Detección robusta de la amplificación génica en muestras fijadas en formol e incluidas en parafina mediante hibridación fluorescente in situ

La amplificación del oncogén es un impulsor crítico del cáncer. La caracterización citogenética en muestras de FFPE es una forma rentable de estudiar la amplificación de oncogenes. Presentamos instrucciones sólidas y completas para investigar la amplificación de genes focales y muestras de FFPE.

Al examinar el patrón de señal FISH, queda inequívocamente claro si un locus genético se amplifica y cómo. Se ha descubierto que los oncogenes amplificados como ADN extracromosómico son prevalentes en el cáncer humano, como el cáncer de pulmón, mama y cerebro. La secuenciación del genoma completo y el FISH son los métodos más utilizados para detectar el ADN extracromosómico.

La aplicación de FISH a los tejidos FFPE es un desafío porque los artefactos de reticulación y la autofluorescencia de fondo a menudo socavan la calidad de los datos. Nuestro protocolo incluye procedimientos optimizados, como la extracción y digestión de proteínas, la desnaturalización por calor y las técnicas de extinción por autofluorescencia para mejorar la calidad de los datos durante la pesca en muestras de FFPE, lo que proporcionará información valiosa sobre la progresión del cáncer en los pacientes. Estudiaremos las funciones moleculares del ADN extracromosómico y cómo las células cancerosas mantienen el ADN extracromosómico.

En última instancia, nuestro objetivo es eliminarlos para tratar el cáncer.