This work was supported by National Institutes of Health grant UC4 DK104166 (to RGM). We wish to acknowledge the assistance of the Indiana Diabetes Research Center Translation Core supported by National Institutes of Health grant P30 DK097512.

Ethics Statement: Protocols were approved by the Indiana University Institutional Review Board. Parents of subjects provided written informed consent, and children older than 7 years provided assent for their participation.
1. Serum Processing
NOTE: The assay as described has been rigorously tested using human serum isolated as follows.
<ol>
	<li>Collect blood in one red top (no-additive; uncoated) blood collection tube.</li>
	<li>Let sit at room temperature for 30 min to allow the clot to form.</li>
	<li>Centrifuge tube at 2,000 x g for 10 min at room temperature. Transfer the supernatant (serum) to a new tube designated for serum storage (polypropylene screw top tubes, size dependent on samples).</li>
	<li>Store samples at -80 &#186;C until ready for DNA isolation.</li>
</ol>
2. Serum DNA Extraction
NOTE: DNA is extracted with a DNA extraction kit using 50 &#181;l of serum (recommended), following manufacturer&#39;s protocol with some modifications.
<ol>
	<li>Prepare 200 &#181;l lysis buffer + 1 &#181;l poly(A) (5 &#181;g) per sample in an microcentrifuge tube. Vortex for 15 sec. Set aside until Step 2.3.</li>
	<li>Take serum samples from -80 &#186;C freezer and thaw at room temperature. Bring serum sample volume up to 200 &#181;l total using phosphate-buffered saline (PBS, with calcium chloride and magnesium chloride).</li>
	<li>Lyse the sample by adding 20 &#181;l protease (1.4 Anson units/ml) to sample, followed by 200 &#181;l lysis buffer/polyA mix (from Step 2.2) and vortex for 8 sec. Incubate sample at 56 &#176;C for 10 min, then briefly centrifuge for 7 sec at top speed in a microcentrifuge (&#62;10,000 x g).</li>
	<li>Precipitate DNA by adding 230 &#181;l 100% ethanol to sample and vortex for 8 sec. Briefly centrifuge for 7 sec at top speed (&#62;10,000 x g).</li>
	<li>Apply the DNA to the spin column by adding 600 &#181;l sample mixture to mini spin column. Centrifuge at 6,000 x g for 1 min. Discard the flow-through and place column in a clean tube.</li>
	<li>Wash the DNA by adding 500 &#181;l wash buffer 1 to the column. Centrifuge at 6,000 x g for 1 min. Discard the flow-through and place column in a clean tube. Add 500 &#181;l wash buffer 2 to column and centrifuge at top speed (&#62;10,000 x g) for 3 min. Place column in a new 1.5 ml microcentrifuge tube and centrifuge at top speed again for 1 min.</li>
	<li>Elute the DNA by placing column in a new 1.5 ml microcentrifuge tube and adding 60 &#181;l elution buffer directly on the filter. It is important to switch tips between samples to prevent cross contamination. Incubate at room temperature for 5 min, then centrifuge at 6,000 x&#160;g for 1 min. Add another 60&#160;&#956;l of elution buffer and centrifuge at 6,000 x g for 1 min.&#160;</li>
	<li>Store DNA at -20 &#186;C for later use, or proceed immediately to bisulfite conversion.</li>
</ol>
3. Bisulfite Conversion
NOTE: Bisulfite conversion is performed using a bisulfite conversion kit, following the manufacturer&#39;s protocol with some modifications.
<ol>
	<li>To convert unmethylated cytosines to uracils, add 130 &#181;l of bisulfite conversion reagent to 20 &#181;l of DNA from step 2.7 in a PCR tube (single 0.2 ml PCR tube or 8-strip PCR tubes). Save the remaining 40 &#181;l of DNA for future use, or use in replicate reactions. Mix 20 times by pipetting up and down and centrifuge briefly to make sure no drops are on sides or lid. Incubate in a water bath or thermal cycler as follows: 98 &#176;C for 8 min, 54 &#176;C for 60 min, 4 &#176;C for 5 min.
	<ol>
		<li>Proceed to step 3.2 or store at 4 &#176;C for up to 20 hr.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Add 600 &#181;l of binding buffer to spin column and place the column in the provided collection tube. Apply the bisulfited DNA to column and mix by pipetting up and down 10 times. Centrifuge at top speed (&#62;10,000 x g) for 30 sec. Discard flow-through.</li>
	<li>Wash DNA by adding 100 &#181;l of wash buffer to column and centrifuge at top speed (&#62;10,000 x g) for 30 sec.</li>
	<li>Perform desulphonation to remove sulphonate group to finalize the conversion of unmethylated cytosines to uracil by adding 200 &#181;l of desulphonation buffer to the column. Let stand at room temperature for 20 min, then centrifuge at top speed (&#62;10,000 x g) for 30 sec.</li>
	<li>Wash DNA by adding 200 &#181;l of wash buffer to the column and centrifuge at full speed for 30 sec. Discard the flow-through and repeat this wash step.</li>
	<li>Place the column into a 1.5 ml microcentrifuge tube. Elute DNA by adding 10 &#181;l elution buffer directly to column filter. Incubate for 1 min. Centrifuge for 30 s at full speed to elute DNA. Quantify recovered DNA by spectrophotometry at A260. 
	NOTE: The DNA detected by spectrophotometry represents primarily the carrier polyA DNA that was added at step 2.3 above. Typically, recovery of polyA is &#8805;85% of the input (&#62;4.25 &#181;g).</li>
	<li>Store DNA at -20 &#176;C until ready to proceed with digital PCR.</li>
</ol>
4. Multiplex Digital PCR
<ol>
	<li>Make a master mix with enough solution for each sample and control. Include at least one sample containing water (negative control), one sample of a plasmid containing unmethylated INS (1 pg, positive control), one sample of plasmid containing methylated INS (1 pg, positive control), and one sample containing a 1:1 mixture of plasmids.
	<ol>
		<li>To prepare the PCR master mix, add 12.5 &#181;l per reaction of PCR buffer (e.g., 125 &#181;l per 10 samples), 1.25 &#181;l per reaction primer/probe mix (e.g., 12.5 &#181;l per 10 samples), 8.25 &#181;l per reaction water (e.g., 82.5 &#181;l per 10 samples), 0.5 &#181;l per reaction EcoR1 enzyme (e.g., 5 &#181;l per 10 samples). 
		NOTE: Primers and probes used here are as follows: Forward Primer: 5&#39;-GGAAATTGTAGTTTTAGTTTTTAGTTATTTGT-3&#39;; Reverse Primer: 5&#39;-AAAACCCATCTCCCCTACCTATCA-3&#39;; FAM probe: FAM-5&#39;-ACCCCTACCACCTAAC-3&#39;-MGB; VIC probe: VIC-5&#39;-ACCCCTACCGCCTAAC-3&#39;-MGB.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Set up multiplex PCR reaction in a 96-well plate. Add 19.5 &#181;l of master mix to each well. Add 2.5 &#181;l of bisulfite converted DNA sample into each appropriate well (save the remaining 7.5 &#181;l of bisulfite converted DNA or use in replicate reactions). Mix by pipetting up and down several times. 
	NOTE: All 8 wells in a row must contain sample or buffer control.</li>
	<li>Seal with a foil seal using a plate sealer and centrifuge in a plate spinner until there is no liquid on the sides of the wells.</li>
	<li>Set up the automated droplet generator on the touchscreen. 
	NOTE: All 8 wells in the cartridge must contain sample or buffer control.
	<ol>
		<li>Set the number of rows being used by touching the row(s) in which samples are loaded into on the 96-well plate from step 4.2 and highlight the row in blue to indicate an active row.</li>
		<li>Load consumables from back to front to avoid contamination. To start, add cartridges along the back row of the instrument. Load tips into center row of the instrument. 
		NOTE: The cartridges can only fit into the holders in the correct orientation.</li>
		<li>Place 96-well plate into the instrument. Remove a cold block from -20 &#176;C freezer and place a new skirted 96-well plate into it. Place it inside the instrument next to the sample loaded 96-well plate.</li>
		<li>Add oil to dispenser in the front of the instrument. Select type of oil on touchscreen.</li>
		<li>Touch the blue start button to start the run. Confirm plate setup and touch start run button to begin.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Once finished, remove the 96-well plate that contains the newly formed droplets and seal with a foil seal using a plate sealer.</li>
	<li>Perform PCR10 on a thermal cycler using the following program: 95 &#176;C for 10:00 min; 40 cycles at: 94 &#176;C for 00:30 min, 57.5 &#176;C for 01:00 min; 98 &#176;C for 10:00 min; 12 &#176;C for 10 min or up to 24 hr.</li>
	<li>Place the plate on the droplet reader and set up the reader.
	<ol>
		<li>Click on the setup tab. Open a new template by clicking template &#62; new. Enter a file name.</li>
		<li>Use the well editor to set the parameters for each sample. Give each sample a unique name, set experiment to Rare Event Detection (R-RED), and set master mix to the mix used in step 4.1.</li>
		<li>Give Target 1 a name (i.e., unmethylated) and set Target 1 as unknown (U). Give Target 2 a name (i.e., methylated) and set Target 2 as reference (R).</li>
		<li>Click Run tab to start the run. In the run options window, select the detection chemistry (FAM/VIC).</li>
	</ol>
	</li>
</ol>
5. Data Analysis
<ol>
	<li>Open results in analyze tab and analyze using 2-D plot based on positive controls (see Figure 1).</li>
	<li>Export CSV file generated by droplet reader to a spreadsheet program for data analysis.</li>
	<li>To generate &#34;copies per &#181;l&#34; of serum, use the formula: (concentration*250)/(volume of serum used for DNA isolation in &#181;l).6 
	NOTE: The data is typically converted to log10 when acquired from human serum to ensure normal distribution. Alternatively, data can be plotted on a log10 scale and analyzed by non-parametric statistics.</li>
</ol>
<style type="text/css">p.p1 {margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 16.0px 'Times New Roman'}
span.s1 {font: 16.0px Calibri}
</style>

<ol>
	<li>Lehuen, A., Diana, J., Zaccone, P., Cooke, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immune+cell+crosstalk+in+type+1+diabetes.">Immune cell crosstalk in type 1 diabetes.</a> Nat. Rev. Immunol. 10 (7), 501-513 (2010).</li><li>Sherry, N. A., Tsai, E. B., Herold, K. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Natural+history+of+beta-cell+function+in+type+1+diabetes.">Natural history of beta-cell function in type 1 diabetes.</a> Diabetes. 54, 32-39 (2005).</li><li>Maganti, A., Evans-Molina, C., Mirmira, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=From+immunobiology+to+&#946;-cell+biology:+the+changing+perspective+on+type+1+diabetes.">From immunobiology to &#946;-cell biology: the changing perspective on type 1 diabetes.</a> Islets. 6 (2), 28778 (2014).</li><li>Matthews, J. B., Staeva, T. P., Bernstein, P. L., Peakman, M., von Herrath, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ITN-JDRF+Type+1+Diabetes+Combination+Therapy+Assessment+Group+Developing+combination+immunotherapies+for+type+1+diabetes:+recommendations+from+the+ITN-JDRF+Type+1+Diabetes+Combination+Therapy+Assessment+Group.">ITN-JDRF Type 1 Diabetes Combination Therapy Assessment Group Developing combination immunotherapies for type 1 diabetes: recommendations from the ITN-JDRF Type 1 Diabetes Combination Therapy Assessment Group.</a> Clin. Exp. Immunol. 160 (2), 176-184 (2010).</li><li>. Human Islet Research Network | HIRN Available from: <a target="_blank" href="https://hirnetwork.org/">https://hirnetwork.org/</a> (2016)</li><li>Fisher, M. M., Watkins, R. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Elevations+in+Circulating+Methylated+and+Unmethylated+Preproinsulin+DNA+in+New-Onset+Type+1+Diabetes.">Elevations in Circulating Methylated and Unmethylated Preproinsulin DNA in New-Onset Type 1 Diabetes.</a> Diabetes. 64 (11), 3867-3872 (2015).</li><li>Husseiny, M. I., Kaye, A., Zebadua, E., Kandeel, F., Ferreri, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tissue-Specific+Methylation+of+Human+Insulin+Gene+and+PCR+Assay+for+Monitoring+Beta+Cell+Death.">Tissue-Specific Methylation of Human Insulin Gene and PCR Assay for Monitoring Beta Cell Death.</a> PLoS ONE. 9 (4), 94591 (2014).</li><li>Herold, K. C., Usmani-Brown, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=&#946;+cell+death+and+dysfunction+during+type+1+diabetes+development+in+at-risk+individuals.">&#946; cell death and dysfunction during type 1 diabetes development in at-risk individuals.</a> J. Clin. Invest. 125 (3), 1163-1173 (2015).</li><li>Lehmann-Werman, R., Neiman, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+tissue-specific+cell+death+using+methylation+patterns+of+circulating+DNA.">Identification of tissue-specific cell death using methylation patterns of circulating DNA.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 113 (13), 1826-1834 (2016).</li><li>Saiki, R. K., Gelfand, D. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Primer-directed+enzymatic+amplification+of+DNA+with+a+thermostable+DNA+polymerase.">Primer-directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase.</a> Science. 239 (4839), 487-491 (1988).</li><li>Kuroda, A., Rauch, T. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Insulin+gene+expression+is+regulated+by+DNA+methylation.">Insulin gene expression is regulated by DNA methylation.</a> PloS One. 4 (9), 6953 (2009).</li><li>Akirav, E. M., Lebastchi, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+&#946;+cell+death+in+diabetes+using+differentially+methylated+circulating+DNA.">Detection of &#946; cell death in diabetes using differentially methylated circulating DNA.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 108 (47), 19018-19023 (2011).</li><li>Fisher, M. M., Perez Chumbiauca, C. N., Mather, K. J., Mirmira, R. G., Tersey, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+islet+&#946;-cell+death+in+vivo+by+multiplex+PCR+analysis+of+differentially+methylated+DNA.">Detection of islet &#946;-cell death in vivo by multiplex PCR analysis of differentially methylated DNA.</a> Endocrinology. 154 (9), 3476-3481 (2013).</li><li>Patterson, K., Molloy, L., Qu, W., Clark, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+methylation:+bisulphite+modification+and+analysis.">DNA methylation: bisulphite modification and analysis.</a> J. Vis. Exp. (56), (2011).</li><li>Derks, S., Lentjes, M. H. F. M., Hellebrekers, D. M. E. I., de Bru&#239;ne, A. P., Herman, J. G., van Engeland, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methylation-specific+PCR+unraveled.">Methylation-specific PCR unraveled.</a> Cell. Oncol. 26 (5-6), 291-299 (2004).</li><li>Husseiny, M. I., Kuroda, A., Kaye, A. N., Nair, I., Kandeel, F., Ferreri, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+quantitative+methylation-specific+polymerase+chain+reaction+method+for+monitoring+beta+cell+death+in+type+1+diabetes.">Development of a quantitative methylation-specific polymerase chain reaction method for monitoring beta cell death in type 1 diabetes.</a> PloS One. 7 (10), 47942 (2012).</li><li>Hindson, B. J., Ness, K. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-Throughput+Droplet+Digital+PCR+System+for+Absolute+Quantitation+of+DNA+Copy+Number.">High-Throughput Droplet Digital PCR System for Absolute Quantitation of DNA Copy Number.</a> Anal. Chem. 83 (22), 8604-8610 (2011).</li><li>Sozzi, G., Roz, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+prolonged+storage+of+whole+plasma+or+isolated+plasma+DNA+on+the+results+of+circulating+DNA+quantification+assays.">Effects of prolonged storage of whole plasma or isolated plasma DNA on the results of circulating DNA quantification assays.</a> J. Natl. Cancer Inst. 97 (24), 1848-1850 (2005).</li></ol>

The authors have nothing to disclose.

מתילציה של cytosines ידי methyltransferases DNA מאפשרת השליטה אפיגנטיים של שעתוק גנים רבים. גן אח&quot;י בבני האדם הוא כמעט לידי ביטוי אך ורק איון β תאים, נראה שיש קורלציה בין תדירות מתילציה של cytosines בגן INS כדי להשתיק של השעתוק שלה 11. ככזה, סוגי התאים ביותר מציגים תדירות גבוהה יותר באופן משמעותי של מתילציה של גני אח&quot;י ב cytosines השונה לעומת בטא תאים 11 - 13. הוצע כי השכיחות של מוות תאי β יכול להיות במעקב על ידי ניתוח של רמות בסרום של DNA אח&quot;י unmethylated ללא תאים, אשר יצוצו בעיקר ממוות תאי β כי לשחרר DNA שלהם 12. התגובה bisulfite ממירה cytosines unmethylated לתוך uracils, עוזב cytosines מפוגל 14 ללא שינוי. o רצף או ניתוח PCRbisulfite מרת f DNA ולכן מאפשר קביעה אם ציטוזין המקורי היה מפוגל או לא. מתילציה ספציפי PCR באמצעות טכנולוגיה מבוססת צבע מנצל הבדלים ביעילות PCR בשל 3 &#39;חוסר התאמה בסיס-זוג בין פריימרים ותבנית, ובכך מאפשר הבחנה של unmethylated לעומת cytosines מפוגל עקב המרת bisulfite של DNA 15. בהתאם לכך, לצבוע מבוסס PCR שמש לכמת את המשקל היחסי של unmethylated כדי אח&quot;י מפוגל במחקרים המוקדמים של T1D נושאי 12,16. עם זאת, הטכנולוגיה PCR מבוססי צבע יש כמה חסרונות, כולל סגוליות מוגבל, חוסר quantitation המוחלט של ריכוזי קטע DNA, וחוסר היכולת זמנית (כלומר, לזהות שני המינים DNA מפוגל unmethylated באותה תגובה). קבוצות אחרות ביצעו רצף ישיר של קטעי דנ&quot;א ללא תאים, טכניקה המאפשרת ניטור של כמה דיפרנציאלי אתרי CPG מפוגל עם הרבה יותר גדולאה סגולי 9. עם זאת, טכניקת הרצף דורשת כרכי מדגם גדולים, הוא לא מקובל בקלות להשתמש דגימות פקידה, והוא יקר. כתוצאה ממגבלות אלו, הקבוצה ואחרים שלנו יש מועסקים דיגיטלי PCR, טכניקה המספקת quantitation המוחלט של קטעי דנ&quot;א, דורש כמויות של סרום מיקרוליטר רק ממדגמים טריים או פקידה, ניתן ריבוב, מגלה רגישות רבים יותר מאשר מסורתי PCR כמוני , והוא זול יותר מאשר רצף ישיר. הטכנולוגיה הדיגיטלית PCR כרוכה בשימוש מבחני פריימר / בדיקה קונבנציונאלי וכן מחיצות מבוססי מיקרופלואידיקה של תגובת PCR מים ב-שמן לתוך ~ 20,000 טיפות. בעקבות רכיבה תרמית של התגובה למחיצות, הטיפות מכן מנותחים על ידי cytometer זרימת לזהות טיפות עם אותות חיוביים ושליליים. סטטיסטיקת פואסון משמשת לחישוב כמויות מוחלטות (מספרי עותק) של כל מין DNA. ד מושגיתetails דיגיטלים PCR תואר במקום אחר 17. פרוטוקול זה מתאר את המדידה של מוות תאי β בבני אדם על ידי מדידת DNA אח&quot;י מפוגל דיפרנציאלי על ידי דיגיטלית PCR. הנתונים שלנו שהוצגו כאן ובמקומות אחרים 6 מראים כי פריימר / שילובים חלליים מאתרות מתילציה הפרש של ציטוזין במיקום -69 (ביחס לאתר סטארט התעתיק של אח&quot;י) להפגין סגולי מספיק גם את ציטוזין unmethylated (בדיקת FAM) או ציטוזין המפוגל ( חללית VIC) (ראה איור 1 א &#39;ו-ב&#39;). תערובות של פלסמידים המכילים הן מפוגל unmethylated שברי אח&quot;י במיקום -69 נ&quot;ב (כלומר, bisulfite המרה DNA שיש או אורציל או ציטוזין במיקום -69 נ&quot;ב) טיפות התערוכה המכיל אחד או פלסמיד אחרים, או שניהם פלסמידים (פעמיים חיובי אותות באיור 1C). החישוב הסטטיסטי פואסון מנצל המספרי אגל דואר כי הם חיוביים עבור בדיקה נתונה (אם חד חיובי או פעמים חיוביות) כדי לגזור את מספרי העותק של כל קטע DNA מפוגל או unmethylated. כאשר ניצול נסיוב אדם לשקילת cytosines מפוגל דיפרנציאלי במיקום -69 נ&quot;ב הדנ&quot;א של התא חינם (איור 3), הנתונים שלנו להפגין שתי תכונות עיקריות: (1) רמות של אח&quot;י מפוגל הם 5-10 גבוה פי הנושאים הללו מ unmethylated INS (ללא קשר לאבחנה), ו- (2) רמות מוחלטת של שני אח&quot;י unmethylated ו מפוגל גבוהים בנבדקים עם T1D חדש-onset בהשוואה לקבוצת הביקורת. בעוד הרמות הגבוהות יותר של אח&quot;י מפוגל לעומת unmethylated אח&quot;י משקפות קרובות לוודאי את העומס הגדול יותר של ה- DNA בתא ללא שמקורם בתאים שאינם β, הרמות הגבוהות יותר של שני המינים של אח&quot;י במקצועות T1D חדש-onset כנראה משקפות הוא מגידול β נפוץ מוות של תאים (לפי unmethylatedS), ואולי אף מוות / מחזור של סוגי תאים אחרים משויכים של מצב המחלה (למשל, מולדים ותאי חיסון אדפטיבית). ספקולציות נוספות על הגבהים של שני המינים של אח&quot;י במקצועות T1D חדש-onset נדונו 6 בעבר. לא משנה את המקורות של שני המינים של אח&quot;י בסרום מיחידים אלה, וזה ניכר כי למדידת יחס של unmethylated כדי מפוגל INS (כפי שדווח על ידי חוקרים אחרים באמצעות הצבע מבוסס PCR) לא הייתי בוחר את ההבדלים המשמעותיים ברמות מוחלטות שתואר כאן וגם בפרסום 6 האחרון שלנו, ובכך מדגיש את הכח של PCR הדיגיטלי עבור סוג זה של ניתוח סמן ביולוגי. כמה אמצעי זהירות והגבלות יצוינו. אנחנו מרגישים שזה חשוב כי דם מעובד בתוך 4 שעות של איסוף או להשתמש מיד לבידוד DNA או לאחסן ב -80 ºC לשימוש עתידי. במחקרים לא פורסם, יש לנו observed לאובדן חלק התאוששות DNA לאחר 4 שעות של איסוף, אולי בזכות השפלה DNA, כפי שניתן לראות במחקרים של אחסון לטווח ארוך של דגימות 18. בגלל הרגישות המוגברת של דיגיטלי PCR, טיפול מיוחד יש לנקוט כדי למנוע זיהום של דגימות שאחרת לא להיות מורגש המסורתית qPCR. לבסוף, למגבלה העיקרית של הטכניקה היא ניתוח של דגימות שבו הדור אגל אינו עולה ~ 10,000 טיפות. דגימות כאלה אינם מספקים סטטיסטיקה פואסון אמין, וככזה עשוי להיחשב uninterpretable. סיבות מרובות של דור אגל נמוך כזה עשויות לכלול טעויות טכניות טיפול מדגם, בעיות טכניות עם גנרטור האגל, או בעיות הקשורות לאיכות של חומרים כימיים המשמשים. לסיכום, הדו&quot;ח יתואר פרוטוקול מפורט למדידת DNA אח&quot;י מפוגל דיפרנציאלי, תא ללא במיקום -69 נ&quot;ב ידי דיגיטלית PCR. הפרוטוקול המתואר כאן ניתן להתאים לכלמיני DNA עבורו זיהוי של cytosines המפוגל דיפרנציאלי הוא רצוי, אם ממחזור או מן תאים ורקמות מבודדים, והוא יכול לספק quantitation המוחלט של קטעי דנ&quot;א.

סוכרת מסוג 1 (T1D) היא מחלה אוטואימונית אשר מאופיינת על ידי ההרס של איון מייצר אינסולין β תאים על ידי תאי אוטוריאקטיבים T 1. האבחנה של T1D היא בדרך כלל מתבצעת בזמן המדידה של היפרגליקמיה (הגלוקוז בדם&gt; 200 mg / dl) אצל אדם רזה וצעיר, עלול להוות עם בחמצת כעדות לחוסר באינסולין. בעת האבחנה של T1D, יש ראיות על אובדן משמעותי של תפקוד התא β ומסה (מ -50 - 90%) 2. במחקרים קליניים, מספר תרופות modulatory החיסונית שהונהגו בעת האבחנה הביאה להתייצבות של תפקוד התא β (ומן הסתם מסה), אבל אף אחד מהם לא הביא רמיסיה קלינית של מחלת, ממצא גייסה השיחה לפיתוח של סמנים ביולוגיים לגילוי מוקדם של המחלה ועבור מעקב האורך של האפקטיביות של שילוב טיפול בעזרת 3,4. מאמצי קונסורציומים בינלאומיים, כזהזה הקונסורציום רשת המחקר איילט האדם במכונים הלאומיים של הית 5, הדגישו את הצורך לפתח סמנים ביולוגיים המתמקדים מתח מוות תאי β ב T1D. עולה בקנה אחד עם המאמצים האלה, הקבוצה שלנו ואחרים פיתחו לאחרונה מבחני סמן ביולוגי המודדים במחזור, קטעי דנ&quot;א שונה epigenetically שעולים בעיקר ממוות תאי β 6 - 9. בכל המבחנים שפורסמו עד כה, הדגש היה על quantitation של preproinsulin קידוד הגן האנושי (INS), אשר מביא לידי ביטוי מעלות פחות או יותר של אתרי CPG unmethylated באזורי קידוד אמרגן בהשוואה לסוגי תאים אחרים. שחרור שברי DNA unmethylated אח&quot;י שוער כמו הנובעת בעיקר ממוות (נמקי, אפופטוטיים) תאי β. מחקרים שנעשו לאחרונה הראו כי שלנו בנוער, הגבהים בשני DNA אח&quot;י unmethylated ו מפוגל ב- BP עמדה -69 (ביחס ל- tהוא תעתיק להתחיל באתר) נצפו T1D חדש-onset, ויחד שימש סמנים ספציפיים לאוכלוסייה זו 6. מבחני סמן ביולוגי אלה כרוכים הבידוד של DNA התא מתוך סרום או פלזמה באמצעות ערכות ספין מסחרי, ואחריו המרה bisulfite של ה- DNA מבודד (להמיר cytosines הלא מפוגל כדי uracils, עוזב cytosines מפוגל ללא פגע). בדו&quot;ח זה, אנו מתארים את ההיבטים הטכניים של אוסף מדגם בסרום, בידוד של DNA התא מתוך בסרום, המרה bisulfite, והביצועים של PCR דיגיטלי אגל (להלן, דיגיטלי PCR) עבור ה- DNA אח&quot;י מפוגל דיפרנציאלי.

<table><tbody><tr><td>Red Top Vacutainer&amp;nbsp;</td><td>Beckon Dickinson</td><td>366441</td><td>no additive, uncoated interior, 10 ml</td></tr><tr><td>Cryovial Tube</td><td>Simport</td><td>T310-3A</td><td>polypropylene, screw cap tube, any size</td></tr><tr><td>QIAamp DNA Blood Mini Kit</td><td>Qiagen</td><td>51106</td><td></td></tr><tr><td>Poly(A)</td><td>Sigma</td><td>P9403</td><td>disloved in TE buffer (10 mM Tris-Cl pH 8.0 + 1 mM EDTA) to 5 &amp;micro;g/&amp;micro;l&amp;nbsp;</td></tr><tr><td>Absolute Ethanol (200 Proof)</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP2818-500</td><td></td></tr><tr><td>DPBS (with CaCl&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt; and MgCl&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;)</td><td>Sigma</td><td>D8662</td><td></td></tr><tr><td>0.2 ml PCR 8-strip Tubes</td><td>MidSci</td><td>AVST</td><td></td></tr><tr><td>8-strip Caps, Dome</td><td>MidSci</td><td>AVSTC-N</td><td></td></tr><tr><td>EZ DNA Methylation-Lightning Kit</td><td>Zymo</td><td>D5031</td><td></td></tr><tr><td>ddPCR Supermix for Probes (No dUTP)</td><td>Biorad</td><td>1863024</td><td></td></tr><tr><td>Buffer Control for Probes</td><td>Biorad</td><td>1863052</td><td></td></tr><tr><td>Human Unmethylated/Methylated Primer/Probe mix</td><td>Life Technologies</td><td>AH21BH1</td><td></td></tr><tr><td>EcoR1</td><td>New England Biolabs</td><td>R0101L</td><td></td></tr><tr><td>twin.tec PCR Plate 96, semi-skirted</td><td>Eppendorf</td><td>951020346</td><td></td></tr><tr><td>Pierceable Foil Heat Seal</td><td>Biorad</td><td>1814040</td><td></td></tr><tr><td>PX1 PCR Plate Sealer</td><td>Biorad</td><td>1814000</td><td></td></tr><tr><td>QX200 AutoDG Droplet Digital PCR System</td><td>Biorad</td><td>1864101</td><td></td></tr><tr><td>Automated Droplet Generation Oil for Probes</td><td>Biorad</td><td>186-4110</td><td></td></tr><tr><td>DG32 Cartridge for Automated Droplet Generator</td><td>Biorad</td><td>186-4108</td><td></td></tr><tr><td>Pipet Tips for Automated Droplet Generator</td><td>Biorad</td><td>186-4120</td><td></td></tr><tr><td>Pipet Tip Bins for Automated Droplet Generator</td><td>Biorad</td><td>186-4125</td><td></td></tr><tr><td>C1000 Touch Thermal Cycler</td><td>Biorad</td><td>1851197</td><td></td></tr><tr><td>QX200 Droplet Reader</td><td>Biorad</td><td>186-4003</td><td></td></tr><tr><td>ddPCR Droplet Reader Oil</td><td>Biorad</td><td>186-3004</td><td></td></tr></tbody></table>

measurement of differentially methylated ins dna species in human serum samples as a biomarker of islet &#946; cell death

The death of islet &#946; cells is thought to underlie the pathogenesis of virtually all forms of diabetes and to precede the development of frank hyperglycemia, especially in type 1 diabetes. The development of sensitive and reliable biomarkers of &#946; cell death may allow for early therapeutic intervention to prevent or delay the development of diabetes. Recently, several groups including our own have reported that cell-free, differentially methylated DNA encoding preproinsulin (INS) in the circulation is correlated to &#946; cell death in pre-type 1 diabetes and new-onset type 1 diabetes. Here, we present a step-by-step protocol using digital PCR for the measurement of cell-free INS DNA that is differentially methylated at cytosine at position -69 bp (relative to the transcriptional start site). We demonstrate that the assay can distinguish between methylated and unmethylated cytosine at position -69 bp, is linear across several orders of magnitude, provides absolute quantitation of DNA copy numbers, and can be applied to samples of human serum from individuals with new-onset type 1 diabetes and disease-free controls. The protocol described here can be adapted to any DNA species for which detection of differentially methylated cytosines is desired, whether from circulation or from isolated cells and tissues, and can provide absolute quantitation of DNA fragments.

כדי לפרש את הנתונים כראוי, אנו משתמשים שולטים פלסמיד היא DNA אח&quot;י יעד unmethylated ו המפוגלת בכל ריצת PCR דיגיטלית. בקרות אלה להבטיח כי האותות המתאימים DNA המפוגל unmethylated וניתן להבחין בבירור. איור 1 מציג את מגרשים פיזור 2-D המתאים טיפות עבור פקדי פלסמיד המכיל אח&quot;י unmethylated המרה bisulfite DNA (איור 1 א), DNA אח&quot;י מפוגל (איור 1B), ו- 1: תערובת 1 של שני פלסמידים (תרשים 1C). פלסמיד המכיל unmethylated אח&quot;י מותווה על ידי טיפות חיובית עבור האות 6-Carboxyfluorescein (FAM), ואילו פלסמיד המכיל מפוגל אח&quot;י מותווה על ידי טיפות חיובית עבור האות VIC. ב 1: תערובת פלסמיד 1, אוכלוסייה של טיפות פעמים החיוביות נתפסת, מתאים טיפות המכילות שני המינים שלDNA. כדי להבחין טיפות חיוביות מטיפות שליליות, נתונים הם מגודרים באמצעות חלקות 2-D אלה. שים לב באיור 1A, יש תזוזה קלה של טיפות FAM החיובי לתוך תעלת VIC, המציין כי החללית עבור DNA אח&quot;י המפוגל מפגינה כמה תגובתיות צולבות עבור DNA אח&quot;י unmethylated. באופן דומה, באיור 1B, יש תזוזה קלה מאוד של טיפות VIC חיובי לתוך התעלה FAM, המציין תגובה צולבת של החללית עבור DNA unmethylated עם DNA מפוגל. יתרון עיקרי של ה- PCR הדיגיטלי זה עדיין יכול להפלות אותות ספציפיים גם כאשר חלליות אינן 100% ספציפיות. עבור חישובים סטטיסטיים מתאימים פואסון על ידי התוכנה, כל תגובת PCR צריכה לחלק לתוך לפחות 10,000 טיפות כוללות, להציג מקבץ של טיפות שליליות, ולהראות הבדל משרעת ברור בין טיפות שליליות וחיוביות (עבור gating האמין). כדי להדגים הליניאריות של פריימרים שלנו, אנו pתערובות erformed של שני פלסמידים לרוחב סדרות כמה וכמה. כפי שניתן לראות בתרשים 2, ריכוזים שונים של פלסמיד אחד יכול להתגלות באופן ליניארי בנוכחות כמות קבועה של הפלסמיד השני. עבור מעבדות חדשות ביצוע הליך זה, אנחנו ממליצים בניית ניסוי בתערובת דומה על מנת להבטיח כי assay פועלת בצורת איתור ליניארי. הבא, השגנו בסרום של שלושה נושאים עם T1D חדש-onset (בתוך 2 ימי אבחון) ושלושה אנשים שליטים ללא T1D (ראה לוח 1 עבור מאפיינים קליניים). הפרוטוקולים שאושרו על ידי הדירקטוריון סקירה מוסדיים אוניברסיטת אינדיאנה. הורים של נושאים הניתנים בכתב הסכמה מדעת. איור 3 מציג את לכמת unmethylated ו מפוגל אח&quot;י DNA להעתיק מספרים / סרום μl, המרה להיכנס 10 מ פקדים אלה ונושאים T1D. הנתונים מראים כי אני<html> ndividuals עם רמות גבוהות התערוכה T1D של שני מפוגל unmethylated אח&quot;י DNA בהשוואה לקבוצת הביקורת, בדומה לנתונים שדווחו 6 בעבר. <img alt="איור 1" src="/files/ftp_upload/54838/54838fig1.jpg" /> איור 1: מגרשי 2-D נציג של בקרות פלסמיד. סטנדרטי פלסמיד נוצרו על ידי שיבוט שבר ציטוזין unmethylated מחסה DNA אח&quot;י מרת bisulfite או המפוגל ב מיקום יחסי -69 נ&quot;ב אל אח&quot;י יעתיק להתחיל באתר. המוצגים הם מגרשים 2-D באמצעות פלסמיד המכיל (א) unmethylated ו מפוגל (B) אח&quot;י DNA ובמשך 1: תערובת 1 של שני פלסמידים (C). חצים לזהות את unmethylated, מפוגל, ו unmethylated + מפוגל (ובבדיקה חיובי) אח&quot;י טיפות DNA המכיל. FAM target = 1; VIC target = 2.נ&quot;צ = &quot;https://ecsource-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54838/54838fig1large.jpg&quot; target = &quot;_ blank&quot;&gt; לחץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של דמות זו. <img alt="איור 2" src="/files/ftp_upload/54838/54838fig2.jpg" /> איור 2: כימות של מטרות DNA באמצעות בקרת פלסמיד תערובות. סטנדרטי פלסמיד המכיל שברים משובטים של ציטוזין unmethylated מחסה DNA אח&quot;י מרת bisulfite או המפוגל ב מיקום יחסי -69 נ&quot;ב אל אח&quot;י יעתיק להתחיל באתר היו מעורבים בחלק השילובים השונים לעין, אז נתון זמניים הדיגיטלי PCR. האיור מציג את quantitation של שברי DNA היעד, כפי שהוצגו עותקים / μl; r 2 = 0.989 עבור unmethylated אח&quot;י דנ&quot;א r 2 = 0.998 עבור DNA אח&quot;י מפוגל. <a href="https://ecsource-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54838/54838fig2large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי</a>לצפות בגרסה גדולה יותר של דמות זו. <img alt="איור 3" src="/files/ftp_upload/54838/54838fig3.jpg" /> איור 3: במחזור רמות unmethylated ו Methylated אח&quot;י דנ&quot;א בקרות נושאים עם T1D. דגימות סרום שנאספו 4 נוער עם T1D חדש-onset וממנה 4 שולטת ללא מחלה, לא קשור, אז מעובד למדידת DNA אח&quot;י מפוגל דיפרנציאלי על ידי דיגיטלית PCR. מוצגים הן תוצאות של מבחני PCR דיגיטליים (א) unmethylated ו מפוגל (B) אח&quot;י DNA. נתונים מוצגים כנקודות פרט ממוצעים ± SEM. סטטיסטיקה נותחו על ידי מבחן t דו-זנבי סטודנטים פרמטרית. <a href="https://ecsource-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54838/54838fig3large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של תי</a>הדמות של. <table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td></td><td> בקרות </td><td> T1D בתחילתה </td></tr><tr><td> גיל (שנים) </td><td> 10.3 ± 1.3 </td><td> 9.2 ± 1.0 </td></tr><tr><td> נקבה זכר </td><td> 1: 3 </td><td> 1: 3 </td></tr><tr><td> Z- ציון BMI </td><td> 0.30 ± 0.9 </td><td> 0.74 ± 0.9 </td></tr><tr><td> HbA 1C (%) </td><td></td><td> 11.1 ± 0.6 </td></tr><tr><td> C-peptide (pmol / L) </td><td></td><td> 285.5 ± 37.0 </td></tr></tbody></table> טבלה 1: דמוגרפיה של בקרות נושאים עם T1D.

Watch this Scientific Journal Video about Measurement of Differentially Methylated INS DNA Species in Human Serum Samples as a Biomarker of Islet Î² Cell Death at JoVE.com

Measurement of Differentially Methylated INS DNA Species in Human Serum Samples as a Biomarker of Islet &#946; Cell Death

Islet &#946; cell death precedes development of type 1 diabetes, and detecting this process may allow for early therapeutic intervention. Here, we provide a detailed description of how to measure differentially methylated INS DNA species in human serum as a biomarker of &#946; cell death.

מדידת דיפרנציאלי Methylated<em&gt; אח&quot;י</em&gt; DNA מינים בדגימות אדם סרום כמו מוות של תאים ביומרקר של איילט β

The death of islet &#946; cells is thought to underlie the pathogenesis of virtually all forms of diabetes and to precede the development of frank ...

measurement-differentially-methylated-ins-dna-species-human-serum

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Genetics

6.4K Views.  Indiana University School of Medicine. Islet β cell death precedes development of type 1 diabetes, and detecting this process may allow for early therapeutic intervention. Here, we provide a detailed description of how to measure differentially methylated INS DNA species in human serum as a biomarker of β cell death. 

Video: Measurement of Differentially Methylated INS DNA Species in Human Serum Samples as a Biomarker of Islet β Cell Death

Methods to Assess Beta Cell Death Mediated by Cytotoxic T Lymphocytes

Type 1 diabetes (T1D) is a T cell mediated autoimmune disease. During the pathogenesis, patients become progressively more insulinopenic as 
insulin production is lost, presumably this results from the destruction of pancreatic beta cells by T cells. Understanding the mechanisms of beta cell death during 
the development of T1D will provide insights to generate an effective cure for this disease. Cell-mediated lymphocytotoxicity (CML) assays have historically used the 
radionuclide Chromium 51 (51Cr) to label target cells. These targets are then exposed to effector cells and the release of 51Cr from target 
cells is read as an indication of lymphocyte-mediated cell death. Inhibitors of cell death result in decreased release of 51Cr.
 As effector cells, we used an activated autoreactive clonal population of CD8+ Cytotoxic T lymphocytes (CTL) isolated from a mouse stock transgenic for both the alpha and beta chains of the AI4 T cell receptor (TCR). Activated AI4 T cells were co-cultured with 51Cr labeled target NIT cells for 16 hours, release of 51Cr was recorded to calculate specific lysis 
Mitochondria participate in many important physiological events, such as energy production, regulation of signaling transduction, and apoptosis. The study of beta cell mitochondrial functional changes during the development of T1D is a novel area of research. Using the mitochondrial membrane potential dye Tetramethyl Rhodamine Methyl Ester (TMRM) and confocal microscopic live cell imaging, we monitored mitochondrial membrane potential over time in the beta cell line NIT-1. For imaging studies, effector AI4 T cells were labeled with the fluorescent nuclear staining dye Picogreen. NIT-1 cells and T cells were co-cultured in chambered coverglass and mounted on the microscope stage equipped with a live cell chamber, controlled at 37&deg;C, with 5% CO2, and humidified. During these experiments images were taken of each cluster every 3 minutes for 400 minutes.
Over a course of 400 minutes, we observed the dissipation of mitochondrial membrane potential in NIT-1 cell clusters where AI4 T cells were attached. In the simultaneous control experiment where NIT-1 cells were co-cultured with MHC mis-matched human lymphocyte Jurkat cells, mitochondrial membrane potential remained intact. This technique can be used to observe real-time changes in mitochondrial membrane potential in cells under attack of cytotoxic lymphocytes, cytokines, or other cytotoxic reagents.

Cell-mediated lymphocytotoxicity (CML) assays can be used to test autoreactive responses and study mechanisms of cell death in vitro. However, using live-cell confocal microscopic imaging techniques with fluorescent dyes, the type and kinetics of cell death as well as the pathways utilized can be studied in greater detail.

שיטות להעריך מתווכת בטא מוות של תאים על ידי לימפוציטים מסוג T ציטוטוקסיות

Type 1 diabetes (T1D) is a T cell mediated autoimmune disease.  During the pathogenesis, patients become progressively more insulinopenic as 
insulin ...

Immunology and Infection

Isolation of Human Islets from Partially Pancreatectomized Patients

Investigations into the pathogenesis of type 2 diabetes and islets of Langerhans malfunction 1 have been hampered by the limited availability of type 2 diabetic islets from organ donors2. Here we share our protocol for isolating islets from human pancreatic tissue obtained from type 2 diabetic and non-diabetic patients who have undergone partial pancreatectomy due to different pancreatic diseases (benign or malignant pancreatic tumors, chronic pancreatitis, and common bile duct or duodenal tumors). All patients involved gave their consent to this study, which had also been approved by the local ethics committee. The surgical specimens were immediately delivered to the pathologist who selected soft and healthy appearing pancreatic tissue for islet isolation, retaining the damaged tissue for diagnostic purposes. We found that to isolate more than 1,000 islets, we had to begin with at least 2 g of pancreatic tissue. Also essential to our protocol was to visibly distend the tissue when injecting the enzyme-containing media and subsequently mince it to aid digestion by increasing the surface area.
To extend the applicability of our protocol to include the occasional case in which a large amount (&gt;15g) of human pancreatic tissue is available , we used a Ricordi chamber (50 ml) to digest the tissue. During digestion, we manually shook the Ricordi chamber3 at an intensity that varied by specimen according to its level of tissue fibrosis. A discontinous Ficoll gradient was then used to separate the islets from acinar tissue. We noted that the tissue pellet should be small enough to be homogenously resuspended in Ficoll medium with a density of 1.125 g/ml. After isolation, we cultured the islets under stress free conditions (no shaking or rotation) with 5% CO2 at 37 &deg;C for at least 48 h in order to facilitate their functional recovery. Widespread application of our protocol and its future improvement could enable the timely harvesting of large quantities of human islets from diabetic and clinically matched non-diabetic subjects, greatly advancing type 2 diabetes research.

The supply of type 2 diabetic islets for research is insufficient. Here we share our protocol for isolating islets from patients undergoing partial pancreatectomy. This approach represents a unique venue for obtaining islets from type 2 diabetic and clinically matched non-diabetic subjects in adequate numbers for basic and clinical studies.

הבידוד של איי האדם מן המטופלים Pancreatectomized חלקית

Investigations into the pathogenesis of type 2 diabetes and islets of Langerhans malfunction 1 have been hampered by the limited availability of type 2 ...

Medicine

Methylated DNA Immunoprecipitation

The identification of DNA methylation patterns is a common procedure in the study of epigenetics, as methylation is known to have significant effects on gene expression, and is involved with normal development as well as disease 1-4. Thus, the ability to discriminate between methylated DNA and non-methylated DNA is essential for generating methylation profiles for such studies. Methylated DNA immunoprecipitation (MeDIP) is an efficient technique for the extraction of methylated DNA from a sample of interest 5-7. A sample of as little as 200 ng of DNA is sufficient for the antibody, or immunoprecipitation (IP), reaction. DNA is sonicated into fragments ranging in size from 300-1000 bp, and is divided into immunoprecipitated (IP) and input (IN) portions. IP DNA is subsequently heat denatured and then incubated with anti-5'mC, allowing the monoclonal antibody to bind methylated DNA. After this, magnetic beads containing a secondary antibody with affinity for the primary antibody are added, and incubated. These bead-linked antibodies will bind the monoclonal antibody used in the first step. DNA bound to the antibody complex (methylated DNA) is separated from the rest of the DNA by using a magnet to pull the complexes out of solution. Several washes using IP buffer are then performed to remove the unbound, non-methylated DNA. The methylated DNA/antibody complexes are then digested with Proteinase K to digest the antibodies leaving only the methylated DNA intact. The enriched DNA is purified by phenol:chloroform extraction to remove the protein matter and then precipitated and resuspended in water for later use. PCR techniques can be used to validate the efficiency of the MeDIP procedure by analyzing the amplification products of IP and IN DNA for regions known to lack and known to contain methylated sequences. The purified methylated DNA can then be used for locus-specific (PCR) or genome-wide (microarray and sequencing) methylation studies, and is particularly useful when applied in conjunction with other research tools such as gene expression profiling and array comparative genome hybridization (CGH) 8. Further investigation into DNA methylation will lead to the discovery of new epigenetic targets, which in turn, may be useful in developing new therapeutic or prognostic research tools for diseases such as cancer that are characterized by aberrantly methylated DNA 2, 4, 9-11.

This video demonstrates the protocol for methylated DNA immunoprecipitation (MeDIP). MeDIP is a two day procedure that selectively extracts methylated DNA fragments from a genomic DNA sample using antibodies with specificity for 5 -methylcytosine (anti-5 mC).

ה-DNA מפוגל immunoprecipitation

The identification of DNA methylation patterns is a common procedure in the study of epigenetics, as methylation is known to have significant effects on ...

Biology

Single-cell RNA Sequencing and Analysis of Human Pancreatic Islets

Pancreatic islets comprise of endocrine cells with distinctive hormone expression patterns. The endocrine cells show functional differences in response to normal and pathological conditions. The goal of this protocol is to generate high-quality, large-scale transcriptome data of each endocrine cell type with the use of a droplet-based microfluidic single-cell RNA sequencing technology. Such data can be utilized to build the gene expression profile of each endocrine cell type in normal or specific conditions. The process requires careful handling, accurate measurement, and rigorous quality control. In this protocol, we describe detailed steps for human pancreatic islets dissociation, sequencing, and data analysis. The representative results of about 20,000 human single islet cells demonstrate the successful application of the protocol.

Here, we present a protocol to generate high-quality, large-scale transcriptome data of single cells from isolated human pancreatic islets using a droplet-based microfluidic single-cell RNA sequencing technology.

תא בודד RNA רצף וניתוח של איי הלבלב האנושי

Pancreatic islets comprise of endocrine cells with distinctive hormone expression patterns. The endocrine cells show functional differences in response to ...

Improved Protocol For Laser Microdissection Of Human Pancreatic Islets From Surgical Specimens

Laser microdissection (LMD) is a technique that allows the recovery of selected cells and tissues from minute amounts of parenchyma 1,2. The dissected cells can be used for a variety of investigations, such as transcriptomic or proteomic studies, DNA assessment or chromosomal analysis 2,3. An especially challenging application of LMD is transcriptome analysis, which, due to the lability of RNA 4, can be particularly prominent when cells are dissected from tissues that are rich of RNases, such as the pancreas. A microdissection protocol that enables fast identification and collection of target cells is essential in this setting in order to shorten the tissue handling time and, consequently, to ensure RNA preservation. 
Here we describe a protocol for acquiring human pancreatic beta cells from surgical specimens to be used for transcriptomic studies 5. Small pieces of pancreas of about 0.5-1 cm3 were cut from the healthy appearing margins of resected pancreas specimens, embedded in Tissue-Tek O.C.T. Compound, immediately frozen in chilled 2-Methylbutane, and stored at -80 &deg;C until sectioning. Forty serial sections of 10 &mu;m thickness were cut on a cryostat under a -20 &deg;C setting, transferred individually to glass slides, dried inside the cryostat for 1-2 min, and stored at -80 &deg;C. 
Immediately before the laser microdissection procedure, sections were fixed in ice cold, freshly prepared 70% ethanol for 30 sec, washed by 5-6 dips in ice cold DEPC-treated water, and dehydrated by two one-minute incubations in ice cold 100% ethanol followed by xylene (which is used for tissue dehydration) for 4 min; tissue sections were then air-dried afterwards for 3-5 min. Importantly, all steps, except the incubation in xylene, were performed using ice-cold reagents - a modification over a previously described protocol 6. utilization of ice cold reagents resulted in a pronounced increase of the intrinsic autofluorescence of beta cells, and facilitated their recognition. For microdissection, four sections were dehydrated each time: two were placed into a foil-wrapped 50 ml tube, to protect the tissue from moisture and bleaching; the remaining two were immediately microdissected. This procedure was performed using a PALM MicroBeam instrument (Zeiss) employing the Auto Laser Pressure Catapulting (AutoLPC) mode. The completion of beta cell/islet dissection from four cryosections required no longer than 40-60 min. Cells were collected into one AdhesiveCap and lysed with 10 &mu;l lysis buffer. Each single RNA specimen for transcriptomic analysis was obtained by combining 10 cell microdissected samples, followed by RNA extraction using the Pico Pure RNA Isolation Kit (Arcturus). This protocol improves the intrinsic autofluorescence of human beta cells, thus facilitating their rapid and accurate recognition and collection. Further improvement of this procedure could enable the dissection of phenotypically different beta cells, with possible implications for better understanding the changes associated with type 2 diabetes.

Laser microdissection is a technique that allows the recovery of selected cells from minute amounts of parenchyma. Here we describe a protocol for acquiring human pancreatic islets from surgical specimens to be used for transcriptomic studies. Our protocol improves the intrinsic autofluorescence of human beta cells, thus facilitating their collection.

פרוטוקול משופר עבור microdissection הליזר של איי לבלב אנושיים מדוגמאות כירורגים

Laser microdissection (LMD) is a technique that allows the recovery of selected cells and tissues from minute amounts of parenchyma 1,2. The dissected ...

In situ Quantification of Pancreatic Beta-cell Mass in Mice

Tracing changes of specific cell populations in health and disease is an important goal of biomedical research. The process of monitoring pancreatic beta-cell proliferation and islet growth is particularly challenging. We have developed a method to capture the distribution of beta-cells in the intact pancreas of transgenic mice with fluorescence-tagged beta-cells with a macro written for ImageJ (rsb.info.nih.gov/ij/). Following pancreatic dissection and tissue clearing, the entire pancreas is captured as a virtual slice, after which the GFP-tagged beta-cells are examined. The analysis includes the quantification of total beta-cell area, islet number and size distribution with reference to specific parameters and locations for each islet and for small clusters of beta-cells. The entire distribution of islets can be plotted in three dimensions, and the information from the distribution on the size and shape of each islet allows a quantitative and qualitative comparison of changes in overall beta-cell area at a glance.

In situ Quantification of Pancreatic Beta-cell Mass in Mice

The following protocol outlines the process of pancreatic dissection for virtual slice imaging, and the subsequent quantification of all GFP-tagged beta-cells in the entire pancreas.

ב כימות באתרו של המיסה הלבלב בטא תא עכברים

Tracing changes of specific cell populations in health and disease is an important goal of biomedical research. The process of monitoring pancreatic ...

Leprdb Mouse Model of Type 2 Diabetes: Pancreatic Islet Isolation and Live-cell 2-Photon Imaging Of Intact Islets

Type 2 diabetes is a chronic disease affecting 382 million people in 2013, and is expected to rise to 592 million by 2035 1. During the past 2 decades, the role of beta-cell dysfunction in type 2 diabetes has been clearly established 2. Research progress has required methods for the isolation of pancreatic islets. The protocol of the islet isolation presented here shares many common steps with protocols from other groups, with some modifications to improve the yield and quality of isolated islets from both the wild type and diabetic Leprdb (db/db) mice. A live-cell 2-photon imaging method is then presented that can be used to investigate the control of insulin secretion within islets.

Leprdb Mouse Model of Type 2 Diabetes: Pancreatic Islet Isolation and Live-cell 2-Photon Imaging Of Intact Islets

We present here a protocol for the isolation of islets from the mouse model of type 2 diabetes, Leprdb and details of a live-cell assay for measurement of insulin secretion from intact islets that utilizes 2 photon microscopy.

Lepr<sup&gt; Db</sup&gt; עכבר דגם של סוכרת מסוג 2: בידוד לבלב וLive- תא 2-פוטון הדמיה של איי שלמים

Type 2 diabetes is a chronic disease affecting 382 million people in 2013, and is expected to rise to 592 million by 2035 1. During the past 2 decades, ...

Electrochemiluminescence Assays for Human Islet Autoantibodies

Pinpointing islet autoantibodies associated with type 1 diabetes (T1D) leads the way to project and deter this disease in the general population. A novel ECL assay is a nonradioactive fluid phase assay for islet autoantibodies with higher sensitivity and specificity than the current 'gold' standard radio-binding assay (RBA). ECL assays can more precisely define the onset of presymptomatic T1D by distinguishing the high-risk, high-affinity autoantibodies from the low-risk, low-affinity autoantibodies generated in RBAs, and conventional enzyme-linked immunosorbent assays (ELISA). The antigen protein used in this ECL assay is labeled with Sulfo-tag and Biotin, respectively. Each ECL autoantibody assay that uses a particular antigen protein needs an optimization step before it can be used for laboratory application. This step is especially vital in determining the requirements for serum acid treatments, concentrations, and ratios of the two different antigens labeled with Sulfo-tag and Biotin. To perform the assay, serum samples are mixed with Sulfo-tag-conjugated and biotinylated capture antigen protein in phosphate buffered solution (PBS), containing 5% Bovine Serum Albumin (BSA). Afterwards, the samples are incubated overnight at 4 &#176;C. The same day, a streptavidin-coated plate is prepared with blocker buffer and incubated overnight at 4 &#176;C. On the second day, wash the streptavidin plate and transfer the serum-antigen mixture onto the plate. Place the plate on the plate shaker, set it at low speed, and incubate at room temperature for 1 h. Subsequently, the plate is washed again, and reader buffer is added. The plate is then counted on the plate reader machine. The results are conveyed through an index, which is generated from internal standard positive and negative control serum samples.

Here, we presented the methods to detect human islet autoantibodies using electrochemiluminescence (ECL) assays. The protocol, used to predict type 1 diabetes, can be expanded upon to detect autoantibodies for other autoimmune diseases.

מבחני Electrochemiluminescence עבור האדם איון עצמיים

Pinpointing islet autoantibodies associated with type 1 diabetes (T1D) leads the way to project and deter this disease in the general population. A novel ...

Detergent-Free Decellularization of the Human Pancreas for Soluble Extracellular Matrix (ECM) Production

Islet transplantation (ITx) has the potential to become the standard of care in beta cell replacement medicine but its results remain inferior to those obtained with whole pancreas transplantation. The protocols currently used for human islet isolation are under scrutiny because they are based on the enzymatic digestion of the organ, whereby the pancreas is demolished, its connections to the body are lost and islets are irreversibly damaged. Islet damage is characterized by critical factors such as the destruction of the extracellular matrix (ECM), which represents the 3D framework of the islet niche and whose loss is incompatible with islet euphysiology. Researchers are proposing the use of ECM-based scaffolds derived from the mammalian pancreas to address this problem and ultimately improve islet viability, function, and lifespan. Currently available methods to obtain such scaffolds are harsh because they are largely detergent based. Thus, we propose a new, detergent-free method that creates less ECM damage and can preserve critical components of pancreatic ECM. The results show that the newly developed decellularization protocol allowed the achievement of complete DNA clearance while the ECM components were retained. The ECM obtained was tested for cytotoxicity and encapsulated with human pancreatic islets which showed a positive cellular behavior with insulin secretion when stimulated with glucose challenge. Collectively, we propose a new method for the decellularization of the human pancreas without the use of conventional ionic and non-ionic chemical detergents. This protocol and the ECM obtained with it could be of use for both in vitro and in vivo applications.

Detergent-Free Decellularization of the Human Pancreas for Soluble Extracellular Matrix ECM Production

The protocol described in this manuscript explains the steps for the fabrication of a soluble extracellular matrix (ECM) from the human pancreas. The solubilized ECM powder obtained through this protocol may be used for the recapitulation of pancreatic islets&#8217; microenvironment in vitro and, potentially, in vivo settings.

Islet transplantation (ITx) has the potential to become the standard of care in beta cell replacement medicine but its results remain inferior to those ...

Bioengineering

Isolated Pancreatic Islet Treatment and Apoptosis Measurement

This study investigates the effect of pro-inflammatory cytokines on pancreatic islets, particularly insulin-producing &#946;-cells, using a combination of fluorescence staining techniques and confocal microscopy to assess cell viability, apoptosis, and &#946;-cell-specific death. Isolated mouse islets were treated with varying concentrations of a cytokine cocktail, including TNF-&#945;, IL-1&#946;, and IFN-&#947;, to mimic immune-mediated apoptosis during the development of type 1 diabetes. The viability of islet cells was evaluated with FDA/PI dual staining, where FDA conversion to fluorescein indicated viable cells, and PI marked membrane-compromised cells. YOPRO-1 and nuclear staining provided additional data on apoptosis, with Annexin-V confirming early apoptotic cells. Quantitative analysis revealed significant increases in apoptosis and cell death rates in cytokine-treated islets. To specifically assess effects on &#946;-cells, Zn2+ selective indicator staining was used to label insulin-producing cells through the zinc association in insulin granules, revealing substantial &#946;-cell loss following treatment of islets with pro-inflammatory cytokines for 24 h. These multi-staining protocols effectively capture and quantify the extent of cytokine-induced damage in islets and can be used to evaluate therapeutics designed to prevent &#946;-cell apoptosis in early type 1 diabetes.

This study utilizes multi-staining fluorescence-based markers of cell death and apoptosis combined with confocal microscopy to assess cytokine-induced apoptosis and &#946;-cell-specific death in pancreatic islets. It reveals spatial and temporal changes in cell death and apoptosis in response to extracellular stimuli.

טיפול באי לבלב מבודד ומדידת אפופטוזיס

This study investigates the effect of pro-inflammatory cytokines on pancreatic islets, particularly insulin-producing &#946;-cells, using a combination of ...

מדידת דיפרנציאלי Methylated

Summary

Explore More Videos

Chapters in this video