NO fumigation on ...

Adherence of Bacteria to Plant Surfaces Measured in the Laboratory

This manuscript describes a method to measure bacterial binding to axenic plant surfaces in the light microscope and through the use of viable cell counts. Plant materials used include roots, sprouts, leaves, and cut fruits. The methods described are inexpensive, easy, and suitable for small sample sizes. Binding is measured in the laboratory and a variety of incubation media and conditions can be used. The effect of inhibitors can be determined. Situations that promote and inhibit binding can also be assessed. In some cases it is possible to distinguish whether various conditions alter binding primarily due to their effects on the plant or on the bacteria.

An easy method for measuring and characterizing bacterial adhesion to plants, particularly roots and sprouts, is described in this article.

공장 실험실에서 측정 하는 표면에 박테리아의 부착

This manuscript describes a method to measure bacterial binding to axenic plant surfaces in the light microscope and through the use of viable cell ...

Wastewater Irrigation Impacts on Soil Hydraulic Conductivity: Coupled Field Sampling and Laboratory Determination of Saturated Hydraulic Conductivity

Since the early 1960s, an alternative wastewater discharge practice at The Pennsylvania State University has been researched and its impacts monitored. Rather than discharging treated wastewater to a stream, and thereby directly impacting the stream quality, the effluent is applied to forested and cropped land managed by the University. Concerns related to reductions in soil hydraulic conductivity occur when considering wastewater reuse. The methodology described in this manuscript, matching soil sample size with the size of the laboratory-based hydraulic conductivity measurement apparatus, provides the benefits of a relatively rapid collection of samples with the benefits of controlled laboratory boundary conditions. The results suggest that there may have been some impact of wastewater reuse on the soil&#39;s ability to transmit water at deeper depths in the depressional areas of the site. Most of the reductions in the soil hydraulic conductivity in the depressions appear to be related to the depth from which the sample was collected, and by inference, associated with the soil structural and textural differences.

Here we present a methodology which matches a soil sample size and a hydraulic conductivity measurement device to prevent the so-called wall flow along the inside of the soil container from being erroneously included in water flow measurements. Its use is demonstrated with samples collected from a wastewater irrigation site.

토양의 유압 전도도에 폐수 관개 영향: 필드 샘플링 고 포화 된 유압 전도도의 실험실 결정

Since the early 1960s, an alternative wastewater discharge practice at The Pennsylvania State University has been researched and its impacts monitored. ...

Evaluating Dryocosmus Kuriphilus-induced Damage on Castanea Sativa

Dryocosmus kuriphilus Yasumatsu has become a major pest for Castaneasativa since its arrival in Europe. Its galling activity results in the formation of different gall types and prevents the development of normal shoots. Repeated and uncontrolled attacks cause, besides the production of galls and the attendant gall-related reduction in leaf area, progressive corruption of the branch architecture, including the death of branch parts, and an increase in dormant bud activation. Thus far, there have been few attempts to quantify branch architecture damage. Further, the different methods for assessing infestation degree (MAID) that have been developed focus only on the galls' presence and abundance.
Using the leaf area to sapwood area relationship as a green biomass indicator, we developed in a previous study a damage composite index (DCI) that takes into account the most important branch architectural features, allowing for realistic damage assessment during the entire epidemic process. 
The aim of this study is to present this novel method and highlight differences in the damage description with respect to other broadly used indices. Results show how the DCI depicts branch damage better, especially during the epidemic peak, compared to MAID, which tend to underestimate it. We conclude by suggesting how to properly evaluate the overall impact of the pest by means of our composite damage index, the infestation degree using classic methods, and crown transparency evaluations.

Evaluating Dryocosmus Kuriphilus-induced Damage on Castanea Sativa

It is common practice to assess the damage caused by Dryocosmus kuriphilus by considering the abundance of galls alone rather than by also taking related branch corruption into consideration. We propose a composite damage index that takes into account the most important branch features, thus enabling more realistic damage assessment.

Dryocosmus Kuriphilus를 평가- Castanea Sativa 에 손상 유발

Dryocosmus kuriphilus Yasumatsu has become a major pest for Castaneasativa since its arrival in Europe. Its galling activity results in the formation of ...

Construction of a Low-cost Mobile Incubator for Field and Laboratory Use

Incubators are essential for a range of culture-based microbial methods, such as membrane filtration followed by cultivation for assessing drinking water quality. However, commercially available incubators are often costly, difficult to transport, not flexible in terms of volume, and/or poorly adapted to local field conditions where access to electricity is unreliable. The purpose of this study was to develop an adaptable, low-cost and transportable incubator that can be constructed using readily available components. The electronic core of the incubator was first developed. These components were then tested under a range of ambient temperature conditions (3.5 &#176;C - 39 &#176;C) using three types of incubator shells (polystyrene foam box, hard cooler box, and cardboard box covered with a survival blanket). The electronic core showed comparable performance to a standard laboratory incubator in terms of the time required to reach the set temperature, inner temperature stability and spatial dispersion, power consumption, and microbial growth. The incubator set-ups were also effective at moderate and low ambient temperatures (between 3.5 &#176;C and 27 &#176;C), and at high temperatures (39 &#176;C) when the incubator set temperature was higher. This incubator prototype is low-cost (&lt; 300 USD) and adaptable to a variety of materials and volumes. Its demountable structure makes it easy to transport. It can be used in both established laboratories with grid power or in remote settings powered by solar energy or a car battery. It is particularly useful as an equipment option for field laboratories in areas with limited access to resources for water quality monitoring.

This paper describes a method for building an adaptable, low-cost and transportable incubator for microbial testing of drinking water. Our design is based on widely available materials and can operate under a range of field conditions, while still offering the advantages of higher-end laboratory-based models.

분야와 실험실 사용을 위한 저비용 모바일 인큐베이터의 건설

Incubators are essential for a range of culture-based microbial methods, such as membrane filtration followed by cultivation for assessing drinking water ...

Measuring the Shape and Size of Activated Sludge Particles Immobilized in Agar with an Open Source Software Pipeline

Experimental bioreactors, such as those treating wastewater, contain particles whose size and shape are important parameters. For example, the size and shape of activated sludge flocs can indicate the conditions at the microscale, and also directly affect how well the sludge settles in a clarifier.
Particle size and shape are both misleadingly &#39;simple&#39; measurements. Many subtle issues, often unaddressed in informal protocols, can arise when sampling, imaging, and analyzing particles. Sampling methods may be biased or not provide enough statistical power. The samples themselves may be poorly preserved or undergo alteration during immobilization. Images may not be of sufficient quality; overlapping particles, depth of field, magnification level, and various noise can all produce poor results. Poorly specified analysis can introduce bias, such as that produced by manual image thresholding and segmentation.
Affordability and throughput are desirable alongside reproducibility. An affordable, high throughput method can enable more frequent particle measurement, producing many images containing thousands of particles. A method that uses inexpensive reagents, a common dissecting microscope, and freely-available open source analysis software allows repeatable, accessible, reproducible, and partially-automated experimental results. Further, the product of such a method can be well-formatted, well-defined, and easily understood by data analysis software, easing both within-lab analyses and data sharing between labs.
We present a protocol that details the steps needed to produce such a product, including: sampling, sample preparation and immobilization in agar, digital image acquisition, digital image analysis, and examples of experiment-specific figure generation from the analysis results. We have also included an open-source data analysis pipeline to support this protocol.

The size and shape of particles in activated sludge are important parameters that are measured using varying methods. Inaccuracies arise from non-representative sampling, suboptimal images, and subjective analysis parameters. To minimize these errors and ease measurement, we present a protocol specifying every step, including an open source software pipeline.

형태와 오픈 소스 소프트웨어 파이프라인 Agar에 움직일 활성된 슬러지 입자의 크기 측정

Experimental bioreactors, such as those treating wastewater, contain particles whose size and shape are important parameters. For example, the size and ...

Modeling the Size Spectrum for Macroinvertebrates and Fishes in Stream Ecosystems

The size spectrum is an inverse, allometric scaling relationship between average body mass (M) and the density (D) of individuals within an ecological community or food web. Importantly, the size spectrum assumes that individual size, rather than species&#8217; behavioral or life history characteristics, is the primary determinant of abundance within an ecosystem. Thus, unlike traditional allometric relationships that focus on species-level data (e.g., mean species&#8217; body size vs. population density), size spectra analyses are &#8216;ataxic&#8217; &#8211; individual specimens are identified only by their size, without consideration of taxonomic identity. Size spectra models are efficient representations of traditional, complex food webs and can be used in descriptive as well as predictive contexts (e.g., predicting responses of large consumers to changes in basal resources). Empirical studies from diverse aquatic ecosystems have also reported moderate to high levels of similarity in size spectra slopes, suggesting that common processes may regulate the abundances of small and large organisms in very different settings. This is a protocol to model the community-level size spectrum in wadable streams. The protocol consists of three main steps. First, collect quantitative benthic fish and invertebrate samples that can be used to estimate local densities. Second, standardize the fish and invertebrate data by converting all individuals to ataxic units (i.e., individuals identified by size, irrespective of taxonomic identity), and summing individuals within log2 size bins. Third, use linear regression to model the relationship between ataxic M and D estimates. Detailed instructions are provided herein to complete each of these steps, including custom software to facilitate D estimation and size spectra modeling.

This is a protocol to model the size spectrum (scaling relationship between individual mass and population density) for combined fish and invertebrate data from wadable streams and rivers. Methods include: field techniques to collect quantitative fish and invertebrate samples; lab methods to standardize the field data; and statistical data analysis.

스트림 생태계에서 거대 척추 동물 및 물고기의 크기 스펙트럼 모델링

The size spectrum is an inverse, allometric scaling relationship between average body mass (M) and the density (D) of individuals within an ecological ...